成果論文一覧
成果発表について（支援依頼者のかたへ）
- 支援を受けた課題に関する論文等の成果を発表された場合は、速やかに支援事務局までご連絡下さい。
プレスリリースをされた場合はURLも併せてご連絡下さい。 - 論文発表に際しては、「先進ゲノム支援」の支援を受けている事を記載して下さい。
Acknowledgementsに以下のように記載下さい。「This work was supported by JSPS KAKENHI Grant Number 16H06279 (PAGS) .」スペースに余裕がない場合は課題番号「16H06279 (PAGS) 」を記載して下さい。
- 旧「ゲノム支援」の成果を発表される際は、旧「ゲノム支援」の課題番号「221S0002」を記載して下さい。
旧「ゲノム支援」と「先進ゲノム支援」の両方の支援を受け区別が難しい場合は、論文には旧「ゲノム支援」の課題番号221S0002、「先進ゲノム支援」の課題番号16H06279の両方の記載をお願いします。 - なお、支援を受けた課題では、支援依頼者に成果報告書の提出を毎年度お願いしています。ご協力をお願い致します。
＜補足事項＞（2019年度公募要項より抜粋）
- 支援担当者の関与の度合いにより、共著者とする共同研究の形や謝辞に記載する形等、必要に応じ事務局も交えて協議の上、適切な対応をお願いします。
- 高度かつチャレンジングな課題については、申請者ならびに研究者コミュニティとの協働作業が必須ですので、基本的に支援担当者との共同研究として進めたいと考えます。
- 本支援活動では情報解析人材育成が特に重要視されています。また情報解析は多大な手間がかかりますので、情報解析支援メンバーによる支援は共同研究の形でお願いします。
プレスリリース一覧
2016年以降、事務局にご報告頂いたプレスリリースを掲載しています。
「先進ゲノム支援」での支援成果論文以外に、旧「ゲノム支援」の成果論文、班員による成果論文も含まれています。
［ゲノム支援成果公開］
栄養に柔軟に適応し成長するシステムの解明
－種間の適応能力の差を生む炭水化物応答機構－
－種間の適応能力の差を生む炭水化物応答機構－
服部佑佳子 生命科学研究科助教、渡辺佳織 同研究員、上村匡 同教授、内山博允 東京農業大学研究員、矢嶋俊介 同教授らの研究グループは、食性の異なるショウジョウバエの近縁種間で、炭水化物応答制御機構の働きや異なる栄養バランスへの適応能力が違うことを明らかにしました。本研究成果は、2019年9月4日に、国際学術誌「Cell Reports」のオンライン版に掲載されました。
京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2019/190904_1.html）
Kaori Watanabe, Yasutetsu Kanaoka, Shoko Mizutani, Hironobu Uchiyama, Shunsuke Yajima, Masayoshi Watada, Tadashi Uemura, Yukako Hattori. Interspecies Comparative Analyses Reveal Distinct Carbohydrate-Responsive Systems among Drosophila Species. Cell Reports, 28(10), 2594-2607.e7. (2019) https://doi.org/10.1016/j.celrep.2019.08.030
［先進ゲノム支援成果公開］
インドネシアの古代湖はメダカの進化のゆりかご
琉球大学の山平寿智教授、松波雅俊助教、木村亮介准教授、九州大学の楠見淳子准教授、龍谷大学の永野惇准教授、および国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授らの共同研究チームは、インドネシアのスラウェシ島の古代湖に生息する３種のメダカが、１つの湖の中で同所的に３種に分化したことを明らかにしました。この研究成果は、進化学の国際学術雑誌「Evolution」誌のオンライン版に掲載され（2019年8月28日）、プレスリリースされました。
琉球大学：（http://www.u-ryukyu.ac.jp/news/8271/）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2019/08/research-highlights_ja/pr20190828.html）
Nobu Sutra, Junko Kusumi, Javier Montenegro, Hirozumi Kobayashi, Shingo Fujimoto, Kawilarang W. A. Masengi, Atsushi J. Nagano, Atsushi Toyoda, Masatoshi Matsunami, Ryosuke Kimura, Kazunori Yamahira, Evidence for sympatric speciation in a Wallacean ancient lake, Evolution (2019) doi:10.1111/evo.13821
［先進ゲノム支援成果公開］
世界初の植物ミトコンドリアのゲノム編集に成功
東北大学大学院農学研究科の風間智彦助教、玉川大学農学部の肥塚信也教授、東京大学大学院農学生命科学研究科の有村慎一准教授らの研究グループは、ゲノム編集技術TALENによって、これまで不可能とされてきた植物のミトコンドリアゲノム（DNA）に存在する遺伝子を壊すことに成功しました。この成果は、Nature Plants誌（2019年7月8日）に掲載され、東京大学、東北大学、玉川大学よりプレスリリースされました。
プレスリリース資料：https://www.genome-sci.jp/wp-content/uploads/2019/07/file20190716.pdf
T. Kazama*, M. Okuno, Y. Watari, S. Yanase, C. Koizuka, Y. Tsuruta, H. Sugaya, A. Toyoda, T. Itoh, N. Tsutsumi, K. Toriyama, N. Koizuka*, S. Arimura* (* Corresponding authors) Curing cytoplasmic male sterility via TALEN-mediated mitochondrial genome editing, Nature Plants. (2019) doi：10.1038/s41477-019-0459-z
［ゲノム支援成果公開］
カイコゲノムの新参照配列を公開
東京大学大学院農学生命科学研究科の川本宗孝博士、勝間進准教授、木内隆史助教、嶋田徹教授、及び農研機構の上樂明也主任研究員、横井翔研究員、山本公子ユニット長は、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、藤山秋佐夫特任教授らと共同で、カイコゲノムの新アセンブリを論文公開しました。新アセンブリは、第３世代シーケンサを駆使して得られたもので、全長460.3 Mb, Contig N50 =12.2 Mb, Scaffold N50=16.8 Mb、残存ギャップ30個と、ほぼ染色体レベルで全ゲノムをカバーしており、16,880個の遺伝子モデルを含んでいます。アセンブリ配列はsilkbase(http://silkbase.ab.a.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/download.cgi)からダウンロード可能で、カイコのみならず昆虫研究の全般に寄与することが期待されます。
Kawamoto M, Jouraku A, Toyoda A, Yokoi K, Minakuchi Y, Katsuma S, Fujiyama A, Kiuchi T, Yamamoto K, Shimada T. High-quality genome assembly of the silkworm, Bombyx mori. Insect Biochem Mol Biol. (2019) doi: 10.1016/j.ibmb.2019.02.002
［先進ゲノム支援成果公開］
裸子植物ソテツの花が発熱するしくみの一端を解明
宮崎大学農学部植物生産環境科学科・稲葉靖子准教授の研究グループは、理化学研究所環境資源科学研究センター・豊岡公徳上級技師、九州大学大学院医学研究院・林哲也教授らの研究グループと共同で、日本の固有種として知られるソテツ（Cycas revoluta）の花の発熱を、世界で初めてサーモグラフィーで捉えることに成功しました。この成果は、世界的な植物科学雑誌の一つであるPlant Physiology誌の2019年6月号（米国東部時間2019年6月3日公開）にオンラインで掲載され、同雑誌の表紙を飾りました。
宮崎大学：（http://www.miyazaki-u.ac.jp/public-relations/20190604_01_press.pdf）
Yasuko Ito-Inaba, Mayuko Sato, Mitsuhiko P. Sato, Yuya Kurayama, Haruna Yamamoto, Mizuki Ohata, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kiminori Toyooka, Takehito Inaba, Alternative oxidase capacity of mitochondria in microsporophylls may function in cycad thermogenesis, Plant Physiology. (2019) https://doi.org/10.1104/pp.19.00150
［先進ゲノム支援成果公開］
海から川や湖へ！魚の淡水進出を支えた鍵遺伝子の発見
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所の石川麻乃助教と北野潤教授らの国際共同研究チームは、進化生物学のモデル生物であるトゲウオを用いて、魚が海から淡水域へ進出する際に鍵となった遺伝子を発見しました。この成果は2019年5月31日（米国東部標準時）に米国科学雑誌「Science」に掲載され、国立遺伝学研究所よりプレスリリースされました。
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20190531.pdf）
Asano Ishikawa, Naoki Kabeya, Koki Ikeya, Ryo Kakioka, Jennifer N. Cech, Naoki Osada, Miguel C. Leal, Jun Inoue, Manabu Kume, Atsushi Toyoda, Ayumi Tezuka, Atsushi J. Nagano, Yo Y. Yamasaki, Yuto Suzuki, Tomoyuki Kokita, Hiroshi Takahashi, Kay Lucek, David Marques, Yusuke Takehana, Kiyoshi Naruse, Seiichi Mori, Oscar Monroig, Nemiah Ladd, Carsten J. Schubert, Blake Matthews, Catherine L. Peichel, Ole Seehausen, Goro Yoshizaki, and Jun Kitano, A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiation in fishes. Science (2019) doi:10.1126/science.aau5656
［班員による成果公開］
両親由来のゲノム配列を個別に決定する新手法
東京工業大学 生命理工学院 生命理工学系の梶谷嶺助教、吉村大大学院生（博士後期課程3年・研究当時）、奥野未来研究員、伊藤武彦教授らの研究チームは、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、小原雄治特任教授、東京大学の窪川かおる特任教授らと共同で、真核生物のゲノム配列決定において、両親由来の配列を区別し、高精度にそれぞれを決定する、新しい情報解析手法の開発に成功しました。本成果は、2019年4月12日付けの「Nature Communications」に掲載され、東京工業大学、国立遺伝学研究所よりプレスリリースされました。
東京工業大学：（https://www.titech.ac.jp/news/2019/044185.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2019/04/research-highlights_ja/pr20190422.html）
