先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

成果論文一覧

成果発表と成果論文の登録について（支援依頼者のかたへ）

支援結果を含む論文等の成果を発表された場合は、以下の登録サイトより入力をお願いします。doiを入れるだけで論文情報を簡単に入力できます。

  • 論文発表に際しては、「先進ゲノム支援」の支援を受けている事を記載して下さい。
    • Acknowledgementsに以下のように記載下さい。
      This work was supported by JSPS KAKENHI Grant Number 16H06279 (PAGS).

      スペースに余裕がない場合は課題番号「16H06279 (PAGS) 」を記載して下さい。

    • 旧「ゲノム支援」の成果を発表される際は、旧「ゲノム支援」の課題番号「221S0002」を記載して下さい。
    • 旧「ゲノム支援」と「先進ゲノム支援」の両方の支援を受け区別が難しい場合は、論文には旧「ゲノム支援」の課題番号221S0002、「先進ゲノム支援」の課題番号16H06279の両方の記載をお願いします。
  • プレスリリースされる場合
    • 先進ゲノム支援HPのほうでも告知掲載させて頂きますので、上記入力サイトへの入力をお願いします。URLを事務局までご連絡いただいてもかまいません。
    • リリース資料には科研費や他の助成等と同様に「先進ゲノム支援による支援を受けた」旨の記載をお願いしています。
  • 支援を受けた課題では、支援依頼者に成果報告書の提出を毎年度お願いしています。ご協力をお願い致します。

＜補足事項＞（2020年度公募要項より抜粋）

  • 支援担当者の関与の度合いにより、共著者とする共同研究の形や謝辞に記載する形等、必要に応じ事務局も交えて協議の上、適切な対応をお願いします。
  • 高度かつチャレンジングな課題については、申請者との協働作業が必須ですので、基本的に支援担当者との共同研究として進めたいと考えます。
  • 本支援活動では情報解析人材育成が特に重要視されています。また情報解析は多大な手間がかかりますので、情報解析支援メンバーによる支援は共同研究の形でお願いします。

ロゴデータのダウンロード

「先進ゲノム支援」の支援を受けた研究成果を学会、Web等で発表される際には、こちらのロゴマークをダウンロードしてお使いください。


先進ゲノム支援（PAGS）ロゴ圧縮データ（zip：300KB）

プレスリリース一覧

2016年以降、事務局にご報告頂いたプレスリリースを掲載しています。
「先進ゲノム支援」での支援成果論文以外に、旧「ゲノム支援」の成果論文、班員による成果論文も含まれています。
※プレスリリースされる場合は先進ゲノム支援HPのほうでも告知掲載させて頂きますので、URLも併せてご連絡下さい。また、リリース資料には科研費や他の助成等と同様に「先進ゲノム支援による支援を受けた」旨の記載をお願いしています。

［先進ゲﾉム支援成果公開］
抗がん性成分を生産する植物チャボイナモリの全ゲノムを高精度に解読

千葉大学、理化学研究所、かずさDNA研究所、国立遺伝学研究所の研究チームは、抗がん剤の原料となるカンプトテシンを生産する薬用資源植物、チャボイナモリの全ゲノム配列を染色体レベルで高精度に解読しました。さらに他の植物のゲノムと比較することにより、カンプトテシンならびに類縁化合物の生産能力がどのように進化してきたかを明らかにしました。本研究は、2021年１月15日（日本時間）にNature Communicationsに掲載されました。

千葉大学：（https://www.chiba-u.ac.jp/general/publicity/press/files/2020/20210118genome.pdf）

Amit Rai, Hideki Hirakawa, Ryo Nakabayashi, Shinji Kikuchi, Koki Hayashi, Megha Rai, Hiroshi Tsugawa, Taiki Nakaya, Tetsuya Mori, Hideki Nagasaki, Runa Fukushi, Yoko Kusuya, Hiroki Takahashi, Hiroshi Uchiyama, Atsushi Toyoda, Shoko Hikosaka, Eiji Goto, Kazuki Saito and Mami Yamazaki, Chromosome-level genome assembly of Ophiorrhiza pumila reveals the evolution of camptothecin biosynthesis. Nature Communications 12, 405 (2021) DOI:10.1038/s41467-020-20508-2
［班員による成果公開］
がんに存在する異常なメッセンジャーRNAの全長構造を同定

東京大学大学院新領域創成科学研究科の関 真秀特任助教と鈴木 穣教授らのグループは、国立がん研究センター先端医療開発センター免疫療法開発分野・中面哲也分野長らとの共同研究により、ナノポアシークエンサーで肺がんに存在する異常なmRNAの網羅的な同定をして、異常なmRNAから生じるペプチドが免疫細胞に認識されることを示しました。本研究成果は、2021年1月4日（月）に英国科学雑誌「Genome Biology」のオンライン版に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学：（https://www.k.u-tokyo.ac.jp/information/category/press/3880.html）

Miho Oka, Liu Xu, Toshihiro Suzuki, Toshiaki Yoshikawa, Hiromi Sakamoto, Hayato Uemura, Akiyasu C. Yoshizawa, Yutaka Suzuki, Tetsuya Nakatsura, Yasushi Ishihama, Ayako Suzuki, Masahide Seki,　Aberrant splicing isoforms detected by full-length transcriptome sequencing as transcripts of potential neoantigens in non-small cell lung cancer. Genome Biology. 　DOI: 10.1186/s13059-020-02240-8
［先進ゲﾉム支援成果公開］
子宮頸癌の遺伝子変異プロファイリングと根治的放射線治療患者における予後との関連

福島県立医科大学 医学部放射線腫瘍学講座の吉本由哉講師、群馬大学、札幌医科大学の共同研究グループは、根治的放射線治療を受けた子宮頸癌患者を対象としてがん関連遺伝子の変異を網羅的に解析し、子宮頸癌の遺伝子変異と治療反応性、予後との相関について検討しました。本研究成果は、2020年12月8日に米国雑誌「Gynecologic Oncology」に公開されました。

福島県立医科大学：（https://www.fmu.ac.jp/univ/kenkyuseika/research/202012071.html）

Yuya Yoshimoto , Yasushi Sasaki, Kazutoshi Murata, Shin-Ei Noda, Yuhei Miyasaka, Junko Hamamoto, Mio Furuya, Junko Hirato, Yoshiyuki Suzuki, Tatsuya Ohno, Takashi Tokino, Takahiro Oike, Takashi Nakano,　 Mutation profiling of uterine cervical cancer patients treated with definitive radiotherapy. Gynecol Oncol. (2020) DOI: 10.1016/j.ygyno.2020.08.020
［先進ゲﾉム支援成果公開］
鳥類の性分化に働く遺伝子の共通パターンを発見

北海道大学大学院理学研究院の黒岩麻里教授らの研究グループは、東京工業大学、東京大学の研究グループと共同で、ニホンウズラ（以下、ウズラ）の性分化に働く遺伝子群の発現プロファイリングを行った結果、性分化に働く遺伝子には共通した発現パターンがあることを発見しました。 本研究成果は、2020年11月30日に科学雑誌『Scientific Reports 誌』に掲載され、北海道大学よりプレスリリースされました。

北海道大学：（https://www.hokudai.ac.jp/news/pdf/201201_pr.pdf）
東京工業大学：（https://www.titech.ac.jp/news/2020/048399.html）

Miki Okuno, Shuntaro Miyamoto, Takehiko Itoh, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Shusei Mizushima and Asato Kuroiwa, Expression profiling of sexually dimorphic genes in the Japanese quail, Coturnix japonica, Scientific Reports, DOI: 10.1038/s41598-020-77094-y
［先進ゲﾉム支援成果公開］
ロボットによる微生物の大規模進化実験

理化学研究所（理研）生命機能科学研究センター多階層生命動態研究チームの前田智也基礎科学特別研究員、古澤力チームリーダー（東京大学大学院理学系研究科教授）、東京大学大学院理学系研究科の岩澤諄一郎大学院生の共同研究チームは、大腸菌の進化実験データを解析し、その薬剤耐性進化を支配する拘束条件を明らかにしました。本研究成果は、2020年11月24日にオンライン科学雑誌『Nature Communications』に掲載され、理化学研究所よりプレスリリースされました。

理化学研究所：（https://www.riken.jp/press/2020/20201124_3/index.html）

Tomoya Maeda, Junichiro Iwasawa, Hazuki Kotani, Natsue Sakata, Masako Kawada, Takaaki Horinouchi, Aki Sakai, Kumi Tanabe, and Chikara Furusawa, High-throughput laboratory evolution reveals evolutionary constraints in Escherichia coli, Nature Communications, DOI: 10.1038/s41467-020-19713-w
［ゲノム支援成果公開］［先進ゲﾉム支援成果公開］
オオコウモリ２種の全ゲノム配列を解読

東京工業大学 生命理工学院 生命理工学系の二階堂雅人准教授、同 総合理工学研究科の張子聡大学院生、国立遺伝学研究所の近藤伸二特任准教授および東京大学 生産技術研究所の甲斐知惠子特任教授らの共同研究グループは、デマレルーセットオオコウモリとエジプトルーセットオオコウモリの全ゲノム配列を解読しました。
本研究成果は、9月23日に『DNA Research』に公開され、東京工業大学よりプレスリリースされました。

東京工業大学：（https://www.titech.ac.jp/news/2020/048094.html）

Masato Nikaido, Shinji Kondo, Zicong Zhang, Jiaqi Wu, Hidenori Nishihara, Yoshihito Niimura, Shunta Suzuki, Kazushige Touhara, Yutaka Suzuki, Hideki Noguchi, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Sumio Sugano, Misako Yoneda, Chieko Kai, Comparative genomic analyses illuminate the distinct evolution of megabats within Chiroptera, DNA Research, DOI: 10.1093/dnares/dsaa021
［ゲﾉム支援成果公開］
トマトが実をつけるためのエネルギー代謝の仕組みを解明

国立大学法人筑波大学 生命環境系 有泉亨准教授、篠崎良仁助教（現 東京農工大学 グローバルイノベーション研究院 特任助教）、江面浩教授、フランス国立農業研究所、ボルドー大学、神戸大学、九州大学、東京大学、帝京大学、理化学研究所、名古屋大学、千葉大学の研究グループは、トマトの子房において植物ホルモンによって制御された代謝の仕組みをモデル化することに成功し、果実の着果を支えるエネルギー代謝の全体像を明らかにしました。本研究成果は、2020年9月7日に専門誌『Proc. Natl. Acad. Sci. USA』に掲載され、筑波大学よりプレスリリースされました。

筑波大学：（http://www.tsukuba.ac.jp/wp-content/uploads/200907ariizumi-1.pdf）

Yoshihito Shinozaki, Bertrand P. Beauvoit, Masaru Takahara, Shuhei Hao, Kentaro Ezura, Marie-Hélène Andrieu, Keiji Nishida, Kazuki Mori, Yutaka Suzuki, Satoshi Kuhara, Hirofumi Enomoto, Miyako Kusano, Atsushi Fukushima, Tetsuya Mori, Mikiko Kojima, Makoto Kobayashi, Hitoshi Sakakibara, Kazuki Saito, Yuya Ohtani, Camille Bénard, Duyen Prodhomme, Yves Gibon, Hiroshi Ezura, and Tohru Ariizumi, Fruit setting rewires central metabolism via gibberellin cascades, PNAS, DOI: 10.1073/pnas.2011859117
［班員による成果公開］
新規ゲノムシークエンス技術を駆使したがんゲノム解析
～新しい治療法の探索に向けて～

東京大学大学院新領域創成科学研究科の鈴木穣教授らのグループは、国立がん研究センターとの共同研究により、これまでの方法では見逃されてきたゲノムの異常を発見するために、従来法よりもゲノムの塩基配列を長く解析することができるナノポアシークエンサーを活用して肺がん細胞のゲノム配列を解析しました。その結果、非常に複雑な構造変化を伴うゲノムの異常を見出し、その全体像を明らかにしました。本研究成果は、2020年9月4日（金）に米国科学雑誌「Genome Research」のオンライン版で掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学：（http://www.k.u-tokyo.ac.jp/info/entry/22_entry899/）

Yoshitaka Sakamoto, Liu Xu, Masahide Seki, Toshiyuki T. Yokoyama, Masahiro Kasahara, Yukie Kashima, Akihiro Ohashi, Yoko Shimada, Noriko Motoi, Katsuya Tsuchihara, Susumu S. Kobayashi, Takashi Kohno, Yuichi Shiraishi, Ayako Suzuki, Yutaka Suzuki*, Long read sequencing for non-small cell lung cancer genome, Genome Research, DOI: 10.1101/gr.261941.120
［先進ゲﾉム支援成果公開］
縄文人ゲノム解析から見えてきた東ユーラシアの人類史

東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻の太田博樹教授と金沢大学人間社会研究域附属国際文化資源学研究センター覚張隆史助教は、ダブリン大学トリニティー校の中込滋樹助教、コペンハーゲン大学のマーティン･シコラ准教授らとともに国際チームを結成し、(i) 伊川津縄文人（IK002）は日本列島にたどりついた最初のホモ･サピエンスの直接の子孫か否か？(ii) IK002は南ルートの子孫で北ルートでやってきた人々の遺伝的影響はないのか？の2つを明らかにする目的で詳細な全ゲノム解析をおこないました。本研究成果は、2020年8月25日に『Communications Biology』に公開され、東京大学大学院理学系研究科よりプレスリリースされました。

東京大学：（https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2020/6987/）

Takashi Gakuhari#, Shigeki Nakagome#, Simon Rasmussen, Morten E. Allentoft, Takehiro Sato, Thorfinn Korneliussen, Blánaid Ní Chuinneagáin, Hiromi Matsumae, Kae Koganebuchi, Ryan Schmidt, Souichiro Mizushima, Osamu Kondo, Nobuo Shigehara, Minoru Yoneda, Ryosuke Kimura, Hajime Ishida, Tadayuki Masuyama, Yasuhiro Yamada, Atsushi Tajima, Hiroki Shibata, Atsushi Toyoda, Toshiyuki Tsurumoto, Tetsuaki Wakebe, Hiromi Shitara, Tsunehiko Hanihara, Eske Willerslev, Martin Sikora*, Hiroki Oota*,　 Ancient Jomon genome sequence analysis sheds light on migration patterns of early East Asian populations. Communications Biology, DOI: 10.1038/s42003-020-01162-2
［先進ゲノム支援成果公開］
ニガウリの全ゲノム配列の解読により栽培化と品種群の分化系譜を解明

信州大学　松村英生准教授（基盤研究支援センター遺伝子実験支援部門）と台湾大学、沖縄県農業研究センター、World Vegetable Center、国立遺伝学研究所らのグループは、ニガウリ（Momordica charantia ）について長鎖リードDNAシークエンサーを用いた全ゲノムDNA配列を解読し、全染色体（11 本）に渡るゲノム配列を決定し、さらに 60 系統の海外のニガウリ栽培品種や野生系統の全ゲノムDNA配列についても比較を行いました。本研究成果は、2020年 5 月 27 日付けの米国科学アカデミー紀要 (PNAS 誌) オンライン版に早期公開され、信州大学よりプレスリリースされました。

信州大学：（http://www.shinshu-u.ac.jp/faculty/textiles//news/2020/06/146755.html）

Hideo Matsumura, Min-Chien Hsiao, Ya-Ping Lin, Atsushi Toyoda, Naoki Taniai, Kazuhiko Tarora, Naoya Urasaki, Shashi S. Anand, Narinder P. S. Dhillon, Roland Schafleitner, Cheng-Ruei Lee, Long-read bitter gourd (Momordica charantia) genome and the genomic architecture of nonclassic domestication, PNAS, DOI: 10.1073/pnas.1921016117
［先進ゲノム支援成果公開］
PMLボディによる遺伝子制御のメカニズムの一端を解明

