成果発表について
成果発表と成果論文の登録について(支援依頼者のかたへ)
成果報告
- 支援結果を含む論文等の成果を発表された場合は、トップページの「支援依頼者マイページ」よりログインいただき、論文の登録をお願いします。
doiを入れるだけで論文情報を簡単に入力できます。 - 2016~2021年度の「先進ゲノム支援(第1期)」の支援成果も、同じくトップページの「支援依頼者マイページ」よりログインいただきご登録ください。「先進ゲノム支援(第1期)」で用いられたIDとパスワードは、2022年度以降の「第2期」も継続して使用できます。
- 先進ゲノム支援では、支援を活用して得られた成果を文部科学省に毎年報告する義務があります。
支援依頼者には、支援を受けた課題についての成果報告書の提出を、支援終了後も毎年2回お願いしています。
ご協力をお願い致します。
論文発表について
- 支援成果は速やかに論文として発表をお願いします。
- 論文投稿に際しては、事前に必ず支援担当者にご連絡をお願いします。
- 論文には、「先進ゲノム支援」の支援を受けている事を必ず記載して下さい。
Acknowledgementsあるいはfundingに以下のように記載下さい。This work was supported by JSPS KAKENHI Grant Number JP22H04925 (PAGS).スペースに余裕がない場合は、JP+課題番号「JP22H04925(PAGS) 」を記載して下さい。
「(PAGS)」の記載もお願いします。 - 旧「ゲノム支援」、第一期「先進ゲノム支援」の成果
過去の支援事業における成果を発表される際は、以下のそれぞれの課題番号の記載をして下さい。
記載する場合は「JP」を先頭につけ、「JPXXXXXXXX」という形での記載が必要です。
プロジェクト期間終了後も、成果論文への課題番号の記載は必須です。旧「ゲノム支援」・・・ 221S0002
第1期「先進ゲノム支援」(2016~2021)・・・ 16H06279 (PAGS)
第2期「先進ゲノム支援」(現支援2022~)・・・ 22H04925 (PAGS)また、旧「ゲノム支援」や第1期「先進ゲノム支援」との複数の支援を受け区別が難しい場合は、論文には旧「ゲノム支援」の221S0002、第1期「先進ゲノム支援」の16H06279(PAGS)との併記をお願いします。
- (補足事項)支援担当者の記載について
・支援担当者の関与の度合いにより、「共著者とする共同研究の形」や「謝辞に記載する形」等、支援担当者と協議(必要に応じ事務局も交えて)の上、適切な対応をお願いします。
・高度かつチャレンジングな課題については、申請者との協働作業が必須ですので、基本的に支援担当者との共同研究として進めたいと考えます。
・本支援活動では情報解析人材育成が特に重要視されています。また情報解析は多大な手間がかかりますので、情報解析支援メンバーによる支援は共同研究の形でお願いします。
プレスリリースについて
- プレスリリース資料に「先進ゲノム支援」の支援を受けた事を記載して下さい。
プレスリリース資料には、科研費や他の助成等と同様に「先進ゲノム支援(PAGS)による支援を受けた」旨の記載をお願いしています。 - プレスリリースの際には事務局までご連絡ください。
先進ゲノム支援HPのほうでも告知掲載させて頂きますので、上記の「支援依頼者マイページ」から論文登録される際にプレスリリース情報の入力も併せてお願いします。
URLを事務局までご連絡いただいてもかまいません。
ロゴデータのダウンロード
「先進ゲノム支援」の支援を受けた研究成果を学会、Web等で発表される際には、こちらのロゴマークをダウンロードしてお使いください。

先進ゲノム支援(PAGS)ロゴ圧縮データ(zip:300KB)
プレスリリース一覧
「ゲノム支援」、第1期「先進ゲノム支援」の支援成果
~糸状菌の共生と寄生、対照的な戦略を分かつ分子機構の発見~
東京大学 大学院総合文化研究科の晝間 敬 准教授と、同 大学院新領域創成科学研究科の岩崎 渉 教授、同 大学院農学生命研究科の田野井 慶太朗 教授、大森 良弘 准教授、北海道大学 大学院理学研究院の南 篤志 准教授、理化学研究所 環境資源科学研究センターの岡本 昌憲 チームリーダー、薬用植物資源研究センターの佐藤 豊三 客員研究員、奈良先端科学技術大学院大学の西條 雄介 教授らによる研究グループは、植物に定着する内生糸状菌(カビ)が持つ1つの菌二次代謝物生合成遺伝子クラスターが共生から寄生への多彩かつ連続的な菌の感染戦略を支えていることを明らかにしました。
今後、本遺伝子クラスターの制御機構をさらに突き詰め、クラスターの活性化を制御する技術を開発することで、寄生菌の悪い行動だけを抑えつつ、共生菌の効用を最適化する技術の開発にもつながっていくことが期待されます。
本研究成果は、2023年9月6日(英国夏時間)に英国科学誌「Nature Communications」に掲載されました。
プレスリリース:https://www.jst.go.jp/pr/announce/20230906/index.html
doi: 10.1038/s41467-023-40867-w
~新たな発見から白血病メカニズム解明へ~
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所 (大阪府茨木市、理事長:中村祐輔) 創薬デザイン研究センター・細胞核輸送ダイナミクスプロジェクト・岡正啓プロジェクトリーダーらの研究グループは、急性白血病細胞で見られるヌクレオポリン融合遺伝子産物が形成する核内の相分離構造体の新しい機能を明らかにしました。本研究は今後さらなる白血病メカニズムの解明や創薬へ繋がる成果であると期待されます。なお、本研究は、九州大学生体防御医学研究所・大川恭行教授グループ、東京大学定量生命科学研究所・中戸隆一郎准教授グループなどと共同で行われました。
本研究成果は2023年7月29日に『Cell Reports』に発表されました。
プレスリリース:
https://www.nibiohn.go.jp/information/nibio/files/1013f78a174323b04a174eaf799ee85d058a0eea.pdf
——胎子精巣内に眠る卵巣前駆細胞の発見——
東京大学大学院農学生命科学研究科獣医解剖学研究室の金井克晃教授率いる研究チームは、AMH-treck トランスジェニック(Tg)マウス系統を用いて、胎子精巣からセルトリ細胞をジフテリア毒素により実験的に除去することで、精巣上皮から顆粒層細胞を含む卵巣皮質が形成され、精巣間質では卵巣特有の内莢膜細胞が出現することを発見した。この精巣から卵巣への性転換は、セルトリ細胞から分泌されるパラクライン因子の供給停止によるものである。今までは、未分化な性腺の雌雄共通の前駆細胞から、オス型のセルトリ細胞、メス型の顆粒層細胞(ステロイドホルモン産生細胞は、オス型のライディッヒ細胞とメス型の内莢膜細胞)が分化し、精巣・卵巣へと発達すると考えられていた。本成果により、オス・メスで別々の前駆細胞から精巣・卵巣が発達し、セルトリ細胞由来のFGF9がメスの卵巣前駆細胞の出現を抑制していることも新たに判明した。胎子期の精巣で卵巣前駆細胞が維持されている事実は、マウスだけでなく、ヒトや家畜の性分化異常症での卵巣前駆細胞の性的2型の破綻の一原因として考えられ、ほ乳類の生殖腺の機能障害の病因の深い理解に貢献する。
本成果は2023年7月17日にDevelopment誌に掲載されました。
プレスリリース:https://release.nikkei.co.jp/attach/658550/02_202307041438.pdf
東海国立大学機構 岐阜大学応用生物科学部山根京子准教授および学部四年生山本祥平氏(研究当時)、東京工業大学生命理工学院伊藤武彦教授および田中裕之研究員、学部四年生堀立樹氏(研究当時)、情報・システム研究機構国立遺伝学研究所豊田敦特任教授、東京都立大学矢野健太郎教授の研究グループは、世界に先駆けてワサビのハプロタイプレベルでの高精度な全染色体参照ゲノム解読に成功しました。
今回明らかとなったゲノム配列は、遺伝や進化などの基礎研究、品種改良など農業分野、さらには在来や野生ワサビの保全のための情報整備など、多くの分野での活用が期待されます。
本研究成果は、日本時間2023年7月11日にNature姉妹誌Scientific Dataのオンライン版で発表されました。
プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20230711.pdf
ヒトのゲノムは、主に「ユークロマチン」「ヘテロクロマチン」の2つの領域に分類できるとされています。これまで長い間、頻繁に遺伝情報の読み出しが行われるユークロマチンは「ほどけて」いる一方、遺伝情報の読み出しが抑えられているヘテロクロマチンは凝縮して「塊」を形成している、と考えられてきました。
今回、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 ゲノムダイナミクス研究室の前島一博 教授、飯田史織 総研大生(学振特別研究員 DC2)、島添將誠 総研大生、田村佐知子 テクニカルスタッフ、井手聖 助教は、Trends in Cell Biology誌に、この定説を覆すOpinion Paperを発表しました。この論文では、最近報告された超解像クロマチンイメージング、クロマチンのアクセシビリティをDNA消化酵素に対する感受性でゲノムワイドに調べた解析、さらには、密度勾配遠心法を用いたヌクレオソーム密度のゲノムワイドな解析をもとに、高等真核細胞ではユークロマチンも直径100-300 nm程度の凝縮した「塊 (ドメイン)」を形成していること、凝縮したドメインがクロマチンの基本構造であることを提唱しています。さらに、凝縮したドメインが存在することによって実現する転写制御のモデルや、分裂期染色体でのドメインの役割についても議論しています。本論文は2023年6月27日にTrends in Cell Biology誌に掲載されました。
プレスリリース:https://www.eurekalert.org/news-releases/993484
~緑藻ボルボックスの非モデル種の全ゲノム解析で解明~
日本女子大学の山本荷葉子学術研究員(兼学振特別研究員)ら及び国立環境研究所の松﨑令高度技能専門員らは、国立遺伝学研究所、東京大学、コンケン大学、カラシーン大学の研究者との共同研究により、バイセクシュアル種への進化を探るためにタイ国産株のボルボックス・アフリカヌスの全ゲノム解析に取り組みました。
これまでボルボックスでは、雌雄が遺伝的に異なる雌雄異株種からバイセクシュアル種に進化するためには、メスの性染色体にオス特異的遺伝子が取り込まれることが必要と考えられており、性染色体は雌雄で異なっていて、各々メスまたはオスに特異的な遺伝子を保有するものと解釈されていました。しかし、タイ国産株のバイセクシュアル種では、メスの性染色体に相当する部分が全て欠落している一方で、オスの性染色体に相当する部分がほとんどそのまま残存していました。このことは、性染色体にはメスとオスを区別する以外の未解明の機能が存在することを示唆し、今後の研究が期待されます。
本研究成果は国際科学雑誌「iScience」に2023年6月16日に掲載されました。
プレスリリース:
https://www.nies.go.jp/whatsnew/2023/20230622/20230622-2.html
―がんや自閉症などの遺伝性疾患とゲノム進化のメカニズム解明へ―
大阪大学大学院理学研究科 中川拓郎准教授らの研究グループは、九州大学大学院医学研究院 林哲也教授、久留米大学医学部 小椋義俊教授、千葉大学真菌医学研究センター 高橋弘喜准教授との共同研究により、真核生物に広く存在するSrr1とアルギニンメチル化酵素Skb1が、染色体異常を誘発することを世界で初めて明らかにしました。
セントロメア領域での染色体異常は、がん細胞などで高頻度に観察されます。しかし、その詳細な分子メカニズムについては解明されていませんでした。今回、中川准教授らの研究グループは、分裂酵母に突然変異を導入し、染色体異常の発生頻度が減少した変異株を単離し、その株の変異部位を次世代シーケンスで特定することにより、Srr1とSkb1遺伝子がセントロメア領域での染色体異常を誘発することを明らかにしました。本研究成果より、染色体異常が原因で起きる遺伝性疾患やゲノム進化のメカニズム解明が進むことが期待されます。
本研究成果は、英国科学誌「Communications Biology」に、2023年(金)5月26日18時(日本時間)に公開されました。
プレスリリース:
https://www.sci.osaka-u.ac.jp/ja/topics/12169/
https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2023/20230526_1
~⾁腫の融合遺伝⼦とその標的分⼦の機能を明らかにする~
東京医科⼤学医学総合研究所未来医療研究センター実験病理学部⾨の中村卓郎特任教授らが、胞巣状軟部⾁腫(alveolar soft part sarcoma, ASPS)の原因融合遺伝⼦ ASPSCR1::TFE3(AT3)の機能とその標的遺伝⼦を明らかにし、ASPS の⾎管形成を誘導する仕組みを解明しました。
ASPS は希少がんである軟部⾁腫の⼀つで、AYA 世代(思春期・若年成⼈)に好発します。腫瘍の増殖は緩やかですが、⾎管形成が盛んなことから全⾝に転移する傾向が強く、予後不良な疾患です。ASPS の原因融合遺伝⼦ AT3 が⾎管形成をはじめとする腫瘍の形質をコントロールしていることが⽰唆されていました。本研究グループは 2017 年に ASPSのマウスモデルを確⽴して研究を進めていましたが、今回 AT3 蛋⽩質が⾎管形成を促進する遺伝⼦のスーパーエンハンサーに結合することを発⾒し、エピゲノム編集技術を⽤いて標的遺伝⼦を同定しました。標的遺伝⼦には⾎管形成因⼦⾃体と、それらを運ぶ細胞内輸送促進因⼦が含まれ、ASPS における独特な⾎管構造の原因となっていることがわかりました。今後、輸送促進因⼦機能を抑える全く新しい治療⽅法の開発にもつながる成果と期待されます。この研究成果は、2023年4⽉7⽇(⽶国時間)の Nature Communications 誌(オンライン版)に掲載されました。
プレスリリース:
https://www.jfcr.or.jp/up_pdf/20230412131459_1.pdf
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 野崎慎 大学院生 (現 ハーバード大研究員)、井手聖助教、前島一博教授のグループ、東光一助教、黒川顕教授のグループは、理化学研究所 新海創也 上級研究員、大浪修一チームリーダーと共同で、生きた細胞内をナノメートルレベルで可視化できる超解像蛍光顕微鏡を用い、細胞の中での DNA の動きを観察・解析し、ユークロマチンの挙動を詳細に調べました。
その結果、ユークロマチンにおいても、DNA が不規則に凝縮した「塊」を形成し、そのなかで DNA が揺らいでいることを発見しました。このことは、ユークロマチンにおいては DNA がほどけている、という従来の定説を覆す発見で、不規則に凝縮した「塊」が、生きた細胞内におけるユークロマチンの基本構造であることがわかりました。また、ユークロマチンにおける DNA の塊は、放射線などによる DNA の損傷への耐性にも貢献すると考えられます。
本研究の結果によって、生命の設計図である DNA の遺伝情報がどのように維持され、どのように読み出されるのかについての理解が進むとともに、遺伝情報の保護、読み出し方の変化によって起きるさまざまな細胞の異常や関連疾患の理解につながることが期待されます。
本研究成果は、国際科学雑誌「Science Advances」に2023年4月6日(日本時間)に掲載されました。
プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2023/04/research-highlights_ja/pr20230406.html
Condensed but liquid-like domain organization of active chromatin regions in living human cells
Science Advances (2023) 9, eadf1488 DOI:10.1126/sciadv.adf1488
―S-アデノシルメチオニン量の調節を介したしくみの解明―
NNMT はがんに起因する肝臓の異常において重要な分子で、脂肪肝などとの関わりも指摘されています。しかし NNMT が肝臓の代謝をどのように調節しているのかについてはよくわかっていませんでした。
東北大学 加齢医学研究所 生体情報解析分野 河岡慎平准教授 (兼務:京都大学医生物学研究所 臓器連関研究チーム 特定准教授) の研究チームは、NNMTによる S-アデノシルメチオニン注 2 の制御が間接的に脂質代謝に影響することを発見しました。
NNMT は脂肪肝などとの関わりも指摘されており、本研究が NNMT という重要な分子の作用機序を理解する重要な基盤となることが期待されます。 本研究成果は 2023年4月4日に日本生化学会英文誌 The Journal of Biochemistry に掲載されました。
プレスリリース:https://www.idac.tohoku.ac.jp/site_ja/wp-content/uploads/2023/04/press230420-2_kawaoka.pdf
大阪大学大学院医学系研究科の石井秀始 特任教授(常勤)、原知明 特任助教(常勤)(疾患データサイエンス学)と江口英利 教授、土岐祐一郎 教授(消化器外科学)らの研究グループは、現在国内外で利用可能な大腸がん組織に浸潤している免疫担当細胞のシングルセル解析を行うことによって、がん組織に入り込んで免疫記憶や抗がん作用に関わる機能を担当する「組織レジデントT細胞(Trm)」の遺伝子発現機構を明らかにしました。
解析の結果、ヒト大腸がんTrmが患者の予後と相関すること、さらにTrmは、ハブとなる転写因子ZNF683を介して患者予後に関わっていることを解明しました。この研究の成果は、精密な診断と治療法の開発に繋がるだけでなく、がんの発生と進展における免疫学的な関与の重要性の解明に向けて、研究基盤の構築に寄与することが期待されます。本研究成果は、2023年3月3日(金)(日本時間)に英国科学雑誌「British Journal of Cancer」(オンライン)に掲載されました。
プレスリリース:https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2023/20230309_1
強い腫瘍内不均一性とAPOBECシグネチャーの関与を解明
-がん化のメカニズムや治療抵抗性の機序解明につながる可能性-
新潟大学大学院医歯学総合研究科産科婦人科分野の吉原弘祐教授、県立がんセンター新潟病院婦人科の田村亮医長(新潟大学大学院医歯学総合研究科客員研究員)、佐々木研究所腫瘍ゲノム研究部の中岡博史部長らの研究グループは、稀な腫瘍である、卵巣成熟奇形腫から発生した進行がん 2 症例に対して、原発巣や転移巣の複数箇所から腫瘍検体を採取し、網羅的な遺伝子解析を行うことで、本疾患において極めて強い腫瘍内不均一性と、APOBEC シグネチャーの関与を明らかにしました。本研究成果は Cancer Science 誌に掲載されました。
プレスリリース:https://www.niigata-u.ac.jp/wp-content/uploads/2023/02/230227rs1.pdf
がんをもつ個体における「肝機能の空間的制御」の破綻