Rei Kajitani, Dai Yoshimura, Miki Okuno, Yohei Minakuchi, Hiroshi Kagoshima, Asao Fujiyama, Kaoru Kubokawa, Yuji Kohara, Atsushi Toyoda & Takehiko Itoh, Platanus-allee is a de novo haplotype assembler enabling a comprehensive access to divergent heterozygous regions., Nature Communications (2019) doi:10.1038/s41467-019-09575-2
［ゲノム支援成果公開］
鳥の糞から柑橘類の葉へ～アゲハ幼虫の変身を制御する遺伝子の発見～
東京大学大学院新領域創成科学研究科の金弘渊大学院生と藤原晴彦教授らは、アゲハチョウ幼虫の擬態紋様の変化を制御する遺伝子を発見しました。この成果は2019年4月10日に米国科学雑誌「Science Advances」オンラインジャーナルに掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。
プレスリリース：http://www.k.u-tokyo.ac.jp/info/images/uploads/pdf/web】新領域アゲハ幼虫の変身を制御する遺伝子の発見fj.pdf
H. Jin, T. Seki, J. Yamaguchi and H. Fujiwara, Prepatterning of Papilio xuthus caterpillar camouflage is controlled by three homeobox genes: clawless, abdominal-A, and Abdominal-B., Science Avances (2019) doi:10.1126/sciadv.aav7569
［ゲノム支援成果公開］
骨格性下顎前突症の原因遺伝子の一つを発見
梶井貴史准教授(矯正歯科学分野)と東海大学の岡晃講師および東京大学の三井純特任准教授らの研究グループは、次世代シークエンサーを用いたエクソーム解析により、カルシウム依存性陰イオンチャネルを塩基配列として持つBEST3遺伝子のヘテロ接合性変異が骨格性下顎前突症(下あごが上あごより前に出る噛み合わせ)の原因遺伝子の一つであることを発見しました。この研究は2019年3月に米国の科学雑誌「Bone」に掲載されました。
プレスリリース：https://www.fdcnet.ac.jp/col/news/archives/105
Kajii TS, Oka A, Saito F, Mitsui J, Iida J., Whole-exome sequencing in a Japanese pedigree implicates a rare non-synonymous single-nucleotide variant in BEST3 as a candidate for mandibular prognathism, Bone (2019) doi:10.1016/j.bone.2019.03.004
［先進ゲノム支援成果公開］
シングルセル解析によって樹状細胞に分化する早期運命決定の仕組みを解明
横浜市立大学大学院医学研究科免疫学 黒滝大翼講師、川瀬航大学院生や田村智彦教授らの研究グループは、東京大学、米国国立衛生研究所と共同で、がん免疫や病原体に対する感染防御に重要な樹状細胞の新たな産生経路と分化制御の分子メカニズムを明らかにしました。この成果は2019年2月23日に「Blood」オンライン版に掲載され、横浜市立大学からプレスリリースされました。
プレスリリース：https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/201902kurotaki.html
Kurotaki D, Kawase W, Sasaki H, Nakabayashi J, Nishiyama A, Morse HC III, Ozato K, Suzuki Y, Tamura T, Epigenetic control of early dendritic cell lineage specification by the transcription factor IRF8 in mice, Blood (2019) doi:10.1182/blood-2018-06-857789
［ゲノム支援成果公開］
機械学習と次世代シークエンス技術の活用により日本人集団の白血球の血液型を解明
大阪大学 大学院医学系研究科の平田潤大学院生、岡田随象 教授（遺伝統計学）らの研究グループは、次世代シークエンス技術と機械学習を用いて、日本人集団における白血球の血液型が11パターンで構成されており、その個人差が、病気や量的形質を含む50以上の表現型に関わっていることを明らかにしました。本研究成果は、英国科学誌「Nature Genetics」に、１月29日（火）午前１時（日本時間）に公開され、大阪大学からプレスリリースされました。
プレスリリース資料：（https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20190129.pdf）
大阪大学：（https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2019/20190129_1）
Jun Hirata, Kazuyoshi Hosomichi, Saori Sakaue, Masahiro Kanai, Hirofumi Nakaoka, Kazuyoshi Ishigaki, Ken Suzuki, Masato Akiyama, Toshihiro Kishikawa, Kotaro Ogawa, Tatsuo Masuda, Kenichi Yamamoto, Makoto Hirata, Koichi Matsuda, Yukihide Momozawa, Ituro Inoue, Michiaki Kubo, Yoichiro Kamatani, Yukinori Okada. Genetic and phenotypic landscape of the MHC region in the Japanese population. Nature Genetics (2019) doi:10.1038/s41588-018-0336-0
［ゲノム支援成果公開］
冬眠ハムスターの白色脂肪組織に冬支度の秘密をみる
北海道大学低温科学研究所の山口良文教授，東京大学大学院薬学系研究科大学院生（当時）の茶山由一氏，三浦正幸教授，自然科学研究機構基礎生物学研究所の重信秀治准教授，福山大学薬学部の田村 豊教授らの研究グループは，餌を貯蔵しながら冬眠する哺乳類シリアンハムスターが，冬眠時，エネルギーを蓄える機能をもつ白色脂肪組織において，脂肪を合成する同化系と分解する異化系の両方を著しく増強させることを解明しました。この成果は2019 年 1 月 28 日に「Frontiers in Physiology」にオンライン公開され、北海道大学よりプレスリリースされました。
プレスリリース：https://www.hokudai.ac.jp/news/190129_pr.pdf
Chayama Y, Ando L, Sato Y, Shigenobu S, Anegawa D, Fujimoto T, Taii H, Tamura Y, Miura M, Yamaguchi Y., Molecular Basis of White Adipose Tissue Remodeling That Precedes and Coincides With Hibernation in the Syrian Hamster, a Food-Storing Hibernator, Frontiers in Physiology (2019) doi:10.3389/fphys.2018.01973
［先進ゲノム支援成果公開］
メタゲノムとエピゲノムを融合した「メタエピゲノム」解析の提唱と実証
東京大学の平岡聡史大学院生（現：海洋研究開発機構 特任研究員）、按田瑞恵特別研究員、岩崎渉准教授と、京都大学、遺伝学研究所との共同研究チームは、第3世代シーケンサーと呼ばれる1分子DNAシーケンサーを活用することで、環境細菌叢のDNAメチル化修飾を観測する新たな手法「メタエピゲノム解析」を提唱し、その有効性を実証しました。この研究成果は「Nature Communications」（1月11日付オンライン版）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。
プレスリリース：http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2019/6232/
Hiraoka S, Okazaki Y, Anda M, Toyoda A, Nakano SI, Iwasaki W., Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community, Nat Commun (2019) doi:10.1038/s41467-018-08103-y
［先進ゲノム支援成果公開］
ニューロンを作る幹細胞と作らない幹細胞～何が違いを決める？
「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました東京大学大学院薬学系研究科の壷井將史大学院生、岸雄介講師、平林祐介准教授、後藤由季子教授らの研究グループは、マウス大脳の神経幹細胞を用い、組織幹細胞が特定の細胞だけを生み出せる機構のひとつを明らかにしました。ポリコーム群タンパク質の制御によって、神経幹細胞におけるニューロン分化能等の「幹細胞の操作」が可能になれば、将来再生医療に貢献することが期待されます。本研究成果2018年12月17日付けの米科学誌「Developmental Cell」に掲載され、東京大学、AMEDからプレスリリースされました。
東京大学：（https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/press/z0111_00006.html）
日本医療研究開発機構：（https://www.amed.go.jp/news/release_20181218-01.html）
Masafumi Tsuboi, Yusuke Kishi,#* Wakana Kyozuka, Haruhiko Koseki, Yusuke Hirabayashi, and Yukiko Gotoh* (#Co-first author, *Corespondence), Ubiquitination-independent repression of PRC1 targets during neuronal fate restriction in the developing mouse neocortex, Developmental Cell. (2018) doi:10.1016/j.devcel.2018.11.018.
［ゲノム支援成果公開］
植物の多様な精子の形成の進化的起源を解明
荒木崇教授、肥後あすか博士学生（現・横浜市立大学特任助教）、Frederic Berger グレゴールメンデル研究所グループリーダー、河島友和研究員（現・ケンタッキー大学助教）、河内孝之教授らの研究グループは、英国レスター大学、スペイン国立バイオテクノロジーセンター、神戸大学、日本女子大学、広島大学、金沢大学、立教大学、近畿大学、東京大学と共同で、植物における精子の形成が、約７億年前に陸上植物の祖先にあたる藻類でおこった新しい遺伝子（DUO1）の獲得により始まったことを明らかにしました。本研究成果は、2018年12月11日に、国際学術誌「Nature Communications」のオンライン版に掲載され、京都大学からプレスリリースされました。
京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/181211_1.html）
Higo A, Kawashima T, Borg M, Zhao M, López-Vidriero I, Sakayama H, Montgomery SA, Sekimoto H, Hackenberg D, Shimamura M, Nishiyama T, Sakakibara K, Tomita Y, Togawa T, Kunimoto K, Osakabe A, Suzuki Y, Yamato KT, Ishizaki K, Nishihama R, Kohchi T, Franco-Zorrilla JM, Twell D, Berger F, Araki T. , Transcription factor DUO1 generated by neo-functionalization is associated with evolution of sperm differentiation in plants. , Nat Commun. (2018) doi:10.1038/s41467-018-07728-3.