基礎生物学研究所/生命創成探究センターの栗原美寿々研究員および宮成悠介特任准教授（現所属：金沢大学ナノ生命科学研究所 准教授）らは、長崎大学大学院医歯薬学総合研究科の淵上剛志准教授らと共同で、PMLボディによる遺伝子制御メカニズムの一端を明らかにすることに成功しました。本研究成果は、2020年4月29日（米国東部標準時間）に専門誌『Molecular Cell』のオンライン版に掲載され、金沢大学よりプレスリリースされました。

金沢大学：（https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/achievements/achievements-11241/）

Misuzu Kurihara, Kagayaki Kato, Chiaki Sanbo, Shuji Shigenobu, Yasuyuki Ohkawa, Takeshi Fuchigami, Yusuke Miyanari, Genomic Profiling by ALaP-seq reveals transcriptional regulation by PML bodies through the DNMT3A exclusion, Molecular Cell, DOI: 10.1016/j.molcel.2020.04.004
［先進ゲノム支援成果公開］
大腸菌が遺伝子変異により病原性を獲得する過程を明らかに

岡山大学大学院医歯薬学総合研究科の垣内力教授らの研究グループは、病原性を持たない大腸菌が、自身の遺伝子を変異させることにより高病原性化することを明らかとしました。
本研究成果は4月24日（金）に米国の科学雑誌「PLOS Pathogens」に掲載され、岡山大学よりプレスリリースされました。

岡山大学：（https://www.okayama-u.ac.jp/tp/release/release_id711.html）

Kaito C, Yoshikai H, Wakamatsu A, Miyashita A, Matsumoto Y, Fujiyuki T, Kato M, Ogura Y, Hayashi T, Isogai T, Sekimizu K, Non-pathogenic Escherichia coli acquires virulence by mutating a growth-essential LPS transporter, PLOS Pathogens, DOI: 10.1371/journal.ppat.1008469
［先進ゲノム支援成果公開］
卵巣成熟嚢胞性奇形腫から発生したがんに特異的な分子XCL1を同定

新潟大学大学院医歯学総合研究科産科婦人科学分野の榎本隆之教授、吉原弘祐助教、田村亮助教らの研究グループは、国内多施設共同研究により、卵巣成熟嚢胞性奇形腫から発生したがんに対する網羅的な遺伝子解析を行い、がんの診断や治療効果を予測する可能性のあるXCL1を同定しました。本研究成果は、2020年3月2日、Nature publishing groupのOncogene誌に掲載されました。

プレスリリース：https://www.med.niigata-u.ac.jp/contents/info/news_topics/122_index.html

Tamura R, Yoshihara K, Nakaoka H, Yachida N, Yamaguchi M, Suda K, Ishiguro T, Nishino K, Ichikawa H, Homma K, Kikuchi A, Ueda Y, Takei Y, Fujiwara H, Motoyama T, Okuda S, Wakai T, Inoue I, Enomoto T., XCL1 expression correlates with CD8-positive T cells infiltration and PD-L1 expression in squamous cell carcinoma arising from mature cystic teratoma of the ovary, Oncogene (2020) doi:10.1038/s41388-020-1237-0
［先進ゲノム支援成果公開］
iPS細胞を使ってチンパンジーの初期神経発生を誘導
－ヒト脳進化の解明に向けたiPS細胞研究に道－

北島龍之介 霊長類研究所博士課程学生（研究当時）、仲井理沙子 同博士課程学生、今村公紀 同助教らの研究グループは、今村拓也 九州大学准教授らと共同で、チンパンジーの皮膚の培養細胞からiPS細胞を作製し、初期胚から胎生期にかけて進行する初期神経発生を細胞培養実験で誘導、解析することに成功しました。本研究成果は、2020年2月28日に、国際学術誌「Stem Cell Research」のオンライン版に掲載されました。

プレスリリース：http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2019/200228_2.html

Ryunosuke Kitajima, Risako Nakai, Takuya Imamura, Tomonori Kameda, Daiki Kozuka, Hirohisa Hirai, Haruka Ito, Hiroo Imai, Masanori Imamura, Modeling of early neural development in vitro by direct neurosphere formation culture of chimpanzee induced pluripotent stem cells, Stem Cell Research (2020) doi:10.1016/j.scr.2020.101749
［先進ゲノム支援成果公開］
メディエーター複合体による新たな遺伝子発現制御機構の解明

横浜市立大学大学院医学研究科 分子生物学分野の高橋 秀尚教授、北海道大学大学院医学研究院・生理系部門・生化学分野・医化学教室の畠山 鎮次教授、米国ストワーズ医学研究所のJoan Conaway教授らの研究グループは、メディエーター複合体*1のサブユニットMED26が、転写伸長因子複合体Super elongation complex（SEC）とLittle elongation complex（LEC）を異なる遺伝子領域へと呼び寄せ、 RNAポリメラーゼII*2（以下Pol IIと呼ぶ）による“ポリA”のあるmRNAと“ポリA”のないmRNAの合成（転写）をそれぞれ制御する機構を明らかにしました。本研究成果は2020年2月26日、英科学誌Nature Communicationsに発表され、横浜市立大学よりプレスリリースされました。

横浜市立大学：
（https://www.yokohama-cu.ac.jp/news/2019/202002hn_takahashi_NC.html）

*Takahashi H, Ranjan A, Chen S, Suzuki H, Shibata M, Hirose T, Hirose H, Sasaki K, Abe R, Chen K, He Y, Zhang Y, Takigawa I, Tsukiyama T, Watanabe M, Fujii S, Iida M, Yamamoto J, Yamaguchi Y, Suzuki Y, Matsumoto M, Nakayama I. K, Washburn P. M, Saraf A, Florens L, Sato S, Tomomori-Sato C, Conaway C.R, *Conaway W.J, *Hatakeyama S., The role of Mediator and Little Elongation Complex in transcription termination, Nature Communications, DOI:10.1038/s41467-020-14849-1
［先進ゲノム支援成果公開］
メカノ受容体が体の低温適応を調節する！

甲南大学大学院自然科学研究科の久原篤教授、高垣菜式博士後期課程院生、太田茜研究員らの研究チームは、触った時の感触といった機械刺激を受容する「メカノ受容体」が「体の低温耐性」を調節していることを線虫の解析から明らかにしました。本研究成果は、ドイツ標準時2020年2月3日に欧州分子生物学機構誌「EMBO reports」のオンライン速報版で公開されました。

プレスリリース：http://kuharan.com/publications/press_files/200203deg1_press_release.pdf

Takagaki N., Ohta A., Ohnishi K., Kawanabe A., Minakuchi Y., Toyoda A., Fujiwara Y., Kuhara A. , The mechanoreceptor DEG-1 regulates cold tolerance in Caenorhabditis elegans, EMBO reports (2020) doi:10.15252/embr.201948671″
［先進ゲノム支援成果公開］
イチジク近縁種イヌビワのゲノム配列を解読しました

かずさＤＮＡ研究所、農業・食品産業技術総合研究機構（農研機構）果樹茶業研究部門、国立遺伝学研究所、広島県立総合技術研究所、福岡県農林業総合試験場は共同で、イチジク (Ficus carica)の近縁野生種であるイヌビワ（F. erecta）のゲノムを解読しました。本研究成果は， 国際科学雑誌The Plant Journalに1月２４日にオンライン公開されました。

プレスリリース資料：
（https://www.genome-sci.jp/wp-content/uploads/2020/02/PR20200207.pdf）

かずさDNA研究所：
（https://www.kazusa.or.jp/news/20200207/）
国立遺伝学研究所：
（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2020/02/research-highlights_ja/pr20200207.html）

Shirasawa K, Yakushiji H, Nishimura R, Morita T, Jikumaru S, Ikegami H, Toyoda A, Hirakawa H and Isobe S.
The Ficus erecta genome towards Ceratocystis canker resistance breeding in common fig (F. carica).
The Plant Journal first published 24 January, 2020 DOI:10.1111/tpj.14703
［先進ゲノム支援成果公開］
DNAの２本鎖切断を起こさないゲノム編集方法

従来のDNA２本鎖切断を利用したゲノム編集方法は、高効率ですが、DNA配列の書き換えエラーも多いという問題点がありました。愛知医科大学医学部生化学講座の小西裕之教授（特任）、兵頭寿典講師らの研究グループは，高いDNA配列書き換え効率を維持しつつ、書き換えエラーの発生を劇的に抑えるゲノム編集方法の研究を行いました。本研究成果は， 2020年1月28日（火），米国科学誌「Cell Reports」（電子版）に掲載され、愛知医科大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース資料：
（https://www.genome-sci.jp/wp-content/uploads/2020/01/file20200130.pdf）
愛知医科大学：
（https://www.aichi-med-u.ac.jp/su28/su2801/su280101/1210856_4623.html）
国立遺伝学研究所：
（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2020/01/research-highlights_ja/pr20200129.html）

Toshinori Hyodo, Md. Lutfur Rahman, Sivasundaram Karnan, Takuji Ito, Atsushi Toyoda, Akinobu Ota, Md Wahiduzzaman, Shinobu Tsuzuki, Yohei Okada, Yoshitaka Hosokawa and Hiroyuki Konishi, Tandem paired nicking promotes precise genome editing with scarce interference by p53, Cell Reports 30, 1195–1207 (2020) doi: 10.1016/j.celrep.2019.12.064
［先進ゲノム支援成果公開］
マイクロRNAがウイルス感染細胞の細胞死を誘導する仕組みを発見

東京大学大学院理学系研究科の高橋朋子客員共同研究員（研究当時：助教）、中野悠子大学院生（研究当時）、程久美子准教授らの研究グループは、細胞内ウイルスセンサータンパク質のひとつであるとされながらも機能が不明であった「LGP2」がウイルス感染により大幅に発現増加すること、また発現増加したLGP2がRNAサイレンシング（注2）の促進因子である「TRBP」と相互作用することで、TRBPが結合する特定のマイクロRNAの成熟過程を阻害することを明らかにしました。

プレスリリース：http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2019/6641/

Takahashi T, Nakano Y, Onomoto K, Yoneyama M, Ui-Tei K., LGP2 virus sensor enhances apoptosis by upregulating apoptosis regulatory genes through TRBP-bound miRNAs during viral infection., Nucleic Acids Res. (2020) doi:10.1093/nar/gkz1143
［先進ゲノム支援成果公開］
ノンコーディング RNA 構造体 nSB の新機能を発見

北海道大学遺伝子病制御研究所の廣瀬哲郎教授，二宮賢介助教らの共同研究グループは，ノンコーディング RNA（ncRNA）を骨格として作られる細胞内構造体の核内ストレス体（nSB）の新機能解明に成功しました。本研究成果は， 2019 年 11 月 29 日（金），The EMBO Journal 誌にオンライン掲載され、北海道大学よりプレスリリースされました。

北海道大学：（https://www.hokudai.ac.jp/news/191202_pr.pdf）

Ninomiya, K., Adachi, S., Natsume, T., Iwakiri, J., Terai, G., Asai, K., and Hirose, T.　LncRNA-dependent nuclear stress bodies promote intron retention through SR protein phosphorylation, EMBO J, e102729. (2019) doi: 10.15252/embj.2019102729
［先進ゲノム支援成果公開］
細胞分裂時に染色体の分配を制御する鍵となる仕組みを解明

大阪大学大学院生命機能研究科大学院生の渡邉励人さん（博士後期課程）・原昌稔助教・深川竜郎教授らの研究グループは、染色体が細胞に伝達される際に重要な働きを担うキネトコア(動原体)の形成に必要なCENPCというタンパク質と染色体との結合メカニズムを世界で初めて明らかにしました。本研究成果は、米国科学誌「Journal of Cell Biology」に、2019年11月5日（火）0時（日本時間）に公開されました。

プレスリリース：https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2019/20191031_2

Reito Watanabe, Masatoshi Hara, Ei-ichi Okumura, Solène Hervé, Daniele Fachinetti, Mariko Ariyoshi, and Tatsuo Fukagawa, CDK1-mediated CENP-C phosphorylation modulates CENP-A binding and mitotic kinetochore localization, Journal of Cell Biology (2019) doi:10.1083/jcb.201907006
［ゲノム支援成果公開］
ハクサイの遺伝子発現調節機構を解明

神戸大学大学院農学研究科のアクタ アヤシャ (博士後期課程) と理化学研究所環境資源科学研究センター高橋聡史 (テクニカルスタッフ) らは、ハクサイにおいて、遺伝子発現調節に重要なヒストンの化学修飾のうちの一つ (H3K27me3) の役割を明らかにしました。さらにこれが、アブラナ科葉根菜の商品価値に直接的な影響を及ぼす春化に関わる遺伝子の発現を制御する役割をもっていることも明らかにしました。本研究は、神戸大学大学院農学研究科の藤本龍准教授ら、理化学研究所環境資源科学研究センター関原明チームリーダーら、オーストラリア連邦科学産業研究機構 (CSIRO) らの研究グループにより行われました。　
　この研究成果は、2019年10月17日 (イギリス時間) に、DNA Researchにオンライン掲載されました。

プレスリリース：https://www.kobe-u.ac.jp/research_at_kobe/NEWS/news/2019_10_18_01.html

Akter A, Takahashi S, Deng W, Shea DJ, Itabashi E, Shimizu M, Miyaji N, Osabe K, Nishida N, Suzuki Y, Helliwell CA, Seki M, Peacock WJ, Dennis ES, Fujimoto R., The histone modification H3 lysine 27 tri-methylation has conserved gene regulatory roles in the triplicated genome of Brassica rapa L., DNA Research (2019) doi:10.1093/dnares/dsz021
［ゲノム支援成果公開］
栄養に柔軟に適応し成長するシステムの解明
－種間の適応能力の差を生む炭水化物応答機構－

服部佑佳子 生命科学研究科助教、渡辺佳織 同研究員、上村匡 同教授、内山博允 東京農業大学研究員、矢嶋俊介 同教授らの研究グループは、食性の異なるショウジョウバエの近縁種間で、炭水化物応答制御機構の働きや異なる栄養バランスへの適応能力が違うことを明らかにしました。本研究成果は、2019年9月4日に、国際学術誌「Cell Reports」のオンライン版に掲載されました。

京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2019/190904_1.html）

Kaori Watanabe, Yasutetsu Kanaoka, Shoko Mizutani, Hironobu Uchiyama, Shunsuke Yajima, Masayoshi Watada, Tadashi Uemura, Yukako Hattori. Interspecies Comparative Analyses Reveal Distinct Carbohydrate-Responsive Systems among Drosophila Species. Cell Reports, 28(10), 2594-2607.e7. (2019) https://doi.org/10.1016/j.celrep.2019.08.030
［先進ゲノム支援成果公開］
インドネシアの古代湖はメダカの進化のゆりかご

琉球大学の山平寿智教授、松波雅俊助教、木村亮介准教授、九州大学の楠見淳子准教授、龍谷大学の永野惇准教授、および国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授らの共同研究チームは、インドネシアのスラウェシ島の古代湖に生息する３種のメダカが、１つの湖の中で同所的に３種に分化したことを明らかにしました。この研究成果は、進化学の国際学術雑誌「Evolution」誌のオンライン版に掲載され（2019年8月28日）、プレスリリースされました。

琉球大学：（http://www.u-ryukyu.ac.jp/news/8271/）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2019/08/research-highlights_ja/pr20190828.html）

