成果論文一覧

成果発表について
プレスリリース一覧
支援による成果論文一覧
班員による支援技術高度化のための成果論文

成果発表について（支援依頼者のかたへ）

支援を受けた課題に関する論文等の成果を発表された場合は、速やかに支援事務局までご連絡下さい。
プレスリリースをされた場合はURLも併せてご連絡下さい。
論文発表に際しては、「先進ゲノム支援」の支援を受けている事を記載して下さい。
Acknowledgementsに以下のように記載下さい。
「This work was supported by JSPS KAKENHI Grant Number 16H06279 (PAGS) .」

スペースに余裕がない場合は課題番号「16H06279 (PAGS) 」を記載して下さい。
旧「ゲノム支援」の成果を発表される際は、旧「ゲノム支援」の課題番号「221S0002」を記載して下さい。
旧「ゲノム支援」と「先進ゲノム支援」の両方の支援を受け区別が難しい場合は、論文には旧「ゲノム支援」の課題番号221S0002、「先進ゲノム支援」の課題番号16H06279の両方の記載をお願いします。
なお、支援を受けた課題では、支援依頼者に成果報告書の提出を毎年度お願いしています。ご協力をお願い致します。

＜補足事項＞（2019年度公募要項より抜粋）

支援担当者の関与の度合いにより、共著者とする共同研究の形や謝辞に記載する形等、必要に応じ事務局も交えて協議の上、適切な対応をお願いします。
高度かつチャレンジングな課題については、申請者ならびに研究者コミュニティとの協働作業が必須ですので、基本的に支援担当者との共同研究として進めたいと考えます。
本支援活動では情報解析人材育成が特に重要視されています。また情報解析は多大な手間がかかりますので、情報解析支援メンバーによる支援は共同研究の形でお願いします。

プレスリリース一覧

2016年以降、事務局にご報告頂いたプレスリリースを掲載しています。
「先進ゲノム支援」での支援成果論文以外に、旧「ゲノム支援」の成果論文、班員による成果論文も含まれています。

［先進ゲノム支援成果公開］

世界初の植物ミトコンドリアのゲノム編集に成功

東北大学大学院農学研究科の風間智彦助教、玉川大学農学部の肥塚信也教授、東京大学大学院農学生命科学研究科の有村慎一准教授らの研究グループは、ゲノム編集技術TALENによって、これまで不可能とされてきた植物のミトコンドリアゲノム（DNA）に存在する遺伝子を壊すことに成功しました。この成果は、Nature Plants誌（2019年7月8日）に掲載され、東京大学、東北大学、玉川大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース資料：https://www.genome-sci.jp/wp-content/uploads/2019/07/file20190716.pdf

T. Kazama*, M. Okuno, Y. Watari, S. Yanase, C. Koizuka, Y. Tsuruta, H. Sugaya, A. Toyoda, T. Itoh, N. Tsutsumi, K. Toriyama, N. Koizuka*, S. Arimura* (* Corresponding authors) Curing cytoplasmic male sterility via TALEN-mediated mitochondrial genome editing, Nature Plants. (2019) doi：10.1038/s41477-019-0459-z

［ゲノム支援成果公開］

カイコゲノムの新参照配列を公開

東京大学大学院農学生命科学研究科の川本宗孝博士、勝間進准教授、木内隆史助教、嶋田徹教授、及び農研機構の上樂明也主任研究員、横井翔研究員、山本公子ユニット長は、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、藤山秋佐夫特任教授らと共同で、カイコゲノムの新アセンブリを論文公開しました。新アセンブリは、第３世代シーケンサを駆使して得られたもので、全長460.3 Mb, Contig N50 =12.2 Mb, Scaffold N50=16.8 Mb、残存ギャップ30個と、ほぼ染色体レベルで全ゲノムをカバーしており、16,880個の遺伝子モデルを含んでいます。アセンブリ配列はsilkbase(http://silkbase.ab.a.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/download.cgi)からダウンロード可能で、カイコのみならず昆虫研究の全般に寄与することが期待されます。

研究成果概要

Kawamoto M, Jouraku A, Toyoda A, Yokoi K, Minakuchi Y, Katsuma S, Fujiyama A, Kiuchi T, Yamamoto K, Shimada T. High-quality genome assembly of the silkworm, Bombyx mori. Insect Biochem Mol Biol. (2019) doi: 10.1016/j.ibmb.2019.02.002

［先進ゲノム支援成果公開］

裸子植物ソテツの花が発熱するしくみの一端を解明

宮崎大学農学部植物生産環境科学科・稲葉靖子准教授の研究グループは、理化学研究所環境資源科学研究センター・豊岡公徳上級技師、九州大学大学院医学研究院・林哲也教授らの研究グループと共同で、日本の固有種として知られるソテツ（Cycas revoluta）の花の発熱を、世界で初めてサーモグラフィーで捉えることに成功しました。この成果は、世界的な植物科学雑誌の一つであるPlant Physiology誌の2019年6月号（米国東部時間2019年6月3日公開）にオンラインで掲載され、同雑誌の表紙を飾りました。

宮崎大学：（http://www.miyazaki-u.ac.jp/public-relations/20190604_01_press.pdf）

Yasuko Ito-Inaba, Mayuko Sato, Mitsuhiko P. Sato, Yuya Kurayama, Haruna Yamamoto, Mizuki Ohata, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kiminori Toyooka, Takehito Inaba, Alternative oxidase capacity of mitochondria in microsporophylls may function in cycad thermogenesis, Plant Physiology. (2019) https://doi.org/10.1104/pp.19.00150

［先進ゲノム支援成果公開］

海から川や湖へ！魚の淡水進出を支えた鍵遺伝子の発見

情報・システム研究機構国立遺伝学研究所の石川麻乃助教と北野潤教授らの国際共同研究チームは、進化生物学のモデル生物であるトゲウオを用いて、魚が海から淡水域へ進出する際に鍵となった遺伝子を発見しました。この成果は2019年5月31日（米国東部標準時）に米国科学雑誌「Science」に掲載され、国立遺伝学研究所よりプレスリリースされました。

国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20190531.pdf）

Asano Ishikawa, Naoki Kabeya, Koki Ikeya, Ryo Kakioka, Jennifer N. Cech, Naoki Osada, Miguel C. Leal, Jun Inoue, Manabu Kume, Atsushi Toyoda, Ayumi Tezuka, Atsushi J. Nagano, Yo Y. Yamasaki, Yuto Suzuki, Tomoyuki Kokita, Hiroshi Takahashi, Kay Lucek, David Marques, Yusuke Takehana, Kiyoshi Naruse, Seiichi Mori, Oscar Monroig, Nemiah Ladd, Carsten J. Schubert, Blake Matthews, Catherine L. Peichel, Ole Seehausen, Goro Yoshizaki, and Jun Kitano, A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiation in fishes. Science (2019) doi:10.1126/science.aau5656

［班員による成果公開］

両親由来のゲノム配列を個別に決定する新手法

東京工業大学生命理工学院生命理工学系の梶谷嶺助教、吉村大大学院生（博士後期課程3年・研究当時）、奥野未来研究員、伊藤武彦教授らの研究チームは、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、小原雄治特任教授、東京大学の窪川かおる特任教授らと共同で、真核生物のゲノム配列決定において、両親由来の配列を区別し、高精度にそれぞれを決定する、新しい情報解析手法の開発に成功しました。本成果は、2019年4月12日付けの「Nature Communications」に掲載され、東京工業大学、国立遺伝学研究所よりプレスリリースされました。

東京工業大学：（https://www.titech.ac.jp/news/2019/044185.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2019/04/research-highlights_ja/pr20190422.html）

Rei Kajitani, Dai Yoshimura, Miki Okuno, Yohei Minakuchi, Hiroshi Kagoshima, Asao Fujiyama, Kaoru Kubokawa, Yuji Kohara, Atsushi Toyoda & Takehiko Itoh, Platanus-allee is a de novo haplotype assembler enabling a comprehensive access to divergent heterozygous regions., Nature Communications (2019) doi:10.1038/s41467-019-09575-2

［ゲノム支援成果公開］

鳥の糞から柑橘類の葉へ～アゲハ幼虫の変身を制御する遺伝子の発見～

東京大学大学院新領域創成科学研究科の金弘渊大学院生と藤原晴彦教授らは、アゲハチョウ幼虫の擬態紋様の変化を制御する遺伝子を発見しました。この成果は2019年4月10日に米国科学雑誌「Science Advances」オンラインジャーナルに掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース：http://www.k.u-tokyo.ac.jp/info/images/uploads/pdf/web】新領域アゲハ幼虫の変身を制御する遺伝子の発見fj.pdf

H. Jin, T. Seki, J. Yamaguchi and H. Fujiwara, Prepatterning of Papilio xuthus caterpillar camouflage is controlled by three homeobox genes: clawless, abdominal-A, and Abdominal-B., Science Avances (2019) doi:10.1126/sciadv.aav7569

［ゲノム支援成果公開］

骨格性下顎前突症の原因遺伝子の一つを発見

梶井貴史准教授(矯正歯科学分野)と東海大学の岡晃講師および東京大学の三井純特任准教授らの研究グループは、次世代シークエンサーを用いたエクソーム解析により、カルシウム依存性陰イオンチャネルを塩基配列として持つBEST3遺伝子のヘテロ接合性変異が骨格性下顎前突症(下あごが上あごより前に出る噛み合わせ)の原因遺伝子の一つであることを発見しました。この研究は2019年3月に米国の科学雑誌「Bone」に掲載されました。

プレスリリース：https://www.fdcnet.ac.jp/col/news/archives/105

Kajii TS, Oka A, Saito F, Mitsui J, Iida J., Whole-exome sequencing in a Japanese pedigree implicates a rare non-synonymous single-nucleotide variant in BEST3 as a candidate for mandibular prognathism, Bone (2019) doi:10.1016/j.bone.2019.03.004

［先進ゲノム支援成果公開］

シングルセル解析によって樹状細胞に分化する早期運命決定の仕組みを解明

横浜市立大学大学院医学研究科免疫学黒滝大翼講師、川瀬航大学院生や田村智彦教授らの研究グループは、東京大学、米国国立衛生研究所と共同で、がん免疫や病原体に対する感染防御に重要な樹状細胞の新たな産生経路と分化制御の分子メカニズムを明らかにしました。この成果は2019年2月23日に「Blood」オンライン版に掲載され、横浜市立大学からプレスリリースされました。

プレスリリース：https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/201902kurotaki.html

Kurotaki D, Kawase W, Sasaki H, Nakabayashi J, Nishiyama A, Morse HC III, Ozato K, Suzuki Y, Tamura T, Epigenetic control of early dendritic cell lineage specification by the transcription factor IRF8 in mice, Blood (2019) doi:10.1182/blood-2018-06-857789

［ゲノム支援成果公開］

機械学習と次世代シークエンス技術の活用により日本人集団の白血球の血液型を解明

大阪大学大学院医学系研究科の平田潤大学院生、岡田随象教授（遺伝統計学）らの研究グループは、次世代シークエンス技術と機械学習を用いて、日本人集団における白血球の血液型が11パターンで構成されており、その個人差が、病気や量的形質を含む50以上の表現型に関わっていることを明らかにしました。本研究成果は、英国科学誌「Nature Genetics」に、１月29日（火）午前１時（日本時間）に公開され、大阪大学からプレスリリースされました。

プレスリリース資料：（https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20190129.pdf）
大阪大学：（https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2019/20190129_1）

Jun Hirata, Kazuyoshi Hosomichi, Saori Sakaue, Masahiro Kanai, Hirofumi Nakaoka, Kazuyoshi Ishigaki, Ken Suzuki, Masato Akiyama, Toshihiro Kishikawa, Kotaro Ogawa, Tatsuo Masuda, Kenichi Yamamoto, Makoto Hirata, Koichi Matsuda, Yukihide Momozawa, Ituro Inoue, Michiaki Kubo, Yoichiro Kamatani, Yukinori Okada. Genetic and phenotypic landscape of the MHC region in the Japanese population. Nature Genetics (2019) doi:10.1038/s41588-018-0336-0

［ゲノム支援成果公開］

冬眠ハムスターの白色脂肪組織に冬支度の秘密をみる

北海道大学低温科学研究所の山口良文教授，東京大学大学院薬学系研究科大学院生（当時）の茶山由一氏，三浦正幸教授，自然科学研究機構基礎生物学研究所の重信秀治准教授，福山大学薬学部の田村豊教授らの研究グループは，餌を貯蔵しながら冬眠する哺乳類シリアンハムスターが，冬眠時，エネルギーを蓄える機能をもつ白色脂肪組織において，脂肪を合成する同化系と分解する異化系の両方を著しく増強させることを解明しました。この成果は2019 年 1 月 28 日に「Frontiers in Physiology」にオンライン公開され、北海道大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース：https://www.hokudai.ac.jp/news/190129_pr.pdf

Chayama Y, Ando L, Sato Y, Shigenobu S, Anegawa D, Fujimoto T, Taii H, Tamura Y, Miura M, Yamaguchi Y., Molecular Basis of White Adipose Tissue Remodeling That Precedes and Coincides With Hibernation in the Syrian Hamster, a Food-Storing Hibernator, Frontiers in Physiology (2019) doi:10.3389/fphys.2018.01973

［先進ゲノム支援成果公開］

メタゲノムとエピゲノムを融合した「メタエピゲノム」解析の提唱と実証

東京大学の平岡聡史大学院生（現：海洋研究開発機構特任研究員）、按田瑞恵特別研究員、岩崎渉准教授と、京都大学、遺伝学研究所との共同研究チームは、第3世代シーケンサーと呼ばれる1分子DNAシーケンサーを活用することで、環境細菌叢のDNAメチル化修飾を観測する新たな手法「メタエピゲノム解析」を提唱し、その有効性を実証しました。この研究成果は「Nature Communications」（1月11日付オンライン版）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース：http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2019/6232/

Hiraoka S, Okazaki Y, Anda M, Toyoda A, Nakano SI, Iwasaki W., Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community, Nat Commun (2019) doi:10.1038/s41467-018-08103-y

［先進ゲノム支援成果公開］

ニューロンを作る幹細胞と作らない幹細胞～何が違いを決める？

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました東京大学大学院薬学系研究科の壷井將史大学院生、岸雄介講師、平林祐介准教授、後藤由季子教授らの研究グループは、マウス大脳の神経幹細胞を用い、組織幹細胞が特定の細胞だけを生み出せる機構のひとつを明らかにしました。ポリコーム群タンパク質の制御によって、神経幹細胞におけるニューロン分化能等の「幹細胞の操作」が可能になれば、将来再生医療に貢献することが期待されます。本研究成果2018年12月17日付けの米科学誌「Developmental Cell」に掲載され、東京大学、AMEDからプレスリリースされました。

東京大学：（https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/press/z0111_00006.html）
日本医療研究開発機構：（https://www.amed.go.jp/news/release_20181218-01.html）

Masafumi Tsuboi, Yusuke Kishi,#* Wakana Kyozuka, Haruhiko Koseki, Yusuke Hirabayashi, and Yukiko Gotoh* (#Co-first author, *Corespondence), Ubiquitination-independent repression of PRC1 targets during neuronal fate restriction in the developing mouse neocortex, Developmental Cell. (2018) doi:10.1016/j.devcel.2018.11.018.

［ゲノム支援成果公開］

植物の多様な精子の形成の進化的起源を解明

荒木崇教授、肥後あすか博士学生（現・横浜市立大学特任助教）、Frederic Berger グレゴールメンデル研究所グループリーダー、河島友和研究員（現・ケンタッキー大学助教）、河内孝之教授らの研究グループは、英国レスター大学、スペイン国立バイオテクノロジーセンター、神戸大学、日本女子大学、広島大学、金沢大学、立教大学、近畿大学、東京大学と共同で、植物における精子の形成が、約７億年前に陸上植物の祖先にあたる藻類でおこった新しい遺伝子（DUO1）の獲得により始まったことを明らかにしました。本研究成果は、2018年12月11日に、国際学術誌「Nature Communications」のオンライン版に掲載され、京都大学からプレスリリースされました。

京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/181211_1.html）

Higo A, Kawashima T, Borg M, Zhao M, López-Vidriero I, Sakayama H, Montgomery SA, Sekimoto H, Hackenberg D, Shimamura M, Nishiyama T, Sakakibara K, Tomita Y, Togawa T, Kunimoto K, Osakabe A, Suzuki Y, Yamato KT, Ishizaki K, Nishihama R, Kohchi T, Franco-Zorrilla JM, Twell D, Berger F, Araki T. , Transcription factor DUO1 generated by neo-functionalization is associated with evolution of sperm differentiation in plants. , Nat Commun. (2018) doi:10.1038/s41467-018-07728-3.

［先進ゲノム支援成果公開］

世界初！細胞核内におけるセントロメア領域の立体的配置を解明

大阪大学大学院生命機能研究科の深川竜郎教授・西村浩平特任助教（常勤）らの研究グループは、ゲノム中のセントロメアを含む領域が細胞核内でどのように配置されているかを世界で初めて明らかにしました。本研究成果は、米国科学誌「Journal of Cell Biology」に、2018年11月5日に掲載されました。

大阪大学：（https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2018/20181105_1）

Kohei Nishimura, Masataka Komiya, Tetsuya Hori Takehiko Itoh, and Tatsuo Fukagawa, 3D genomic architecture reveals that neocentromeres associate with heterochromatin regions, J. Cell Biol. (2018) doi:10.1083/jcb.201805003

［ゲノム支援成果公開］

ほぼ全ての脊椎動物に共通するフェロモン受容体を発見

東京工業大学生命理工学院の二階堂雅人准教授と鈴木彦有大学院生（研究当時：博士後期課程、現：日本バイオデータ）、バイオ研究基盤支援総合センターの廣田順二准教授、生命理工学院の伊藤武彦教授が中心の研究グループは、115種におよぶ生物種の全ゲノム配列を網羅的に解析して、ほぼ全ての脊椎動物が共有する極めて珍しいタイプのフェロモン受容体遺伝子を発見しました。この成果は、2018年9月24日に米国の学術誌『Molecular Biology and Evolution』に掲載され、東京工業大学よりプレスリリースされました。

東京工業大学：（https://www.titech.ac.jp/news/2018/042562.html）

Suzuki, H., Nishida, H., Kondo, H., Yoda, R., Iwata, T., Nakayama, K., Enomoto, T., Wu, J., Moriya-Ito, K., Miyazaki, M., Wakabayashi, Y., Kishida, T., Okabe, M., Suzuki, Y., Ito, T., Hirota, J., Nikaido, M., A single pheromone receptor gene conserved across 400 million years of vertebrate evolution, Molecular Biology and Evolution (2018) doi:10.1093/molbev/msy186

［ゲノム支援成果公開］

テントウムシの多様な斑紋を決定する遺伝子の特定に成功

2014年、2015年に新学術領域研究「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました、基礎生物学研究所の安藤俊哉助教と新美輝幸教授らの研究チームは、東京工業大学の伊藤武彦教授らのグループ、基礎生物学研究所の重信秀治特任准教授らのグループ、明治大学の矢野健太郎教授らのグループ、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授らのグループ、東京大学の鈴木穣教授らのグループからなる共同研究チームにより、テントウムシの多様な翅の斑紋（模様）を決定する遺伝子の特定に成功しました。
本研究成果はNature Communications誌 2018年9月21日号に掲載され（＊）、基礎生物学研究所、国立遺伝学研究所からプレスリリースされました。

基礎生物学研究所：（http://www.nibb.ac.jp/press/2018/09/21.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/09/research-highlights_ja/20180921.html）

＊：Toshiya Ando, Takeshi Matsuda, Kumiko Goto, Kimiko Hara, Akinori Ito, Junya Hirata, Joichiro Yatomi, Rei Kajitani, Miki Okuno, Katsushi Yamaguchi, Masaaki Kobayashi, Tomoyuki Takano, Yohei Minakuchi, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Kentaro Yano, Takehiko Itoh, Shuji Shigenobu, Atsushi Toyoda, and Teruyuki Niimi. Repeated inversions within a pannier intron drive diversification of intraspecific colour patterns of ladybird beetles. Nature Communications, volume 9, Article number: 3843 (2018) DOI: 10.1038/s41467-018-06116-1

［先進ゲノム支援成果公開］

ゲノム編集でDNA三次元構造の形成機構解明

2016年に新学術領域研究「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました、慶應義塾大学医学部・大学院医学研究科iPS細胞エピジェネティクス研究医学寄附講座の菱川慶一特任准教授、生理学教室の辻村太郎特任助教らは、最先端のゲノム編集技術を用いて、CTCFと呼ばれるタンパク質が、ゲノムDNAへのある特定の結合パターンに従って、DNAの三次元構造を多層的に制御する機構を詳細に解明しました。本研究成果は「Epigenetics & Chromatin」に2018年9月14日に掲載され（＊）、慶應義塾大学からプレスリリースされました。

慶應義塾大学：（https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2018/9/14/28-48009/）

＊：Taro Tsujimura1,2* , Osamu Takase1,2, Masahiro Yoshikawa1,2, Etsuko Sano1,2, Matsuhiko Hayashi3 , Tsuyoshi Takato4,5, Atsushi Toyoda6 , Hideyuki Okano2 and Keiichi Hishikawa. Control of directionality of chromatin folding for the inter- and intra-domain contacts at the Tfap2c–Bmp7 locus. Epigenetics & Chromatin (2018) doi:10.1186/s13072-018-0221-1

［ゲノム支援成果公開］

小鳥の歌学習，日齢ではなく発声練習量が重要

北海道大学大学院理学研究院の和多和宏准教授らの研究グループは，小鳥の音声発声学習（歌学習）に適した時期（学習臨界期）が，発声練習の経験量によって制御されていることを明らかにしました。本研究成果は，アメリカ東部時間 2018 年 9 月 12 日公開の PLoS Biology に掲載され、北海道大学からプレスリリースされました。

北海道大学：（https://www.hokudai.ac.jp/news/180921_pr.pdf）

Hayase S, Wang H, Ohgushi E, Kobayashi M, Mori C, Horita H, Mineta K, Liu WC, Wada K. , Vocal practice regulates singing activity-dependent genes underlyingage-independent vocal learning in songbirds. , PLoS Biology (2018) doi:10.1371/journal.pbio.2006537

［先進ゲノム支援成果公開］

卵巣子宮内膜症と正常子宮内膜における遺伝子変異を解明

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました、新潟大学大学院医歯学総合研究科の榎本隆之教授、吉原弘祐助教、須田一暁特任助教らの共同研究グループは、卵巣子宮内膜症と正常子宮内膜の網羅的な遺伝子解析を行い、癌に関連する遺伝子変異がすでに良性腫瘍や正常組織に起きていることを明らかにしました。本研究結果はCell Reportsに2018年8月15日に掲載され、新潟大学からプレスリリースされました。

新潟大学：（https://www.niigata-u.ac.jp/wp-content/uploads/2018/08/re_topi300816.pdf）

Suda K, Nakaoka H, Yoshihara K, Ishiguro T, Tamura R, Mori Y, Yamawaki K, Adachi S, Takahashi T, Kase H, Tanaka K, Yamamoto T, Motoyama T, Inoue I, Enomoto T., Clonal Expansion and Diversification of Cancer-Associated Mutations in Endometriosis and Normal Endometrium., Cell Rep. (2018) doi:10.1016/j.celrep.2018.07.037

［先進ゲノム支援成果公開］

筋肉が嗅覚ニューロンに影響を与え体の温度耐性を調節

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました甲南大学理工学部の久原篤教授、宇治澤知代元研究員、太田茜研究員らの研究チームは、ヒトにおいて詳細な役割が未知である ENDOU（エンドウ）と呼ばれる RNA分解酵素が、寿命や温度耐性、産卵数や神経シナプスの刈り込み注１）など、多様な生命現象に関与していることを線虫の解析から明らかにしました。本研究の成果は、2018年8月13日に米国科学アカデミー紀要「Proceedings of the National Academy of Sciences of USA（PNAS）」に掲載され、甲南大学からプレスリリースされました。

甲南大学：（http://www.konan-u.ac.jp/news/wp/wp-content/uploads/2018/08/public-relations-department/20180809pressrelease-1.pdf）

Ujisawa T., Ohta A., Ii T., Minakuchi Y., Toyoda A., Ii M., Kuhara A., Endoribonuclease ENDU-2 regulates multiple traits including cold tolerance via cell autonomous and nonautonomous controls in C. elegans, PNAS (2018) doi:10.1073/pnas.1808634115

［ゲノム支援成果公開］

シャジクモの全ゲノム解読により陸上植物進化の起源を探る

金沢大学学際科学実験センターの西山智明助教、神戸大学大学院理学研究科の坂山英俊准教授、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、東京大学大学院新領域創成科学研究科の鈴木穣教授、ドイツ・マールブルク大学のStefan Rensing教授らの国際共同研究グループは、シャジクモの概要ゲノムを解読し、他の藻類および陸上植物との比較により、シャジクモの系統と陸上植物の系統の分岐前後における遺伝子レベルの進化の一端を明らかにしました。本研究成果は、2018年7月12日に米国学術雑誌「Cell」のオンライン版に掲載されるとともに、本研究に関する画像が「Cell」の表紙を飾りました。また、シャジクモのゲノム配列はDDBJより公開されました。

金沢大学：（https://www.kanazawa-u.ac.jp/rd/59093）
神戸大学：（http://www.kobe-u.ac.jp/research_at_kobe/NEWS/news/2018_07_31_01.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/07/research-highlights_ja/20180731.html）