［先進ゲノム支援成果公開］
世界初！細胞核内におけるセントロメア領域の立体的配置を解明
大阪大学大学院生命機能研究科の深川竜郎教授・西村浩平特任助教（常勤）らの研究グループは、ゲノム中のセントロメアを含む領域が細胞核内でどのように配置されているかを世界で初めて明らかにしました。本研究成果は、米国科学誌「Journal of Cell Biology」に、2018年11月5日に掲載されました。
大阪大学：（https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2018/20181105_1）
Kohei Nishimura, Masataka Komiya, Tetsuya Hori Takehiko Itoh, and Tatsuo Fukagawa, 3D genomic architecture reveals that neocentromeres associate with heterochromatin regions, J. Cell Biol. (2018) doi:10.1083/jcb.201805003
［ゲノム支援成果公開］
ほぼ全ての脊椎動物に共通するフェロモン受容体を発見
東京工業大学 生命理工学院の二階堂雅人准教授と鈴木彦有大学院生（研究当時：博士後期課程、現：日本バイオデータ）、バイオ研究基盤支援総合センターの廣田順二准教授、生命理工学院の伊藤武彦教授が中心の研究グループは、115種におよぶ生物種の全ゲノム配列を網羅的に解析して、ほぼ全ての脊椎動物が共有する極めて珍しいタイプのフェロモン受容体遺伝子を発見しました。この成果は、2018年9月24日に米国の学術誌『Molecular Biology and Evolution』に掲載され、東京工業大学よりプレスリリースされました。
東京工業大学：（https://www.titech.ac.jp/news/2018/042562.html）
Suzuki, H., Nishida, H., Kondo, H., Yoda, R., Iwata, T., Nakayama, K., Enomoto, T., Wu, J., Moriya-Ito, K., Miyazaki, M., Wakabayashi, Y., Kishida, T., Okabe, M., Suzuki, Y., Ito, T., Hirota, J., Nikaido, M., A single pheromone receptor gene conserved across 400 million years of vertebrate evolution, Molecular Biology and Evolution (2018) doi:10.1093/molbev/msy186
［ゲノム支援成果公開］
テントウムシの多様な斑紋を決定する遺伝子の特定に成功
2014年、2015年に新学術領域研究「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました、基礎生物学研究所の安藤俊哉助教と新美輝幸教授らの研究チームは、東京工業大学の伊藤武彦教授らのグループ、基礎生物学研究所の重信秀治特任准教授らのグループ、明治大学の矢野健太郎教授らのグループ、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授らのグループ、東京大学の鈴木穣教授らのグループからなる共同研究チームにより、テントウムシの多様な翅の斑紋（模様）を決定する遺伝子の特定に成功しました。
本研究成果はNature Communications誌 2018年9月21日号に掲載され（＊）、基礎生物学研究所、国立遺伝学研究所からプレスリリースされました。
基礎生物学研究所：（http://www.nibb.ac.jp/press/2018/09/21.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/09/research-highlights_ja/20180921.html）
＊：Toshiya Ando, Takeshi Matsuda, Kumiko Goto, Kimiko Hara, Akinori Ito, Junya Hirata, Joichiro Yatomi, Rei Kajitani, Miki Okuno, Katsushi Yamaguchi, Masaaki Kobayashi, Tomoyuki Takano, Yohei Minakuchi, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Kentaro Yano, Takehiko Itoh, Shuji Shigenobu, Atsushi Toyoda, and Teruyuki Niimi. Repeated inversions within a pannier intron drive diversification of intraspecific colour patterns of ladybird beetles. Nature Communications, volume 9, Article number: 3843 (2018) DOI: 10.1038/s41467-018-06116-1
［先進ゲノム支援成果公開］
ゲノム編集でDNA三次元構造の形成機構解明
2016年に新学術領域研究「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました、慶應義塾大学医学部・大学院医学研究科iPS細胞エピジェネティクス研究医学寄附講座の菱川慶一特任准教授、生理学教室の辻村太郎特任助教らは、最先端のゲノム編集技術を用いて、CTCFと呼ばれるタンパク質が、ゲノムDNAへのある特定の結合パターンに従って、DNAの三次元構造を多層的に制御する機構を詳細に解明しました。本研究成果は「Epigenetics & Chromatin」に2018年9月14日に掲載され（＊）、慶應義塾大学からプレスリリースされました。
慶應義塾大学：（https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2018/9/14/28-48009/）
＊：Taro Tsujimura1,2* , Osamu Takase1,2, Masahiro Yoshikawa1,2, Etsuko Sano1,2, Matsuhiko Hayashi3 , Tsuyoshi Takato4,5, Atsushi Toyoda6 , Hideyuki Okano2 and Keiichi Hishikawa. Control of directionality of chromatin folding for the inter- and intra-domain contacts at the Tfap2c–Bmp7 locus. Epigenetics & Chromatin (2018) doi:10.1186/s13072-018-0221-1
［ゲノム支援成果公開］
小鳥の歌学習，日齢ではなく発声練習量が重要
北海道大学大学院理学研究院の和多和宏准教授らの研究グループは，小鳥の音声発声学習（歌学習）に適した時期（学習臨界期）が，発声練習の経験量によって制御されていることを明らかにしました。本研究成果は，アメリカ東部時間 2018 年 9 月 12 日公開の PLoS Biology に掲載され、北海道大学からプレスリリースされました。
北海道大学：（https://www.hokudai.ac.jp/news/180921_pr.pdf）
Hayase S, Wang H, Ohgushi E, Kobayashi M, Mori C, Horita H, Mineta K, Liu WC, Wada K. , Vocal practice regulates singing activity-dependent genes underlyingage-independent vocal learning in songbirds. , PLoS Biology (2018) doi:10.1371/journal.pbio.2006537
［先進ゲノム支援成果公開］
卵巣子宮内膜症と正常子宮内膜における遺伝子変異を解明
「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました、新潟大学大学院医歯学総合研究科の榎本隆之教授、吉原弘祐助教、須田一暁特任助教らの共同研究グループは、卵巣子宮内膜症と正常子宮内膜の網羅的な遺伝子解析を行い、癌に関連する遺伝子変異がすでに良性腫瘍や正常組織に起きていることを明らかにしました。本研究結果はCell Reportsに2018年8月15日に掲載され、新潟大学からプレスリリースされました。
新潟大学：（https://www.niigata-u.ac.jp/wp-content/uploads/2018/08/re_topi300816.pdf）
Suda K, Nakaoka H, Yoshihara K, Ishiguro T, Tamura R, Mori Y, Yamawaki K, Adachi S, Takahashi T, Kase H, Tanaka K, Yamamoto T, Motoyama T, Inoue I, Enomoto T., Clonal Expansion and Diversification of Cancer-Associated Mutations in Endometriosis and Normal Endometrium., Cell Rep. (2018) doi:10.1016/j.celrep.2018.07.037
［先進ゲノム支援成果公開］
筋肉が嗅覚ニューロンに影響を与え体の温度耐性を調節
「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました甲南大学理工学部の久原篤 教授、宇治澤知代 元研究員、太田茜 研究員らの研究チームは、ヒトにおいて詳細な役割が未知である ENDOU（エンドウ）と呼ばれる RNA分解酵素が、寿命や温度耐性、産卵数や神経シナプスの刈り込み注１）など、多様な生命現象に関与していることを線虫の解析から明らかにしました。 本研究の成果は、2018年8月13日に米国科学アカデミー紀要「Proceedings of the National Academy of Sciences of USA（PNAS）」に掲載され、甲南大学からプレスリリースされました。
Ujisawa T., Ohta A., Ii T., Minakuchi Y., Toyoda A., Ii M., Kuhara A., Endoribonuclease ENDU-2 regulates multiple traits including cold tolerance via cell autonomous and nonautonomous controls in C. elegans, PNAS (2018) doi:10.1073/pnas.1808634115
［ゲノム支援成果公開］
シャジクモの全ゲノム解読により陸上植物進化の起源を探る
金沢大学学際科学実験センターの西山智明助教、神戸大学大学院理学研究科の坂山英俊准教授、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、東京大学大学院新領域創成科学研究科の鈴木穣教授、ドイツ・マールブルク大学のStefan Rensing教授らの国際共同研究グループは、シャジクモの概要ゲノムを解読し、他の藻類および陸上植物との比較により、シャジクモの系統と陸上植物の系統の分岐前後における遺伝子レベルの進化の一端を明らかにしました。本研究成果は、2018年7月12日に米国学術雑誌「Cell」のオンライン版に掲載されるとともに、本研究に関する画像が「Cell」の表紙を飾りました。また、シャジクモのゲノム配列はDDBJより公開されました。
金沢大学：（https://www.kanazawa-u.ac.jp/rd/59093）
神戸大学：（http://www.kobe-u.ac.jp/research_at_kobe/NEWS/news/2018_07_31_01.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/07/research-highlights_ja/20180731.html）
Nishiyama T, Sakayama H, de Vries J, Buschmann H, Saint-Marcoux D, Ullrich KK, Haas FB, Vanderstraeten L, Becker D, Lang D, Vosolsobě S, Rombauts S, Wilhelmsson PKI, Janitza P, Kern R, Heyl A, Rümpler F, Villalobos LIAC, Clay JM, Skokan R, Toyoda A, Suzuki Y, Kagoshima H, Schijlen E, Tajeshwar N, Catarino B, Hetherington AJ, Saltykova A, Bonnot C, Breuninger H, Symeonidi A, Radhakrishnan GV, Van Nieuwerburgh F, Deforce D, Chang C, Karol KG, Hedrich R, Ulvskov P, Glöckner G, Delwiche CF, Petrášek J, Van de Peer Y, Friml J, Beilby M, Dolan L, Kohara Y, Sugano S, Fujiyama A, Delaux PM, Quint M, Theißen G, Hagemann M, Harholt J, Dunand C, Zachgo S, Langdale J, Maumus F, Van Der Straeten D, Gould SB, Rensing SA., The Chara Genome: Secondary Complexity and Implications for Plant Terrestrialization, Cell (2018) doi:10.1016/j.cell.2018.06.033
［ゲノム支援成果公開］［先進ゲノム支援成果公開］
最先端技術を用いた古人骨全ゲノム解析から東南アジアと日本列島における
人類集団の起源の詳細を解明
人類集団の起源の詳細を解明
「ゲノム支援」「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました金沢大学の覺張隆史特任助教、田嶋敦教授、北里大学の太田博樹准教授およびコペンハーゲン大学が中心となって進めている古代ゲノム研究の国際研究チームは、日本列島の縄文時代遺跡や東南アジアから出土した古人骨 26 個体のゲノム解析を実施し，今日の東南アジアで生活する人々の起源と過去の拡散過程を解明しました。今回，ゲノム解読がなされた縄文人骨は，愛知県田原市の伊川津（いかわづ）貝塚遺跡から出土した約2500年前の縄文晩期の女性人骨で，縄文人の全ゲノム配列を解読した例としては世界で初めての公表となります。本研究成果は，2018年7月6日に国際学術誌「Science」に掲載され、金沢大学よりプレスリリースされました。
金沢大学：（https://www.kanazawa-u.ac.jp/wp-content/uploads/2018/07/180709.pdf）