Nobu Sutra, Junko Kusumi, Javier Montenegro, Hirozumi Kobayashi, Shingo Fujimoto, Kawilarang W. A. Masengi, Atsushi J. Nagano, Atsushi Toyoda, Masatoshi Matsunami, Ryosuke Kimura, Kazunori Yamahira, Evidence for sympatric speciation in a Wallacean ancient lake, Evolution (2019) doi:10.1111/evo.13821
［班員による成果公開］
Ｏ１５７などの腸管出⾎性⼤腸菌の出現機構を解明

九州⼤学⼤学院医学研究院の⼩椋義俊准教授と有⽔遥⼦⼤学院⽣（医学系学府博⼠課程）らの研究グループは、ヒトに強い病原性を⽰す腸管出⾎性⼤腸菌がウシの常在性⼤腸菌を起源としていること、ウシ腸内で⽣存するために病原因⼦を蓄積させ、結果的にヒトへの病原菌として次々と出現していることを突き⽌めました。本成果は2019年8⽉23⽇（⾦）午前2時（⽇本時間）に科学誌 「Genome Research」のオンライン版で公開されました。

プレスリリース：
https://www.bact.med.kyushu-u.ac.jp/files/2019/08/867da73365f50f7b398005090f788e7b.pdf

Arimizu Y, Kirino Y, Sato MP, Uno K, Sato T, Gotoh Y, Auvray F, Brugere H, Oswald E, Mainil JG, Anklam KS, Döpfer D, Yoshino S, Ooka T, Tanizawa Y, Nakamura Y, Iguchi A, Morita-Ishihara T, Ohnishi M, Akashi K, Hayashi T, Ogura Y., Large-scale genome analysis of bovine commensal Escherichia coli reveals that bovine-adapted E. coli lineages are serving as evolutionary sources of the emergence of human intestinal pathogenic strains, Genome Res. (2019) doi:10.1101/gr.249268.119
［班員による成果公開］
別々の3疾患に共通する原因がヒトゲノムCGG塩基の繰り返し配列の異常伸長であることを解明

東京大学医学部附属病院の分子神経学講座 辻省次特任教授、脳神経内科 石浦浩之助教および東京大学大学院新領域創成科学研究科 森下真一教授らの研究グループは、発症者の全ゲノム配列のデータから、未知の繰り返し配列の異常伸長を効率良く検出できる解析プログラム（TRhist）を開発し、NBPF19 遺伝子の5’非翻訳領域に存在するCGG繰り返し配列の異常伸長が原因であることを発見しました。本研究成果は、日本時間7月23日に国際科学誌Nature Geneticsにて発表されました。

プレスリリース：https://www.h.u-tokyo.ac.jp/press/20190723.html

Ishiura H, Shibata S, Yoshimura J, Suzuki Y, Qu W, Doi K, Almansour MA, Kikuchi JK, Taira M, Mitsui J, Takahashi Y, Ichikawa Y, Mano T, Iwata A, Harigaya Y, Matsukawa MK, Matsukawa T, Tanaka M, Shirota Y, Ohtomo R, Kowa H, Date H, Mitsue A, Hatsuta H, Morimoto S, Murayama S, Shiio Y, Saito Y, Mitsutake A, Kawai M, Sasaki T, Sugiyama Y, Hamada M, Ohtomo G, Terao Y, Nakazato Y, Takeda A, Sakiyama Y, Umeda-Kameyama Y, Shinmi J, Ogata K, Kohno Y, Lim SY, Tan AH, Shimizu J, Goto J, Nishino I, Toda T, Morishita S, Tsuji S., Noncoding CGG repeat expansions in neuronal intranuclear inclusion disease, oculopharyngodistal myopathy and an overlapping disease, Nat Genet. (2019) doi:10.1038/s41588-019-0458-z
［先進ゲノム支援成果公開］
炎症が制御される新たなRNA分解メカニズムを解明
－新たな免疫賦活化法の開発に道筋－

竹内理 医学研究科教授らの研究グループは、RNAヘリカーゼUPF1によるRNAの構造変化をスイッチとするmRNA分解が、炎症反応の巧妙なブレーキとして機能することと、これがSMG1キナーゼにより活性化されることを解明しました。本研究成果は、2019年7月22日に、国際学術誌「Nucleic Acids Research」のオンライン版に掲載されました。

プレスリリース：http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2019/190722_2.html

Mino, T., Iwai, N., Endo, M., Inoue, K., Akaki, K., Hia, F., Uehata, T., Emura, T., Hidaka, K., Suzuki, Y., Standley, D.M., Okada-Hatakeyama, M., Ohno, S., Sugiyama, H., Yamashita, A., Takeuchi, O., Translation-dependent unwinding of stem–loops by UPF1 licenses Regnase-1 to degrade inflammatory mRNAs, Nucleic Acids Research (2019) doi:10.1093/nar/gkz628
［先進ゲノム支援成果公開］
世界初の植物ミトコンドリアのゲノム編集に成功

東北大学大学院農学研究科の風間智彦助教、玉川大学農学部の肥塚信也教授、東京大学大学院農学生命科学研究科の有村慎一准教授らの研究グループは、ゲノム編集技術TALENによって、これまで不可能とされてきた植物のミトコンドリアゲノム（DNA）に存在する遺伝子を壊すことに成功しました。この成果は、Nature Plants誌（2019年7月8日）に掲載され、東京大学、東北大学、玉川大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース資料：https://www.genome-sci.jp/wp-content/uploads/2019/07/file20190716.pdf

T. Kazama*, M. Okuno, Y. Watari, S. Yanase, C. Koizuka, Y. Tsuruta, H. Sugaya, A. Toyoda, T. Itoh, N. Tsutsumi, K. Toriyama, N. Koizuka*, S. Arimura* (* Corresponding authors) Curing cytoplasmic male sterility via TALEN-mediated mitochondrial genome editing, Nature Plants. (2019) doi：10.1038/s41477-019-0459-z
［ゲノム支援成果公開］
メタゲノム・メタボローム解析により大腸がん発症関連細菌を特定
―便から大腸がんを早期に診断する新技術―

大阪大学 大学院医学系研究科の谷内田真一教授（がんゲノム情報学、前国立がん研究センター研究所・ユニット長）と東京工業大学 生命理工学院 生命理工学系の山田拓司准教授、東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター ゲノム医科学分野（国立がん研究センター研究所 兼任）の柴田龍弘教授、慶應義塾大学先端生命科学研究所の福田真嗣特任教授らの研究グループは、多発ポリープ（腺腫）や大腸がんの患者さんを対象に、凍結便を収集しメタゲノム解析やメタボローム解析を行いました。その結果、多発ポリープ（腺腫）や非常に早期の大腸がん（粘膜内がん）患者さんの便中に特徴的な細菌や代謝物質を同定しました。本研究成果は、2019年6月7日（金）0時（日本時間）に米国科学誌「Nature Medicine」（オンライン）に掲載されました。

プレスリリース：https://www.amed.go.jp/news/release_20190607-01.html

Shinichi Yachida, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Takeshi Nakajima, Taku Sakamoto, Hikaru Watanabe, Keigo Masuda, Yuichiro Nishimoto, Masaru Kubo, Fumie Hosoda, Hirofumi Rokutan, Minori Matsumoto, Hiroyuki Takamaru, Masayoshi Yamada, Takahisa Matsuda, Motoki Iwasaki, Taiki Yamaji, Tatsuo Yachida, Tomoyoshi Soga, Ken Kurokawa, Atsushi Toyoda, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Masanori Hatakeyama, Hitoshi Nakagama, Yutaka Saito, Shinji Fukuda, Tatsuhiro Shibata, Takuji Yamada, Metagenomic and metabolomic analyses reveal distinct stage-specific phenotypes of the gut microbiota in colorectal cancer, Nature Madicine (2019) doi:10.1038/s41591-019-0458-7
［ゲノム支援成果公開］
カイコゲノムの新参照配列を公開

東京大学大学院農学生命科学研究科の川本宗孝博士、勝間進准教授、木内隆史助教、嶋田徹教授、及び農研機構の上樂明也主任研究員、横井翔研究員、山本公子ユニット長は、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、藤山秋佐夫特任教授らと共同で、カイコゲノムの新アセンブリを論文公開しました。新アセンブリは、第３世代シーケンサを駆使して得られたもので、全長460.3 Mb, Contig N50 =12.2 Mb, Scaffold N50=16.8 Mb、残存ギャップ30個と、ほぼ染色体レベルで全ゲノムをカバーしており、16,880個の遺伝子モデルを含んでいます。アセンブリ配列はsilkbase(http://silkbase.ab.a.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/download.cgi)からダウンロード可能で、カイコのみならず昆虫研究の全般に寄与することが期待されます。

研究成果概要

 

Kawamoto M, Jouraku A, Toyoda A, Yokoi K, Minakuchi Y, Katsuma S, Fujiyama A, Kiuchi T, Yamamoto K, Shimada T. High-quality genome assembly of the silkworm, Bombyx mori. Insect Biochem Mol Biol. (2019) doi: 10.1016/j.ibmb.2019.02.002
［先進ゲノム支援成果公開］
裸子植物ソテツの花が発熱するしくみの一端を解明

宮崎大学農学部植物生産環境科学科・稲葉靖子准教授の研究グループは、理化学研究所環境資源科学研究センター・豊岡公徳上級技師、九州大学大学院医学研究院・林哲也教授らの研究グループと共同で、日本の固有種として知られるソテツ（Cycas revoluta）の花の発熱を、世界で初めてサーモグラフィーで捉えることに成功しました。この成果は、世界的な植物科学雑誌の一つであるPlant Physiology誌の2019年6月号（米国東部時間2019年6月3日公開）にオンラインで掲載され、同雑誌の表紙を飾りました。

宮崎大学：（http://www.miyazaki-u.ac.jp/public-relations/20190604_01_press.pdf）

Yasuko Ito-Inaba, Mayuko Sato, Mitsuhiko P. Sato, Yuya Kurayama, Haruna Yamamoto, Mizuki Ohata, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kiminori Toyooka, Takehito Inaba, Alternative oxidase capacity of mitochondria in microsporophylls may function in cycad thermogenesis, Plant Physiology. (2019) https://doi.org/10.1104/pp.19.00150
［先進ゲノム支援成果公開］
海から川や湖へ！魚の淡水進出を支えた鍵遺伝子の発見

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所の石川麻乃助教と北野潤教授らの国際共同研究チームは、進化生物学のモデル生物であるトゲウオを用いて、魚が海から淡水域へ進出する際に鍵となった遺伝子を発見しました。この成果は2019年5月31日（米国東部標準時）に米国科学雑誌「Science」に掲載され、国立遺伝学研究所よりプレスリリースされました。

国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20190531.pdf）

Asano Ishikawa, Naoki Kabeya, Koki Ikeya, Ryo Kakioka, Jennifer N. Cech, Naoki Osada, Miguel C. Leal, Jun Inoue, Manabu Kume, Atsushi Toyoda, Ayumi Tezuka, Atsushi J. Nagano, Yo Y. Yamasaki, Yuto Suzuki, Tomoyuki Kokita, Hiroshi Takahashi, Kay Lucek, David Marques, Yusuke Takehana, Kiyoshi Naruse, Seiichi Mori, Oscar Monroig, Nemiah Ladd, Carsten J. Schubert, Blake Matthews, Catherine L. Peichel, Ole Seehausen, Goro Yoshizaki, and Jun Kitano, A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiation in fishes. Science (2019) doi:10.1126/science.aau5656
［班員による成果公開］
両親由来のゲノム配列を個別に決定する新手法

東京工業大学 生命理工学院 生命理工学系の梶谷嶺助教、吉村大大学院生（博士後期課程3年・研究当時）、奥野未来研究員、伊藤武彦教授らの研究チームは、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、小原雄治特任教授、東京大学の窪川かおる特任教授らと共同で、真核生物のゲノム配列決定において、両親由来の配列を区別し、高精度にそれぞれを決定する、新しい情報解析手法の開発に成功しました。本成果は、2019年4月12日付けの「Nature Communications」に掲載され、東京工業大学、国立遺伝学研究所よりプレスリリースされました。

東京工業大学：（https://www.titech.ac.jp/news/2019/044185.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2019/04/research-highlights_ja/pr20190422.html）

Rei Kajitani, Dai Yoshimura, Miki Okuno, Yohei Minakuchi, Hiroshi Kagoshima, Asao Fujiyama, Kaoru Kubokawa, Yuji Kohara, Atsushi Toyoda & Takehiko Itoh, Platanus-allee is a de novo haplotype assembler enabling a comprehensive access to divergent heterozygous regions., Nature Communications (2019) doi:10.1038/s41467-019-09575-2
［ゲノム支援成果公開］
鳥の糞から柑橘類の葉へ～アゲハ幼虫の変身を制御する遺伝子の発見～

東京大学大学院新領域創成科学研究科の金弘渊大学院生と藤原晴彦教授らは、アゲハチョウ幼虫の擬態紋様の変化を制御する遺伝子を発見しました。この成果は2019年4月10日に米国科学雑誌「Science Advances」オンラインジャーナルに掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース：http://www.k.u-tokyo.ac.jp/info/images/uploads/pdf/web】新領域アゲハ幼虫の変身を制御する遺伝子の発見fj.pdf

H. Jin, T. Seki, J. Yamaguchi and H. Fujiwara, Prepatterning of Papilio xuthus caterpillar camouflage is controlled by three homeobox genes: clawless, abdominal-A, and Abdominal-B., Science Avances (2019) doi:10.1126/sciadv.aav7569
［ゲノム支援成果公開］
骨格性下顎前突症の原因遺伝子の一つを発見

梶井貴史准教授(矯正歯科学分野)と東海大学の岡晃講師および東京大学の三井純特任准教授らの研究グループは、次世代シークエンサーを用いたエクソーム解析により、カルシウム依存性陰イオンチャネルを塩基配列として持つBEST3遺伝子のヘテロ接合性変異が骨格性下顎前突症(下あごが上あごより前に出る噛み合わせ)の原因遺伝子の一つであることを発見しました。この研究は2019年3月に米国の科学雑誌「Bone」に掲載されました。

プレスリリース：https://www.fdcnet.ac.jp/col/news/archives/105

Kajii TS, Oka A, Saito F, Mitsui J, Iida J., Whole-exome sequencing in a Japanese pedigree implicates a rare non-synonymous single-nucleotide variant in BEST3 as a candidate for mandibular prognathism, Bone (2019) doi:10.1016/j.bone.2019.03.004
［先進ゲノム支援成果公開］
シングルセル解析によって樹状細胞に分化する早期運命決定の仕組みを解明

横浜市立大学大学院医学研究科免疫学 黒滝大翼講師、川瀬航大学院生や田村智彦教授らの研究グループは、東京大学、米国国立衛生研究所と共同で、がん免疫や病原体に対する感染防御に重要な樹状細胞の新たな産生経路と分化制御の分子メカニズムを明らかにしました。この成果は2019年2月23日に「Blood」オンライン版に掲載され、横浜市立大学からプレスリリースされました。

プレスリリース：https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/201902kurotaki.html

Kurotaki D, Kawase W, Sasaki H, Nakabayashi J, Nishiyama A, Morse HC III, Ozato K, Suzuki Y, Tamura T, Epigenetic control of early dendritic cell lineage specification by the transcription factor IRF8 in mice, Blood (2019) doi:10.1182/blood-2018-06-857789
［ゲノム支援成果公開］
機械学習と次世代シークエンス技術の活用により日本人集団の白血球の血液型を解明

大阪大学 大学院医学系研究科の平田潤大学院生、岡田随象 教授（遺伝統計学）らの研究グループは、次世代シークエンス技術と機械学習を用いて、日本人集団における白血球の血液型が11パターンで構成されており、その個人差が、病気や量的形質を含む50以上の表現型に関わっていることを明らかにしました。本研究成果は、英国科学誌「Nature Genetics」に、１月29日（火）午前１時（日本時間）に公開され、大阪大学からプレスリリースされました。

