先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

先進ゲノム支援とは

目的

 「先進ゲノム支援」(先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム)は文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 に採択されたものです。2016年4月に開始し、期間6年が予定されています。
 生命の理解のためには大量かつ高精度のDNA配列解析が以前にも増して重要になっていますが、このためには実験・情報解析の両面での大規模かつ最先端の解析システムの整備と共有が必須です。旧事業の「ゲノム支援」ではゲノム解析システムを整備し、科研費課題等から適切な課題を支援してきましたが、支援の過程で解析技術がさらに向上するという好循環が生まれ、科研費生物系分科細目をほぼカバーするという分野横断的な支援となりました。「先進ゲノム支援」ではこの旧事業を一層発展強化させ、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることをめざします。

支援機能

 今回の事業では支援機能を明確にすることが求められていますので、図1 に示すように、①総括活動の下に、②大規模配列解析において支援技術6項目(A-F)及び③高度情報解析における支援技術5項目(A-E)を設定し、それらを縦糸横糸としてそれらを組み合わせた多様かつ高度な実験・情報解析支援ができるようにしました。それぞれの支援機能は以下です。

②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動
  A) 新規ゲノム決定の支援と高度化(ヒト以外の動物、植物、微生物、細菌)
  B) 変異解析の支援と高度化(体細胞変異、ハプロタイプ決定、SNP、CNV、等)
  C) 修飾解析の支援と高度化(エピゲノム、RNA修飾、染色体構造、結合タンパク質)
  D) RNA解析の支援と高度化(コピー数、安定性、RNA編集、スプライシング、lncRNA等)
  E) メタ・環境・ホロゲノム解析の支援と高度化(DNA、RNA、1細胞による)
  F) 超高感度解析の支援と高度化(1細胞、1分子、経時) 
③高度情報解析支援ネットワーク活動
  A) 基盤的解析パイプラインによる支援と高度化開発(big-dataに対応したパイプライン整備)
  B) 総合的ゲノムアノテーションの支援と高度化開発(研究コミュニティと一体化した解析)
  C) 多層統合ゲノム情報解析技術を駆使した支援と高度化開発(仮説生成を支援へ)
  D) AI化知識ベースの構築(上記のための構築試行)
  E) 超高度情報処理技術に関する開発課題の立案と開発支援

fig01

支援体制

 今回の事業では、新学術領域研究ではありますが大学共同利用機関等を中心とする機関の積極的な関与が求められています。そこで、図2のように国立遺伝学研究所を中核機関とし、参加する班員が所属する主な機関の連携ネットワークを形成して、それぞれが上記支援技術を分担し、支援及びその高度化にあたることとしました。そして、①総括支援活動で支援課題の公募の受付、審査、倫理審査支援、相談窓口等の活動を行い、円滑な支援活動を進めます。併せて、異分野交流、データ公開/共有の推進、社会との接点活動等を行います。また、他のプラットフォームとは連携推進協議会を通じて連携を進めます。

 支援組織としては、表1 に示したように研究支援代表の下、研究支援分担者21名、連携研究支援者25名、総勢47名の班員が全国15の大学・研究機関(部局数は24)から参加し、支援と高度化にあたります。

fig02

表1.「先進ゲノム支援」組織(2017年4月)

:研究支援代表者、:研究支援分担者、-:連携研究支援者)

①総括支援活動

小原 雄治 国立遺伝学研究所・先端ゲノミクス推進センター・特任教授
・社会との接点活動
加藤 和人 大阪大学・大学院医学系研究科・教授
位田 隆一 滋賀大学・学長
山縣 然太朗 山梨大学・大学院総合研究部・教授
増井 徹 慶應義塾大学・医学部臨床遺伝学センタ-・教授
武藤 香織 東京大学・医科学研究所・教授
児玉 聡 京都大学・大学院文学研究科・准教授
瀬戸山 晃一 京都府立医科大学・大学院医学研究科・教授

②大規模配列解析拠点ネットワ-ク支援活動

・遺伝研拠点
豊田 敦 国立遺伝学研究所・生命情報研究センタ-・特任教授
藤山 秋佐夫 国立遺伝学研究所・先端ゲノミクス推進センタ-・特任教授
井ノ上 逸朗 国立遺伝学研究所・人類遺伝研究部門・教授
・東大新領域拠点
鈴木 穣 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・教授
菅野 純夫 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・教授
・東大病院拠点
三井 純 東京大学・医学部付属病院・特任准教授
辻 省次 東京大学・医学部附属病院・教授
・九大拠点
林 哲也 九州大学・大学院医学研究院・教授
後藤 恭宏 九州大学・大学院医学研究院・助教
・札幌医大拠点
時野 隆至 札幌医科大学・医学部・教授
鈴木 拓 札幌医科大学・医学部・教授
仲瀬 裕志 札幌医科大学・医学部・教授
能正 勝彦 札幌医科大学・医学部・講師
佐々木 泰史 札幌医科大学・医学部・准教授
井戸川 雅史 札幌医科大学・医学部・講師
甲斐 正広 札幌医科大学・医学部・講師

③高度情報解析支援ネットワ-ク活動

・遺伝研拠点
黒川 顕 国立遺伝学研究所・生命情報研究センタ-・教授
森 宙史 国立遺伝学研究所・生命情報研究センタ-・助教
中村 保一 国立遺伝学研究所・生命情報研究センタ-・教授
小笠原 理 国立遺伝学研究所・DDBJセンタ-・特任准教授
・東大拠点
高木 利久 東京大学・大学院理学系研究科・教授
岩崎 渉 東京大学・大学院理学系研究科・准教授
森下 真一 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・教授
浅井 潔 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・教授
笠原 雅弘 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・講師
木立 尚孝 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・准教授
・東工大拠点
伊藤 武彦 東京工業大学・生命理工学院・教授
梶谷 嶺 東京工業大学・生命理工学院・助教
山田 拓司 東京工業大学・生命理工学院・准教授
・九大拠点
小椋 義俊 九州大学・大学院医学研究院・准教授
久原 哲 九州大学・大学院農学研究院・名誉教授
田代康介 九州大学・大学院農学研究院・准教授
・その他
高橋 弘喜 千葉大学・真菌医学研究センタ-・准教授
瀬々 潤 産業技術総合研究所・人工知能研究センタ-・研究チ-ム長
Martin Frith 産業技術総合研究所・人工知能研究センタ-・主任研究員
榊原 康文 慶應義塾大学・理工学部・教授
浜田 道昭 早稲田大学・理工学術院・准教授
平川 英樹 かずさDNA研究所・技術開発研究部・グル-プ長
野口 英樹 情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設・特任教授
近藤 伸二 情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設・特任准教授

お問い合わせ

〒411-8540
静岡県三島市谷田1111
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
先端ゲノミクス推進センター
「先進ゲノム支援」事務局
E-mail: genome-sec@genome-sci.jp
(できるだけお問い合わせフォームからお送りください)