McColl H, Racimo F, Vinner L, Demeter F, Gakuhari T, Moreno-Mayar JV, van Driem G, Gram Wilken U, Seguin-Orlando A, de la Fuente Castro C, Wasef S, Shoocongdej R, Souksavatdy V, Sayavongkhamdy T, Saidin MM, Allentoft ME, Sato T, Malaspinas AS, Aghakhanian FA, Korneliussen T, Prohaska A, Margaryan A, de Barros Damgaard P, Kaewsutthi S, Lertrit P, Nguyen TMH, Hung HC, Minh Tran T, Nghia Truong H, Nguyen GH, Shahidan S, Wiradnyana K, Matsumae H, Shigehara N, Yoneda M, Ishida H, Masuyama T, Yamada Y, Tajima A, Shibata H, Toyoda A, Hanihara T, Nakagome S, Deviese T, Bacon AM, Duringer P, Ponche JL, Shackelford L, Patole-Edoumba E, Nguyen AT, Bellina-Pryce B, Galipaud JC, Kinaston R, Buckley H, Pottier C, Rasmussen S, Higham T, Foley RA, Lahr MM, Orlando L, Sikora M, Phipps ME, Oota H, Higham C, Lambert DM, Willerslev E. The prehistoric peopling of Southeast Asia, Science (2018) doi:10.1126/science.aat3628
［先進ゲノム支援成果公開］
細胞内ウイルスセンサータンパク質による新しい生体防御の仕組みを発見
「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました東京大学理学系研究科の高橋朋子助教、中野悠子（博士課程３年）、程久美子准教授らの研究グループは、これまで細胞内ウイルスセンサーのひとつであるとされながらも機能が不明であった「LGP2」というタンパク質が、遺伝子発現の制御機構であるRNAサイレンシングを促進する「TRBP」というタンパク質と相互作用することで、TRBPが結合する特定のマイクロRNA群の機能を制御することを明らかにしました。本研究成果は，Nucleic Acids Research（オンライン版：6月25日）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。
東京大学：（https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2018/5946/）
Takahashi T, Nakano Y, Onomoto K, Murakami F, Komori C, Suzuki Y, Yoneyama M, Ui-Tei., LGP2 virus sensor regulates gene expression network mediated by TRBP-bound microRNAs., Nucleic Acids Res. (2018) doi:10.1093/nar/gky575
［先進ゲノム支援成果公開］
ノンコーディングRNAの新暗号を解読
「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました北海道大学遺伝子病制御研究所の廣瀬哲郎教授，山崎智弘助教らの国際共同研究グループは，ノンコーディングRNA（ncRNA）の一つである NEAT1に潜むRNA暗号の解明に成功しました。本研究成果は2018年6月21日にMolecular Cell誌に掲載され、北海道大学よりプレスリリースされました。
北海道大学：（https://www.hokudai.ac.jp/news/180622_pr2.pdf）
Tomohiro Yamazaki, Sylvie Souquere, Takeshi Chujo, Simon Kobelke, Yee Seng Chong, Archa H. Fox, Charles S. Bond, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose, Functional domains of NEAT1 architectural lncRNA induce paraspeckle assembly through phase separation., Molecular Cell (2018) doi:10.1016/j.molcel.2018.05.019
［ゲノム支援成果公開］
胚が子宮内膜に浸潤する着床のメカニズムを解明
東京大学医学部附属病院の廣田泰講師らは、遺伝子改変マウスを用いた研究を行い、低酸素で誘導される転写因子である低酸素誘導因子が子宮内膜で作用して胚浸潤の過程を調節していること、子宮内膜間質の HIF が重要な働きを持っており、子宮内膜管腔上皮をはがして子宮内膜間質を露出させ胚が子宮内膜間質に入り込みやすくすると同時に、子宮内膜間質が胚とじかに接することによって胚が生存できるよう働きかけていることを明らかにしました。この研究成果は2018年6月19日に「Journal of Clinical Investigation」（オンライン版）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。
プレスリリース：http://www.h.u-tokyo.ac.jp/vcms_lf/release_20180619.pdf
Matsumoto L, Hirota Y, Saito-Fujita T, Takeda N, Tanaka T, Hiraoka T, Akaeda S, Fujita H, Shimizu-Hirota R, Igaue S, Matsuo M, Haraguchi H, Saito-Kanatani M, Fujii T, Osuga Y., HIF2α in the uterine stroma permits embryo invasion and luminal epithelium detachment, J Clin Invest (2018) doi:10.1172/JCI98931
［班員による成果公開］
環境と微生物をビッグデータでつなぐ
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所の東光一特任研究員および黒川顕教授らのグループは、微生物群集構造の大規模データから様々な環境と微生物とのつながりを明らかにし、その結果を利用して環境と微生物のつながりを可視化するウェブツール「LEA」（http://leamicrobe.jp）を開発しました。本研究成果は、「PLOS Computational Biology」に平成30年6月6日午後2時（米国東部標準時間）に掲載され、国立遺伝学研究所からプレスリリースされました。
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/06/research-highlights_ja/20180619.html）
Koichi Higashi, Shinya Suzuki, Shin Kurosawa, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa, Latent environment allocation of microbial community data, PLOS Computational Biology (2018) doi:10.1371/journal.pcbi.1006143
［ゲノム支援成果公開］
イモリは再生因子を赤血球で運んでいる!?～血液の概念を変える新発見～
筑波大学生命環境系 千葉親文教授、中谷敬教授（当時）、八畑謙介講師、丸尾文昭助教、櫻井啓輔助教、同 生命環境科学研究科生物科学専攻 Roman M. Casco-Robles院生（D3、MEXT研究留学生）、宇都宮大学大学院工学研究科 外山史准教授、山形大学学術研究院 渡邉明彦教授、熊本大学大学院先端科学研究部（理学系） 江頭恒准教授、名古屋大学アイソトープ総合センター 竹島一仁准教授（当時）、北里大学医療衛生学部 小畑秀一准教授、立教大学理学部 木下勉教授、玉川大学農学部 有泉高史教授、日本獣医生命科学大学獣医学部 中田友明講師らの研究グループ（イモリネットワークNNNプロジェクトグループ）は、アカハライモリの遺伝子（ｍRNA）情報を網羅する新たなデータベースを独自に開発し、公開しました。本研究の成果は2018年5月10日付でScientific Reportsに公開されました。
筑波大学：（https://www.tsukuba.ac.jp/wp-content/uploads/180524chiba-1.pdf）
宇都宮大学：（http://www.utsunomiya-u.ac.jp/topics/2018/05/006538.php）
玉川大学：（http://www.tamagawa.jp/graduate/news/detail_14463.html）
北里大学：（https://www.kitasato.ac.jp/jp/news/20180525-01.html）
Casco-Robles, R.M., Watanabe, A., Eto, K., Takeshima, K., Obata, S., Kinoshita, T., Ariizumi, T., Nakatani, K., Nakada, T., Tsonis, P.A., Casco-Robles, M.M., Sakurai, K., Yahata, K., Maruo, F., Toyama, F. and Chiba, C. , Novel erythrocyte clumps revealed by an orphan gene Newtic1 in circulating blood and regenerating limbs of the adult newt., Scientific Reports (2018) doi:10.1038/s41598-018-25867-x
［ゲノム支援成果公開］
動物はどうやって危険を察知することができるようになるのか？
総合研究大学院大学院生（当時）のPradeep Lal博士と情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 川上浩一教授らの研究グループは、モデル生物のゼブラフィッシュにおいて特定の脳神経細胞を可視化したり、操作したりする技術の開発に成功してきました。今回、これらの技術を駆使して、終脳のDmとよばれる領域の特定の神経細胞が恐怖条件付け学習に重要であることを突き止めました。本研究成果は、英国電子ジャーナルBMC Biologyに2018年4月25日午前2時（グリニッジ標準時）に掲載され、国立遺伝学研究所よりプレスリリースされました。
プレスリリース：https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/04/research-highlights_ja/20180425.html
Lal, P., Tanabe, H., Suster, M.L., Ailani, D., Kotani, Y., Muto, A., Itoh, M., Iwasaki, M., Wada, H., Yaksi, E., and Kawakami, K., Identification of a neuronal population in the telencephalon essential for fear conditioning in zebrafish, BMC Biology (2018) doi:10.1186/s12915-018-0502-y
［ゲノム支援成果公開］
ダーウィンの時代ウォレスが注目したナガサキアゲハの擬態の謎に迫る
東京大学大学院新領域創成科学研究科の藤原晴彦教授らは、 ナガサキアゲハのベイツ型擬態の原因遺伝子領域を解明するとともに、その構造や進化に関して興味深い事実を明らかにした。本研究成果は、「Science Advances」オンラインジャーナルに掲載され、東京大学からプレスリリースされました。
東京大学：（http://www.k.u-tokyo.ac.jp/info/entry/22_entry640/）
Iijima, T., Kajitani, R., Komata, S., Lin, C-P., Sota, T., Itoh, T. and Fujiwara, H., Parallel evolution of Batesian mimicry supergene in two Papilio butterflies, P. polytes and P. memnon., Science Advances (2018) doi:10.1126/sciadv.aao5416
［ゲノム支援成果公開］
数千個の1細胞からRNA量と種類を正確に計測
理化学研究所（理研）情報基盤センターバイオインフォマティクス研究開発ユニットの笹川洋平上級センター研究員、團野宏樹センター研究員（研究当時）、二階堂愛ユニットリーダーらの共同研究チーム※は、大量の1細胞由来RNAを網羅的、高精度かつ低コストで計測する高出力型1細胞RNAシーケンス法「Quartz-Seq2（クォーツ・セックツー）」を開発しました。本研究は、英国の科学雑誌『Genome Biology』（2018年3月9日付）に掲載され、理化学研究所からプレスリリースされました。
理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180313_3/）
Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Hitomi Takada, Masashi Ebisawa, Kaori Tanaka, Tetsutaro Hayashi, Akira Kurisaki and Itoshi Nikaido, Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads, Genome Biology (2018) doi:10.1186/s13059-018-1407-3
［ゲノム支援成果公開］
最初のオスとメスを生み出した性染色体領域を全ゲノム解読から解明
「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました東京大学大学院理学系研究科と国立遺伝学研究所等の研究グループは、性進化のモデル生物群「緑藻ボルボックス系列」の次世代シーケンスを用いた全ゲノム解読を実施し、オスとメスが誕生した直前と直後に相当する生物の性染色体領域の全貌を明らかにしました。本研究成果は2018年3月8日にCommunications Biology誌に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。
東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5786/）
Hamaji, T., Kawai-Toyooka,H., Uchimura, H., Suzuki, M., Noguchi, H., Minakuchi, Y., Toyoda, A., Fujiyama, A., Miyagishima,S., Umen, J. G. And Nozaki, H., Anisogamy evolved with a reduced sex-determining region in volvocine green algae., Communications Biology (2018) doi:10.1038/s42003-018-0019-5
［先進ゲノム支援成果公開］
バイオインフォマティクスで貪食細胞分化の詳細な仕組みを解明
「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました横浜市立大学黒滝大翼講師や田村智彦教授らの研究グループは、東北大学、東京大学、米国国立衛生研究所と共同で、感染防御やがん免疫に関わる貪食細胞の産生における遺伝子発現制御の分子メカニズムを解明しました。本研究成果は、2018年3月6日にCell Reportsに掲載され、横浜市立大学よりプレスリリースされました。
横浜市立大学：（https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/20180307Kurotaki.html）
Kurotaki D, Nakabayashi J, Nishiyama A, Sasaki H, Kawase W, Kaneko N, Ochiai K, Igarashi K, Ozato K, Suzuki Y, Tamura T, Transcription factor IRF8 governs enhancer landscape dynamics in mononuclear phagocyte progenitors, Cell Reports (2018) doi:10.1016/j.celrep.2018.02.048
