公募支援に関するFAQ(2022年度公募版)

申請資格についての質問

Q1.支援の対象となる科研費採択課題とは、これから申請する内容でしょうか? あるいは既に採択されている内容でしょうか?
2022年度公募の先進ゲノム支援対象は、2022年度科研費新規採択課題および2022年度も研究期間が継続されている科研費研究課題です。公募締切日までに科研費に採択されていない研究課題(現在申請中の研究課題を含む)は対象になりません。
Q2.2022年度が最終年度の科研費の場合も申請可能ですか?
年度内に結果をお返しできるような支援内容であれば申請可能です。
Q3.採択されていました科研費は本来昨年度の3/31で終了予定でしたが、研究費の繰越申請をし、2022年度もこの研究費で研究を継続しています。このような場合も申請は可能でしょうか?
研究課題の補助期間の延長あるいは補助金の繰越をされている場合、年度内に結果をお返しできるような支援内容であればその課題で先進ゲノム支援に申請していただくことは可能です。
なお、支援採択候補課題となった場合には、最終決定の前に、補助事業期間延長承認書あるいはそれに準ずる書類をご提出いただき、研究期間延長が確認できた場合のみ支援課題となります。
Q4.当該科研費課題の研究協力者ですが、申請資格はありますか?
研究代表者あるいは研究分担者からの申請を受け付けており、研究協力者(従来の連携研究者を含む)には申請資格はありません。
Q5.応募資格が、2022年度文部科学省・科学研究費補助金に採択されている研究課題となっておりますが、これには学術振興会特別研究員の研究も含まれるでしょうか?
特別研究員の方で特別研究員奨励費を受けている場合は、申請は可能です。
なお、特別研究員(DC)のかたが採択候補となった場合は、ヒアリング時に、研究の独自性(本人の独自の考えに基づいた計画か)について重点的に確認します。また、DCの方には教育的見地からOJT(On the Job Training)なども含め申請者本人にできる限り支援内容に直接関与をしていただく方針です。
Q6.厚生労働科学研究費補助金の課題は、先進ゲノム支援に応募可能でしょうか?
厚生労働科学研究費補助金の課題は対象になりません。
Q7.2021年度に支援を受けていますが、複数年連続して支援を申請してもよいのでしょうか。
支援の結果が新たな支援課題を生むことはありますので、複数年など連続しての支援申請は可能にしています。一方で、できるだけ広く支援するために、同程度の評価の場合は新規申請者を優先していますのでご了解ください。また、支援回数がさらに重なってきますと、支援希望内容にもよりますが、審査においては共同研究等も活用して自立いただくべきとの判断になってきます。
なお、申請の際には、前回支援との違い、その進捗状況、について申請書に明確に記述していただく必要があります。
Q8.支援申請を行う内容が科研費の研究計画に含まれていることは必要ですか?
支援申請を行う内容が科研費の研究計画に含まれていると、計画の範囲でできることになり、支援は不要という判断になります。当初の研究計画と密接に関連していて、当初計画を大きく発展させる内容であることが求められます。
なお、「先進ゲノム支援」活動による支援を想定した研究計画を申請して科研費に採択されたとしても、自動的に本「先進ゲノム支援」の支援対象となるわけではありません。この点ご留意ください。
Q9.1人の研究者が、1つの科研費をもとに、2種類の申請を行うことは可能でしょうか?
一人の研究者が複数の申請を行うことは可能です。
また、希望審査区分が大きくかけ離れる内容を含むなど、1申請にまとめることが難しい場合は、1つの科研費を基に複数の申請を行うことも可能です。
Q10.依頼者側の機関事務局が関与する必要はありますか?
申請のとりまとめや実施受け入れなどで機関事務局が関与する必要はありません。今回の支援活動は、学術変革領域研究「先進ゲノム支援」の中の活動です。したがって、形式的には科研費課題研究者間の共同研究や研究協力と同じレベルです。
支援課題として選定された場合、その実施方法については、個別に依頼者と支援グループで協議しながら進めます。支援の実施にあたっては知財等において何らかの契約事項が発生することはあるかもしれませんが、その場合は別途個別の協議の上進めます。

