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データベース･ソフトウェアリスト


特定領域「ゲノム」：データベース･ソフトウェアリスト
検索結果 98 件
No 氏名 種別 名称 説明 URL
1 ○阿久津　達也
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
 　 IPPI (Inferring Protein-Protein Interaction for yeast) タンパク質の情報 (タンパク質の名前, タンパク質が含むドメインの名前, タンパク質の配列のいずれか) を基に, 次の2種類の予測を示す. (1). 2つのタンパク質 A, B の情報が与えられたとき, A と B が相互作用する確率を求める, (2) 1つのタンパク質 A の情報が与えられたとき, A と相互作用する確率の高いタンパク質を順番に示す. 予測結果は, 既に求めてあるパラメータに基づき,いろいろな手法によるものが列挙される. http://mint.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~morihiro/protint/ppi-form.html
2 ○飯田　哲也
大阪大学微生物病研究所 細菌感染分野
 データベース 腸炎ビブリオゲノム配列データベース 腸炎ビブリオの全ゲノム配列情報のデータベース http://genome.gen-info.osaka-u.ac.jp/bacteria/vpara/
http://www.vibrio.org/
3 ○飯野　雄一
東京大学遺伝子実験施設
 データベース 線虫の生殖腺関連遺伝子のRNAi結果 線虫の生殖腺に特異的に発現する遺伝子のうち、168遺伝子についてRNA干渉法（RNAi法）を用いて機能阻害を行った結果を記載したデータベース http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/mgrl/germline/
4 ○石井 　信
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科 論理生命学研究室
 ソフトウェア BPCAfill マイクロアレイ等による遺伝子発現プロファイルデータ内の欠測値を、周辺の観測値を用いて推定するソフトウェア。Bayes的共分散推定に基き、パラメータチューニングの必要なく最高の精度を実現できる。遺伝子数・症例数が多ければ多いほど、その情報を集めることで精度が　高まるのが特徴である。 http://hawaii.aist-nara.ac.jp/~shige-o/tools/
5 ○石田　靖雅
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 動物遺伝子機能学講座
 データベース The NAISTrap database or NAISTrap データベース マウスES細胞中の遺伝子（あるいはその候補）をレトロウイルス型ベクターによってランダムに　トラップ（破壊＋マーキング）し、多数のES細胞クローンを得た。「NAISTrap データベース」では、それぞれのES細胞クローン中でどのような遺伝子（あるいはその候補）がトラップされており、ベクターの挿入によってどの程度の欠失が作り出されているか、検索できるようになっている。また、ジーントラップによって回収された遺伝子断片の実際の塩基配列を見ることもできる。外部の研究者が「NAISTrap データベース」中に興味深い遺伝子を見出し、その遺伝子がトラップされたES細胞クローンをリクエストした場合、彼/彼女は無条件でそのクローンを入手することができる。 http://bsw3.aist-nara.ac.jp/kawaichi/naistrap.html
6 ○井原　茂男
東京大学 先端科学技術研究センター
 　 COOPERIONS (cooperative protein interaction system) 文献情報から蛋白質の２項関係をとりだすことは広く行なわれてきたが、ここでは２つの蛋白質ではなくさらに多数の蛋白質が相互作用することによって作り出すパスウェイ情報を抽出し、　多体相互作用に起因する協調作用、例えば転写開始、複合蛋白質、メチレーションなどの解析を可能とするための文献情報処理技術を開発する。 調整中,後にご連絡
7 ○宇高　恵子
班友・高知大・医・分子免疫
 　 MHC結合性ペプチド予測 (Lib Score) MHCクラスI分子は、T細胞に抗原を提示する。Libスコアーは、MHCクラスI分子に結合するアミノ酸配列をもつペプチドの予測をしたり、蛋白質中に結合ペプチドを探索したりします。 http://www.ddbj.nig.ac.jp/analysesp-e.html
8 ○梅山　秀明
北里大学薬学部
 データベース FAMSBASE ホモロジーモデリングソフトFAMSの実行結果のデータベース http://famsbase.bio.nagoya-u.ac.jp/　　　　　　　　　　　　　　
http://www.pdfams.jbic.or.jp/
9 ○漆原　秀子
筑波大学生物科学系
 データベース 英語名 Dictyostelium cDNA Database (略称Dicty_cDB) 日本語名 　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ディクチオステリウムcDNAデータベース Dictyostelium discoideum cDNA各クローンについて、塩基配列・相同性検索・モチーフ検索・産物の局在性予測・発現特性・ゲノムへのアラインメント等の情報を収録したもの http://www.csm.biol.tsukuba.ac.jp/cDNA/database.html
10 ○漆原　秀子
筑波大学生物科学系
 データベース Atlas (ISH Data Base) Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの http://www.csm.biol.tsukuba.ac.jp/~tools/bin/ISH/index.html
11 ○太田　元規
東京工業大学
 ソフトウェア P-Cats タンパク質の立体構造から機能部位を推定するソフトウェア http://bioinfo.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/p-cats/
12 ○加藤　菊也
奈良先端科学技術大学院大学
 データベース BED (Brain EST Database) 小規模のマウス脳３’末端ESTのデータベース。BLAST、FASTAなど簡単な検索機能がある。 http://love2.aist-nara.ac.jp/BED
13 ○川端　猛
奈良先端科学技術大学院大学
 　 MATRAS タンパク質立体構造の比較解析・類似構造検索を行なうサーバ http://biunit.aist-nara.ac.jp/matras
14 ○饗場　浩文
名古屋大学大学院生命農学研究科 分子細胞機構学講座