Nishiyama T, Sakayama H, de Vries J, Buschmann H, Saint-Marcoux D, Ullrich KK, Haas FB, Vanderstraeten L, Becker D, Lang D, Vosolsobě S, Rombauts S, Wilhelmsson PKI, Janitza P, Kern R, Heyl A, Rümpler F, Villalobos LIAC, Clay JM, Skokan R, Toyoda A, Suzuki Y, Kagoshima H, Schijlen E, Tajeshwar N, Catarino B, Hetherington AJ, Saltykova A, Bonnot C, Breuninger H, Symeonidi A, Radhakrishnan GV, Van Nieuwerburgh F, Deforce D, Chang C, Karol KG, Hedrich R, Ulvskov P, Glöckner G, Delwiche CF, Petrášek J, Van de Peer Y, Friml J, Beilby M, Dolan L, Kohara Y, Sugano S, Fujiyama A, Delaux PM, Quint M, Theißen G, Hagemann M, Harholt J, Dunand C, Zachgo S, Langdale J, Maumus F, Van Der Straeten D, Gould SB, Rensing SA., The Chara Genome: Secondary Complexity and Implications for Plant Terrestrialization, Cell (2018) doi:10.1016/j.cell.2018.06.033

［ゲノム支援成果公開］［先進ゲノム支援成果公開］

最先端技術を用いた古人骨全ゲノム解析から東南アジアと日本列島における
人類集団の起源の詳細を解明

「ゲノム支援」「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました金沢大学の覺張隆史特任助教、田嶋敦教授、北里大学の太田博樹准教授およびコペンハーゲン大学が中心となって進めている古代ゲノム研究の国際研究チームは、日本列島の縄文時代遺跡や東南アジアから出土した古人骨 26 個体のゲノム解析を実施し，今日の東南アジアで生活する人々の起源と過去の拡散過程を解明しました。今回，ゲノム解読がなされた縄文人骨は，愛知県田原市の伊川津（いかわづ）貝塚遺跡から出土した約2500年前の縄文晩期の女性人骨で，縄文人の全ゲノム配列を解読した例としては世界で初めての公表となります。本研究成果は，2018年7月6日に国際学術誌「Science」に掲載され、金沢大学よりプレスリリースされました。

金沢大学：（https://www.kanazawa-u.ac.jp/wp-content/uploads/2018/07/180709.pdf）

McColl H, Racimo F, Vinner L, Demeter F, Gakuhari T, Moreno-Mayar JV, van Driem G, Gram Wilken U, Seguin-Orlando A, de la Fuente Castro C, Wasef S, Shoocongdej R, Souksavatdy V, Sayavongkhamdy T, Saidin MM, Allentoft ME, Sato T, Malaspinas AS, Aghakhanian FA, Korneliussen T, Prohaska A, Margaryan A, de Barros Damgaard P, Kaewsutthi S, Lertrit P, Nguyen TMH, Hung HC, Minh Tran T, Nghia Truong H, Nguyen GH, Shahidan S, Wiradnyana K, Matsumae H, Shigehara N, Yoneda M, Ishida H, Masuyama T, Yamada Y, Tajima A, Shibata H, Toyoda A, Hanihara T, Nakagome S, Deviese T, Bacon AM, Duringer P, Ponche JL, Shackelford L, Patole-Edoumba E, Nguyen AT, Bellina-Pryce B, Galipaud JC, Kinaston R, Buckley H, Pottier C, Rasmussen S, Higham T, Foley RA, Lahr MM, Orlando L, Sikora M, Phipps ME, Oota H, Higham C, Lambert DM, Willerslev E. The prehistoric peopling of Southeast Asia, Science (2018) doi:10.1126/science.aat3628

［先進ゲノム支援成果公開］

細胞内ウイルスセンサータンパク質による新しい生体防御の仕組みを発見

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました東京大学理学系研究科の高橋朋子助教、中野悠子（博士課程３年）、程久美子准教授らの研究グループは、これまで細胞内ウイルスセンサーのひとつであるとされながらも機能が不明であった「LGP2」というタンパク質が、遺伝子発現の制御機構であるRNAサイレンシングを促進する「TRBP」というタンパク質と相互作用することで、TRBPが結合する特定のマイクロRNA群の機能を制御することを明らかにしました。本研究成果は，Nucleic Acids Research（オンライン版：6月25日）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学：（https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2018/5946/）

Takahashi T, Nakano Y, Onomoto K, Murakami F, Komori C, Suzuki Y, Yoneyama M, Ui-Tei., LGP2 virus sensor regulates gene expression network mediated by TRBP-bound microRNAs., Nucleic Acids Res. (2018) doi:10.1093/nar/gky575

［先進ゲノム支援成果公開］

ノンコーディングRNAの新暗号を解読

「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました北海道大学遺伝子病制御研究所の廣瀬哲郎教授，山崎智弘助教らの国際共同研究グループは，ノンコーディングRNA（ncRNA）の一つである NEAT1に潜むRNA暗号の解明に成功しました。本研究成果は2018年6月21日にMolecular Cell誌に掲載され、北海道大学よりプレスリリースされました。

北海道大学：（https://www.hokudai.ac.jp/news/180622_pr2.pdf）

Tomohiro Yamazaki, Sylvie Souquere, Takeshi Chujo, Simon Kobelke, Yee Seng Chong, Archa H. Fox, Charles S. Bond, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose, Functional domains of NEAT1 architectural lncRNA induce paraspeckle assembly through phase separation., Molecular Cell (2018) doi:10.1016/j.molcel.2018.05.019

［ゲノム支援成果公開］

胚が子宮内膜に浸潤する着床のメカニズムを解明

東京大学医学部附属病院の廣田泰講師らは、遺伝子改変マウスを用いた研究を行い、低酸素で誘導される転写因子である低酸素誘導因子が子宮内膜で作用して胚浸潤の過程を調節していること、子宮内膜間質の HIF が重要な働きを持っており、子宮内膜管腔上皮をはがして子宮内膜間質を露出させ胚が子宮内膜間質に入り込みやすくすると同時に、子宮内膜間質が胚とじかに接することによって胚が生存できるよう働きかけていることを明らかにしました。この研究成果は2018年6月19日に「Journal of Clinical Investigation」（オンライン版）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース：http://www.h.u-tokyo.ac.jp/vcms_lf/release_20180619.pdf

Matsumoto L, Hirota Y, Saito-Fujita T, Takeda N, Tanaka T, Hiraoka T, Akaeda S, Fujita H, Shimizu-Hirota R, Igaue S, Matsuo M, Haraguchi H, Saito-Kanatani M, Fujii T, Osuga Y., HIF2α in the uterine stroma permits embryo invasion and luminal epithelium detachment, J Clin Invest (2018) doi:10.1172/JCI98931

［班員による成果公開］

環境と微生物をビッグデータでつなぐ

情報・システム研究機構国立遺伝学研究所の東光一特任研究員および黒川顕教授らのグループは、微生物群集構造の大規模データから様々な環境と微生物とのつながりを明らかにし、その結果を利用して環境と微生物のつながりを可視化するウェブツール「LEA」（http://leamicrobe.jp）を開発しました。本研究成果は、「PLOS Computational Biology」に平成30年6月6日午後2時（米国東部標準時間）に掲載され、国立遺伝学研究所からプレスリリースされました。

国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/06/research-highlights_ja/20180619.html）

Koichi Higashi, Shinya Suzuki, Shin Kurosawa, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa, Latent environment allocation of microbial community data, PLOS Computational Biology (2018) doi:10.1371/journal.pcbi.1006143

［ゲノム支援成果公開］

イモリは再生因子を赤血球で運んでいる!?～血液の概念を変える新発見～

筑波大学生命環境系千葉親文教授、中谷敬教授（当時）、八畑謙介講師、丸尾文昭助教、櫻井啓輔助教、同生命環境科学研究科生物科学専攻 Roman M. Casco-Robles院生（D3、MEXT研究留学生）、宇都宮大学大学院工学研究科外山史准教授、山形大学学術研究院渡邉明彦教授、熊本大学大学院先端科学研究部（理学系）江頭恒准教授、名古屋大学アイソトープ総合センター竹島一仁准教授（当時）、北里大学医療衛生学部小畑秀一准教授、立教大学理学部木下勉教授、玉川大学農学部有泉高史教授、日本獣医生命科学大学獣医学部中田友明講師らの研究グループ（イモリネットワークNNNプロジェクトグループ）は、アカハライモリの遺伝子（ｍRNA）情報を網羅する新たなデータベースを独自に開発し、公開しました。本研究の成果は2018年5月10日付でScientific Reportsに公開されました。

筑波大学：（https://www.tsukuba.ac.jp/wp-content/uploads/180524chiba-1.pdf）
宇都宮大学：（http://www.utsunomiya-u.ac.jp/topics/2018/05/006538.php）
玉川大学：（http://www.tamagawa.jp/graduate/news/detail_14463.html）
北里大学：（https://www.kitasato.ac.jp/jp/news/20180525-01.html）

Casco-Robles, R.M., Watanabe, A., Eto, K., Takeshima, K., Obata, S., Kinoshita, T., Ariizumi, T., Nakatani, K., Nakada, T., Tsonis, P.A., Casco-Robles, M.M., Sakurai, K., Yahata, K., Maruo, F., Toyama, F. and Chiba, C. , Novel erythrocyte clumps revealed by an orphan gene Newtic1 in circulating blood and regenerating limbs of the adult newt., Scientific Reports (2018) doi:10.1038/s41598-018-25867-x

［ゲノム支援成果公開］

動物はどうやって危険を察知することができるようになるのか？

総合研究大学院大学院生（当時）のPradeep Lal博士と情報・システム研究機構国立遺伝学研究所川上浩一教授らの研究グループは、モデル生物のゼブラフィッシュにおいて特定の脳神経細胞を可視化したり、操作したりする技術の開発に成功してきました。今回、これらの技術を駆使して、終脳のDmとよばれる領域の特定の神経細胞が恐怖条件付け学習に重要であることを突き止めました。本研究成果は、英国電子ジャーナルBMC Biologyに2018年4月25日午前2時（グリニッジ標準時）に掲載され、国立遺伝学研究所よりプレスリリースされました。

プレスリリース：https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/04/research-highlights_ja/20180425.html

Lal, P., Tanabe, H., Suster, M.L., Ailani, D., Kotani, Y., Muto, A., Itoh, M., Iwasaki, M., Wada, H., Yaksi, E., and Kawakami, K., Identification of a neuronal population in the telencephalon essential for fear conditioning in zebrafish, BMC Biology (2018) doi:10.1186/s12915-018-0502-y

［ゲノム支援成果公開］

ダーウィンの時代ウォレスが注目したナガサキアゲハの擬態の謎に迫る

東京大学大学院新領域創成科学研究科の藤原晴彦教授らは、ナガサキアゲハのベイツ型擬態の原因遺伝子領域を解明するとともに、その構造や進化に関して興味深い事実を明らかにした。本研究成果は、「Science Advances」オンラインジャーナルに掲載され、東京大学からプレスリリースされました。

東京大学：（http://www.k.u-tokyo.ac.jp/info/entry/22_entry640/）

Iijima, T., Kajitani, R., Komata, S., Lin, C-P., Sota, T., Itoh, T. and Fujiwara, H., Parallel evolution of Batesian mimicry supergene in two Papilio butterflies, P. polytes and P. memnon., Science Advances (2018) doi:10.1126/sciadv.aao5416

［ゲノム支援成果公開］

数千個の1細胞からRNA量と種類を正確に計測

理化学研究所（理研）情報基盤センターバイオインフォマティクス研究開発ユニットの笹川洋平上級センター研究員、團野宏樹センター研究員（研究当時）、二階堂愛ユニットリーダーらの共同研究チーム※は、大量の1細胞由来RNAを網羅的、高精度かつ低コストで計測する高出力型1細胞RNAシーケンス法「Quartz-Seq2（クォーツ・セックツー）」を開発しました。本研究は、英国の科学雑誌『Genome Biology』（2018年3月9日付）に掲載され、理化学研究所からプレスリリースされました。

理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180313_3/）

Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Hitomi Takada, Masashi Ebisawa, Kaori Tanaka, Tetsutaro Hayashi, Akira Kurisaki and Itoshi Nikaido, Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads, Genome Biology (2018) doi:10.1186/s13059-018-1407-3

［ゲノム支援成果公開］

最初のオスとメスを生み出した性染色体領域を全ゲノム解読から解明

「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました東京大学大学院理学系研究科と国立遺伝学研究所等の研究グループは、性進化のモデル生物群「緑藻ボルボックス系列」の次世代シーケンスを用いた全ゲノム解読を実施し、オスとメスが誕生した直前と直後に相当する生物の性染色体領域の全貌を明らかにしました。本研究成果は2018年3月8日にCommunications Biology誌に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5786/）

Hamaji, T., Kawai-Toyooka,H., Uchimura, H., Suzuki, M., Noguchi, H., Minakuchi, Y., Toyoda, A., Fujiyama, A., Miyagishima,S., Umen, J. G. And Nozaki, H., Anisogamy evolved with a reduced sex-determining region in volvocine green algae., Communications Biology (2018) doi:10.1038/s42003-018-0019-5

［先進ゲノム支援成果公開］

バイオインフォマティクスで貪食細胞分化の詳細な仕組みを解明

「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました横浜市立大学黒滝大翼講師や田村智彦教授らの研究グループは、東北大学、東京大学、米国国立衛生研究所と共同で、感染防御やがん免疫に関わる貪食細胞の産生における遺伝子発現制御の分子メカニズムを解明しました。本研究成果は、2018年3月6日にCell Reportsに掲載され、横浜市立大学よりプレスリリースされました。

横浜市立大学：（https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/20180307Kurotaki.html）

Kurotaki D, Nakabayashi J, Nishiyama A, Sasaki H, Kawase W, Kaneko N, Ochiai K, Igarashi K, Ozato K, Suzuki Y, Tamura T, Transcription factor IRF8 governs enhancer landscape dynamics in mononuclear phagocyte progenitors, Cell Reports (2018) doi:10.1016/j.celrep.2018.02.048

［ゲノム支援成果公開］

1細胞から多種多様なRNAのふるまいを計測

理化学研究所（理研）情報基盤センターバイオインフォマティクス研究開発ユニットの林哲太郎センター研究員、尾崎遼基礎科学特別研究員、二階堂愛ユニットリーダーらの研究チームは、これまで検出が難しかった多様なRNAの発現量と完全長を1細胞で計測できる「1細胞完全長トータルRNAシーケンス法『RamDA-seq』」を開発しました。本研究は、英国のオンライン科学雑誌『Nature Communications』（2月12日付け）に掲載されました。

理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180214_1/）

Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Hiroki Danno & Itoshi Nikaido, Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs, Nature Communications (2018) doi:10.1038/s41467-018-02866-0

［先進ゲノム支援成果公開］

心不全における RNA 分解とオートファジー細胞死が果たす新しい役割を解明

「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました秋田大学大学院医学系研究科分子機能学・代謝機能学講座の久場敬司教授らの研究グループは、沖縄科学技術大学院大学(OIST)、医薬基盤・健康・栄養研究所、東京医科歯科大学、東京大学、新潟大学、近畿大学、産業技術総合研究所、オーストリア分子生物学研究所(IMBA)との共同研究により、細胞内のRNA分解因子である CCR4-NOT蛋白質複合体がオートファジー分子Atg7を介した細胞死を阻害することにより心機能改善効果をもたらすことを発見しました。本研究成果は2018年2月6日に米国科学雑誌「Science Signaling」のオンライン速報版に掲載され、秋田大学よりプレスリリースされました。

秋田大学：（http://www.akita-u.ac.jp/honbu/event/img/pro30655_01_dl.pdf）

Yamaguchi T, Suzuki T, Sato T, Takahashi A, Watanabe H, Kadowaki A, Natsui M, Inagaki H, Arakawa S, Nakaoka S, Koizumi Y, Seki S, Adachi S, Fukao A, Fujiwara T, Natsume T, Kimura A, Komatsu M, Shimizu S, Ito H, Suzuki Y, Penninger JM, Yamamoto T, Imai Y, Kuba K., The CCR4-NOT deadenylase complex controls Atg7-dependent cell death and heart function., Science Signaling (2018) doi:10.1126/scisignal.aan3638

［ゲノム支援成果公開］

光を利用するか、それとも避けるか？　～海洋細菌の二種類の光適応戦略の解明～

東京大学大気海洋研究所の熊谷洋平大学院生、吉澤晋准教授、木暮一啓教授、岩崎渉准教授と、同大学院総合文化研究科・新領域創成科学研究科・理学系研究科、九州大学、早稲田大学、ハワイ大学との共同研究チームは、大規模なゲノム（注2）データ解析を行い、海洋表層に生息する細菌には光からエネルギーを得る「太陽電池型」と色素で光を遮る「日傘型」の適応戦略があることを発見しました。

東京大学：（http://www.aori.u-tokyo.ac.jp/research/news/2018/20180206.html）

Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Yu Nakajima, Mai Watanabe, Tsukasa Fukunaga, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Masahiko Ikeuchi, Kazuhiro Kogure, Edward F. DeLong and Wataru Iwasaki., Solar-panel and parasol strategies shape the proteorhodopsin distribution pattern in marine Flavobacteriia., The ISME journal (2018) doi:10.1038/s41396-018-0058-4

［ゲノム支援成果公開］

見た目は植物ウイルス、でも昆虫細胞に持続感染しているウイルスの謎

「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました宇都宮大学と東京大学のグループは、カイコマキュラウイルスに感染したカイコ培養細胞におけるトランスクリプトーム解析によって、マキュラウイルスの持続感染が、宿主のsmall interfering RNA (siRNA)、およびPIWI-interacting RNA (piRNA)という2 種類の小分子RNAによって制御されていることを発見し、これら2つの経路による制御が持続感染成立のコアメカニズムの一端を担っていることを明らかにしました。本研究成果は2018年１月17日に科学雑誌「DNA Research」オンライン版に掲載されました。

東京大学：（http://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/2018/20180119-1.html）
宇都宮大学：（http://www.utsunomiya-u.ac.jp/topics/2018/01/006117.php）

Katsuma S, Kawamoto M, Shoji K, Aizawa T, Kiuchi T, Izumi N, Ogawa M, Mashiko T, Kawasaki H, Sugano S, Tomari Y, Suzuki Y, Iwanaga M., Transcriptome profiling reveals infection strategy of an insect maculavirus, DNA Research (2018) doi:10.1093/dnares/dsx056

［先進ゲノム支援成果公開］

1つの遺伝子から機能の異なるタンパク質を生じる普遍的な仕組みを解明

2016年度新学術領域研究「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました九州大学大学院農学研究院松下智直准教授、牛島智一特任助教らの研究グループは、九州工業大学情報工学部花田耕介准教授らの研究グループ等との共同研究により、転写開始点のコントロールが、転写や翻訳と並んで、真核生物の遺伝子発現制御における新しい普遍的なステップとして、タンパク質の種類の増加に少なからず寄与することを、世界に先駆けて示しました。その研究成果がCell誌2017年11月9日号に掲載され、プレスリリースされました。詳しくは以下の研究紹介記事をご参照ください。

九州大学：（http://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/195）

Ushijima T, Hanada K, Gotoh E, Yamori W, Kodama Y, Tanaka H, Kusano M, Fukushima A, Tokizawa M, Yamamoto YY, Tada Y, Suzuki Y, and Matsushita T , Light controls protein localization through phytochrome-mediated alternative promoter selection. , Cell (2017) doi:10.1016/j.cell.2017.10.018

［ゲノム支援成果公開］

チンパンジー親子トリオ（父親－母親－息子）の全ゲノム配列を高精度で解明

松沢哲郎高等研究院副院長・特別教授、郷康広自然科学研究機構新分野創成センター特任准教授、藤山秋佐夫情報・システム研究機構国立遺伝学研究所特任教授、阿形清和学習院大学教授らの研究グループは、霊長類研究所のチンパンジー親子3個体（父：アキラ、母：アイ、息子：アユム）の全ゲノム配列（遺伝情報の配列）を高精度で決定（解明）し、父親・母親それぞれのゲノムが子どもに受け継がれる際に起きるゲノムの変化を明らかにしました。本研究成果は、2017年11月1日に英国の科学誌「Scientific Reports」オンライン版に掲載され、プレスリリースされました。

京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171101_1.html）
自然科学研究機構：（https://www.nins.jp/site/cnsi/1010.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2017/11/research-highlights_ja/20171102.html）

Tatsumoto S, Go Y, Fukuta K, Noguchi H, Hayakawa T, Tomonaga M, Hirai H, Matsuzawa T, Agata K, Fujiyama A., Direct estimation of de novo mutation rates in a chimpanzee parent-offspring trio by ultra-deep whole genome sequencing., Scientific Reports (2017) doi:10.1038/s41598-017-13919-7

［班員による成果公開］

ジェネラリストとスペシャリストはどちらが有利なのか？

東京大学生物科学専攻のシラシサワスディ特任研究員、岩崎渉准教授らの研究グループは、61種類の環境から得られた微生物群集大量シーケンスデータの解析と、多様な微生物グループにわたる進化解析とを組み合わせた生物情報科学的手法によって、ジェネラリストはスペシャリストに比べて高い種分化率と絶滅への耐性を持ち、子孫を繁栄させる上で有利であることを明らかにしました。本研究成果は2017年10月27日にNature Communicationsに掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5611/）

Sira Sriswasdi, Ching-chia Yang, and Wataru Iwasaki., Generalist species drive microbial dispersion and evolution., Nature Communications (2017) doi:10.1038/s41467-017-01265-1

［先進ゲノム支援成果公開］

陸上植物の祖先の特徴をもつ苔類ゼニゴケの全ゲノム構造を解明

2010年度新学術領域研究「ゲノム支援」、2016年度新学術領域研究「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました京都大学の河内孝之教授らの研究グループは、豪・モナシュ大学（ジョン L. ボウマン教授）、近畿大学(大和勝幸教授)、神戸大学（石崎公庸准教授）、情報・システム研究機構国立遺伝学研究所（中村保一教授）、基礎生物学研究所（上田貴志教授）、東北大学（経塚淳子教授）をはじめとする国内外39の大学・研究機関と共同で、ゼニゴケの全ゲノム構造を解明し、その研究成果がCell誌2017年10月5日号に掲載され(＊)、プレスリリースされました。詳しくは以下の研究紹介記事をご参照ください。

共同プレスリリース資料

国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2017/10/research-highlights_ja/20171006.html）
京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171006_2.html）

＊： John L. Bowman, Takayuki Kohchi, Katsuyuki T. Yamato, et al.　 Insights into Land Plant Evolution Garnered from the Marchantia polymorpha Genome, Cell (2017) doi:10.1016/j.cell.2017.09.030

［先進ゲノム支援成果公開］

ヒトiPS細胞から分化させた肺胞上皮細胞の長期培養に成功
－様々な呼吸器疾患の研究進展へ貢献－

「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました京都大学後藤慎平准教授、山本佑樹医師らの研究グループは、ヒトiPS細胞から効率よくII型肺胞上皮細胞を作製し、3ヶ月以上にわたって長期培養することに成功しました。また、鈴木穣東京大学教授、河野隆志国立がん研究センター研究所分野長らと共同で、ヒトiPS細胞からII型肺胞上皮細胞に分化する過程を1細胞ごとの遺伝子レベルで詳細に解析し、マウスの同じ細胞と似たようなパターンを取ることを明らかにしました。本研究成果は、2017年10月3日付けで米国の科学誌「Nature Methods」オンライン版に掲載され、東京大学、AMEDからプレスリリースされました。

京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171003_1.html）
日本医療研究開発機構：（https://www.amed.go.jp/news/release_20171003-01.html）

Yamamoto Y, Gotoh S, Korogi Y, Seki M, Konishi S, Ikeo S, Sone N, Nagasaki T, Matsumoto H, Muro S, Ito I, Hirai T, Kohno T, Suzuki Y, Mishima M., Long-term expansion of alveolar stem cells derived from human iPS cells in organoids., Nat Methods. (2017) doi:10.1038/nmeth.4448

［ゲノム支援成果公開］

ほ乳類神経幹細胞が変化するメカニズムを明らかに
～学習記憶・認知機能改善に向け、飛躍的な医療発展に期待～

「ゲノム支援」「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました九州大学大学院医学研究院の佐野坂司特任助教・今村拓也准教授・中島欽一教授らの研究グループは、同研究院の伊藤隆司教授・三浦史仁講師らとの共同研究により、神経幹細胞の性質が変化するメカニズムを明らかにしました。本成果は、2017年9月19日に国際学術雑誌「Cell Reports」のオンライン版に掲載され、九州大学からプレスリリースされました。

九州大学：（https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/171）

Sanosaka T, Imamura T, Hamazaki N, Chai M, Igarashi K, Ideta-Otsuka M, Miura F, Ito T, Fujii N, Ikeo K, Nakashima K., DNA methylome analysis identifies transcription factor-based epigenomic signatures of multilineage competence in neural stem/progenitor cells., Cell Reports (2017) doi:10.1016/j.celrep.2017.08.086

［先進ゲノム支援成果公開］

ネギ萎凋病の抵抗性に関与する遺伝子群の特定に成功

「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました山口大学大学院創成科学研究科の執行正義教授と東北大学大学院生命科学研究科の佐藤修正准教授，かずさDNA研究所ゲノム情報解析部の平川英樹グループ長、東京大学大学院新領域創成科学研究科の鈴木穣教授、東京農業大学の峯洋子教授、田中啓介研究員らのグループは、萎凋病感受性のネギと萎凋病抵抗性を有する近縁種シャロットの掛け合わせから得られた添加系統シリーズを用いて抗菌成分として知られるサポニン類の成合成経路中の遺伝子発現を網羅的に比較解析し、萎凋病抵抗性に関与する遺伝子群の特定に成功しました。この研究成果は2017年8月11日に『国際科学雑誌：PLoS ONE電子版』に掲載され、プレスリリースされました。