プレスリリース資料：（https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20190129.pdf）
大阪大学：（https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2019/20190129_1）

Jun Hirata, Kazuyoshi Hosomichi, Saori Sakaue, Masahiro Kanai, Hirofumi Nakaoka, Kazuyoshi Ishigaki, Ken Suzuki, Masato Akiyama, Toshihiro Kishikawa, Kotaro Ogawa, Tatsuo Masuda, Kenichi Yamamoto, Makoto Hirata, Koichi Matsuda, Yukihide Momozawa, Ituro Inoue, Michiaki Kubo, Yoichiro Kamatani, Yukinori Okada. Genetic and phenotypic landscape of the MHC region in the Japanese population. Nature Genetics (2019) doi:10.1038/s41588-018-0336-0
［ゲノム支援成果公開］
冬眠ハムスターの白色脂肪組織に冬支度の秘密をみる

北海道大学低温科学研究所の山口良文教授，東京大学大学院薬学系研究科大学院生（当時）の茶山由一氏，三浦正幸教授，自然科学研究機構基礎生物学研究所の重信秀治准教授，福山大学薬学部の田村 豊教授らの研究グループは，餌を貯蔵しながら冬眠する哺乳類シリアンハムスターが，冬眠時，エネルギーを蓄える機能をもつ白色脂肪組織において，脂肪を合成する同化系と分解する異化系の両方を著しく増強させることを解明しました。この成果は2019 年 1 月 28 日に「Frontiers in Physiology」にオンライン公開され、北海道大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース：https://www.hokudai.ac.jp/news/190129_pr.pdf

Chayama Y, Ando L, Sato Y, Shigenobu S, Anegawa D, Fujimoto T, Taii H, Tamura Y, Miura M, Yamaguchi Y., Molecular Basis of White Adipose Tissue Remodeling That Precedes and Coincides With Hibernation in the Syrian Hamster, a Food-Storing Hibernator, Frontiers in Physiology (2019) doi:10.3389/fphys.2018.01973
［先進ゲノム支援成果公開］
メタゲノムとエピゲノムを融合した「メタエピゲノム」解析の提唱と実証

東京大学の平岡聡史大学院生（現：海洋研究開発機構 特任研究員）、按田瑞恵特別研究員、岩崎渉准教授と、京都大学、遺伝学研究所との共同研究チームは、第3世代シーケンサーと呼ばれる1分子DNAシーケンサーを活用することで、環境細菌叢のDNAメチル化修飾を観測する新たな手法「メタエピゲノム解析」を提唱し、その有効性を実証しました。この研究成果は「Nature Communications」（1月11日付オンライン版）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース：http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2019/6232/

Hiraoka S, Okazaki Y, Anda M, Toyoda A, Nakano SI, Iwasaki W., Metaepigenomic analysis reveals the unexplored diversity of DNA methylation in an environmental prokaryotic community, Nat Commun (2019) doi:10.1038/s41467-018-08103-y
［先進ゲノム支援成果公開］
ニューロンを作る幹細胞と作らない幹細胞～何が違いを決める？

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました東京大学大学院薬学系研究科の壷井將史大学院生、岸雄介講師、平林祐介准教授、後藤由季子教授らの研究グループは、マウス大脳の神経幹細胞を用い、組織幹細胞が特定の細胞だけを生み出せる機構のひとつを明らかにしました。ポリコーム群タンパク質の制御によって、神経幹細胞におけるニューロン分化能等の「幹細胞の操作」が可能になれば、将来再生医療に貢献することが期待されます。本研究成果2018年12月17日付けの米科学誌「Developmental Cell」に掲載され、東京大学、AMEDからプレスリリースされました。

東京大学：（https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/press/z0111_00006.html）
日本医療研究開発機構：（https://www.amed.go.jp/news/release_20181218-01.html）

Masafumi Tsuboi, Yusuke Kishi,#* Wakana Kyozuka, Haruhiko Koseki, Yusuke Hirabayashi, and Yukiko Gotoh* (#Co-first author, *Corespondence), Ubiquitination-independent repression of PRC1 targets during neuronal fate restriction in the developing mouse neocortex, Developmental Cell. (2018) doi:10.1016/j.devcel.2018.11.018.
［ゲノム支援成果公開］
植物の多様な精子の形成の進化的起源を解明

荒木崇教授、肥後あすか博士学生（現・横浜市立大学特任助教）、Frederic Berger グレゴールメンデル研究所グループリーダー、河島友和研究員（現・ケンタッキー大学助教）、河内孝之教授らの研究グループは、英国レスター大学、スペイン国立バイオテクノロジーセンター、神戸大学、日本女子大学、広島大学、金沢大学、立教大学、近畿大学、東京大学と共同で、植物における精子の形成が、約７億年前に陸上植物の祖先にあたる藻類でおこった新しい遺伝子（DUO1）の獲得により始まったことを明らかにしました。本研究成果は、2018年12月11日に、国際学術誌「Nature Communications」のオンライン版に掲載され、京都大学からプレスリリースされました。

京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/181211_1.html）

Higo A, Kawashima T, Borg M, Zhao M, López-Vidriero I, Sakayama H, Montgomery SA, Sekimoto H, Hackenberg D, Shimamura M, Nishiyama T, Sakakibara K, Tomita Y, Togawa T, Kunimoto K, Osakabe A, Suzuki Y, Yamato KT, Ishizaki K, Nishihama R, Kohchi T, Franco-Zorrilla JM, Twell D, Berger F, Araki T. , Transcription factor DUO1 generated by neo-functionalization is associated with evolution of sperm differentiation in plants. , Nat Commun. (2018) doi:10.1038/s41467-018-07728-3.
［先進ゲノム支援成果公開］
世界初！細胞核内におけるセントロメア領域の立体的配置を解明

大阪大学大学院生命機能研究科の深川竜郎教授・西村浩平特任助教（常勤）らの研究グループは、ゲノム中のセントロメアを含む領域が細胞核内でどのように配置されているかを世界で初めて明らかにしました。本研究成果は、米国科学誌「Journal of Cell Biology」に、2018年11月5日に掲載されました。

大阪大学：（https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2018/20181105_1）

Kohei Nishimura, Masataka Komiya, Tetsuya Hori Takehiko Itoh, and Tatsuo Fukagawa, 3D genomic architecture reveals that neocentromeres associate with heterochromatin regions, J. Cell Biol. (2018) doi:10.1083/jcb.201805003
［ゲノム支援成果公開］
ほぼ全ての脊椎動物に共通するフェロモン受容体を発見

東京工業大学 生命理工学院の二階堂雅人准教授と鈴木彦有大学院生（研究当時：博士後期課程、現：日本バイオデータ）、バイオ研究基盤支援総合センターの廣田順二准教授、生命理工学院の伊藤武彦教授が中心の研究グループは、115種におよぶ生物種の全ゲノム配列を網羅的に解析して、ほぼ全ての脊椎動物が共有する極めて珍しいタイプのフェロモン受容体遺伝子を発見しました。この成果は、2018年9月24日に米国の学術誌『Molecular Biology and Evolution』に掲載され、東京工業大学よりプレスリリースされました。

東京工業大学：（https://www.titech.ac.jp/news/2018/042562.html）

Suzuki, H., Nishida, H., Kondo, H., Yoda, R., Iwata, T., Nakayama, K., Enomoto, T., Wu, J., Moriya-Ito, K., Miyazaki, M., Wakabayashi, Y., Kishida, T., Okabe, M., Suzuki, Y., Ito, T., Hirota, J., Nikaido, M., A single pheromone receptor gene conserved across 400 million years of vertebrate evolution, Molecular Biology and Evolution (2018) doi:10.1093/molbev/msy186
［ゲノム支援成果公開］
テントウムシの多様な斑紋を決定する遺伝子の特定に成功

2014年、2015年に新学術領域研究「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました、基礎生物学研究所の安藤俊哉助教と新美輝幸教授らの研究チームは、東京工業大学の伊藤武彦教授らのグループ、基礎生物学研究所の重信秀治特任准教授らのグループ、明治大学の矢野健太郎教授らのグループ、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授らのグループ、東京大学の鈴木穣教授らのグループからなる共同研究チームにより、テントウムシの多様な翅の斑紋（模様）を決定する遺伝子の特定に成功しました。
本研究成果はNature Communications誌 2018年9月21日号に掲載され（＊）、基礎生物学研究所、国立遺伝学研究所からプレスリリースされました。

基礎生物学研究所：（http://www.nibb.ac.jp/press/2018/09/21.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/09/research-highlights_ja/20180921.html）

＊：Toshiya Ando, Takeshi Matsuda, Kumiko Goto, Kimiko Hara, Akinori Ito, Junya Hirata, Joichiro Yatomi, Rei Kajitani, Miki Okuno, Katsushi Yamaguchi, Masaaki Kobayashi, Tomoyuki Takano, Yohei Minakuchi, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Kentaro Yano, Takehiko Itoh, Shuji Shigenobu, Atsushi Toyoda, and Teruyuki Niimi. Repeated inversions within a pannier intron drive diversification of intraspecific colour patterns of ladybird beetles. Nature Communications, volume 9, Article number: 3843 (2018) DOI: 10.1038/s41467-018-06116-1
［先進ゲノム支援成果公開］
ゲノム編集でDNA三次元構造の形成機構解明

2016年に新学術領域研究「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました、慶應義塾大学医学部・大学院医学研究科iPS細胞エピジェネティクス研究医学寄附講座の菱川慶一特任准教授、生理学教室の辻村太郎特任助教らは、最先端のゲノム編集技術を用いて、CTCFと呼ばれるタンパク質が、ゲノムDNAへのある特定の結合パターンに従って、DNAの三次元構造を多層的に制御する機構を詳細に解明しました。本研究成果は「Epigenetics & Chromatin」に2018年9月14日に掲載され（＊）、慶應義塾大学からプレスリリースされました。

慶應義塾大学：（https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2018/9/14/28-48009/）

＊：Taro Tsujimura1,2* , Osamu Takase1,2, Masahiro Yoshikawa1,2, Etsuko Sano1,2, Matsuhiko Hayashi3 , Tsuyoshi Takato4,5, Atsushi Toyoda6 , Hideyuki Okano2 and Keiichi Hishikawa. Control of directionality of chromatin folding for the inter- and intra-domain contacts at the Tfap2c–Bmp7 locus. Epigenetics & Chromatin (2018) doi:10.1186/s13072-018-0221-1
［ゲノム支援成果公開］
小鳥の歌学習，日齢ではなく発声練習量が重要

北海道大学大学院理学研究院の和多和宏准教授らの研究グループは，小鳥の音声発声学習（歌学習）に適した時期（学習臨界期）が，発声練習の経験量によって制御されていることを明らかにしました。本研究成果は，アメリカ東部時間 2018 年 9 月 12 日公開の PLoS Biology に掲載され、北海道大学からプレスリリースされました。

北海道大学：（https://www.hokudai.ac.jp/news/180921_pr.pdf）

Hayase S, Wang H, Ohgushi E, Kobayashi M, Mori C, Horita H, Mineta K, Liu WC, Wada K. , Vocal practice regulates singing activity-dependent genes underlyingage-independent vocal learning in songbirds. , PLoS Biology (2018) doi:10.1371/journal.pbio.2006537
［先進ゲノム支援成果公開］
卵巣子宮内膜症と正常子宮内膜における遺伝子変異を解明

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました、新潟大学大学院医歯学総合研究科の榎本隆之教授、吉原弘祐助教、須田一暁特任助教らの共同研究グループは、卵巣子宮内膜症と正常子宮内膜の網羅的な遺伝子解析を行い、癌に関連する遺伝子変異がすでに良性腫瘍や正常組織に起きていることを明らかにしました。本研究結果はCell Reportsに2018年8月15日に掲載され、新潟大学からプレスリリースされました。

新潟大学：（https://www.niigata-u.ac.jp/wp-content/uploads/2018/08/re_topi300816.pdf）

Suda K, Nakaoka H, Yoshihara K, Ishiguro T, Tamura R, Mori Y, Yamawaki K, Adachi S, Takahashi T, Kase H, Tanaka K, Yamamoto T, Motoyama T, Inoue I, Enomoto T., Clonal Expansion and Diversification of Cancer-Associated Mutations in Endometriosis and Normal Endometrium., Cell Rep. (2018) doi:10.1016/j.celrep.2018.07.037
［先進ゲノム支援成果公開］
筋肉が嗅覚ニューロンに影響を与え体の温度耐性を調節

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました甲南大学理工学部の久原篤 教授、宇治澤知代 元研究員、太田茜 研究員らの研究チームは、ヒトにおいて詳細な役割が未知である ENDOU（エンドウ）と呼ばれる RNA分解酵素が、寿命や温度耐性、産卵数や神経シナプスの刈り込み注１）など、多様な生命現象に関与していることを線虫の解析から明らかにしました。 本研究の成果は、2018年8月13日に米国科学アカデミー紀要「Proceedings of the National Academy of Sciences of USA（PNAS）」に掲載され、甲南大学からプレスリリースされました。

甲南大学：（http://www.konan-u.ac.jp/news/wp/wp-content/uploads/2018/08/public-relations-department/20180809pressrelease-1.pdf）

Ujisawa T., Ohta A., Ii T., Minakuchi Y., Toyoda A., Ii M., Kuhara A., Endoribonuclease ENDU-2 regulates multiple traits including cold tolerance via cell autonomous and nonautonomous controls in C. elegans, PNAS (2018) doi:10.1073/pnas.1808634115
［ゲノム支援成果公開］
シャジクモの全ゲノム解読により陸上植物進化の起源を探る

金沢大学学際科学実験センターの西山智明助教、神戸大学大学院理学研究科の坂山英俊准教授、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、東京大学大学院新領域創成科学研究科の鈴木穣教授、ドイツ・マールブルク大学のStefan Rensing教授らの国際共同研究グループは、シャジクモの概要ゲノムを解読し、他の藻類および陸上植物との比較により、シャジクモの系統と陸上植物の系統の分岐前後における遺伝子レベルの進化の一端を明らかにしました。本研究成果は、2018年7月12日に米国学術雑誌「Cell」のオンライン版に掲載されるとともに、本研究に関する画像が「Cell」の表紙を飾りました。また、シャジクモのゲノム配列はDDBJより公開されました。

金沢大学：（https://www.kanazawa-u.ac.jp/rd/59093）
神戸大学：（http://www.kobe-u.ac.jp/research_at_kobe/NEWS/news/2018_07_31_01.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/07/research-highlights_ja/20180731.html）

Nishiyama T, Sakayama H, de Vries J, Buschmann H, Saint-Marcoux D, Ullrich KK, Haas FB, Vanderstraeten L, Becker D, Lang D, Vosolsobě S, Rombauts S, Wilhelmsson PKI, Janitza P, Kern R, Heyl A, Rümpler F, Villalobos LIAC, Clay JM, Skokan R, Toyoda A, Suzuki Y, Kagoshima H, Schijlen E, Tajeshwar N, Catarino B, Hetherington AJ, Saltykova A, Bonnot C, Breuninger H, Symeonidi A, Radhakrishnan GV, Van Nieuwerburgh F, Deforce D, Chang C, Karol KG, Hedrich R, Ulvskov P, Glöckner G, Delwiche CF, Petrášek J, Van de Peer Y, Friml J, Beilby M, Dolan L, Kohara Y, Sugano S, Fujiyama A, Delaux PM, Quint M, Theißen G, Hagemann M, Harholt J, Dunand C, Zachgo S, Langdale J, Maumus F, Van Der Straeten D, Gould SB, Rensing SA., The Chara Genome: Secondary Complexity and Implications for Plant Terrestrialization, Cell (2018) doi:10.1016/j.cell.2018.06.033
［ゲノム支援成果公開］［先進ゲノム支援成果公開］
最先端技術を用いた古人骨全ゲノム解析から東南アジアと日本列島における
人類集団の起源の詳細を解明