［ゲノム支援成果公開］
1細胞から多種多様なRNAのふるまいを計測
理化学研究所（理研）情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニットの林哲太郎センター研究員、尾崎遼基礎科学特別研究員、二階堂愛ユニットリーダーらの研究チームは、これまで検出が難しかった多様なRNAの発現量と完全長を1細胞で計測できる「1細胞完全長トータルRNAシーケンス法『RamDA-seq』」を開発しました。本研究は、英国のオンライン科学雑誌『Nature Communications』（2月12日付け）に掲載されました。
理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180214_1/）
Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Hiroki Danno & Itoshi Nikaido, Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs, Nature Communications (2018) doi:10.1038/s41467-018-02866-0
［先進ゲノム支援成果公開］
心不全における RNA 分解とオートファジー細胞死が果たす新しい役割を解明
「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました秋田大学大学院医学系研究科 分子機能学・代謝機能学講座の久場 敬司教授らの研究グループは、沖縄科学技術大学院大学(OIST)、医薬基盤・健康・栄養研究所、東京医科歯科大学、東京大学、新潟大学、近畿大学、産業技術総合研究所、オーストリア分子生物学研究所(IMBA)との共同研究により、細胞内のRNA分解因子である CCR4-NOT蛋白質複合体がオートファジー分子Atg7を介した細胞死を阻害することにより心機能改善効果をもたらすことを発見しました。本研究成果は2018年2月6日に米国科学雑誌「Science Signaling」のオンライン速報版に掲載され、秋田大学よりプレスリリースされました。
秋田大学：（http://www.akita-u.ac.jp/honbu/event/img/pro30655_01_dl.pdf）
Yamaguchi T, Suzuki T, Sato T, Takahashi A, Watanabe H, Kadowaki A, Natsui M, Inagaki H, Arakawa S, Nakaoka S, Koizumi Y, Seki S, Adachi S, Fukao A, Fujiwara T, Natsume T, Kimura A, Komatsu M, Shimizu S, Ito H, Suzuki Y, Penninger JM, Yamamoto T, Imai Y, Kuba K., The CCR4-NOT deadenylase complex controls Atg7-dependent cell death and heart function., Science Signaling (2018) doi:10.1126/scisignal.aan3638
［ゲノム支援成果公開］
光を利用するか、それとも避けるか？ ～海洋細菌の二種類の光適応戦略の解明～
東京大学大気海洋研究所の熊谷洋平大学院生、吉澤晋准教授、木暮一啓教授、岩崎渉准教授と、同大学院総合文化研究科・新領域創成科学研究科・理学系研究科、九州大学、早稲田大学、ハワイ大学との共同研究チームは、大規模なゲノム（注2）データ解析を行い、海洋表層に生息する細菌には光からエネルギーを得る「太陽電池型」と色素で光を遮る「日傘型」の適応戦略があることを発見しました。
東京大学：（http://www.aori.u-tokyo.ac.jp/research/news/2018/20180206.html）
Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Yu Nakajima, Mai Watanabe, Tsukasa Fukunaga, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Masahiko Ikeuchi, Kazuhiro Kogure, Edward F. DeLong and Wataru Iwasaki., Solar-panel and parasol strategies shape the proteorhodopsin distribution pattern in marine Flavobacteriia., The ISME journal (2018) doi:10.1038/s41396-018-0058-4
［ゲノム支援成果公開］
見た目は植物ウイルス、でも昆虫細胞に持続感染しているウイルスの謎
「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました宇都宮大学と東京大学のグループは、カイコマキュラウイルスに感染したカイコ培養細胞におけるトランスクリプトーム解析によって、マキュラウイルスの持続感染が、宿主のsmall interfering RNA (siRNA)、およびPIWI-interacting RNA (piRNA)という2 種類の小分子RNAによって制御されていることを発見し、これら2つの経路による制御が持続感染成立のコアメカニズムの一端を担っていることを明らかにしました。本研究成果は2018年１月17日に科学雑誌「DNA Research」オンライン版に掲載されました。
東京大学：（http://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/2018/20180119-1.html）
宇都宮大学：（http://www.utsunomiya-u.ac.jp/topics/2018/01/006117.php）
Katsuma S, Kawamoto M, Shoji K, Aizawa T, Kiuchi T, Izumi N, Ogawa M, Mashiko T, Kawasaki H, Sugano S, Tomari Y, Suzuki Y, Iwanaga M., Transcriptome profiling reveals infection strategy of an insect maculavirus, DNA Research (2018) doi:10.1093/dnares/dsx056
［先進ゲノム支援成果公開］
1つの遺伝子から機能の異なるタンパク質を生じる普遍的な仕組みを解明
2016年度新学術領域研究「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました九州大学大学院農学研究院 松下智直准教授、牛島智一特任助教らの研究グループは、九州工業大学情報工学部 花田耕介准教授らの研究グループ等との共同研究により、転写開始点のコントロールが、転写や翻訳と並んで、真核生物の遺伝子発現制御における新しい普遍的なステップとして、タンパク質の種類の増加に少なからず寄与することを、世界に先駆けて示しました。その研究成果がCell誌2017年11月9日号に掲載され、プレスリリースされました。詳しくは以下の研究紹介記事をご参照ください。
九州大学：（http://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/195）
Ushijima T, Hanada K, Gotoh E, Yamori W, Kodama Y, Tanaka H, Kusano M, Fukushima A, Tokizawa M, Yamamoto YY, Tada Y, Suzuki Y, and Matsushita T , Light controls protein localization through phytochrome-mediated alternative promoter selection. , Cell (2017) doi:10.1016/j.cell.2017.10.018
［ゲノム支援成果公開］
チンパンジー親子トリオ（父親－母親－息子）の全ゲノム配列を高精度で解明
松沢哲郎 高等研究院副院長・特別教授、郷康広 自然科学研究機構新分野創成センター特任准教授、藤山秋佐夫 情報・システム研究機構国立遺伝学研究所特任教授、阿形清和 学習院大学教授らの研究グループは、霊長類研究所のチンパンジー親子3個体（父：アキラ、母：アイ、息子：アユム）の全ゲノム配列（遺伝情報の配列）を高精度で決定（解明）し、父親・母親それぞれのゲノムが子どもに受け継がれる際に起きるゲノムの変化を明らかにしました。本研究成果は、2017年11月1日に英国の科学誌「Scientific Reports」オンライン版に掲載され、プレスリリースされました。
京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171101_1.html）
自然科学研究機構：（https://www.nins.jp/site/cnsi/1010.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2017/11/research-highlights_ja/20171102.html）
Tatsumoto S, Go Y, Fukuta K, Noguchi H, Hayakawa T, Tomonaga M, Hirai H, Matsuzawa T, Agata K, Fujiyama A., Direct estimation of de novo mutation rates in a chimpanzee parent-offspring trio by ultra-deep whole genome sequencing., Scientific Reports (2017) doi:10.1038/s41598-017-13919-7
［班員による成果公開］
ジェネラリストとスペシャリストはどちらが有利なのか？
東京大学生物科学専攻のシラ シサワスディ特任研究員、岩崎 渉准教授らの研究グループは、61種類の環境から得られた微生物群集大量シーケンスデータの解析と、多様な微生物グループにわたる進化解析とを組み合わせた生物情報科学的手法によって、ジェネラリストはスペシャリストに比べて高い種分化率と絶滅への耐性を持ち、子孫を繁栄させる上で有利であることを明らかにしました。本研究成果は2017年10月27日にNature Communicationsに掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。
東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5611/）
Sira Sriswasdi, Ching-chia Yang, and Wataru Iwasaki., Generalist species drive microbial dispersion and evolution., Nature Communications (2017) doi:10.1038/s41467-017-01265-1
［先進ゲノム支援成果公開］
陸上植物の祖先の特徴をもつ苔類ゼニゴケの全ゲノム構造を解明
2010年度新学術領域研究「ゲノム支援」、2016年度新学術領域研究「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました京都大学の河内孝之教授らの研究グループは、豪・モナシュ大学（ジョン L. ボウマン教授）、近畿大学(大和勝幸教授)、神戸大学（石崎公庸准教授）、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所（中村保一教授）、基礎生物学研究所（上田貴志教授）、東北大学（経塚淳子教授）をはじめとする国内外39の大学・研究機関と共同で、ゼニゴケの全ゲノム構造を解明し、その研究成果がCell誌2017年10月5日号に掲載され(＊)、プレスリリースされました。詳しくは以下の研究紹介記事をご参照ください。
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2017/10/research-highlights_ja/20171006.html）
京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171006_2.html）
＊： John L. Bowman, Takayuki Kohchi, Katsuyuki T. Yamato, et al. Insights into Land Plant Evolution Garnered from the Marchantia polymorpha Genome, Cell (2017) doi:10.1016/j.cell.2017.09.030
［先進ゲノム支援成果公開］
ヒトiPS細胞から分化させた肺胞上皮細胞の長期培養に成功
－様々な呼吸器疾患の研究進展へ貢献－
－様々な呼吸器疾患の研究進展へ貢献－
「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました京都大学後藤慎平准教授、山本佑樹医師らの研究グループは、ヒトiPS細胞から効率よくII型肺胞上皮細胞を作製し、3ヶ月以上にわたって長期培養することに成功しました。また、鈴木穣 東京大学教授、河野隆志 国立がん研究センター研究所分野長らと共同で、ヒトiPS細胞からII型肺胞上皮細胞に分化する過程を1細胞ごとの遺伝子レベルで詳細に解析し、マウスの同じ細胞と似たようなパターンを取ることを明らかにしました。本研究成果は、2017年10月3日付けで米国の科学誌「Nature Methods」オンライン版に掲載され、東京大学、AMEDからプレスリリースされました。
京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171003_1.html）
日本医療研究開発機構：（https://www.amed.go.jp/news/release_20171003-01.html）
Yamamoto Y, Gotoh S, Korogi Y, Seki M, Konishi S, Ikeo S, Sone N, Nagasaki T, Matsumoto H, Muro S, Ito I, Hirai T, Kohno T, Suzuki Y, Mishima M., Long-term expansion of alveolar stem cells derived from human iPS cells in organoids., Nat Methods. (2017) doi:10.1038/nmeth.4448
［ゲノム支援成果公開］
ほ乳類神経幹細胞が変化するメカニズムを明らかに
～学習記憶・認知機能改善に向け、飛躍的な医療発展に期待～
～学習記憶・認知機能改善に向け、飛躍的な医療発展に期待～
「ゲノム支援」「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました九州大学大学院医学研究院の佐野坂司特任助教・今村拓也准教授・中島欽一教授らの研究グループは、同研究院の伊藤隆司教授・三浦史仁講師らとの共同研究により、神経幹細胞の性質が変化するメカニズムを明らかにしました。本成果は、2017年9月19日に国際学術雑誌「Cell Reports」のオンライン版に掲載され、九州大学からプレスリリースされました。
九州大学：（https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/171）
Sanosaka T, Imamura T, Hamazaki N, Chai M, Igarashi K, Ideta-Otsuka M, Miura F, Ito T, Fujii N, Ikeo K, Nakashima K., DNA methylome analysis identifies transcription factor-based epigenomic signatures of multilineage competence in neural stem/progenitor cells., Cell Reports (2017) doi:10.1016/j.celrep.2017.08.086
