先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

2020年度第3回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」 – 指針改正と多機関共同研究の一括審査にむけて –

2020年度第3回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
– 指針改正と多機関共同研究の一括審査にむけて –

◆概要
2018年より文科省・厚労省・経産省の合同委員会およびタスクフォースにおいて実施されてきた、ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針(ゲノム指針)、人を対象とする医学系研究に関する倫理指針(医学系指針)の見直しと統合に向けた検討では、現在パブリックコメントが終了、告示間近となりました。考える会でも、一昨年度より、指針改正に向けたアンケート調査やワークショップを開催し、検討を行なってきました。そこで今回、指針改正と、新統合指針で検討されている多機関共同研究の一括審査等をテーマにヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。是非ご参加下さい。

◆日時:2020年10月17日(土)13:30-17:00

◆開催形式:オンラインシンポジウム
# 事前に参加登録を頂いた方に当日参加用URLをお知らせします。
# ブラウザから参加できるシステム(ユーザ登録不要)を使用します。
# パソコン・スマホで全国どこからでもご参加頂けます。

◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆参加費:無料
◆詳細・申込:
下記ページのフォームから参加登録をお願いします。
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20201017.php/
[事前参加登録:10月14日(水)17:00まで]

◆主催:文部科学省科学研究費新学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット (GSユニット)
◆問合せ:大阪大学大学院医学系研究科医の倫理と公共政策学
    email: workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

平成28年度に文部科学省科学研究費助成事業新学術領域研究(学術研究支援基盤形成)先端技術基盤支援プログラム「先端バイオイメージング支援プラットフォーム(ABiS)」がスタートし、5年目を迎えています。
本事業では、生理学研究所・基礎生物学研究所を中核機関として、各種の先端・特殊イメージング機器を運用している国内連携機関がプラットフォームを組織し、生命科学研究領域において近年必要性が高まっている生物イメージングの先端的支援を進めております。
このたび、オンライン支援説明会を開催することとなりました。

◆日時 2020年9月29日(火)
 【第1部】 支援紹介  13:00 – 16:30(予定)
 【第2部】 支援相談  16:40 – 18:00(予定)

オンラインにて、支援内容や応募方法をご紹介するとともに、支援担当者に相談していただける時間を設けます。尚、説明会開催中の入退場は自由にしていただいて構いません。
ご興味のある方・バイオイメージングでお悩みの方は是非ご参加くださいますようご案内申し上げます。
さらに、現下の “with COVID-19”, “post COVID-19″において、より発展的なバイオイメージング支援活動を進めていきたいと考えております。この機会に是非当事業の活用をご検討いただくとともに、ご意見やご要望を頂戴できればと思います。

◆詳細・申込方法は下記ページをご覧ください。
https://www.nibb.ac.jp/abis/event/ev20200929

◆問い合わせ先
先端バイオイメージング支援プラットフォーム(ABiS)事務局
〒444-8585 愛知県岡崎市明大寺町字西郷中38
Tel:0564-55-7804 e-mail:abis-office@nips.ac.jp
担当:丸山めぐみ(生理学研究所) 真野昌二(基礎生物学研究所)
ABiSオフィシャルサイト:https://www.nibb.ac.jp/abis/

【2020年度第2回ヒトゲノム研究倫理を考える会】
– 二次利用における同意を考える –

◆概要:
「同意」とは何か、今年度は様々な同意をとりあげ考えていきます。第2回の今回は、近年のゲノム研究の長期化や産学連携研究の発展などで新たに課題となっている「二次利用における同意」をテーマにとりあげ、商用利用などを含む試料・情報の二次利用における同意や、Personal Health Record等の医療情報の活用について考えるヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。全国どこからでも参加できるウェビナー形式で開催しますので、是非ご参加下さい。

◆日時:2020年8月25日(火)15:00-17:00

◆開催形式:ウェビナー(オンラインセミナー)
# 事前に参加登録を頂いた方に前日の8月24日(月)17:00までに参加用URLなどの当日参加情報をお知らせします。
# ブラウザから誰でも参加できるシステム(ユーザ登録不要)を使用します。
# パソコン・スマホで全国どこからでもご参加頂けます。

◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆参加費:無料
◆詳細・申込:
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20200825.php/
◆参加登録:[事前参加登録:8月21日(金)17:00まで]

◆主催:文部科学省科学研究費進学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
◆問合せ:大阪大学大学院医学系研究科医の倫理と公共政策学
    workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

【2020年度第1回ヒトゲノム研究倫理を考える会】
– 今、同意について考える –

◆概要:
そもそも「同意」とは何でしょうか?また、ヒトゲノム研究における「同意」とはどのようにあるべきでしょうか?研究の大規模化、長期化等が益々進みつつある現在、研究参加における同意の重要性が改めて問われています。また、二次利用の同意など新たな同意に関する課題も指摘されています。そこで今回、「今、同意について考える」をテーマに、医学研究における同意や、法律面から同意について再考するヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。全国どこからでも参加できるウェビナー形式で開催しますので、是非ご参加下さい。

◆日時:2020年6月25日(木)13:00-15:00
◆開催形式:ウェビナー(オンラインセミナー)
# 事前に参加登録を頂いた方に前日の6月24日(水)17:00までに参加用URLなどの当日参加情報をお知らせします。
# ブラウザから誰でも参加できるシステム(ユーザ登録不要)を使用します。
# パソコン・スマホで全国どこからでもご参加頂けます。

◆参加費:無料
◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆詳細・申込:
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20200625.php/
◆参加登録:[事前参加登録:6月23日(火)17:00まで]

◆主催:文部科学省科学研究費進学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
◆問合せ:大阪大学大学院医学系研究科医の倫理と公共政策学
     workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

新型コロナウイルス感染症に関して、政府から発出された「新型コロナウイルス感染症対策の基本方針」に鑑み、講習会事務局としては止むを得ず開催延期を決定致しました。延期後の開催日時は、後日受講予定の方にご連絡させていただきます。皆様のご理解とご協力の程、何卒よろしくお願い申し上げます。

PAGS・DDBJ・DBCLS合同情報解析講習会のご案内

「先進ゲノム支援」(先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム:PAGS)は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度第2回目となる今回は、遺伝研スパコンの概要を解説するとともに、Linuxの基礎から遺伝研スパコンの使い方、さらにはRNA-seq解析などの実践例題を中心に、以下の要領で情報解析講習会を開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報・DDBJセンター(DDBJ)、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が合同で開催いたします。

<2019年度第2回情報解析講習会>

■日 時:
2020年3月12日(木) 12:40~17:20 (予定) 開催延期
■会 場:
国立遺伝学研究所(DDBJ)静岡県三島市谷田1111
■想定スキルレベル:
UNIX初心者
■募集人員:
若手研究者20名程度

  • 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
  • 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
  • 各自のPCを持参ください(Windows、Macいずれも可)
  • 遺伝研スパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方は当選確定後直ちに取得して頂く必要があります。
■参加費用:
無料(旅費等は参加者でご負担下さい。)

■受講者が講習当日までに準備すべき項目:

遺伝研スパコンアカウントの取得、およびスパコンを使用するための準備(ソフトウェアのインストール等)をして頂く必要があります。(詳細は後日、受講者にご連絡致します。)

■講習会スケジュール(予定):

【2020年3月12日(木)】
12:40~13:10 遺伝研スパコン概要説明
13:10~14:10 遺伝研スパコンへの接続方法、UNIX基本コマンド
14:10~15:00 シェルスクリプト&バッチジョブ
15:00~15:10 休憩
15:10~16:00 シェルスクリプト&バッチジョブ
16:00~17:20 遺伝研スパコンでの解析の実践(RNA-seq解析等)
■申し込み〆切:
2020年2月5日(水)
■申し込み方法:
事前アンケート(word版PDF版)をダウンロードし、ご記入下さい。
メール本文に以下の①~④の情報をご記載の上、アンケート用紙を添えて、事務局(pags-workshop@genome-sci.jp)までメールにてお申込み下さい。
なお、メールの件名は「2019年度第2回情報解析講習会申し込み」として頂くようお願い致します。
①氏名 
②所属 
③メールアドレス 
④「ゲノム支援」、「先進ゲノム支援」からの支援を自ら、または研究室の長などが受けたことがある場合は代表者名
先進ゲノム支援事務局