山口大学：（http://www.yamaguchi-u.ac.jp/weeklynews/2017/_6393.html）
共同プレスリリース：
（http://www.nodai.ac.jp/hojin/upload/9d4dfd56c1c79db899238f1490c3d758.pdf）

Abdelrahman M, El-Sayed M, Sato S, Hirakawa H, Ito SI, Tanaka K, Mine Y, Sugiyama N, Suzuki Y, Yamauchi N, Shigyo M., RNA-sequencing-based transcriptome and biochemical analyses of steroidal saponin pathway in a complete set of Allium fistulosum—A. cepa monosomic addition lines, PLoS One (2017) doi:10.1371/journal.pone.0181784

［先進ゲノム支援成果公開］

染色体の分配装置が形成される仕組みを解明

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました大阪大学大学院生命機能研究科の深川竜郎教授らの研究グループは、染色体が次世代の細胞へ伝わる際に重要なセントロメアが形成される仕組みを明らかにしました。本研究成果は、2017年7月24日（月）に米国科学誌「Developmental Cell」（オンライン）に掲載され、大阪大学よりプレスリリースされました。

大阪大学：（http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/events/achievement/hori-fukagawa-20170725/）

Hori T, Shang WH, Hara M, Ariyoshi M, Arimura Y, Fujita R, Kurumizaka H, Fukagawa T., Association of M18BP1/KNL2 with CENP-A Nucleosome Is Essential for Centromere Formation in Non-mammalian Vertebrates., Dev Cell (2017) doi:10.1016/j.devcel.2017.06.019

［ゲノム支援成果公開］

お酒の強さに関わる 2 つの遺伝子 ADH1B と ALDH2 は
どちらも独立した痛風リスクである

「ゲノム支援」においてゲノム解析支援をおこないました防衛医科大学校崎山真幸医務官、松尾洋孝講師らのグループは、お酒の強さに関わる 2 つの遺伝子 ADH1B と ALDH2 はどちらも独立した痛風リスクであることを明らかにしました。本研究成果は、2017年5月31日にScientific Reports（サイエンティフィック・リポーツ）誌に掲載され、防衛医科大学校よりプレスリリースされました。

防衛医科大学校：（http://ndmc-ipb.browse.jp/DL/researchNDMC20170531HP.pdf）

Sakiyama M, Matsuo H, Akashi A, Shimizu S, Higashino T, Kawaguchi M, Nakayama A, Naito M, Kawai S, Nakashima H, Sakurai Y, Ichida K, Shimizu T, Ooyama H, Shinomiya N., Independent effects of ADH1B and ALDH2 common dysfunctional variants on gout risk., Scientific Reports (2017) doi:10.1038/s41598-017-02528-z

［先進ゲノム支援成果公開］

腸で鉄の吸収を調節するメカニズムの一端を解明

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました竹内理ウイルス・再生医科学研究所教授、吉永正憲医学研究科博士課程学生らの研究グループは、大阪大学、東京大学、兵庫医科大学と共同で、RNA分解酵素Regnase－1が鉄代謝に関連する遺伝子のmRNA（遺伝情報をタンパク質へ翻訳するために情報を伝達する核酸）を分解することで、貧血時に鉄の吸収を促進することを解明しました。本研究は、慢性炎症における鉄代謝制御機構、貧血などの鉄代謝異常による疾患の病態解明や、新たな治療法の開発に繋がることが期待されます。本研究成果は、2017年5月24日に米国科学誌 Cell Reports に掲載され、京都大学とAMED-CREST共同で以下の通りプレスリリースされました。

日本医療研究開発機構：（https://www.amed.go.jp/news/release_20170524.html）
京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/170524_1.html）

Yoshinaga, M., Nakatsuka, Y., Vandenbon, A., Ori, D., Uehata, T., Tsujimura, T., Suzuki, Y., Mino, T., Takeuchi, O. Regnase-1 Maintains Iron Homeostasis via the Degradation of Transferrin Receptor 1 and Prolyl-Hydroxylase-Domain-Containing Protein 3 mRNAs, Cell Reports（2017）DOI: 10.1016/j.celrep.2017.05.009

［ゲノム支援成果公開］

寄生植物は植物ホルモンを使い宿主を太らせる

理化学研究所（理研）環境資源科学研究センター植物免疫研究グループのトーマス・スパレック国際特別研究員、若竹崇雅特別研究員、白須賢グループディレクターらの国際共同研究グループは、寄生植物が植物ホルモンであるサイトカイニンを使って宿主植物の成長を操作し、効率のよい寄生を実現していることを発見しました。本研究成果は、米国の科学雑誌『Proceedings of the National Academy of Sciences（PNAS）』への掲載に先立ち、オンライン版に掲載され、理化学研究所からプレスリリースされました。

理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2017/20170502_2/）

Spallek, T., Melnyk, C. W., Wakatake, T., Zhang, J., Sakamoto, Y., Kiba, T., Yoshida, S., Matsunaga, S., Sakakibara, H., Shirasu, K., Inter-species hormonal control of host root morphology by parasitic plants, PNAS (2017) doi:10.1073/pnas.1619078114

［ゲノム支援成果公開］

マダガスカルの絶滅した巨大な鳥・象鳥の古代DNA解析による走鳥類進化の解明

独立行政法人国立科学博物館（館長：林良博）は、米澤隆弘副教授（復旦大学生命科学学院／中国）、瀬川高弘助教（国立極地研究所、現・山梨大学）、森宙史助教（東京工業大学、現・国立遺伝学研究所）らのグループが、マダガスカルの絶滅した巨大な鳥、エピオルニス（象鳥）の DNA 解析により、この鳥を含めたダチョウなどの飛べない鳥のグループである走鳥類全体の進化のあらすじを解明しました。本研究成果は2016年12月16日にCurrent Biology（米国生物学雑誌カレントバイオロジー）に掲載され、国立科学博物館よりプレスリリースされました。

国立科学博物館：（https://www.kahaku.go.jp/procedure/press/pdf/178100.pdf）

Takahiro Yonezawa, Takahiro Segawa,Hiroshi Mori,Paula F. Campos,Yuichi Hongoh,Hideki Endo,Ayumi Akiyoshi,Naoki Kohno,Shin Nishida,Jiaqi Wu,Haofei Jin,Jun Adachi,Hirohisa Kishino,Ken Kurokawa,Yoshifumi Nogi,Hideyuki Tanabe,Harutaka Mukoyama,Kunio Yoshida,Armand Rasoamiaramanana,Satoshi Yamagishi,Yoshihiro Hayashi,Akira Yoshida,Hiroko Koike,umihito Akishinonomiya,Eske Willerslev and Masami Hasegawa, Phylogenomics and Morphology of Extinct Paleognaths Reveal the Origin and Evolution of the Ratites, Current Biology (2017) doi:10.1016/j.cub.2016.10.029

［ゲノム支援成果公開］

体内時計が遺伝情報を書き換える～リズミックなRNA編集とその意義～

東京大学大学院理学系研究科の寺嶋秀騎特任研究員と吉種光助教、深田吉孝教授らの研究グループは、体内時計がADAR2タンパク質をリズミックに作り出すことにより、特定の時刻にRNA上の遺伝情報が書き換えられているという現象を世界で初めて発見しました。本研究成果は2017年11月28日にNature Genetics（オンライン版）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5147）

Terajima H, Yoshitane H, Ozaki H, Suzuki Y, Shimba S, Kuroda S, Iwasaki W, Fukada Y., ADARB1 catalyzes circadian A-to-I editing and regulates RNA rhythm., Nat Genetics (2017) doi:10.1038/ng.3731

［ゲノム支援成果公開］

アサガオの全ゲノム解読 ―アサガオの学術研究100年目のイノベーション―

2010年から2012年まで、新学術領域研究「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました基礎生物学研究所の星野敦助教、慶應義塾大学理工学部の榊原康文教授、九州大学大学院理学研究院の仁田坂英二講師らの研究成果がNature Communications誌、2016年11月8日号に掲載され(＊)、基礎生物学研究所、慶應義塾、九州大学、国立遺伝学研究所からプレスリリースされました。詳しくは以下の関係機関の研究紹介記事をご参照ください。

基礎生物学研究所：(http://www.nibb.ac.jp/pressroom/news/2016/11/08.html)
慶應義塾大学：(https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2016/11/7/28-18726/)
九州大学：(https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/58)
国立遺伝学研究所：(https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2016/11/research-highlights_ja/20161109.html)

＊： Atsushi Hoshino, Vasanthan Jayakumar, Eiji Nitasaka, Atsushi Toyoda, Hideki Noguchi, Takehiko Itoh, Tadasu Shin-I, Yohei Minakuchi, Yuki Koda, Atsushi Nagano, Masaki Yasugi, Mie Honjo, Hiroshi Kudoh, Motoaki Seki, Asako Kamiya, Toshiyuki Shiraki, Piero Carninci, Erika Asamizu, Hiroyo Nishide, Sachiko Tanaka, Kyeung-Il Park, Yasumasa Morita, Kohei Yokoyama, Ikuo Uchiyama, Yoshikazu Tanaka, Satoshi Tabata, Kazuo Shinozaki, Yoshihide Hayashizaki, Yuji Kohara, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Asao Fujiyama, Shigeru Iida, and Yasubumi Sakakibara. Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil. Nature Communications　(2016）DOI:10.1038/NCOMMS13295

［ゲノム支援成果公開］

遺伝子が次世代へ伝わるメカニズムを解明

「ゲノム支援」において解析支援を行いました大阪大学大学院生命機能研究科の深川竜郎教授らの研究グループは、遺伝子が子孫に伝わる際に、重要な働きを担う分子装置であるセントロメアの形成メカニズムを明らかにしました。本研究成果は、英国科学誌「Nature Communications」に、11月4日）に公開され、大阪大学よりプレスリリースされました。

大阪大学：（https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2016/20161104_2）

Shang WH, Hori T, Westhorpe FG, Godek KM, Toyoda A, Misu S, Monma N, Ikeo K, Carroll CW, Takami Y, Fujiyama A, Kimura H, Straight AF, Fukagawa T., Acetylation of histone H4 lysine 5 and 12 is required for CENP-A deposition into centromeres., Nature Commun (2016) doi:10.1038/ncomms13465

［ゲノム支援成果公開］

アフリカツメガエルの複雑なゲノムを解読：
脊椎動物への進化の原動力「全ゲノム重複」の謎に迫る

新学術領域研究「ゲノム支援」では、国際プロジェクトとして進められていたアフリカツメガエルの全ゲノム配列決定を2011年に企画課題として採択し、2015年までの間、大規模な配列解析支援を行いました。この研究成果がNature誌、2016年10月20日号、第538巻に掲載され(*)、東京大学からプレスリリースが行われました。

東京大学：（https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/5056/）
国立遺伝学研究所：
（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2016/10/research-highlights_ja/20161020.html）
なお、アフリカツメガエルのゲノムブラウザは次のURLから公開されています。
（https://xenopus.nig.ac.jp/）

(*) Adam M. Session1, Yoshinobu Uno1, Taejoon Kwon1, Jarrod A. Chapman, Atsushi Toyoda, Shuji Takahashi, Akimasa Fukui, Akira Hikosaka, Atsushi Suzuki, Mariko Kondo, Simon J. van Heeringen, Ian Quigley, Sven Heinz, Hajime Ogino, Haruki Ochi, Uffe Hellsten, Jessica B. Lyons, Oleg Simakov, Nicholas Putnam, Jonathan Stites, Yoko Kuroki, Toshiaki Tanaka, Tatsuo Michiue, Minoru Watanabe, Ozren Bogdanovic, Ryan Lister, Georgios Georgiou, Sarita S. Paranjpe, Ila van Kruijsbergen, Shengquiang Shu, Joseph Carlson, Tsutomu Kinoshita, Yuko Ohta, Shuuji Mawaribuchi, Jerry Jenkins, Jane Grimwood, Jeremy Schmutz, Therese Mitros, Sahar V. Mozaffari, Yutaka Suzuki, Yoshikazu Haramoto, Takamasa S. Yamamoto, Chiyo Takagi, Rebecca Heald, Kelly Miller, Christian Haudenschild, Jacob Kitzman, Takuya Nakayama, Yumi Izutsu, Jacques Robert, Joshua Fortriede, Kevin Burns, Vaneet Lotay, Kamran Karimi, Yuuri Yasuoka, Darwin S. Dichmann, Martin F. Flajnik, Douglas W. Houston, Jay Shendure, Louis DuPasquier, Peter D. Vize, Aaron M. Zorn, Michihiko Ito, Ed Marcotte, John B. Wallingford, Yuzuru Ito, Makoto Asashima, Naoto Ueno, Yoichi Matsuda, Gert Jan C. Veenstra, Asao Fujiyama, Richard M. Harland#, Masanori Taira# & Daniel S. Rokhsar# (1:authors contributed equally. #:corresponding authors.) Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis. Nature, volume 538, pages 336–343 (20 October 2016) DOI: 10.1038/nature19840

［ゲノム支援成果公開］

ニホンザルで自閉スペクトラム症の特性を確認　自然発生例ではヒト以外で初めて

今回、郷康広特任准教授（自然科学研究機構　新分野創成センターブレインサイエンス研究分野）らの研究グループは、磯田昌岐教授（生理学研究所）、吉田今日子医師（湯河原病院）、入來篤史シニアチームリーダー（理化学研究所脳科学総合研究研究センター）、尾崎紀夫教授、久島周特任助教（名古屋大学大学院医学系研究科）らとの共同研究において、社会性（対他行動）に特徴があった1頭のニホンザルの行動を詳細に調べることで、このサルが自閉スペクトラム症の特性と類似した行動特徴をもつことを発見しました。本研究成果は、米国のオンライン科学雑誌『Science Advances』（9月21日付け）に掲載されました。

生理学研究所：（http://www.nips.ac.jp/nips_research/2016/10/post_152.html）
新学術「個性」創発脳：（http://www.koseisouhatsu.jp/activity/release/20161007_research/index.html）

Yoshida K, Go Y, Kushima I, Toyoda A, Fujiyama A, Imai H, Saito N, Iriki A, Ozaki N, Isoda M., Single-neuron and genetic correlates of autistic behavior in macaque., Science Advances (2016) doi:10.1126/sciadv.1600558

［ゲノム支援成果公開］

ヒト培養細胞の放射線耐性を向上させる新規タンパク質をクマムシのゲノムから発見

東京大学大学院理学系研究科の橋本拓磨特任研究員と國枝武和助教らの研究グループは、慶應義塾大学先端生命科学研究所の堀川大樹特任講師ら、国立遺伝学研究所等と共同で、クマムシの中でも高い耐性を持つヨコヅナクマムシの高精度なゲノム配列を決定し、クマムシに固有な多数の遺伝子を発見しました。これらのうちDsup (Damage suppressor) と名付けた遺伝子をヒト培養細胞に導入すると、放射線などによるDNA傷害が抑制され、放射線耐性が向上することが明らかになりました。本研究成果は2016年9月20日にNature Communicationsに掲載され、プレスリリースされました。

東京大学：（https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/5001/）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2016/09/research-highlights_ja/20160921.html）

Hashimoto T, Horikawa DD, Saito Y, Kuwahara H, Kozuka-Hata H, Shin-I T, Minakuchi Y, Ohishi K, Motoyama A, Aizu T, Enomoto A, Kondo K, Tanaka S, Hara Y, Koshikawa S, Sagara H, Miura T, Yokobori S, Miyagawa K, Suzuki Y, Kubo T, Oyama M, Kohara Y, Fujiyama A, Arakawa K, Katayama T, Toyoda A and Kunieda T, Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein, Nat Commun (2016) doi:10.1038/ncomms12808

［ゲノム支援成果公開］

イモリの網膜は再生するのにヒトの網膜はなぜ再生しないのか

国立大学法人筑波大学生命環境系千葉親文准教授とMartin Miguel Casco-Robles外国人特別研究員（現：Keiser University）は、同丸尾文昭助教、および宇都宮大学大学院工学研究科外山史准教授らと共同で、アカハライモリの遺伝子改変技術を駆使して、転写因子Pax61)が成体イモリの網膜再生に必須であることを明らかにしました。本研究の成果は、英国時間の2016年9月19日（日本時間同日18時）付で英国オンライン科学誌「Scientific Reports」に公開され、筑波大学よりプレスリリースされました。

筑波大学：（http://www.tsukuba.ac.jp/wp-content/uploads/160919chiba-1.pdf）

Casco-Robles, M.M., Islam, M.R., Inami, W., Tanaka, H.V., Kunahong, A., Yasumuro, H., Hanzawa, S., Casco-Robles R.M., Toyama, F., Maruo, F. and Chiba, C., Turning the fate of reprogramming cells from retinal disorder to regeneration by Pax6 in newts., Scientific Reports (2016) doi:10.1038/srep33761

［ゲノム支援成果公開］

ノンコーディングRNAによる神経モデル細胞が増えない仕組みの発見

九州大学大学院医学研究院の今村拓也准教授、星薬科大学先端生命科学研究センターの山本直樹特任助教らの研究グループは、九州大学大学院医学研究院の中島欽一教授、京都大学大学院理学研究科の阿形清和教授との共同研究により、ほ乳類神経モデル細胞を用いて、1,000を超える遺伝子にプロモーターノンコーディングRNA（pancRNA）がペアとなって存在することを発見していましたが（2015年2月15日付けプレスリリース）、これらは、エネルギーを供給されても細胞が増殖せずに安定的に維持されるメカニズムに必須であることを今回新たに発見しました。本研究成果は、2016年3月4日（金）午前7時5分（英国時間）に、英国科学雑誌『Nucleic Acids Research』のオンライン版で掲載され、九州大学よりプレスリリースされました。

九州大学：（https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/3）

Naoki Yamamoto, Kiyokazu Agata, Kinichi Nakashima, Takuya Imamura, Bidirectional promoters link cAMP signaling with irreversible differentiation through promoter-associated non-coding RNA (pancRNA) expression in PC12 cells, Nucleic Acids Research (2016) doi:10.1093/nar/gkw113

［ゲノム支援成果公開］

お酒に弱い遺伝子を持つ人は痛風リスクが低い

「ゲノム支援」において解析支援を行いました防衛医科大学校の松尾洋孝講師、崎山真幸医官らの研究グループは、2 型アルデヒド脱水素酵素（ALDH2）遺伝子が痛風の発症に関わっていることを発見しました。この成果は、2016 年 5 月 16 日にネイチャー・パブリッシング・グループの総合科学雑誌「Scientific Reports誌」に掲載され、防衛医科大学校よりプレスリリースされました。

防衛医科大学校：（http://ndmc-ipb.browse.jp/DL/pressreleaseNDMC20160516HP.pdf）

Sakiyama M, Matsuo H, Nakaoka H, Yamamoto K, Nakayama A, Nakamura T, Kawai S, Okada R, Ooyama H, Shimizu T, Shinomiya N., Identification of rs671, a common variant of ALDH2, as a goutsusceptibility locus., Sci Rep (2016) doi:10.1038/srep25360

［ゲノム支援成果公開］

ゲノム解読で初めて明らかになった多細胞生物のはじまり
－ヒトではがんを抑制する「多細胞化の原因遺伝子」－

「ゲノム支援」において解析支援を行いました東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻の野崎久義准教授らと国立遺伝学研究所、アリゾナ大学、カンザス州立大学等の国際研究グループは、原始的な多細胞生物である緑藻の群体性ボルボックス目に含まれ、細胞の役割分担がきまっていないゴニウム（学名 Gonium pectorale）の全ゲノム解読を実施しました。その結果、多細胞化の初期段階の鍵となる遺伝子群を発見しました。本研究成果は2016年4月22日に「Nature Communications」誌に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/4667/）

Hanschen, E. R., Marriage, T. N., Ferris, P. J., Hamaji, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Neme, R., Noguchi, H., Minakuchi, Y., Suzuki, M., Kawai-Toyooka, H., Smith, D. R., Sparks, H., Anderson, J., Bakarić, R., Luria, V., Karger, A., Kirschner, M., Durand, P. M., Michod, R. E., Nozaki, H. and Olson, B. J. S. C., The Gonium pectorale genome demonstrates cooption of cell cycle regulation during the evolution of multicellularity., Nature Communications (2016) doi:10.1038/ncomms11370

［ゲノム支援成果公開］

植物Y染色体遺伝子地図を作成

理化学研究所（理研）仁科加速器研究センター生物照射チームの阿部知子チームリーダー、風間裕介協力研究員、石井公太郎特別研究員と、東京大学大学院新領域創成科学研究科の河野重行教授らの共同研究グループは、重イオンビームで作り出した変異体と独自に開発したプログラムを用いて、ゲノム配列決定[2]が難しい植物Y染色体の遺伝子地図の作成に成功しました。本研究成果は英国のオンライン科学雑誌『Scientific Reports』（1月8日付け）に掲載され、理化学研究所よりプレスリリースされました。

理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2016/20160108_5/）

Yusuke Kazama, Kotaro Ishii, Wataru Aonuma, Tokihiro Ikeda, Hiroki Kawamoto, Ayako Koizumi, Dmitry A Filatov, Margarita Chibalina, Roberta Bergero, Deborah Charlesworth, Tomoko Abe, Shigeyuki Kawano, A new physical mapping approach refines the sex-determining gene positions on the /Silene latifolia/ Y-chromosome, Scientific Reports (2016) doi:10.1038/srep18917

支援による成果論文一覧

支援による成果を含む論文として支援依頼者から報告があった論文を発表の新しい順に並べました。成果論文には「先進ゲノム支援」の課題番号を謝辞に入れることをお願いしていますが、現状は以下も含めています。
＊：旧「ゲノム支援」の支援成果も含まれており、そちらの課題番号のみが記載されたもの、あるいは課題番号の記載はないが、支援成果が含まれているもの