がんは宿主個体の肝臓にさまざまな悪影響を及ぼします。しかし、その全貌は未だ明らかではありません。特に、肝臓の空間的遺伝子発現パターン-肝臓には、栄養や酸素の勾配に応じて空間的に遺伝子発現を変化させるしくみが存在します-にどのような影響が生じるかは不明でした。京都大学医生物学研究所Alexis Vandenbon 准教授、東京大学大学院新領域創成科学研究科 鈴木穣教授、東北大学加齢医学研究所 河岡慎平准教授 (兼務:京都大学医生物学研究所) の研究チームは、京都大学医学部附属病院、岐阜大学大学院医学系研究科、熊本大学大学院生命科学研究部と共同で、1細胞トランスクリプトームと空間トランスクリプトームという二つの手法を組み合わせることで、がんが宿主個体の肝臓の空間的遺伝子発現パターンを撹乱することを発見しました。がんによる肝臓への悪影響の新たな側面を明らかにする研究であり、悪影響を適切に制御するための重要な基盤となることが期待されます。本研究成果は 2023 年 1 月 24 日に英国の学術誌である Communications Biology電子版に掲載されました。
プレスリリース:https://www.gifu-u.ac.jp/about/publication/press/20230131_1.pdf
-全ゲノム重複後の遺伝子発現パターンの進化をシングルセルレベルで解析-
長浜バイオ大学の大森義裕教授・今鉄男特任助教(現在:ウィーン大学シニアリサーチフェロー)の研究グループは、国立遺伝学研究所(豊田敦特任教授)、データサイエンス共同利用基盤施設(野口英樹特任教授、福多賢太郎研究員)、愛知県水産試験場弥富指導所、ウィーン大学および米国国立衛生研究所(NIH)と共同でフナを原種とするキンギョの眼球の網膜組織から約2万3千個の細胞を分離し、それぞれの細胞に発現する数万個の遺伝子発現など(シングルセルRNA-seq解析とシングルセルATAC-seq解析)を測定することに成功しました。キンギョの網膜において、全遺伝子が同時に倍加する進化上まれな現象である全ゲノム重複によって倍加した遺伝子のうち、306ペアの遺伝子対の発現が進化し新たな発現パターンを獲得したことを明らかにしました。これは全ゲノム重複後の1400万年という比較的短い時間に細胞レベルで遺伝子の発現パターンの進化が起こることを具体的に示した世界初の報告となります。また、全ゲノム重複後に重複した遺伝子対の発現が重複前の片方のゲノムに偏っているという「非対称サブゲノム進化」がシングルセルレベルで進行していることが証明されました。これらの発見は、現在も謎の多い全ゲノム重複という現象の全体像の解明に向けた重要な一歩となります。
本研究成果は、2022年12月26日(月)19:00(日本時間)に国際科学誌「Communications Biology」(オンライン)に掲載されました。
プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2022/12/research-highlights_ja/pr20221226.html
~多様なトウガラシを生み出すための基盤に~
今回、かずさDNA研究所 白澤 健太主任研究員、近畿大学 細川 宗孝教授、京都大学 安井 康夫助教、国立遺伝学研究所 豊田 敦特任教授らの研究グループは、「鷹の爪」の全ゲノムを解読し、12本の染色体のDNA配列(合計30億塩基対)を高精度に決定しました。そして、「鷹の爪」以外の14系統のトウガラシのゲノム情報と比較して、染色体構造の違いや塩基配列の違いを多数明らかにしました。これらの情報から、「鷹の爪」が日本で広がった経緯が明らかになるかもしれません。さらに、「鷹の爪」がもつ強い抗ウイルス活性の利用や、多様なトウガラシを生み出すための品種改良が進むと期待されます。
本研究成果は国際学術雑誌 DNA Research において、2022年12月25日(日)にオンライン公開されました。
プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20221225.pdf
鈴木秀政 生命科学研究科大学院生(現:東北大学特任助教)、加藤大貴 同大学院生(現:愛媛大学助教)、岩野惠 同研究員、河内孝之 同教授は、西浜竜一 東京理科大学教授(元京都大学生命科学研究科准教授)と共同で、植物ホルモン・オーキシンが、その受容体タンパク質を介した遺伝子発現調節を通して、3次元的な形態の構築に必須の役割を果たす一方で、生存そのものには必須ではないことを明らかにしました。
植物体の頂端にある幹細胞を基点として器官を形成する3次元的な発生様式は、陸上植物の共通祖先において獲得されたと考えられており、維管束植物とは分岐したコケ植物でも見られます。今回、遺伝子冗長性が低く、オーキシン受容体遺伝子を1つしかもたないゼニゴケを用いてオーキシン信号伝達を完全に働かないようにしたところ、明確な器官を全くもたない細胞塊が形成されました。これは、この受容体を介したオーキシン信号伝達が形作りに必須の役割をもつことを明瞭に証明すると同時に、ゼニゴケ細胞の生存や増殖には必須ではないという、意外な事実も明らかにした成果となりました。 本研究で深まった、植物の最重要ホルモンと言えるオーキシンの機能の理解を通して、今後の陸上植物の発生研究のさらなる発展や、穀物や野菜を含めた種々の植物の器官の形や数などを緻密に制御する技術の開発につながると期待されます。本研究成果は、2023年2月2日に、国際誌「The Plant Cell」オンライン版に掲載されました。
プレスリリース:https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2023-02-07-0
-薬効成分を作る遺伝子クラスターを解明-
理化学研究所(理研)環境資源科学研究センター 統合メタボロミクス研究グループのアミット・ライ 研究員、斉藤 和季 グループディレクター、かずさDNA研究所の平川 英樹 主任研究員、千葉大学大学院 薬学研究院の山崎 真巳 教授、大阪大学大学院 工学研究科の村中 俊哉 教授、国立遺伝学研究所の豊田 敦 特任教授らの共同研究グループは、漢方薬や天然甘味料の原料として使われる重要生薬の甘草(カンゾウ)の染色体スケールの高品質ゲノム配列を解読しました。
甘草は、さまざまな漢方薬に最も頻繁に配合されるマメ科植物を基原とする生薬です。甘草には、抗炎症作用や痛み、咳を鎮める効果をはじめ、多数の薬効があります。また、根に含まれる主要成分のグリチルリチンは医薬品、天然甘味料などの原料として世界的に需要が高まっています。質の高い甘草のゲノム配列を解読できれば、ゲノム情報に基づいた効率的な育種などが可能になると期待されていました。今回、共同研究グループは最先端のシーケンス技術を駆使して、ウラル甘草の染色体スケールの高品質ゲノム解読に成功しました。そして、グリチルリチンなどの生合成に関わる重要な遺伝子が染色体の狭い領域に局在することを確認しました。本研究成果は、今後、バイオテクノロジーを用いた甘草の品種改良や薬効成分の生産向上に役立つと期待できます。
本研究は、科学雑誌『DNA Research』のオンライン版(2022年12月20日付)に掲載されました。
プレスリリース:https://www.riken.jp/press/2022/20221220_1/
―接合藻類ヒメミカヅキモのゲノム解読と接合型決定遺伝子の同定―
日本女子大学 化学生命科学科 関本弘之教授、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 豊田敦特任教授,藤山秋佐夫特命教授、および金沢大学 疾患モデル総合研究センター研究基盤支援施設 西山智明助教らの共同研究チームは、接合藻類のヒメミカヅキモの雌雄にあたる 2 種の接合型のゲノムを解読して比較することにより、ヒメミカヅキモの接合型を決定する遺伝子を特定しました。
さらに、本グループが確立したヒメミカヅキモのゲノム編集技術を用いて、この遺伝子が接合型を決定する遺伝子の本体であることを示しました。
この遺伝子は、陸上植物の有性生殖に重要な遺伝子から接合型決定遺伝子に進化したと考えられます。また、ヒメミカヅキモは陸上植物と最も近縁な藻類の一つであり、本研究は、陸上植物が祖先的な藻類からどのように進化して陸上に適応したのか、その謎の解明への貢献が期待されます。
本研究の成果は、英国の科学雑誌「New Phytologist」のオンライン版に12月19日に掲載されました。
プレスリリース:https://www.jwu.ac.jp/unv/news/2022/h8ccod00000019wj-att/20221220_news.pdf
―Y染色体とSry遺伝子が消失してもオスは消滅しない―
北海道大学大学院理学研究院の黒岩麻里教授らの研究グループは、Y染色体とSry遺伝子をもたないアマミトゲネズミ(Tokudaia osimensis)という哺乳類種を対象に、世界で初めてSry遺伝子なしにオスが決定される仕組みを解明しました。また、アマミトゲネズミでは常染色体が新しい性染色体へと進化していることが明らかになりました。本研究成果は、日本時間2022年11月29日公開のThe Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS, 米国科学アカデミー紀要) 誌に掲載されました。
プレスリリース:https://www.hokudai.ac.jp/news/pdf/221129_pr.pdf
-ゲノム安定性とDNA複製機構の関わり合い-
がん研究会大学 保一プロジェクトリーダーらの研究グループは,ヒト培養細胞を使用して,全ゲノムにわたりDNAポリメーラの機能を解析する方法Polymerase usage sequencing(Pu-seq)法を開発し,主要なDNAポリメラーゼと言われていたPolε(イプシロン)とPolα(アルファ)それぞれが主にリーディング鎖・ラギング鎖合成に関与することを明らかにしました.また,これらのポリメラーゼのプロファイルを組み合わせた解析から,ゲノム上に多数存在する複製開始領域を今までにない精度で予測することにも成功しました.本研究成果は、Nature Communicationsに2022年11月24日にオンライン公開されました。
プレスリリース:https://www.jfcr.or.jp/laboratory/news/9874.html
~イモリの再生で新仮説を提唱~
有尾両⽣類のイモリは、ヒトを含む四肢動物の中でも例外的に、⼀⽣を通じて体のさまざまな部位を何度でも繰り返し再⽣できます。しかし、この能⼒はイモリ固有の遺伝⼦によるものか、それとも四肢動物に共通の遺伝⼦で説明できるかは、いまだに明らかになっていません。筑波大学 千葉 親文教授らの研究グループは、形態学的⼿法により、Newtic1 タンパク質が⾚⾎球の発達した辺縁帯の微⼩管に沿って並ぶ球状構造体を構成していること、そしてその球状構造体が成⻑因⼦の⼀つである TGFβ1 を内包している可能性を明らかにしました。本成果は2022年11⽉1⽇Biomedicines誌に掲載されました。
プレスリリース:https://www.tsukuba.ac.jp/journal/biology-environment/20221116140000.html
―RNAのメチル化がDNA修復に必要―
吉永正憲 医学研究科助教、竹内理 同教授らの研究グループは、RNAメチル化修飾酵素として機能するタンパク質METTL16が、赤血球の分化において重要な役割を果たしていることを見出しました。本研究成果は、2022年10⽉28⽇に国際学術誌「Nature Communications」にオンライン掲載されました。
プレスリリース:https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-11-10
~貝殻の起源と進化について新たな知見~
カイダコの殻は冬になると日本海側の各地に打ち上がることが知られており、ビーチでみられる貝殻のなかでも特に珍重されているものです。この貝殻はタコの仲間が作ったものであることが知られています。
島根大学生物資源科学部附属センター海洋生物科学部門(隠岐臨海実験所)の吉田真明 准教授と和歌山工業高等専門学校のスティアマルガ デフィン 准教授らの研究グループは今回カイダコ類の1種であるアオイガイの全ゲノム配列を世界で初めて解読しました。
アオイガイのゲノム中にある 26,433 個の遺伝子の中で、44 個の遺伝子が貝殻形成に使われていることがわかりました。さらに、カイダコが底生生活から浮遊生活に移行する過程で起こったゲノム中の遺伝子の変化を見つけることができました。これにより、進化の過程で貝を失ったはずのタコが、どのようにして再び貝殻を作れるようになったのか?という進化上の大きな謎を解明することに一歩近づきました。
本共同研究は、2022年10月26日(水)に英文論文誌 Genome Biology and Evolutionにオンライン版が掲載されました。
プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20221026.pdf
熊本大学大学院生命科学研究部の松井啓隆教授らの研究グループは、AML・MDSの原因遺伝子のひとつとして知られるDDX41遺伝子に注目し、この遺伝子の異常が細胞に もたらす障害の詳細を解析してきました。その結果、遺伝子異常に伴って細胞内のDDX41タンパク質が減少するために、RNAスプライシングと転写伸長という、本来協調的に行われるべきふたつの重要な生命現象の連携が損なわれ、DNA複製障害を介して血液細胞の産生障害を起こすことを明らかにしました。本研究成果は、科学雑誌「Leukemia」に、令和4年10月14日にオンライン掲載されました。
プレスリリース:https://www.kumamoto-u.ac.jp/daigakujouhou/kouhou/pressrelease/2022-file/release221012.pdf
制御性T細胞を標的とした新規免疫療法の開発へ
国立研究開発法人国立がん研究センターと名古屋大学の研究チームは、がんの進展やPD-1/PD-L1阻害薬の治療抵抗性に関与しているものの、がん組織内での活性化のメカニズム等の詳細が解明されていない制御性T細胞について、微量な組織で解析できる新たな手法を開発し、肺がん組織内の制御性T細胞を1細胞レベルで詳細に解析した結果、がんの組織内の制御性T細胞の多様性と、がん組織内で制御性T細胞が活性化していくプログラムを解明しました。今後、制御性T細胞を標的とした、新規のがん免疫治療の開発につながることが期待されます。本研究成果は、米国科学雑誌「Science Immunology」に、2022年10月7日付け(日本時間2022年10月8日)に掲載されました。
プレスリリース:https://www.ncc.go.jp/jp/information/pr_release/2022/1008/index.html
千葉大学医学部附属病院血液内科、東京大学医科学研究所附属幹細胞治療研究センター幹細胞分子医学分野、東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻などから成る研究グループは、シングルセルRNAシークエンスを用いてPOEMS症候群患者由来の骨髄形質細胞の遺伝子発現を1細胞ごとに解析することで、患者骨髄中のPOEMSクローンの同定に成功しました。さらにPOEMSクローンの特徴を詳細に解析することで、POEMSクローンでは、細胞表面のCD19およびMHCクラスIIの発現が有意に低下していることが明らかとなり、これらを用いて全形質細胞からPOEMSクローンだけを分離する方法を確立しました。本研究成果は、2022年9月21日、国際科学雑誌「JCI Insight」オンライン版に公開されました。
プレスリリース:https://www.ims.u-tokyo.ac.jp/imsut/jp/about/press/page_00198.html
――DNA 設計図に基づく骨の発生機構の理解に向けて――
東京大学大学院医学系研究科附属疾患生命工学センターの北條宏徳准教授、鄭雄一教授、大阪大学大学院歯学研究科口腔分化発育情報学講座の大庭伸介教授(研究当時:東京大学大学院医学系研究科附属疾患生命工学センター准教授、長崎大学生命医科学域(歯学系)教授)、米国南カリフォルニア大学のアンドリュー・マクマホン教授をはじめとする国際共同研究グループは、骨組織を構成する主要な細胞である骨芽細胞と軟骨細胞の発生機構の一端を解明しました。 骨の発生には遺伝子発現を制御するタンパク質 Runx2 が必要であることが以前から分かっていましたが、Runx2 がゲノム DNA のどこに・どのように作用するのか、その制御機構は十分に分かっていませんでした。本研究グループは、次世代シークエンサー解析、マウス遺伝学に加えて、ゲノム編集技術と一細胞解析を融合した最新の解析技術を駆使することで、Runx2 を介する骨芽細胞と軟骨細胞の遺伝子発現機構の一端を明らかにしました。本結果は、骨発生メカニズムの理解と新たな骨再生戦略の確立へと発展することが期待されます。本研究成果は、2022年9月6日(米国東部標準時間)に米国科学誌「Cell Reports」のオンライン版に掲載されました。
プレスリリース:https://www.u-tokyo.ac.jp/content/400195586.pdf
名古屋大学大学院医学系研究科システム生物学分野の小嶋泰弘 特任講師、島村徹平 教授、分子細胞免疫学の西川博嘉 教授と、三重大学大学院医学系研究科血液・腫瘍内科学の永春圭規 博士課程学生(現市立四日市病院)、三重大学医学部附属病院輸血・細胞治療部の大石晃嗣 病院教授(部長)らの研究グループは、小嶋特任講師が開発した深層生成モデルとスプライシング数理モデルの融合により、単細胞レベルの RNA 遺伝子発現の網羅的解析(scRNA-seq)から細胞分化の方向性の“ゆらぎ”を定量的に解析する手法と、大石教授らが開発した包括的リンパ球培養法を用いて、抗体産生に関わるヒト B リンパ球と I 型インターフェロンを分泌する形質細胞様樹状細胞(pDC)が共通の前駆細胞由来であること、この細胞分岐点で細胞分化の方向性が大きくゆらぐこと、接着分子である LFA-1 が pDC 方向への分化(のゆらぎ)に関連すること等を発見しました。さらにゆらぎのメカニズムを解明するため、新学術領域研究「先進ゲノム支援」により、B/pDC前駆細胞領域のオープンクロマチン領域を解析し(ATAC-seq)、B、pDC分化に関連する転写因子のaccessibilityが両方とも高いことを明らかにしました。
本研究成果は、2022年8月30日に、国際学術誌「Cell Reports」にオンライン掲載されました。
プレスリリース:
https://www.mie-u.ac.jp/R-navi/release/cat680/post-61.html
https://www.mie-u.ac.jp/R-navi/release/files/bb594cc8f32742b025f469655d673941.pdf
農研機構をはじめとする共同研究グループは、タマネギにおいて、染色体全体のDNA多型を効率的に分析する方法の開発を目指しました。まず、タマネギにある8本の染色体について、各々に圴一に配置され、染色体全体をカバーしたDNAマーカーセットを作成しました。次に、次世代シーケンサーを利用し、これらのマーカーセットの全てのDNA多型を一度にまとめて分析する手法を試みました。その結果、染色体全体のDNA多型を効率的に分析することに成功しました。この分析手法で得られた個体間のDNA多型と形質を照らし合わせれば、DNAマーカーセットの中から目的の形質と関連したDNAマーカーを特定でき、選抜マーカーとして利用できるようになります。この技術は、タマネギでの選抜マーカーの開発を飛躍的に進め、育種の効率化および新品種の早期育成に貢献することが期待できます。本研究成果は、2022年8月26日に、国際学術誌「DNA Research」に掲載されました。