支援についての質問

Q11.通常の学術変革領域研究の公募研究とは何が違うのですか? 研究費の配分があるのでしょうか?
「先進ゲノム支援」側が解析を行います。その支援課題の公募ですので、通常の公募研究とは異なり、研究費の配分はありません。また、試薬代の支援(kitの送付なども含む)をするものではありません。
Q12.支援を受けるにあたり、経費の自己負担はあるのでしょうか?
支援経費は先進ゲノム支援で負担しますが、できるだけ多くの支援をするために支援依頼者に一部実費負担をお願いする場合があります。また、選考時に決定した支援内容を超える追加解析が必要となった場合は、原則として支援依頼者の実費負担となります。
なお、DNAおよびRNAの調製(ライブラリ調製を含む場合も有り)は原則として支援依頼者側で実施して頂きますが、その調製費用は支援依頼者側の負担となります(原則としてkit等の送付は致しません)。
「Q26.申請にあたり、支援に必要な経費の上限はありますか?」もご参照ください。
Q13.すでにサンプルの準備はできています。シーケンスデータが得られるまではどれくらいの時間がかかるでしょうか?
支援は9月開始を予定しています。サンプル提出期限までに提出された課題については、技術的な難易度やデータ産生規模にも依存しますが、シーケンスデータは概ね1~2ヶ月程度を目処に返却する予定です。各支援拠点は高度な技術を駆使していること、多くの課題を担当していること、また必ずしもサンプル受付順に進むものではないことなどから、シーケンスデータ返却までに時間を要することがあります。大きく予定から遅れる場合は、個別にご連絡させて頂きます。
採択後の進捗については、支援担当者と密に連絡を取り合い、確認をお願いします。
送付された試料が量的、質的に解析に不向きな場合には、中止、再調製等について支援担当グループと協議して頂きます。

なお、情報解析支援については長い期間を要する課題がほとんどです。Q14.15も参照してください。

Q14.支援の形態について教えてください。
支援活動は、支援依頼者と支援担当者の共同作業として進めます。支援活動とは、科研費課題をより発展させるという目的のもと、依頼者と支援担当者が「協働」することで成り立つものであることをご理解いただいた上で申請頂くようお願いします。協力が得られない場合は支援の実施が難しい場合があります。
高度かつチャレンジングな課題については、通常の支援よりも支援担当者の負担も大きいことから、基本的に支援担当者との「共同研究」として進めたいと考えます。論文発表の際には、その貢献の度合いにより、共著者とするなど適切な対応をお願いします。必要に応じ、事務局も交えて協議致します。また、本支援活動では情報解析人材育成が特に重要視されています。情報解析は多大な手間がかかりますので、情報解析支援班メンバーによる支援は「共同研究」の形でお願いします。
Q15.新規ゲノム配列決定とアノテーションを依頼したいのですが、どれくらい時間がかかるものなのでしょうか。
まず、十分な量および品質のDNAサンプルの提供をお願いしておりますが、この段階でクリアに時間がかかっている場合も多いです(量・品質などに関しては、用いるプラットフォームに依存しますので、ヒアリング後に個別にお伝えしております)。その後シーケンスデータが産出(目安としてサンプル提出から数か月)され、ゲノムアセンブルの情報解析となります。生物種にもよりますが、ゲノムアセンブル解析では計算機による計算時間のみならず、その後の各種チェック工程(人の目による確認作業などを含む場合もあります)を含むため膨大な時間と手間がかかります。また、あらかじめ教えていただいたゲノムサイズとの乖離が見られた場合など、データ量に不足があれば追加シーケンスとなる場合もあります。

参考例(アセンブラ毎の1回の計算時間例):
1.2Gb昆虫:FALCON-unzip 93日、SmartDenovo 21日、Canu 68日など
※複数のアセンブラの試行ならびに、同じアセンブラでも実際にはパラメータを振りますので、計算だけでもこの何倍もの時間が必要です。また計算機の混雑状況にも依存します。

アノテーションは、ゲノム配列決定後、RNA-seqデータ(必要ですので、依頼者ご自身で用意されるか、申請時に合わせてシークエンス依頼をお願いします)や近縁種の配列データなどに基づき、その生物種に応じた解析を実施します。この工程にも数ヶ月は必ずかかります。
また、申請の際には、近縁種の情報など可能な限りの調査データを添えて頂くようお願いします。

研究者登録についての質問

Q16.昨年度までの「先進ゲノム支援」の申請で発効されたID、パスワードは、今回の「先進ゲノム支援」のログインでも使えますか?
利便性を考え、2016年度以降の「先進ゲノム支援(第1期)」申請で発行されたIDとパスワードは、2022年度以降の「第2期」も継続して使用する形としています。
なお、2015年度までの旧「ゲノム支援」でのアカウントは継続使用できません。
Q17.研究者登録をしても本人確認メールが届きません。
自動送信メールが迷惑メールフォルダに振り分けられていないかご確認ください。また、機関によっては自動送信メールが拒絶される場合があります。メールが届かない場合は、お問い合わせフォームから事務局までお問い合わせください。
Q18.研究者登録をすることができません。
今回より1研究者1ログインIDとしておりますので、同じ研究者番号で新たに研究者登録をすることはできません。ログインIDとしていたメールアドレスが受信不可能となり、パスワード再通知メールが受信できない場合は、①旧メールアドレス、②新規登録希望メールアドレス、③研究者番号の情報を添えて、お問い合わせフォームから事務局までお問い合わせください。
異動によりメールアドレス等が変更になった場合は、速やかに登録メールアドレスの更新をお願いします。(次回よりログインIDは更新されたアドレスに変更となります。)

