情報解析講習会のご案内
PAGS・DDBJ・DBCLS合同情報解析講習会のご案内
「先進ゲノム支援」（先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム：PAGS）は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。本年度の中級者向け情報解析講習会を、プログラミング言語「Python」を用いたRNA-seqデータの視覚化や多変量解析等のプログラミング実習を中心に、以下の要領で開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報・DDBJセンター(DDBJ)、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が合同で開催いたします。
＜2019年度第1回情報解析講習会＞
- ■日 時：
- 2019年10月9日（水）13：00 ～ 10月11日（金）13：00
- ■会 場：
- 国立遺伝学研究所（DDBJ）静岡県三島市谷田1111
- ■想定スキルレベル：
- 情報解析中級者
- ■募集人員：
- 若手研究者20名程度
- これから自分で実践的にプログラミングをしようと考えている方。
- 基本的なLinuxコマンドは身につけていることを前提とします。
- 応募者多数の場合は、過去に先進ゲノム支援に申請された方を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
- 応募は研究室毎に1名に限定させていただきます。
- 各自のPCを持参ください（memory 4GB以上、空きHDD容量20GB以上あれば、Windows10、Mac、Linuxいずれも可）。
- 講習ではVirtualBoxを利用したLinux (Ubuntu) の仮想環境で操作を行います。
- 事前に必要なソフトウェア (Pythonのモジュール) を各自のPCにインストールしていただく必要があります。
- ■参加費用：
- 無料（旅費等は参加者でご負担下さい。）
■受講者が講習当日までに準備すべき項目
（必要なPythonモジュールについては後日別途アナウンス予定）：
- Win/Mac/Linux共にVirtualBox+Ubuntu上でPython3を動かすことを推奨するため、VirtualBoxとUbuntu (ver. 18以降)を各自のPCにインストール。
Mac/Linuxの場合はVirtualBox+Ubuntuではなく、自己責任でPythonとモジュール群をインストールした環境でもよい。 - Shellスクリプトに自信がない方は過去の「先進ゲノム支援」情報解析講習会のShellスクリプトの資料 (https://www.genome-sci.jp/old2016-2021/bioinformatic#2)を読んでおく。
- Pythonプログラミングの経験が無い方は下記のような入門本を読み、if、for、while文等の制御構文、変数やリスト、モジュールのインポート方法をある程度理解しておくこと。
やさしいPython 高橋麻奈著 SB Creative, 2018
みんなのPython第４版 柴田淳著 SB Creative, 2016 等
■講習会スケジュール（予定）：
【10月9日：1日目】
- 13：00～13：05
- 講習会説明
- 13：05～14：35
- Pythonの基本文法
- 14：45～16：15
- 文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現
- 16：25～17：55
- Jupyter notebook、Biopython
【10月10日：2日目】
- 10：00～11：30
- 表形式ファイルの処理（Pandas）、RNA-seqデータの補正
- 11：40〜13：00
- 視覚化 (matplotlib, seaborn)
- 13：00〜13：50
- 昼食休憩
- 13：50〜15：20
- 統計的仮説検定
- 15：30〜17：00
- 多変量解析1
【10月11日：3日目】
- 10：00～13：00
- 多変量解析2