【2019年度第5回ヒトゲノム研究倫理を考える会】
– ゲノム解析が向かう先 -

◆概要:
ゲノム解析を用いた研究に関する状況は、ここ数年でまた大きく変化を遂げつつあります。そこで今回は、「ゲノム解析が向かう先」をテーマに、ヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。注目されているトピックスについて国内外の最新の動向、またそれらが進む先はどこにあるのか、皆さんと一緒に考える機会になれば幸いです。是非ご参加ください。

◆日時 :2020年2月2日(日)13:30-17:00
◆会場 :秋葉原UDX4F UDXギャラリーネクスト「ネクスト1」
 東京都千代田区外神田4-14-1秋葉原UDX 4階
   https://udx-akibaspace.jp/conference/

◆対象 :大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆定員 :150名
◆参加費:無料

◆参加登録:[事前参加登録:1月31日(金)12:00まで]
 https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20200202.php/

◆主催 :文部科学省科学研究費進学術領域「先進ゲノム支援」
        ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
◆問合せ :workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

2019年度第4回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
– 研究・医療・産業をつなぐ –

◆概要
がんゲノム医療が本格的にはじまり、ゲノム研究と、医療・産業がつながる社会が実現しつつあります。また、研究・診療に伴う膨大なデータの蓄積と、これらのデータを利活用した研究も進んでいます。そこで今回、「研究・医療・産業をつなぐ」をテーマにヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。
全国どこからでも参加できるウェビナー形式で開催しますので、是非ご参加下さい。

◆日時:2019年12月19日(木)13:00-15:00 [4:00-6:00 GMT]
◆開催形式:ウェビナー
# 事前に参加登録を頂いた方に当日参加用URLをお知らせします。
# ブラウザから誰でも参加できるシステム(ユーザ登録不要)を使用します。
# パソコン・スマホで全国どこからでもご参加頂けます。

◆プログラム:
13:00-13:05 「開会の挨拶」
  加藤 和人(大阪大学大学院医学系研究科)
13:05-13:35 「ゲノム医療の今:がんと難病のELSIを考える」
  武藤 香織(東京大学医科学研究所)
13:35-14:05 「ゲノム・ゲノミクス研究におけるデータのライフサイクル」
  川路 英哉(東京都医学総合研究所、理化学研究所)
14:05-15:00 質疑応答・総合討論

◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆参加費:無料
◆詳細・申込:
下記ページのフォームから参加登録をお願いします。
URL: https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20191219.php/
[事前参加登録:12月17日(火)17:00まで]

◆主催:文部科学省科学研究費新学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット (GSユニット)
◆問合せ:大阪大学大学院医学系研究科医の倫理と公共政策学
 Tel: 06-6879-3688 
 email: workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

生命科学連携推進協議会および先進ゲノム支援を含む生命科学4プラットフォームは、日本分子生物学会にて特別企画「最先端技術支援コーナー」としてブース出展致します。
支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。ぜひお立ち寄りください。

第42回日本分子生物学会年会
会期:2019年12月3日(火)~6日(金)
会場:福岡国際会議場 マリンメッセ福岡
大会HP:https://www2.aeplan.co.jp/mbsj2019/

また、生命科学連携推進協議会では本学会においてバイオテクノロジー(ランチョン)セミナーを12月5日(木)に開催いたします。
先進ゲノム支援からも登壇し、支援について説明をさせていただく予定です。こちらもぜひご活用ください。
セミナーは以下のページから事前予約も可能です。
なお、数量には限りがありますことご了承ください。
https://www2.aeplan.co.jp/mbsj2019/japanese/bio/index.html
(事前web予約期間:10月17日(木)~10月21日(月))

【2019年度第3回ヒトゲノム研究倫理を考える会】
– 今、ゲノム指針改正について考える -

◆概要:
2018年8月より、文科省・厚労省・経産省の合同委員会およびタスクフォースにおいて、ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針(ゲノム指針)、人を対象とする医学系研究に関する倫理指針(医学系指針)の内容の見直しと指針間整合に向けた検討が開始され、現在、2019年度中の改正指針公布に向けた検討が行われています。考える会でも、昨年度より、倫理審査やゲノム研究の現場の声を指針改正に反映することを目標に、指針改正に向けたアンケート調査やワークショップを開催し、検討を行なってきました。そこで今回、改めて「今、ゲノム指針改正について考える」をテーマにヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。是非ご参加下さい。