「ゲノム支援」「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました金沢大学の覺張隆史特任助教、田嶋敦教授、北里大学の太田博樹准教授およびコペンハーゲン大学が中心となって進めている古代ゲノム研究の国際研究チームは、日本列島の縄文時代遺跡や東南アジアから出土した古人骨 26 個体のゲノム解析を実施し，今日の東南アジアで生活する人々の起源と過去の拡散過程を解明しました。今回，ゲノム解読がなされた縄文人骨は，愛知県田原市の伊川津（いかわづ）貝塚遺跡から出土した約2500年前の縄文晩期の女性人骨で，縄文人の全ゲノム配列を解読した例としては世界で初めての公表となります。本研究成果は，2018年7月6日に国際学術誌「Science」に掲載され、金沢大学よりプレスリリースされました。

金沢大学：（https://www.kanazawa-u.ac.jp/wp-content/uploads/2018/07/180709.pdf）

McColl H, Racimo F, Vinner L, Demeter F, Gakuhari T, Moreno-Mayar JV, van Driem G, Gram Wilken U, Seguin-Orlando A, de la Fuente Castro C, Wasef S, Shoocongdej R, Souksavatdy V, Sayavongkhamdy T, Saidin MM, Allentoft ME, Sato T, Malaspinas AS, Aghakhanian FA, Korneliussen T, Prohaska A, Margaryan A, de Barros Damgaard P, Kaewsutthi S, Lertrit P, Nguyen TMH, Hung HC, Minh Tran T, Nghia Truong H, Nguyen GH, Shahidan S, Wiradnyana K, Matsumae H, Shigehara N, Yoneda M, Ishida H, Masuyama T, Yamada Y, Tajima A, Shibata H, Toyoda A, Hanihara T, Nakagome S, Deviese T, Bacon AM, Duringer P, Ponche JL, Shackelford L, Patole-Edoumba E, Nguyen AT, Bellina-Pryce B, Galipaud JC, Kinaston R, Buckley H, Pottier C, Rasmussen S, Higham T, Foley RA, Lahr MM, Orlando L, Sikora M, Phipps ME, Oota H, Higham C, Lambert DM, Willerslev E. The prehistoric peopling of Southeast Asia, Science (2018) doi:10.1126/science.aat3628
［先進ゲノム支援成果公開］
細胞内ウイルスセンサータンパク質による新しい生体防御の仕組みを発見

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました東京大学理学系研究科の高橋朋子助教、中野悠子（博士課程３年）、程久美子准教授らの研究グループは、これまで細胞内ウイルスセンサーのひとつであるとされながらも機能が不明であった「LGP2」というタンパク質が、遺伝子発現の制御機構であるRNAサイレンシングを促進する「TRBP」というタンパク質と相互作用することで、TRBPが結合する特定のマイクロRNA群の機能を制御することを明らかにしました。本研究成果は，Nucleic Acids Research（オンライン版：6月25日）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学：（https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2018/5946/）

Takahashi T, Nakano Y, Onomoto K, Murakami F, Komori C, Suzuki Y, Yoneyama M, Ui-Tei., LGP2 virus sensor regulates gene expression network mediated by TRBP-bound microRNAs., Nucleic Acids Res. (2018) doi:10.1093/nar/gky575
［先進ゲノム支援成果公開］
ノンコーディングRNAの新暗号を解読

「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました北海道大学遺伝子病制御研究所の廣瀬哲郎教授，山崎智弘助教らの国際共同研究グループは，ノンコーディングRNA（ncRNA）の一つである NEAT1に潜むRNA暗号の解明に成功しました。本研究成果は2018年6月21日にMolecular Cell誌に掲載され、北海道大学よりプレスリリースされました。

北海道大学：（https://www.hokudai.ac.jp/news/180622_pr2.pdf）

Tomohiro Yamazaki, Sylvie Souquere, Takeshi Chujo, Simon Kobelke, Yee Seng Chong, Archa H. Fox, Charles S. Bond, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose, Functional domains of NEAT1 architectural lncRNA induce paraspeckle assembly through phase separation., Molecular Cell (2018) doi:10.1016/j.molcel.2018.05.019
［ゲノム支援成果公開］
胚が子宮内膜に浸潤する着床のメカニズムを解明

東京大学医学部附属病院の廣田泰講師らは、遺伝子改変マウスを用いた研究を行い、低酸素で誘導される転写因子である低酸素誘導因子が子宮内膜で作用して胚浸潤の過程を調節していること、子宮内膜間質の HIF が重要な働きを持っており、子宮内膜管腔上皮をはがして子宮内膜間質を露出させ胚が子宮内膜間質に入り込みやすくすると同時に、子宮内膜間質が胚とじかに接することによって胚が生存できるよう働きかけていることを明らかにしました。この研究成果は2018年6月19日に「Journal of Clinical Investigation」（オンライン版）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース：http://www.h.u-tokyo.ac.jp/vcms_lf/release_20180619.pdf

Matsumoto L, Hirota Y, Saito-Fujita T, Takeda N, Tanaka T, Hiraoka T, Akaeda S, Fujita H, Shimizu-Hirota R, Igaue S, Matsuo M, Haraguchi H, Saito-Kanatani M, Fujii T, Osuga Y., HIF2α in the uterine stroma permits embryo invasion and luminal epithelium detachment, J Clin Invest (2018) doi:10.1172/JCI98931
［班員による成果公開］
環境と微生物をビッグデータでつなぐ

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所の東光一特任研究員および黒川顕教授らのグループは、微生物群集構造の大規模データから様々な環境と微生物とのつながりを明らかにし、その結果を利用して環境と微生物のつながりを可視化するウェブツール「LEA」（http://leamicrobe.jp）を開発しました。本研究成果は、「PLOS Computational Biology」に平成30年6月6日午後2時（米国東部標準時間）に掲載され、国立遺伝学研究所からプレスリリースされました。

国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/06/research-highlights_ja/20180619.html）

Koichi Higashi, Shinya Suzuki, Shin Kurosawa, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa, Latent environment allocation of microbial community data, PLOS Computational Biology (2018) doi:10.1371/journal.pcbi.1006143
［ゲノム支援成果公開］
イモリは再生因子を赤血球で運んでいる!?～血液の概念を変える新発見～

筑波大学生命環境系 千葉親文教授、中谷敬教授（当時）、八畑謙介講師、丸尾文昭助教、櫻井啓輔助教、同 生命環境科学研究科生物科学専攻 Roman M. Casco-Robles院生（D3、MEXT研究留学生）、宇都宮大学大学院工学研究科 外山史准教授、山形大学学術研究院 渡邉明彦教授、熊本大学大学院先端科学研究部（理学系） 江頭恒准教授、名古屋大学アイソトープ総合センター 竹島一仁准教授（当時）、北里大学医療衛生学部 小畑秀一准教授、立教大学理学部 木下勉教授、玉川大学農学部 有泉高史教授、日本獣医生命科学大学獣医学部 中田友明講師らの研究グループ（イモリネットワークNNNプロジェクトグループ）は、アカハライモリの遺伝子（ｍRNA）情報を網羅する新たなデータベースを独自に開発し、公開しました。本研究の成果は2018年5月10日付でScientific Reportsに公開されました。

筑波大学：（https://www.tsukuba.ac.jp/wp-content/uploads/180524chiba-1.pdf）
宇都宮大学：（http://www.utsunomiya-u.ac.jp/topics/2018/05/006538.php）
玉川大学：（http://www.tamagawa.jp/graduate/news/detail_14463.html）
北里大学：（https://www.kitasato.ac.jp/jp/news/20180525-01.html）

Casco-Robles, R.M., Watanabe, A., Eto, K., Takeshima, K., Obata, S., Kinoshita, T., Ariizumi, T., Nakatani, K., Nakada, T., Tsonis, P.A., Casco-Robles, M.M., Sakurai, K., Yahata, K., Maruo, F., Toyama, F. and Chiba, C. , Novel erythrocyte clumps revealed by an orphan gene Newtic1 in circulating blood and regenerating limbs of the adult newt., Scientific Reports (2018) doi:10.1038/s41598-018-25867-x
［ゲノム支援成果公開］
動物はどうやって危険を察知することができるようになるのか？

総合研究大学院大学院生（当時）のPradeep Lal博士と情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 川上浩一教授らの研究グループは、モデル生物のゼブラフィッシュにおいて特定の脳神経細胞を可視化したり、操作したりする技術の開発に成功してきました。今回、これらの技術を駆使して、終脳のDmとよばれる領域の特定の神経細胞が恐怖条件付け学習に重要であることを突き止めました。本研究成果は、英国電子ジャーナルBMC Biologyに2018年4月25日午前2時（グリニッジ標準時）に掲載され、国立遺伝学研究所よりプレスリリースされました。

プレスリリース：https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/04/research-highlights_ja/20180425.html

Lal, P., Tanabe, H., Suster, M.L., Ailani, D., Kotani, Y., Muto, A., Itoh, M., Iwasaki, M., Wada, H., Yaksi, E., and Kawakami, K., Identification of a neuronal population in the telencephalon essential for fear conditioning in zebrafish, BMC Biology (2018) doi:10.1186/s12915-018-0502-y
［ゲノム支援成果公開］
ダーウィンの時代ウォレスが注目したナガサキアゲハの擬態の謎に迫る

東京大学大学院新領域創成科学研究科の藤原晴彦教授らは、 ナガサキアゲハのベイツ型擬態の原因遺伝子領域を解明するとともに、その構造や進化に関して興味深い事実を明らかにした。本研究成果は、「Science Advances」オンラインジャーナルに掲載され、東京大学からプレスリリースされました。

東京大学：（http://www.k.u-tokyo.ac.jp/info/entry/22_entry640/）

Iijima, T., Kajitani, R., Komata, S., Lin, C-P., Sota, T., Itoh, T. and Fujiwara, H., Parallel evolution of Batesian mimicry supergene in two Papilio butterflies, P. polytes and P. memnon., Science Advances (2018) doi:10.1126/sciadv.aao5416
［ゲノム支援成果公開］
数千個の1細胞からRNA量と種類を正確に計測

理化学研究所（理研）情報基盤センターバイオインフォマティクス研究開発ユニットの笹川洋平上級センター研究員、團野宏樹センター研究員（研究当時）、二階堂愛ユニットリーダーらの共同研究チーム※は、大量の1細胞由来RNAを網羅的、高精度かつ低コストで計測する高出力型1細胞RNAシーケンス法「Quartz-Seq2（クォーツ・セックツー）」を開発しました。本研究は、英国の科学雑誌『Genome Biology』（2018年3月9日付）に掲載され、理化学研究所からプレスリリースされました。

理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180313_3/）

Yohei Sasagawa, Hiroki Danno, Hitomi Takada, Masashi Ebisawa, Kaori Tanaka, Tetsutaro Hayashi, Akira Kurisaki and Itoshi Nikaido, Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads, Genome Biology (2018) doi:10.1186/s13059-018-1407-3
［ゲノム支援成果公開］
最初のオスとメスを生み出した性染色体領域を全ゲノム解読から解明

「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました東京大学大学院理学系研究科と国立遺伝学研究所等の研究グループは、性進化のモデル生物群「緑藻ボルボックス系列」の次世代シーケンスを用いた全ゲノム解読を実施し、オスとメスが誕生した直前と直後に相当する生物の性染色体領域の全貌を明らかにしました。本研究成果は2018年3月8日にCommunications Biology誌に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5786/）

Hamaji, T., Kawai-Toyooka,H., Uchimura, H., Suzuki, M., Noguchi, H., Minakuchi, Y., Toyoda, A., Fujiyama, A., Miyagishima,S., Umen, J. G. And Nozaki, H., Anisogamy evolved with a reduced sex-determining region in volvocine green algae., Communications Biology (2018) doi:10.1038/s42003-018-0019-5
［先進ゲノム支援成果公開］
バイオインフォマティクスで貪食細胞分化の詳細な仕組みを解明

「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました横浜市立大学黒滝大翼講師や田村智彦教授らの研究グループは、東北大学、東京大学、米国国立衛生研究所と共同で、感染防御やがん免疫に関わる貪食細胞の産生における遺伝子発現制御の分子メカニズムを解明しました。本研究成果は、2018年3月6日にCell Reportsに掲載され、横浜市立大学よりプレスリリースされました。

横浜市立大学：（https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/20180307Kurotaki.html）

Kurotaki D, Nakabayashi J, Nishiyama A, Sasaki H, Kawase W, Kaneko N, Ochiai K, Igarashi K, Ozato K, Suzuki Y, Tamura T, Transcription factor IRF8 governs enhancer landscape dynamics in mononuclear phagocyte progenitors, Cell Reports (2018) doi:10.1016/j.celrep.2018.02.048
［ゲノム支援成果公開］
1細胞から多種多様なRNAのふるまいを計測

理化学研究所（理研）情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニットの林哲太郎センター研究員、尾崎遼基礎科学特別研究員、二階堂愛ユニットリーダーらの研究チームは、これまで検出が難しかった多様なRNAの発現量と完全長を1細胞で計測できる「1細胞完全長トータルRNAシーケンス法『RamDA-seq』」を開発しました。本研究は、英国のオンライン科学雑誌『Nature Communications』（2月12日付け）に掲載されました。

理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2018/20180214_1/）

Tetsutaro Hayashi, Haruka Ozaki, Yohei Sasagawa, Mana Umeda, Hiroki Danno & Itoshi Nikaido, Single-cell full-length total RNA sequencing uncovers dynamics of recursive splicing and enhancer RNAs, Nature Communications (2018) doi:10.1038/s41467-018-02866-0
［先進ゲノム支援成果公開］
心不全における RNA 分解とオートファジー細胞死が果たす新しい役割を解明

「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました秋田大学大学院医学系研究科 分子機能学・代謝機能学講座の久場 敬司教授らの研究グループは、沖縄科学技術大学院大学(OIST)、医薬基盤・健康・栄養研究所、東京医科歯科大学、東京大学、新潟大学、近畿大学、産業技術総合研究所、オーストリア分子生物学研究所(IMBA)との共同研究により、細胞内のRNA分解因子である CCR4-NOT蛋白質複合体がオートファジー分子Atg7を介した細胞死を阻害することにより心機能改善効果をもたらすことを発見しました。本研究成果は2018年2月6日に米国科学雑誌「Science Signaling」のオンライン速報版に掲載され、秋田大学よりプレスリリースされました。

秋田大学：（http://www.akita-u.ac.jp/honbu/event/img/pro30655_01_dl.pdf）

Yamaguchi T, Suzuki T, Sato T, Takahashi A, Watanabe H, Kadowaki A, Natsui M, Inagaki H, Arakawa S, Nakaoka S, Koizumi Y, Seki S, Adachi S, Fukao A, Fujiwara T, Natsume T, Kimura A, Komatsu M, Shimizu S, Ito H, Suzuki Y, Penninger JM, Yamamoto T, Imai Y, Kuba K., The CCR4-NOT deadenylase complex controls Atg7-dependent cell death and heart function., Science Signaling (2018) doi:10.1126/scisignal.aan3638
［ゲノム支援成果公開］
光を利用するか、それとも避けるか？　～海洋細菌の二種類の光適応戦略の解明～