 データベース Transcriptome analysis of 2 component system in Eschericia coli 大腸菌２成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データ。２成分制御系により影響を受ける遺伝子情報や細胞機能の検索、解析が可能。奈良先端大、森浩禎教授らとの共同研究。 http://ecoli.aist-nara.ac.jp/xp_analysis/2_components/
15 ○郷　通子
長浜バイオ大学バイオサイエンス学部
 データベース FAMSBASE プロテオームの立体構造データベース。99生物種のゲノム情報から得られる全ORFについて、可能な限り多数のORFの立体構造をホモロジーモデリングにより構築した原子座標データベース。 http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/famsbase/index.html
16 ○郷　通子
長浜バイオ大学バイオサイエンス学部
 データベース Het-PDB Navi. 低分子側から見て、結合相手としてのタンパク質とその立体構造を検索できるデーターベース。タンパク質立体構造と低分子との複合体構造はPDBに準拠する。 http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/golab/hetpdbnavi.html
17 ○五斗　進
京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
 データベース 分子間相互作用データベース BRITE (Biomolecular Relations in Information Transmission and Expression) BRITEは酵母２ハイブリッドによるタンパク質相互作用データなどの分子間相互作用のデータを中心に収集したデータベースであり、ある分子を指定するとその分子が相互作用している分子のネットワークを検索し、グラフィカルに表示する。また、BRITEの大きな特徴として、ネットワークを検索するだけでなく複数のネットワークを比較する機能を持つ。例えば、パスウェイとゲノムの比較を行うことにより、機能的に関連の高い遺伝子クラスタを抽出することができる。 http://www.genome.ad.jp/brite/
18 ○五斗　進
京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
 データベース リンク情報データベースLinkDB ゲノムプロジェクトを始めとする様々なプロジェクトで構築されている分子生物学データベース間の関連情報を網羅的に抽出して、エントリー間の二項関係として蓄えたデータベース。これまでは困難であった間接的な関連情報の抽出や、そのデータベースに明示的に書かれていない関連情報の検索を容易に行うための手段を提供している。 http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_linkdb
19 ○五斗　進
京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
 データベース LIGAND: Database of Chemical Compounds and Reactions in Biological Pathways ゲノムの機能解析には遺伝子やタンパク質の情報だけではなく、それらと相互作用する化合物の情報も必要との観点から、生体分子反応（特に酵素反応）やレセプターの認識に関わっている化合物と反応の情報を蓄えたデータベース。キーワード検索だけでなく化合物の部分構造や反応経路を検索するための手段も提供している。 http://www.genome.ad.jp/ligand/
20 ○斎藤　成也
国立遺伝学研究所・集団遺伝研究部門
 データベース Silver 類人猿ゲノム配列データベース http://sayer.lab.nig.ac.jp/~silver/index-j.html
21 ○斎藤　成也
国立遺伝学研究所・集団遺伝研究部門
 ソフトウェア ESPer 塩基配列データの進化的解析ツール http://esper.lab.nig.ac.jp/
22 ○坂内 　英夫
東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター ＤＮＡ情報解析分野
○宮野　悟
東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センターＤＮＡ情報解析分野
○中井　謙太
東京大学医科学研究所
 　 iPSORT 細胞内のタンパク質局在部位を予測するプログラム。３種類のタンパク質の細胞内局在化シグナル（シグナルペプチド、ミトコンドリア移動シグナル、葉緑体移行シグナル）をアミノ酸配列から検出する。シグナルの配列的特徴を人間が直感的に分かりやすいルールで認識するのが特徴である。 http://hypothesiscreator.net/iPSORT/　　　　　　　　　　　　　　　　　　
http://biocaml.org/ipsort
23 ○佐藤　和広
岡山大学資源生物科学研究所
 データベース barley EST database 当研究で開発された約９万３千のEST配列について配列情報およびblast検索が可能なデータベースを作成し，公開した． http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/
24 ○佐藤　和広
岡山大学資源生物科学研究所
 データベース HarvEST 本領域で作成した約93,000のデータをquality fileに基づいて整理し直して登録した．その結果をデータベース化すると共に国際コンソシアム全体のUnigeneを作成して公開した． http://harvest.ucr.edu/
25 ○佐藤　賢二
北陸先端科学技術大学院大学 知識科学研究科
 　 STAG ゲノムネットの全文検索サービス http://stag.genome.ad.jp/
26 ○佐藤　直樹
埼玉大学理学部
 ソフトウェア GenoMap (software) バクテリアなどの環状ゲノムにおけるマイクロアレイによる発現データや塩基組成などのデータを円形に表示するソフトウェア．Tcl/Tkで書かれており，Mac OSXを含むUNIXやWindowsで利用できる．図はポストスクリプトで保存され，Photoshopなどで画像として利用できる．シアノバクテリアの発現解析の表示に用いている． http://www.molbiol.saitama-u.ac.jp/~naoki/GenoMap/Genomap.html
27 ○佐藤　直樹
埼玉大学理学部
 ソフトウェア SISEQ (software) ゲノム配列などの大型の複数配列データを様々に処理して，加工するためのソフトウェア．Mac OS Xを含むUNIX, Windows，Macintosh (classic)などで利用可能．基本的にはコマンドラインで利用するが，スクリプト，GUIも利用可能． http://www.molbiol.saitama-u.ac.jp/~naoki/Siseq.html
28 ○皿井　明倫
九州工業大学