Asano Ishikawa, Naoki Kabeya, Koki Ikeya, Ryo Kakioka, Jennifer N. Cech, Naoki Osada, Miguel C. Leal, Jun Inoue, Manabu Kume, Atsushi Toyoda, Ayumi Tezuka, Atsushi J. Nagano, Yo Y. Yamasaki, Yuto Suzuki, Tomoyuki Kokita, Hiroshi Takahashi, Kay Lucek, David Marques, Yusuke Takehana, Kiyoshi Naruse, Seiichi Mori, Oscar Monroig, Nemiah Ladd, Carsten J. Schubert, Blake Matthews, Catherine L. Peichel, Ole Seehausen, Goro Yoshizaki, and Jun Kitano., A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiation in fishes. Science. (2019) doi:10.1126/science.aau5656
■プレスリリース
https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20190531.pdf
Nagashima, R., Hibino, K., Ashwin, S.S., Babokhov, M., Fujishiro, S., Imai, R., Nozaki, T., Tamura, S., Tani, T., Kimura, H., Shribak, M., Kanemaki, M.T., Sasai, M., Maeshima, K., Single nucleosome imaging reveals loose genome chromatin networks via active RNA polymerase II. Journal of Cell Biology. (2019) doi:10.1083/jcb.201811090 ＊
■プレスリリース
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2019/03/research-highlights_ja/rh20190315.html
Takizawa N, Ogura Y, Fujita Y, Noda T, Shigematsu H, Hayashi T, Kurokawa K, Local structural changes of the influenza A virus ribonucleoprotein complex by single mutations in the specific residues involved in efficient genome packaging. Virology. (2019) doi:10.1016/j.virol.2019.03.004 ＊
Ueki, S, Phylogeographic characteristics of hypervariable regions in the mitochondrial genome of a cosmopolitan, bloom-forming raphidophyte, Heterosigma akashiwo. Journal of Phycology. (2019) doi:10.1111/jpy.12868 ＊
Yu ZHENG, Ayana Saitou, Chiung-Mei Wang, Atsushi Toyoda, Yohei Minakuchi, Yuji Sekiguchi, Kenji Ueda, Hideaki Takano, Yasuteru Sakai, Keietsu Abe, Akira Yokota and Shuhei Yabe, Genome Features and Secondary Metabolites Biosynthetic Potential of the Class Ktedonobacteria. Frontiers in Microbiology. (2019) doi:10.3389/fmicb.2019.00893
H. Jin, T. Seki, J. Yamaguchi and H. Fujiwara, Prepatterning of Papilio xuthus caterpillar camouflage is controlled by three homeobox genes: clawless, abdominal-A, and Abdominal-B. Science Avances. (2019) doi:10.1126/sciadv.aav7569 ＊
■プレスリリース
http://www.k.u-tokyo.ac.jp/info/images/uploads/pdf/web】新領域アゲハ幼虫の変身を制御する遺伝子の発見fj.pdf
Yosuke Okazaki, Satoshi Takahata, Hideki Hirakawa, Yutaka Suzuki, Yasuyuki Onodera, Molecular evidence for recent divergence of X- and Y-linked gene pairs in Spinacia oleracea L. PLOS ONE. (2019) doi:10.1371/journal.pone.0214949
Hori S, Hiramuki Y, Nishimura D, Sato F, Sehara-Fujisawa A., PDH-mediated metabolic flow is critical for skeletal muscle stem cell differentiation and myotube formation during regeneration in mice. FASEB Journal. (2019) doi:10.1096/fj.201802479R ＊
Takaoka, Y., Konno, M., Koseki, J., Colvin, H., Asai, A., Tamari, K., Satoh, T., Mori, M., Doki, Y., Ogawa, K., Ishii, H., Mitochondrial pyruvate carrier 1 expression controls cancer EMT and radioresistance. Cancer Sci. (2019) doi:10.1111/cas.13980 ＊
Mutuku, J.M., Cui, S., C., Hori, Takeda, Y., Tobimatsu, Y., Nakabayashi, R., Mori, T., Saito, K., Demura, T., Umezawa, T., Yoshida, S., Shirasu, K., The Structural Integrity of Lignin Is Crucial for Resistance against Striga hermonthica Parasitism in Rice. Plant Physiol. (2019) doi:10.1104/pp.18.01133 ＊
Takeda, M., Koseki, J., Takahashi, H., Miyoshi, N., Nishida, N., Nishimura, J., Hata, T., Matsuda, C., Mizushima, T., Yamamoto, H., Ishii, H., Doki, Y., Mori, M., Haraguchi, N., Disruption of Endolysosomal RAB5/7 Efficiently Eliminates Colorectal Cancer Stem Cells. Cancer Res. (2019) doi:10.1158/0008-5472.CAN-18-2192 ＊
Yasuko Ito-Inaba, Mayuko Sato, Mitsuhiko P. Sato, Yuya Kurayama, Haruna Yamamoto, Mizuki Ohata, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kiminori Toyooka, Takehito Inaba, Alternative oxidase capacity of mitochondria in microsporophylls may function in cycad thermogenesis. Plant Physiology. (2019) doi:10.1104/pp.19.00150
Miftahussurur M, Cruz M, Doohan D, Subsomwong P, Abreu JAJ, Hosking C, Waskito LA, Yamaoka Y., Five alternative Helicobacter pylori antibiotics to counter high levofloxacin and metronidazole resistance in the Dominican Republic. PLoS One. (2019) doi:10.1371/journal.pone.0213868
Maeshima, K., Ide, S., Babokhov, M., Dynamic chromatin organization without the 30-nm fiber. Current Opinion in Cell Biology. (2019) doi:10.1016/j.ceb.2019.02.003 ＊
Wada, S., Cui, S. and Yoshida, S., Reactive Oxygen Species (ROS) Generation Is Indispensable for Haustorium Formation of the Root Parasitic Plant Striga hermonthica. Frontiers Plant Science. (2019) doi:10.3389/fpls.2019.00328 ＊
Oshiro, T., Komoto, Y., Konno, M., Koseki, J., Asai, A., Ishii, H., Taniguchi, M., Direct analysis of incorporation of an anticancer drug into DNA at single-molecule resolution. Sci Rep. (2019) doi:10.1038/s41598-019-40504-x ＊
Kajii TS, Oka A, Saito F, Mitsui J, Iida J., Whole-exome sequencing in a Japanese pedigree implicates a rare non-synonymous single-nucleotide variant in BEST3 as a candidate for mandibular prognathism. Bone. (2019) doi:10.1016/j.bone.2019.03.004 ＊
■プレスリリース
https://www.fdcnet.ac.jp/col/news/archives/105
Shunpei Okada, Hiroki Ueda, Yuta Noda, Tsutomu Suzuki, Transcriptome-wide identification of A-to-I RNA editing sites using ICE-seq. Methods. (2019) doi:10.1016/j.ymeth.2018.12.007 ＊
Kurotaki D, Kawase W, Sasaki H, Nakabayashi J, Nishiyama A, Morse HC III, Ozato K, Suzuki Y, Tamura T, Epigenetic control of early dendritic cell lineage specification by the transcription factor IRF8 in mice. Blood. (2019) doi:10.1182/blood-2018-06-857789
■プレスリリース
https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/201902kurotaki.html
Miftahussurur M, Aftab H, Shrestha PK, Sharma RP, Subsomwong P, Waskito LA, Doohan D, Fauzia KA, Yamaoka Y., Effective therapeutic regimens in two South Asian countries with high resistance to major Helicobacter pylori antibiotics. Antimicrob Resist Infect Control. (2019) doi:10.1186/s13756-019-0482-x
Okahata M., Wei A. D., Ohta A., Kuhara A., Cold acclimation via the KQT-2 potassium channel is modulated by oxygen in Caenorhabditis elegans. Science Advances. (2019) doi:10.1126/sciadv.aav3631
■プレスリリース
http://www.nips.ac.jp/thermalbio/research/research-MT2019-01.html
Arimura Y, Tachiwana H, Takagi H, Hori T, Kimura H, Fukagawa T, Kurumizaka H., The CENP-A centromere targeting domain facilitates H4K20 monomethylation in the nucleosome by structural polymorphism. Nature Commun. (2019) doi:10.1038/s41467-019-08314-x
Haraguchi H, Hirota Y, Saito-Fujita T, Tanaka T, Shimizu-Hirota R, Harada M, Akaeda S, Hiraoka T, Matsuo M, Matsumoto L, Hirata T, Koga K, Wada-Hiraike O, Fujii T, Osuga Y., Mdm2-p53-SF1 pathway in ovarian granulosa cells directs ovulation and fertilization by conditioning oocyte quality. FASEB J. (2019) doi:10.1096/fj.201801401R ＊
Miftahussurur M, Waskito LA, Syam AF, Nusi IA, Siregar G, Richardo M, Bakry AF, Rezkitha YAA, Wibawa IDN, Yamaoka Y., Alternative eradication regimens for Helicobacter pylori infection in Indonesian regions with high metronidazole and levofloxacin resistance. Infect Drug Resist. (2019) doi:10.2147/IDR.S187063
Chayama Y, Ando L, Sato Y, Shigenobu S, Anegawa D, Fujimoto T, Taii H, Tamura Y, Miura M, Yamaguchi Y., Molecular Basis of White Adipose Tissue Remodeling That Precedes and Coincides With Hibernation in the Syrian Hamster, a Food-Storing Hibernator. Frontiers in Physiology. (2019) doi:10.3389/fphys.2018.01973 ＊
■プレスリリース
https://www.hokudai.ac.jp/news/190129_pr.pdf
Shimada R, Kiso M, Saga Y, ES-mediated chimera analysis revealed requirement of DDX6 for NANOS2 localization and function in mouse germ cells. Sci Rep. (2019) doi:10.1038/s41598-018-36502-0
Hiraoka S, Okazaki Y, Anda M, Toyoda A, Nakano SI, Iwasaki W., Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community. Nat Commun. (2019) doi:10.1038/s41467-018-08103-y
■プレスリリース
http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2019/6232/
Tominaga, K., Minato, H., Murayama, T., Sasahara, A., Nishimura, T., Kiyokawa, E., Kanauchi, H., Shimizu, S., Sato, A., Nishioka, K., Tsuji, E., Yano, M., Ogawa, T., Ishii, H., Mori, M., Akashi, K., Okamoto, K., Tanabe, M., Tada, K., Tojo, A., Gotoh, N. , Semaphorin signaling via MICAL3 induces symmetric cell division to expand breast cancer stem-like cells. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. (2018) doi:10.1073/pnas.1806851116 ＊
Toshiyama, R., Konno, M., Eguchi, H., Takemoto, H., Noda, T., Asai, A., Koseki, J., Haraguchi, N., Ueda, Y. Matsushita, K., Asukai, K., Ohashi, T., Iwagami, Y., Yamada, D., Sakai, D., Asaoka, T., Kudo, T., Kawamoto, K., Gotoh, K., Kobayashi, S., Satoh, T., Doki, Y., Nishiyama, N., Mori, M., Ishii, H., Poly(ethylene glycol)–poly(lysine) block copolymer–ubenimex conjugate targets aminopeptidase N and exerts an antitumor effect in hepatocellular carcinoma stem cells. Oncogene. (2018) doi:10.1038/s41388-018-0406-x ＊
Umekawa Y, Ito K, Thioredoxin o-mediated reduction of mitochondrial alternative oxidase in the thermogenic skunk cabbage Symplocarpus renifolius. Journal of Biochemistry. (2019) doi:10.1093/jb/mvy082 ＊
Enomoto Y, Tsurusaki Y, Yokoi T, Abe-Hatano C, Ida K, Naruto T, Mitsui J, Tsuji S, Morishita S, Kurosawa K., CNV analysis using whole exome sequencing identified biallelic CNVs of VPS13B in siblings with intellectual disability. Eur J Med Genet. (2018) doi:10.1016/j.ejmg.2018.12.015 ＊
Higo A, Kawashima T, Borg M, Zhao M, López-Vidriero I, Sakayama H, Montgomery SA, Sekimoto H, Hackenberg D, Shimamura M, Nishiyama T, Sakakibara K, Tomita Y, Togawa T, Kunimoto K, Osakabe A, Suzuki Y, Yamato KT, Ishizaki K, Nishihama R, Kohchi T, Franco-Zorrilla JM, Twell D, Berger F, Araki T. , Transcription factor DUO1 generated by neo-functionalization is associated with evolution of sperm differentiation in plants. Nat Commun. (2018) doi:10.1038/s41467-018-07728-3 ＊
■プレスリリース
http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/181211_1.html
Toratani, M., Konno, M., Asai, A., Koseki, J., Kawamoto, K., Tamari, K., Li, Z., Sakai, D., Kudo, T., Satoh, T., Sato, K., Motooka, D., Okuzaki, D., Doki, Y., Mori, M., Ogawa, K., Ishii, H. , A convolutional neural network uses microscopic images to differentiate between mouse andhuman cell lines and their radioresistant clones. Cancer Res. (2018) doi:10.1158/0008-5472.CAN-18-0653 ＊
Shinya Adachi, Iyo Niimi, Yui Sakai, Fuminori Sato, Takuya Minokawa, Makoto Urata, Atsuko Sehara-Fujisawa,Isao Kobayashi, and Masaaki Yamaguchi, Anteroposterior Molecular Registries in Ectodermof the Echinus Rudiment. DEVELOPMENTAL DYNAMICS. (2018) doi:10.1002/dvdy.24686 ＊
Waskito LA, Yih-Wu J, Yamaoka Y., The role of integrating conjugative elements in Helicobacter pylori: a review. J Biomed Sci. (2018) doi:10.1186/s12929-018-0489-2
Tamari, K., Konno, M., Asai, A., Koseki., Jun., Hayashi, K., Kawamoto, K., Murai, N., Matsufuji, S., Isohashi, F., Satoh, T., Goto, N., Tanaka, S., Doki, Y., Mori, M., Ogawa, K., Ishii, H., Polyamine Flux Suppresses Histone Lysine Demethylases and Enhances ID1 Expression in Cancer Stem Cells. Cell Death Discovery. (2018) doi:10.1038/s41420-018-0117-7 ＊
Kawasaki S, Ito K, Data analytic study of the homothermal maintenance mechanism of Skunk Cabbage: Capturing pre-equilibrium characteristics using extended poisson model. Biophysics and Physicobiology. (2018) doi:10.2142/biophysico.15.0_235 ＊
桑田晃,山田和正,一宮睦雄,吉川伸哉,Margot Tragin,Daniel Vaulot.Adriana Lopes dos Santos, Bolidophyceae, a Sister Picoplanktonic Group of Diatoms – A Review. Frontiers in Marine Science. (2018) doi:10.3389/fmars.2018.00370 ＊
Miyawaki S, Shinya Y, Imai H, Hongo H, Ono H, Takenobu A, Nakatomi H, Teraoka A, Saito N., Response to Letter to the Editor Regarding “Genetic Analysis of Ring Finger Protein 213 (RNF213) c.14576G>A in Intracranial Atherosclerosis of the Anterior and Posterior Circulations”. J Stroke Cerebrovasc Dis. (2018) doi:10.1016/j.jstrokecerebrovasdis.2018.07.009. ＊
Nishiguchi KM, Fujita K, Tokashiki N, Komamura H, Takemoto-Kimura S, Okuno H, Bito H, Nakazawa T., Retained plsticity and substantial recovery of rod-mediated visual acuity at the visual cortex in blind adult mice with retinal dystrophy. Mol Ther. (2018) doi:10.1016/j.ymthe.2018.07.012 ＊
Eichi Watabe, Shoichiro Ono and Hidehito Kuroyanagi., Alternative splicing of the Caenorhabditis elegans lev-11 tropomyosin gene is regulated in a tissue-specific manner. Cytoskeleton. (2018) doi:10.1002/cm.21489 ＊
Kawamura, Y, Yamanaka, K, Poh, B, Kuribayashi, K, Koso, H, *Watanabe, S, The role of Zhx2 transcription factor in bipolar cell differentiation during mouse retinal development. Biochem Biophys Res Commun. (2018) doi:10.1016/j.bbrc.2018.08.088 ＊
Waskito LA, Salama NR, Yamaoka Y., Pathogenesis of Helicobacter pylori infection. Helicobacter. (2018) doi:10.1111/hel.12516 ＊
Kuribayashi, H, Baba, Y, Iwagawa, T, Arai, E, Murakami, A, * Watanabe, S, Roles of Nmnat1 in the survival of retinal progenitors through the regulation of pro-apoptotic gene expression via histone acetylation. Cell Death and Diseases. (2018) doi:10.1038/s41419-018-0907-0 ＊
Nagano H, Hashimoto N, Nakayama A, Suzuki S, Miyabayashi Y, Yamato A, Higuchi S, Fujimoto M, Sakuma I, Beppu M, Yokoyama M, Suzuki Y, Sugano S, Ikeda K, Tatsuno I, Manabe I, Yokote K, Inoue S, Tanaka T, p53-inducible DPYSL4 associates with mitochondrial supercomplexes and regulates energy metabolism in adipocytes and cancer cells. Proc Natl Acad Sci U S A. (2018) doi:10.1073/pnas.1804243115 ＊
Nishiyama T, Sakayama H, de Vries J, Buschmann H, Saint-Marcoux D, Ullrich KK, Haas FB, Vanderstraeten L, Becker D, Lang D, Vosolsobě S, Rombauts S, Wilhelmsson PKI, Janitza P, Kern R, Heyl A, Rümpler F, Villalobos LIAC, Clay JM, Skokan R, Toyoda A, Suzuki Y, Kagoshima H, Schijlen E, Tajeshwar N, Catarino B, Hetherington AJ, Saltykova A, Bonnot C, Breuninger H, Symeonidi A, Radhakrishnan GV, Van Nieuwerburgh F, Deforce D, Chang C, Karol KG, Hedrich R, Ulvskov P, Glöckner G, Delwiche CF, Petrášek J, Van de Peer Y, Friml J, Beilby M, Dolan L, Kohara Y, Sugano S, Fujiyama A, Delaux PM, Quint M, Theißen G, Hagemann M, Harholt J, Dunand C, Zachgo S, Langdale J, Maumus F, Van Der Straeten D, Gould SB, Rensing SA. , The Chara Genome: Secondary Complexity and Implications for Plant Terrestrialization. Cell. (2018) doi:10.1016/j.cell.2018.06.033 ＊
■プレスリリース
https://www.kanazawa-u.ac.jp/rd/59093
http://www.kobe-u.ac.jp/research_at_kobe/NEWS/news/2018_07_31_01.html
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/07/research-highlights_ja/20180731.html
Matsumoto L, Hirota Y, Saito-Fujita T, Takeda N, Tanaka T, Hiraoka T, Akaeda S, Fujita H, Shimizu-Hirota R, Igaue S, Matsuo M, Haraguchi H, Saito-Kanatani M, Fujii T, Osuga Y., HIF2α in the uterine stroma permits embryo invasion and luminal epithelium detachment. J Clin Invest. (2018) doi:10.1172/JCI98931 ＊
■プレスリリース
http://www.h.u-tokyo.ac.jp/vcms_lf/release_20180619.pdf
Ansari S, Yamaoka Y., Current understanding and management of Helicobacter pylori infection: an updated appraisal. F1000Res. (2018) doi:10.12688/f1000research.14149.1 ＊
Kabamba ET, Tuan VP, Yamaoka Y., Genetic populations and virulence factors of Helicobacter pylori. Infect Genet Evol. (2018) doi:10.1016/j.meegid.2018.02.022 ＊
Kamogawa-Schifter Y, Yamaoka Y, Uchida T, Beer A, Tribl B, Schöniger-Hekele M, Trauner M, Dolak W., Prevalence of Helicobacter pylori and its CagA subtypes in gastric cancer and duodenal ulcer at an Austrian tertiary referral center over 25 years. PLoS One. (2018) doi:10.1371/journal.pone.0197695 ＊
Nakanaga K, Ogura Y, Toyoda A, Yoshida M, Fukano H, Fujiwara N, Miyamoto Y, Nakata N, Kazumi Y, Maeda S, Ooka T, Goto M, Tanigawa K, Mitarai S, Suzuki K, Ishii N, Ato M, Hayashi T, Hoshino Y. , Naturally occurring a loss of a giant plasmid from Mycobacterium ulcerans subsp. shinshuense makes it non-pathogenic. Sci Rep. (2018) doi:10.1038/s41598-018-26425-1
Lal, P., Tanabe, H., Suster, M.L., Ailani, D., Kotani, Y., Muto, A., Itoh, M., Iwasaki, M., Wada, H., Yaksi, E., and Kawakami, K., Identification of a neuronal population in the telencephalon essential for fear conditioning in zebrafish. BMC Biology. (2018) doi:10.1186/s12915-018-0502-y ＊
■プレスリリース
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/04/research-highlights_ja/20180425.html
Park JY, Forman D, Waskito LA, Yamaoka Y, Crabtree JE., Epidemiology of Helicobacter pylori and CagA-Positive Infections and Global Variations in Gastric Cancer. Toxins (Basel). (2018) doi:10.3390/toxins10040163 ＊
Mimura I, Hirakawa Y, Kanki Y, Nakaki R, Suzuki Y, Tanaka T, Aburatani H, Nangaku M., Genome-wide analysis revealed that DZNep reduces tubulointerstitial fibrosis via down-regulation of pro-fibrotic genes. Sci Rep. (2018) doi:10.1038/s41598-018-22180-5 ＊
Masuda S, Suzuki Y, Fujitani Y, Mitsui R, Nakagawa T, Shintani M, Tani A., Lanthanide-Dependent Regulation of Methylotrophy in Methylobacteriumaquaticum Strain 22A. mSphere. (2018) doi:10.1128/mSphere.00462-17 ＊
Laina D, Oikonomou I, Koutroumpa K, Bariotakis M, Kotzabasis K, Ito K, Seymour RS, Pirintsos S, Exogenous induction of thermogenesis in Arum concinnatum by salicylic acid. Functional Plant Biology. (2018) doi:10.1071/FP17247 ＊
執行正義, ネギ萎凋病の抵抗性に関与する遺伝子群の特定に成功 ‐近縁種シャロットがもつ抵抗性をネギに導入することで国内初の抗性品種育成を目指す‐, 農耕と園芸. (2018) ＊
Tsurusaki Y, Ohashi I, Enomoto Y, Naruto T, Mitsui J, Aida N, Kurosawa K., A novel UBE2A mutation causes X-linked intellectual disability type Nascimento. Hum Genome Var. (2017) doi: 10.1038/hgv.2017.19 ＊
Jun Hirata, Kazuyoshi Hosomichi, Saori Sakaue, Masahiro Kanai, Hirofumi Nakaoka, Kazuyoshi Ishigaki, Ken Suzuki, Masato Akiyama, Toshihiro Kishikawa, Kotaro Ogawa, Tatsuo Masuda, Kenichi Yamamoto, Makoto Hirata, Koichi Matsuda, Yukihide Momozawa, Ituro Inoue, Michiaki Kubo, Yoichiro Kamatani, Yukinori Okada. Genetic and phenotypic landscape of the MHC region in the Japanese population. Nature Genetics (2019) doi:10.1038/s41588-018-0336-0
■プレスリリース
https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20190129.pdf
https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2019/20190129_1
Masafumi Tsuboi, Yusuke Kishi,#* Wakana Kyozuka, Haruhiko Koseki, Yusuke Hirabayashi, and Yukiko Gotoh* (#Co-first author, *Corespondence), Ubiquitination-independent repression of PRC1 targets during neuronal fate restriction in the developing mouse neocortex, Developmental Cell (2018) doi:10.1016/j.devcel.2018.11.018
■プレスリリース
https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/press/z0111_00006.html
https://www.amed.go.jp/news/release_20181218-01.html
Higo A, Kawashima T, Borg M, Zhao M, López-Vidriero I, Sakayama H, Montgomery SA, Sekimoto H, Hackenberg D, Shimamura M, Nishiyama T, Sakakibara K, Tomita Y, Togawa T, Kunimoto K, Osakabe A, Suzuki Y, Yamato KT, Ishizaki K, Nishihama R, Kohchi T, Franco-Zorrilla JM, Twell D, Berger F, Araki T. , Transcription factor DUO1 generated by neo-functionalization is associated with evolution of sperm differentiation in plants. , Nat Commun. (2018 Dec 11) doi:10.1038/s41467-018-07728-3 ＊
■プレスリリース
http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/181211_1.html
http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/documents/181211_1/01.pdf
Mary Miyaji, Ryohei Furuta, Osamu Hosoya, Kuniaki Sano, Norikazu Hara, Ryozo Kuwano, Jiyoung Kang, Masaru Tateno, Kimiko M. Tsutsui and Ken Tsutsui, Topoisomerase IIβ targets DNA crossovers formed between distant homologous sites to modulate chromatin structure and gene expression, Genome Biology (2018) doi:10.1101/484956 ＊
Suzuki, H., Nishida, H., Kondo, H., Yoda, R., Iwata, T., Nakayama, K., Enomoto, T., Wu, J., Moriya-Ito, K., Miyazaki, M., Wakabayashi, Y., Kishida, T., Okabe, M., Suzuki, Y., Ito, T., Hirota, J., Nikaido, M., A single pheromone receptor gene conserved across 400 million years of vertebrate evolution, Molecular Biology and Evolution (2018) doi:10.1093/molbev/msy186 ＊
■プレスリリース
https://www.titech.ac.jp/news/2018/042562.html
https://www.titech.ac.jp/english/news/2018/042581.html