東京大学大気海洋研究所の熊谷洋平大学院生、吉澤晋准教授、木暮一啓教授、岩崎渉准教授と、同大学院総合文化研究科・新領域創成科学研究科・理学系研究科、九州大学、早稲田大学、ハワイ大学との共同研究チームは、大規模なゲノム（注2）データ解析を行い、海洋表層に生息する細菌には光からエネルギーを得る「太陽電池型」と色素で光を遮る「日傘型」の適応戦略があることを発見しました。

東京大学：（http://www.aori.u-tokyo.ac.jp/research/news/2018/20180206.html）

Yohei Kumagai, Susumu Yoshizawa, Yu Nakajima, Mai Watanabe, Tsukasa Fukunaga, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Masahiko Ikeuchi, Kazuhiro Kogure, Edward F. DeLong and Wataru Iwasaki., Solar-panel and parasol strategies shape the proteorhodopsin distribution pattern in marine Flavobacteriia., The ISME journal (2018) doi:10.1038/s41396-018-0058-4
［ゲノム支援成果公開］
見た目は植物ウイルス、でも昆虫細胞に持続感染しているウイルスの謎

「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました宇都宮大学と東京大学のグループは、カイコマキュラウイルスに感染したカイコ培養細胞におけるトランスクリプトーム解析によって、マキュラウイルスの持続感染が、宿主のsmall interfering RNA (siRNA)、およびPIWI-interacting RNA (piRNA)という2 種類の小分子RNAによって制御されていることを発見し、これら2つの経路による制御が持続感染成立のコアメカニズムの一端を担っていることを明らかにしました。本研究成果は2018年１月17日に科学雑誌「DNA Research」オンライン版に掲載されました。

東京大学：（http://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/2018/20180119-1.html）
宇都宮大学：（http://www.utsunomiya-u.ac.jp/topics/2018/01/006117.php）

Katsuma S, Kawamoto M, Shoji K, Aizawa T, Kiuchi T, Izumi N, Ogawa M, Mashiko T, Kawasaki H, Sugano S, Tomari Y, Suzuki Y, Iwanaga M., Transcriptome profiling reveals infection strategy of an insect maculavirus, DNA Research (2018) doi:10.1093/dnares/dsx056
［先進ゲノム支援成果公開］
1つの遺伝子から機能の異なるタンパク質を生じる普遍的な仕組みを解明

2016年度新学術領域研究「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました九州大学大学院農学研究院 松下智直准教授、牛島智一特任助教らの研究グループは、九州工業大学情報工学部 花田耕介准教授らの研究グループ等との共同研究により、転写開始点のコントロールが、転写や翻訳と並んで、真核生物の遺伝子発現制御における新しい普遍的なステップとして、タンパク質の種類の増加に少なからず寄与することを、世界に先駆けて示しました。その研究成果がCell誌2017年11月9日号に掲載され、プレスリリースされました。詳しくは以下の研究紹介記事をご参照ください。

九州大学：（http://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/195）

Ushijima T, Hanada K, Gotoh E, Yamori W, Kodama Y, Tanaka H, Kusano M, Fukushima A, Tokizawa M, Yamamoto YY, Tada Y, Suzuki Y, and Matsushita T , Light controls protein localization through phytochrome-mediated alternative promoter selection. , Cell (2017) doi:10.1016/j.cell.2017.10.018
［ゲノム支援成果公開］
チンパンジー親子トリオ（父親－母親－息子）の全ゲノム配列を高精度で解明

松沢哲郎 高等研究院副院長・特別教授、郷康広 自然科学研究機構新分野創成センター特任准教授、藤山秋佐夫 情報・システム研究機構国立遺伝学研究所特任教授、阿形清和 学習院大学教授らの研究グループは、霊長類研究所のチンパンジー親子3個体（父：アキラ、母：アイ、息子：アユム）の全ゲノム配列（遺伝情報の配列）を高精度で決定（解明）し、父親・母親それぞれのゲノムが子どもに受け継がれる際に起きるゲノムの変化を明らかにしました。本研究成果は、2017年11月1日に英国の科学誌「Scientific Reports」オンライン版に掲載され、プレスリリースされました。

京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171101_1.html）
自然科学研究機構：（https://www.nins.jp/site/cnsi/1010.html）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2017/11/research-highlights_ja/20171102.html）

Tatsumoto S, Go Y, Fukuta K, Noguchi H, Hayakawa T, Tomonaga M, Hirai H, Matsuzawa T, Agata K, Fujiyama A., Direct estimation of de novo mutation rates in a chimpanzee parent-offspring trio by ultra-deep whole genome sequencing., Scientific Reports (2017) doi:10.1038/s41598-017-13919-7
［班員による成果公開］
ジェネラリストとスペシャリストはどちらが有利なのか？

東京大学生物科学専攻のシラ シサワスディ特任研究員、岩崎 渉准教授らの研究グループは、61種類の環境から得られた微生物群集大量シーケンスデータの解析と、多様な微生物グループにわたる進化解析とを組み合わせた生物情報科学的手法によって、ジェネラリストはスペシャリストに比べて高い種分化率と絶滅への耐性を持ち、子孫を繁栄させる上で有利であることを明らかにしました。本研究成果は2017年10月27日にNature Communicationsに掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5611/）

Sira Sriswasdi, Ching-chia Yang, and Wataru Iwasaki., Generalist species drive microbial dispersion and evolution., Nature Communications (2017) doi:10.1038/s41467-017-01265-1
［先進ゲノム支援成果公開］
陸上植物の祖先の特徴をもつ苔類ゼニゴケの全ゲノム構造を解明

2010年度新学術領域研究「ゲノム支援」、2016年度新学術領域研究「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました京都大学の河内孝之教授らの研究グループは、豪・モナシュ大学（ジョン L. ボウマン教授）、近畿大学(大和勝幸教授)、神戸大学（石崎公庸准教授）、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所（中村保一教授）、基礎生物学研究所（上田貴志教授）、東北大学（経塚淳子教授）をはじめとする国内外39の大学・研究機関と共同で、ゼニゴケの全ゲノム構造を解明し、その研究成果がCell誌2017年10月5日号に掲載され(＊)、プレスリリースされました。詳しくは以下の研究紹介記事をご参照ください。

共同プレスリリース資料

国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2017/10/research-highlights_ja/20171006.html）
京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171006_2.html）

＊： John L. Bowman, Takayuki Kohchi, Katsuyuki T. Yamato, et al.　 Insights into Land Plant Evolution Garnered from the Marchantia polymorpha Genome, Cell (2017) doi:10.1016/j.cell.2017.09.030
［先進ゲノム支援成果公開］
ヒトiPS細胞から分化させた肺胞上皮細胞の長期培養に成功
－様々な呼吸器疾患の研究進展へ貢献－

「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました京都大学後藤慎平准教授、山本佑樹医師らの研究グループは、ヒトiPS細胞から効率よくII型肺胞上皮細胞を作製し、3ヶ月以上にわたって長期培養することに成功しました。また、鈴木穣 東京大学教授、河野隆志 国立がん研究センター研究所分野長らと共同で、ヒトiPS細胞からII型肺胞上皮細胞に分化する過程を1細胞ごとの遺伝子レベルで詳細に解析し、マウスの同じ細胞と似たようなパターンを取ることを明らかにしました。本研究成果は、2017年10月3日付けで米国の科学誌「Nature Methods」オンライン版に掲載され、東京大学、AMEDからプレスリリースされました。

京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/171003_1.html）
日本医療研究開発機構：（https://www.amed.go.jp/news/release_20171003-01.html）

Yamamoto Y, Gotoh S, Korogi Y, Seki M, Konishi S, Ikeo S, Sone N, Nagasaki T, Matsumoto H, Muro S, Ito I, Hirai T, Kohno T, Suzuki Y, Mishima M., Long-term expansion of alveolar stem cells derived from human iPS cells in organoids., Nat Methods. (2017) doi:10.1038/nmeth.4448
［ゲノム支援成果公開］
ほ乳類神経幹細胞が変化するメカニズムを明らかに
～学習記憶・認知機能改善に向け、飛躍的な医療発展に期待～

「ゲノム支援」「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました九州大学大学院医学研究院の佐野坂司特任助教・今村拓也准教授・中島欽一教授らの研究グループは、同研究院の伊藤隆司教授・三浦史仁講師らとの共同研究により、神経幹細胞の性質が変化するメカニズムを明らかにしました。本成果は、2017年9月19日に国際学術雑誌「Cell Reports」のオンライン版に掲載され、九州大学からプレスリリースされました。

九州大学：（https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/171）

Sanosaka T, Imamura T, Hamazaki N, Chai M, Igarashi K, Ideta-Otsuka M, Miura F, Ito T, Fujii N, Ikeo K, Nakashima K., DNA methylome analysis identifies transcription factor-based epigenomic signatures of multilineage competence in neural stem/progenitor cells., Cell Reports (2017) doi:10.1016/j.celrep.2017.08.086
［先進ゲノム支援成果公開］
ネギ萎凋病の抵抗性に関与する遺伝子群の特定に成功

「先進ゲノム支援」において解析支援を行いました山口大学大学院創成科学研究科の執行 正義教授と東北大学大学院生命科学研究科の佐藤 修正准教授，かずさDNA研究所ゲノム情報解析部の平川 英樹グループ長、東京大学大学院新領域創成科学研究科の鈴木 穣教授、東京農業大学の峯 洋子教授、田中 啓介研究員らのグループは、萎凋病感受性のネギと萎凋病抵抗性を有する近縁種シャロットの掛け合わせから得られた添加系統シリーズを用いて抗菌成分として知られるサポニン類の成合成経路中の遺伝子発現を網羅的に比較解析し、萎凋病抵抗性に関与する遺伝子群の特定に成功しました。この研究成果は2017年8月11日に『国際科学雑誌：PLoS ONE電子版』に掲載され、プレスリリースされました。

山口大学：（http://www.yamaguchi-u.ac.jp/weeklynews/2017/_6393.html）
共同プレスリリース：
（http://www.nodai.ac.jp/hojin/upload/9d4dfd56c1c79db899238f1490c3d758.pdf）

Abdelrahman M, El-Sayed M, Sato S, Hirakawa H, Ito SI, Tanaka K, Mine Y, Sugiyama N, Suzuki Y, Yamauchi N, Shigyo M., RNA-sequencing-based transcriptome and biochemical analyses of steroidal saponin pathway in a complete set of Allium fistulosum—A. cepa monosomic addition lines, PLoS One (2017) doi:10.1371/journal.pone.0181784
［先進ゲノム支援成果公開］
染色体の分配装置が形成される仕組みを解明

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました大阪大学大学院生命機能研究科の深川竜郎教授らの研究グループは、染色体が次世代の細胞へ伝わる際に重要なセントロメアが形成される仕組みを明らかにしました。本研究成果は、2017年7月24日（月）に米国科学誌「Developmental Cell」（オンライン）に掲載され、大阪大学よりプレスリリースされました。

大阪大学：（http://www.fbs.osaka-u.ac.jp/jpn/events/achievement/hori-fukagawa-20170725/）

Hori T, Shang WH, Hara M, Ariyoshi M, Arimura Y, Fujita R, Kurumizaka H, Fukagawa T., Association of M18BP1/KNL2 with CENP-A Nucleosome Is Essential for Centromere Formation in Non-mammalian Vertebrates., Dev Cell (2017) doi:10.1016/j.devcel.2017.06.019
［ゲノム支援成果公開］
お酒の強さに関わる 2 つの遺伝子 ADH1B と ALDH2 は
どちらも独立した痛風リスクである

「ゲノム支援」においてゲノム解析支援をおこないました防衛医科大学校崎山真幸医務官、松尾洋孝講師らのグループは、お酒の強さに関わる 2 つの遺伝子 ADH1B と ALDH2 はどちらも独立した痛風リスクであることを明らかにしました。本研究成果は、2017年5月31日にScientific Reports（サイエンティフィック・リポーツ）誌に掲載され、防衛医科大学校よりプレスリリースされました。

防衛医科大学校：（http://ndmc-ipb.browse.jp/DL/researchNDMC20170531HP.pdf）

Sakiyama M, Matsuo H, Akashi A, Shimizu S, Higashino T, Kawaguchi M, Nakayama A, Naito M, Kawai S, Nakashima H, Sakurai Y, Ichida K, Shimizu T, Ooyama H, Shinomiya N., Independent effects of ADH1B and ALDH2 common dysfunctional variants on gout risk., Scientific Reports (2017) doi:10.1038/s41598-017-02528-z
［先進ゲノム支援成果公開］
腸で鉄の吸収を調節するメカニズムの一端を解明

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました竹内理 ウイルス・再生医科学研究所教授、吉永正憲 医学研究科博士課程学生らの研究グループは、大阪大学、東京大学、兵庫医科大学と共同で、RNA分解酵素Regnase－1が鉄代謝に関連する遺伝子のmRNA（遺伝情報をタンパク質へ翻訳するために情報を伝達する核酸）を分解することで、貧血時に鉄の吸収を促進することを解明しました。本研究は、慢性炎症における鉄代謝制御機構、貧血などの鉄代謝異常による疾患の病態解明や、新たな治療法の開発に繋がることが期待されます。本研究成果は、2017年5月24日に米国科学誌 Cell Reports に掲載され、京都大学とAMED-CREST共同で以下の通りプレスリリースされました。

日本医療研究開発機構：（https://www.amed.go.jp/news/release_20170524.html）
京都大学：（http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2017/170524_1.html）

Yoshinaga, M., Nakatsuka, Y., Vandenbon, A., Ori, D., Uehata, T., Tsujimura, T., Suzuki, Y., Mino, T., Takeuchi, O. Regnase-1 Maintains Iron Homeostasis via the Degradation of Transferrin Receptor 1 and Prolyl-Hydroxylase-Domain-Containing Protein 3 mRNAs, Cell Reports（2017）DOI: 10.1016/j.celrep.2017.05.009
［ゲノム支援成果公開］
寄生植物は植物ホルモンを使い宿主を太らせる

理化学研究所（理研）環境資源科学研究センター植物免疫研究グループのトーマス・スパレック国際特別研究員、若竹崇雅特別研究員、白須賢グループディレクターらの国際共同研究グループは、寄生植物が植物ホルモンであるサイトカイニンを使って宿主植物の成長を操作し、効率のよい寄生を実現していることを発見しました。本研究成果は、米国の科学雑誌『Proceedings of the National Academy of Sciences（PNAS）』への掲載に先立ち、オンライン版に掲載され、理化学研究所からプレスリリースされました。

理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2017/20170502_2/）

Spallek, T., Melnyk, C. W., Wakatake, T., Zhang, J., Sakamoto, Y., Kiba, T., Yoshida, S., Matsunaga, S., Sakakibara, H., Shirasu, K., Inter-species hormonal control of host root morphology by parasitic plants, PNAS (2017) doi:10.1073/pnas.1619078114
［ゲノム支援成果公開］
マダガスカルの絶滅した巨大な鳥・象鳥の古代DNA解析による走鳥類進化の解明

独立行政法人国立科学博物館（館長：林 良博）は、米澤隆弘副教授（復旦大学生命科学学院／中国）、瀬川高弘助教（国立極地研究所、現・山梨大学）、森宙史助教（東京工業大学、現・国立遺伝学研究所）らのグループが、マダガスカルの絶滅した巨大な鳥、エピオルニス（象鳥）の DNA 解析により、この鳥を含めたダチョウなどの飛べない鳥のグループである走鳥類全体の進化のあらすじを解明しました。本研究成果は2016年12月16日にCurrent Biology（米国生物学雑誌 カレントバイオロジー）に掲載され、国立科学博物館よりプレスリリースされました。