 データベース 3DinSight 生体分子の構造、機能と物性に関するデータを統合するためのバックボーンデータベース。 http://dna01.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/3dinsight/3DinSight.html
29 ○皿井　明倫
九州工業大学
 データベース 蛋白質熱力学データベース、ProTherm 蛋白質や変異体の安定性に関する種々の熱力学量を文献から集めたデータベース。 http://dna01.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/Protherm/protherm.html
30 ○皿井　明倫
九州工業大学
 データベース 蛋白質・核酸相互作用データベース、ProNIT 蛋白質と核酸の相互作用に関する定量的な実験データを文献から集めたデータベース。 http://dna01.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/pronit/pronit.html
31 ○皿井　明倫
九州工業大学
 データベース 蛋白質・核酸複合体構造データベース 蛋白質と核酸の複合体構造を集めたデータベースで、認識モチーフや構造型にしたがって分類してある。 http://dna01.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/3dinsight/complexdb.html
32 ○皿井　明倫
九州工業大学
 データベース アミノ酸・塩基相互作用データベース アミノ酸と塩基の特異的相互作用を検索するためのデータベースで、蛋白質・核酸複合体に含まれる特異的相互作用を３次元構造にマップした形で見ることができる。 http://dna01.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/3dinsight/distance.html
33 ○皿井　明倫
九州工業大学
 データベース 生体分子・リガンド相互作用データベース、ProLINT 生体分子とリガンドの相互作用に関する定量的な実験データを文献から集めたデータベース。 http://dna01.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/prolint/prolint.html
34 ○嶋田　透
東京大学 大学院 農学生命科学研究科 生産・環境生物学専攻 昆虫遺伝研究室
 データベース SilkBase カイコ Bombyx mori（鱗翅目カイコガ科の昆虫）のESTデータベース。 今のところ約30,000個のcDNAの5'端塩基配列が登録されている。 三田和英博士（農業生物資源研）ほかとの共同研究により作成した。 http://www.ab.a.u-tokyo.ac.jp/silkbase/
35 ○清水　俊夫
弘前大学理工学部 電子情報システム工学科 認知情報システム学講座
 データベース TMPDB 収集した膜貫通トポロジーに関する文献 (1074論文) から、X線結晶構造回折、NMR、遺伝子融合などの実験によって決定された、信頼度の高い302の膜貫通トポロジーモデルを抽出し、それらをSWISS-PROTなどのデータベースと結びつけることによって、膜貫通トポロジーデータベース (TMPDB) として構築した。その内訳は、αヘリックス型が276、βストランド型が17、(αヘリックス＋膜埋没ループ構造) 型が9モデルである。TMPDBは膜貫通トポロジー予測法開発や、既存の予測法の改良のためのトレーニングあるいはテストデータセットとして有用である。 http://bioinfo.si.hirosaki-u.ac.jp/~TMPDB/
36 ○清水　俊夫
弘前大学理工学部 電子情報システム工学科 認知情報システム学講座
 ソフトウェア ConPred これまでに提案されている10種類のTMトポロジー予測法 (KKD、TMpred、TopPred II、DAS、TMAP、MEMSAT 2、SOSUI、PRED-TMR2、TMHMM 2.0、HMMTOP 2.0) の中から、データセット (我々が文献から収集した実験的根拠に基づくTMトポロジーデータ (TMPDB) 中のnon-redundantな原核生物種138、真核生物種93配列) に対して最高精度を与える予測法の組み合わせ (コンセンサス法, ConPred) を見いだした。ConPredの予測精度は、[TMセグメント本数＋位置] に関しては76.8% (原核)、69.9% (真核)、[TMセグメント本数＋位置＋膜貫通方向] に関しては71.0% (原核)、55.9% (真核) であり、10予測法のうちで最も高いものと比べて、約5〜10%高くなっている。 http://bioinfo.si.hirosaki-u.ac.jp/~ConPred/
37 ○関　原明
理化学研究所 植物分子生物学研究室
 データベース 理研GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ 広報用サイトマイクロアレイデータベース 本研究で発表したマイクロアレイ関連の論文に用いた発現データに関するSupplemental Tableを公開している。 http://pfgweb.gsc.riken.go.jp/projects/microarray_j.html
38 ○関　原明
理化学研究所 植物分子生物学研究室
 データベース 理研GSC 植物ゲノム機能情報研究グループ データサイトRARGE (RIKEN Arabidopsis Genome Encyclopedia)のマイクロアレイデータベース 本研究で発表したマイクロアレイ関連の論文に用いたマイクロアレイ発現データを公開している。 http://rarge.gsc.riken.go.jp/microarray/microarray.pl
39 ○辻井　潤一
東京大学大学院情報学環
 　 GENIAコーパス MEDLINEアブストラクト2,000件中に出現する専門用語にGENIAオントロジーに基づく意味タグと品詞情報のタグを付与したタグ付きコーパス http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/GENIA/
40 ○冨田　勝
慶應義塾大学　環境情報学部
 ソフトウェア E-CELL E-CELLシステムは細胞のモデリングやシミュレーションのためのオブジェクト指向のソフトウエアです。システムの詳細やソフトウエアのダウンロードは以下のURLを参照してください。 http://www.e-cell.org/
41 ○中井　謙太
東京大学医科学研究所
○菅野　純夫
東京大学医科学研究所
 データベース DBTSS ヒトをはじめとする各種の生物種の遺伝子における転写開始点とその上流の転写制御配列に関するデータベース。最新バージョンでは、ヒトとマウスのプロモーター比較機能なども備えている。 http://dbtss.hgc.jp/
42 ○中井　謙太
東京大学医科学研究所
○小笠原　直毅
奈良先端科学技術大学院大学
 データベース DBTBS 枯草菌の転写因子の認識配列を転写因子とプロモーター別にそれぞれ整理したデータベース。最新バージョンでは、転写因子とその認識エレメントが真正細菌においてどの程度保存されているのかも表示する。 http://dbtbs.hgc.jp/