-炎症性腸疾患・大腸がんの治療開発に期待-
慶應義塾大学の佐藤俊朗教授、石渡景子特任助教、杉本真也助教、金井隆典教授らの研究グループは、ヒト大腸の増殖を司る幹細胞は、マウスと比較して多くが休止期状態にあることを発見し、炎症からの再生における重要性を初めて解明しました。今回、研究チームは遺伝子編集したヒト大腸細胞をマウスの大腸内に移植し、大腸幹細胞が休止期を経てゆっくり増殖すること、炎症時にも生き延びて、再生過程で増殖することを明らかにしました。また、ヒト大腸の増殖速度が遅い原因として TGF-βシグナルが関与していることを示しました。本研究は、ヒト大腸幹細胞が定常時および炎症からの再生時に、それぞれどのように働くのかを初めて明らかにしたものであり、今後、炎症性腸疾患や大腸がんの根治を目指す上で新たな治療開発の足掛かりとなることが期待されます。この研究成果は、2022年8月10日(米国東部時間)に米科学誌 Gastroenterology のオンライン版に掲載されました。
プレスリリース:https://www.amed.go.jp/content/000102131.pdf
―「似て非なるゲノム」から生物多様性の源泉に迫る―
岡﨑友輔 化学研究所助教、中野伸一 生態学研究センター教授、豊田敦 国立遺伝学研究所特任教授、玉木秀幸 産業技術総合研究所副研究部門長らの共同研究グループは、従来法では捉えられなかった環境中の細菌ゲノムにおけるわずかな変異を塩基多型・構造多型の両側面から網羅的に検出可能なメタゲノム解析法を確立し、琵琶湖に生息する細菌群集の多様性の実態を高解像度で明らかにしました。さらにその結果の解析から、ウイルス感染への抵抗性、および細菌群集の集団サイズがゲノムの多様化をつかさどる主要因であることを示しました。「似て非なる」ゲノムの比較解析から生物多様性の源泉に迫った本研究は、環境中の微生物の多様性を高解像度に捉える研究の必要性を示し、微生物の進化と生態をとりまく理解を知見と手法の両側面から新たな段階へと導く成果といえます。本研究成果は、2022年8月8日に、国際学術誌「mSystems」にオンライン掲載されました。
プレスリリース:https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-08-10-0
~ ゲノム機能解析を手掛かりとした新たな組織再生促進にヒント ~
⼭形⼤学医学部の越智陽城准教授と広島⼤学両⽣類研究センターの荻野肇教授らの共同研究グループは、学術変⾰領域学術研究⽀援基盤形成 先進ゲノム⽀援の⾦井昭教特任准教授・鈴⽊穣教授(東京⼤学)の⽀援を受け、両⽣類をモデルに腎尿細管が再⽣する仕組みの解明とその再⽣を促進する薬剤を発⾒しました。腎尿細管再⽣のメカニズムを探るために、両⽣類の腎尿細管細胞を使い網羅的オープンクロマチン解析・エピジェネティック修飾のクロマチン免疫沈降シーケンス解析・網羅的発現解析を⾏いました。すると、損傷後の再⽣過程 2 / 5でオープンになるクロマチン領域には KLF15 が結合すること、その標的遺伝⼦の 1 つアドレナリン受容体の働きを阻害すると再⽣が起こらないことを発⾒しました。さらに損傷を与えた腎尿細管にアドレナリン受容体の作動薬を作⽤させると、再⽣が促進されることを⾒出しました。以上の結果は、未解明だった損傷後の腎尿細管が再⽣に⾄るまでのメカニズムの⼀端が明らかになったことに加え、そのメカニズムに作⽤する薬剤を⽤いることで再⽣の促進が可能あることを⽰すものであり、ヒトにおける再⽣促進に貢献すると期待されます。本成果は、2022年8⽉8⽇(現地時刻)に⽶国の国際学術誌「Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (⽶国科学アカデミー紀要)」にオンライン掲載されました。
プレスリリース:https://www2.id.yamagata-u.ac.jp/information/post-40.html
~普通の細菌が単一突然変異でカメムシの生存を支える必須共生細菌になる~
産業技術総合研究所 生物プロセス研究部門 生物共生進化機構研究グループ 古賀 隆一 研究グループ長、森山 実 主任研究員、深津 武馬 首席研究員 兼 ERATO深津共生進化機構プロジェクト 研究総括は、東京大学 大学院理学系研究科 古澤 力 教授、東京大学 大学院総合文化研究科 若本 祐一 教授らと共同で、共生細菌なしでは生きられないチャバネアオカメムシから共生細菌を除去し、かわりに高速進化大腸菌を感染させて実験室で継続的に飼育維持することにより、数ヶ月から1年ほどの短期間のうちに、広域転写制御系に生じた単一突然変異により、大腸菌が宿主カメムシの生存を支える必須共生細菌に進化しうることを明らかにした。本研究により、宿主の生存に必須な共生微生物の進化が、従来考えられていたよりも迅速かつ容易に起こりうることが示された。なお、本研究成果は、2022年8月4日(英国夏時間)に国際学術誌「Nature Microbiology」にオンライン掲載された。
プレスリリース:https://www.jst.go.jp/pr/announce/20220805-2/index.html
~変態と成長が脱分化の封印を解く~
筑波大学生命環境系 千葉 親文 教授らの研究グループは、イモリの変態と成長を人為的にコントロールした条件下で、肢再生過程における筋線維の挙動を追跡しました。その結果、筋線維の脱分化には、体の変態と成長の組み合わせが必要であることが明らかになりました。さらに、変態前の幼生の筋を体外に取り出し、筋線維の挙動を培養下で追跡したところ、変態前の筋線維にも脱分化能力があることが分かりました。これらの結果は、イモリの筋線維が生来、脱分化能力を持っていること、しかしその能力が発揮されるためには体の変態と成長の両方が必要であることを示しています。本研究成果は、Scientific Reports誌に2022年8⽉1⽇に掲載されました。
プレスリリース:https://www.tsukuba.ac.jp/journal/medicine-health/20220801180000.html
基礎生物学研究所 進化発生研究部門の千頭康彦研究員(元・総合研究大学院大学 大学院生)と新美輝幸教授、久留米大学の奥野未来助教、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、東京工業大学の伊藤武彦教授からなる研究グループは、昆虫進化の初期に出現したシミ類に着目してdoublesexの機能を解析し、その祖先状態を推定しました。その結果、シミ類マダラシミのdoublesexは雌雄で異なるスプライシング調節を受けますが、メスの形態形成への機能をもたないことが明らかになりました。一方、マダラシミのdoublesexは幾つかの遺伝子の発現をメスで促進することが分かりました。これらの結果は、doublesexは昆虫進化の初期段階で既に雌雄で異なるスプライシング調節を受け、メスに特異な幾つかの遺伝子の発現を促進する機能をもち、そして完全変態類出現後にメスの形態形成に対する機能を獲得した可能性が高いことを示唆しています。では、doublesexのどのような変化がメスの形態形成への機能と関連したのでしょうか。本研究では、メスの形態形成に対する機能をもつ種のDoublesexタンパク質に特有なアミノ酸配列を発見しました。この結果から、本研究は、アミノ酸配列の変更によってdoublesexは新機能を獲得したとする仮説を提唱しました。本研究成果は、有翅昆虫類と昆虫類以外の節足動物との間にあった知見のギャップを埋めることに成功し、doublesexの特殊な進化史を新たに推定するものです。本成果は、日本時間2022年7月13日付で「Molecular Biology and Evolution」誌に掲載されました。
プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20220713.pdf
~宿主への侵入システムの解明~
ネナシカズラは他の植物から栄養分や水を搾取する寄生植物であり、宿主となる植物を選ばないことから、農作物や環境に甚大な被害をもたらしています。ネナシカズラの寄生には、吸器と呼ばれる器官を宿主体内へ侵入させることが必要ですが、そのしくみに関してはよくわかっていません。東北大学大学院生命科学研究科の横山隆亮講師らのグループは、吸器の侵入時に働く遺伝子を明らかにし、宿主への侵入システムの解明とその起源に迫りました。
本研究は、ネナシカズラの寄生のしくみを理解する上で重要な成果であり、農作物などへの被害に対する対策に繋がるものと期待されます。本研究結果は、7月6日のFrontiers in Plant Science誌(電子版)に掲載されました。
プレスリリース:https://www.omu.ac.jp/info/research_news/entry-01398.html
―イネ抵抗性タンパク質の付加ドメインが擬似餌となり多様な病原菌因子を釣り上げて見破る―
いもち病は、いもち病菌というカビによって引き起こされます。イネをはじめとする穀物の葉や穂を枯らしてしまう最重要病害の一つです。寺内良平 農学研究科教授、清水元樹 岩手生物工学研究センター主任研究員らの研究グループは、独自に開発したゲノム解析技術「RaIDeN法」を用いて、いもち病菌が分泌するAVR-Piasタンパク質を認識して、イネの抵抗性を導くタンパク質Piasを初めて発見しました。
Piasは、一対のNLR型免疫受容体タンパク質(Pias-1とPias-2)から構成され、Pias-2タンパク質にはNLR型受容体の基本骨格(釣りの“釣針“に対応)に加えてDUF761という付加ドメイン(釣針の“疑似餌”に対応)が見つかりました。イネ属の多くの系統を対象にPias-2の仲間の抵抗性タンパク質を調べると、様々な種類の付加ドメインが見られ、これらが釣針の異なる”疑似餌”となって、それぞれに対応した病原菌因子(または病原菌因子によって改変されたイネ因子)が引き寄せられて結合すると抵抗反応が引き起こされると推測されます。イネの進化の過程で、病原菌因子が標的としていたイネタンパク質の一部がNLR型免疫受容体に取り込まれて付加ドメインとなり、“釣針の疑似餌”として機能するようになったと考えられます。今後は、多様な植物遺伝子資源のゲノム配列を解読し、抵抗性タンパク質の付加ドメインを調べることにより、多くの病原菌に対する“釣針の疑似餌”を用意することができるようになります。また、Pias抵抗性タンパク質の付加ドメインを設計することにより、より病害に強い作物品種の作成が可能となります。本研究成果は、2022年6月30日に、国際学術誌「Proceeding of National Academy of Science, USA(PNAS)」にオンライン掲載されました。
プレスリリース:https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-07-22-2
広島大学、京都大学、産業技術総合研究所、横浜市繁殖センター、北里大学およびキャンベラ大学とローザンヌ大学の国際共同研究チームは、網羅的ゲノム解析とバイオインフォマティックスを用いて、日本のツチガエルの2つの祖先集団(西日本と東日本集団)がそれぞれ異なる性染色体1)を持つことを明らかにしました。本種が持つ13 対(2n=26 本)の染色体のうち、第 1 と第 3 番染色体に相当します。一方、この2つの祖先集団から過去の交雑によって進化した新しい集団では、性染色体は第 7 番染色体であることがすでに知られています。以上のことから、異なる2種類の性染色体をもつ集団の交雑によって、さらに別の性染色体の進化が誘導されるという、これまでとは異なる、全く新しい性染色体の進化様式が明らかとなりました。本研究成果は、ロンドン時間の2022年6月12日23時(日本時間:2022年6月13日午前7時)「Molecular Ecology」オンライン版に掲載されました。
プレスリリース:https://www.hiroshima-u.ac.jp/system/files/187829/プレスリリース(ツチガエルが持つ、世界に類を見ない性染色体進化の全体像を解明).pdf
筑波大学 生存ダイナミクス研究センター島田 裕子助教らの研究グループは、キイロショウジョウバエ Drosophila melanogasterを宿主とする寄生蜂ニホンアソバラコマユバチAsobara japonicaを用いて、寄生蜂の生存戦略を支えている分子生物学的基盤を明らかにすることを目指しており、今回、その全ゲノム配列の決定と全遺伝子予測、さらに、遺伝子ノックダウン法の開発に成功しました。
ニホンアソバラコマユバチは、キイロショウジョウバエのみならず、多くのショウジョウバエ属昆虫を宿主とすることが知られています。その中には、現在ヨーロッパを中心に果物の害虫として深刻な問題となっているオウトウショウジョウバエDrosophila suzukiiも含まれます。本研究成果は、ショウジョウバエの害虫種に対する農薬の開発シーズの創出にもつながると考えられます。本成果はDNA Research誌に2022年6月10日に掲載され、筑波大学よりプレスリリースされました。
プレスリリース:https://www.tsukuba.ac.jp/journal/pdf/p20220614140000.pdf
多くのがん細胞で認められる染色体の数や構造の異常(異数性)の背景には、染色体不安定性(細胞分裂の際に染色体分配異常が高頻度で起こる状態)が存在していると考えられています。東北大学加齢医学研究所・分子腫瘍学研究分野の家村顕自助教、田中耕三教授らの研究グループは、東北大学大学院医学系研究科の中山啓子教授、東北大学大学院情報科学研究科の木下賢吾教授のグループとの共同研究により、染色体不安定性の存在は、通常の培養条件では細胞増殖に不利にはたらくにもかかわらず、腫瘍形成には有利にはたらくことを明らかにしました。異数性細胞は増殖速度の低下を示すにもかかわらず、多くのがんは異数性を示すという事実は「異数性パラドックス」注1として知られています。本研究結果が、これまで謎とされてきたこのパラドックスを説明する端緒ではないかと考えられます。
本研究成果は、6月5日に学術誌Cancer Science誌で発表されました。
プレスリリース:https://www.tohoku.ac.jp/japanese/2022/06/press20220615-03-cancer.html
東京大学 大学院農学生命科学研究科 附属水産実験所カビール アハマド氏、家田 梨櫻氏、細谷 将助教らの研究グループは、トラフグをふくむ12種の近縁種を研究材料とし、遺伝的連鎖解析、遺伝的関連解析、全ゲノム配列構築、ゲノム多型解析といったさまざまな手法をつかって、性染色体の置き換わりについて調べました。その結果、3つの近縁種で染色体の置き換えが最近おきたこと、そして、その置き換えがゲノム中を動き回る性決定遺伝子によって引きおこされていたことが明らかとなりました。本研究成果は、2022年6月3日にProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America誌にオンライン掲載されました。
プレスリリース:https://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/topics_20220603-1.html
横浜市立大学大学院医学研究科 分子生物学の鈴木秀文助教、阿部竜太共同研究員(研究当時:医学部学生)、髙橋秀尚教授の研究グループは、メディエーター複合体のサブユニット MED26 と Little elongation complex (LEC) が、2つの核内凝集体Histone locus body(HLB)と Cajal body を会合させることで、新規の RNA ポリメラーゼ II (Pol II)の一時停止を引き起こし、ヒストン遺伝子の発現を制御することを明らかにしました。本研究成果は、英科学誌 Nature Communications に掲載されました。(日本時間2022年5月25日18時)
プレスリリース:
https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/d0md7n000000fqov-att/YCUrelease_takahashi_202205.pdf
筑波大学生命環境系下田臨海実験センター谷口 俊介准教授らの研究グループは、ハリサンショウウニの全ゲノム情報を解読するとともに、公的に利用できる遺伝子のデータベース TrBase を作成し公開しました。これにより、ハリサンショウウニが、ゲノム情報の整備されたモデル生物として、より多くの研究者や教育者に利用可能となり、ウニの発生や成長を司る遺伝子機能の解析などの基礎研究のみならず、水産などの応用研究や教育分野での活用などに貢献することが期待されます。本研究成果は、2022 年 5 月 20 日にDevelopment Growth & Differentiation誌に掲載されました。
プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20220520.pdf
~MRI検査による肝細胞がん複合免疫療法の効果予測に期待~
大阪大学医学部附属病院の村井大毅医員、大学院医学系研究科の小玉尚宏助教、竹原徹郎教授(消化器内科学)らの研究グループは、脂肪滴を蓄えた脂肪含有肝細胞がんが免疫疲弊を誘導し、抗腫瘍免疫から逃れることを見出しました。その仕組みとして、飽和脂肪酸であるパルミチン酸が、がん細胞自身のPD-L1発現を増強させることに加えて、M2マクロファージとがん関連線維芽細胞の抗腫瘍免疫抑制効果を増強させることで細胞傷害性T細胞に疲弊を誘導する可能性を示しました。また、この脂肪含有肝細胞がんが免疫チェックポイント阻害剤を含んだ複合免疫療法に高い感受性を示すことから、MRI画像を用いた腫瘍内脂肪蓄積の定量化により、複合免疫療法の治療効果が予測できる可能性を示しました本研究成果は、2022年5月14日(土)に米国科学誌「HEPATOLOGY」(オンライン)に、公開されました。
プレスリリース:https://www.med.osaka-u.ac.jp/activities/results/2022year/takehara2022-5-16
~細胞当たり数十から百個あるゲノムコピーの全てで、36万7千塩基対の中から標的の1塩基対だけを置換~
東京大学大学院農学生命科学研究科の中里一星大学院生と有村慎一准教授らのグループは、モデル植物(注1)シロイヌナズナのミトコンドリアゲノム約36万7千塩基対のうち狙った1塩基対のみを、細胞当たり数十から百個ほどあるミトコンドリアゲノムコピーの全てで置換することに成功しました。以前、有村准教授らのグループが開発した植物ミトコンドリアゲノム安定改変法(DNA切断タンパク質を用いてミトコンドリアゲノムの狙った箇所を切る方法)では、狙った箇所を中心に数百から数千塩基対の長さの欠損が生じ、また遺伝子の並び順が変わるなど、ゲノム構造の変化を引き起こしてしまうことが問題になっていました。今回報告する標的一塩基置換法では、このようなゲノム構造の変化は生じず、従来法と比べて精緻なゲノム改変を達成することができました。本研究は、これまで不可能だったミトコンドリアゲノムの人為改変を利用した作物品種改良の基盤技術になることが期待されます。本成果は、2022年5月13日 に米国の国際学術誌「Proceedings of the National Academy of Sciences」に掲載されました。
プレスリリース:https://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/topics_20220516-1.html
-細胞の系譜をたどり、疾患の発症メカニズムや生命現象の解明へ-
