先進ゲノム支援とは

目的

 ゲノム科学の拡大発展を受け、ゲノム解析技術が生命科学分野だけでなく多くの分野で必須になっていますが、これをさらに発展させるには実験・情報解析の両面での大規模かつ最先端の解析システムの整備と共有が必須です。「先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム(第2期先進ゲノム支援)」は文部科学省科学研究費助成事業の学術変革領域研究『学術研究支援基盤形成』 に2022年から6年間の予定で採択されたものです。本事業では第1期「先進ゲノム支援(2016~2021年度)」を一層発展強化させ、最先端のゲノム解析及び情報解析のシステムを整備し、科研費課題から公募により選定された課題の支援等を通じて我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めます。

支援機能

 図1のように、①総括活動の下に、②大規模配列解析において支援技術6項目(A-F)及び③情報解析における支援技術4項目(A-D)を設定し、それらを縦糸横糸としてそれらを組み合わせた多様かつ高度な実験・情報解析支援ができるようにしました。それぞれの支援機能は以下です。

①総括支援活動
  円滑な支援、異分野交流、データの公開/共有の推進、倫理およびABSの対応
②大規模配列解析拠点ネットワーク支援活動
 ・技術別ゲノム解析支援項目は以下とし、各拠点の特長を活かして分担します。
  A) 新規ゲノム決定の支援と高度化(染色体レベルの配列決定)
  B) 変異解析の支援と高度化(集団内多型、構造変異、体細胞変異、ハプロタイプ等)
  C) 修飾解析の支援と高度化(エピゲノム解析)
  D) RNA 解析の支援と高度化
  E) メタゲノム、環境ゲノム、ホロゲノム解析の支援と高度化
  F) 超高感度解析の支援と高度化(1細胞解析、VISIUM、マルチオミックス解析等) 
③情報解析支援ネットワーク活動
 ・統合情報解析グループと高度情報解析グループを形成し、いずれも②と一体的に以下の技術別支援項目のうち、それぞれA-C)及びD)を分担します。
  A) 基盤的解析パイプラインによる支援と高度化開発
  B) 総合的ゲノムアノテーションの支援と高度化開発
  C) 多層統合ゲノム情報解析技術を駆使した支援と高度化開発
  D) 超高度情報処理技術開発による支援と高度化開発

図1

支援体制

 本事業は学術変革領域研究ではありますが、大学共同利用機関等を中心とする機関の積極的な関与が求められています。そこで、図2のように国立遺伝学研究所を中核機関とし、大規模配列解析拠点ネットワークでは遺伝研と東大新領域を2大拠点とし、九州大学医学研究院とネットワークを形成し支援活動を実施します。情報解析支援ネットワークは、大規模配列解析拠点と一体化して支援を高効率に実施する統合情報解析グループと、超高度な情報処理技術の開発を伴う支援を実施する高度情報解析グループから構成し、支援および技術を高度化します。総括支援活動では、支援課題の公募の受付、審査、倫理審査支援、ABS対応、相談窓口等の活動を行い、円滑な支援活動をサポートします。併せて、異分野交流、データ公開/共有の推進等を行います。また、他のプラットフォームとは連携推進協議会を通じて連携を進めます。

 支援組織としては、表1 に示したように研究支援代表の下、研究支援分担者21名、研究支援協力者10名、総勢32名の班員が全国13の大学・研究機関(部局数は16)から参加し、支援と高度化にあたります。

図2

表1.「先進ゲノム支援」組織(2022年度)

:研究支援代表者、:研究支援分担者、-:研究支援協力者)

①総括支援活動

黒川 顕 国立遺伝学研究所・情報研究系・教授
小原 雄治 国立遺伝学研究所・先端ゲノミクス推進センター・特任教授
菅野 純夫 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・名誉教授
高木 利久 富山国際大学・学長
川嶋 実苗 科学技術振興機構・NBDC事業推進部・研究員

②大規模配列解析拠点ネットワ-ク支援活動

【遺伝研拠点】
豊田 敦 国立遺伝学研究所・ゲノム・進化研究系・特任教授
井ノ上 逸朗 国立遺伝学研究所・ゲノム・進化研究系・教授
【東大新領域拠点】
鈴木 穣 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・教授
【九大拠点】
林 哲也 九州大学・大学院医学研究院・教授
後藤 恭宏 九州大学・大学院医学研究院・助教

③情報解析支援ネットワ-ク活動

・統合情報解析グループ
【遺伝研拠点】
黒川 顕 国立遺伝学研究所・情報研究系・教授
東 光一 国立遺伝学研究所・情報研究系・助教
中村 保一 国立遺伝学研究所・情報研究系・教授
谷澤 靖洋 国立遺伝学研究所・情報研究系・助教
森 宙史 国立遺伝学研究所・情報研究系・准教授
小笠原 理 国立遺伝学研究所・生命情報・DDBJセンター・特任准教授
野口 英樹 情報・システム研究機構・データサイエンス共同利用基盤施設・特任教授
近藤 伸二 情報・システム研究機構・データサイエンス共同利用基盤施設・特任准教授
伊藤 武彦 東京工業大学・生命理工学院・教授
梶谷 嶺 東京工業大学・生命理工学院・助教
高橋 弘喜 千葉大学・真菌医学研究センタ-・准教授
浜田 道昭 早稲田大学・理工学術院・教授
平川 英樹 かずさDNA研究所・植物DNA解析グループ ・主任研究員
【東大拠点】
中谷 明弘 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・特任教授
森下 真一 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・教授
笠原 雅弘 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・准教授
波江野 洋 東京理科大学・生命医科学研究所・准教授
島村 徹平 名古屋大学・大学院医学系研究科・教授
熊谷 雄太郎 産業技術総合研究所・生命工学領域・主任研究員
 
・高度情報解析グループ
浅井 潔 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・教授
岩崎 渉 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・教授
森下 真一 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・教授
笠原 雅弘 東京大学・大学院新領域創成科学研究科・准教授
波江野 洋 東京理科大学・生命医科学研究所・准教授
伊藤 武彦 東京工業大学・生命理工学院・教授
梶谷 嶺 東京工業大学・生命理工学院・助教
山田 拓司 東京工業大学・生命理工学院・准教授
熊谷 雄太郎 産業技術総合研究所・生命工学領域・主任研究員
瀬々 潤 ヒューマノーム研究所・代表取締役社長

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〒411-8540
静岡県三島市谷田1111
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
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「先進ゲノム支援」事務局
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