43 ○中井　謙太
東京大学医科学研究所
 ソフトウェア Melina 数本の DNA 配列に共通に含まれる転写因子の認識配列候補の発見を支援するソフトウェアツール。複数の既存のアルゴリズムの結果を比較表示したり、ひとつのアルゴリズムをパラメータ設定をふって実行する。 http://melina.hgc.jp/
44 ○成富　研二
琉球大学大学院医学研究科 医学部 医科遺伝学分野
 データベース 日本人遺伝性疾患家系データベース 国内の医学会抄録集から、家系・家族・遺伝をキーワードに収集したデータベース。 http://odds.tokyo-med.ac.jp/
Passwordは Naritomi2003を暫定的に使用
45 ○成富　研二
琉球大学大学院医学研究科 医学部 医科遺伝学分野
 データベース 琉球大学遺伝性疾患データベース第9版 遺伝子が関与する疾患を奇形症候群を中心にまとめたデータベース。 http://odds.tokyo-med.ac.jp/
Passwordは Naritomi2003を暫定的に使用
46 ○西川　建
国立遺伝学研究所生命情報 DDBJ 研究センター
 データベース GTOP データベース ゲノムにコードされた全アミノ酸配列を対象として、タンパク質レベルでの各種コンピュータ解析を行い、その結果をGTOP（Genome TO Protein structures and functions）データベースとして公開している。解析の中心はPSI-BLASTによるタンパク質の立体構造予測であるが、その他に配列ホモロジー、機能モチーフ検索、膜貫通ヘリックス／シグナル配列予測、繰返し配列の検索などの自動解析も併せて行っている。GTOPでは個別のタンパク質ごとに解析結果をカラーバーで表示し、またプラグインツールを用いて予測された立体構造が見える。　2003年9月現在、公開中の生物種は真正細菌106種、古細菌16種、真核生物15種、合計で137種にのぼる。 http://spock.genes.nig.ac.jp/~genome/gtop.html
47 ○仁田坂　英二
九州大学 大学院理学研究院 生物科学部門 染色体機能学研究室
 データベース アサガオホームページ 日本独自のモデル植物であるアサガオ（Ipomoea nil）の突然変異系統情報や、突然変異遺伝子のリスト、連鎖地図などの情報を集めたデータベース。 http://mg.biology.kyushu-u.ac.jp/
48 ○林　茂生
理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター
 データベース GETDB - Gal4 Enhancer Trap Insertion Database - ショウジョウバエにおいてGal4-UAS法に基づくエンハンサートラップ系統をNPコンソーシアムとして約４６００の挿入系統を作成し、それらのすべてについてエンハンサー活性を胚および幼虫において検定した。また挿入位置をゲノム配列状にマップして遺伝子との対応関係を２１５７カ所の独立したサイトについて明らかにした。本データベースはGal4エンハンサートラップ系統の挿入位置とエンハンサー活性のパターンをまとめたデータベースとして公開されている。系統については国立遺伝学研究所と京都工芸繊維大学ショウジョウバエ遺伝資源センターにおいて維持、配布されている。 http://flymap.lab.nig.ac.jp/~dclust/getdb.html
49 ○廣瀬　通孝
東京大学先端科学技術研究センター 情報システム大部門生命知能システム分野
 ソフトウェア VEGAS(Virtual Environment for Genome Analysis and Simulation) バーチャルリアリティ技術，主に没入型多面ディスプレイなどを利用して，ゲノム情報解析やシミュレーションを仮想空間内で行うことが可能なソフトウェア http://www.cyber.rcast.u-tokyo.ac.jp/genome/
50 ○福田　賢一郎
(独)産業技術総合研究所（AIST） 生命情報科学研究センター（CBRC）
 　 ＰＮＡＤ タンパク質名略語辞書 http://pnad.ontology.ims.u-tokyo.ac.jp/search/php/search.php
51 ○藤田　知道
岡崎国立共同研究機構 基礎生物学研究所
 データベース PHYSCObase 最近注目のモデル植物ヒメツリガネゴケについての説明、モデル実験植物としての利用法、プロトコール集、完全長cDNAおよびESTクローンの塩基配列、配列解析結果、および類似性検索等が可能となっている。 http://moss.nibb.ac.jp/
52 ○藤田　信之
国立遺伝学研究所分子遺伝研究系
 データベース Microbial Genome Workbench ゲノム配列が公開されているバクテリアおよび古細菌を対象として、遺伝子の検索や各種解析を行なうためのツールである。特にゲノム内、ゲノム間で各種の比較を行なうことに重点を置いた。2003年9月現在、122株のバクテリア、16株の古細菌のデータを含んでいる。 http://www.bioscinet.org/mgw/
http://comtraf.lab.nig.ac.jp/mgw/
53 ○藤原　滋樹
高知大学 理学部
 データベース カタユウレイボヤ EST プロジェクトホームページ 京都大学・佐藤矩行教授を中心とするカタユウレイボヤゲノムプロジェクトコンソーシアムが　　協力して行った EST 解析（BLAST による相同性検索の結果）と網羅的 in situ 解析の結果（写真）を載せたデータベース。クローン番号、発現パターンなどでの検索ができる他、塩基配列やアミノ酸配列でBLAST 検索もできるようになっている。 http://ghost.zool.kyoto-u.ac.jp/index.html
54 ○藤原　滋樹
高知大学 理学部物質科学科
 データベース Microarray analysis of embryonic retinoic acid target genes in the ascidian Ciona intestinalis カタユウレイボヤ EST 解析に用いた卵割期・尾芽胚・幼生のライブラリーから、重複のない 9287 クローンの cDNA を載せたマイクロアレイを作製した。このアレイを用いて、ホヤ胚におけるレチノイン酸標的遺伝子のスクリーニングを行い多くの新規遺伝子を含む 100 以上の標的遺伝子候補を同定し、それら全てについて in situ による発現解析を行った。 《注釈》データベースとして登録はしていませんが、マイクロアレイの論文（登録番号307181713）の生データを、WEB サイトに upload してあります。これをデータベースと呼べるのかどうかはわかりませんが、9287 遺伝子のマイクロアレイのデータを整理した結果を EXCEL の表にまとめてあり、それらのうち約 100 の遺伝子の in situ データ（顕微鏡写真）をそこから リンクさせています。　　　 http://www.cc.kochi-u.ac.jp/~tatataa/RA/RA-targets.html
55 ○坊農　秀雅