放射線影響研究所、内村有邦(大阪大学大学院生命機能研究科の招へい教員)、大阪大学大学院生命機能研究科、八木健教授らの研究グループは、次世代シーケンサーを用いて、ゲノムDNA上で自然に発生する突然変異を調べることで、受精後の細胞分裂の過程をモニターすることが可能な新たな方法論の開発に成功しました。本方法を利用すれば、大人の組織サンプル(血液など)を解析するだけで、その個体が受精卵だったころまで遡り、受精後の細胞分裂の過程をモニターすることが可能になります。また、これにより、受精後に生じた個々の細胞系譜の追跡も可能になります。本方法は、遺伝子改変等を利用しないため、ヒトを対象とした解析にも利用可能だと考えられます。本研究成果は、米国科学誌「Genome Research」に、5月10日(火)午前2時(日本時間)に公開されました。
プレスリリース:
https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1043
https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2022/20220510_1
―「植物-(ひく)光合成=動物」ではない―
京都大学大学院農学研究科 神川龍馬准教授、筑波大学計算科学計算センター 中山卓郎助教、国立科学博物館動物研究部 谷藤吾朗研究主幹、国立遺伝学研究所 中村保一教授らの共同研究グループは、地球全体の光合成の約20%に貢献すると言われる珪藻の中で、光合成を止めた種の全ゲノム解読に成功しました。この種は光合成をしない代わりに環境中に溶存する栄養分を吸収して生育していますが、その詳細なメカニズムはわかっていませんでした。本研究では全ゲノム解読に加え、機能している遺伝子を網羅的に検出するトランスクリプトーム解析や生化学実験などを用いた多角的な研究により、本種が光合成を止めた後も葉緑体での物質生産を維持しつつ、周りの養分を効率よく獲得するための能力を増大させていることが明らかとなりました。本成果は、2022年4月29日 に米国の国際学術誌「Science Advances」にオンライン掲載されました。
プレスリリース:https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20220430.pdf
―マクロファージに発現するCyclin Jを介した新たながんや感染制御機序―
竹内 理 医学研究科教授らの研究グループは、感染やがん免疫応答にも重要な免疫細胞であるマクロファージが、サイクリンJ(Cyclin J)という細胞内タンパク質により制御される新たなメカニズムを見出しました。本研究成果は、2022年4月12日(現地時刻)に国際学術誌「Science Signaling」にオンライン掲載されました。
プレスリリース:https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-04-13
~RNAを標的とした難治性細菌感染症の予防や治療法の開発に期待~
東京慈恵会医科大学の千葉 明生 助教、杉本 真也 准教授らの研究グループは、東京大学 大学院新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻の鈴木 穣 教授らと共同で、病原細菌である黄色ブドウ球菌が周囲のRNAをバイオフィルムの構成要素として利用していることを明らかにしました。また、黄色ブドウ球菌の菌体外マトリクスの成分である多糖類がRNAのバイオフィルムへの取り込みに重要な役割を果たす仕組みを明らかにしました。これにより、バイオフィルムへのRNAの取り込みを阻害する薬剤やバイオフィルムに含まれるRNAを特異的に分解する酵素製剤などの、RNAを標的とした難治性細菌感染症の予防法や治療法の開発が期待されます。
本研究成果は、2022年4月4日(月)(日本時間)に、国際学術誌「npj Biofilms and Microbiomes」に公開されました。
プレスリリース:https://www.jst.go.jp/pr/announce/20220404/index.html
2022年3月31日以前の支援成果はこちら
支援による成果論文一覧
支援による成果を含む論文として支援依頼者から報告があった2022年4月以降に発表された論文を、発表の新しい順に並べました。成果論文には「先進ゲノム支援」の課題番号を謝辞に入れることをお願いしていますが、現状は以下も含めています。
*:旧「ゲノム支援」の支援成果も含まれており、そちらの課題番号のみが記載されたもの、あるいは課題番号の記載はないが、支援成果が含まれているもの
- Rynazal R, Fujisawa K, Salim F, Shiroma H, Mizutani S, Shiba S, Yachida S, Yamada T., Leveraging explainable AI for gut microbiome-based colorectal cancer classification, Genome Biol. (2023) in press
- Ishido Masami, Chemical nature of attention deficit hyperactivity disorder (ADHD) – related chemical subfamily, Chemosphere (2023) DOI:10.1016/j.chemosphere.2022.137495 *
- Alexis Vandenbon, Rin Mizuno, Riyo Konishi, Masaya Onishi, Kyoko Masuda, Yuka Kobayashi, Hiroshi Kawamoto, Ayako Suzuki, Chenfeng He, Yuki Nakamura, Kosuke Kawaguchi, Masakazu Toi, Masahito Shimizu, Yasuhito Tanaka, Yutaka Suzuki, Shinpei Kawaoka, Murine breast cancers disorganize the liver transcriptome in a zonated manner, Communications Biology (2023) DOI:10.1038/s42003-023-04479-w
■プレスリリース https://www.gifu-u.ac.jp/about/publication/press/20230131_1.pdf - Kinuka Ohtaka, Hiroyuki Sekimoto, Zygnematophycean algae: Possible models for cellular and evolutionary biology, Seminars in Cell & Developmental Biology (2023) DOI:10.1016/j.semcdb.2022.03.042
- Hiroki Ayabe, Atsushi Toyoda, Akitoshi Iwamoto, Nobuhiro Tsutsumi, Shin-ichi Arimura, Mitochondrial gene defects in Arabidopsis can broadly affect mitochondrial gene expression through copy number, Plant Physiology (2023) DOI:10.1093/plphys/kiad024
- Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Hitomi Seike, Zhen Zhu, Yi Jun Zhou, Keisuke Fukumura, Shinji Nagata, Yasukazu Nakamura, Best practices for comprehensive annotation of neuropeptides of Gryllus bimaculatus, Insects (2023) DOI:10.3390/insects14020121
- Muhammad Miftahussurur, Ricky Indra Alfaray, Kartika Afrida Fauzia, Astri Dewayani, Dalla Doohan, Langgeng Agung Waskito, Yudith Annisa Ayu Rezkitha, Didik Huswo Utomo, Gde Somayana, Ari Fahrial Syam, Masrul Lubis, Junko Akada, Takashi Matsumoto, Yoshio Yamaoka, Low-grade intestinal metaplasia in Indonesia: Insights into the expression of proinflammatory cytokines during Helicobacter pylori infection and unique East-Asian CagA characteristics, Cytokine (2023) DOI:10.1016/j.cyto.2022.156122 *
- Makoto Nakashima, Atae Utsunomiya, Toshiki Watanabe, Ryouichi Horie, Kaoru Uchimaru, The oncogenic driving force of CD30 signaling‐induced chromosomal instability in adult T‐cell leukemia/lymphoma, Cancer Science (2023) DOI:10.1111/cas.15706
- Hiroyuki Sekimoto, Ayumi Komiya, Natsumi Tsuyuki, Junko Kawai, Naho Kanda, Ryo Ootsuki, Yutaka Suzuki, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Masahiro Kasahara, Jun Abe, Yuki Tsuchikane, Tomoaki Nishiyama, A divergent RWP‐RK transcription factor determines mating type in heterothallic Closterium, New Phytologist (2023) DOI:10.1111/nph.18662
■プレスリリース https://www.jwu.ac.jp/unv/news/2022/h8ccod00000019wj-att/20221220_news.pdf - Yukika Saga, Yudai Shimoyama, Yoko Yamada, Naoki Morikawa, Takefumi Kawata, The cytosolic lncRNA dutA affects STATa signaling and developmental commitment in Dictyostelium, Genes to Cells (2023) DOI:10.1111/gtc.12997
- Hiroshi Kuribayashi, Miku Katahira, Makoto Aihara, Yutaka Suzuki, Sumiko Watanabe, Loss-of-function approach using mouse retinal explants showed pivotal roles of Nmnat2 in early and middle stages of retinal development, Molecular Biology of the Cell (2023) DOI:10.1091/mbc.e22-03-0078
- 寺井洋平, ゲノムから探るニホンオオカミと日本犬の歴史の紹介: ニホンオオカミと日本犬, Yaponesia (2022) *
- Tetsuo Kon, Kentaro Fukuta, Zelin Chen, Koto Kon-Nanjo, Kota Suzuki, Masakazu Ishikawa, Hikari Tanaka, Shawn M. Burgess, Hideki Noguchi, Atsushi Toyoda, Yoshihiro Omori, Single-cell transcriptomics of the goldfish retina reveals genetic divergence in the asymmetrically evolved subgenomes after allotetraploidization, Communications Biology (2022) DOI:10.1038/s42003-022-04351-3
■プレスリリース https://www.nagahama-i-bio.ac.jp/wordpress/wp-content/uploads/2022/12/release_oomori.pdf
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2022/12/research-highlights_ja/pr20221226.html - Kenta Shirasawa, Munetaka Hosokawa, Yasuo Yasui, Atsushi Toyoda, Sachiko Isobe, Chromosome-scale genome assembly of a Japanese chili pepper landrace, Capsicum annuum ‘Takanotsume’, DNA Research (2022) DOI:10.1093/dnares/dsac052
■プレスリリース https://www.kazusa.or.jp/news/pr20230111/ - Hiroyuki Kato, Keisuke Tateishi, Dosuke Iwadate, Keisuke Yamamoto, Hiroaki Fujiwara, Takuma Nakatsuka, Yotaro Kudo, Yoku Hayakawa, Hideaki Ijichi, Motoyuki Otsuka, Takahiro Kishikawa, Ryota Takahashi, Koji Miyabayashi, Yousuke Nakai, Yoshihiro Hirata, Atsushi Toyoda, Shinichi Morishita, Mitsuhiro Fujishiro, HNF1B‐driven three‐dimensional chromatin structure for molecular classification in pancreatic cancers, Cancer Science (2022) DOI:10.1111/cas.15690
- Hasan Maulahela, Dalla Doohan, Yudith Annisa Ayu Rezkhita, Ari Fahrial Syam, Langgeng Agung Waskito, Camilia Metadea Aji Savitri, Marselino Richardo, Abdul Rahman, Yoma Sari Namara, Hamzah Shatri, Andri Sanityoso, Gontar Alamsyah Siregar, Eko Sudarmo, Tomohisa Uchida, Ratha-korn Vilaichone, Yoshio Yamaoka, Muhammad Miftahussurur, Helicobacter pylori prevalence in Indonesia: Higher infection risk in Eastern region population, F1000Research (2022) DOI:10.12688/f1000research.127094.1
- Yoshimitsu Shimomura, Ling Zha, Sho Komukai, Nobuhiro Narii, Tomotaka Sobue, Tetsuhisa Kitamura, Satoshi Shiba, Sayaka Mizutani, Takuji Yamada, Norie Sawada, Shinichi Yachida, Mediation effect of intestinal microbiota on the relationship between fiber intake and colorectal cancer, International Journal of Cancer (2022) DOI:10.1002/ijc.34398 *
- Kakeru Yokoi, Seiichi Furukawa, Rui Zhou, Akiya Jouraku, Hidemasa Bono, Reference Genome Sequences of the Oriental Armyworm, Mythimna separata (Lepidoptera: Noctuidae), Insects (2022) DOI:10.3390/insects13121172
- Shuhei Yabe, Kiyoaki Muto, Keietsu Abe, Akira Yokota, Hubert Staudigel, Bradley M. Tebo, Vulcanimicrobium alpinus gen. nov. sp. nov., the first cultivated representative of the candidate phylum “Eremiobacterota”, is a metabolically versatile aerobic anoxygenic phototroph, ISME Communications (2022) DOI:10.1038/s43705-022-00201-9
- Masaharu Tsuji, Jun-ichi Ishihara, Atsushi Toyoda, Hiroki Takahashi, Sakae Kudoh, Genome Sequence of Basidiomycetous Yeast Mrakia gelida MGH-2, Isolated from Skarvsnes Ice-Free Area, East Antarctica, Microbiology Resource Announcements (2022) DOI:10.1128/mra.01064-22
- Natsumi Aoki, Songkui Cui, Chiharu Ito, Kie Kumaishi, Shungo Kobori, Yasunori Ichihashi, Satoko Yoshida, Phenolic signals for prehaustorium formation in Striga hermonthica, Frontiers in Plant Science (2022) DOI:10.3389/fpls.2022.1077996 *
- Nobuhiro Narii, Ling Zha, Tomotaka Sobue, Tetsuhisa Kitamura, Satoshi Shiba, Sayaka Mizutani, Takuji Yamada, Shinichi Yachida, Association between Diet and Fusobacterium nucleatum in the Feces of Healthy Adults: A hospital-based cross-sectional study, Cancer Prevention Research (2022) DOI:10.1158/1940-6207.capr-22-0399 *