Shin-ichi Tomizawa1*, Yuki Kobayashi1, Takayuki Shirakawa1, Kumiko Watanabe1, Keita Mizoguchi1, Ikue Hoshi1, Kuniko Nakajima1, Jun Nakabayashi2, Sukhdeep Singh3, Andreas Dahl4, Dimitra Alexopoulou4, Masahide Seki5, Yutaka Suzuki5, Hélène Royo6,7, Antoine H.F.M. Peters6,8, Konstantinos Anastassiadis3, A. Francis Stewart3 and Kazuyuki Ohbo1* , Kmt2b conveys monovalent and bivalent H3K4me3 in spermatogonia stem cells at germline and embryonic promoters, Development (2018) doi:10.1242/dev.169102
Sakai, Y., Kawamura, S. and *Kawata, M., Genetic and plastic variation in opsin gene expression, light sensitivity and female response to visual signals in the guppy, PNAS (2018) doi:10.1073/pnas.1706730115 ＊
Kohei Nishimura, Masataka Komiya, Tetsuya Hori Takehiko Itoh, and Tatsuo Fukagawa, 3D genomic architecture reveals that neocentromeres associate with heterochromatin regions, J. Cell Biol. (2018) doi:10.1083/jcb.201805003
■プレスリリース
https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2018/20181105_1
Nakahama T, Kato Y, Kim JI, Vongpipatana T, Suzuki Y, Walkley CR, Kawahara Y., ADAR1-mediated RNA editing is required for thymic self-tolerance and inhibition of autoimmunity., EMBO Rep (2018) doi:10.15252/embr.201846303
Shinichi Nakagawa, Tomohiro Yamazaki, Tetsuro Hirose, Molecular dissection of nuclear paraspeckles: towards understanding the emerging world of the RNP milieu, Open Biology (2018) doi:10.1098/rsob.180150
Tamura R, Nakaoka H, Yoshihara K, Mori Y, Yachida N, Nishikawa N, Motoyama T, Okuda S, Inoue I, Enomoto T, Novel MXD4-NUTM1 fusion transcript identified in primary ovarian undifferentiated small round cell sarcoma., Genes Chromosomes Cancer (2018) doi:10.1002/gcc.22668
Matsunami M, Nozawa M, Suzuki R, Toga K, Masuoka Y, Yamaguchi K, Maekawa K, Shigenobu S & Miura T., Caste-specific microRNA expression in termites: insights into soldier differentiation., Insect Molecular Biology (2018) doi:10.1111/imb.12530 ＊
Imamura K, Takaya A, Ishida Y, Fukuoka Y, Taya T, Nakaki R, Kakeda M, Imamachi N, Sato A, Yamada T, Onoguchi-Mizutani R, Akizuki G, Tanu T, Tao K, Miyao S, Suzuki Y, Nagahama M, Yamamoto T, Jensen TH, Akimitsu N., Diminished nuclear RNA decay upon Salmonella infection upregulates antibacterial noncoding RNAs, EMBO J. (2018) doi:10.1371/journal.pone.0203708
Toshimichi Yamada, Nobuyoshi Akimitsu, Contributions of regulated transcription and mRNA decay to the dynamics of gene expression., Wiley Interdiscip Rev RNA (2018) doi:10.1002/wrna.1508 ＊
Toshiya Ando, Takeshi Matsuda, Kumiko Goto, Kimiko Hara, Akinori Ito, Junya Hirata, Joichiro Yatomi, Rei Kajitani, Miki Okuno, Katsushi Yamaguchi, Masaaki Kobayashi, Tomoyuki Takano, Yohei Minakuchi, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Kentaro Yano, Takehiko Itoh, Shuji Shigenobu, Atsushi Toyoda, and Teruyuki Niimi, Repeated inversions within a pannier intron drive diversification of intraspecific colour patterns of ladybird beetles., Nature Communications (2018) doi:10.1038/s41467-018-06116-1 ＊
■プレスリリース
http://www.nibb.ac.jp/press/2018/09/21.html
Masaki J. Fujita, Yusuke Goto, Ryuichi Sakai, Cloning of the Bisucaberin B Biosynthetic Gene Cluster from the Marine Bacterium Tenacibaculum mesophilum, and Heterologous Production of Bisucaberin B, Marine Drugs (2018) doi:10.3390/md16090342. ＊
Taiwa K, Yokoi S, Mito M, Fujii K, Kimura Y, Iwasaki S, Nakagawa S, UPA-Seq: Prediction of Functional LncRNAs Using Differential Sensitivity to UV Crosslinking., RNA (2018) doi:10.1261/rna.067611.118
中垣貴文、田村みゆき、小橋健太、大森晶奈、小山良太、井戸川雅史、荻　和弘、平塚博義、時野隆至、佐々木泰史, Targeted next-generation sequencing of 50 cancer-related genes in Japanese patients with oral squamous cell carcinoma, Tumor Biology (2018) doi:10.1177/1010428318800180
Omori Y, Kon T, Goldfish: An old and new model system to study vertebrate development, evolution, and human disease., J Biochem (2018) doi:10.1093/jb/mvy076
Taro Tsujimura*, Osamu Takase, Masahiro Yoshikawa, Etsuko Sano, Matsuhiko Hayashi, Tsuyoshi Takato, Atsushi Toyoda, Hideyuki Okano, Keiichi Hishikawa*, Control of directionality of chromatin folding for the inter- and intra-domain contacts at the Tfap2c-Bmp7 locus., Epigenetics & Chromatin (2018) doi:10.1186/s13072-018-0221-1
■プレスリリース
https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2018/9/14/28-48009/
Hayase S, Wang H, Ohgushi E, Kobayashi M, Mori C, Horita H, Mineta K, Liu WC, Wada K. , Vocal practice regulates singing activity-dependent genes underlyingage-independent vocal learning in songbirds. , PLoS Biology (2018) doi:10.1371/journal.pbio.2006537 ＊
■プレスリリース
https://www.hokudai.ac.jp/news/180921_pr.pdf
Hotta K, Kitamoto A, Kitamoto T, Ogawa Y, Honda Y, Kessoku T, Yoneda M, Imajo K, Tomeno W, Saito S, Nakajima A., Identification of differentially methylated region (DMR) networks associated with progression of nonalcoholic fatty liver disease., Sci Rep (2018) doi:10.1038/s41598-018-31886-5 ＊
Nuryadi E, et al, Mutational analysis of uterine cervical cancer that survived multiple rounds of radiotherapy., Oncotarget (2018) doi:10.18632/oncotarget.25982
Yoshida, K., Ishikawa, A., Toyoda, A., Shigenobu, S., Fujiyama, A., and Kitano, J., Functional divergence of a heterochromatin-binding protein during stickleback speciation., Molecular Ecology (2018) doi:10.1111/mec.14841 ＊
Ansari S, Gantuya B, Tuan VP, Yamaoka Y, Diffuse Gastric Cancer: A Summary of Analogous Contributing Factors for Its Molecular Pathogenicity., Int J Mol Sci (2018) doi:10.3390/ijms19082424 ＊
Suda K, Nakaoka H, Yoshihara K, Ishiguro T, Tamura R, Mori Y, Yamawaki K, Adachi S, Takahashi T, Kase H, Tanaka K, Yamamoto T, Motoyama T, Inoue I, Enomoto T, Clonal Expansion and Diversification of Cancer-Associated Mutations in Endometriosis and Normal Endometrium., Cell Reports (2018) doi:10.1016/j.celrep.2018.07.037
■プレスリリース
https://www.niigata-u.ac.jp/news/2018/46152/
Ujisawa T., Ohta A., Ii T., Minakuchi Y., Toyoda A., Ii M., Kuhara A., Endoribonuclease ENDU-2 regulates multiple traits including cold tolerance via cell autonomous and nonautonomous controls in C. elegans, PNAS (2018) doi:10.1073/pnas.1808634115
■プレスリリース
http://www.konan-u.ac.jp/news/wp/wp-content/uploads/2018/08/public-relations-department/20180809pressrelease-1.pdf
Matsuo Y, Yamanaka A, and Matsuo R, Rfamidergic neurons in the olfactory centers of the terrestrial slug Limax., Zoological Lett (2018) doi:10.1186/s40851-018-0108-9 ＊
Gaouda, H., Hamaji, T., Yamamoto, K., Kawai-Toyooka, H., Suzuki, M., Noguchi, H., Minakuchi, Y. Toyoda, A., Fujiyama, A., Nozaki, H. and Smith, D. R., Exploring the limits and causes of plastid genome expansion in volvocine green algae., Genome Biol. Evol. (2018) doi:10.1093/gbe/evy175
Ishiguro S, Galipon J, Ishii R, Suzuki Y, Kondo S, Okada-Hatakeyama M, Tomita M, Ui-Tei K., Base-pairing probability in the microRNA stem region affects the binding and editing specificity of human A-to-I editing enzyme ADAR1-p110 and ADAR2., RNA Biology (2018) doi:10.1080/15476286.2018.1486658 ＊
Wakatake, T., Yoshida, S., Shirasu, K., Induced cell fate transitions at multiple cell layers configure haustorium development in parasitic plants., Development (2018) doi:10.1242/dev.164848 ＊
Mitsuhiro Matsuo, Atsushi Katahata, Soichirou Satoh, Motomichi Matsuzaki, Mami Nomura, Ken-ichiro Ishida, Yuji Inagaki, Junichi Obokata, Characterization of spliced leader trans-splicing in a photosynthetic rhizarian amoeba, Paulinella micropora, and its possible role in functional gene transfer, PLOS ONE (2018) doi:10.1371/journal.pone.0200961 ＊
Hogan, J. D., Fedigan, L. M., Hiramatsu, C., Kawamura, S. and Melin, A. D., Trichromatic perception of flower colour improves resource detection among New World monkeys, Scientific Reports (2018) doi:10.1038/s41598-018-28997-4 ＊
Nishiyama T, Sakayama H, de Vries J, Buschmann H, Saint-Marcoux D, Ullrich KK, Haas FB, Vanderstraeten L, Becker D, Lang D, Vosolsobě S, Rombauts S, Wilhelmsson PKI, Janitza P, Kern R, Heyl A, Rümpler F, Villalobos LIAC, Clay JM, Skokan R, Toyoda A, Suzuki Y, Kagoshima H, Schijlen E, Tajeshwar N, Catarino B, Hetherington AJ, Saltykova A, Bonnot C, Breuninger H, Symeonidi A, Radhakrishnan GV, Van Nieuwerburgh F, Deforce D, Chang C, Karol KG, Hedrich R, Ulvskov P, Glöckner G, Delwiche CF, Petrášek J, Van de Peer Y, Friml J, Beilby M, Dolan L, Kohara Y, Sugano S, Fujiyama A, Delaux PM, Quint M, Theißen G, Hagemann M, Harholt J, Dunand C, Zachgo S, Langdale J, Maumus F, Van Der Straeten D, Gould SB, Rensing SA., The Chara Genome: Secondary Complexity and Implications for Plant Terrestrialization, Cell (2018) doi:10.1016/j.cell.2018.06.033 ＊
■プレスリリース
https://www.kanazawa-u.ac.jp/rd/59093
http://www.kobe-u.ac.jp/research_at_kobe/NEWS/news/2018_07_31_01.html
https://www.kanazawa-u.ac.jp/wp-content/uploads/2018/07/180731-1.pdf
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/07/research-highlights_ja/20180731.html
Hugh McColl1*, Fernando Racimo1*, Lasse Vinner1*, Fabrice Demeter1,2*, Takashi Gakuhari3,4, J. Víctor Moreno-Mayar1, George van Driem5,6, Uffe Gram Wilken1, Andaine Seguin-Orlando1,7, Constanza de la Fuente Castro1, Sally Wasef8, Rasmi Shoocongdej9, Viengkeo Souksavatdy10, Thongsa Sayavongkhamdy10, Mohd Mokhtar Saidin11, Morten E. Allentoft1, Takehiro Sato12, Anna-Sapfo Malaspinas13, Farhang A. Aghakhanian14, Thorfinn Korneliussen1, Ana Prohaska15, Ashot Margaryan1,16, Peter de Barros Damgaard1, Supannee Kaewsutthi17, Patcharee Lertrit17, Thi Mai Huong Nguyen18, Hsiao-chun Hung19, Thi Minh Tran18, Huu Nghia Truong18, Giang Hai Nguyen18, Shaiful Shahidan11, Ketut Wiradnyana20, Hiromi Matsumae4, Nobuo Shigehara21, Minoru Yoneda22, Hajime Ishida23, Tadayuki Masuyama24, Yasuhiro Yamada25, Atsushi Tajima12, Hiroki Shibata26, Atsushi Toyoda27, Tsunehiko Hanihara4, Shigeki Nakagome28, Thibaut Deviese29, Anne-Marie Bacon30, Philippe Duringer31,32, Jean-Luc Ponche33, Laura Shackelford34, Elise Patole-Edoumba35, Anh Tuan Nguyen18, Bérénice Bellina-Pryce36, Jean-Christophe Galipaud37, Rebecca Kinaston38,39, Hallie Buckley38, Christophe Pottier40, Simon Rasmussen41, Tom Higham29, Robert A. Foley42, Marta Mirazón Lahr42, Ludovic Orlando1,7, Martin Sikora1, Maude E. Phipps14, Hiroki Oota4, Charles Higham43,44, David M. Lambert8, Eske Willerslev1,15,45†, The prehistoric peopling of Southeast Asia, Science (2018) doi:10.1126/science.aat3628
■プレスリリース
https://www.kanazawa-u.ac.jp/wp-content/uploads/2018/07/180709.pdf
Ohde, T., Takehana, Y., Shiotsuki, T. and Niimi T., CRISPR/Cas9-based heritable targeted mutagenesis in Thermobia domestica: A genetic tool in an apterygote development model of wing evolution, Arthropod Structure and Development (2018) doi:10.1016/j.asd.2018.06.003 ＊
Galipon J, Ishii R, Ishiguro S, Suzuki Y, Kondo S, Okada-Hatakeyama M, Tomita M, Ui-Tei K., High-quality overlapping paired-end reads for the detection of A-to-I editing on small RNA., Methods Mol. Biol. (2018) doi:10.1007/978-1-4939-8624-8_13 ＊
Takahashi S, Osabe K, Fukushima N, Takuno S, Miyaji N, Shimizu M, Takasaki-Yasuda T, Suzuki Y, Dennie ES, Seki M, Fujimoto R, Genome-wide characterization of DNA methylation, small RNA expression, and hitone H3 lysine nine di-methylation in Brassica rapa L., DNA Research (2018) doi:10.1093/dnares/dsy021 ＊
Takahashi T, Nakano Y, Onomoto K, Murakami F, Komori C, Suzuki Y, Yoneyama M, Ui-Tei., LGP2 virus sensor regulates gene expression network mediated by TRBP-bound microRNAs., Nucleic Acids Res. (2018) doi:10.1093/nar/gky575
■プレスリリース
https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2018/5946/
Tomohiro Yamazaki, Sylvie Souquere, Takeshi Chujo, Simon Kobelke, Yee Seng Chong, Archa H. Fox, Charles S. Bond, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose, Functional domains of NEAT1 architectural lncRNA induce paraspeckle assembly through phase separation, Molecular Cell (2018) doi:10.1016/j.molcel.2018.05.019
■プレスリリース
https://www.hokudai.ac.jp/news/180622_pr2.pdf
Sakiyama M, Matsuo H, Nakaoka H, Kawamura Y, Kawaguchi M, Higashino T, Nakayama A, Akashi A, Ueyama J, Kondo T, Wakai K, Sakurai Y, Yamamoto K, Ooyama H, Shinomiya N., Common variant of BCAS3 is associated with gout risk in Japanese population: the first replication study after gout GWAS in Han Chinese., BMC Med Genet (2018) doi:10.1186/s12881-018-0583-z ＊
Tsuji, T., Gotoh, H., Morita, S. Hirata, J., Minakuchi, Y., Yaginuma, T., Toyoda, A. and Niimi, T., Molecular characterization of eye pigmentation-related ABC transporter genes in the ladybird beetle Harmonia axyridis reveals striking gene duplication of the white gene., Zool. Sci. (2018) doi:10.2108/zs170166 ＊
Ravinet, M., Yoshida, K., Shigenobu, S., Toyoda, A., Fujiyama, A., and Kitano, J., Genomic landscape at a late stage of stickleback speciation: high genomic divergence interspersed by small localized regions of introgression., PLoS Genetics (2018) doi:10.1371/journal.pgen.1007358 ＊
Casco-Robles, R.M., Watanabe, A., Eto, K., Takeshima, K., Obata, S., Kinoshita, T., Ariizumi, T., Nakatani, K., Nakada, T., Tsonis, P.A., Casco-Robles, M.M., Sakurai, K., Yahata, K., Maruo, F., Toyama, F. and Chiba, C. , Novel erythrocyte clumps revealed by an orphan gene Newtic1 in circulating blood and regenerating limbs of the adult newt., Scientific Reports (2018) doi:10.1038/s41598-018-25867-x ＊
■プレスリリース
https://www.tsukuba.ac.jp/wp-content/uploads/180524chiba-1.pdf
Dawn E. Barnes, Eichi Watabe, Kanako Ono, Euiyoung Kwak, Hidehito Kuroyanagi, Shoichiro Ono, Tropomyosin isoforms differentially affect muscle contractility in the head and body regions in the nematode Caenorhabditis elegans., Mol Biol Cell (2018) doi:10.1091/mbc.E17-03-0152 ＊
Sakai E, Nakayama M, Oshima H, Kouyama Y, Niida A, Fujii S, Ochiai A, Nakayama KI, Mimori K, Suzuki Y, Hong CP, Ock CY, Kim SJ, and Oshima M., Combined mutation of Apc, Kras and Tgfbr2 effectively drives metastasis of intestinal cancer., Cancer Research (2018) doi:10.1158/0008-5472.CAN-17-3303
Nakatsuka, Y., Vandenbon, A., Mino, T., Yoshinaga, M., Uehata, T., Cui, X., Sato, A., Tsujimura, T., Suzuki, Y., Sato, A., Handa, T., Chin, K., Sawa, T., Hirai, T., Takeuchi, O. , Pulmonary Regnase-1 orchestrates the interplay of epithelium and adaptive immune systems to protect against pneumonia., Mucosal Immunology (2018) doi:10.1038/s41385-018-0024-5
Darin Lanjakornsiripan, Baek-Jun Pior, Daichi Kawaguchi, Shohei Furutachi, Tomoaki Tahara, Yu Katsuyama, Yutaka Suzuki, Yugo Fukazawa & Yukiko Gotoh, Layer-specific morphological and molecular differences in neocortical astrocytes and their dependence on neuronal layers, Nature Communications (2018) doi:10.1038/s41467-018-03940-3
Iijima, T., Kajitani, R., Komata, S., Lin, C-P., Sota, T., Itoh, T. and Fujiwara, H., Parallel evolution of Batesian mimicry supergene in two Papilio butterflies, P. polytes and P. memnon., Science Advances (2018) doi:10.1126/sciadv.aao5416 ＊
■プレスリリース
http://www.k.u-tokyo.ac.jp/info/entry/22_entry640/
Horikawa Y, Hosomichi K, Enya M, Ishiura H, Suzuki Y, Tsuji S, Sugano S, Inoue I, and Takeda J., No novel, high penetrant gene might remain to be found in Japanese patients with unknown MODY., J Hum Genet (2018) doi:10.1038/s10038-018-0449-4 ＊
Waskito LA, Miftahussurur M, Lusida MI, Syam AF, Suzuki R, Subsomwong P,, Distribution and clinical associations of integrating conjugative elements and cag pathogenicity islands of Helicobacter pylori in Indonesia., Sci Rep (2018) doi:10.1038/s41598-018-24406-y ＊
Nishioka M., Bundo M., Ueda J., Yoshikawa A., Nishimura F., Sasaki T., Kakiuchi C., Kasai K., Kato T., Iwamoto K., Identification of somatic mutations in monozygotic twins discordant for psychiatric disorders., NPJ Schizophrenia (2018) doi:10.1038/s41537-018-0049-5 ＊
Monte, I., Ishida, S., Zamarreno, A. M., Hamberg, M., Franco-Zorrilla, J. M., Garcia-Casado, G., Gouhier-Darimont, C., Reymond, P., Takahashi, K., Garcia-Mina, J. M., Nishihama, R., Kohchi, T., and Solano, R. , Ligand-receptor co-evolution shaped the jasmonate pathway in land plants. , Nat. Chem. Biol. (2018) doi:10.1038/s41589-018-0033-4 ＊
Miyazaki Ryo, Yano Hirokazu, Sentchilo Vladimir, van der Meer Jan Roelof., Physiological and transcriptome changes induced by Pseudomonas putida acquisition of an integrative and conjugative element., Scientific Reports (2018) doi:10.1038/s41598-018-23858-6 ＊
Kudoh T., M. Takahashi, T. Osabe, A. Toyoda, H. Hirakawa, Y. Suzuki, N. Ohmido, Y. Onodera, Molecular insights into the non-recombining nature of the spinach male-determining region., Molecular Genetics and Genomics (2018) doi:10.1007/s00438-017-1405-2
遠藤（飛川）みのり, イチゴ新品種‘恋みのり’が有する炭疽病抵抗性―Colletotrichum gloeosporioides種複合体の菌種による差異の一例―, 植物防疫 (2018) ＊
Tohnai G, Nakamura R, Sone J, Nakatochi M, Yokoi D, Katsuno M, Watanabe H, Watanabe H, Ito M, Li Y, Izumi Y, Morita M, Taniguchi A, Kano O, Oda M, Kuwabara S, Abe K, Aiba I, Okamoto K, Mizoguchi K, Hasegawa K, Aoki M, Hattori N, Onodera O, Naruse H, Mitsui J, Takahashi Y, Goto J, Ishiura H, Morishita S, Yoshimura J, Doi K, Tsuji S, Nakashima K, Kaji R, Atsuta N, Sobue G; Japanese Consortium for Amyotrophic Lateral Sclerosis Research (JaCALS)., Frequency and characteristics of the TBK1 gene variants in Japanese patients with sporadic amyotrophic lateral sclerosis., Neurobiol Aging. (2018) doi:10.1016/j.neurobiolaging.2017.12.005 ＊
Akahira-Azuma M, Tsurusaki Y, Enomoto Y, Mitsui J, Kurosawa K., Refining the clinical phenotype of Okur-Chung neurodevelopmental syndrome., Hum Genome Var. (2018) doi:10.1038/hgv.2018.11 ＊
Tano K, Onoguchi-Mizutani R, Yeasmin F, Uchiumi F, Suzuki Y, Yada T, Akimitsu N., Identification of Minimal p53 Promoter Region Regulated by MALAT1 in Human Lung Adenocarcinoma Cells., Front Genet. (2018) doi:10.3389/fgene.2017.00208 ＊
Yuto Kawai, Shinya Matsumoto, Yiwei Ling, Shujiro Okuda and Satoshi Tsuneda , AldB controls persister formation in Escherichia coli depending on environmental stress , Microbiology and Immunology (2018) doi:10.1111/1348-0421.12587 ＊
Sarun Sereewattanawoot, Ayako Suzuki, Masahide Seki, Yoshitaka Sakamoto, Takashi Kohno, Sumio Sugano, Katsuya Tsuchihara & Yutaka Suzuki, Identification of potential regulatory mutations using multi-omics analysis and haplotyping of lung adenocarcinoma cell lines, Scientific Reports (2018) doi:10.1038/s41598-018-23342-1
Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Hitomi Takada, Masashi Ebisawa, Kaori Tanaka, Tetsutaro Hayashi, Akira Kurisaki and Itoshi Nikaido, Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads, Genome Biology (2018) doi:10.1186/s13059-018-1407-3 ＊
■プレスリリース
http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180313_3/
Kishida K, Ogawa N, Ichihashi E, Kato H, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M, Establishment of plasmid vector and allelic exchange mutagenesis systems in a mycobacterial strain that is able to degrade polycyclic aromatic hydrocarbon, Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry (2018) doi:10.1080/09168451.2018.1445522 ＊
Hamaji, T., Kawai-Toyooka,H., Uchimura, H., Suzuki, M., Noguchi, H., Minakuchi, Y., Toyoda, A., Fujiyama, A., Miyagishima,S., Umen, J. G. And Nozaki, H., Anisogamy evolved with a reduced sex-determining region in volvocine green algae., Communications Biology (2018) doi:10.1038/s42003-018-0019-5 ＊
■プレスリリース
http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5786/
Kurotaki D, Nakabayashi J, Nishiyama A, Sasaki H, Kawase W, Kaneko N, Ochiai K, Igarashi K, Ozato K, Suzuki Y, Tamura T, Transcription factor IRF8 governs enhancer landscape dynamics in mononuclear phagocyte progenitors, Cell Reports (2018) doi:10.1016/j.celrep.2018.02.048
■プレスリリース
https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/20180307Kurotaki.html
Cui S, Wada S, Tobimatsu Y, Takeda Y, Saucet SB, Takano T, Umezawa T, Shirasu K, Yoshida S., Host lignin composition affects haustorium induction in the parasitic plants Phtheirospermum japonicum and Striga hermonthica., New Phytol. (2018) doi:10.1111/nph.15033 ＊
Mimura I, Hirakawa Y, Kanki Y, Nakaki R, Suzuki Y, Tanaka T, Aburatani H, Nangaku M, Genome-wide analysis revealed that DZNep reduces tubulointerstitial fibrosis via down-regulation of pro-fibrotic genes, Scientific Reports (2018) doi:10.1038/s41598-018-22180-5 ＊