［先進ゲノム支援成果公開］
ネギ萎凋病の抵抗性に関与する遺伝子群の特定に成功
「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました山口大学大学院創成科学研究科の執行 正義教授と東北大学大学院生命科学研究科の佐藤 修正准教授，かずさDNA研究所ゲノム情報解析部の平川 英樹グループ長、東京大学大学院新領域創成科学研究科の鈴木 穣教授、東京農業大学の峯 洋子教授、田中 啓介研究員らのグループは、萎凋病感受性のネギと萎凋病抵抗性を有する近縁種シャロットの掛け合わせから得られた添加系統シリーズを用いて抗菌成分として知られるサポニン類の成合成経路中の遺伝子発現を網羅的に比較解析し、萎凋病抵抗性に関与する遺伝子群の特定に成功しました。この研究成果は2017年8月11日に『国際科学雑誌：PLoS ONE電子版』に掲載され、プレスリリースされました。
山口大学：（http://www.yamaguchi-u.ac.jp/weeklynews/2017/_6393.html）
共同プレスリリース：
（http://www.nodai.ac.jp/hojin/upload/9d4dfd56c1c79db899238f1490c3d758.pdf）
Abdelrahman M, El-Sayed M, Sato S, Hirakawa H, Ito SI, Tanaka K, Mine Y, Sugiyama N, Suzuki Y, Yamauchi N, Shigyo M., RNA-sequencing-based transcriptome and biochemical analyses of steroidal saponin pathway in a complete set of Allium fistulosum—A. cepa monosomic addition lines, PLoS One (2017) doi:10.1371/journal.pone.0181784
［先進ゲノム支援成果公開］
染色体の分配装置が形成される仕組みを解明
「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました大阪大学大学院生命機能研究科の深川竜郎教授らの研究グループは、染色体が次世代の細胞へ伝わる際に重要なセントロメアが形成される仕組みを明らかにしました。本研究成果は、2017年7月24日（月）に米国科学誌「Developmental Cell」（オンライン）に掲載され、大阪大学よりプレスリリースされました。
大阪大学：（http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/events/achievement/hori-fukagawa-20170725/）
Hori T, Shang WH, Hara M, Ariyoshi M, Arimura Y, Fujita R, Kurumizaka H, Fukagawa T., Association of M18BP1/KNL2 with CENP-A Nucleosome Is Essential for Centromere Formation in Non-mammalian Vertebrates., Dev Cell (2017) doi:10.1016/j.devcel.2017.06.019
［ゲノム支援成果公開］
お酒の強さに関わる 2 つの遺伝子 ADH1B と ALDH2 は
どちらも独立した痛風リスクである
どちらも独立した痛風リスクである
「ゲノム支援」においてゲノム解析支援をおこないました防衛医科大学校崎山真幸医務官、松尾洋孝講師らのグループは、お酒の強さに関わる 2 つの遺伝子 ADH1B と ALDH2 はどちらも独立した痛風リスクであることを明らかにしました。本研究成果は、2017年5月31日にScientific Reports（サイエンティフィック・リポーツ）誌に掲載され、防衛医科大学校よりプレスリリースされました。
防衛医科大学校：（http://ndmc-ipb.browse.jp/DL/researchNDMC20170531HP.pdf）
Sakiyama M, Matsuo H, Akashi A, Shimizu S, Higashino T, Kawaguchi M, Nakayama A, Naito M, Kawai S, Nakashima H, Sakurai Y, Ichida K, Shimizu T, Ooyama H, Shinomiya N., Independent effects of ADH1B and ALDH2 common dysfunctional variants on gout risk., Scientific Reports (2017) doi:10.1038/s41598-017-02528-z
［先進ゲノム支援成果公開］
腸で鉄の吸収を調節するメカニズムの一端を解明
「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました竹内理 ウイルス・再生医科学研究所教授、吉永正憲 医学研究科博士課程学生らの研究グループは、大阪大学、東京大学、兵庫医科大学と共同で、RNA分解酵素Regnase－1が鉄代謝に関連する遺伝子のmRNA（遺伝情報をタンパク質へ翻訳するために情報を伝達する核酸）を分解することで、貧血時に鉄の吸収を促進することを解明しました。本研究は、慢性炎症における鉄代謝制御機構、貧血などの鉄代謝異常による疾患の病態解明や、新たな治療法の開発に繋がることが期待されます。本研究成果は、2017年5月24日に米国科学誌 Cell Reports に掲載され、京都大学とAMED-CREST共同で以下の通りプレスリリースされました。
日本医療研究開発機構：（https://www.amed.go.jp/news/release_20170524.html）
京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/170524_1.html）
Yoshinaga, M., Nakatsuka, Y., Vandenbon, A., Ori, D., Uehata, T., Tsujimura, T., Suzuki, Y., Mino, T., Takeuchi, O. Regnase-1 Maintains Iron Homeostasis via the Degradation of Transferrin Receptor 1 and Prolyl-Hydroxylase-Domain-Containing Protein 3 mRNAs, Cell Reports（2017）DOI: 10.1016/j.celrep.2017.05.009
［ゲノム支援成果公開］
寄生植物は植物ホルモンを使い宿主を太らせる
理化学研究所（理研）環境資源科学研究センター植物免疫研究グループのトーマス・スパレック国際特別研究員、若竹崇雅特別研究員、白須賢グループディレクターらの国際共同研究グループは、寄生植物が植物ホルモンであるサイトカイニンを使って宿主植物の成長を操作し、効率のよい寄生を実現していることを発見しました。本研究成果は、米国の科学雑誌『Proceedings of the National Academy of Sciences（PNAS）』への掲載に先立ち、オンライン版に掲載され、理化学研究所からプレスリリースされました。
理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2017/20170502_2/）
Spallek, T., Melnyk, C. W., Wakatake, T., Zhang, J., Sakamoto, Y., Kiba, T., Yoshida, S., Matsunaga, S., Sakakibara, H., Shirasu, K., Inter-species hormonal control of host root morphology by parasitic plants, PNAS (2017) doi:10.1073/pnas.1619078114
［ゲノム支援成果公開］
マダガスカルの絶滅した巨大な鳥・象鳥の古代DNA解析による走鳥類進化の解明
独立行政法人国立科学博物館（館長：林 良博）は、米澤隆弘副教授（復旦大学生命科学学院／中国）、瀬川高弘助教（国立極地研究所、現・山梨大学）、森宙史助教（東京工業大学、現・国立遺伝学研究所）らのグループが、マダガスカルの絶滅した巨大な鳥、エピオルニス（象鳥）の DNA 解析により、この鳥を含めたダチョウなどの飛べない鳥のグループである走鳥類全体の進化のあらすじを解明しました。本研究成果は2016年12月16日にCurrent Biology（米国生物学雑誌 カレントバイオロジー）に掲載され、国立科学博物館よりプレスリリースされました。
国立科学博物館：（https://www.kahaku.go.jp/procedure/press/pdf/178100.pdf）
Takahiro Yonezawa, Takahiro Segawa,Hiroshi Mori,Paula F. Campos,Yuichi Hongoh,Hideki Endo,Ayumi Akiyoshi,Naoki Kohno,Shin Nishida,Jiaqi Wu,Haofei Jin,Jun Adachi,Hirohisa Kishino,Ken Kurokawa,Yoshifumi Nogi,Hideyuki Tanabe,Harutaka Mukoyama,Kunio Yoshida,Armand Rasoamiaramanana,Satoshi Yamagishi,Yoshihiro Hayashi,Akira Yoshida,Hiroko Koike,umihito Akishinonomiya,Eske Willerslev and Masami Hasegawa, Phylogenomics and Morphology of Extinct Paleognaths Reveal the Origin and Evolution of the Ratites, Current Biology (2017) doi:10.1016/j.cub.2016.10.029
［ゲノム支援成果公開］
体内時計が遺伝情報を書き換える～リズミックなRNA編集とその意義～
東京大学 大学院理学系研究科の寺嶋秀騎特任研究員と吉種光助教、深田吉孝教授らの研究グループは、体内時計がADAR2タンパク質をリズミックに作り出すことにより、特定の時刻にRNA上の遺伝情報が書き換えられているという現象を世界で初めて発見しました。本研究成果は2017年11月28日にNature Genetics（オンライン版）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。
東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5147）
Terajima H, Yoshitane H, Ozaki H, Suzuki Y, Shimba S, Kuroda S, Iwasaki W, Fukada Y., ADARB1 catalyzes circadian A-to-I editing and regulates RNA rhythm., Nat Genetics (2017) doi:10.1038/ng.3731
［ゲノム支援成果公開］
アサガオの全ゲノム解読 ―アサガオの学術研究100年目のイノベーション―
2010年から2012年まで、新学術領域研究「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました基礎生物学研究所の星野敦助教、慶應義塾大学理工学部の榊原康文教授、九州大学大学院理学研究院の仁田坂英二講師らの研究成果がNature Communications誌、2016年11月8日号に掲載され(＊)、基礎生物学研究所、慶應義塾、九州大学、国立遺伝学研究所からプレスリリースされました。詳しくは以下の関係機関の研究紹介記事をご参照ください。
基礎生物学研究所：(http://www.nibb.ac.jp/pressroom/news/2016/11/08.html)
慶應義塾大学：(https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2016/11/7/28-18726/)
九州大学：(https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/58)
国立遺伝学研究所：(https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2016/11/research-highlights_ja/20161109.html)
＊： Atsushi Hoshino, Vasanthan Jayakumar, Eiji Nitasaka, Atsushi Toyoda, Hideki Noguchi, Takehiko Itoh, Tadasu Shin-I, Yohei Minakuchi, Yuki Koda, Atsushi Nagano, Masaki Yasugi, Mie Honjo, Hiroshi Kudoh, Motoaki Seki, Asako Kamiya, Toshiyuki Shiraki, Piero Carninci, Erika Asamizu, Hiroyo Nishide, Sachiko Tanaka, Kyeung-Il Park, Yasumasa Morita, Kohei Yokoyama, Ikuo Uchiyama, Yoshikazu Tanaka, Satoshi Tabata, Kazuo Shinozaki, Yoshihide Hayashizaki, Yuji Kohara, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Asao Fujiyama, Shigeru Iida, and Yasubumi Sakakibara. Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil. Nature Communications (2016）DOI:10.1038/NCOMMS13295
［ゲノム支援成果公開］
遺伝子が次世代へ伝わるメカニズムを解明
「ゲノム支援」において解析支援を行いました大阪大学大学院生命機能研究科の深川竜郎教授らの研究グループは、遺伝子が子孫に伝わる際に、重要な働きを担う分子装置であるセントロメアの形成メカニズムを明らかにしました。本研究成果は、英国科学誌「Nature Communications」に、11月4日）に公開され、大阪大学よりプレスリリースされました。
大阪大学：（https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2016/20161104_2）
Shang WH, Hori T, Westhorpe FG, Godek KM, Toyoda A, Misu S, Monma N, Ikeo K, Carroll CW, Takami Y, Fujiyama A, Kimura H, Straight AF, Fukagawa T., Acetylation of histone H4 lysine 5 and 12 is required for CENP-A deposition into centromeres., Nature Commun (2016) doi:10.1038/ncomms13465
［ゲノム支援成果公開］
アフリカツメガエルの複雑なゲノムを解読：
脊椎動物への進化の原動力「全ゲノム重複」の謎に迫る
脊椎動物への進化の原動力「全ゲノム重複」の謎に迫る
新学術領域研究「ゲノム支援」では、国際プロジェクトとして進められていたアフリカツメガエルの全ゲノム配列決定を2011年に企画課題として採択し、2015年までの間、大規模な配列解析支援を行いました。この研究成果がNature誌、2016年10月20日号、第538巻に掲載され(*)、東京大学からプレスリリースが行われました。