申請方法についての質問

Q19.申請の方法を教えて下さい?
先進ゲノム支援HPで公募要項の「支援申請の流れ」をご覧ください。
https://www.genome-sci.jp/guidance#idflow

【初めて支援を申請される方】
 最初に研究者登録を行ってください。
 ログインIDとパスワードがメールで届きますので、インストラクションに従って申請システムに
 ログインし、本人確認を行って下さい。
 ※注意:本人確認が72時間以内に完了しなければ同じメールアドレスでのユーザー登録申請を
 受け付けられなくなりますのでご注意ください。

【既に研究者登録がお済みの方】
 支援申請のページからログインして申請を行って下さい。
 ※研究者登録に追加項目がありますので、必ず最初に研究者情報の修正を行ってください。

Q20.申請が完了しているかどうか心配です。どこから確認できるでしょうか。
ログインホームにあります「申請一覧」(支援申請の下部)をご確認ください。「申請状況」欄に「申請済み」と表示があれば申請は完了しています。なお、申請途中で一時保存をされた申請の場合は、システムの都合上、申請完了メールは送信されることなく、修正完了メールが送信される仕様となっています。
Q21.申請書をアップロードした後に修正は可能でしょうか?
申請締め切り期限(2022年6月14日正午)以前でしたら、申請書の修正は何度でも可能です。締め切り後は申請サイトを閉鎖して審査の作業に入りますので修正はできません。ご注意ください。
Q22.審査の過程でヒアリングがあるそうですが、その内容を教えて下さい?
ヒアリングはweb形式、日程は 2022年8月上旬を予定しています。
公募締め切り後、審査委員会によって選定された候補課題について、支援実施担当者が、支援内容の詳細の聞き取りと協議を行います。これをヒアリングと呼んでいます。
ヒアリングは支援の実務担当者と対面方式で行い、支援側から質問する形式で行いますので、プレゼンテーションの必要はありません。質問は、申請書だけでは判断できない内容(申請者のサンプルの準備状況、提供時期、支援内容の詳細と技術的実現可能性、経費見積もりの確認)など、技術的な点が主になります。
候補課題選定とヒアリングの日時の連絡は7月下旬頃になります。万一、申請者本人の都合がつかない場合は上記の点について責任持って回答できる共同研究者の代理出席をお願いいたします。支援課題の採択と具体的な支援の内容は、ヒアリングの結果を考慮の上、審査委員会で最終的に決定されます。
Q23.支援課題公募に関する説明会は開催されないのでしょうか?
2022年5月13日13時よりwebにて公募説明会を開催致します。こちらより参加登録をお願い致します。
また、生命科学連携推進協議会および4プラットフォーム合同のキックオフシンポジウム(支援説明会+成果シンポジウム)も6月3日に予定されています。詳細は生命科学連携推進協議会ホームページ(http://platform.umin.jp/)にてご確認ください。

申請内容についての質問

Q24.支援申請をしたいのですが、科研費種目欄に該当する選択肢がありません。
「国際共同研究加速基金」等選択肢にない種目のかたは「その他の科研費」をお選びください。
Q25.「研究経費(直接経費、申請者への配分額)」の項目につきまして、繰越金が発生している場合はそれも合算して記載したほうがよいでしょうか?それとも2022年度当初交付予定の金額を記載すべきでしょうか?
合算は不要です。2022年度の交付金額を記入頂ければ結構です。
Q26.申請にあたり、支援に必要な経費の上限はありますか?
申請においては特に上限は設けておりませんが、審査においては、限られた予算内でなるべく他の多くの研究を支援するために、支援の実施に必要な経費とそれによって期待される研究展開やインパクトを考慮して支援内容を決定します。その際、計画の縮小や変更をお願いすることがあります。
Q27.未発表のデータを申請書に盛り込みたいと考えております。キーとなる内容を伏せ字等にした方が良いでしょうか?あるいは申請書そのものは非公開でしょうか?
申請書は非公開となっており、審査委員には守秘義務を課しております。新規化合物名や遺伝子名を伏せ字にするかどうかは申請者のご判断になりますが、適正な審査のために計画の目的や意義が理解できるように、それら関連情報を可能な範囲で申請書内に記載してください。