Onodera A, Kokubo K, Nakayama T., The Interplay between Transcription Factors and Epigenetic Modifications in Th2 Cells., IntechOpen (2018) doi:10.5772/intechopen.73027 ＊
Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Hiroki Danno & Itoshi Nikaido, Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs, Nature Communications (2018) doi:10.1038/s41467-018-02866-0 ＊
■プレスリリース
http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180214_1/
Yamaguchi T, Suzuki T, Sato T, Takahashi A, Watanabe H, Kadowaki A, Natsui M, Inagaki H, Arakawa S, Nakaoka S, Koizumi Y, Seki S, Adachi S, Fukao A, Fujiwara T, Natsume T, Kimura A, Komatsu M, Shimizu S, Ito H, Suzuki Y, Penninger JM, Yamamoto T, Imai Y, Kuba K., The CCR4-NOT deadenylase complex controls Atg7-dependent cell death and heart function., Science Signaling (2018) doi:10.1126/scisignal.aan3638
■プレスリリース
http://www.akita-u.ac.jp/honbu/event/img/pro30655_01_dl.pdf
Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Yu Nakajima, Mai Watanabe, Tsukasa Fukunaga, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Masahiko Ikeuchi, Kazuhiro Kogure, Edward F. DeLong and Wataru Iwasaki., Solar-panel and parasol strategies shape the proteorhodopsin distribution pattern in marine Flavobacteriia., The ISME journal (2018) doi:10.1038/s41396-018-0058-4 ＊
■プレスリリース
http://www.aori.u-tokyo.ac.jp/research/news/2018/20180206.html
Steward O, Matsudaira-Yee K, Rarris S, Salgado-Pirbhoy P, Worely P, Okamura K, Okuno H, Bito H, Delayed degradation and impaired dendritic delivery of intron-lacking EGFP-Arc/Arg3.1 mRNA in EGFP-Arc transgenic mice, Front Mol Neurosci (2018) doi:10.3389/fnmol.2017.00435 ＊
Masuda S, Suzuki Y, Fujitani Y, Mitsui R, Nakagawa T, Shintani M, Tani A, Lanthanide-dependent regulation of methylotrophy in Methylobacterium aquaticum strain 22A., mSphere (2018) doi:10.1128/mSphere.00462-17 ＊
Katsuma S, Kawamoto M, Shoji K, Aizawa T, Kiuchi T, Izumi N, Ogawa M, Mashiko T, Kawasaki H, Sugano S, Tomari Y, Suzuki Y, Iwanaga M., Transcriptome profiling reveals infection strategy of an insect maculavirus, DNA Research (2018) doi:10.1093/dnares/dsx056 ＊
■プレスリリース
http://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/2018/20180119-1.html
Fujii N, Miyabayashi S, Sugita T, Kobayashi A, Yamazaki C, Miyazawa Y, Kamada M, Kasahara H, Osada I, Shimazu T, Fusejima Y, Higashibata A, Yamazaki T, Ishioka N, Takahashi H, Root-tip-mediated inhibition of hydrotropism is accompanied with the suppression of asymmetric expression of auxin-inducible genes in response to moisture gradients in cucumber roots., PLOS ONE (2018) doi:10.1371/journal.pone.0189827 ＊
Takahiro Segawa, Nozomu Takeuchi, Koji Fujita, Vladimir B. Aizen, Eske Willerslev & Takahiro Yonezawa, Demographic analysis of cyanobacteria based on the mutation rates estimated from an ancient ice core, Heredity (2018) doi:10.1038/s41437-017-0040-3 ＊
Takahashi S, Fukushima N, Osabe K, Itabashi E, Shimizu M, Miyaji N, Takasaki-Yasuda T, Suzuki Y, Seki M, Fujimoto R, Identification of DNA methylated regions by using methylated DNA immunoprecipitation sequencing in Brassica rapa, Crop & Pasture Science (2018) doi:10.1071/CP17394 ＊
Suzuki A, Kawano S, Mitsuyama T, Suyama M, Kanai Y, Shirahige K, Sasaki H, Tokunaga K, Tsuchihara K, Sugano S, Nakai K, Suzuki Y., DBTSS/DBKERO for integrated analysis of transcriptional regulation, Nucleic Acids Research (2018) doi:10.1093/nar/gkx1001
執行正義, ネギ萎凋病の抵抗性に関与する遺伝子群の特定に成功 ‐近縁種シャロットがもつ抵抗性をネギに導入することで国内初の抗性品種育成を目指す‐, 農耕と園芸 (2018) ＊
Hori A, Kurata S, Kuraishi T, Unexpected role of the IMD pathway in Drosophila gut defense against Staphylococcus aureus, Biochemical and Biophysical Research Communications (2018) doi:10.1016/j.bbrc.2017.11.004 ＊
Mayu Fujita, Kohei Ohnishi, Akane Ohta, Atsushi Kuhara, Tissue network underlying cold tolerance, 細胞 (2018)
Kohei OHNISHI, Natsune TAKAGAKI, Misaki OKAHATA, Mayu FUJITA, Akane OHTA, Atsushi KUHARA, Molecular and Cellular Network Systems Underlying Cold Tolerance of Caenorhabditis elegans, Cryobiology and Cryotechnology (2018)
Matsunami, M., Hayashi, H., Tominaga, Y., Nagamura, Y., Murai-Hatano, M., Ishikawa-Sakurai, J., and Kuwagata, T., Effective methods for practical application of gene expression analysis in field-grown rice roots, Plant and Soil (2018) doi:10.1007/s11104-018-3834-z ＊
Myint T, Miftahussurur M, Vilaichone RK, Ni N, Aye TT, Subsomwong P, Uchida T, Mahachai V, Yamaoka Y., Characterizing Helicobacter pylori cagA in Myanmar., Gut Liver (2018) doi:10.5009/gnl17053 ＊
Higashino T, Matsuo H, Okada Y, Nakashima H, Shimizu S, Sakiyama M, Tadokoro S, Nakayama A, Kawaguchi M, Komatsu M, Hishida A, Nakatochi M, Ooyama H, Imaki J, Shinomiya N., A common variant of MAF/c-MAF, transcriptional factor gene in the kidney, is associated with gout susceptibility., Hum Cell (2018) doi:10.1007/s13577-017-0186-6
entaro Hori, Yasuyuki Yamada, Ratmoyo Purwanto, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, Hideki Hirakawa and Fumihiko Sato, Mining of the Uncharacterized Cytochrome P450 Genes Involved in Alkaloid Biosynthesis in California Poppy Using a Draft Genome Sequence, Plant and Cell Physiology (2018) doi:10.1093/pcp/pcx210 ＊
Kanda, N., Ichikawa, M., Ono, A., Toyoda, A., Fujiyama, A., Abe, J., Tsuchikane, Y., Nishiyama, T., Sekimoto, H., CRISPR/Cas9-based knockouts reveal that CpRLP1 is a negative regulator of the sex pheromone PR-IP in the Closterium peracerosum-strigosum-littorale complex, Scientific Reports (2017) doi:10.1038/s41598-017-18251-8 ＊
Cui, X., Mino, T., Yoshinaga, M., Nakatsuka, Y., Hia, F., Yamasoba, D., Tsujimura, T., Tomonaga, K., Suzuki, Y., Uehata, T., Takeuchi, O., Regnase-1 and Roquin Nonredundantly Regulate Th1 Differentiation Causing Cardiac Inflammation and Fibrosis., The Journal of Immunology (2017) doi:10.4049/jimmunol.1701211
■プレスリリース
http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/documents/170524_1/01.pdf
Nishiuchi S, Makiyama T, Aiba T, Nakajima K, Hirose S, Kohjitani H, Yamamoto Y, Harita T, Hayano M, Wuriyanghai Y, Chen J, Sasaki K, Yagihara N, Ishikawa T, Onoue K, Murakoshi N, Watanabe I, Ohkubo K, Watanabe H, Ohno S, Doi T, Shizuta S, Minamino T, Saito Y, Oginosawa Y, Nogami A, Aonuma K, Kusano K, Makita N, Shimizu W, Horie M, Kimura T. , Gene-Based Risk Stratification for Cardiac Disorders in LMNA Mutation Carriers. , Circ Cardiovasc Genet (2017) doi:10.1161/CIRCGENETICS.116.001603 ＊
Wong, M.K.S., Tsukada, T., Ogawa, N., Pipil, S., Ozaki, H., Suzuki, Y., Iwasaki, W., and Takei, Y., A sodium binding system alleviates acute salt stress during seawater acclimation in eels., Zool. Lett. (2017) doi:10.1186/s40851-017-0081-8 ＊
Ayako Suzuki, Mizuto Suzuki, Junko Mizushima-Sugano, Martin C Frith, Wojciech Makałowski, Takashi Kohno, Sumio Sugano, Katsuya Tsuchihara & Yutaka Suzuki, Sequencing and phasing cancer mutations in lung cancers using a long-read portable sequencer, DNA Research (2017) doi:10.1093/dnares/dsx027
Ushijima T, Hanada K, Gotoh E, Yamori W, Kodama Y, Tanaka H, Kusano M, Fukushima A, Tokizawa M, Yamamoto YY, Tada Y, Suzuki Y, and Matsushita T, Light controls protein localization through phytochrome-mediated alternative promoter selection., Cell (2017) doi:10.1016/j.cell.2017.10.018
■プレスリリース
https://www.kyushu-u.ac.jp/f/31759/17_11_10_jp_2.pdf
Ikawa, H., Chen, C.P., Sikma, M., Yoshimoto, M., Sakai, H., Tokida, T., Usui, Y., Nakamura, H., Ono, K., Maruyama, M., Watanabe, T., Kuwagata, T., and Hasegawa, T., Increasing canopy photosynthesis in rice can be achieved without a large increase in water use-a model based on free-air CO2 enrichment, Global Change Biology (2018) doi:10.1111/gcb.13981 ＊
■プレスリリース
http://www.naro.affrc.go.jp/publicity_report/press/laboratory/niaes/080552.html
Takeuchi F, Katsuya T, Kimura R, Nabika T, Isomura M, Ohkubo T, Tabara Y, Yamamoto K, Yokota M, Liu XY, Saw WY, Mamatyusupu D, Yang WJ, Xu SH, Japanese Genome Variation Consortium, Teo YY, Kato N, The fine-scale genetic structure and evolution of the Japanese population., PLoS One (2017) doi:10.1371/journal.pone.0185487 ＊
Tatsumoto S, Go Y, Fukuta K, Noguchi H, Hayakawa T, Tomonaga M, Hirai H, Matsuzawa T, Agata K, Fujiyama A., Direct estimation of de novo mutation rates in a chimpanzee parent-offspring trio by ultra-deep whole genome sequencing., Scientific Reports (2017) doi:10.1038/s41598-017-13919-7 ＊
■プレスリリース
http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171101_1.html
https://www.nins.jp/site/cnsi/1010.html
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2017/11/research-highlights_ja/20171102.html
Hotta K, Kitamoto T, Kitamoto A, Ogawa Y, Honda Y, Kessoku T, Yoneda M, Imajo K, Tomeno W, Saito S, Nakajima A., Identification of the genomic region under epigenetic regulation during non-alcoholic fatty liver disease progression., Hepatol Res (2018) doi:10.1111/hepr.12992 ＊
Liansheng Yu, Junzo Hisatsune, Hideki Hirakawa, Emiri Mizumachi,
Atsushi Toyoda, Koji Yahara, Motoyuki Sugai, Complete Genome Sequence of Super Biofilm-Elaborating Staphylococcus aureus Isolated in Japan, Genome Announc (2017) doi:10.1128/genomeA.01043-17 ＊
Subsomwong P, Miftahussurur M, Vilaichone RK, Ratanachu-Ek T, Suzuki R, Akada J, Uchida T, Mahachai V, Yamaoka Y., Helicobacter pylori virulence genes of minor ethnic groups in North Thailand., Gut Pathog (2017) doi:10.1186/s13099-017-0205-x ＊
Bowman JL, Kohchi T, Yamato KT, Jenkins J, Shu S, Ishizaki K, Yamaoka S, Nishihama R, Nakamura Y, Berger F, Adam C, Aki SS, Althoff F, Araki T, Arteaga-Vazquez MA, Balasubrmanian S, Barry K, Bauer D, Boehm CR, Briginshaw L, Caballero-Perez J, Catarino B, Chen F, Chiyoda S, Chovatia M, Davies KM, Delmans M, Demura T, Dierschke T, Dolan L, Dorantes-Acosta AE, Eklund DM, Florent SN, Flores-Sandoval E, Fujiyama A, Fukuzawa H, Galik B, Grimanelli D, Grimwood J, Grossniklaus U, Hamada T, Haseloff J, Hetherington AJ, Higo A, Hirakawa Y, Hundley HN, Ikeda Y, Inoue K, Inoue SI, Ishida S, Jia Q, Kakita M, Kanazawa T, Kawai Y, Kawashima T, Kennedy M, Kinose K, Kinoshita T, Kohara Y, Koide E, Komatsu K, Kopischke S, Kubo M, Kyozuka J, Lagercrantz U, Lin SS, Lindquist E, Lipzen AM, Lu CW, De Luna E, Martienssen RA, Minamino N, Mizutani M, Mizutani M, Mochizuki N, Monte I, Mosher R, Nagasaki H, Nakagami H, Naramoto S, Nishitani K, Ohtani M, Okamoto T, Okumura M, Phillips J, Pollak B, Reinders A, Rövekamp M, Sano R, Sawa S, Schmid MW, Shirakawa M, Solano R, Spunde A, Suetsugu N, Sugano S, Sugiyama A, Sun R, Suzuki Y, Takenaka M, Takezawa D, Tomogane H, Tsuzuki M, Ueda T, Umeda M, Ward JM, Watanabe Y, Yazaki K, Yokoyama R, Yoshitake Y, Yotsui I, Zachgo S, Schmutz J., Insights into land plant evolution garnered from the Marchantia polymorpha genome, Cell (2017) doi:10.1016/j.cell.2017.09.030
■プレスリリース
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2017/10/research-highlights_ja/20171006.html
http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171006_2.html
Yamamoto Y, Gotoh S, Korogi Y, Seki M, Konishi S, Ikeo S, Sone N, Nagasaki T, Matsumoto H, Muro S, Ito I, Hirai T, Kohno T, Suzuki Y, Mishima M., Long-term expansion of alveolar stem cells derived from human iPS cells in organoids., Nat Methods. (2017) doi:10.1038/nmeth.4448
■プレスリリース
http://first.lifesciencedb.jp/archives/17305
http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171003_1.html
https://www.amed.go.jp/news/release_20171003-01.html
Fujita, T., Kitaura, F., Yuno, M., Suzuki, Y., Sugano, S., and Fujii, H., Locus-specific ChIP combined with NGS analysis reveals genomic regulatory regions that physically interact with the Pax5 promoter in a chicken B cell line., DNA Research (2017) doi:10.1093/dnares/dsx023
Nishimura, K and Fukagawa T, An efficient method to generate conditional knockout cell lines for essential genes by combination of auxin-inducible degron tag and CRISPR/Cas9., Chromosome Res. (2017) doi:10.1007/s10577-017-9559-7
Matsuo R, Takatori Y, Hamada S, Kobayashi S, and Matsuo Y, Expression and light-dependent translocation of β-arrestin in the visual system of the terrestrial slug Limax valentianus., J Exp Biol (2017) doi:10.1242/jeb.162701 ＊
Sanosaka T, Imamura T, Hamazaki N, Chai M, Igarashi K, Ideta-Otsuka M, Miura F, Ito T, Fujii N, Ikeo K, Nakashima K., DNA methylome analysis identifies transcription factor-based epigenomic signatures of multilineage competence in neural stem/progenitor cells., Cell Reports (2017) doi:10.1016/j.celrep.2017.08.086 ＊
■プレスリリース
https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/171
Yamazaki, T., Ichihara, K., Suzuki, R., Oshima, K., Miyamura, S., Kuwano, K., Toyoda, A., Suzuki, Y., Sugano, S., Hattori, M. and Kawano, S.:, Genomic structure and evolution of the mating type locus in the green seaweed Ulva partita., Sci. Rep. (2017) doi:10.1038/s41598-017-11677-0 ＊
Melin, A. D., Chiou, K. L., Walco, E. R., Bergstrom, M., L., Kawamura, S. and Fedigan, L. M., Trichromacy increases fruit intake rates of wild capuchins (Cebus capucinus imitator), Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (2017) doi:10.1073/pnas.1705957114 ＊
Higashino T, Takada T, Nakaoka H, Toyoda Y, Stiburkova B, Miyata H, Ikebuchi Y, Nakashima H, Shimizu S, Kawaguchi M, Sakiyama M, Nakayama A, Akashi A, Tanahashi Y, Kawamura Y, Nakamura T, Wakai K, Okada R, Yamamoto K, Hosomichi K, Hosoya T, Ichida K, Ooyama H, Suzuki H, Inoue I, Merriman TR, Shinomiya N, Matsuo H., Multiple common and rare variants of ABCG2 cause gout. , RMD Open (2017) doi:10.1136/rmdopen-2017-000464
Tsuchida S, Maruyama F, Ogura Y, Toyoda A, Hayashi T, Okuma M and Ushida K , Genomic Characteristics of Bifidobacterium thermacidophilum Pig Isolates and Wild Boar Isolates Reveal the Unique Presence of a Putative Mobile Genetic Element with tetW for Pig Farm Isolates, Front. Microbiol. (2017) doi:10.3389/fmicb.2017.01540 ＊
Abdelrahman M, El-Sayed M, Sato S, Hirakawa H, Ito SI, Tanaka K, Mine Y, Sugiyama N, Suzuki Y, Yamauchi N, Shigyo M., RNA-sequencing-based transcriptome and biochemical analyses of steroidal saponin pathway in a complete set of Allium fistulosum—A. cepa monosomic addition lines, PLoS One (2017) doi:10.1371/journal.pone.0181784
■プレスリリース
http://www.yamaguchi-u.ac.jp/weeklynews/2017/_6393.html
http://www.nodai.ac.jp/hojin/upload/9d4dfd56c1c79db899238f1490c3d758.pdf
Ishida JK, Yoshida S, Shirasu K., Quinone oxidoreductase 2 is involved in haustorium development of the parasitic plant Phtheirospermum japonicum., Plant Signal Behav (2017) doi:10.1080/15592324.2017.1319029 ＊
Yoshida Y, Koutsovoulos G, Laetsch DR, Stevens L, Kumar S, Horikawa DD, Ishino K, Komine S, Kunieda T, Tomita M, Blaxter M and Arakawa K, Comparative genomics of the tardigrades Hypsibius dujardini and Ramazzottius varieornatus, PLOS Biology (2017) doi:10.1371/journal.pbio.2002266 ＊
Hori T, Shang WH, Hara M, Ariyoshi M, Arimura Y, Fujita R, Kurumizaka H, Fukagawa T., Association of M18BP1/KNL2 with CENP-A Nucleosome Is Essential for Centromere Formation in Non-mammalian Vertebrates., Dev Cell (2017) doi:10.1016/j.devcel.2017.06.019
■プレスリリース
http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/events/achievement/hori-fukagawa-20170725/
Seki A, Ishikawa T, Daumy X, Mishima H, Barc J, Sasaki R, Nishii K, Saito K, Urano M, Ohno S, Otsuki S, Kimoto H, Baruteau AE, Thollet A, Fouchard S, Bonnaud S, Parent P, Shibata Y, Perrin JP, Le Marec H, Hagiwara N, Mercier S, Horie M, Probst V, Yoshiura KI, Redon R, Schott JJ, Makita N. , Progressive atrial conduction defects associated with bone malformation caused by a connexin-45 mutation. , J Am Coll Cardiol (2017) doi:10.1016/j.jacc.2017.05.039 ＊
Shotaro Wani, Hidehito Kuroyanagi, An emerging model organism Caenorhabditis elegans for alternative pre-mRNA processing in vivo., Wiley Interdiscip Rev RNA (2017) doi:10.1002/wrna.1428 ＊
Ezura K, Ji-Seong K, Mori K, Suzuki Y, Kuhara S, Ariizumi T, Ezura H., Genome-wide identification of pistil-specific genes expressed during fruit set initiation in tomato (Solanum lycopersicum)., PLOS ONE (2017) doi:10.1371/journal.pone.0180003 ＊
A.K.M. Rohul Amina, Mami Tanakaa, Nurhidayu Al-saari a,b, Gao Fenga, Sayaka Minoa, Yoshitoshi Ogurac, Tetsuya Hayashic, Pedro M. Meirellesd, Fabiano L. Thompsond, Bruno Gomez-Gile, Toko Sawabef, Tomoo Sawabea, Thaumasiovibrio occultus gen. nov. sp. nov. and Thaumasiovibrio subtropicus sp. nov. within the family Vibrionaceae, isolated from coral reef seawater off Ishigaki Island, Japan, Syst Appl Microbiol (2017) doi:10.1016/j.syapm.2017.04.003 ＊
Mami Tanaka1, Shoko Endo1, Fumihito Kotake1, Nurhidayu Al-saari1, A. K. M. Rohul Amin1, Gao Feng1, Sayaka Mino1, Hidetaka Doi2, Yoshitoshi Ogura3, Tetsuya Hayashi3, Wataru Suda4,5, Masahira Hattori4,6, Isao Yumoto7, Toko Sawabe8, Tomoo Sawabe1*, Toshiyoshi Araki, Vibrio aphrogenes sp. nov., in the Rumoiensis clade isolated from a seaweed, PLoS One (2017) doi:10.1371/journal.pone.0180053 ＊
Tumes DJ, Papadopoulos M, Endo Y, Onodera A, Hirahara K, Nakayama T., Epigenetic regulation of T-helper cell differentiation, memory, and plasticity in allergic asthma., Immunol Rev. (2017) doi:10.1111/imr.12560 ＊
Pramono A.K., Kuwahara H., Itoh T., Toyoda A., Yamada A., Hongoh Y., Discovery and complete genome sequence of a bacteriophage from an obligate intracellular symbiont of a cellulolytic protist in the termite gut., Microbes and Environments (2017) doi:10.1264/jsme2.ME16175 ＊
加藤広海、津田雅孝, 土壌細菌叢の化学的撹乱に対するロバスト性 -経時的な土壌メタゲノム解析からみえてきたこと, 化学と生物 (2017) doi:10.1271/kagakutoseibutsu.55.446 ＊
Hashimoto T and Kunieda T , DNA Protection Protein, a Novel Mechanism of Radiation Tolerance: Lessons from Tardigrades, Life (2017) doi:10.3390/life7020026 ＊
Tsurusaki Y, Ohashi I, Enomoto Y, Naruto T, Mitsui J, Aida N, Kurosawa K., A novel UBE2A mutation causes X-linked intellectual disability type Nascimento., Hum Genome Var. (2017) doi:10.1038/hgv.2017.19. ＊
Sakiyama M, Matsuo H, Akashi A, Shimizu S, Higashino T, Kawaguchi M, Nakayama A, Naito M, Kawai S, Nakashima H, Sakurai Y, Ichida K, Shimizu T, Ooyama H, Shinomiya N., Independent effects of ADH1B and ALDH2 common dysfunctional variants on gout risk., Scientific Reports (2017) doi:10.1038/s41598-017-02528-z
■プレスリリース
http://ndmc-ipb.browse.jp/DL/researchNDMC20170531HP.pdf
Yoshinaga, M., Nakatsuka, Y., Vandenbon, A., Ori, D., Uehata, T., Tsujimura, T., Suzuki, Y., Mino, T., Takeuchi, O., Regnase-1 Maintains Iron Homeostasis via the Degradation of Transferrin Receptor 1 and Prolyl-Hydroxylase-Domain-Containing Protein 3 mRNAs., Cell Reports (2017) doi:10.1016/j.celrep.2017.05.009
■プレスリリース
https://www.amed.go.jp/news/release_20170524.html
http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/170524_1.html
http://www.infront.kyoto-u.ac.jp/achievements/post-1846/
Yasumuro, H., Sakurai, K., Toyama, F., Maruo, F. and Chiba, C., Implications of a multi-step trigger of retinal regeneration in the adult newt., Biomedicines (2017) doi:10.3390/biomedicines5020025 ＊
Egashira M, Hirota Y, Shimizu-Hirota R, Saito-Fujita T, Haraguchi H, Matsumoto L, Matsuo M, Hiraoka T, Tanaka T, Akaeda S, Takehisa C, Saito-Kanatani M, Maeda KI, Fujii T, Osuga Y, F4/80+ macrophages contribute to clearance of senescent cells in the mouse postpartum uterus., Endocrinology (2017) doi:10.1210/en.2016-1886 ＊
Fujita, T., Yuno, M., Suzuki, Y., Sugano, S., and Fujii, H., Identification of physical interactions between genomic regions by enChIP-Seq., Genes to Cells (2017) doi:10.1111/gtc.12492
Ishikawa T, Ohno S, Murakami T, Yoshida K, Mishima H, Fukuoka T, Kimoto H, Sakamoto R, Ohkusa T, Aiba T, Nogami A, Sumitomo N, Shimizu W, Yoshiura KI, Horigome H, Horie M, Makita N. , Sick sinus syndrome with HCN4 mutations shows early onset and frequent association with atrial fibrillation and left ventricular noncompaction. , Heart Rhythm (2017) doi:10.1016/j.hrthm.2017.01.020 ＊
Spallek, T., Melnyk, C. W., Wakatake, T., Zhang, J., Sakamoto, Y., Kiba, T., Yoshida, S., Matsunaga, S., Sakakibara, H., Shirasu, K., Inter-species hormonal control of host root morphology by parasitic plants, PNAS (2017) doi:10.1073/pnas.1619078114 ＊
■プレスリリース
http://www.riken.jp/pr/press/2017/20170502_2/
