成果発表について

成果発表と成果論文の登録について(支援依頼者のかたへ)

成果報告

  • 支援結果を含む論文等の成果を発表された場合は、トップページの「支援依頼者マイページ」よりログインいただき、論文の登録をお願いします。
    doiを入れるだけで論文情報を簡単に入力できます。
  • 2016~2021年度の「先進ゲノム支援(第1期)」の支援成果も、同じくトップページの「支援依頼者マイページ」よりログインいただきご登録ください。「先進ゲノム支援(第1期)」で用いられたIDとパスワードは、2022年度以降の「第2期」も継続して使用できます。
  • 支援を受けた課題では、支援依頼者に成果報告書の提出を毎年度お願いしています。
    ご協力をお願い致します。

論文発表について

  • 論文発表に際しては、「先進ゲノム支援」の支援を受けている事を記載して下さい。
    Acknowledgementsに以下のように記載下さい。

    This work was supported by JSPS KAKENHI Grant Number 22H04925 (PAGS).

    スペースに余裕がない場合は課題番号「22H04925 (PAGS) 」を記載して下さい。
    「(PAGS)」の記載もお願いします。

  • 旧「ゲノム支援」、第一期「先進ゲノム支援」の成果
    過去の支援事業における成果を発表される際は、以下のそれぞれの課題番号の記載をして下さい。
    プロジェクト期間終了後も、成果論文への課題番号の記載は必須です。

    旧「ゲノム支援」・・・ 221S0002
    第1期「先進ゲノム支援」(2016~2021)・・・ 16H06279 (PAGS)
    第2期「先進ゲノム支援」(現支援2022~)・・・ 22H04925 (PAGS)

    また、旧「ゲノム支援」や第1期「先進ゲノム支援」との複数の支援を受け区別が難しい場合は、論文には旧「ゲノム支援」の221S0002、第1期「先進ゲノム支援」の16H06279(PAGS)との併記をお願いします。

  • (補足事項)支援担当者の記載について
    支援担当者の関与の度合いにより、共著者とする共同研究の形や謝辞に記載する形等、必要に応じ事務局も交えて協議の上、適切な対応をお願いします。
    高度かつチャレンジングな課題については、申請者との協働作業が必須ですので、基本的に支援担当者との共同研究として進めたいと考えます。
    本支援活動では情報解析人材育成が特に重要視されています。また情報解析は多大な手間がかかりますので、情報解析支援メンバーによる支援は共同研究の形でお願いします。

プレスリリースについて

  • プレスリリース資料に「先進ゲノム支援」の支援を受けた事を記載して下さい。
    プレスリリース資料には、科研費や他の助成等と同様に「先進ゲノム支援(PAGS)による支援を受けた」旨の記載をお願いしています。
  • プレスリリースの際には事務局までご連絡ください。
    先進ゲノム支援HPのほうでも告知掲載させて頂きますので、上記の「支援依頼者マイページ」から論文登録される際にプレスリリース情報の入力も併せてお願いします。
    URLを事務局までご連絡いただいてもかまいません。

ロゴデータのダウンロード

「先進ゲノム支援」の支援を受けた研究成果を学会、Web等で発表される際には、こちらのロゴマークをダウンロードしてお使いください。


先進ゲノム支援(PAGS)ロゴ圧縮データ(zip:300KB)

