研究成果報告書

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情報解析支援班の開発成果一覧

情報解析支援班の開発成果一覧

詳細は上記研究成果報告書の「5.研究成果」の「情報解析支援活動における高度化」の項をご覧ください
名称 概要 開発班員 公開年
○アッセンブル
MetaVelvet メタゲノム対応型アセンブラ 榊原康文 2012
PBSIM Pac Bioシークエンサーのリードシミュレータ 浅井潔 2013
Sprai PacBio用ゲノムアセンブリソフト 笠原雅弘 2013
Xgenovo 454リード専用メタゲノムアセンブラ 榊原康文 2013
Platanus 高ヘテロ接合性に適応可能なゲノムアセンブラ 伊藤武彦 2014
MetaVelvet-SL 学習機能を備えたメタゲノム対応型アセンブラ 榊原康文 2014
GMcloser 高精度ギャップ修復ソフトウェア 中村保一 2015
GMvalue アセンブリ精度評価ソフトウェア 中村保一 2015
○配列解析
Murasaki 多重ゲノム配列比較システム 榊原康文 2010
Raccess アクセサビリティの計算 浅井潔 2011
CentroidHomfold-LAST 相同配列を用いたRNA2次構造予測 浅井潔 2011
GeLAto ゲノムランドスケープ比較 浅井潔 2012
Rchange 塩基置換によるエネルギー変化 浅井潔 2012
DAFS 機能性RNA配列アライメントプログラム 榊原康文 2012
hegma 大規模配列データ(〜Gb)からのモチーフ発見 矢田哲士 2012
TRhist NGSリードからのタンデムリピート伸長発見ソフトウェア 森下真一 2013
RintD 参照RNA構造からの近さに基づく構造確率分布計算 浅井潔 2014
CapR 2次構造確率プロファイルの計算 浅井潔 2014
boostKCP 標準化ユークリッド距離使用のK-means clustering高速化 森下真一 2014
Sharaku ncRNAのRNA-seqリードマッピングプロファイルを分類 榊原康文 2015
MOCCS ChIP-SeqデータからDNA配列モチーフ列挙 岩崎渉 2016
○相同性解析
LAST リードのクオリティ情報を数学的に適切に考慮した確率アラインメント手法 浅井潔 2011
GHOSTM GPUを用いた高速なアミノ酸配列相同性検索ツール 黒川顕 2012
CLAST GPUを用いた高速な塩基配列相同性検索ツール 黒川顕 2014
○可視化
VITCOMIC 系統間の進化的関連性と共に描画するWebアプリ 黒川顕 2010
Samscope 高速なマッピングビューアー 榊原康文 2012
DomSign 配列中に存在するドメインの組み合わせを基に機能未知なタンパク質の機能予測するツール 黒川顕 2015
FuncTree サンプルの機能的特徴の視覚化可能なWebアプリ 黒川顕 2015
○パイプライン
MiGAP 微生物ゲノム自動アノテーションパイプライン 黒川顕 2010
DDBJ pipeline NGSの解析支援パイプライン 中村保一 2011
Mudi WGSによる変異点同定支援WWWツール 中村保一 2013
Rtools RNA配列・2次構造解析関係のツールの統合サーバ 浅井潔 2014
MeGAP メタゲノム解析パイプライン 黒川顕 2014
○環境整備
Local Package Manager(修復中) ソフトウェア環境自動構築ソフト 笠原雅弘 2010
ffton ファイアーウォールを越えた大容量ファイル高速転送ソフト 笠原雅弘 2012
Tiny Cloud Engine 解析パイプライン記述言語 笠原雅弘 2012
○その他
fatt 世界最速FASTA/Qファイル統計ソフト 笠原雅弘 2012
Homeoroq 異質倍数体の発現解析ソフトウエア 瀬々潤 2013
LAMP 組合せ効果の検定手法 瀬々潤 2013
COSMOS 大規模構造変異検出ソフトウエア 瀬々潤 2015
ChIP2LAMP 相乗的に働く転写因子結合部位の検出ソフトウエア 瀬々潤 2015
LAMPLINK 相乗的に働くSNPを検出できるGWASソフトウエア 瀬々潤 2015
CSMinFinder Large K27HMDを検出する区間分割法 森下真一 2015
○データベース
MicrobeDB.jp セマンティックWeb技術利用の微生物統合データベース 黒川顕 2011
MEO 微生物の生息環境に関するオントロジー 黒川顕 2012
Medaka Methylome Browser メダカのメチロームに関するゲノムブラウザ 森下真一 2012
MetaMetaDB メタゲノム・16S rRNAのメタデータベース 岩崎渉 2013
MitoFish 魚類ミトコンドリアゲノムデータベース 岩崎渉 2013
wormtss 線虫C.elegansの転写開始点を大規模に同定した 森下真一 2013