埼玉医科大学ゲノム医学研究センター ゲノム科学部門
 データベース READ (Riken Expression Array Database) so http://READ.gsc.riken.go.jp/ 　　　　　　　　　　　
http://READ.gsc.riken.go.jp/fantom2/
56 ○堀本　勝久
東京大学医科学研究所 ヒトゲノム解析センター
 ソフトウェア ASIAN 類似な属性からなる冗長なデータについて、それらを自動的に分類し、グラフィカル・ガウシアン・モデリングを適用することで、分類されたクラスター間の関連（ネットワーク）を推定する。特に、遺伝子発現プロファイル解析での有用性は実証済みである。 http://eureka.ims.u-tokyo.ac.jp/asian/
57 ○真壁　和裕
京都大学大学院理学研究科
 データベース MAGEST 脊索動物尾索類であるマボヤのESTデータベース。 cDNA両端の塩基配列とそれを用いたblast検索の結果に加えて、ホールマウント in situ ハイブリダイゼーションによる初期発生過程での時空間的発現プロファイルを記載し、塩基配列・アミノ酸配列・ホモロジー検索結果内のキーワード・発現様式などを手がかりに目的の遺伝子を検索することができる。 http://www.genome.ad.jp/magest/
58 ○美宅　成樹
名古屋大学大学院工学研究科
 ソフトウェア SOSUIsignal 任意のアミノ酸配列からシグナルペプチドを予測するシステム。アミノ末端に近い疎水性セグメントでシグナルペプチドに特徴的なアミノ酸組成を持つセグメントにより、高速高精度の予測が可能となった。 http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/sosuisignal/
59 ○森下　真一
東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻
 　 GenomeSURF ヒトゲノム中の短い配列の出現頻度を表示。プライマやオリゴマ用の設計に有用。 http://surf.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
60 ○森下　真一
東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻
 　 Gene Resource Locator ヒトおよびマウスのゲノムへ遺伝子, SNP等を写像した結果を表示。 独自のアラインメント・ソフトウエアによりユーザが入力した塩基配列も写像。 http://grl.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
61 ○森下　真一
東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻
 データベース The Saccharomyces Cerevisiae Morphological Database 出芽酵母の遺伝子破壊株（EUROSCARF）の顕微鏡画像をイメージ処理し、形態に関する様々な定量的パラメータを抽出。２００１年末よりデータ収集を開始し、２００４年８月に約５０００個の非必須遺伝子破壊株、約１８０万細胞の形態パラメータの計測を完了。 http://yeast.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
62 ○矢田　哲士
東京大学医科学研究所
 ソフトウェア DIGIT 複数のab initio遺伝子発見プログラムを組み合せることで、ヒトゲノムから高精度に遺伝子を発見するプログラム http://digit.gsc.riken.go.jp/
63 ○矢田　哲士
東京大学医科学研究所
 データベース HAL 信頼性の高い遺伝子発見プログラム群を利用して作成されたヒトゲノムの網羅的で体系的なアノテーション・データベース http://hal.hgc.jp/
64 ○由良　敬
日本原子力研究所計算科学技術推進センター 量子生命情報解析グループ
 データベース DeinoBase ＤＮＡ修復関連タンパク質の研究において、一番よい研究対象は、修復機能に優れているDeinococcus radioduransである。この微生物の全ゲノムはすでに決定されているが、修復機構が優れている理由はわかっていない。そこで、ＤＮＡ修復関連タンパク質研究の基礎としてDeinococcus radioduransゲノムのコンピュータ解析結果をデータベース化し公開する。 http://yayoi.apr.jaeri.go.jp/php/DeinoBase/index.php
65 ○輪湖　博
早稲田大学社会科学部
 データベース ProMode タンパク質立体構造の基準振動解析データベース http://promode.socs.waseda.ac.jp
66 ○渡辺　純一
東京大学医科学研究所 基礎医科学研究部門
 データベース FULL-malaria 熱帯熱マラリア原虫の全長cDNAのデータベース マラリアの原因となる熱帯熱マラリア原虫から作成した全長cDNA libraryのクローンの５'端ワンパス塩基配列と、ゲノム塩基配列の比較のためのデータベース。今年度、比較生物学的解析を目的として、熱帯熱マラリア原虫の遺伝子とネズミマラリア原虫ゲノムのドラフト塩基配列とをアミノ酸レベルで比較し、さらに、ネズミマラリア原虫の全長cDNA librayクローンの塩基配列をゲノム上にマップした。 http://fullmal.ims.u-tokyo.ac.jp
82 ○黒森　崇
理化学研究所ゲノム科学総合研究センター
 データベース RARGE, トランスポゾン挿入変異体データベース 理研GSC植物ゲノム機能情報研究グループが作製してきました、シロイヌナズナのトランスポゾン挿入変異体約12,000ラインの挿入位置情報や近傍遺伝子についてWEB上で検索できます。 http://rarge.gsc.riken.go.jp/dsmutant/index.pl
83 ○黒森　崇
理化学研究所ゲノム科学総合研究センター
 データベース PFGWEB, トランスポゾン挿入変異体データベース 理研GSC植物ゲノム機能情報研究グループが作製してきました、シロイヌナズナのトランスポゾン挿入変異体約12,000ラインの挿入位置情報や近傍遺伝子についてFileMaker Pro5 ファイルで公開しています。 http://pfgweb.gsc.riken.go.jp/projects/acds_j.html
84 ○加藤　菊也
奈良先端科学技術大学院大学
 データベース Brain Gene Expression Database (BGED) アダプター付加競合PCR法で測定したマウス脳の遺伝子発現プロファイルデータベース。小脳や海馬歯状回の発達過程、虚血の急性期、向精神薬投与などの発現データを収録している。遺伝子名やGenBank, RefSeqなどのID番号による検索だけでなく、gene ontology termやSwissProtのFunctional annotationで機能グループに属する遺伝子を検索することができる。 http://love2.aist-nara.ac.jp/BGED