東京大学：（https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/5056/）
国立遺伝学研究所：
（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2016/10/research-highlights_ja/20161020.html）
なお、アフリカツメガエルのゲノムブラウザは次のURLから公開されています。
（https://xenopus.nig.ac.jp/）
(*) Adam M. Session1, Yoshinobu Uno1, Taejoon Kwon1, Jarrod A. Chapman, Atsushi Toyoda, Shuji Takahashi, Akimasa Fukui, Akira Hikosaka, Atsushi Suzuki, Mariko Kondo, Simon J. van Heeringen, Ian Quigley, Sven Heinz, Hajime Ogino, Haruki Ochi, Uffe Hellsten, Jessica B. Lyons, Oleg Simakov, Nicholas Putnam, Jonathan Stites, Yoko Kuroki, Toshiaki Tanaka, Tatsuo Michiue, Minoru Watanabe, Ozren Bogdanovic, Ryan Lister, Georgios Georgiou, Sarita S. Paranjpe, Ila van Kruijsbergen, Shengquiang Shu, Joseph Carlson, Tsutomu Kinoshita, Yuko Ohta, Shuuji Mawaribuchi, Jerry Jenkins, Jane Grimwood, Jeremy Schmutz, Therese Mitros, Sahar V. Mozaffari, Yutaka Suzuki, Yoshikazu Haramoto, Takamasa S. Yamamoto, Chiyo Takagi, Rebecca Heald, Kelly Miller, Christian Haudenschild, Jacob Kitzman, Takuya Nakayama, Yumi Izutsu, Jacques Robert, Joshua Fortriede, Kevin Burns, Vaneet Lotay, Kamran Karimi, Yuuri Yasuoka, Darwin S. Dichmann, Martin F. Flajnik, Douglas W. Houston, Jay Shendure, Louis DuPasquier, Peter D. Vize, Aaron M. Zorn, Michihiko Ito, Ed Marcotte, John B. Wallingford, Yuzuru Ito, Makoto Asashima, Naoto Ueno, Yoichi Matsuda, Gert Jan C. Veenstra, Asao Fujiyama, Richard M. Harland#, Masanori Taira# & Daniel S. Rokhsar# (1:authors contributed equally. #:corresponding authors.) Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis. Nature, volume 538, pages 336–343 (20 October 2016) DOI: 10.1038/nature19840
［ゲノム支援成果公開］
ニホンザルで自閉スペクトラム症の特性を確認 自然発生例ではヒト以外で初めて
今回、郷康広特任准教授（自然科学研究機構 新分野創成センター ブレインサイエンス研究分野）らの研究グループは、磯田昌岐教授（生理学研究所）、吉田今日子医師（湯河原病院）、入來篤史シニアチームリーダー（理化学研究所 脳科学総合研究研究センター）、尾崎紀夫教授、久島周特任助教（名古屋大学大学院医学系研究科）らとの共同研究において、社会性（対他行動）に特徴があった1頭のニホンザルの行動を詳細に調べることで、このサルが自閉スペクトラム症の特性と類似した行動特徴をもつことを発見しました。本研究成果は、米国のオンライン科学雑誌『Science Advances』（9月21日付け）に掲載されました。
生理学研究所：（http://www.nips.ac.jp/nips_research/2016/10/post_152.html）
新学術「個性」創発脳：（http://www.koseisouhatsu.jp/activity/release/20161007_research/index.html）
Yoshida K, Go Y, Kushima I, Toyoda A, Fujiyama A, Imai H, Saito N, Iriki A, Ozaki N, Isoda M., Single-neuron and genetic correlates of autistic behavior in macaque., Science Advances (2016) doi:10.1126/sciadv.1600558
［ゲノム支援成果公開］
ヒト培養細胞の放射線耐性を向上させる新規タンパク質をクマムシのゲノムから発見
東京大学大学院理学系研究科の橋本拓磨特任研究員と國枝武和助教らの研究グループは、慶應義塾大学先端生命科学研究所の堀川大樹特任講師ら、国立遺伝学研究所等と共同で、クマムシの中でも高い耐性を持つヨコヅナクマムシの高精度なゲノム配列を決定し、クマムシに固有な多数の遺伝子を発見しました。これらのうちDsup (Damage suppressor) と名付けた遺伝子をヒト培養細胞に導入すると、放射線などによるDNA傷害が抑制され、放射線耐性が向上することが明らかになりました。本研究成果は2016年9月20日にNature Communicationsに掲載され、プレスリリースされました。
東京大学：（https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/5001/）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2016/09/research-highlights_ja/20160921.html）
Hashimoto T, Horikawa DD, Saito Y, Kuwahara H, Kozuka-Hata H, Shin-I T, Minakuchi Y, Ohishi K, Motoyama A, Aizu T, Enomoto A, Kondo K, Tanaka S, Hara Y, Koshikawa S, Sagara H, Miura T, Yokobori S, Miyagawa K, Suzuki Y, Kubo T, Oyama M, Kohara Y, Fujiyama A, Arakawa K, Katayama T, Toyoda A and Kunieda T, Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein, Nat Commun (2016) doi:10.1038/ncomms12808
［ゲノム支援成果公開］
イモリの網膜は再生するのにヒトの網膜はなぜ再生しないのか
国立大学法人筑波大学生命環境系 千葉親文准教授とMartin Miguel Casco-Robles外国人特別研究員（現：Keiser University）は、同 丸尾文昭助教、および宇都宮大学大学院工学研究科 外山史准教授らと共同で、アカハライモリの遺伝子改変技術を駆使して、転写因子Pax61)が成体イモリの網膜再生に必須であることを明らかにしました。本研究の成果は、英国時間の2016年9月19日（日本時間同日18時）付で英国オンライン科学誌「Scientific Reports」に公開され、筑波大学よりプレスリリースされました。
筑波大学：（http://www.tsukuba.ac.jp/wp-content/uploads/160919chiba-1.pdf）
Casco-Robles, M.M., Islam, M.R., Inami, W., Tanaka, H.V., Kunahong, A., Yasumuro, H., Hanzawa, S., Casco-Robles R.M., Toyama, F., Maruo, F. and Chiba, C., Turning the fate of reprogramming cells from retinal disorder to regeneration by Pax6 in newts., Scientific Reports (2016) doi:10.1038/srep33761
［ゲノム支援成果公開］
ノンコーディングRNAによる神経モデル細胞が増えない仕組みの発見
九州大学大学院医学研究院の今村拓也准教授、星薬科大学先端生命科学研究センターの山本直樹特任助教らの研究グループは、九州大学大学院医学研究院の中島欽一教授、京都大学大学院理学研究科の阿形清和教授との共同研究により、ほ乳類神経モデル細胞を用いて、1,000を超える遺伝子にプロモーターノンコーディングRNA（pancRNA）がペアとなって存在することを発見していましたが（2015年2月15日付けプレスリリース）、これらは、エネルギーを供給されても細胞が増殖せずに安定的に維持されるメカニズムに必須であることを今回新たに発見しました。本研究成果は、2016年3月4日（金）午前7時5分（英国時間）に、英国科学雑誌『Nucleic Acids Research』のオンライン版で掲載され、九州大学よりプレスリリースされました。
九州大学：（https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/3）
Naoki Yamamoto, Kiyokazu Agata, Kinichi Nakashima, Takuya Imamura, Bidirectional promoters link cAMP signaling with irreversible differentiation through promoter-associated non-coding RNA (pancRNA) expression in PC12 cells, Nucleic Acids Research (2016) doi:10.1093/nar/gkw113
［ゲノム支援成果公開］
お酒に弱い遺伝子を持つ人は痛風リスクが低い
「ゲノム支援」において解析支援を行いました防衛医科大学校の松尾洋孝講師、崎山真幸医官らの研究グループは、2 型アルデヒド脱水素酵素（ALDH2）遺伝子が痛風の発症に関わっていることを発見しました。この成果は、2016 年 5 月 16 日にネイチャー・パブリッシング・グループの総合科学雑誌「Scientific Reports誌」に掲載され、防衛医科大学校よりプレスリリースされました。
防衛医科大学校：（http://ndmc-ipb.browse.jp/DL/pressreleaseNDMC20160516HP.pdf）
Sakiyama M, Matsuo H, Nakaoka H, Yamamoto K, Nakayama A, Nakamura T, Kawai S, Okada R, Ooyama H, Shimizu T, Shinomiya N., Identification of rs671, a common variant of ALDH2, as a goutsusceptibility locus., Sci Rep (2016) doi:10.1038/srep25360
［ゲノム支援成果公開］
ゲノム解読で初めて明らかになった多細胞生物のはじまり
－ヒトではがんを抑制する「多細胞化の原因遺伝子」－
－ヒトではがんを抑制する「多細胞化の原因遺伝子」－
「ゲノム支援」において解析支援を行いました東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻の野崎久義准教授らと国立遺伝学研究所、アリゾナ大学、カンザス州立大学等の国際研究グループは、原始的な多細胞生物である緑藻の群体性ボルボックス目に含まれ、細胞の役割分担がきまっていないゴニウム（学名 Gonium pectorale）の全ゲノム解読を実施しました。その結果、多細胞化の初期段階の鍵となる遺伝子群を発見しました。本研究成果は2016年4月22日に「Nature Communications」誌に掲載され、東京大学よりプレスリリース されました。
東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/4667/）
Hanschen, E. R., Marriage, T. N., Ferris, P. J., Hamaji, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Neme, R., Noguchi, H., Minakuchi, Y., Suzuki, M., Kawai-Toyooka, H., Smith, D. R., Sparks, H., Anderson, J., Bakarić, R., Luria, V., Karger, A., Kirschner, M., Durand, P. M., Michod, R. E., Nozaki, H. and Olson, B. J. S. C., The Gonium pectorale genome demonstrates cooption of cell cycle regulation during the evolution of multicellularity., Nature Communications (2016) doi:10.1038/ncomms11370
［ゲノム支援成果公開］
植物Y染色体遺伝子地図を作成
理化学研究所（理研）仁科加速器研究センター生物照射チームの阿部知子チームリーダー、風間裕介協力研究員、石井公太郎特別研究員と、東京大学大学院新領域創成科学研究科の河野重行教授らの共同研究グループは、重イオンビームで作り出した変異体と独自に開発したプログラムを用いて、ゲノム配列決定[2]が難しい植物Y染色体の遺伝子地図の作成に成功しました。本研究成果は英国のオンライン科学雑誌『Scientific Reports』（1月8日付け）に掲載され、理化学研究所よりプレスリリースされました。
理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2016/20160108_5/）
Yusuke Kazama, Kotaro Ishii, Wataru Aonuma, Tokihiro Ikeda, Hiroki Kawamoto, Ayako Koizumi, Dmitry A Filatov, Margarita Chibalina, Roberta Bergero, Deborah Charlesworth, Tomoko Abe, Shigeyuki Kawano, A new physical mapping approach refines the sex-determining gene positions on the /Silene latifolia/ Y-chromosome, Scientific Reports (2016) doi:10.1038/srep18917
支援による成果論文一覧
支援による成果を含む論文として支援依頼者から報告があった論文を発表の新しい順に並べました。成果論文には「先進ゲノム支援」の課題番号を謝辞に入れることをお願いしていますが、現状は以下も含めています。
＊：旧「ゲノム支援」の支援成果も含まれており、そちらの課題番号のみが記載されたもの、あるいは課題番号の記載はないが、支援成果が含まれているもの