国立科学博物館：（https://www.kahaku.go.jp/procedure/press/pdf/178100.pdf）

Takahiro Yonezawa, Takahiro Segawa,Hiroshi Mori,Paula F. Campos,Yuichi Hongoh,Hideki Endo,Ayumi Akiyoshi,Naoki Kohno,Shin Nishida,Jiaqi Wu,Haofei Jin,Jun Adachi,Hirohisa Kishino,Ken Kurokawa,Yoshifumi Nogi,Hideyuki Tanabe,Harutaka Mukoyama,Kunio Yoshida,Armand Rasoamiaramanana,Satoshi Yamagishi,Yoshihiro Hayashi,Akira Yoshida,Hiroko Koike,umihito Akishinonomiya,Eske Willerslev and Masami Hasegawa, Phylogenomics and Morphology of Extinct Paleognaths Reveal the Origin and Evolution of the Ratites, Current Biology (2017) doi:10.1016/j.cub.2016.10.029
［ゲノム支援成果公開］
体内時計が遺伝情報を書き換える～リズミックなRNA編集とその意義～

東京大学 大学院理学系研究科の寺嶋秀騎特任研究員と吉種光助教、深田吉孝教授らの研究グループは、体内時計がADAR2タンパク質をリズミックに作り出すことにより、特定の時刻にRNA上の遺伝情報が書き換えられているという現象を世界で初めて発見しました。本研究成果は2017年11月28日にNature Genetics（オンライン版）に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/info/5147）

Terajima H, Yoshitane H, Ozaki H, Suzuki Y, Shimba S, Kuroda S, Iwasaki W, Fukada Y., ADARB1 catalyzes circadian A-to-I editing and regulates RNA rhythm., Nat Genetics (2017) doi:10.1038/ng.3731
［ゲノム支援成果公開］
アサガオの全ゲノム解読 ―アサガオの学術研究100年目のイノベーション―

2010年から2012年まで、新学術領域研究「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました基礎生物学研究所の星野敦助教、慶應義塾大学理工学部の榊原康文教授、九州大学大学院理学研究院の仁田坂英二講師らの研究成果がNature Communications誌、2016年11月8日号に掲載され(＊)、基礎生物学研究所、慶應義塾、九州大学、国立遺伝学研究所からプレスリリースされました。詳しくは以下の関係機関の研究紹介記事をご参照ください。

基礎生物学研究所：(http://www.nibb.ac.jp/pressroom/news/2016/11/08.html)
慶應義塾大学：(https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2016/11/7/28-18726/)
九州大学：(https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/58)
国立遺伝学研究所：(https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2016/11/research-highlights_ja/20161109.html)

＊： Atsushi Hoshino, Vasanthan Jayakumar, Eiji Nitasaka, Atsushi Toyoda, Hideki Noguchi, Takehiko Itoh, Tadasu Shin-I, Yohei Minakuchi, Yuki Koda, Atsushi Nagano, Masaki Yasugi, Mie Honjo, Hiroshi Kudoh, Motoaki Seki, Asako Kamiya, Toshiyuki Shiraki, Piero Carninci, Erika Asamizu, Hiroyo Nishide, Sachiko Tanaka, Kyeung-Il Park, Yasumasa Morita, Kohei Yokoyama, Ikuo Uchiyama, Yoshikazu Tanaka, Satoshi Tabata, Kazuo Shinozaki, Yoshihide Hayashizaki, Yuji Kohara, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Asao Fujiyama, Shigeru Iida, and Yasubumi Sakakibara. Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil. Nature Communications　(2016）DOI:10.1038/NCOMMS13295
［ゲノム支援成果公開］
遺伝子が次世代へ伝わるメカニズムを解明

「ゲノム支援」において解析支援を行いました大阪大学大学院生命機能研究科の深川竜郎教授らの研究グループは、遺伝子が子孫に伝わる際に、重要な働きを担う分子装置であるセントロメアの形成メカニズムを明らかにしました。本研究成果は、英国科学誌「Nature Communications」に、11月4日）に公開され、大阪大学よりプレスリリースされました。

大阪大学：（https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2016/20161104_2）

Shang WH, Hori T, Westhorpe FG, Godek KM, Toyoda A, Misu S, Monma N, Ikeo K, Carroll CW, Takami Y, Fujiyama A, Kimura H, Straight AF, Fukagawa T., Acetylation of histone H4 lysine 5 and 12 is required for CENP-A deposition into centromeres., Nature Commun (2016) doi:10.1038/ncomms13465
［ゲノム支援成果公開］
アフリカツメガエルの複雑なゲノムを解読：
脊椎動物への進化の原動力「全ゲノム重複」の謎に迫る

新学術領域研究「ゲノム支援」では、国際プロジェクトとして進められていたアフリカツメガエルの全ゲノム配列決定を2011年に企画課題として採択し、2015年までの間、大規模な配列解析支援を行いました。この研究成果がNature誌、2016年10月20日号、第538巻に掲載され(*)、東京大学からプレスリリースが行われました。

東京大学：（https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/5056/）
国立遺伝学研究所：
（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2016/10/research-highlights_ja/20161020.html）
なお、アフリカツメガエルのゲノムブラウザは次のURLから公開されています。
（https://xenopus.nig.ac.jp/）

(*) Adam M. Session1, Yoshinobu Uno1, Taejoon Kwon1, Jarrod A. Chapman, Atsushi Toyoda, Shuji Takahashi, Akimasa Fukui, Akira Hikosaka, Atsushi Suzuki, Mariko Kondo, Simon J. van Heeringen, Ian Quigley, Sven Heinz, Hajime Ogino, Haruki Ochi, Uffe Hellsten, Jessica B. Lyons, Oleg Simakov, Nicholas Putnam, Jonathan Stites, Yoko Kuroki, Toshiaki Tanaka, Tatsuo Michiue, Minoru Watanabe, Ozren Bogdanovic, Ryan Lister, Georgios Georgiou, Sarita S. Paranjpe, Ila van Kruijsbergen, Shengquiang Shu, Joseph Carlson, Tsutomu Kinoshita, Yuko Ohta, Shuuji Mawaribuchi, Jerry Jenkins, Jane Grimwood, Jeremy Schmutz, Therese Mitros, Sahar V. Mozaffari, Yutaka Suzuki, Yoshikazu Haramoto, Takamasa S. Yamamoto, Chiyo Takagi, Rebecca Heald, Kelly Miller, Christian Haudenschild, Jacob Kitzman, Takuya Nakayama, Yumi Izutsu, Jacques Robert, Joshua Fortriede, Kevin Burns, Vaneet Lotay, Kamran Karimi, Yuuri Yasuoka, Darwin S. Dichmann, Martin F. Flajnik, Douglas W. Houston, Jay Shendure, Louis DuPasquier, Peter D. Vize, Aaron M. Zorn, Michihiko Ito, Ed Marcotte, John B. Wallingford, Yuzuru Ito, Makoto Asashima, Naoto Ueno, Yoichi Matsuda, Gert Jan C. Veenstra, Asao Fujiyama, Richard M. Harland#, Masanori Taira# & Daniel S. Rokhsar# (1:authors contributed equally. #:corresponding authors.) Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis. Nature, volume 538, pages 336–343 (20 October 2016) DOI: 10.1038/nature19840
［ゲノム支援成果公開］
ニホンザルで自閉スペクトラム症の特性を確認　自然発生例ではヒト以外で初めて

今回、郷康広特任准教授（自然科学研究機構　新分野創成センター ブレインサイエンス研究分野）らの研究グループは、磯田昌岐教授（生理学研究所）、吉田今日子医師（湯河原病院）、入來篤史シニアチームリーダー（理化学研究所 脳科学総合研究研究センター）、尾崎紀夫教授、久島周特任助教（名古屋大学大学院医学系研究科）らとの共同研究において、社会性（対他行動）に特徴があった1頭のニホンザルの行動を詳細に調べることで、このサルが自閉スペクトラム症の特性と類似した行動特徴をもつことを発見しました。本研究成果は、米国のオンライン科学雑誌『Science Advances』（9月21日付け）に掲載されました。

生理学研究所：（http://www.nips.ac.jp/nips_research/2016/10/post_152.html）
新学術「個性」創発脳：（http://www.koseisouhatsu.jp/activity/release/20161007_research/index.html）

Yoshida K, Go Y, Kushima I, Toyoda A, Fujiyama A, Imai H, Saito N, Iriki A, Ozaki N, Isoda M., Single-neuron and genetic correlates of autistic behavior in macaque., Science Advances (2016) doi:10.1126/sciadv.1600558
［ゲノム支援成果公開］
ヒト培養細胞の放射線耐性を向上させる新規タンパク質をクマムシのゲノムから発見

東京大学大学院理学系研究科の橋本拓磨特任研究員と國枝武和助教らの研究グループは、慶應義塾大学先端生命科学研究所の堀川大樹特任講師ら、国立遺伝学研究所等と共同で、クマムシの中でも高い耐性を持つヨコヅナクマムシの高精度なゲノム配列を決定し、クマムシに固有な多数の遺伝子を発見しました。これらのうちDsup (Damage suppressor) と名付けた遺伝子をヒト培養細胞に導入すると、放射線などによるDNA傷害が抑制され、放射線耐性が向上することが明らかになりました。本研究成果は2016年9月20日にNature Communicationsに掲載され、プレスリリースされました。

東京大学：（https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/5001/）
国立遺伝学研究所：（https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2016/09/research-highlights_ja/20160921.html）

Hashimoto T, Horikawa DD, Saito Y, Kuwahara H, Kozuka-Hata H, Shin-I T, Minakuchi Y, Ohishi K, Motoyama A, Aizu T, Enomoto A, Kondo K, Tanaka S, Hara Y, Koshikawa S, Sagara H, Miura T, Yokobori S, Miyagawa K, Suzuki Y, Kubo T, Oyama M, Kohara Y, Fujiyama A, Arakawa K, Katayama T, Toyoda A and Kunieda T, Extremotolerant tardigrade genome and improved radiotolerance of human cultured cells by tardigrade-unique protein, Nat Commun (2016) doi:10.1038/ncomms12808
［ゲノム支援成果公開］
イモリの網膜は再生するのにヒトの網膜はなぜ再生しないのか

国立大学法人筑波大学生命環境系 千葉親文准教授とMartin Miguel Casco-Robles外国人特別研究員（現：Keiser University）は、同 丸尾文昭助教、および宇都宮大学大学院工学研究科 外山史准教授らと共同で、アカハライモリの遺伝子改変技術を駆使して、転写因子Pax61)が成体イモリの網膜再生に必須であることを明らかにしました。本研究の成果は、英国時間の2016年9月19日（日本時間同日18時）付で英国オンライン科学誌「Scientific Reports」に公開され、筑波大学よりプレスリリースされました。

筑波大学：（http://www.tsukuba.ac.jp/wp-content/uploads/160919chiba-1.pdf）

Casco-Robles, M.M., Islam, M.R., Inami, W., Tanaka, H.V., Kunahong, A., Yasumuro, H., Hanzawa, S., Casco-Robles R.M., Toyama, F., Maruo, F. and Chiba, C., Turning the fate of reprogramming cells from retinal disorder to regeneration by Pax6 in newts., Scientific Reports (2016) doi:10.1038/srep33761
［ゲノム支援成果公開］
ノンコーディングRNAによる神経モデル細胞が増えない仕組みの発見

九州大学大学院医学研究院の今村拓也准教授、星薬科大学先端生命科学研究センターの山本直樹特任助教らの研究グループは、九州大学大学院医学研究院の中島欽一教授、京都大学大学院理学研究科の阿形清和教授との共同研究により、ほ乳類神経モデル細胞を用いて、1,000を超える遺伝子にプロモーターノンコーディングRNA（pancRNA）がペアとなって存在することを発見していましたが（2015年2月15日付けプレスリリース）、これらは、エネルギーを供給されても細胞が増殖せずに安定的に維持されるメカニズムに必須であることを今回新たに発見しました。本研究成果は、2016年3月4日（金）午前7時5分（英国時間）に、英国科学雑誌『Nucleic Acids Research』のオンライン版で掲載され、九州大学よりプレスリリースされました。

九州大学：（https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/3）

Naoki Yamamoto, Kiyokazu Agata, Kinichi Nakashima, Takuya Imamura, Bidirectional promoters link cAMP signaling with irreversible differentiation through promoter-associated non-coding RNA (pancRNA) expression in PC12 cells, Nucleic Acids Research (2016) doi:10.1093/nar/gkw113
［ゲノム支援成果公開］
お酒に弱い遺伝子を持つ人は痛風リスクが低い

「ゲノム支援」において解析支援を行いました防衛医科大学校の松尾洋孝講師、崎山真幸医官らの研究グループは、2 型アルデヒド脱水素酵素（ALDH2）遺伝子が痛風の発症に関わっていることを発見しました。この成果は、2016 年 5 月 16 日にネイチャー・パブリッシング・グループの総合科学雑誌「Scientific Reports誌」に掲載され、防衛医科大学校よりプレスリリースされました。

防衛医科大学校：（http://ndmc-ipb.browse.jp/DL/pressreleaseNDMC20160516HP.pdf）

Sakiyama M, Matsuo H, Nakaoka H, Yamamoto K, Nakayama A, Nakamura T, Kawai S, Okada R, Ooyama H, Shimizu T, Shinomiya N., Identification of rs671, a common variant of ALDH2, as a goutsusceptibility locus., Sci Rep (2016) doi:10.1038/srep25360
［ゲノム支援成果公開］
ゲノム解読で初めて明らかになった多細胞生物のはじまり
－ヒトではがんを抑制する「多細胞化の原因遺伝子」－

「ゲノム支援」において解析支援を行いました東京大学 大学院理学系研究科 生物科学専攻の野崎久義准教授らと国立遺伝学研究所、アリゾナ大学、カンザス州立大学等の国際研究グループは、原始的な多細胞生物である緑藻の群体性ボルボックス目に含まれ、細胞の役割分担がきまっていないゴニウム（学名 Gonium pectorale）の全ゲノム解読を実施しました。その結果、多細胞化の初期段階の鍵となる遺伝子群を発見しました。本研究成果は2016年4月22日に「Nature Communications」誌に掲載され、東京大学よりプレスリリース されました。

東京大学：（http://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2016/4667/）

Hanschen, E. R., Marriage, T. N., Ferris, P. J., Hamaji, T., Toyoda, A., Fujiyama, A., Neme, R., Noguchi, H., Minakuchi, Y., Suzuki, M., Kawai-Toyooka, H., Smith, D. R., Sparks, H., Anderson, J., Bakarić, R., Luria, V., Karger, A., Kirschner, M., Durand, P. M., Michod, R. E., Nozaki, H. and Olson, B. J. S. C., The Gonium pectorale genome demonstrates cooption of cell cycle regulation during the evolution of multicellularity., Nature Communications (2016) doi:10.1038/ncomms11370
［ゲノム支援成果公開］
植物Y染色体遺伝子地図を作成

理化学研究所（理研）仁科加速器研究センター生物照射チームの阿部知子チームリーダー、風間裕介協力研究員、石井公太郎特別研究員と、東京大学大学院新領域創成科学研究科の河野重行教授らの共同研究グループは、重イオンビームで作り出した変異体と独自に開発したプログラムを用いて、ゲノム配列決定[2]が難しい植物Y染色体の遺伝子地図の作成に成功しました。本研究成果は英国のオンライン科学雑誌『Scientific Reports』（1月8日付け）に掲載され、理化学研究所よりプレスリリースされました。