http://www3.oup.co.uk/nar/database/summary/417
Nucleic Acids Research 2004 Database IssueのMolecular Biology Database Collection に収録されている。
85 ○加藤　菊也
奈良先端科学技術大学院大学
 データベース Cancer Gene Expression Database (CGED) アダプター付加競合PCR法で測定したヒト癌組織の遺伝子発現プロファイルデータベース。大阪大学の外科との共同研究により、各固形癌１００症例以上解析を行っている。遺伝子発現データだけではなく、予後、遠隔転移などの臨床データが付随している。遺伝子名やGenBank, RefSeqなどのID番号による検索だけでなく、gene ontology termやSwissProtのFunctional annotationで機能グループに属する遺伝子を検索することができる。また、発現パターンの類似性による検索機能やソート機能も備えている。 http://love2.aist-nara.ac.jp
http://www3.oup.co.uk/nar/database/summary/431
本データベースはNucleic Acids Research 2004 Database IssueのMolecular Biology Database Collection に収録されている。
86 ○皿井　明倫
九州工業大学情報工学部
○Kochetov　Alex

 データベース TRSIG（翻訳シグナルデータベース） 遺伝子発現は転写だけでなく、翻訳のレベルでも制御されている。そこで、mRNAの翻訳レベルでのシグナル配列と機能活性データを集めたデータベースを開発している。現在は、植物のさまざまなストレス応答シグナルに関するデータを収集している。植物の分子生物、遺伝子工学、創薬などに有用。 http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/trsig/trsig.html
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trsig/trsig.html
87 ○皿井　明倫
九州工業大学情報工学部
○Ahmad　Shandar
九州工業大学情報工学部
○Gromiha　Michael
CBRC
 ソフトウェア RVP-Net 蛋白質の露出表面の予測は構造や機能にとって有益な情報となる。このツールは、蛋白質のアミノ酸組成、配列、構造情報に基づきニューラルネットを用いて蛋白質の溶媒接触表面積の値を予測する。 http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/shandar/netasa/rvp-net/
88 ○皿井　明倫
九州工業大学情報工学部
○Ahmad　Shandar
九州工業大学情報工学部
 ソフトウェア DBS-Pred このツールは、蛋白質のアミノ酸組成、配列、構造情報に基づきニューラルネットを用いて蛋白質のDNA結合部位及びDNA結合能を予測する。 http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/shandar/netasa/dbs-pred/
89 ○皿井　明倫
九州工業大学情報工学部
○Ahmad　Shandar
九州工業大学情報工学部
○Gromiha　Michael
CBRC
 ソフトウェア ASA-View 蛋白質の溶媒接触表面積をグラフィカルに表示するツール。 http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/~shandar/netasa/asaview/
90 ○皿井　明倫
九州工業大学情報工学部
○水野　英明
中外製薬
○田仲　可昌
筑波大学生物科学系
○中井　謙太
東京大学医科学研究所
 ソフトウェア ORI-GENE 進化系統樹からGUIを用いて遺伝子の分類や機能予測を行うツール。Macintoshのみに対応。 （URL変更） http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/ORI-GENE3/
91 ○森下　真一
東京大学大学院　新領域創成科学研究科
○山田　智之
東京大学大学院　新領域創成科学研究科
○土井　晃一郎
東京大学大学院　新領域創成科学研究科
 ソフトウェア ALPS 高速で少ないメモリで動作する EST配列 をゲノムにアラインメントするソフトウエア ALPS is a fast local-alignment program to align the bulk of nucleotide sequences such as whole RefSeq sequences onto large genomic sequences. The main features of the ALPS are : 1) fast alignment speed 2) small memory requirement 3) high sensitivity. http://alps.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
92 ○福田　賢一郎
産業技術総合研究所生命情報科学研究センター
○高木　利久
東大新領域
 ソフトウェア GEST 文献中に記述される細胞機能の分子機序に関する知識の電子化が急務となっている。このような複雑な構造を持った知識を電子化するためのパスウェイエディタを開発した。従来のパスウェイエディタが単純なグラフ構造のみをサポートしているため、文献知識をそのまま電子化するには不十分であったが、複合グラフ対応にすることで階層的に構造を柔軟に記述できるようになった。 http://www.ontology.jp/GEST/
93 ○森下　真一
東京大学
○西郷　薫
東京大学
 データベース siDirect siDirect は、ヒトおよびマウスの遺伝子配列を受け取ると、程・西郷らが提案する効 く配列ガイドラインを満たし、かつ標的以外のオフターゲット配列へのクロスリアク トを防止したsiRNA配列を短時間で計算するウェブサーバーです。 siDirectは、設計する配列（19塩基）とオフターゲット配列との間に必ず３個以上の ミスマッチが存在することを保証し、クロスリアクトを防止します。19塩基の短い配 列に対して、ミスマッチが3個ある類似配列をBLAST で検索すると見落しが多いことが 知られています。これは最低7塩基以上の連続マッチを頼りに検索するBLASTの限界で もありました。siDirectでは独自のアルゴリズムにより、平均6ミリ秒でsiRNA配列の クロスリアクト検査をもれなく実行します。 siDirect は、東京大学　西郷研究室、程研究室、森下研究室の共同研究開発の成果で す。どうぞご利用ください。またご意見を頂ければ幸いです。 http://design.rnai.jp/
94 ○松野　浩嗣
山口大学理学部