- Amit Rai, Hideki Hirakawa, Megha Rai, Yohei Shimizu, Kenta Shirasawa, Shinji Kikuchi, Hikaru Seki, Mami Yamazaki, Atsushi Toyoda, Sachiko Isobe, Toshiya Muranaka, Kazuki Saito, Chromosome-scale genome assembly of Glycyrrhiza uralensis revealed metabolic gene cluster centred specialized metabolites biosynthesis, DNA Research (2022) DOI:10.1093/dnares/dsac043
- Shinya Komata, Shinichi Yoda, Yusuke KonDo, Souta Shinozaki, Kouki Tamai, Haruhiko Fujiwara, Functional unit of supergene in female-limited Batesian mimicry of Papilio polytes, Genetics (2022) DOI:10.1093/genetics/iyac177 *
- Koichi Yano, Hideki Noguchi, Hironori Niki, Profiling a single-stranded DNA region within an rDNA segment that affects the loading of bacterial condensin, iScience (2022) DOI:10.1016/j.isci.2022.105504
- Masatoshi Miyakoshi, Teppei Morita, Asaki Kobayashi, Anna Berger, Hiroki Takahashi, Yasuhiro Gotoh, Tetsuya Hayashi, Kan Tanaka, Glutamine synthetase mRNA releases sRNA from its 3′UTR to regulate carbon/nitrogen metabolic balance in Enterobacteriaceae, eLife (2022) DOI:10.7554/elife.82411
- Eri Koyanagi, Yoko Kakimoto, Tamiko Minamisawa, Fumiya Yoshifuji, Toyoaki Natsume, Atsushi Higashitani, Tomoo Ogi, Antony M. Carr, Masato T. Kanemaki, Yasukazu Daigaku, Global landscape of replicative DNA polymerase usage in the human genome, Nature Communications (2022) DOI:10.1038/s41467-022-34929-8 *
■プレスリリース https://www.jfcr.or.jp/laboratory/news/9874.html - Miho Koizumi, Hikaru Eto, Mai Saeki, Masahide Seki, Tsuyoshi Fukushima, Shoichiro Mukai, Hisamitsu Ide, Yasuyuki Sera, Masayuki Iwasaki, Yutaka Suzuki, Atsushi Tohei, Yusuke Kishi, Hiroaki Honda, UTX deficiency in neural stem/progenitor cells results in impaired neural development, fetal ventriculomegaly, and postnatal death, The FASEB Journal (2022) DOI:10.1096/fj.202201002rr
- Junichi Iwakiri, Kumiko Tanaka, Takeshi Chujo, Hiro Takakuwa, Tomohiro Yamazaki, Goro Terai, Kiyoshi Asai, Tetsuro Hirose, Remarkable improvement in detection of readthrough downstream-of-gene transcripts by semi-extractable RNA-sequencing, RNA (2022) DOI:10.1261/rna.079469.122
- Jianbo An, Yushi Nagaki, Satoru Motoyama, Yuta Kuze, Midori Hoshizaki, Kohei Kemuriyama, Tomokazu Yamaguchi, Takashi Ebihara, Yoshihiro Minamiya, Yutaka Suzuki, Yumiko Imai, Keiji Kuba, Identification of Galectin-7 as a crucial metastatic enhancer of squamous cell carcinoma associated with immunosuppression, Oncogene (2022) DOI:10.1038/s41388-022-02525-1 *
- Keiko Ishikawa, Shinya Sugimoto, Mayumi Oda, Masayuki Fujii, Sirirat Takahashi, Yuki Ohta, Ai Takano, Kazuhiro Ishimaru, Mami Matano, Kosuke Yoshida, Hikaru Hanyu, Kohta Toshimitsu, Kazuaki Sawada, Mariko Shimokawa, Megumu Saito, Kenta Kawasaki, Ryota Ishii, Koji Taniguchi, Takeshi Imamura, Takanori Kanai, Toshiro Sato, Identification of Quiescent LGR5 Stem Cells in the Human Colon, Gastroenterology (2022) DOI:10.1053/j.gastro.2022.07.081 *
■プレスリリース https://www.amed.go.jp/content/000102131.pdf - Masanori Yoshinaga, Kyuho Han, David W. Morgens, Takuro Horii, Ryosuke Kobayashi, Tatsuaki Tsuruyama, Fabian Hia, Shota Yasukura, Asako Kajiya, Ting Cai, Pedro H. C. Cruz, Alexis Vandenbon, Yutaka Suzuki, Yukio Kawahara, Izuho Hatada, Michael C. Bassik, Osamu Takeuchi, The N6-methyladenosine methyltransferase METTL16 enables erythropoiesis through safeguarding genome integrity, Nature Communications (2022) DOI:10.1038/s41467-022-34078-y
■プレスリリース https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-11-10 - Masa aki Yoshida, Kazuki Hirota, Junichi Imoto, Miki Okuno, Hiroyuki Tanaka, Rei Kajitani, Atsushi Toyoda, Takehiko Itoh, Kazuho Ikeo, Takenori Sasaki, Davin H E Setiamarga, Gene recruitments and dismissals in the argonaut genome provide insights into pelagic lifestyle adaptation and shell-like eggcase reacquisition, Genome Biology and Evolution (2022) DOI:10.1093/gbe/evac140
■プレスリリース https://research-er.jp/articles/view/115752 - Takeaki Tamura, Keiko Yamamoto Shimojima, Nobuhiko Okamoto, Hiroshi Yagasaki, Ichiro Morioka, Hitoshi Kanno, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, Toshiyuki Yamamoto, Long‐read sequence analysis for clustered genomic copy number aberrations revealed architectures of intricately intertwined rearrangements, American Journal of Medical Genetics Part A (2022) DOI:10.1002/ajmg.a.62997
- Yusuke Isshiki, Motohiko Oshima, Naoya Mimura, Kensuke Kayamori, Yurie Miyamoto-Nagai, Masahide Seki, Yaeko Nakajima-Takagi, Takashi Kanamori, Eisuke Iwamoto, Tomoya Muto, Shokichi Tsukamoto, Yusuke Takeda, Chikako Ohwada, Sonoko Misawa, Jun-ichiro Ikeda, Masashi Sanada, Satoshi Kuwabara, Yutaka Suzuki, Emiko Sakaida, Chiaki Nakaseko, Atsushi Iwama, Unraveling unique features of plasma cell clones in POEMS syndrome with single-cell analysis, JCI Insight (2022) DOI:10.1172/jci.insight.151482
■プレスリリース https://www.ims.u-tokyo.ac.jp/imsut/jp/about/press/page_00198.html - Masaharu Tsuji, Jun-ichi Ishihara, Atsushi Toyoda, Hiroki Takahashi, High-Quality Genome Sequence of Cystobasidium tubakii JCM 31526 T, Isolated from East Ongul Island, Antarctica, Microbiology Resource Announcements (2022) DOI:10.1128/mra.00741-22
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- Yu Toyoda, Masahiro Nakatochi, Akiyoshi Nakayama, Yusuke Kawamura, Hirofumi Nakaoka, Kenji Wakai, Keitaro Matsuo, Hirotaka Matsuo, Kimiyoshi Ichida, Yukinori Okada, Tappei Takada, Seiko Shimizu, Yuya Shirai, Ken Yamamoto, Ituro Inoue, SNP-based heritability estimates of gout and its subtypes determined by genome-wide association studies of clinically defined gout, Rheumatology (2022) DOI:10.1093/rheumatology/keac597
- Kota Itahashi, Takuma Irie, Junichiro Yuda, Shogo Kumagai, Tokiyoshi Tanegashima, Yi-Tzu Lin, Sho Watanabe, Yasushi Goto, Jun Suzuki, Keiju Aokage, Masahiro Tsuboi, Yosuke Minami, Genichiro Ishii, Yuichiro Ohe, Wataru Ise, Tomohiro Kurosaki, Yutaka Suzuki, Shohei Koyama, Hiroyoshi Nishikawa, BATF epigenetically and transcriptionally controls the activation program of regulatory T cells in human tumors, Science Immunology (2022) DOI:10.1126/sciimmunol.abk0957
■プレスリリース https://www.ncc.go.jp/jp/information/pr_release/2022/1008/index.html - Satoru Shinriki, Mayumi Hirayama, Akiko Nagamachi, Akihiko Yokoyama, Takeshi Kawamura, Akinori Kanai, Hidehiko Kawai, Junichi Iwakiri, Rin Liu, Manabu Maeshiro, Saruul Tungalag, Masayoshi Tasaki, Mitsuharu Ueda, Kazuhito Tomizawa, Naoyuki Kataoka, Takashi Ideue, Yutaka Suzuki, Kiyoshi Asai, Tokio Tani, Toshiya Inaba, Hirotaka Matsui, DDX41 coordinates RNA splicing and transcriptional elongation to prevent DNA replication stress in hematopoietic cells, Leukemia (2022) DOI:10.1038/s41375-022-01708-9
■プレスリリース https://www.kumamoto-u.ac.jp/daigakujouhou/kouhou/pressrelease/2022-file/release221012.pdf - Masaru Motojima, Masayuki Tanaka, Tsutomu Kume, Foxc1 and Foxc2 are indispensable for the maintenance of nephron and stromal progenitors in the developing kidney, Journal of Cell Science (2022) DOI:10.1242/jcs.260356
- Maya Matsunami, Mari Murai‐Hatano, Tsuneo Kuwagata, Uzuki Matsushima, Yoichi Hashida, Yoko Tominaga, Yusuke Masuya, Atsushi J. Nagano, Transcriptome dynamics of rice in natura : Response of above and below ground organs to microclimate, Plant, Cell & Environment (2022) DOI:10.1111/pce.14439
- Masaya Hayakawa, Maho Tokuda, Kensei Kaneko, Koichiro Nakamichi, Yukie Yamamoto, Tatsuya Kamijo, Honoka Umeki, Reimi Chiba, Ryo Yamada, Mitsuya Mori, Kosuke Yanagiya, Ryota Moriuchi, Masahiro Yuki, Hideo Dohra, Hiroyuki Futamata, Moriya Ohkuma, Kazuhide Kimbara, Masaki Shintani, Hitherto-Unnoticed Self-Transmissible Plasmids Widely Distributed among Different Environments in Japan, Applied and Environmental Microbiology (2022) DOI:10.1128/aem.01114-22
- Osamu Nishimura, John Rozewicki, Kazuaki Yamaguchi, Kaori Tatsumi, Yuta Ohishi, Tazro Ohta, Masaru Yagura, Taiki Niwa, Chiharu Tanegashima, Akinori Teramura, Shotaro Hirase, Akane Kawaguchi, Milton Tan, Salvatore D’Aniello, Filipe Castro, Andre Machado, Mitsumasa Koyanagi, Akihisa Terakita, Ryo Misawa, Masayuki Horie, Junna Kawasaki, Takashi Asahida, Atsuko Yamaguchi, Kiyomi Murakumo, Rui Matsumoto, Iker Irisarri, Norio Miyamoto, Atsushi Toyoda, Sho Tanaka, Tatsuya Sakamoto, Yasuko Semba, Shinya Yamauchi, Kazuyuki Yamada, Kiyonori Nishida, Itsuki Kiyatake, Keiichi Sato, Susumu Hyodo, Mitsutaka Kadota, Yoshinobu Uno, Shigehiro Kuraku, Squalomix: shark and ray genome analysis consortium and its data sharing platform, F1000Research (2022) DOI:10.12688/f1000research.123591.1