Miftahussurur M, Cruz M, Subsomwong P, Jiménez Abreu JA, Hosking C, Nagashima H, Akada J, Yamaoka Y, Clarithromycin-Based Triple Therapy is Still Useful as an Initial Treatment for Helicobacter pylori Infection in the Dominican Republic., Am J Trop Med Hyg (2017) doi:10.4269/ajtmh.16-0729 ＊
Paudel A, Hamamoto H, Panthee S, Kaneko K, Matsunaga S, Kanai M, Suzuki Y, Sekimizu K, A Novel Spiro-Heterocyclic Compound Identified by the Silkworm Infection Model Inhibits Transcription in Staphylococcus aureus, Frontiers in Microbiology (2017) doi:10.3389/fmicb.2017.00712 ＊
Z. I. Grochau‐Wright E. R. Hanschen P. J. Ferris T. Hamaji H. Nozaki B. J. S. C. Olson R. E. Michod, Genetic basis for soma is present in undifferentiated volvocine green algae, J. Evol. Biol. (2017) doi:10.1111/jeb.13100 ＊
Mimura I, Hirakawa Y, Kanki Y, Kushida N, Nakaki R, Suzuki Y, Tanaka T, Aburatani H, Nangaku M., Novel lnc RNA regulated by HIF-1 inhibits apoptotic cell death in the renal tubular epithelial cells under hypoxia., Physiological Reports (2017) doi:10.14814/phy2.13203 ＊
Higashi A, Nagai S, Salomon P. S. and Ueki S, A unique, highly variable mitochondrial gene with coding capacity of Heterosigma akashiwo, class Raphidophyceae., J Appl Phycol (2017) doi:10.1007/s10811-017-1142-2 ＊
Masahiro Uesaka, Kiyokazu Agata, Takao Oishi, Kinichi Nakashima, Takuya Imamura, Evolutionary acquisition of promoter-associated non-coding RNA (pancRNA) repertoires diversifies species-dependent gene activation mechanisms in mammals., BMC Genomics (2017) doi:10.1186/s12864-017-3662-1 ＊
Hamaji, T., Kawai-Toyooka, H., Toyoda, A., Minakuchi, Y., Suzuki, M., Fujiyama, A., Nozaki, H. and Smith, D. R., Multiple independent changes in mitochondrial genome conformation in chlamydomonadalean algae., Genome Biology and Evolution (2017) doi:10.1093/gbe/evx060 ＊
Aiko Higashi, Satoshi Nagai, Sergio Seone, and Shoko Ueki*, A hypervariable mitochondrial protein coding sequence associated with geographical origin in a cosmopolitan bloom-forming alga, Heterosigma akashiwo, Biology Letters (2017) doi:10.1098/rsbl.2016.0976 ＊
Hotta K, Kikuchi M, Kitamoto T, Kitamoto A, Ogawa Y, Honda Y, Kessoku T, Kobayashi K, Yoneda M, Imajo K, Tomeno W, Nakaya A, Suzuki Y, Saito S, Nakajima A., Identification of core gene networks and hub genes associated with progression of non-alcoholic fatty liver disease by RNA sequencing., Hepatol Res (2017) doi:10.1111/hepr.12877 ＊
Panthee S, Paudel A, Hamamoto H, Sekimizu K, Advantages of the Silkworm As an Animal Model for Developing Novel Antimicrobial Agents, Frontiers in Microbiology (2017) doi:10.3389/fmicb.2017.00373 ＊
Yoshida J, Akagi K, Misawa R, Kokubu C, Takeda J, Horie K., Chromatin states shape insertion profiles of the piggyBac, Tol2 and Sleeping Beauty transposons and murine leukemia virus., Scientific Reports (2017) doi:10.1038/srep43613 ＊
Tanabe K, Itoh M, Tonoki A., Age-Related Changes in Insulin-like Signaling Lead to Intermediate-Term Memory Impairment in Drosophila., Cell Reports. (2017) doi:10.1016/j.celrep.2017.01.053 ＊
Galipon J, Ishii R, Suzuki Y, Tomita M, Ui-Tei K., Differential binding of three major human ADAR isoforms to coding and long non-coding transcripts., Genes (Basel) (2017) doi:10.3390/genes8020068 ＊
Takei, Y., Wong, M.K.S., Pipil, S., Ozaki, H., Iwasaki, W., Suzuki, Y., and Kusakabe, M, Molecular mechanisms underlying active desalination in the esophagus of seawater eels, Am. J. Physiol. (2017) doi:10.1152/ajpregu.00465.2016 (selected as Editorial focus) ＊
Melin, A. D., Khetpal, V., Matsushita, Y., Zhou, K., Campos, F. A., Welker, B. and Kawamura, S., Howler monkey foraging ecology suggests convergent evolution of routine trichromacy as an adaptation for folivory, Ecology and Evolution (2017) doi:10.1002/ece3.2716 ＊
Liu X, Lu D, Saw WY, Shaw PJ, Wangkumhang P, Ngamphiw C, Fucharoen S, Lert-Itthiporn W, Chin-Inmanu K, Chau TN, Anders K, Kasturiratne A, de Silva HJ, Katsuya T, Kimura R, Nabika T, Ohkubo T, Tabara Y, Takeuchi F, Yamamoto K, Yokota M, Mamatyusupu D, Yang W, Chung YJ, Jin L, Hoh BP, Wickremasinghe AR, Ong RH, Khor CC, Dunstan SJ, Simmons C, Tongsima S, Suriyaphol P, Kato N, Xu S, Teo YY, Characterising private and shared signatures of positive selection in 37 Asian populations., European Journal of Human Genetics (2017) doi:10.1038/ejhg.2016.181 ＊
Ishikawa, A., Kusakabe, M., Ravinet, M., Yoshida, K., Makino, T., Toyoda, A. Fujiyama, A., and Kitano, J. , Different contributions of local- and distant-regulatory changes to transcriptome divergence between stickleback ecotypes., Evolution (2017) doi:10.1111/evo.13175 ＊
津田雅孝, 有害化合物汚染土壌の微生物集団による分解・浄化に向けた基盤研究：分解菌と共存する非分解菌の役割の解明, Institute for Fermentation, Osaka Research Communications (2017) ＊
内村有邦、樋口真弓、八木健, 変異蓄積モデルを利用した生殖系列変異の後世代影響の解析, 放射線生物研究 (2017) ＊
加藤広海、津田雅孝, 土壌細菌叢メタゲノムの時間的変動, 生体の科学 (2017) ＊
木下隆太、岸雄介、後藤由季子, 神経幹細胞の運命制御におけるlncRNAの役割, 医薬ジャーナル, Clinical Calcium, (2017) ＊
執行正義, ネギ類オミクス研究の最新情報, アグリバイオ (2017)
Takahiro Yonezawa, Takahiro Segawa,Hiroshi Mori,Paula F. Campos,Yuichi Hongoh,Hideki Endo,Ayumi Akiyoshi,Naoki Kohno,Shin Nishida,Jiaqi Wu,Haofei Jin,Jun Adachi,Hirohisa Kishino,Ken Kurokawa,Yoshifumi Nogi,Hideyuki Tanabe,Harutaka Mukoyama,Kunio Yoshida,Armand Rasoamiaramanana,Satoshi Yamagishi,Yoshihiro Hayashi,Akira Yoshida,Hiroko Koike,umihito Akishinonomiya,Eske Willerslev and Masami Hasegawa, Phylogenomics and Morphology of Extinct Paleognaths Reveal the Origin and Evolution of the Ratites, Current Biology (2017) doi:10.1016/j.cub.2016.10.029 ＊
■プレスリリース
https://www.kahaku.go.jp/procedure/press/pdf/178100.pdf
Hori T, Kagawa N, Toyoda A, Fujiyama A, Misu S, Monma N, Makino F, Ikeo K, Fukagawa T., Constitutive centromere-associated network controls centromere drift in vertebrate cells., J Cell Biol. (2017) doi:10.1083/jcb.201605001
Ogura Y, Nakayama N, Hayashi T, and Ueki S, Mitochondrial genome sequences of four strains of bloom-forming raphidophyceae, Heterosigma akashiwo., Genome Announc (2016) doi:10.1128/genomeA.01288-16 ＊
Maruyama F, and and Ueki S, Evolution and Phylogeny of large DNA viruses, Mimiviridae and Phycodnaviridae including newly characterized Heterosigma akashiwo virus., Frontiers in Microbiology (2016) doi:10.3389/fmicb.2016.01942 ＊
Nakayama A, Nakaoka H, Yamamoto K, Sakiyama M, Shaukat A, Toyoda Y, Okada Y, Kamatani Y, Nakamura T, Takada T, Inoue K, Yasujima T, Yuasa H, Shirahama Y, Nakashima H, Shimizu S, Higashino T, Kawamura Y, Ogata H, Kawaguchi M, Ohkawa Y, Danjoh I, Tokumasu A, Ooyama K, Ito T, Kondo T, Wakai K, Stiburkova B, Pavelka K, Stamp LK, Dalbeth N; Eurogout Consortium, Sakurai Y, Suzuki H, Hosoyamada M, Fujimori S, Yokoo T, Hosoya T, Inoue I, Takahashi A, Kubo M, Ooyama H, Shimizu T, Ichida K, Shinomiya N, Merriman TR, Matsuo H; Eurogout Consortium., GWAS of clinically defined gout and subtypes identifies multiple susceptibility loci that include urate transporter genes., Ann Rheum Dis (2017) doi:10.1136/annrheumdis-2016-209632
Terajima H, Yoshitane H, Ozaki H, Suzuki Y, Shimba S, Kuroda S, Iwasaki W, Fukada Y., ADARB1 catalyzes circadian A-to-I editing and regulates RNA rhythm., Nat Genetics (2017) doi:10.1038/ng.3731 ＊
■プレスリリース
http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5147
Nakayama T, Hirahara K, Onodera A, Endo Y, Hosokawa H, Shinoda K, Tumes DJ, Okamoto Y., Th2 Cells in Health and Disease., Annu Rev Immunol. (2017) doi:10.1146/annurev-immunol-051116-052350 ＊
Ito M, Saigo T, Abe W, Kubo T and Kunieda T, Establishment of an isogenic strain of the desiccation-sensitive tardigrade Isohypsibius myrops (Parachela, Eutardigrada) and its life history traits, Zool. J. Linn. Soc (2016) doi:10.1111/zoj.12449 ＊
Ogura Y, Hayashi T, and Ueki S*, The complete genome sequence of Phycodnavirus, Heterosigma akashiwo virus strain 53., Genome Announc (2016) doi:10.1128/genomeA.01279-16 ＊
A. Hoshino, V. Jayakumar, E. Nitasaka, A. Toyoda, H. Noguchi, T. Itoh, T. Shin-I, Y. Minakuchi, Y. Koda, A. Nagano, M. Yasugi, M. Honjo, H. Kudoh, M. Seki, A. Kamiya, T. Shiraki, P. Carninci, E. Asamizu, H. Nishide, S. Tanaka, K.I. Park, Y. Morita, K. Yokoyama, I. Uchiyama, Y. Tanaka, S. Tabata, K. Shinozaki, Y. Hayashizaki, Y. Kohara, Y. Suzuki, S. Sugano, A. Fujiyama, S. Iida, and Y. Sakakibara, Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil, Nature Communications (2016) doi:10.1038/ncomms13295 ＊
■プレスリリース
http://www.nibb.ac.jp/pressroom/news/2016/11/08.html
Shang WH, Hori T, Westhorpe FG, Godek KM, Toyoda A, Misu S, Monma N, Ikeo K, Carroll CW, Takami Y, Fujiyama A, Kimura H, Straight AF, Fukagawa T., Acetylation of histone H4 lysine 5 and 12 is required for CENP-A deposition into centromeres., Nature Commun (2016) doi:10.1038/ncomms13465 ＊
■プレスリリース
https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2016/20161104_2
Tsutsui, K., Otoh, M., Sakurai, K., Suzuki-Hashido, N., Hayakawa, T., Misaka, T., Ishimaru, Y., Aurel, F., Melin, A. D., Kawamura, S. and Imai, H., Variation in ligand responses of the bitter taste receptors TAS2R1 and TAS2R4 among New World monkeys, BMC Evolutionary Biology (2016) doi:10.1186/s12862-016-0783-0 ＊
Kulkarni T, Aikawa C, Nozawa T, Murase K, Maruyama F, Nakagawa I., DNA-based culture-independent analysis detects the presence of group a streptococcus in throat samples from healthy adults in Japan., BMC Microbiol. (2016) doi:10.1186/s12866-016-0858-5 ＊
Miki A., Galipon J., Sawai S., Inada T., Ohta K. , RNA decay systems enhance reciprocal switching of sense and antisense transcripts in response to glucose starvation., Genes to Cells (2016) doi:10.1111/gtc.12443 ＊
Shimoda Y, Hirakawa H, Sato S, Saeki K, Hayashi M, Whole-Genome Sequence of the Nitrogen-Fixing Symbiotic Rhizobium Mesorhizobium loti Strain TONO, Genome Announcements (2016) doi:10.1128/genomeA.01016-16 ＊
Kusakabe, M., Ishikawa, A., Ravinet, M., Yoshida, K., Makino, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., and Kitano, J. , Genetic basis for variation in salinity tolerance between stickleback ecotypes. , Molecular Ecology (2017) doi:10.1111/mec.13875 ＊
Watanabe H, Goto S, Mori H, Higashi K, Hosomichi K, Aizawa N, Takahashi N, Tsuchida M, Suzuki Y, Yamada T, Horii A, Inoue I, Kurokawa K, Narita I., Comprehensive microbiome analysis of tonsillar crypts in IgA nephropathy., Nephrol Dial Transplant. (2017) doi:10.1093/ndt/gfw343 ＊
Yoshida K, Go Y, Kushima I, Toyoda A, Fujiyama A, Imai H, Saito N, Iriki A, Ozaki N, Isoda M., Single-neuron and genetic correlates of autistic behavior in macaque., Science Advances (2016) doi:10.1126/sciadv.1600558 ＊
■プレスリリース
http://www.nips.ac.jp/nips_research/2016/10/post_152.html
http://www.koseisouhatsu.jp/activity/release/20161007_research/index.html
Hashimoto T, Horikawa DD, Saito Y, Kuwahara H, Kozuka-Hata H, Shin-I T, Minakuchi Y, Ohishi K, Motoyama A, Aizu T, Enomoto A, Kondo K, Tanaka S, Hara Y, Koshikawa S, Sagara H, Miura T, Yokobori S, Miyagawa K, Suzuki Y, Kubo T, Oyama M, Kohara Y, Fujiyama A, Arakawa K, Katayama T, Toyoda A and Kunieda T, Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein, Nat Commun (2016) doi:10.1038/ncomms12808 ＊
■プレスリリース
https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/5001/
Casco-Robles, M.M., Islam, M.R., Inami, W., Tanaka, H.V., Kunahong, A., Yasumuro, H., Hanzawa, S., Casco-Robles R.M., Toyama, F., Maruo, F. and Chiba, C., Turning the fate of reprogramming cells from retinal disorder to regeneration by Pax6 in newts., Scientific Reports (2016) doi:10.1038/srep33761 ＊
■プレスリリース
http://www.tsukuba.ac.jp/wp-content/uploads/160919chiba-1.pdf
Wong, MKS, Pipil, S., Kato, A., and Takei, Y. , Duplicated CFTR isoforms in eels diverged in regulatory structures and osmoregulatory functions., Comp. Biochem. Physiol. (2016) doi:10.1016/j.cbpa.2016.06.018 ＊
Ishida,Yoshida, S., Takebayashi, Y., Kasahara, H., Wafula, E., dePamphilis, C. W., Namba, S., Shirasu K., Local auxin biosynthesis mediated by a YUCCA flavin monooxygenase regulates haustorium　development in the parasitic plant Phtheirospermum japonicum., Plant Cell (2016) doi:10.1105/tpc.16.00310 ＊
Satoshi Takahata, Takumi Yago, Keisuke Iwabuchi, Hideki Hirakawa, Yutaka Suzuki, and Yasuyuki Onodera, Comparison of Spinach Sex Chromosomes with Sugar Beet Autosomes Reveals Extensive Synteny and Low Recombination at the Male-Determining Locus, Journal of Heredity (2016) doi:10.1093/jhered/esw055 ＊
Panthee S, Hamamoto H, Suzuki Y, Sekimizu K, In silico identification of lysocin biosynthetic gene cluster from Lysobacter sp. RH2180-5, J Antibiot (Tokyo) (2017) doi:10.1038/ja.2016.102 ＊
Panthee S, Hamamoto H, Paudel A, Sekimizu K, Lysobacter species: a potential source of novel antibiotics, Arch Microbiol (2016) doi:10.1007/s00203-016-1278-5 ＊
Koide S, Oshima M, Takubo K, Yamazaki S, Nitta E, Saraya A, Aoyama K, Kato Y, Miyagi S, Nakajima-Takagi Y, Chiba T, Matsui H, Arai F, Suzuki Y, Kimura H, Nakauchi H, Suda T, Shinkai Y, and Iwama A., Setdb1 maintains hematopoietic stem and progenitor cells by restricting the ectopic activation of non-hematopoietic genes, Blood (2016) doi:10.1182/blood-2016-01-694810 ＊
Kawamura, S., Kasagi, S., Kasai, D., Tezuka, A., Shoji, A., Takahashi, A., Imai, H. and Kawata, M., Spectral sensitivity of guppy visual pigments reconstituted in vitro to resolve association of opsins with cone cell types, Vision Research (2016) doi:10.1016/j.visres.2016.06.013 ＊
Wong, M.K.S., Pipil, S., Ozaki, H., Iwasaki, W., Suzuki, Y., and Takei, Y., Flexible selection of diversified Na+/K+-ATPase α-subunit isoforms for osmoregulation in teleosts., Zool. Lett. (2016) doi:10.1186/s40851-016-0050-7 ＊
Tanabe, H., Seki, M., Itoh, M., Deepak, A., Lal, P., Horiuchi, T., Suzuki, Y., and Kawakami, K., Fluorescence-activated cell sorting and gene expression profiling of GFP-positive cells from transgenic zebrafish lines., Methods in Molecular Biology (2016) doi:10.1007/978-1-4939-3771-4_7 ＊
Paudel A, Hamamoto H, Panthee S, Sekimizu K, Menaquinone as a potential target of antibacterial agents, Drug Discov Ther (2016) doi:10.5582/ddt.2016.01041 ＊
Imae K, Saito Y, Kizaki H, Ryuno H, Mao H, Miyashita A, Suzuki Y, Sekimizu K, Kaito C., Novel Nucleoside Diphosphatase Contributes to Staphylococcus aureus Virulence, The Journal of Biological Chemistry (2016) doi:10.1074/jbc.M116.721845. ＊
Suzuki, R., Ota, S., Yamazaki1, T., Toyoda, A., Nonaka, S., Matsukura, C., Kuwano, K. and Kawano, S., Morphological changes of giant mitochondria in the unicellular to multicellular phase during parthenogenesis of Ulva partita (Ulvophyceae) revealed by expression of mitochondrial targeting GFP and PEG transformation, Phycol. Res. (2016) doi:10.1111/pre.12132 ＊
Takei S, Togo-Ohno M, Suzuki Y, Kuroyanagi H., Evolutionarily conserved autoregulation of alternative pre-mRNA splicing by ribosomal protein L10a., Nucleic Acids Research. (2016) doi:10.1093/nar/gkw152 ＊
Ohtsubo Y, Nonoyama S, Ogawa N, Kato H, Nagata Y, Tsuda M, Complete genome sequence of Burkholderia caribensis Bcrs1W (NBRC110739), a strain co-residing with phenanthrene degrader Mycobacterium sp. EPa45, Journal of Biotechnology (2016) doi:10.1016/j.jbiotec.2016.04.042 ＊
Naoki Yamamoto, Kiyokazu Agata, Kinichi Nakashima, Takuya Imamura, Bidirectional promoters link cAMP signaling with irreversible differentiation through promoter-associated non-coding RNA (pancRNA) expression in PC12 cells, Nucleic Acids Research (2016) doi:10.1093/nar/gkw113 ＊
■プレスリリース
https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/3
Matsunami etal., Population structure and evolution after speciation of the Hokkaido salamander (Hynobius retardants)., PLoS One (2016) doi:10.1371/journal.pone.0156815 ＊
Sakai, Y., Ohtsuki, H., Kasagi, S., Kawamura, S. and Kawata, M., Effects of light environment during growth on the expression of cone opsin genes and behavioral spectral sensitivities in guppies (Poecilia reticulata), BMC Evolutionary Biology (2016) doi:10.1186/s12862-016-0679-z ＊
Matsuo R, Tanaka M, Kobayashi S, Aonuma H, and Matsuo Y, Octopaminergic system in the central nervous system of the terrestrial slug Limax., J Comp Neurol (2016) doi:10.1002/cne.24039 ＊
Sakiyama M, Matsuo H, Nakaoka H, Yamamoto K, Nakayama A, Nakamura T, Kawai S, Okada R, Ooyama H, Shimizu T, Shinomiya N., Identification of rs671, a common variant of ALDH2, as a goutsusceptibility locus., Sci Rep (2016) doi:10.1038/srep25360 ＊
■プレスリリース
http://ndmc-ipb.browse.jp/DL/pressreleaseNDMC20160516HP.pdf
Hamaji, T., Mogi,Y., Ferris, P. J., Mori, T., Miyagishima, S., Kabeya, Y., Nishimura, Y., Toyoda, A., Noguchi, H., Fujiyama, A., Olson, B. J.S.C., Marriage, T. N., Nishii, I., Umen, J. G., Nozaki, H., Sequence of the Gonium pectorale mating locus reveals a complex and dynamic history of changes in volvocine algal mating haplotypes., G3: Genes, Genomes, Genetics (2016) doi:10.1534/g3.115.026229 ＊
Hanschen, E. R., Marriage, T. N., Ferris, P. J., Hamaji, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Neme, R., Noguchi, H., Minakuchi, Y., Suzuki, M., Kawai-Toyooka, H., Smith, D. R., Sparks, H., Anderson, J., Bakarić, R., Luria, V., Karger, A., Kirschner, M., Durand, P. M., Michod, R. E., Nozaki, H. and Olson, B. J. S. C., The Gonium pectorale genome demonstrates cooption of cell cycle regulation during the evolution of multicellularity., Nature Communications (2016) doi:10.1038/ncomms11370 ＊
■プレスリリース
http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/4667/
Daumy X, Amarouch MY, Lindenbaum P, Bonnaud S, Charpentier E, Bianchi B, Nafzger S, Baron E, Fouchard S, Thollet A, Kyndt F, Barc J, Le Scouarnec S, Makita N, Le Marec H, Dina C, Gourraud JB, Probst V, Abriel H, Redon R, Schott JJ. , Targeted resequencing identifies TRPM4 as a major gene predisposing to progressive familial heart block type I. , Int J Cardiol (2016) doi:10.1016/j.ijcard.2016.01.052 ＊
Yamauchi K, Kondo S, Hamamoto M, Suzuki Y, Nishida H, Genome-wide maps of nucleosomes of the trichostatin A treated and untreated archiascomycetous yeast Saitoella complicata, AIMS Microbiology (2016) doi:10.3934/microbiol.2016.1.69 ＊
Takemata N, Oda A, Yamada T, Galipon J, Miyoshi T, Suzuki Y, Sugano S, Hoffman CS, Hirota K, Ohta K., Local potentiation of stress-responsive genes by upstream noncoding transcription., Nucleic Acids Res. (2016) doi:10.1093/nar/gkw142 ＊
Cui, S., Wakatake, T., Hashimoto, K., Saucet, S. B., Toyooka, K., Yoshida S.*, Shirasu K., Haustorial hairs are specialized root hairs that support parasitism in the facultative parasitic plant, Phtheirospermum japonicum., Plant Physiol. (2016) doi:10.1104/pp.15.01786 ＊
江沢辰広, 土壌微生物が創る共生の世界—その先端的研究事例と農業への応用的研究展開
第二，第三次技術革新が開くアーバスキュラー菌根共生研究 , 日本土壌肥料学雑誌 (2016) doi:10.20710/dojo.87.1_64 ＊
Koichi Yamagata, Ayako Yamanishi, Chikara Kokubu, Junji Takeda and Jun Sese,, COSMOS: accurate detection of somatic structural variations through asymmetric comparison between tumor and normal samples, Nucleic Acids Res., (2016) doi:10.1093/nar/gkw026 ＊
Suzuki, S., Kato, H., Suzuki, Y., Chikashige, Y., Hiraoka, Y., Kimura, H., Nagao, K., Obuse, C., Takahata, S. and Murakami, Y., Histone H3K36 trimethylation is essential for multiple silencing mechanisms in fission yeast., Nuleic Acids Research (2016) doi:10.1093/nar/gkw008 ＊
Yusuke Kazama, Kotaro Ishii, Wataru Aonuma, Tokihiro Ikeda, Hiroki Kawamoto, Ayako Koizumi, Dmitry A Filatov, Margarita Chibalina, Roberta Bergero, Deborah Charlesworth, Tomoko Abe, Shigeyuki Kawano, A new physical mapping approach refines the sex-determining gene positions on the /Silene latifolia/ Y-chromosome, Scientific Reports (2016) doi:10.1038/srep18917 ＊
■プレスリリース
http://www.riken.jp/pr/press/2016/20160108_5/
Oshima M, Hasegawa N, Mochizuki-Kashio M, Muto T, Mitagi S, Koide, S,Yabata S, Wendt G, Saraya A, Wang C, Shimoda K, Suzuki Y, Iwama A., Ezh2 regulates the Lin28/let-7 pathway to restrict activation of fetal gene signature in adult hematopoietic stem cells, Exmental Hematology (2016) doi:10.1016/j.exphem.2015.12.009 ＊
Yasuma K, Yasunaga J, Takemoto K, Sugata K, Mitobe Y, Takenouchi N, Nakagawa M, Suzuki Y, Matsuoka M., HTLV-1 bZIP Factor Impairs Anti-viral Immunity by Inducing Co-inhibitory Molecule, T Cell Immunoglobulin and ITIM Domain (TIGIT), PLoS Pathog (2016) doi:10.1371/journal.ppat.1005372 ＊