 データベース Genomic Object Net Pathway Database ハイブリッド関数ペトリネットを用いてこれまでに作成した生命パスウエイを掲載している．これらのパスウエイをダウンロードしてシミュレーションシステムGenomic Object Netで実行することができる．また，一部のパスウエイにはその詳しい説明がついている．このほか，これまでに公表した論文や総説のリストや，これら我々の出版物を引用している論文などのリストも掲載している． http://genome.ib.sci.yamaguchi-u.ac.jp/~gon/
95 ○森下　真一
東京大学
 データベース 5'SAGE 東大医学部松島研究室の橋本真一先生が収集中の 5'-end SAGE tag がヒトゲノム上でどの位置に出現し、出現回数が何回あり、周辺にどのような遺伝子がエンコードされているかを、わかりやすく表示する web server です。是非使ってください！ http://5sage.gi.k.u-tokyo.ac.jp/
96 ○佐藤　賢二
北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科
 ソフトウェア OBIEnv バイオインフォマティクスのためのグリッドコンピューティングソフトウェア。利用者の要求に応じて、大量のタスクを分散処理する。ネットワークやノードの障害に強い。計算結果はＲＤＢに格納される。LinuxとSolarisで動作する（他のUnix系OSにも対応予定）。データベース更新機能もある。Globus Toolkitを基本通信ソフトとして開発されたが、sshやrshにも対応しているので、研究室内の小規模クラスタコンピューティングにも有用。 https://access.obigrid.org/jaist/obienv/
http://big.gsc.riken.jp/big/LSGRID2004/LSGRID2004ken.pdf
97 ○森下　真一
東京大学
○小原　雄治
国立遺伝学研究所
○武田　洋幸
東京大学
 データベース UT Genome Browser (Medaka) メダカゲノムのドラフト配列の公開 機械的なアノテーション（EST, 遺伝子予測, 他種との比較ゲノム） オンラインで遺伝子配列をゲノムへアラインメントする機能 研究分担 ショットガン・シークエンシング　小原研究室 ゲノムアセンブリ　ゲノムブラウザー　森下研究室 リソース、SNP・EST マッピング　武田研究室 http://medaka.utgenome.org/
98 ○加藤　晃一
名古屋市立大学大学院薬学研究科
 データベース GALAXY GALAXYはN型糖鎖の構造解析を支援するWEBアプリケーションである。多次元HPLCマップ上でのN型糖鎖の位置、マススペクトロメトリーによって得られる分子量の情報、酵素消化に伴う変化をグラフィカルに表示し、糖鎖構造の解析を支援する。また、これまでに蓄積した糖鎖データに基づいて未同定の糖鎖のマップ上での位置を予測することも可能である。 http://www.glycoanalysis.info/
99 ○倉田　博之
九州工業大学
 ソフトウェア CADLIVE 生命分子ネットワークの全容を理解することを目指して、ポストゲノム技術が進展し、システム生物学の研究成果が期待されている。膨大な反応データの集積することによって、ネットワーク全体を構築し、システム解析することによって、生命を理解することが求められている。我々は、ポストゲノムデータを含む膨大なネットワークに関わる情報を効率的に統合することによって、大規模な生命分子ネットワークを構築し、解析するための統合的情報システムを開発した。本システムの応用として、有用微生物の代謝・遺伝子制御ネットワークの設計や、ドラッグターゲットをシミュレーションによって予測することが挙げられる。 　CADLIVEは、生命分子ネットワーク構築機能、ネットワークのトポロジカルな解析機能、ダイナミックシミュレーションとシステム解析機能を備えている。ネットワーク構築機能においては、生命分子ネットワークを制御反応モデルに基づいて、効率的に記述、描画する。あるいは、データベース中のさまざまな生命分子ネットワークデータを取り込み、自動的にレイアウトを行う。トポロジカルな解析は、遺伝子のVIRTUAL　KNOCKOUTと経路探索手法を組み合わせて、遺伝子機能の推定を行う。ダイナミックシミュレーションでは、CADLIVEの制御反応モデルを数学モデルに自動的に変換し、シミュレーションを行う。感度・安定性解析を含むシステム解析を行うことができる。これまでに、細胞周期ネットワークにおいて、新規経路の予測や、ストレス応答システムにおいて、ダイナミックシミュレーションを行っている。 　CADLIVEのデータフォーマットは、Systems Biology Markup Language (SBML)に基づいて構築されているので、汎用性が高い。Systems Biology Workbench (SBW)に含まれる多数のアプリケーション等と連動させることができる。 http://kurata01.bse.kyutech.ac.jp/TEST/Life/index.html
http://www.bio.kyutech.ac.jp/~kurata/index.html
シミュレータ部分が論文投稿中であり、正式な公開は、論文公表後になる。
100 ○川端　猛
奈良先端科学技術大学院大学
○植原　克典
奈良先端科学技術大学院大学
○郷　信広
日本原子力研究所
 ソフトウェア PsiSec PsiSecは２次構造予測の一致度の情報を使って、PSI-BLASTの 相同性を発見する感度を上昇させるサーバである。ユーザーが クエリ配列を投げると、サーバはプロフィールを作成と 同時に２次構造予測を行い、最新のPDBの配列に対して PSI-BLASTを実行したあと、その２次構造の一致度を計算し、 E-valueと２次構造のジョイントスコアを用いることで より高い感度を得る。 http://biunit.naist.jp/psisec/index.html
102 ○武田　洋幸
東京大学大学院理学系研究科
 データベース Medaka EST database 当研究室で収集したESTデータ、迅速変異マッピングシステム M-marker 2003、オリゴチップ Medaka Microarray 8Kに関する情報を提供している。 http://medaka.lab.nig.ac.jp/
103 ○那波　宏之
新潟大学脳研究所
○高橋　均
新潟大学脳研究所
○柿田　明美
新潟大学脳研究所
○入谷　修司
都立松沢病院（現；名古屋大学大学院医学研究科）
○染矢　俊幸
新潟大学医歯学系大学院