理化学研究所：（http://www.riken.jp/pr/press/2016/20160108_5/）

Yusuke Kazama, Kotaro Ishii, Wataru Aonuma, Tokihiro Ikeda, Hiroki Kawamoto, Ayako Koizumi, Dmitry A Filatov, Margarita Chibalina, Roberta Bergero, Deborah Charlesworth, Tomoko Abe, Shigeyuki Kawano, A new physical mapping approach refines the sex-determining gene positions on the /Silene latifolia/ Y-chromosome, Scientific Reports (2016) doi:10.1038/srep18917

支援による成果論文一覧

支援による成果を含む論文として支援依頼者から報告があった論文を発表の新しい順に並べました。成果論文には「先進ゲノム支援」の課題番号を謝辞に入れることをお願いしていますが、現状は以下も含めています。
＊：旧「ゲノム支援」の支援成果も含まれており、そちらの課題番号のみが記載されたもの、あるいは課題番号の記載はないが、支援成果が含まれているもの

  1. Hideo Matsumura, Min-Chien Hsiao, Ya-Ping Lin, Atsushi Toyoda, Naoki Taniai4 Kazuhiko Tarora, Naoya Urasaki, Shashi S. Anand, Narinder P. S. Dhillon, Roland Schafleitner, Cheng-Ruei Lee, Long-read bitter gourd (Momordica charantia) genome and the genomic architecture of non-classic domestication, Proceedings of the National Academy of Science USA (2020) doi:10.1073/pnas.1921016117
    ■プレスリリース
    http://www.shinshu-u.ac.jp/faculty/textiles//news/2020/06/146755.html
  2. Kuriki M, Sato F, Arai H, Sogabe M, Kaneko M, Kiyonari H, Kawakami K, Yoshimoto Y, Shukunami C, and Sehara-Fujisawa A., Transient and lineage-restricted requirement of Ebf3 for sternum ossification, Development (2020) doi:10.1242/dev.186239 ＊
  3. Ziwei Yina, Maki Kobayashi, Wenjun Hu, Koichi Higashi, Nasim A. Begum, Ken Kurokawa and Tasuku Honjo, RNA-binding motifs of hnRNP K are critical for induction of antibody diversification by activation-induced cytidine deaminase, PNAS USA (2020) doi:10.1073/pnas.1921115117
  4. Kon T, Omori Y#, Fukuta K, Wada H, Watanabe M, Chen Z, Iwasaki M, Mishina T, Matsuzaki SS, Yoshihara D, Arakawa J, Kawakami K, Toyoda A, Burgess SM, Noguchi H, Furukawa T, The genetic basis of morphological diversity in domesticated goldfish, Current Biology (2020) doi:10.1016/j.cub.2020.04.034
  5. Misuzu Kurihara, Kagayaki Kato, Chiaki Sanbo, Yasuyuki Ohkawa, Takeshi Fuchigami, Yusuke Miyanari, Genomic Profiling by ALaP-Seq Reveals Transcriptional Regulation by PML Bodies through DNMT3A Exclusion, Molecular Cell (2020) doi:10.1016/j.molcel.2020.04.004
    ■プレスリリース
    https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/achievements/achievements-11241/
  6. Yamada T., Imamachi N., Imamura K., Taniue K., Kawamura T., Suzuki Y., Nagahama M., Akimitsu N., Systematic Analysis of Targets of Pumilio-mediated mRNA Decay Reveals that PUM1 Repression by DNA Damage Activates Translesion Synthesis, Cell Reports (2020) doi:10.1016/j.celrep.2020.107542
  7. Kaito C, Yoshikai H, Wakamatsu A, Miyashita A, Matsumoto Y, Fujiyuki T, Kato M, Ogura Y, Hayashi T, Isogai T, Sekimizu K, Non-pathogenic Escherichia coli acquires virulence by mutating a growth-essential LPS transporter, PLOS Pathogens (2020) doi:10.1371/journal.ppat.1008469
    ■プレスリリース
    https://www.okayama-u.ac.jp/tp/release/release_id711.html
  8. Hori Tetsuya, Fukagawa Tatsuo, Artificial generation of centromeres and kinetochores to understand their structure and function, Experimental Cell Research (2020) doi:10.1016/j.yexcr.2020.111898
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班員による支援技術高度化のための成果論文

  1. Vasanthan Jayakumar, Hiromi Ishii, Misato Seki, Wakako Kumita, Takashi Inoue, Sumitaka Hase, Kengo Sato, Hideyuki Okano, Erika Sasaki, Yasubumi Sakakibara, An improved de novo genome assembly of the common marmoset genome yields improved contiguity and increased mapping rates of sequence data, BMC Genomics (2020) doi: 10.1186/s12864-020-6657-2
  2. Yiqian Zhang and Michiaki Hamada, MoAIMS: Efficient Software for Detection of Enriched Regions of MeRIP-Seq, BMC Bioinformatics (2020) doi: 10.1186/s12859-020-3430-0
  3. Ishimaru K, Sasaki M, Narimatsu H, Arimizu Y, Gotoh Y, Nakamura K, Hayashi T, Ogura Y., Escherichia coli O8:H8 Carrying a Novel Variant of the Heat-Labile Enterotoxin LT2 Gene Caused Outbreaks of Diarrhea, Open Forum Infect Dis. (2020) doi: 10.1093/ofid/ofaa021
  4. Keiji Nakamura, Kazunori Murase, Mitsuhiko P. Sato, Atsushi Toyoda, Takehiko Itoh, Jacques Georges Mainil, Denis Pierard, Shuji Yoshino, Keiko Kimata, Junko Isobe, Kazuko Seto, Yoshiki Etoh, Hiroshi Narimatsu, Shioko Saito, Jun Yatsuyanagi, Kenichi Lee, Sunao Iyoda, Makoto Ohnishi, Tadasuke Ooka, Yasuhiro Gotoh, Yoshitoshi Ogura and Tetsuya Hayashi. , Differential dynamics and impacts of prophages and plasmids on the pangenome and virulence factor repertoires of Shiga toxin-producing Escherichia coli O145:H28, Microb Genom. (2020) doi: 10.1099/mgen.0.000323
  5. Ayako Suzuki, Keiichi Onodera, Ken Matsui, Masahide Seki, Hiroyasu Esumi, Tomoyoshi Soga, Sumio Sugano, Takashi Kohno, Yutaka Suzuki, Katsuya Tsuchihara, Characterization of cancer omics and drug perturbations in panels of lung cancer cells, Scientific Reports (2019) doi: 10.1038/s41598-019-55692-9
  6. Kasama K, Fujita H, Yamamoto S, Ooka T, Gotoh Y, Ogura Y, Ando S, Hayashi T., Genomic Features of Rickettsia heilongjiangensis Revealed by Intraspecies Comparison and Detailed Comparison With Rickettsia japonica, Front. Microbiol. (2019) doi: 10.3389/fmicb.2019.02787
  7. Fujita Y, Matsuda S, Sasaki Y, Masugi Y, Kitago M, Yagi H, Abe Y, Shinoda M, Tokino T, Sakamoto M, Kitagawa Y., Pathogenesis of multiple pancreatic cancers involves multicentric carcinogenesis and intra pancreatic metastasis, Cancer Science (2020) doi: 10.1111/cas.14268
  8. Ooka T, Seto K, Ogura Y, Nakamura K, Iguchi A, Gotoh Y, Honda M, Etoh Y, Ikeda T, Sugitani W, Konno T, Kawano K, Imuta N, Yoshiie K, Hara-Kudo Y, Murakami K, Hayashi T, Nishi J., O-antigen biosynthesis gene clusters of Escherichia albertii: their diversity and similarity to Escherichia coli gene clusters and the development of an O-genotyping method, Microb Genom. (2019) doi: 10.1099/mgen.0.000314
  9. Yokoyama, T. T. & Kasahara, M., Visualization tools for human structural variations identified by whole-genome sequencing, Journal of Human Genetics (2020) doi: 10.1038/s10038-019-0687-0
  10. Andrew Maltez Thomas, Paolo Manghi, Francesco Asnicar, Edoardo Pasolli, Federica Armanini, Moreno Zolfo, Francesco Beghini, Serena Manara, Nicolai Karcher, Chiara Pozzi, Sara Gandini, Davide Serrano, Sonia Tarallo, Antonio Francavilla, Gaetano Gallo, Mario Trompetto, Giulio Ferrero, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Tatsuhiro Shibata, Shinichi Yachida, Takuji Yamada, Jakob Wirbel, Petra Schrotz-King, Cornelia M Ulrich, Hermann Brenner, Manimozhiyan Arumugam, Peer Bork, Georg Zeller, Francesca Cordero, Emmanuel Dias-Neto, Joao Carlos Setubal, Adrian Tett, Barbara Pardini, Maria Rescigno, Levi Waldron, Alessio Naccarati, Nicola Segata, Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation, Nature Madicine (2019) doi: 10.1038/s41591-019-0663-4
  11. Liu Xu, Masahide Seki, Recent advances in the detection of base modifications using the Nanopore sequencer, Journal of Human Genetics (2020) doi: 10.1038/s10038-019-0679-0
  12. Vahed M, Ishihara JI, Takahashi H, DIpartite: A tool for detecting bipartite motifs by considering base interdependencies, PLoS One (2019) doi: doi:10.1371/journal.pone.0220207
  13. Suzuki Y, Nishijima S, Furuta Y, Yoshimura J, Suda W, Oshima K, Hattori M, Morishita S., Long-read metagenomic exploration of extrachromosomal mobile genetic elements in the human gut, Microbiome. (2019) doi: 10.1186/s40168-019-0737-z
  14. Arimizu Y, Kirino Y, Sato MP, Uno K, Sato T, Gotoh Y, Auvray F, Brugere H, Oswald E, Mainil JG, Anklam KS, Dopfer D, Yoshino S, Ooka T, Tanizawa Y, Nakamura Y, Iguchi A, Morita-Ishihara T, Ohnishi M, Akashi K, Hayashi T, Ogura Y, Large-scale genome analysis of bovine commensal Escherichia coli reveals that bovine-adapted E. coli lineages are serving as evolutionary sources of the emergence of human intestinal pathogenic strains, Genome Res. (2019) doi: 10.1101/gr.249268.119
  15. Motomu Matsui and Wataru Iwasaki, Graph splitting: A graph-based approach for superfamily-scale phylogenetic tree reconstruction, Systematic Biology (2019) doi: 10.1093/sysbio/syz049
  16. Sato MP, Ogura Y, Nakamura K, Nishida R, Gotoh Y, Hayashi M, Hisatsune J, Sugai M, Takehiko I, Hayashi T., Comparison of the sequencing bias of currently available library preparation kits for Illumina sequencing of bacterial genomes and metagenomes, DNA Res. (2019) doi: 10.1093/dnares/dsz017
  17. Ishiura H, Shibata S, Yoshimura J, Suzuki Y, Qu W, Doi K, Almansour MA, Kikuchi JK, Taira M, Mitsui J, Takahashi Y, Ichikawa Y, Mano T, Iwata A, Harigaya Y, Matsukawa MK, Matsukawa T, Tanaka M, Shirota Y, Ohtomo R, Kowa H, Date H, Mitsue A, Hatsuta H, Morimoto S, Murayama S, Shiio Y, Saito Y, Mitsutake A, Kawai M, Sasaki T, Sugiyama Y, Hamada M, Ohtomo G, Terao Y, Nakazato Y, Takeda A, Sakiyama Y, Umeda-Kameyama Y, Shinmi J, Ogata K, Kohno Y, Lim SY, Tan AH, Shimizu J, Goto J, Nishino I, Toda T, Morishita S, Tsuji S., Noncoding CGG repeat expansions in neuronal intranuclear inclusion disease, oculopharyngodistal myopathy and an overlapping disease, Nat Genet. (2019) doi: 10.1038/s41588-019-0458-z
  18. Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada, LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data, Frontiers in Genetics (2019) doi: 10.3389/fgene.2019.00462
  19. Sohta A Ishikawa, Anna Zhukova, Wataru Iwasaki, and Olivier Gascuel., A fast likelihood method to reconstruct and visualize ancestral scenarios, Molecular Biology and Evolution (2019) doi: 10.1093/molbev/msz131
  20. Yoshimura J, Ichikawa K, Shoura MJ, Artiles KL, Gabdank I, Wahba L, Smith CL, Edgley ML, Rougvie AE, Fire AZ, Morishita S, Schwarz EM., Recompleting the Caenorhabditis elegans genome, Genome Res. (2019) doi: 10.1101/gr.244830.118
  21. Yoshimura D, Kajitani R, Gotoh Y, Katahira K, Okuno M, Ogura Y, Hayashi T, Itoh T, Evaluation of SNP calling methods for closely related bacterial isolates and a novel high-accuracy pipeline: BactSNP, Microbial genomics (2019) doi: 10.1099/mgen.0.000261
  22. Sawada O, Gotoh Y, Taniguchi T, Furukawa S, Yoshimura D, Sasaki S, Shida H, Kusunoki Y, Yamamura T, Furuya K, Itoh T, Horita T, Hayashi T, Misawa N., Genome Sequencing Verifies Relapsed Infection of Helicobacter cinaedi, Open Forum Infect Dis. (2019) doi: 10.1093/ofid/ofz200
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  24. 山﨑千里, 大橋範子, 小門穂, 加藤和人, ゲノム研究関連指針改正に関するアンケート結果報告 – 指針改正に現場の声を届けるために –, 医療・生命と倫理・社会 (2019)
  25. Y Darzi, Y Yamate, T Yamada, FuncTree2: an interactive radial tree for functional hierarchies and omics data visualization, Bioinformatics. (2019) doi: 10.1093/bioinformatics/btz245
  26. Rei Kajitani, Dai Yoshimura, Miki Okuno, Yohei Minakuchi, Hiroshi Kagoshima, Asao Fujiyama, Kaoru Kubokawa, Yuji Kohara, Atsushi Toyoda & Takehiko Itoh, Platanus-allee is a de novo haplotype assembler enabling a comprehensive access to divergent heterozygous regions., Nature Communications, volume 10 (2019) doi: 10.1038/s41467-019-09575-2
  27. Jakob Wirbel, Paul Theodor Pyl, Ece Kartal, Konrad Zych, Alireza Kashani, Alessio Milanese, Jonas S Fleck, Anita Y Voigt, Albert Palleja, Ruby Ponnudurai, Shinichi Sunagawa, Luis Pedro Coelho, Petra Schrotz-King, Emily Vogtmann, Nina Habermann, Emma Niméus, Andrew M Thomas, Paolo Manghi, Sara Gandini, Davide Serrano, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Tatsuhiro Shibata, Shinichi Yachida, Takuji Yamada, Levi Waldron, Alessio Naccarati, Nicola Segata, Rashmi Sinha, Cornelia M Ulrich, Hermann Brenner, Manimozhiyan Arumugam, Peer Bork, Georg Zeller, Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer, Nature medicine. (2019) doi: 10.1038/s41591-019-0406-6
  28. Andrew Maltez Thomas, Paolo Manghi, Francesco Asnicar, Edoardo Pasolli, Federica Armanini, Moreno Zolfo, Francesco Beghini, Serena Manara, Nicolai Karcher, Chiara Pozzi, Sara Gandini, Davide Serrano, Sonia Tarallo, Antonio Francavilla, Gaetano Gallo, Mario Trompetto, Giulio Ferrero, Sayaka Mizutani, Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Tatsuhiro Shibata, Shinichi Yachida, Takuji Yamada, Jakob Wirbel, Petra Schrotz-King, Cornelia M Ulrich, Hermann Brenner, Manimozhiyan Arumugam, Peer Bork, Georg Zeller, Francesca Cordero, Emmanuel Dias-Neto, João Carlos Setubal, Adrian Tett, Barbara Pardini, Maria Rescigno, Levi Waldron, Alessio Naccarati, Nicola Segata, Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation, Nature medicine. (2019) doi: 10.1038/s41591-019-0405-7
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