班員による支援技術高度化のための成果論文

Y Darzi, Y Yamate, T Yamada, FuncTree2: an interactive radial tree for functional hierarchies and omics data visualization, Bioinformatics. (2019) doi: 10.1093/bioinformatics/btz245
Rei Kajitani, Dai Yoshimura, Miki Okuno, Yohei Minakuchi, Hiroshi Kagoshima, Asao Fujiyama, Kaoru Kubokawa, Yuji Kohara, Atsushi Toyoda & Takehiko Itoh, Platanus-allee is a de novo haplotype assembler enabling a comprehensive access to divergent heterozygous regions., Nature Communications, volume 10 (2019) doi: 10.1038/s41467-019-09575-2
Jakob Wirbel, Paul Theodor Pyl, Ece Kartal, Konrad Zych, Alireza Kashani, Alessio Milanese, Jonas S Fleck, Anita Y Voigt, Albert Palleja, Ruby Ponnudurai, Shinichi Sunagawa, Luis Pedro Coelho, Petra Schrotz-King, Emily Vogtmann, Nina Habermann, Emma Niméus, Andrew M Thomas, Paolo Manghi, Sara Gandini, Davide Serrano, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Tatsuhiro Shibata, Shinichi Yachida, Takuji Yamada, Levi Waldron, Alessio Naccarati, Nicola Segata, Rashmi Sinha, Cornelia M Ulrich, Hermann Brenner, Manimozhiyan Arumugam, Peer Bork, Georg Zeller, Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer, Nature medicine. (2019) doi: 10.1038/s41591-019-0406-6
Andrew Maltez Thomas, Paolo Manghi, Francesco Asnicar, Edoardo Pasolli, Federica Armanini, Moreno Zolfo, Francesco Beghini, Serena Manara, Nicolai Karcher, Chiara Pozzi, Sara Gandini, Davide Serrano, Sonia Tarallo, Antonio Francavilla, Gaetano Gallo, Mario Trompetto, Giulio Ferrero, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Tatsuhiro Shibata, Shinichi Yachida, Takuji Yamada, Jakob Wirbel, Petra Schrotz-King, Cornelia M Ulrich, Hermann Brenner, Manimozhiyan Arumugam, Peer Bork, Georg Zeller, Francesca Cordero, Emmanuel Dias-Neto, João Carlos Setubal, Adrian Tett, Barbara Pardini, Maria Rescigno, Levi Waldron, Alessio Naccarati, Nicola Segata, Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation, Nature medicine. (2019) doi: 10.1038/s41591-019-0405-7
Risa Kawaguchi, Hisanori Kiryu, Junichi Iwakiri, Jun Sese, reactIDR: Evaluation of the statistical reproducibility of high-throughput structural analyses towards a robust RNA structure prediction, BMC Bioinformatics. (2019) doi: 10.1186/s12859-019-2645-4
Mio Takeuchi, Haruka Ozaki, Satoshi Hiraoka, Yoichi Kamagata, Susumu Sakata, Hideyoshi Yoshioka, and Wataru Iwasaki., Possible cross-feeding pathway of facultative methylotroph Methyloceanibacter caenitepidi Gela4 on methanotroph Methylocaldum marinum S8., PLOS ONE. (2019) doi: 10.1371/journal.pone.0213535
Fukamachi H., Kim S. K., Koh J., Lee H. S., Sasaki Y., Yamashita K., Nishikawaji T., Shimada S., Akiyama Y., Byeon S. J., Bae D. H., Okuno K., Nakagawa M., Tanioka T., Inokuchi M., Kawachi H., Tsuchiya K., Kojima K., Tokino T., Eishi Y., Kim Y. S., Kim W. H., Yuasa Y., Tanaka S., A subset of diffuse-type gastric cancer is susceptible to mTOR inhibitors and checkpoint inhibitors, J Exp Clin Cancer Res. (2019) doi: 10.1186/s13046-019-1121-3
Yokoyama, T., Sakamoto, Y., Seki, M., Suzuki, Y. & Kasahara, M. MoMI-G : Modular Multi-scale Integrated Genome Graph Browser. bioRxiv. (2019) doi: 10.1101/540120
Bansho Masutani, Shinichi Morishita, A framework and an algorithm to detect low-abundance DNA by a handy sequencer and a palm-sized computer, Bioinformatics. (2018) doi: 10.1093/bioinformatics/bty663
Seki M, Katsumata E, Suzuki A, Sereewattanawoot S, Sakamoto Y, Mizushima-Sugano J, Sugano S, Kohno T, Frith MC, Tsuchihara K, Suzuki Y, Evaluation and application of RNA-Seq by MinION., DNA research. (2019) doi: 10.1093/dnares/dsy038
Ishiguro K., Kitajima H., Niinuma T., Ishida T., Maruyama R., Ikeda H., Hayashi T., Sasaki H., Wakasugi H., Nishiyama K., Shindo T., Yamamoto E., Kai M., Sasaki Y., Tokino T., Nakase H., Suzuki H., DOT1L inhibition blocks multiple myeloma cell proliferation by suppressing IRF4-MYC signaling, Haematologica. (2019) doi: 10.3324/haematol.2018.191262
Adachi Y., Mita H., Sasaki Y., Himori R., Onodera K., Nakamura M., Kikuchi T., Yamashita K., Yoshida Y., Ishii Y., Endo T., Malignant paraganglioma of the posterior mediastinum: A case report with genetic analysis, Mol Clin Oncol. (2019) doi: 10.3892/mco.2018.1758
Tomohiro Hayashi, Tomoya Yamashita, Hikaru Watanabe, Kenjiro Kami, Naofumi Yoshida, Tokiko Tabata, Takuo Emoto, Naoto Sasaki, Taiji Mizoguchi, Yasuhiro Irino, Ryuji Toh, Masakazu Shinohara, Yuko Okada, Wataru Ogawa, Takuji Yamada, Ken-ichi Hirata, Gut microbiome and plasma microbiome-related metabolites in patients with decompensated and compensated heart failure, Circulation Journal. (2018) doi: 10.1253/circj.CJ-18-0468
Suzuki H, Nishida H, Kondo H, Yoda R, Iwata T, Nakayama K, Enomoto T, Wu J, Moriya-Ito K, Miyazaki M, Wakabayashi Y, Kishida T, Okabe M, Suzuki Y, Ito T, Hirota J, Nikaido M, A Single Pheromone Receptor Gene Conserved across 400 My of Vertebrate Evolution., Mol Biol Evol. (2018) doi: 10.1093/molbev/msy186
Yasuhiro Gotoh, Takako Taniguchi, Dai Yoshimura, Keisuke Katsura, Yuji Saeki, Yasutoshi Hirabara, Mayumi Fukuda, Ichiro Takajo, Junko Tomida, Yoshiaki Kawamura, Yoshitoshi Ogura, Takehiko Itoh, Naoaki Misawa, Akihiko Okayama, and Tetsuya Hayashi, Multi-step genomic dissection of a suspected intra-hospital Helicobacter cinaedi outbreak, Microbial Genomics. (2018) doi: 10.1099/mgen.0.000236
Harada T., Yamamoto E., Yamano H. O., Aoki H., Matsushita H. O., Yoshikawa K., Takagi R., Harada E., Tanaka Y., Yoshida Y., Eizuka M., Yorozu A., Sudo G., Kitajima H., Niinuma T., Kai M., Sasaki Y., Tokino T., Sugai T., Nakase H., Suzuki H., Surface microstructures are associated with mutational intratumoral heterogeneity in colorectal tumors, J Gastroenterol. (2018) doi: 10.1007/s00535-018-1481-z
Naofumi Yoshida, Takuo Emoto, Tomoya Yamashita, Hikaru Watanabe, Tomohiro Hayashi, Tokiko Tabata, Namiko Hoshi, Naoya Hatano, Genki Ozawa, Naoto Sasaki, Taiji Mizoguchi, Hilman Zulkifli Amin, Yushi Hirota, Wataru Ogawa, Takuji Yamada, Ken-ichi Hirata, Bacteroides vulgatus and Bacteroides dorei Reduce Gut Microbial Lipopolysaccharide Production and Inhibit Atherosclerosis, Circulation. (2018) doi: 10.1161/CIRCULATIONAHA.118.033714
Yuta Suzuki, Yunhao Wang, Kin Au, Shinichi Morishita, A statistical method for observing personal diploid methylomes and transcriptomes with single-molecule real-time sequencing, Genes. (2018) doi: 10.3390/genes9090460
Aoto Y, Okumura K, Hachiya T, Hase S, Wakabayashi Y, Ishikawa F, Sakakibara Y., Time-Series Analysis of Tumorigenesis in a Murine Skin Carcinogenesis Model, Sci Rep. (2018) doi: 10.1038/s41598-018-31349-x
Nishiyama K, Maruyama R, Niinuma T, Kai M, Kitajima H, Toyota M, Hatanaka Y, Igarashi T, Kobayashi JI, Ogi K, Dehari H, Miyazaki A, Yorozu A, Yamamoto E, Idogawa M, Sasaki Y, Sugai T, Tokino T, Hiratsuka H, Suzuki H. , Screening for long noncoding RNAs associated with oral squamous cell carcinoma reveals the potentially oncogenic actions of DLEU1., Cell Death Dis. (2018) doi: 10.1038/s41419-018-0893-2
Takashima Y., Sasaki Y., Hayano A., Homma J., Fukai J., Iwadate Y., Kajiwara K., Ishizawa S., Hondoh H., Tokino T., Yamanaka R., Target amplicon exome-sequencing identifies promising diagnosis and prognostic markers involved in RTK-RAS and PI3K-AKT signaling as central oncopathways in primary central nervous system lymphoma, Oncotarget. (2018) doi: 10.18632/oncotarget.25463
Shindo T, Niinuma T, Nishiyama N, Shinkai N, Kitajima H, Kai M, Maruyama R, Tokino T, Masumori N, Suzuki H., Epigenetic silencing of miR-200b is associated with cisplatin resistance in bladder cancer., Oncotarget. (2018) doi: 10.18632/oncotarget.25326
Tony C Y Kuo, Masaomi Hatakeyama, Toshiaki Tameshige, Kentaro K Shimizu, Jun Sese; Homeolog expression quantification methods for allopolyploids, Briefings in Bioinformatics　（2018） doi: 10.1093/bib/bby121
Miyamoto M, Motooka D, Gotoh K, Imai T, Yoshitake K, Goto N, Iida T, Yasunaga T, Horii T, Arakawa K, Kasahara M, Nakamura S, Performance comparison of second- and third-generation sequencers using a bacterial genome with two chromosomes., BMC Genomics (2014) doi: 10.1186/1471-2164-15-699
Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Michiaki Hamada, PBSIM: PacBio reads simulator—toward accurate genome assembly, Bioinformatics, Volume 29, Issue 1, Pages 119–121, 2013. doi: 10.1093/bioinformatics/bts649
Ogura Y, Seto K, Morimoto Y, Nakamura K, Sato M, Gotoh Y, Itoh T, Toyoda A, Ohnishi M, Hayash T. Genomic characterization of β-Glucuronidase–positive Escherichia coli O157:H7 producing Stx2a. Emerging Infectious Diseases, 24(12), 2018. doi: 10.3201/eid2412.180404
Paape T, Briskine RV, Halstead-Nussloch G, Lischer HE, Shimizu-Inatsugi R, Hatakeyama M, Tanaka K, Nishiyama T, Sabirov R, Sese J, Shimizu KK. Patterns of polymorphism and selection in the subgenomes of the allopolyploid Arabidopsis kamchatica. Nature Communicatoins. 9(1):3909, 2018. doi: 10.1038/s41467-018-06108-1
Masutani B, Morishita S. A framework and an algorithm to detect low-abundance DNA by a handy sequencer and a palm-sized computer. Bioinformatics. Sep 24, 2018. doi: 10.1093/bioinformatics/bty771
Suzuki Y, Wang Y, Au KF, Morishita S. A Statistical Method for Observing Personal Diploid Methylomes and Transcriptomes with Single-Molecule Real-Time Sequencing. Genes (Basel), 9(9). pii: E460, 2018. doi: 10.3390/genes9090460.
Cosentino S, Iwasaki W. SonicParanoid: fast, accurate and easy orthology inference. Bioinformatics, published online, 2018. doi: 10.1093/bioinformatics/bty631
Aoki G, Sakakibara Y. Convolutional neural networks for classification of alignments of non-coding RNA sequences. Bioinformatics, 34(13):i237–i244, 2018. doi: 10.1093/bioinformatics/bty228
Higashi K, Suzuki S, Kurosawa S, Mori H, Kurokawa K. Latent environmental allocation of microbial community data. PLoS Comp. Biol., 14(6):e1006143, 2018. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006143
Shrestha AMS, Yoshikawa N, Asai K. Combining probabilistic alignments with read pair information improves accuracy of split-alignments. Bioinformatics, 34(21):3631–3637, 2018. doi: 10.1093/bioinformatics/bty398
Sato Y, Miya M, Fukunaga T, Sado T, Iwasaki W. MitoFish and MiFish Pipeline: A Mitochondrial Genome Database of Fish with an Analysis Pipeline for Environmental DNA Metabarcoding. Mol Biol Evol, 35:1553-1555, 2018. doi: 10.1093/molbev/msy074
Kashima Y, Suzuki A, Liu Y, Hosokawa M, Matsunaga H, Shirai M, Arikawa K, Sugano S, Kohno T, Takeyama H, Tsuchihara K, Suzuki Y. , Combinatory use of distinct single-cell RNA-seq analytical platforms reveals the heterogeneous transcriptome response., Sci Rep. 2018 doi: 10.1038/s41598-018-21161-y
Shrestha AMS, Frith MC, Asai K, Richard H. Jointly aligning a group of DNA reads improves accuracy of identifying large deletions. Nucleic Acids Res., 46(3):e18, 2018. doi: 10.1093/nar/gkx1175
Bowman JL, Kohchi T, Yamato KT et al. Insights into land plant evolution garnered from the Marchantia polymorpha genome, Cell, 171(2):287-304.e15, 2017. doi: 10.1016/j.cell.2017.09.030
Yamagishi J, Runtuwene LR, Hayashida K, Mongan AE, Thi LAN, Thuy LN, Nhat CN, Limkittikul K, Sirivichayakul C, Sathirapongsasuti N, Frith M, Makalowski W, Eshita Y, Sugano S, Suzuki Y. , Serotyping dengue virus with isothermal amplification and a portable sequencer., Sci Rep. (2017) doi:10.1038/s41598-017-03734-5
Mochizuki T, Tanizawa Y, Fujisawa T, Ohta T, Nikoh N, Shimizu T, Toyoda A, Fujiyama A, Kurata N, Nagasaki H, Kaminuma E, Nakamura Y. DNApod: DNA Polymorphism annotation database from next-generation Sequence Read Archives. PLoS ONE, 12(2):e0172269, 2017. doi: 10.1371/journal.pone.0172269
Briskine RV, Paape T, Shimizu-Inatsugi R, Nishiyama T, Akama S, Sese J, Shimizu KK. Genome assembly and annotation of Arabidopsis halleri, a model for heavy metal hyperaccumulation and evolutionary ecology. Molecular Ecology Resources. 17(5):1025-1036, 2016. doi: 10.1111/1755-0998.12604
Paape T, Hatakeyama M, Shimizu-Inatsugi R, Cereghetti T, Onda Y, Kenta T, Sese J, Shimizu KK. Conserved but Attenuated Parental Gene Expression in Allopolyploids: Constitutive Zinc Hyperaccumulation in the Allotetraploid Arabidopsis kamchatica. Molecular biology and evolution. 33(11): 2781-2800, 2016. doi: 10.1093/molbev/msw141
Terai G, Iwakiri J, Kameda T, Hamada M, Asai K. Comprehensive prediction of lncRNA-RNA interactions in human transcriptome, BMC Genomics, 17 Suppl 1:12, 2016. doi: 10.1186/s12864-015-2307-5
Darzi Y, Letunic I, Bork P, Yamada T. iPath3.0: interactive pathways explorer v3. Nucleic Acids Res. 2018 Apr 30. doi: 10.1093/nar/gky299.
Relator R, Terada A, Sese J. Identifying statistically significant combinatorial markers for survival analysis. BMC Medical Genomics, 11(Suppl 2), 2018. doi: 10.1186/s12920-018-0346-x
Kuo T, Frith M C, Sese J, and Horton P. EAGLE: Explicit Alternative Genome Likelihood Evaluator. BMC Medical Genomics., 11(Suppl 2), 2018. doi: 10.1186/s12920-018-0342-1
Mori H, Maruyama T, Yano M, Yamada T, Kurokawa K. VITCOMIC2: visualization tool for the phylogenetic composition of microbial communities based on 16S rRNA gene amplicons and metagenomic shotgun sequencing. BMC Systems Biology, 12, 2018. doi: 10.1186/s12918-018-0545-2
Shimpei Nishida, Shun Sakuraba, Kiyoshi Asai, and Michiaki Hamada. Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2018. doi: 10.1109/TCBB.2018.2813388
Ishiura H, Doi K, Mitsui J, Yoshimura J, Matsukawa MK, Fujiyama A, Suzuki Y, Sugano S, 他56名, Goto J, Morishita S, Tsuji S. Expansions of intronic TTTCA and TTTTA repeats in benign adult familial myoclonic epilepsy. Nature Genetics, 50, 581–590, 2018. doi: 10.1038/s41588-018-0067-2
Taichi Hagio, Shun Sakuraba, Junichi Iwakiri, Ryota Mori and Kiyoshi Asai. Capturing alternative secondary structures of RNA by decomposition of base-pairing probabilities. BMC Bioinformatics, 19(Suppl 1), 2018. doi: 10.1186/s12859-018-2018-4
Hajime Suzuki and Masahiro Kasahara. Introducing difference recurrence relations for faster semi-global alignment of long sequences. BMC Bioinformatics, 19(Suppl 1), 2018. doi: 10.1186/s12859-018-2014-8
Kumagai Y, Yoshizawa S, Nakajima Y, Watanabe M, Fukunaga T, Ogura Y, Hayashi T, Oshima K, Hattori M, Ikeuchi M, Kogure K, DeLong EF, Iwasaki W. Solar-panel and parasol strategies shape the proteorhodopsin distribution pattern in marine Flavobacteriia. The ISME Journal, 2018. doi: 10.1038/s41396-018-0058-4
Takashi Chishima, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada. Identification of transposable elements contributing to tissue-specific expression of long non-coding RNAs. Genes, 9(1), 2018. doi: 10.3390/genes9010023
鈴木創，笠原雅弘, ナノポアリードのアライメントツール, 実験医学, Vol.36 No.1, 2018
Napo K. M. Cheung, Ryohei Nakamura, Ayako Uno, Masahiko Kumagai, Hiroto S. Fukushima, Shinichi Morishita, Hiroyuki Takeda. Unlinking the methylome pattern from nucleotide sequence, revealed by large-scale in vivo genome engineering and methylome editing in medaka fish. PLOS Genetics, 13(12), 2017. doi: 10.1371/journal.pgen.1007123
Marty Kwok Shing Wong, Takehiro Tsukada, Nobuhiro Ogawa, Supriya Pipil, Haruka Ozaki, Yutaka Suzuki, Wataru Iwasaki, and Yoshio Takei. A sodium binding system alleviates acute salt stress during seawater acclimation in eels. Zoological Letters, 3, 2017. doi: 10.1186/s40851-017-0081-8
Takahashi H, Kusuya Y, Hagiwara D, Takahashi-Nakaguchi A, Sakai K, Gonoi T. Global gene expression reveals stress-responsive genes in Aspergillus fumigatus mycelia. BMC Genomics, 18(1), 2017. doi: 10.1186/s12864-017-4316-z
Ichikawa K, Tomioka S, Suzuki Y, Nakamura R, Doi K, Yoshimura J, Kumagai M, Inoue Y, Uchida Y, Irie N, Takeda H, Morishita S. Centromere evolution and CpG methylation during vertebrate speciation. Nature Communications, 8, 2017. doi: 10.1038/s41467-017-01982-7
Ogura Y, Gotoh Y, Itoh T, Sato MP, Seto K, Yoshino S, Isobe J, 他9名, Kato Y, Shirahige K, Ooka T, Ishijima N, Lee KI, Iyoda S, Mainil JG, Hayashi T. Population structure of Escherichia coli O26 : H11 with recent and repeated stx2 acquisition in multiple lineages. Microb Genom, 3, 2017. doi: 10.1099/mgen.0.000141
Aoto Yoshimasa、Hachiya Tsuyoshi、Okumura Kazuhiro、Hase Sumitaka、Sato Kengo、Wakabayashi Yuichi、Sakakibara Yasubumi. DEclust: A statistical approach for obtaining differential expression profiles of multiple conditions. PLoS One, 12, 2017. doi: 10.1371/journal.pone.0188285
Vasanthan Jayakumar and Yasubumi Sakakibara. Comprehensive evaluation of non-hybrid genome assembly tools for third-generation PacBio long-read sequence data. Briefings in Bioinformatics, 2017. doi: 10.1093/bib/bbx147
Y Tanizawa, T Fujisawa, Y Nakamura. DFAST: a flexible prokaryotic genome annotation pipeline for faster genome publication. Bioinformatics, 34(6), 2018. doi: 10.1093/bioinformatics/btx713
Tatsumoto S, Go Y, Fukuta K, Noguchi H, Hayakawa T, Tomonaga M, Hirai H, Matsuzawa T, Agata K, Fujiyama A. Direct estimation of de novo mutation rates in a chimpanzee parent-offspring trio by ultra-deep whole genome sequencing. Scientific Reports, 7, 2017. doi: 10.1038/s41598-017-13919-7
Sira Sriswasdi, Ching-chia Yang, and Wataru Iwasaki. Generalist species drive microbial dispersion and evolution. Nature Communications, 8, 2017. doi: 10.1038/s41467-017-01265-1
Masako Takashima, Sira Sriswasdi, Ri-ichiroh Manabe, Moriya Ohkuma, Takashi Sugita, and Wataru Iwasaki. Trichosporonales genome tree based on 27 haploid and three evolutionarily conserved ‘natural’ hybrid genomes. Yeast, 35, 99-111, 2017. doi: 10.1002/yea.3284
Inoue Y, Saga T, Aikawa T, Kumagai M, Shimada A, Kawaguchi Y, Naruse K, Morishita S, Koga A, Takeda H. Complete fusion of a transposon and herpesvirus created the Teratorn mobile element in medaka fish. Nature Communications, 8, 2017. doi: 10.1038/s41467-017-00527-2
Ryohei Nakamura, Ayako Uno, Masahiko Kumagai, Shinichi Morishita and Hiroyuki Takeda. Hypomethylated domain-enriched DNA motifs prepattern the accessible nucleosome organization in teleosts. Epigenetics & Chromatin, 10, 2017. doi: 10.1186/s13072-017-0152-2
Maeda J, Kato D, Arima K, Ito Y, Toyoda A, Noguchi H. The complete mitochondrial genome sequence and phylogenetic analysis of Luciola lateralis, one of the most famous firefly in Japan (Coleoptera: Lampyridae). Mitochondrial DNA Part B, 2, 546-547, 2017. doi: 10.1080/23802359.2017.1365640
Maeda J, Kato D, Arima K, Ito Y, Toyoda A, Noguchi H. The complete mitogenome and phylogenetic analysis of Japanese firefly ‘Genji Botaru’ Luciola cruciata (Coleoptera: Lampyridae). Mitochondrial DNA Part B, 2, 522-523, 2017. doi: 10.1080/23802359.2017.1365641
Satoshi Hiraoka, Masaya Miyahara, Kazushi Fujii, Asako Machiyama, and Wataru Iwasaki. Seasonal analysis of microbial communities in precipitation in the Greater Tokyo Area, Japan. Frontiers in Microbiology, 8, 2017. doi: 10.3389/fmicb.2017.01506
Tanizawa Y, Fujisawa T, Kaminuma E, Nakamura Y, and Arita M. DFAST and DAGA: web-based integrated genome annotation tools and resources. Bioscience of Microbiota, Food and Health, 35(4) pp. 173-184, 2016 doi: 10.12938/bmfh.16-003
高橋弘喜．化学療法の領域．組成解析（真菌）．2017年7月号(Vol.33 No.7)
Junichi Iwakiri, Goro Terai, Michiaki Hamada. Computational prediction of lncRNA-mRNA interactions by integrating tissue, Biology Direct, 12, 2017. doi: 10.1186/s13062-017-0183-4
Fukunaga T, Hamada M. RIblast: an ultrafast RNA-RNA interaction prediction system based on a seed-and-extension approach. Bioinformatics. 2017 Sep 1;33(17):2666-2674. doi: 10.1093/bioinformatics/btx287.
Shotaro Hirase, Sherrie Chambers, Kathryn Hassell, Melissa Carew, Vincent Pettigrove, Kiyoshi Soyano, Masaki Nagae, and Wataru Iwasaki. Phylogeography of the yellowfin goby Acanthogobius flavimanus in native and non-native distributions. Marine Biology, 164, 2017. doi: 10.1007/s00227-017-3137-6
Yasuhiro TANIZAWA, Hisami KOBAYASHI, Eli KAMINUMA, Mitsuo SAKAMOTO, Moriya OHKUMA, Yasukazu NAKAMURA, Masanori ARITA, Masanori TOHNO. Genomic characterization reconfirms the taxonomic status of Lactobacillus parakefiri. Biosci Microbiota Food Health., 36(3), 129-134, 2017. doi: 10.12938/bmfh.16-026
Harigaya Y, Matsukawa T, Fujita Y, Mizushima K, Ishiura H, Mitsui J, Morishita S, Shoji M, Ikeda Y, Tsuji S. Novel GBE1 mutation in a Japanese family with adult polyglucosan body disease. Neurology Genetics, 3(2), 2017. doi: 10.1212/NXG.0000000000000138
Koji Yano, Seishiro Aoki, Meng Liu, Yosuke Umehara, Norio Suganuma, Wataru Iwasaki, Shusei Sato, Takashi Soyano, Hiroshi Kouchi and Masayoshi Kawaguchi. Function and evolution of a Lotus japonicus AP2/ERF family transcription factor that is required for development of infection threads. DNA Research, 24, 193-203, 2017. doi: 10.1093/dnares/dsw052
Michiaki Hamada, Yukiteru Ono, Kiyoshi Asai, Martin C. Frith. Training alignment parameters for arbitrary sequencers with last-train, Bioinformatics, 33(6), 926-928, 2017. doi: 10.1093/bioinformatics/btw742
Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai, Tomoshi Kameda, Improved accuracy in RNA-protein rigid body docking by incorporating force field for molecular dynamics simulation into the scoring function, Journal of Chemical Theory and Computation, 12 (9), 4688-4697, 2016. doi: 10.1021/acs.jctc.6b00254
Suzuki Y, Korlach J, Turner SW, Tsukahara T, Taniguchi J, Qu W, Ichikawa K, Yoshimura J, Yurino H, Takahashi Y, Mitsui J, Ishiura H, Tsuji S, Takeda H, Morishita S. AgIn: measuring the landscape of CpG methylation of individual repetitive elements. Bioinformatics. 2016 Oct 1;32(19):2911-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btw360
Hamada M, Ono Y, Kiryu H, Sato K, Kato Y, Fukunaga T, Mori R, Asai K. Rtools: a web server for various secondary structural analyses on single RNA sequences. Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W302-7. doi: 10.1093/nar/gkw337.
Yamagata K, Yamanishi A, Kokubu C, Takeda J, Sese J. COSMOS: accurate detection of somatic structural variations through asymmetric comparison between tumor and normal samples. Nucleic Acids Research. 2016. doi: 10.1093/nar/gkw026
Goro Terai, Junichi Iwakiri, Tomoshi Kameda, Michiaki Hamada, Kiyoshi Asai. Comprehensive prediction of lncRNA–RNA interactions in human transcriptome, BMC Genomics, 17 Suppl 1, 12, 2016. doi: 10.1186/s12864-015-2307-5.
Uchiyama T, Irie M, Mori H, Kurokawa K, Yamada T (2015) FuncTree: Functional analysis and visualization for large-scale omics data. PLoS One, 10(5): e0126967, doi: 10.1371/journal.pone.0126967.
Koichiro Doi, Taku Monjo, Pham H. Hoang, Jun Yoshimura, Hideaki Yurino, Jun Mitsui, Hiroyuki Ishiura, Yuji Takahashi, Yaeko Ichikawa, Jun Goto, Shoji Tsuji and Shinichi Morishita. Rapid detection of expanded short tandem repeats in personal genomics using hybrid sequencing. Bioinformatics. 2014 Mar 15;30(6):815-22. doi: 10.1093/bioinformatics/btt647