 データベース 統合失調症の脳内遺伝子発現プロファイル 統合失調症（精神分裂病）は、人口の約0.8％が青年期に発症する難病で決定的な治療薬は今だなく、その病歴も長期にわたるため社会的損失は計り知れない病気である。 統合失調症の原因遺伝子の染色体マッピング、及びその同定が現在盛んに繰り広げられている。いくつかの候補遺伝子領域は報告されているが、確定的なものではなく研究者によってその結論は分かれる。このような状況のもとに、感度の高い放射活性を利用したＤＮＡアレイを利用して、統合失調症の脳３領域における病態遺伝子プロファイルを取得し、約２−３０００個の主要な既知遺伝子ｍＲＮＡの発現変化率とその個人差を解析したので、ここにデーターベースとして公表する。これら遺伝子変動情報（分子プロファイル）を公開することにより、当該領域での各病態の分子レベルでの理解や診断、創薬に役立ち、当該精神疾患のゲノム多型解析（SNP）の標的遺伝子に関する情報も与えることを期待したい。 >クローンテック社のＤＮＡマクロアレイ、3種を使って、既知遺伝子２−３０００に対するＲＮＡプロファイリングを患者群（６例）と非精神疾患群（６例）で比較検討している。 検討した脳部位は次の３部位 Ａ１；前頭前野（４６野） Ａ２；線条体 Ａ３；帯状回 ２）テーブルは５種類の方法で、各組織で情報をソーテイングしてある。 −１；ｍＲＮＡレベル平均値の変化率（昇順） −２；ｍＲＮＡレベル平均値の変化率（降順） −３；平均値の差の統計有意差検定（Student t-test; t-検定）の確率 −４；遺伝子の機能タグ名順ＡＢＣ（タグ名リスト；下記参照） −５；遺伝子名ＡＢＣ順 http://brain.bri.niigata-u.ac.jp/~molecular/db_A.html
http://brain.bri.niigata-u.ac.jp/~molecular/db_A4.html
104 ○坊農　秀雅
埼玉医科大学ゲノム医学研究センター
 データベース SayaMatcher SayaMatcher（狭山茶）とは転写因子予測結合領域解析パイプラインです。指定した転写因子結合配列(TFBS; Transcription Factor Binding Site)がゲノム上のどこにあるか一気に検索し、EnsemblやUCSC Genome Browserといったゲノムブラウザ上にマッピングします。現在、埼玉医科大学ゲノム医学研究センターで活発に研究が進められている核内受容体に関して、 フリーな転写因子結合サイトデータベースJaspar に登録されている8種類の核内受容体結合配列の位置特異的スコア行列(PSSM; Position Specific Score Matrix)を用いて SayaMatcher で解析した結果に加えて、ER（エストロゲン受容体）やVDR（ビタミンD受容体）の結合コンセンサス配列と一致したゲノム上の位置情報を公開 DAS(Distributed Annotation System) サーバー上に SayaMatcherを用いた解析の例として載せております。 Ensembl などの DAS クライアントでカスタムの DAS サーバーを指定する際にはURL2のURLを指定してください。 http://genome.saitama-med.ac.jp/SayaMatcher/
http://genome.saitama-med.ac.jp/cgi-bin/das
105 ○堀川　幸男
群馬大学生体調節研究所　岐阜大学医学部附属病院　
○武田　純
群馬大学生体調節研究所　岐阜大学大学院医学系研究科内分泌代謝病態学
 データベース ヒト膵島発現遺伝子 軽度インスリン分泌能を有する膵島腫瘍プールから網羅的獲得された発現遺伝子を機能別に分類したリストである。 http://imcr.showa.gunma-u.ac.jp/lab/genetics/isletDB.xls.zip
106 ○堀川　幸男
群馬大学生体調節研究所　岐阜大学医学部附属病院　
○武田　純
群馬大学生体調節研究所　岐阜大学大学院医学系研究科内分泌代謝病態学
 データベース ラット海馬の発現遺伝子リスト ストレス制御最上位にあるラット海馬から網羅的に発現遺伝子を獲得し、機能分類した遺伝子リストである。 http://imcr.showa.gunma-u.ac.jp/lab/genetics/RHippocampus.zip
107 ○武田　洋幸
東京大学大学院理学系研究科
 データベース Medaka EST Database メダカEST、迅速マッピングシステムM-marker、medaka microarray 8Kの全データを公開 http://medaka.lab.nig.ac.jp/
108 ○相垣　敏郎
首都大学東京
 データベース DROSOPHILA GENE SEARCH PROJECT (DGSP)データベース GSベクター挿入系統のマップ情報、挿入サイトのゲノム配 列、近傍の遺伝子、強制発現される遺伝子、特定のGAL4を使って強制発現を誘導した時に生じる表現型情報が登録さ れている。GS系統番号、遺伝子名、あるいは染色体領域名で検索することができる。 http://gsdb.biol.metro-u.ac.jp/%7Edclust/
109 ○辻井　潤一
東京大学情報学環
 データベース GENIA専門用語コーパス MEDLINEデータベースからhuman（ヒト）， transcription factors（転写因子）， blood cells（血球細胞）の3つをキーワードとして検索された結果のアブストラクト群2000件について物質とその所在（ソース）の名の位置を同定するとともに，各々の用語についてタンパク質名・細胞名などのクラス分けを与えたコーパス． http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/GENIA/topics/Corpus/
110 ○辻井　潤一
東京大学情報学環
 データベース GENIA品詞コーパス MEDLINEアブストラクト群2000件（GENIA専門用語コーパスと同一セット）について品詞情報を与えたコーパス． http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/GENIA/topics/Corpus/pos3.02p.html
111 ○辻井　潤一
東京大学情報学環
 データベース MEDLINE自動構文解析サンプルデータ MEDLINE上のアブストラクトの一部（100,000件）を構文解析し，統語構造をXML形式で自動付与したデータ． http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/GENIA/topics/Parser/parsedMEDLINE.html
112 ○辻井　潤一
東京大学情報学環
 ソフトウェア TIMS 同一のテキストに付与された複数のXMLタグを管理するシステム．このシステムでは，複数のDTDによるXMLタグの範囲の重なり，差分を検索することができる． http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/GENIA/topics/TIMS/
113 ○辻井　潤一
東京大学情報学環
 ソフトウェア GENIA Tagger GENIAコーパスを用いて訓練を行い，ゲノム分野に適合させた品詞タガー http://www-tsujii.is.s.u-tokyo.ac.jp/GENIA/tagger/
114 ○中井　謙太
東京大学医科学研究所
○宮野　悟
東京大学医科学研究所
○坂内　英夫
東京大学医科学研究所
○丸山　修
東京大学医科学研究所
 ソフトウェア iPSORT 真核生物（植物、非植物）のアミノ酸配列 N 末端に存在する３つの局在化シグナル（シグナルペプチド、ミトコンドリア移行シグナル、葉緑体移行シグナル）の存在を予測する。 http://hc.ims.u-tokyo.ac.jp/iPSORT/



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