倫理審査についての質問

Q28.既に倫理委員会承認済みの研究課題です。先進ゲノム支援の支援を受けるにあたり共同研究者の追加が必要ですが迅速審査で通ると思われます。このような場合は、現在ある倫理審査書類を提出すればよろしいでしょうか?
申請の際には現在承認済みの倫理審査書類をご提出下さい。
支援課題として採択された場合、先進ゲノム支援側で倫理審査書類を確認し、共同研究者の追加を含めた修正等を提案しますので、その後、所属機関の倫理委員会の承認を取っていただくことになります。
Q29.倫理審査委員会に申請を予定している場合、説明同意文書に共同研究機関として先進ゲノム支援の研究機関を記入しなくてはなりませんが、先進ゲノム支援に携わっておられる研究者の方を直接存じ上げません。この場合はどう記入すればよいのでしようか?
説明同意文書には、 (共同研究機関としての先進ゲノム支援側の体制については、支援申請が採択された後に、具体的に記載)、と括弧書きで記入して下さい。
Q30.既に倫理委員会承認済みの研究課題で、大規模ゲノム再シーケンシングの支援を受けたいのですが、これまで得てきた説明書・同意書には、データの公開は含まれておらず、その同意を短期間に再度取るのは困難です。どうすれば良いでしょうか?
データは公的データベースに登録していただいた上で、同意いただいたレベルでの公開/共有を行います。この仕組みに乗せないと論文発表などができません。したがって、再同意を取得して頂く必要があります。支援対象として選定された場合は、原則として公開の同意が得られた時点で支援を開始することになっています。

ABSについての質問

Q31.解析試料が他国由来サンプルです。どうすればよいでしょうか。
解析試料が他国由来の場合、入手した国(提供国)の生物多様性条約及び名古屋議定書に基づく国内法令等に則って取得した試料である必要があります。大原則として条約発効日の1993年12月29日以前に日本国内に入っていた、あるいは取得した場合は対象になりませんが、それ以降のものは対応が必要です。この対応(ABS対応)が行われていない場合、論文発表やデータベース登録ができなくなる恐れがありますので、先進ゲノム支援での解析は行なえません。そのため、申請時には全てのサンプルの詳細を記載して頂きます。
なお、このABS対応が完了してなくても先進ゲノム支援への申請は可能ですが、支援対象として選定された場合は、原則としてABSへの対応が確認できた後に支援を開始することになります。

また、ABSの対象(*)は幅広いので、直接の解析対象がABSの対象外であっても、実験において外国由来生物からの抽出物が用いられる場合等は、ABSの対象となる可能性があります。
(*)動物、植物、微生物、ウイルスなどの個体、またはその一部組織、乾燥・凍結・粉末サンプル、DNA/RNA抽出物、など。

詳細は国立遺伝学研究所ABS学術対策チームのホームページ(https://idenshigen.jp/)を参照頂き、必要があれば対策チームへご相談ください。

Q32.外国由来試料であるかどうか分かりません。
申請システム内のABSに関する入力項目で、わかる限り詳しい情報を入力してください。
実験モデル生物の場合は、大元になった系統名を記載してください(マウスC57BL/6J系統、シロイヌナズナCol-0系統、など)。
なお、「日本で飼育されているから」はABSへの対応が不要な理由にはなりません。

支援成果の発表についての質問

Q33.先進ゲノム支援の支援を受けていることを論文の謝辞にはどの様に記載すればよいでしょうか?
論文発表に際しては、「先進ゲノム支援」の支援を受けていることを記載してください。
This work was supported by JSPS KAKENHI Grant Number 22H04925(PAGS).

なお、2016~2021年度の「先進ゲノム支援(第1期)」の成果の場合は16H06279(PAGS)、2015年度までの旧「ゲノム支援」の成果の場合は221S0002を記載してください。
詳細は「成果発表について(支援依頼者のかたへ) 」をご確認ください。

Q34.支援内容を含む論文のプレスリリースを行う予定ですが、なにか手続きの必要はありますか?
プレスリリース資料には科研費や他の助成等と同様に「先進ゲノム支援(PAGS)による支援を受けた」旨の記載をお願いしています。また、プレスリリースがあった場合には先進ゲノム支援HPのほうでも告知掲載しますので、支援依頼者マイページからURLも併せて事務局までご連絡下さい。