- Titong Sugihartono, Kartika Afrida Fauzia, Muhammad Miftahussurur, Langgeng Agung Waskito, Purwo Sri Rejeki, Reny I’tishom, Ricky Indra Alfaray, Dalla Doohan, Rizki Amalia, Camilia Metadea Aji Savitri, Yudith Annisa Ayu Rezkitha, Junko Akada, Takashi Matsumoto, Yoshio Yamaoka, Analysis of gastric microbiota and Helicobacter pylori infection in gastroesophageal reflux disease, Gut Pathogens (2022) DOI:10.1186/s13099-022-00510-3
- Shogo Kawamura, Facundo Romani, Masaru Yagura, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Shohei Yamaoka, Ryuichi Nishihama, Yasukazu Nakamura, Katsuyuki T Yamato, John L Bowman, Takayuki Kohchi, Yasuhiro Tanizawa, MarpolBase Expression: A Web-Based, Comprehensive Platform for Visualization and Analysis of Transcriptomes in the Liverwort Marchantia polymorpha, Plant and Cell Physiology (2022) DOI:10.1093/pcp/pcac129
- Hironori Hojo, Taku Saito, Xinjun He, Qiuyu Guo, Shoko Onodera, Toshifumi Azuma, Michinori Koebis, Kazuki Nakao, Atsu Aiba, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Hiroyuki Okada, Sakae Tanaka, Ung-il Chung, Andrew P. McMahon, Shinsuke Ohba, Runx2 regulates chromatin accessibility to direct the osteoblast program at neonatal stages, Cell Reports (2022) DOI:10.1016/j.celrep.2022.111315
■プレスリリース https://www.u-tokyo.ac.jp/content/400195586.pdf - Satoru Shinriki, Hirotaka Matsui, Unique role of DDX41, a DEAD-box type RNA helicase, in hematopoiesis and leukemogenesis, Frontiers in Oncology (2022) DOI:10.3389/fonc.2022.992340 *
- Keiki Nagaharu, Yasuhiro Kojima, Haruka Hirose, Kodai Minoura, Kunihiko Hinohara, Hirohito Minami, Yuki Kageyama, Yuka Sugimoto, Masahiro Masuya, Shigeru Nii, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Isao Tawara, Teppei Shimamura, Naoyuki Katayama, Hiroyoshi Nishikawa, Kohshi Ohishi, A bifurcation concept for B-lymphoid/plasmacytoid dendritic cells with largely fluctuating transcriptome dynamics, Cell Reports (2022) DOI:10.1016/j.celrep.2022.111260
■プレスリリース https://www.mie-u.ac.jp/R-navi/release/cat680/post-61.html - Atsushi Tanaka, Taizo A. Nakano, Masaki Nomura, Hiromi Yamazaki, Jan P. Bewersdorf, Roger Mulet-Lazaro, Simon Hogg, Bo Liu, Alex Penson, Akihiko Yokoyama, Weijia Zang, Marije Havermans, Miho Koizumi, Yasutaka Hayashi, Hana Cho, Akinori Kanai, Stanley C. Lee, Muran Xiao, Yui Koike, Yifan Zhang, Miki Fukumoto, Yumi Aoyama, Tsuyoshi Konuma, Hiroyoshi Kunimoto, Toshiya Inaba, Hideaki Nakajima, Hiroaki Honda, Hiroshi Kawamoto, Ruud Delwel, Omar Abdel-Wahab, Daichi Inoue, Aberrant EVI1 splicing contributes to EVI1-rearranged leukemia, Blood (2022) DOI:10.1182/blood.2021015325
■プレスリリース https://www.fbri-kobe.org/kbic/news/detail.php?news_id=1040 - Daisuke Sekine, Satoshi Oku, Tsukasa Nunome, Hideki Hirakawa, Mai Tsujimura, Toru Terachi, Atsushi Toyoda, Masayoshi Shigyo, Shusei Sato, Hikaru Tsukazaki, Development of a genome-wide marker design workflow for onions and its application in target amplicon sequencing-based genotyping, DNA Research (2022) DOI:10.1093/dnares/dsac020
■プレスリリース https://www.yamaguchi-u.ac.jp/wp-content/uploads/2022/09/22092223.pdf - 寺井洋平, ゲノムから探るニホンオオカミと日本犬の歴史, 生物の科学「遺伝」 (2022) *
- Mizuki Sakamoto, Daiyu Ito, Rei Inoue, Sayaka Wakayama, Yasuyuki Kikuchi, Li Yang, Erika Hayashi, Rina Emura, Hirosuke Shiura, Takashi Kohda, Satoshi H. Namekawa, Takashi Ishiuchi, Teruhiko Wakayama, Masatoshi Ooga, Paternally inherited H3K27me3 affects chromatin accessibility in mouse embryos produced by round spermatid injection, Development (2022) DOI:10.1242/dev.200696
- Ryota Chijimatsu, Shogo Kobayashi, Yu Takeda, Masatoshi Kitakaze, Shotaro Tatekawa, Yasuko Arao, Mika Nakayama, Naohiro Tachibana, Taku Saito, Daisuke Ennishi, Shuta Tomida, Kazuki Sasaki, Daisaku Yamada, Yoshito Tomimaru, Hidenori Takahashi, Daisuke Okuzaki, Daisuke Motooka, Takahito Ohshiro, Masateru Taniguchi, Yutaka Suzuki, Kazuhiko Ogawa, Masaki Mori, Yuichiro Doki, Hidetoshi Eguchi, Hideshi Ishii, Establishment of a reference single-cell RNA sequencing dataset for human pancreatic adenocarcinoma, iScience (2022) DOI:10.1016/j.isci.2022.104659
- Daisuke Kurotaki, Kenta Kikuchi, Kairong Cui, Wataru Kawase, Keita Saeki, Junpei Fukumoto, Akira Nishiyama, Kisaburo Nagamune, Keji Zhao, Keiko Ozato, Pedro P. Rocha, Tomohiko Tamura, Chromatin structure undergoes global and local reorganization during murine dendritic cell development and activation, Proceedings of the National Academy of Sciences (2022) DOI:10.1073/pnas.2207009119
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■プレスリリース https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-08-10-0 - Nanoka Suzuki, Akinori Kanai, Yutaka Suzuki, Hajime Ogino, Haruki Ochi, Adrenergic receptor signaling induced by Klf15, a regulator of regeneration enhancer, promotes kidney reconstruction, The Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (2022) DOI:10.1073/pnas.2204338119
■プレスリリース https://www2.id.yamagata-u.ac.jp/information/post-40.html - Ryuichi Koga, Minoru Moriyama, Naoko Onodera-Tanifuji, Yoshiko Ishii, Hiroki Takai, Masaki Mizutani, Kohei Oguchi, Reiko Okura, Shingo Suzuki, Yasuhiro Gotoh, Tetsuya Hayashi, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Yudai Nishide, Takahiro Hosokawa, Yuichi Wakamoto, Chikara Furusawa, Takema Fukatsu, Single mutation makes Escherichia coli an insect mutualist, Nature Microbiology (2022) DOI:10.1038/s41564-022-01179-9
■プレスリリース https://www.jst.go.jp/pr/announce/20220805-2/index.html - Chang Tang, Shoichiro Kurata, Naoyuki Fuse, Genetic dissection of innate immune memory in Drosophila melanogaster, Frontiers in Immunology (2022) DOI:10.3389/fimmu.2022.857707 *
- Yukari Tanaka, Riu Yamashita, Junko Kawashima, Hiroshi Mori, Ken Kurokawa, Shinji Fukuda, Yasuhiro Gotoh, Keiji Nakamura, Tetsuya Hayashi, Yoshiyuki Kasahara, Yukuto Sato, Shin Fukudo, Omics profiles of fecal and oral microbiota change in irritable bowel syndrome patients with diarrhea and symptom exacerbation, Journal of Gastroenterology (2022) DOI:10.1007/s00535-022-01888-2
- Masaharu Tsuji, Jun-ichi Ishihara, Yasuhiro Gotoh, Tetsuya Hayashi, Hiroki Takahashi, Draft Genome Sequences of Five Cystobasidium ongulense Strains Isolated from Areas near Syowa Station, East Antarctica, Microbiology Resource Announcements (2022) DOI:10.1128/mra.00224-22
- Momoko Tokura, Jun Nakayama, Marta Prieto-Vila, Sho Shiino, Masayuki Yoshida, Tomofumi Yamamoto, Naoaki Watanabe, Shin Takayama, Yutaka Suzuki, Koji Okamoto, Takahiro Ochiya, Takashi Kohno, Yasushi Yatabe, Akihiko Suto, Yusuke Yamamoto, Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Intratumoral Heterogeneity and Molecular Features of Ductal Carcinoma In Situ, Cancer Research (2022) DOI:10.1158/0008-5472.can-22-0090
- Rumiko Suzuki, Naruya Saitou, Osamu Matsuari, Seiji Shiota, Takashi Matsumoto, Junko Akada, Nagisa Kinjo, Fukunori Kinjo, Kuniko Teruya, Makiko Shimoji, Akino Shiroma, Mototsugu Kato, Kazuhito Satou, Takashi Hirano, Masahiro Asaka, Kirill Kryukov, Yoshan Moodley, Yoshio Yamaoka, Helicobacter pylori genomes reveal Paleolithic human migration to the east end of Asia, iScience (2022) DOI:10.1016/j.isci.2022.104477 *
- Shinya Komata, Chung-Ping Lin, Haruhiko Fujiwara, doublesex Controls Both Hindwing and Abdominal Mimicry Traits in the Female-Limited Batesian Mimicry of Papilio memnon, Frontiers in Insect Science (2022) DOI:10.3389/finsc.2022.929518 *
- Ryo Ichijo, Koichiro Maki, Mio Kabata, Teruasa Murata, Arata Nagasaka, Seiichiro Ishihara, Hisashi Haga, Tetsuya Honda, Taiji Adachi, Takuya Yamamoto, Fumiko Toyoshima, Vasculature atrophy causes a stiffened microenvironment that augments epidermal stem cell differentiation in aged skin, Nature Aging (2022) DOI:10.1038/s43587-022-00244-6
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- Hiroki Murai, Takahiro Kodama, Kazuki Maesaka, Shoichiro Tange, Daisuke Motooka, Yutaka Suzuki, Yasuyuki Shigematsu, Kentaro Inamura, Yoshihiro Mise, Akio Saiura, Yoshihiro Ono, Yu Takahashi, Yota Kawasaki, Satoshi Iino, Shogo Kobayashi, Masashi Idogawa, Takashi Tokino, Tomomi Hashidate‐Yoshida, Hideo Shindou, Masanori Miyazaki, Yasuharu Imai, Satoshi Tanaka, Eiji Mita, Kazuyoshi Ohkawa, Hayato Hikita, Ryotaro Sakamori, Tomohide Tatsumi, Hidetoshi Eguchi, Eiichi Morii, Tetsuo Takehara, Multiomics identifies the link between intratumor steatosis and the exhausted tumor immune microenvironment in hepatocellular carcinoma, Hepatology (2022) DOI:10.1002/hep.32573
■プレスリリース https://www.med.osaka-u.ac.jp/activities/results/2022year/takehara2022-5-16 - Shinya Komata, Rei Kajitani, Takehiko Itoh, Haruhiko Fujiwara, Genomic architecture and functional unit of mimicry supergene in female limited Batesian mimic Papilio butterflies, Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences (2022) DOI:10.1098/rstb.2021.0198 *