◆日時:2019年10月9日(水)13:30-17:00
◆会場:毎日インテシオ(4F)大会議室
大阪市北区梅田3丁目4番5号
http://www.mai-b.co.jp/osaka/30_access.html

◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆定員:150名
◆参加費:無料

◆参加登録:[事前参加登録:10月8日(火)12:00まで]
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20191009.php/

◆主催:文部科学省科学研究費進学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
◆問合せ:workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

PAGS・DDBJ・DBCLS合同情報解析講習会のご案内

「先進ゲノム支援」(先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム:PAGS)は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。本年度の中級者向け情報解析講習会を、プログラミング言語「Python」を用いたRNA-seqデータの視覚化や多変量解析等のプログラミング実習を中心に、以下の要領で開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報・DDBJセンター(DDBJ)、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が合同で開催いたします。

<2019年度第1回情報解析講習会>

■日 時:
2019年10月9日(水)13:00 ~ 10月11日(金)13:00
■会 場:
国立遺伝学研究所(DDBJ)静岡県三島市谷田1111
■想定スキルレベル:
情報解析中級者
■募集人員:
若手研究者20名程度

  • これから自分で実践的にプログラミングをしようと考えている方。
  • 基本的なLinuxコマンドは身につけていることを前提とします。
  • 応募者多数の場合は、過去に先進ゲノム支援に申請された方を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
  • 応募は研究室毎に1名に限定させていただきます。
  • 各自のPCを持参ください(memory 4GB以上、空きHDD容量20GB以上あれば、Windows10、Mac、Linuxいずれも可)。
  • 講習ではVirtualBoxを利用したLinux (Ubuntu) の仮想環境で操作を行います。
  • 事前に必要なソフトウェア (Pythonのモジュール) を各自のPCにインストールしていただく必要があります。
■参加費用:
無料(旅費等は参加者でご負担下さい。)

■受講者が講習当日までに準備すべき項目
  (必要なPythonモジュールについては後日別途アナウンス予定):

  • Win/Mac/Linux共にVirtualBox+Ubuntu上でPython3を動かすことを推奨するため、VirtualBoxとUbuntu (ver. 18以降)を各自のPCにインストール。
    Mac/Linuxの場合はVirtualBox+Ubuntuではなく、自己責任でPythonとモジュール群をインストールした環境でもよい。
  • Shellスクリプトに自信がない方は過去の「先進ゲノム支援」情報解析講習会のShellスクリプトの資料 (https://www.genome-sci.jp/bioinformatic#2)を読んでおく。
  • Pythonプログラミングの経験が無い方は下記のような入門本を読み、if、for、while文等の制御構文、変数やリスト、モジュールのインポート方法をある程度理解しておくこと。
    やさしいPython 高橋麻奈著 SB Creative, 2018
    みんなのPython第4版 柴田淳著 SB Creative, 2016 等

■講習会スケジュール(予定):
【10月9日:1日目】

13:00~13:05
講習会説明
13:05~14:35
Pythonの基本文法
14:45~16:15
文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現
16:25~17:55
Jupyter notebook、Biopython

【10月10日:2日目】

10:00~11:30
表形式ファイルの処理(Pandas)、RNA-seqデータの補正
11:40〜13:00
視覚化 (matplotlib, seaborn)
13:00〜13:50
昼食休憩
13:50〜15:20
統計的仮説検定
15:30〜17:00
多変量解析1

【10月11日:3日目】

10:00~13:00
多変量解析2
■申し込み〆切:
2019年9月10日(火)
■申し込み方法:
事前アンケート(word版PDF版)をダウンロードし、ご記入下さい。
メール本文に以下の①~④の情報をご記載の上、アンケート用紙を添えて、事務局(pags-workshop@genome-sci.jp)までメールにてお申込み下さい。
なお、メールの件名は「2019年度情報解析講習会申し込み」として頂くようお願い致します。
①氏名 
②所属 
③メールアドレス 
④先進ゲノム支援依頼者の場合は代表者名
先進ゲノム支援事務局