プレスリリース一覧

「ゲノム支援」、第1期「先進ゲノム支援」の支援成果

[先進ゲノム支援成果公開]
貝を持つ不思議なタコ、アオイガイの全ゲノム解読に成功
~貝殻の起源と進化について新たな知見~

カイダコの殻は冬になると日本海側の各地に打ち上がることが知られており、ビーチでみられる貝殻のなかでも特に珍重されているものです。この貝殻はタコの仲間が作ったものであることが知られています。
島根大学生物資源科学部附属センター海洋生物科学部門(隠岐臨海実験所)の吉田真明 准教授と和歌山工業高等専門学校のスティアマルガ デフィン 准教授らの研究グループは今回カイダコ類の1種であるアオイガイの全ゲノム配列を世界で初めて解読しました。
アオイガイのゲノム中にある 26,433 個の遺伝子の中で、44 個の遺伝子が貝殻形成に使われていることがわかりました。さらに、カイダコが底生生活から浮遊生活に移行する過程で起こったゲノム中の遺伝子の変化を見つけることができました。これにより、進化の過程で貝を失ったはずのタコが、どのようにして再び貝殻を作れるようになったのか?という進化上の大きな謎を解明することに一歩近づきました。
本共同研究は、2022 年10月26日(水)に英文論文誌 Genome Biology and Evolutionにオンライン版が掲載されました。

プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20221026.pdf

M. Yoshida, K. Hirota, J. Imoto, M. Okuno, H. Tanaka, R. Kajitani, A. Toyoda, T. Itoh, K. Ikeo, T. Sasaki, D. H E Setiamarga, Gene Recruitments and Dismissals in the Argonaut Genome Provide Insights into Pelagic Lifestyle Adaptation and Shell-like Eggcase Reacquisition. Genome Biology and Evolution (2022) DOI: https://doi.org/10.1093/gbe/evac140
[先進ゲノム支援成果公開]
タマネギの品種育成の効率化に役立つ画期的なDNA多型分析手法を開発

農研機構をはじめとする共同研究グループは、タマネギにおいて、染色体全体のDNA多型を効率的に分析する方法の開発を目指しました。まず、タマネギにある8本の染色体について、各々に圴一に配置され、染色体全体をカバーしたDNAマーカーセットを作成しました。次に、次世代シーケンサーを利用し、これらのマーカーセットの全てのDNA多型を一度にまとめて分析する手法を試みました。その結果、染色体全体のDNA多型を効率的に分析することに成功しました。この分析手法で得られた個体間のDNA多型と形質を照らし合わせれば、DNAマーカーセットの中から目的の形質と関連したDNAマーカーを特定でき、選抜マーカーとして利用できるようになります。この技術は、タマネギでの選抜マーカーの開発を飛躍的に進め、育種の効率化および新品種の早期育成に貢献することが期待できます。本研究成果は、2022年8月26日に、国際学術誌「DNA Research」に掲載されました。

Daisuke Sekine, Satoshi Oku, Tsukasa Nunome, Hideki Hirakawa, Mai Tsujimura, Toru Terachi, Atsushi Toyoda, Masayoshi Shigyo, Shusei Sato, Hikaru Tsukazaki, Development of a genome-wide marker design workflow for onions and its application in target amplicon sequencing-based genotyping. DNA Research, Volume 29, Issue 5 (2022) DOI: https://doi.org/10.1093/dnares/dsac020
[先進ゲノム支援成果公開]
環境微生物のゲノム多様性を高解像度に検出
―「似て非なるゲノム」から生物多様性の源泉に迫る―

岡﨑友輔 化学研究所助教、中野伸一 生態学研究センター教授、豊田敦 国立遺伝学研究所特任教授、玉木秀幸 産業技術総合研究所副研究部門長らの共同研究グループは、従来法では捉えられなかった環境中の細菌ゲノムにおけるわずかな変異を塩基多型・構造多型の両側面から網羅的に検出可能なメタゲノム解析法を確立し、琵琶湖に生息する細菌群集の多様性の実態を高解像度で明らかにしました。さらにその結果の解析から、ウイルス感染への抵抗性、および細菌群集の集団サイズがゲノムの多様化をつかさどる主要因であることを示しました。「似て非なる」ゲノムの比較解析から生物多様性の源泉に迫った本研究は、環境中の微生物の多様性を高解像度に捉える研究の必要性を示し、微生物の進化と生態をとりまく理解を知見と手法の両側面から新たな段階へと導く成果といえます。本研究成果は、2022年8月8日に、国際学術誌「mSystems」にオンライン掲載されました。