- Asano Ishikawa, Naoki Kabeya, Koki Ikeya, Ryo Kakioka, Jennifer N. Cech, Naoki Osada, Miguel C. Leal, Jun Inoue, Manabu Kume, Atsushi Toyoda, Ayumi Tezuka, Atsushi J. Nagano, Yo Y. Yamasaki, Yuto Suzuki, Tomoyuki Kokita, Hiroshi Takahashi, Kay Lucek, David Marques, Yusuke Takehana, Kiyoshi Naruse, Seiichi Mori, Oscar Monroig, Nemiah Ladd, Carsten J. Schubert, Blake Matthews, Catherine L. Peichel, Ole Seehausen, Goro Yoshizaki, and Jun Kitano., A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiation in fishes. Science. (2019) doi:10.1126/science.aau5656
■プレスリリース
https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20190531.pdf - Nagashima, R., Hibino, K., Ashwin, S.S., Babokhov, M., Fujishiro, S., Imai, R., Nozaki, T., Tamura, S., Tani, T., Kimura, H., Shribak, M., Kanemaki, M.T., Sasai, M., Maeshima, K., Single nucleosome imaging reveals loose genome chromatin networks via active RNA polymerase II. Journal of Cell Biology. (2019) doi:10.1083/jcb.201811090 ＊
■プレスリリース
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2019/03/research-highlights_ja/rh20190315.html - Takizawa N, Ogura Y, Fujita Y, Noda T, Shigematsu H, Hayashi T, Kurokawa K, Local structural changes of the influenza A virus ribonucleoprotein complex by single mutations in the specific residues involved in efficient genome packaging. Virology. (2019) doi:10.1016/j.virol.2019.03.004 ＊
- Ueki, S, Phylogeographic characteristics of hypervariable regions in the mitochondrial genome of a cosmopolitan, bloom-forming raphidophyte, Heterosigma akashiwo. Journal of Phycology. (2019) doi:10.1111/jpy.12868 ＊
- Yu ZHENG, Ayana Saitou, Chiung-Mei Wang, Atsushi Toyoda, Yohei Minakuchi, Yuji Sekiguchi, Kenji Ueda, Hideaki Takano, Yasuteru Sakai, Keietsu Abe, Akira Yokota and Shuhei Yabe, Genome Features and Secondary Metabolites Biosynthetic Potential of the Class Ktedonobacteria. Frontiers in Microbiology. (2019) doi:10.3389/fmicb.2019.00893
- H. Jin, T. Seki, J. Yamaguchi and H. Fujiwara, Prepatterning of Papilio xuthus caterpillar camouflage is controlled by three homeobox genes: clawless, abdominal-A, and Abdominal-B. Science Avances. (2019) doi:10.1126/sciadv.aav7569 ＊
■プレスリリース
http://www.k.u-tokyo.ac.jp/info/images/uploads/pdf/web】新領域アゲハ幼虫の変身を制御する遺伝子の発見fj.pdf - Yosuke Okazaki, Satoshi Takahata, Hideki Hirakawa, Yutaka Suzuki, Yasuyuki Onodera, Molecular evidence for recent divergence of X- and Y-linked gene pairs in Spinacia oleracea L. PLOS ONE. (2019) doi:10.1371/journal.pone.0214949
- Hori S, Hiramuki Y, Nishimura D, Sato F, Sehara-Fujisawa A., PDH-mediated metabolic flow is critical for skeletal muscle stem cell differentiation and myotube formation during regeneration in mice. FASEB Journal. (2019) doi:10.1096/fj.201802479R ＊
- Takaoka, Y., Konno, M., Koseki, J., Colvin, H., Asai, A., Tamari, K., Satoh, T., Mori, M., Doki, Y., Ogawa, K., Ishii, H., Mitochondrial pyruvate carrier 1 expression controls cancer EMT and radioresistance. Cancer Sci. (2019) doi:10.1111/cas.13980 ＊
- Mutuku, J.M., Cui, S., C., Hori, Takeda, Y., Tobimatsu, Y., Nakabayashi, R., Mori, T., Saito, K., Demura, T., Umezawa, T., Yoshida, S., Shirasu, K., The Structural Integrity of Lignin Is Crucial for Resistance against Striga hermonthica Parasitism in Rice. Plant Physiol. (2019) doi:10.1104/pp.18.01133 ＊
- Takeda, M., Koseki, J., Takahashi, H., Miyoshi, N., Nishida, N., Nishimura, J., Hata, T., Matsuda, C., Mizushima, T., Yamamoto, H., Ishii, H., Doki, Y., Mori, M., Haraguchi, N., Disruption of Endolysosomal RAB5/7 Efficiently Eliminates Colorectal Cancer Stem Cells. Cancer Res. (2019) doi:10.1158/0008-5472.CAN-18-2192 ＊
- Yasuko Ito-Inaba, Mayuko Sato, Mitsuhiko P. Sato, Yuya Kurayama, Haruna Yamamoto, Mizuki Ohata, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kiminori Toyooka, Takehito Inaba, Alternative oxidase capacity of mitochondria in microsporophylls may function in cycad thermogenesis. Plant Physiology. (2019) doi:10.1104/pp.19.00150
- Miftahussurur M, Cruz M, Doohan D, Subsomwong P, Abreu JAJ, Hosking C, Waskito LA, Yamaoka Y., Five alternative Helicobacter pylori antibiotics to counter high levofloxacin and metronidazole resistance in the Dominican Republic. PLoS One. (2019) doi:10.1371/journal.pone.0213868
- Maeshima, K., Ide, S., Babokhov, M., Dynamic chromatin organization without the 30-nm fiber. Current Opinion in Cell Biology. (2019) doi:10.1016/j.ceb.2019.02.003 ＊
- Wada, S., Cui, S. and Yoshida, S., Reactive Oxygen Species (ROS) Generation Is Indispensable for Haustorium Formation of the Root Parasitic Plant Striga hermonthica. Frontiers Plant Science. (2019) doi:10.3389/fpls.2019.00328 ＊
- Oshiro, T., Komoto, Y., Konno, M., Koseki, J., Asai, A., Ishii, H., Taniguchi, M., Direct analysis of incorporation of an anticancer drug into DNA at single-molecule resolution. Sci Rep. (2019) doi:10.1038/s41598-019-40504-x ＊
- Kajii TS, Oka A, Saito F, Mitsui J, Iida J., Whole-exome sequencing in a Japanese pedigree implicates a rare non-synonymous single-nucleotide variant in BEST3 as a candidate for mandibular prognathism. Bone. (2019) doi:10.1016/j.bone.2019.03.004 ＊
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- Yusuke Kazama, Kotaro Ishii, Wataru Aonuma, Tokihiro Ikeda, Hiroki Kawamoto, Ayako Koizumi, Dmitry A Filatov, Margarita Chibalina, Roberta Bergero, Deborah Charlesworth, Tomoko Abe, Shigeyuki Kawano, A new physical mapping approach refines the sex-determining gene positions on the /Silene latifolia/ Y-chromosome, Scientific Reports (2016) doi:10.1038/srep18917 ＊
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班員による支援技術高度化のための成果論文
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- Rei Kajitani, Dai Yoshimura, Miki Okuno, Yohei Minakuchi, Hiroshi Kagoshima, Asao Fujiyama, Kaoru Kubokawa, Yuji Kohara, Atsushi Toyoda & Takehiko Itoh, Platanus-allee is a de novo haplotype assembler enabling a comprehensive access to divergent heterozygous regions., Nature Communications, volume 10 (2019) doi: 10.1038/s41467-019-09575-2
- Jakob Wirbel, Paul Theodor Pyl, Ece Kartal, Konrad Zych, Alireza Kashani, Alessio Milanese, Jonas S Fleck, Anita Y Voigt, Albert Palleja, Ruby Ponnudurai, Shinichi Sunagawa, Luis Pedro Coelho, Petra Schrotz-King, Emily Vogtmann, Nina Habermann, Emma Niméus, Andrew M Thomas, Paolo Manghi, Sara Gandini, Davide Serrano, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Tatsuhiro Shibata, Shinichi Yachida, Takuji Yamada, Levi Waldron, Alessio Naccarati, Nicola Segata, Rashmi Sinha, Cornelia M Ulrich, Hermann Brenner, Manimozhiyan Arumugam, Peer Bork, Georg Zeller, Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer, Nature medicine. (2019) doi: 10.1038/s41591-019-0406-6
- Andrew Maltez Thomas, Paolo Manghi, Francesco Asnicar, Edoardo Pasolli, Federica Armanini, Moreno Zolfo, Francesco Beghini, Serena Manara, Nicolai Karcher, Chiara Pozzi, Sara Gandini, Davide Serrano, Sonia Tarallo, Antonio Francavilla, Gaetano Gallo, Mario Trompetto, Giulio Ferrero, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Tatsuhiro Shibata, Shinichi Yachida, Takuji Yamada, Jakob Wirbel, Petra Schrotz-King, Cornelia M Ulrich, Hermann Brenner, Manimozhiyan Arumugam, Peer Bork, Georg Zeller, Francesca Cordero, Emmanuel Dias-Neto, João Carlos Setubal, Adrian Tett, Barbara Pardini, Maria Rescigno, Levi Waldron, Alessio Naccarati, Nicola Segata, Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation, Nature medicine. (2019) doi: 10.1038/s41591-019-0405-7
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