日本人類遺伝学会第64回大会(長崎)
会期:2019年11月6日(水)~9日(土)
会場:長崎ブリックホール
大会HP:http://www.congre.co.jp/jshg2019/

「生命科学連携推進協議会」(http://platform.umin.jp/index.html)および「コホート・生体試料支援プラットフォーム」と合同で出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。
ぜひお立ち寄りください。

【2019年度第2回ヒトゲノム研究倫理を考える会】
– ヒトゲノム研究倫理と指針について考える –

◆概要:
近年のヒトゲノム研究の進展にはめざましいものがあります。
一方、それに伴い新たな倫理的・法的・社会的課題(ELSI)が生じたり、現在の指針が抱える様々な問題が顕在化したりしています。そこで今回、改めて「ヒトゲノム研究と研究倫理・指針」をテーマにヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。
今回は初の試みとして、全国どこからでも参加できるウェビナー形式で開催します。是非ご参加下さい。

◆日時:2019年9月4日(水)15:00-17:00
◆開催形式:ウェビナー (オンラインセミナー)
 # 事前に参加登録を頂いた方に参加用URLをお知らせします。
 # ブラウザから誰でも参加できるシステム(ユーザ登録不要)を使用します。
 # パソコン・スマホで全国どこからでもご参加頂けます。

◆参加費:無料
◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆詳細・申込:
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20190904.php/
 # 事前参加登録:9月3日(火)16:00まで

◆主催:文部科学省科学研究費進学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
◆問合せ:大阪大学大学院医学系研究科医の倫理と公共政策学
     workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

日時:8/28(13時半~17時半) 、8/29(9時~11時半)
会場:東京大学柏IIキャンパス 産学官民連携棟、東京大学柏の葉フューチャーセンター
内容:
近年シークエンス解析技術の発達にともない、様々な研究領域で1細胞をターゲットとしたシングルセル解析が広く活用されるようになってきました。このたび、シングルセルシークエンスにおける実験および情報解析につきまして、初心者向けの見学会およびハンズオン講習会を企画しております。培養細胞を用いたシングルセルRNA-seqもしくはATAC-seqの実験の流れを実際に見ていただき、デモデータを用いた簡単な情報解析を体験していただくことができます。

主催:東京大学大学院新領域創成科学研究科 生命データサイエンスプログラム (DSTEP)
協賛:「先進ゲノム支援」

詳細、参加登録はこちらをご参照ください。 

 

第42回日本分子生物学会年会(福岡)
会期:2019年12月3日(火)~6日(金)
会場:福岡国際会議場 マリンメッセ福岡
大会HP:https://www2.aeplan.co.jp/mbsj2019/index.html

特別企画 「最先端技術支援コーナー」に生命科学連携推進協議会(http://platform.umin.jp/index.html)および他の生命科学3支援プラットフォームと合同で出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。
ぜひお立ち寄りください。

第92回日本生化学会大会(横浜)
会期:2019年9月18日(水)~20日(金)
会場:パシフィコ横浜
大会HP:https://www2.aeplan.co.jp/jbs2019/

展示会企画 「最先端技術支援コーナー」に生命科学連携推進協議会(http://platform.umin.jp/index.html)および他の生命科学3支援プラットフォームと合同で出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。
ぜひお立ち寄りください。

第92回日本細菌学会総会(札幌)
会期 2019年4月23日(火)~25日(木)
会場 札幌コンベンションセンター
大会HP https://www.aeplan.co.jp/jsb2019/index.html

企業出展ブースに「先進ゲノム支援」のブースを出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。

日本薬学会 第139年会(千葉)
会期 2019年3月21日(木)~23日(土)
会場 幕張メッセ
大会HP http://nenkai.pharm.or.jp/139/web/

・ランチョンセミナー(LS20)
 3/22(金)12:15~ R会場(幕張メッセ)3F304にて、先進ゲノム支援以外の生命科学支援プラットフォームと
 合同でランチョンセミナーを開催致します。
・ブース出展 3/21~23
 他プラットフォームと合同で、企業出展ブースに「先進ゲノム支援」のブースを出展いたします。
 支援説明やご相談も承ります。