プレスリリース:https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-08-10-0

Yusuke Okazaki, Shin-ichi Nakano, Atsushi Toyoda, Hideyuki Tamaki, Long-Read-Resolved, Ecosystem-Wide Exploration of Nucleotide and Structural Microdiversity of Lake Bacterioplankton Genomes. mSystems (2022) DOI: https://doi.org/10.1128/msystems.00433-22
[先進ゲノム支援成果公開]
昆虫類の形態に雌雄差をもたらす仕組みの進化的起源を推定

基礎生物学研究所 進化発生研究部門の千頭康彦研究員(元・総合研究大学院大学 大学院生)と新美輝幸教授、久留米大学の奥野未来助教、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、東京工業大学の伊藤武彦教授からなる研究グループは、昆虫進化の初期に出現したシミ類に着目してdoublesexの機能を解析し、その祖先状態を推定しました。その結果、シミ類マダラシミのdoublesexは雌雄で異なるスプライシング調節を受けますが、メスの形態形成への機能をもたないことが明らかになりました。一方、マダラシミのdoublesexは幾つかの遺伝子の発現をメスで促進することが分かりました。これらの結果は、doublesexは昆虫進化の初期段階で既に雌雄で異なるスプライシング調節を受け、メスに特異な幾つかの遺伝子の発現を促進する機能をもち、そして完全変態類出現後にメスの形態形成に対する機能を獲得した可能性が高いことを示唆しています。では、doublesexのどのような変化がメスの形態形成への機能と関連したのでしょうか。本研究では、メスの形態形成に対する機能をもつ種のDoublesexタンパク質に特有なアミノ酸配列を発見しました。この結果から、本研究は、アミノ酸配列の変更によってdoublesexは新機能を獲得したとする仮説を提唱しました。本研究成果は、有翅昆虫類と昆虫類以外の節足動物との間にあった知見のギャップを埋めることに成功し、doublesexの特殊な進化史を新たに推定するものです。本成果は、日本時間2022年7月13日付で「Molecular Biology and Evolution」誌に掲載されました。

プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20220713.pdf

Yasuhiko Chikami, Miki Okuno, Atsushi Toyoda, Takehiko Itoh, Teruyuki Niimi, Evolutionary history of sexual differentiation mechanism in insects, Molecular Biology and Evolution 39, msac145 (2022) DOI:10.1093/molbev/msac145
[先進ゲノム支援成果公開]
巧みな生存戦略を持つ寄生蜂の全ゲノム配列解読に成功

筑波大学 生存ダイナミクス研究センター島田 裕子助教らの研究グループは、キイロショウジョウバエ Drosophila melanogasterを宿主とする寄生蜂ニホンアソバラコマユバチAsobara japonicaを用いて、寄生蜂の生存戦略を支えている分子生物学的基盤を明らかにすることを目指しており、今回、その全ゲノム配列の決定と全遺伝子予測、さらに、遺伝子ノックダウン法の開発に成功しました。
ニホンアソバラコマユバチは、キイロショウジョウバエのみならず、多くのショウジョウバエ属昆虫を宿主とすることが知られています。その中には、現在ヨーロッパを中心に果物の害虫として深刻な問題となっているオウトウショウジョウバエDrosophila suzukiiも含まれます。本研究成果は、ショウジョウバエの害虫種に対する農薬の開発シーズの創出にもつながると考えられます。本成果はDNA Research誌に2022年6月10日に掲載され、筑波大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース:https://www.tsukuba.ac.jp/journal/pdf/p20220614140000.pdf

Takumi Kamiyama, Yuko Shimada-Niwa, Hiroyuki Tanaka, Minami Katayama, Takayoshi Kuwabara, Hitoha Mori, Akari Kunihisa, Takehiko Itoh, Atsushi Toyoda, Ryusuke Niwa, Whole-genome sequencing analysis and protocol for RNA interference of the endoparasitoid wasp Asobara japonica, DNA Res., dsac019 (2022) DOI: 10.1093/dnares/dsac019
[ゲノム支援成果公開]
ゲノム中を動き回る新たな性決定遺伝子を発見