- Ikuo Miura, Foyez Shams, Daniel Lee Jeffries, Yukako Katsura, Shuuji Mawaribuchi, Nicolas Perrin, Michihiko Ito, Mitsuaki Ogata, Tariq Ezaz, Identification of ancestral sex chromosomes in the frog Glandirana rugosa bearing XX‐XY and ZZ‐ZW sex‐determining systems, Molecular Ecology (2022) DOI:10.1111/mec.16551 *
■プレスリリース https://www.hiroshima-u.ac.jp/system/files/187829/プレスリリース(ツチガエルが持つ、世界に類を見ない性染色体進化の全体像を解明).pdf - Takumi Kamiyama, Yuko Shimada-Niwa, Hiroyuki Tanaka, Minami Katayama, Takayoshi Kuwabara, Hitoha Mori, Akari Kunihisa, Takehiko Itoh, Atsushi Toyoda, Ryusuke Niwa, Whole-genome sequencing analysis and protocol for RNA interference of the endoparasitoid wasp Asobara japonica, DNA Research (2022) DOI:10.1093/dnares/dsac019
■プレスリリース https://www.tsukuba.ac.jp/journal/pdf/p20220614140000.pdf - Daiki Hiratsuka, Shizu Aikawa, Yasushi Hirota, Yamato Fukui, Shun Akaeda, Takehiro Hiraoka, Mitsunori Matsuo, Yutaka Osuga, DNA Methylation and Histone Modification Are the Possible Regulators of Preimplantation Blastocyst Activation in Mice, Reproductive Sciences (2022) DOI:10.1007/s43032-022-00988-x
- Anna Kokla, Martina Leso, Xiang Zhang, Jan Simura, Phanu T. Serivichyaswat, Songkui Cui, Karin Ljung, Satoko Yoshida, Charles W. Melnyk, Nitrogen represses haustoria formation through abscisic acid in the parasitic plant Phtheirospermum japonicum, Nature Communications (2022) DOI:10.1038/s41467-022-30550-x *
- Hidefumi Suzuki, Ryota Abe, Miho Shimada, Tomonori Hirose, Hiroko Hirose, Keisuke Noguchi, Yoko Ike, Nanami Yasui, Kazuki Furugori, Yuki Yamaguchi, Atsushi Toyoda, Yutaka Suzuki, Tatsuro Yamamoto, Noriko Saitoh, Shigeo Sato, Chieri Tomomori-Sato, Ronald C. Conaway, Joan W. Conaway, Hidehisa Takahashi, The 3′ Pol II pausing at replication-dependent histone genes is regulated by Mediator through Cajal bodies’ association with histone locus bodies, Nature Communications (2022) DOI:10.1038/s41467-022-30632-w
■プレスリリース https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/d0md7n000000fqov-att/YCUrelease_takahashi_202205.pdf - Issei Nakazato, Miki Okuno, Chang Zhou, Takehiko Itoh, Nobuhiro Tsutsumi, Mizuki Takenaka, Shin-ichi Arimura, Targeted base editing in the mitochondrial genome of Arabidopsis thaliana, Proceedings of the National Academy of Sciences (2022) DOI:10.1073/pnas.2121177119
■プレスリリース https://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/topics_20220516-1.html - Minoru Moriyama, Toshinari Hayashi, Takema Fukatsu, A mucin protein predominantly expressed in the female-specific symbiotic organ of the stinkbug Plautia stali, Scientific Reports (2022) DOI:10.1038/s41598-022-11895-1
- Arikuni Uchimura, Hirotaka Matsumoto, Yasunari Satoh, Yohei Minakuchi, Sayaka Wakayama, Teruhiko Wakayama, Mayumi Higuchi, Masakazu Hashimoto, Ryutaro Fukumura, Atsushi Toyoda, Yoichi Gondo, Takeshi Yagi, Early embryonic mutations reveal dynamics of somatic and germ cell lineages in mice, Genome Research (2022) DOI:10.1101/gr.276363.121
■プレスリリース https://www.fbs.osaka-u.ac.jp/ja/research_results/papers/detail/1043
https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2022/20220510_1 - Kouji Hirota, Masato Ooka, Naoto Shimizu, Kousei Yamada, Masataka Tsuda, Mahmoud Abdelghany Ibrahim, Shintaro Yamada, Hiroyuki Sasanuma, Mitsuko Masutani, Shunichi Takeda, XRCC1 counteracts poly(ADP ribose)polymerase (PARP) poisons, olaparib and talazoparib, and a clinical alkylating agent, temozolomide, by promoting the removal of trapped PARP1 from broken DNA, Genes to Cells (2022) DOI:10.1111/gtc.12929 *
- Ryoma Kamikawa, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takuro Nakayama, Ryo Onuma, Ugo Cenci, Daniel Moog, Samuel Speak, Krisztina Sarkozi, Andrew Toseland, Cock van Oosterhout, Kaori Oyama, Misako Kato, Keitaro Kume, Motoki Kayama, Tomonori Azuma, Ken-ichiro Ishii, Hideaki Miyashita, Bernard Henrissat, Vincent Lombard, Joe Win, Sophien Kamoun, Yuichiro Kashiyama, Shigeki Mayama, Shin-ya Miyagishima, Goro Tanifuji, Thomas Mock, Yasukazu Nakamura, Genome evolution of a nonparasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida, Science Advances (2022) DOI:10.1126/sciadv.abi5075
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- Yee Kien Chong, Sarang Tartey, Yuki Yoshikawa, Koshi Imami, Songling Li, Masanori Yoshinaga, Ai Hirabayashi, Guohao Liu, Alexis Vandenbon, Fabian Hia, Takuya Uehata, Takashi Mino, Yutaka Suzuki, Takeshi Noda, Dominique Ferrandon, Daron M. Standley, Yasushi Ishihama, Osamu Takeuchi, Cyclin J-CDK complexes limit innate immune responses by reducing proinflammatory changes in macrophage metabolism, Science Signaling (2022) DOI:10.1126/scisignal.abm5011
■プレスリリース https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-04-13 - Yu Toyoda, Yusuke Kawamura, Akiyoshi Nakayama, Keito Morimoto, Seiko Shimizu, Yuki Tanahashi, Takashi Tamura, Takaaki Kondo, Yasufumi Kato, Kimiyoshi Ichida, Hiroshi Suzuki, Nariyoshi Shinomiya, Yasushi Kobayashi, Tappei Takada, Hirotaka Matsuo, OAT10/SLC22A13 Acts as a Renal Urate Re-Absorber: Clinico-Genetic and Functional Analyses With Pharmacological Impacts, Frontiers in Pharmacology (2022) DOI:10.3389/fphar.2022.842717
- Takehiro Hiraoka, Yasushi Hirota, Shizu Aikawa, Rei Iida, Chihiro Ishizawa, Tetsuaki Kaku, Tomoyuki Hirata, Yamato Fukui, Shun Akaeda, Mitsunori Matsuo, Ryoko Shimizu-Hirota, Norihiko Takeda, Yutaka Osuga, Constant activation of STAT3 contributes to the development of adenomyosis in females, Endocrinology (2022) DOI:10.1210/endocr/bqac044 *
- Akio Chiba, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Yuki Kinjo, Yoshimitsu Mizunoe, Shinya Sugimoto, Staphylococcus aureus utilizes environmental RNA as a building material in specific polysaccharide-dependent biofilms, npj Biofilms and Microbiomes (2022) DOI:10.1038/s41522-022-00278-z
■プレスリリース https://www.jst.go.jp/pr/announce/20220404/index.html - Tsuneo Kuwagata, Mari Murai-Hatano, Maya Matsunami, Shingo Terui, Atsushi J. Nagano, Atsushi Maruyama, Sachinobu Ishida, Hydrometeorology for plant omics: Potential evaporation as a key index for transcriptome in rice, Environmental and Experimental Botany (2022) DOI:10.1016/j.envexpbot.2021.104724
- Hiroyuki Kato, Keisuke Tateishi, Hiroaki Fujiwara, Takuma Nakatsuka, Keisuke Yamamoto, Yotaro Kudo, Yoku Hayakawa, Hayato Nakagawa, Yasuo Tanaka, Hideaki Ijichi, Motoyuki Otsuka, Dosuke Iwadate, Hiroki Oyama, Sachiko Kanai, Kensaku Noguchi, Tatsunori Suzuki, Tatsuya Sato, Ryunosuke Hakuta, Kazunaga Ishigaki, Kei Saito, Tomotaka Saito, Naminatsu Takahara, Takahiro Kishikawa, Tsuyoshi Hamada, Ryota Takahashi, Koji Miyabayashi, Suguru Mizuno, Hirofumi Kogure, Yousuke Nakai, Yoshihiro Hirata, Atsushi Toyoda, Kazuki Ichikawa, Wei Qu, Shinichi Morishita, Junichi Arita, Mariko Tanaka, Tetsuo Ushiku, Kiyoshi Hasegawa, Mitsuhiro Fujishiro, Kazuhiko Koike, MNX1-HNF1B Axis Is Indispensable for Intraductal Papillary Mucinous Neoplasm Lineages, Gastroenterology (2022) DOI:10.1053/j.gastro.2021.12.254
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・2022年3月31日以前に発表された支援成果
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- Kaori Oka, Shusuke Fujioka, Yoshimi Kawamura, Yoshihiro Komohara, Takeshi Chujo, Koki Sekiguchi, Yuki Yamamura, Yuki Oiwa, Natsuko Omamiuda-Ishikawa, Shohei Komaki, Yoichi Sutoh, Satoko Sakurai, Kazuhito Tomizawa, Hidemasa Bono, Atsushi Shimizu, Kimi Araki, Takuya Yamamoto, Yasuhiro Yamada, Hiroyuki Oshiumi, Kyoko Miura, Resistance to chemical carcinogenesis induction via a dampened inflammatory response in naked mole-rats, Communications Biology (2022) DOI:10.1038/s42003-022-03241-y
■プレスリリース https://www.kumamoto-u.ac.jp/daigakujouhou/kouhou/pressrelease/2021-file/release220329.pdf - Yuya Shirai, Akiyoshi Nakayama, Yusuke Kawamura, Yu Toyoda, Masahiro Nakatochi, Seiko Shimizu, Nariyoshi Shinomiya, Yukinori Okada, Hirotaka Matsuo, Coffee Consumption Reduces Gout Risk Independently of Serum Uric Acid Levels: Mendelian Randomization Analyses Across Ancestry Populations, ACR Open Rheumatology (2022) DOI:10.1002/acr2.11425
■プレスリリース http://ndmc-ipb.browse.jp/DL/researchNDMC202200404HP.pdf - Norman Chinweike Asogwa, Noriyuki Toji, Ziwei He, Chengru Shao, Yukino Shibata, Shoji Tatsumoto, Hiroe Ishikawa, Yasuhiro Go, Kazuhiro Wada, Nicotinic acetylcholine receptors in a songbird brain, Journal of Comparative Neurology (2022) DOI:10.1002/cne.25314 *
- Hirotsugu Shiroma, Satoshi Shiba, Pande Putu Erawijantari, Hiroyuki Takamaru, Masayoshi Yamada, Taku Sakamoto, Yukihide Kanemitsu, Sayaka Mizutani, Tomoyoshi Soga, Yutaka Saito, Tatsuhiro Shibata, Shinji Fukuda, Shinichi Yachida, Takuji Yamada, Surgical Treatment for Colorectal Cancer Partially Restores Gut Microbiome and Metabolome Traits, mSystems (2022) DOI:10.1128/msystems.00018-22 *