第60回 日本植物生理学会年会(名古屋)
会期 2019年3月13日(水)~15日(金)
会場 名古屋大学 東山キャンパス
大会HP https://jspp.org/annualmeeting/60/

企業出展ブースに「先進ゲノム支援」のブースを出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。

「先進ゲノム支援」情報解析講習会のご案内

「先進ゲノム支援」(先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム)は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度第2回目となる今回は、今年2月に刷新される遺伝研スパコンの概要を解説するとともに、Linuxの基礎から遺伝研スパコンの使い方、さらにはRNA-seq解析などの実践例題を中心に、以下の要領で情報解析講習会を開催いたします。

<2018年度第2回「先進ゲノム支援」情報解析講習会>

■日 時:
2019年3月25日(月) 12:40~17:20 (予定)
■会 場:
国立遺伝学研究所(DDBJ)静岡県三島市谷田1111
■想定スキルレベル:
UNIX初心者
■募集人員:
若手研究者20名程度

  • 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
  • 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
  • 各自のPCを持参ください(Windows、Macいずれも可)
  • 遺伝研スパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方は事前に申請が必要となります。
■参加費用:
無料(旅費等は参加者でご負担下さい。)

■受講者が講習当日までに準備すべき項目:

遺伝研スパコンアカウントの取得、およびスパコンを使用するための準備(ソフトウェアのインストール等)をして頂く必要があります。(詳細は後日、受講者にご連絡致します。)

■講習会スケジュール(予定):

【2019年3月25日(月)】
12:40~13:10 遺伝研スパコン概要説明
13:10~14:10 遺伝研スパコンへの接続方法、UNIX基本コマンド
14:10~15:00 シェルスクリプト&バッチジョブ
15:00~15:10 休憩
15:10~16:00 シェルスクリプト&バッチジョブ
16:00~17:20 遺伝研スパコンでの解析の実践(RNA-seq解析等)
■申し込み〆切:
2019年2月28日(木)
■申し込み方法:
事前アンケート(word版PDF版)をダウンロードし、ご記入下さい。
メール本文に以下の①~④の情報をご記載の上、アンケート用紙を添えて、事務局(genome-sec@nig.ac.jp)までメールにてお申込み下さい。
なお、メールの件名は「2018年度第2回情報解析講習会申し込み」として頂くようお願い致します。
①氏名 
②所属 
③メールアドレス 
④先進ゲノム支援依頼者の場合は代表者名
先進ゲノム支援事務局

2018年度第6回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」

日時:2019年2月18日(月)14:00-17:00
会場:大阪大学吹田キャンパス
主催:「先進ゲノム支援」ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
テーマ:指針改正に現場の声を届けるために
詳細・申込:
お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。

https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20190218.php/

2018年度第5回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」

日時:日時:2019年1月16日(水)14:00-17:00
会場:東京大学医学研究所 1号館講堂
主催:「先進ゲノム支援」ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
テーマ:新しいゲノム医療の中で何が必要か
詳細・申込:
お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。

https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20190116.php/

「先進ゲノム支援」国際シンポジウムのお知らせ
The International symposium organized by “Platform for Advanced Genome Science”
-FRONTIERS OF GENOME SCIENCE-

日時:2019年1月9日(水)-10日(木)
会場:東京大学・伊藤国際学術研究センター伊藤謝恩ホール

プログラムを追加しました。
詳しくは下記の国際シンポジウム専用サイトをご覧ください。
URL: http://pags2019.genome-sci.jp
こちらのサイトから参加登録をお願い致します。

The International symposium organized by “Platform for Advanced Genome Science”
-FRONTIERS OF GENOME SCIENCE-

日時:2019年1月9日(水)-10日(木)
会場:東京大学・伊藤国際学術研究センター伊藤謝恩ホール

詳しくは下記の国際シンポジウム専用サイトをご覧ください。
URL: http://pags2019.genome-sci.jp

2018年度第4回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
– ゲノム研究をよりよく進めていくために -