東京大学 大学院農学生命科学研究科 附属水産実験所カビール アハマド氏、家田 梨櫻氏、細谷 将助教らの研究グループは、トラフグをふくむ12種の近縁種を研究材料とし、遺伝的連鎖解析、遺伝的関連解析、全ゲノム配列構築、ゲノム多型解析といったさまざまな手法をつかって、性染色体の置き換わりについて調べました。その結果、3つの近縁種で染色体の置き換えが最近おきたこと、そして、その置き換えがゲノム中を動き回る性決定遺伝子によって引きおこされていたことが明らかとなりました。本研究成果は、2022年6月3日にProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America誌にオンライン掲載されました。

プレスリリース:https://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/topics_20220603-1.html

Ahammad Kabir, Risa Ieda, Sho Hosoya, Daigaku Fujikawa, Kazufumi Atsumi, Shota Tajima, Aoi Nozawa, Takashi Koyama, Shotaro Hirase, Osamu Nakamura, Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Shigehiro Kuraku, Yasukazu Nakamura, Hisato Kobayashi, Atsushi Toyoda, Satoshi Tasumi, Kiyoshi Kikuchi, Repeated translocation of a supergene underlying rapid sex chromosome turnover in Takifugu pufferfish, PNAS 119 (23) e2121469119 (2022) DOI: 10.1073/pnas.2121469119
[先進ゲノム支援成果公開]
メディエーター複合体による新規の Pol II 一時停止機構とその遺伝子発現制御における役割を解明

横浜市立大学大学院医学研究科 分子生物学の鈴木秀文助教、阿部竜太共同研究員(研究当時:医学部学生)、髙橋秀尚教授の研究グループは、メディエーター複合体のサブユニット MED26 と Little elongation complex (LEC) が、2つの核内凝集体Histone locus body(HLB)と Cajal body を会合させることで、新規の RNA ポリメラーゼ II (Pol II)の一時停止を引き起こし、ヒストン遺伝子の発現を制御することを明らかにしました。本研究成果は、英科学誌 Nature Communications に掲載されました。(日本時間2022年5月25日18時)

プレスリリース:
https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/d0md7n000000fqov-att/YCUrelease_takahashi_202205.pdf

Hidefumi Suzuki, Ryota Abe, Miho Shimada, Tomonori Hirose, Hiroko Hirose, Keisuke Noguchi, Yoko Ike, Nanami Yasui, Kazuki Furugori, Yuki Yamaguchi, Atsushi Toyoda, Yutaka Suzuki, Tatsuro Yamamoto, Noriko Saitoh, Shigeo Sato, Chieri Tomomori-Sato, Ronald C. Conaway, Joan W. Conaway, Hidehisa Takahashi, The 3′ Pol II pausing at replication-dependent histone genes is regulated by Mediator through Cajal bodies’ association with histone locus bodies, Nature Communications (2022) DOI: 10.1038/s41467-022-30632-w
[ゲノム支援成果公開]
モデル生物「ハリサンショウウニ」の全ゲノムを解読しデータベースを公開

筑波大学生命環境系下田臨海実験センター谷口 俊介准教授らの研究グループは、ハリサンショウウニの全ゲノム情報を解読するとともに、公的に利用できる遺伝子のデータベース TrBase を作成し公開しました。これにより、ハリサンショウウニが、ゲノム情報の整備されたモデル生物として、より多くの研究者や教育者に利用可能となり、ウニの発生や成長を司る遺伝子機能の解析などの基礎研究のみならず、水産などの応用研究や教育分野での活用などに貢献することが期待されます。本研究成果は、2022 年 5 月 20 日にDevelopment Growth & Differentiation誌に掲載されました。

プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20220520.pdf

Kinjo S, Kiyomoto M, Suzuki H, Yamamoto T, Ikeo K, Yaguchi S., ITrBase: a genome and transcriptome database of Temnopleurus reevesii, Development Growth & Differentiation (2022) DOI: 10.1111/dgd.12780
[先進ゲノム支援成果公開]
植物ミトコンドリアのゲノム編集
~細胞当たり数十から百個あるゲノムコピーの全てで、36万7千塩基対の中から標的の1塩基対だけを置換~

東京大学大学院農学生命科学研究科の中里一星大学院生と有村慎一准教授らのグループは、モデル植物(注1)シロイヌナズナのミトコンドリアゲノム約36万7千塩基対のうち狙った1塩基対のみを、細胞当たり数十から百個ほどあるミトコンドリアゲノムコピーの全てで置換することに成功しました。以前、有村准教授らのグループが開発した植物ミトコンドリアゲノム安定改変法(DNA切断タンパク質を用いてミトコンドリアゲノムの狙った箇所を切る方法)では、狙った箇所を中心に数百から数千塩基対の長さの欠損が生じ、また遺伝子の並び順が変わるなど、ゲノム構造の変化を引き起こしてしまうことが問題になっていました。今回報告する標的一塩基置換法では、このようなゲノム構造の変化は生じず、従来法と比べて精緻なゲノム改変を達成することができました。本研究は、これまで不可能だったミトコンドリアゲノムの人為改変を利用した作物品種改良の基盤技術になることが期待されます。本成果は、2022年5月13日 に米国の国際学術誌「Proceedings of the National Academy of Sciences」に掲載されました。

プレスリリース:https://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/topics_20220516-1.html

Issei Nakazato, Miki Okuno, Chang Zhou, Takehiko Itoh, Nobuhiro Tsutsumi, Mizuki Takenaka, and Shin-ichi Arimura, Targeted base editing in the mitochondrial genome of Arabidopsis thaliana, PNAS 119 (20) e2121177119  doi: 10.1073/pnas.2121177119
[先進ゲノム支援成果公開]
光合成を止(や)めた藻類の100年の謎解く全ゲノム解読に成功
―「植物-(ひく)光合成=動物」ではない―

京都大学大学院農学研究科 神川龍馬准教授、筑波大学計算科学計算センター 中山卓郎助教、国立科学博物館動物研究部 谷藤吾朗研究主幹、国立遺伝学研究所 中村保一教授らの共同研究グループは、地球全体の光合成の約20%に貢献すると言われる珪藻の中で、光合成を止めた種の全ゲノム解読に成功しました。この種は光合成をしない代わりに環境中に溶存する栄養分を吸収して生育していますが、その詳細なメカニズムはわかっていませんでした。本研究では全ゲノム解読に加え、機能している遺伝子を網羅的に検出するトランスクリプトーム解析や生化学実験などを用いた多角的な研究により、本種が光合成を止めた後も葉緑体での物質生産を維持しつつ、周りの養分を効率よく獲得するための能力を増大させていることが明らかとなりました。本成果は、2022年4月29日 に米国の国際学術誌「Science Advances」にオンライン掲載されました。

プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20220430.pdf

Ryoma Kamikawa, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takuro Nakayama, Ryo Onuma, Ugo Cenci, Daniel Moog, Samuel Speak, Krisztina Sarkozi, Andrew Toseland, Cock van Oosterhout, Kaori Oyama, Misako Kato, Keitaro Kume, Motoki Kayama, Tomonori Azuma, Ken-ichiro Ishii, Hideaki Miyashita, Bernard Henrissat, Vincent Lombard, Joe Win, Sophien Kamoun, Yuichiro Kashiyama, Shigeki Mayama, Shin-ya Miyagishima, Goro Tanifuji, Thomas Mock, Yasukazu Nakamura, Genome evolution of a non-parasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida, Science Advances (2022) 8, eabi5075 DOI:10.1126/sciadv.abi5075

2022年3月31日以前の支援成果はこちら

支援による成果論文一覧

第1期「先進ゲノム支援」の支援成果はこちら

班員による支援技術高度化のための成果論文

第1期「先進ゲノム支援」の支援成果はこちら