- Niu M, Kasai A, Tanuma M, Seiriki K, Igarashi H, Kuwaki T, Nagayasu K, Miyaji K, Ueno H, Tanabe W, Seo K, Yokoyama R, Ohkubo J, Ago Y, Hayashida M, Inoue KI, Takada M, Yamaguchi S, Nakazawa T, Kaneko S, Okuno H, Yamanaka A, Hashimoto H., Claustrum mediates bidirectional and reversible control of stress-induced anxiety responses, Science Advances (2022) DOI:10.1126/sciadv.abi6375 *
- Minami Matsunaka, Nguyen Cong Thanh, Tatsuya Uedoi, Takashi Iida, Yasuhiro Fujino, Taketo Ohmori, Yasuaki Hiromasa, Toshihisa Ohshima, Katsumi Doi, Complete Genome Sequence of Bacillus cereus Strain HT18, Isolated from Forest Soil, Microbiology Resource Announcements (2022) DOI:10.1128/mra.01106-21
- Ishibashi Tomoki, Matsuno Kenji, extra macrochaetae, encoding Drosophila Id, controls apical cell shape in the hindgut epithelium, microPublication Biology. (2022) DOI:10.17912/micropub.biology.000526 *
- Misaki OKAHATA, Haruka MOTOMURA, Akane OHTA, Atsushi KUHARA, Molecular physiology regulating cold tolerance and acclimation of Caenorhabditis elegans, Proceedings of the Japan Academy, Series B (2022) DOI:10.2183/pjab.98.009 *
- Saori Sakaue, Kazuyoshi Hosomichi, Jun Hirata, Hirofumi Nakaoka, Keiko Yamazaki, Makoto Yawata, Nobuyo Yawata, Tatsuhiko Naito, Junji Umeno, Takaaki Kawaguchi, Toshiyuki Matsui, Satoshi Motoya, Yasuo Suzuki, Hidetoshi Inoko, Atsushi Tajima, Takayuki Morisaki, Koichi Matsuda, Yoichiro Kamatani, Kazuhiko Yamamoto, Ituro Inoue, Yukinori Okada, Decoding the diversity of killer immunoglobulin-like receptors by deep sequencing and a high-resolution imputation method, Cell Genomics (2022) DOI:10.1016/j.xgen.2022.100101
- Yu Takeda, Ryota Chijimatsu, Ken Ofusa, Shogo Kobayashi, Yuichiro Doki, Hidetoshi Eguchi, Hideshi Ishii, Cancer metabolism challenges genomic instability and clonal evolution as therapeutic targets, Cancer Science (2022) DOI:10.1111/cas.15279 *
- Filipa F. Vale, Philippe Lehours, Yoshio Yamaoka, Editorial: The Role of Mobile Genetic Elements in Bacterial Evolution and Their Adaptability, Frontiers in Microbiology (2022) DOI:10.3389/fmicb.2022.849667 *
- Yuanhai You et al., Genomic differentiation within East Asian Helicobacter pylori, Microbial genomics (2022) DOI:10.1099/mgen.0.000676 *
- Manako Yamaguchi, Hirofumi Nakaoka, Kazuaki Suda, Kosuke Yoshihara, Tatsuya Ishiguro, Nozomi Yachida, Kyota Saito, Haruka Ueda, Kentaro Sugino, Yutaro Mori, Kaoru Yamawaki, Ryo Tamura, Sundaramoorthy Revathidevi, Teiichi Motoyama, Kazuki Tainaka, Roel G. W. Verhaak, Ituro Inoue, Takayuki Enomoto, Spatiotemporal dynamics of clonal selection and diversification in normal endometrial epithelium, Nature Communications (2022) DOI:10.1038/s41467-022-28568-2
■プレスリリース https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20220217.pdf - Shogo Kumagai, Shohei Koyama, Kota Itahashi, Tokiyoshi Tanegashima, Yi-tzu Lin, Yosuke Togashi, Takahiro Kamada, Takuma Irie, Genki Okumura, Hidetoshi Kono, Daisuke Ito, Rika Fujii, Sho Watanabe, Atsuo Sai, Shota Fukuoka, Eri Sugiyama, Go Watanabe, Takuya Owari, Hitomi Nishinakamura, Daisuke Sugiyama, Yuka Maeda, Akihito Kawazoe, Hiroki Yukami, Keigo Chida, Yuuki Ohara, Tatsuya Yoshida, Yuki Shinno, Yuki Takeyasu, Masayuki Shirasawa, Kenta Nakama, Keiju Aokage, Jun Suzuki, Genichiro Ishii, Takeshi Kuwata, Naoya Sakamoto, Masahito Kawazu, Toshihide Ueno, Taisuke Mori, Naoya Yamazaki, Masahiro Tsuboi, Yasushi Yatabe, Takahiro Kinoshita, Toshihiko Doi, Kohei Shitara, Hiroyuki Mano, Hiroyoshi Nishikawa, Lactic acid promotes PD-1 expression in regulatory T cells in highly glycolytic tumor microenvironments, Cancer Cell (2022) DOI:10.1016/j.ccell.2022.01.001
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- Quan Wu, Yuichi Shichino, Takaya Abe, Taeko Suetsugu, Ayaka Omori, Hiroshi Kiyonari, Shintaro Iwasaki, Fumio Matsuzaki, Selective translation of epigenetic modifiers affects the temporal pattern and differentiation of neural stem cells, Nature Communications (2022) DOI:10.1038/s41467-022-28097-y *
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- Katsunori Tamagawa, Kotone Yoshida, Shiori Ohrui, Yuma Takahashi, Population transcriptomics reveals the effect of gene flow on the evolution of range limits, Scientific Reports (2022) DOI:10.1038/s41598-022-05248-1
- Satoshi Kitamura, Katsuya Satoh, Yutaka Oono, Detection and characterization of genome-wide mutations in M1 vegetative cells of gamma-irradiated Arabidopsis, PLOS Genetics (2022) DOI:10.1371/journal.pgen.1009979
■プレスリリース https://www.qst.go.jp/site/press/20220121.html - Phawinee Subsomwong, Dalla Doohan, Kartika Afrida Fauzia, Junko Akada, Takashi Matsumoto, Than Than Yee, Kyaw Htet, Langgeng Agung Waskito, Vo Phuoc Tuan, Tomohisa Uchida, Takeshi Matsuhisa, Yoshio Yamaoka, Next-Generation Sequencing-Based Study of Helicobacter pylori Isolates from Myanmar and Their Susceptibility to Antibiotics, Microorganisms (2022) DOI:10.3390/microorganisms10010196
- Mizuki Horoiwa, Takashi Nakamura, Hideaki Yuasa, Rei Kajitani, Yosuke Ameda, Tetsuro Sasaki, Hiroki Taninaka, Taisei Kikuchi, Takehisa Yamakita, Atsushi Toyoda, Takehiko Itoh, Nina Yasuda, Integrated population genomic analysis and numerical simulation to estimate larval dispersal of Acanthaster cf. solaris between Ogasawara and other Japanese regions, Frontiers in Marine Science (2022) DOI:10.3389/fmars.2021.688139 *
- Shun-Jen Chang, Yu Toyoda, Yusuke Kawamura, Takahiro Nakamura, Masahiro Nakatochi, Akiyoshi Nakayama, Wei-Ting Liao, Seiko Shimizu, Tappei Takada, Kenji Takeuchi, Kenji Wakai, Yongyong Shi, Nariyoshi Shinomiya, Chung-Jen Chen, Changgui Li, Yukinori Okada, Kimiyoshi Ichida, Hirotaka Matsuo, Yuya Shirai, Kenji Wakai, Toru Shimizu, Hiroshi Ooyama, Keiko Ooyama, Mitsuo Nagase, Yuji Hidaka, Hiroshi Nakashima, Yutaka Sakurai, Masashi Tsunoda, A meta-analysis of genome-wide association studies using Japanese and Taiwanese has revealed novel loci associated with gout susceptibility, Human Cell (2022) DOI:10.1007/s13577-021-00665-2
- Shizu Aikawa, Yasushi Hirota, Yamato Fukui, Chihiro Ishizawa, Rei IIda, Tetsuaki Kaku, Tomoyuki Hirata, Shun Akaeda, Takehiro Hiraoka, Mitsunori Matsuo, Yutaka Osuga, A gene network of uterine luminal epithelium organizes mouse blastocyst implantation, Reproductive Medicine and Biology (2022) DOI:10.1002/rmb2.12435 *
- Yumi Enomoto, Takayuki Yokoi, Yoshinori Tsurusaki, Hiroaki Murakami, Makiko Tominaga, Mari Minatogawa, Chihiro Abe‐Hatano, Yukiko Kuroda, Ikuko Ohashi, Kazumi Ida, Shizuka Shiiya, Tatsuro Kumaki, Takuya Naruto, Jun Mitsui, Noriaki Harada, Yasuhiro Kido, Kenji Kurosawa, Divergent variant patterns among 19 patients with Rubinstein‐Taybi syndrome uncovered by comprehensive genetic analysis including whole genome sequencing, Clinical Genetics (2022) DOI:10.1111/cge.14103 *
- Bohu Pan, Luyao Ren, Vitor Onuchic, Meijian Guan, Rebecca Kusko, Steve Bruinsma, Len Trigg, Andreas Scherer, Baitang Ning, Chaoyang Zhang, Christine Glidewell-Kenney, Chunlin Xiao, Eric Donaldson, Fritz J. Sedlazeck, Gary Schroth, Gokhan Yavas, Haiying Grunenwald, Haodong Chen, Heather Meinholz, Joe Meehan, Jing Wang, Jingcheng Yang, Jonathan Foox, Jun Shang, Kelci Miclaus, Lianhua Dong, Leming Shi, Marghoob Mohiyuddin, Mehdi Pirooznia, Ping Gong, Rooz Golshani, Russ Wolfinger, Samir Lababidi, Sayed Mohammad Ebrahim Sahraeian, Steve Sherry, Tao Han, Tao Chen, Tieliu Shi, Wanwan Hou, Weigong Ge, Wen Zou, Wenjing Guo, Wenjun Bao, Wenzhong Xiao, Xiaohui Fan, Yoichi Gondo, Ying Yu, Yongmei Zhao, Zhenqiang Su, Zhichao Liu, Weida Tong, Wenming Xiao, Justin M. Zook, Yuanting Zheng, Huixiao Hong, Assessing reproducibility of inherited variants detected with short-read whole genome sequencing, Genome Biology (2022) DOI:10.1186/s13059-021-02569-8 *
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- Vo Phuoc Tuan, Koji Yahara, Ho Dang Quy Dung, Tran Thanh Binh, Pham Huu Tung, Tran Dinh Tri, Ngo Phuong Minh Thuan, Vu Van Khien, Tran Thi Huyen Trang, Bui Hoang Phuc, Evariste Tshibangu-Kabamba, Takashi Matsumoto, Junko Akada, Rumiko Suzuki, Tadayoshi Okimoto, Masaaki Kodama, Kazunari Murakami, Hirokazu Yano, Masaki Fukuyo, Noriko Takahashi, Mototsugu Kato, Shin Nishiumi, Takashi Azuma, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Atsushi Toyoda, Ichizo Kobayashi, Yoshio Yamaoka, Genome-wide association study of gastric cancer- and duodenal ulcer-derived Helicobacter pylori strains reveals discriminatory genetic variations and novel oncoprotein candidates, Microbial Genomics (2021) DOI:10.1099/mgen.0.000680
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上記以前に報告のあった支援成果はこちら
班員による支援技術高度化のための成果論文
第1期「先進ゲノム支援」の支援成果はこちら