日時:2018年11月11日(日)13:30~17:00
会場:東京大学・伊藤国際学術研究センター伊藤謝恩ホール
主催:先進ゲノム支援、ゲノム科学と社会ユニット

※お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20181111.php

「先進ゲノム支援」情報解析講習会のご案内

「先進ゲノム支援」(先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム)は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度は、中級者向けの講習会として、プログラミング言語「Python」を用いたRNA-seqデータの視覚化や多変量解析等のプログラミング実習を中心に、以下の要領で情報解析講習会を開催いたします。

<2018年度「先進ゲノム支援」情報解析講習会>

■日 時:
2018年11月19日(月)13:00 ~ 11月21日(水)13:00
■会 場:
国立遺伝学研究所 静岡県三島市谷田1111
■想定スキルレベル:
情報解析中級者
■募集人員:
若手研究者20名程度

  • これから自分で実践的にプログラミングをしようと考えている方。
  • 基本的なLinuxコマンドは身につけていることを前提とします。
  • 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
  • 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
  • 各自のPCを持参ください(memory 4GB以上、空きHDD容量20GB以上あれば、Windows10、Mac、Linuxいずれも可)。
  • 講習ではVirtualBoxを利用したLinux (Ubuntu) の仮想環境で操作を行います。
  • 事前に必要なソフトウェア (Pythonのモジュール) を各自のPCにインストールしていただく必要があります。
■参加費用:
無料

■受講者が講習当日までに準備すべき項目
  (必要なPythonモジュールについては後日別途アナウンス予定):

  • Win/Mac/Linux共にVirtualBox+Ubuntu上でPython3を動かすことを推奨するため、VirtualBoxとUbuntu (ver 18以降)を各自のPCにインストール。
    Mac/Linuxの場合はVirtualBox+Ubuntuではなく、自己責任でPythonとモジュール群をインストールした環境でもよい。
  • Shellスクリプトに自信がない方は過去の「先進ゲノム支援」情報解析講習会のShellスクリプトの資料 (https://www.genome-sci.jp/bioinformatic#2)を読んでおく。
  • Pythonプログラミングの経験が無い方は下記のような入門本を読み、if、for、while文等の制御構文、変数やリスト、モジュールのインポート方法をある程度理解しておくこと。
 
やさしいPython 高橋麻奈著 SB Creative, 2018
みんなのPython第4版 柴田淳著 SB Creative, 2016 等

■講習会スケジュール(予定):
【11月19日:1日目】

13:00~13:10
講習会説明
13:10~14:30
バッチジョブ、RNA-seqの各種ツールによる解析
14:40~16:10
Pythonの基本文法
16:20~17:50
文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現

【11月20日:2日目】

10:00~11:30
Jupyter notebook、Biopython
11:40〜13:00
表形式ファイルの処理(Pandas)、RNA-seqデータの補正
13:00〜13:50
昼食休憩
13:50〜15:20
視覚化 (matplotlib, seaborn)
15:30〜17:00
統計的仮説検定

【11月21日:3日目】

10:00~13:00
多変量解析(PCA, MDS, 階層的クラスタリング等)

尚、旅費、宿泊費は参加者でご負担下さい。

■申し込み〆切:
2018年10月16日(火)
■申し込み方法:
事前アンケート(word版PDF版)をダウンロードし、ご記入下さい。
メール本文に以下の①~④の情報をご記載の上、アンケート用紙を添えて、事務局(genome-sec@nig.ac.jp)までメールにてお申込み下さい。
なお、メールの件名は「2018年度情報解析講習会申し込み」として頂くようお願い致します。
①氏名 
②所属 
③メールアドレス 
④先進ゲノム支援依頼者の場合は代表者名
先進ゲノム支援事務局

2018年度第3回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
– ゲノム編集をめぐる倫理について考える -

日時:2018年9月18日(火)15:00〜17:00
会場:京都大学(本部構内)文学部地下大会議室
主催:先進ゲノム支援、ゲノム科学と社会ユニット

※お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-383.php/

2018年度第2回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
-遺伝情報に基づく差別について考える-

日時:2018年8月24日(金)15:00-17:30
会場:大阪大学(吹田キャンパス)
主催:先進ゲノム支援、ゲノム科学と社会ユニット

※お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-382.php/

2018年度第1回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
-クラウド/データ共有における研究倫理について考える-

日時:2018年6月8日(金)15:00-17:00
会場:大阪大学(吹田キャンパス)
主催:先進ゲノム支援、ゲノム科学と社会ユニット

※お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-381.php/

平成30年度 文部科学省 科学研究費 新学術領域研究「学術研究支援基盤形成」
生命科学4プラットフォーム 説明会・成果シンポジウムのお知らせ

日時:平成30年6月5日(火)13:00~18:00(12:00受付開始)
場所:一橋講堂 学術総合センター2F(千代田区一ツ橋2-1-2)
参加費:無料(定員:500名 要事前参加登録)

 

 

 

令和元年度文部科学省 科学研究費 新学術領域研究「学術研究支援基盤形成」
生命科学4プラットフォーム 説明会・成果シンポジウム

日時:令和元年6月4日(火)13:00~18:00(12:00受付開始)
場所:一橋講堂 学術総合センター2F(千代田区一ツ橋2-1-2)
参加費:無料(定員:500名 要事前参加登録)

 

 

「先進ゲノム支援」(先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム)は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度は、Linuxの基礎からDDBJスパコンの使い方、さらにはRNA-seq解析、バクテリアゲノム解析などの実践例題を中心に、以下の要領で情報解析講習会を開催いたします。

<2017年度「先進ゲノム支援」情報解析講習会>

■日 時:
2018年3月22日(木)13:00~3月23日(金)15:00
■会 場:
国立遺伝学研究所(DDBJ)静岡県三島市谷田1111
■想定スキルレベル:
UNIX初心者
■募集人員:
若手研究者20名程度

  • 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。
    さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
  • 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
  • 各自のPCを持参ください(Windows、Macいずれも可)
  • DDBJスパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方は事前に申請が必要となります。
■参加費用:
無料

■講習会スケジュール(予定):
【3月22日:1日目】

13:00~13:10
講習会説明
13:10~13:40
DDBJスパコン概要説明
13:40~14:40
UNIX基本コマンド
14:40~14:50
休 憩
14:50~15:50
シェルスクリプト
15:50~16:50
DDBJへの接続方法、バッチジョブ
16:50~17:00
休 憩
17:00~18:00
DDBJスパコンでの解析の実践I(DDBJパイプライン)

【3月23日:2日目】

10:00~12:00
DDBJスパコンでの解析の実践II(RNA-seq解析等)
13:00〜15:00
DDBJスパコンでの解析の実践III(バクテリアゲノム解析)

尚、旅費、宿泊費は参加者でご負担下さい。

■申し込み〆切:
2018年2月22日(木)
■申し込み方法:
事前アンケート(word版PDF版)をダウンロードし、ご記入下さい。
メール本文に以下の①~④の情報をご記載の上、アンケート用紙を添えて、事務局(genome-sec@nig.ac.jp)までメールにてお申込み下さい。
なお、メールの件名は「2017年度情報解析講習会申し込み」として頂くようお願い致します。
①氏名 
②所属 
③メールアドレス 
④先進ゲノム支援依頼者の場合は代表者名 

先進ゲノム支援事務局

2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
会期 12月6日(水)~8日(金) 10:00~17:00
会場 神戸国際展示場1号館1F
大会HP http://www.aeplan.co.jp/conbio2017/index.html

大会企画「最先端技術支援コーナー」の中で「先進ゲノム支援」のブースを出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。
また同コーナーでは、先進ゲノム支援以外の生命科学支援プラットフォームも出展しており、支援説明やご相談も承ります。
是非皆様お立ち寄りください。

平成29年4月27日(木)一橋講堂 学術総合センター2F

 

 

 

 

Advanced Genome Science International Symposium “The Start of New Genomics”

日時:2017年1月10(火)13時~11日(水)17時30分(予定)
場所:伊藤国際学術研究センター 伊藤謝恩ホール

スケジュール(仮)

10日
13:00-15:00 新規ゲノム(De novo genome assembly) 
15:30-17:30 メタゲノム(Metagenomics) 
懇親会

11日
10:00-12:00 情報(Bioinformatics)
13:00-15:00 ELSI(ELSI)
15:30-17:30 1細胞・新技術 (Single cell analysis & New technologies)