初級者情報解析講習会資料およびビデオを公開しました。

先進ゲノム支援は、日本人類遺伝学会にてブース出展致します。
支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。ぜひお立ち寄りください。

日本人類遺伝学会第67回大会
会期:2022年12月15日(木)~17日(土)
会場:パシフィコ横浜 会議センター
大会HP:https://www.congre.co.jp/jshg2022/

今期の支援技術コンサルテーションにつきまして、準備が整いましたのでご案内致します。

対象:2022年度支援公募にご応募いただいた課題ヒアリングを実施した課題は対象外
受付期間:2022年10月31日(月)~11月28日(月)17時まで
申込方法:ホームページ画面右カラムの「支援依頼者ログイン」よりお進み頂き、マイページ内の「申請一覧」コーナーより
お申込みください。対象の方には登録されたアドレスあてに別途メールでご連絡を差し上げておりますので、
詳細はそちらをご確認ください。

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2022年度申請課題についての技術面でのコンサルティングですので、今年度公募に申請頂いていない場合はコンサルティングを受けることはできません。悪しからずご了承ください。
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不採択理由など採否に関するご質問や、申請課題とかけ離れた内容でのご質問はコンサルティングの対応範囲外と致します。

なお、先進ゲノム支援の審査は外部委員からなる審査委員会によるもので、課題ごとの絶対評価に加え全応募課題のなかでの相対評価で行われます。今回のコンサルテーションの結果を踏まえても、次回の採択をお約束するものではありません。
予めご了承いただいた上でご相談頂けますようお願い致します。

先進ゲノム支援事務局

カイダコの殻は冬になると日本海側の各地に打ち上がることが知られており、ビーチでみられる貝殻のなかでも特に珍重されているものです。この貝殻はタコの仲間が作ったものであることが知られています。
島根大学生物資源科学部附属センター海洋生物科学部門(隠岐臨海実験所)の吉田真明 准教授と和歌山工業高等専門学校のスティアマルガ デフィン 准教授らの研究グループは今回カイダコ類の1種であるアオイガイの全ゲノム配列を世界で初めて解読しました。
アオイガイのゲノム中にある 26,433 個の遺伝子の中で、44 個の遺伝子が貝殻形成に使われていることがわかりました。さらに、カイダコが底生生活から浮遊生活に移行する過程で起こったゲノム中の遺伝子の変化を見つけることができました。これにより、進化の過程で貝を失ったはずのタコが、どのようにして再び貝殻を作れるようになったのか?という進化上の大きな謎を解明することに一歩近づきました。
本共同研究は、2022 年10月26日(水)に英文論文誌 Genome Biology and Evolutionにオンライン版が掲載されました。

プレスリリース: https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20221026.pdf

M. Yoshida, K. Hirota, J. Imoto, M. Okuno, H. Tanaka, R. Kajitani, A. Toyoda, T. Itoh, K. Ikeo, T. Sasaki, D. H E Setiamarga, Gene Recruitments and Dismissals in the Argonaut Genome Provide Insights into Pelagic Lifestyle Adaptation and Shell-like Eggcase Reacquisition. Genome Biology and Evolution (2022) DOI: https://doi.org/10.1093/gbe/evac140
プレスリリース一覧

2022年度 PAGS・DDBJ合同初級者情報解析講習会にお申し込みの方へ、10月18日にメールにて情報講習会の詳細プログラムおよび接続情報等に関するメールを送信いたしました。
未着の場合は、至急事務局までお問い合わせ下さい。
(迷惑メールボックス内もご確認頂けますようお願い致します。)

先進ゲノム支援事務局

日本分子生物学会 ブース出展・ランチョンセミナーのご案内(11/30~12/2)

生命科学連携推進協議会および先進ゲノム支援を含む生命科学4プラットフォームは、日本分子生物学会にて「最先端技術支援コーナー」としてブース出展致します。
支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。ぜひお立ち寄りください。

第45回日本分子生物学会年会 
会期:2022年11月30日(水)~ 12月2日(金)
会場:幕張メッセ
大会HP:https://www2.aeplan.co.jp/mbsj2022/

また、生命科学連携推進協議会では本学会においてランチョンセミナーを開催いたします。
先進ゲノム支援からも登壇し、支援について説明をさせていただく予定です。こちらもぜひご活用ください。
なお、数量には限りがありますことご了承ください。

日本生化学会 ブース出展のご案内(11/9~11)

生命科学連携推進協議会および先進ゲノム支援を含む生命科学4プラットフォームは、日本生化学会にて「最先端技術支援コーナー」としてブース出展致します。
支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。ぜひお立ち寄りください。

第95回日本生化学会大会
会期:2022年11月9日(水)~11日(金)
会場:名古屋国際会議場
大会HP:https://www2.aeplan.co.jp/jbs2022/

2022年度 PAGS・DDBJ合同初級者情報解析講習会にお申し込みの方へ、9月29日までにメールにて資料等をお送りしております。
お手元に届いていない場合は、至急事務局までお問い合わせ下さい。
(迷惑メールボックス内もご確認頂けますようお願い致します。)

先進ゲノム支援事務局

生命科学連携推進協議会および先進ゲノム支援を含む生命科学4プラットフォームは、日本癌学会にて「最先端技術支援コーナー」としてブース出展致します。
支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。ぜひお立ち寄りください。

第81回日本癌学会学術総会
会期:2022年9月29日(木)~10月1日(土)
会場:パシフィコ横浜
大会HP:https://site.convention.co.jp/jca2022/

また、生命科学連携推進協議会では本学会においてランチョンセミナーを9月30日(金)に開催いたします。
先進ゲノム支援からも登壇し、支援について説明をさせていただく予定です。こちらもぜひご活用ください。
なお、数量には限りがありますことご了承ください。

農研機構をはじめとする共同研究グループは、タマネギにおいて、染色体全体のDNA多型を効率的に分析する方法の開発を目指しました。まず、タマネギにある8本の染色体について、各々に圴一に配置され、染色体全体をカバーしたDNAマーカーセットを作成しました。次に、次世代シーケンサーを利用し、これらのマーカーセットの全てのDNA多型を一度にまとめて分析する手法を試みました。その結果、染色体全体のDNA多型を効率的に分析することに成功しました。この分析手法で得られた個体間のDNA多型と形質を照らし合わせれば、DNAマーカーセットの中から目的の形質と関連したDNAマーカーを特定でき、選抜マーカーとして利用できるようになります。この技術は、タマネギでの選抜マーカーの開発を飛躍的に進め、育種の効率化および新品種の早期育成に貢献することが期待できます。本研究成果は、2022年8月26日に、国際学術誌「DNA Research」に掲載されました。

Daisuke Sekine, Satoshi Oku, Tsukasa Nunome, Hideki Hirakawa, Mai Tsujimura, Toru Terachi, Atsushi Toyoda, Masayoshi Shigyo, Shusei Sato, Hikaru Tsukazaki, Development of a genome-wide marker design workflow for onions and its application in target amplicon sequencing-based genotyping. DNA Research, Volume 29, Issue 5 (2022) DOI: https://doi.org/10.1093/dnares/dsac020
プレスリリース一覧

最終審査結果につきまして、8月31日までにメールにてお送りしております。
お手元に届いていない場合は、至急事務局までお問い合わせ下さい。
(迷惑メールボックス内もご確認頂けますようお願い致します。)

なお、共同研究者等申請者以外の方からのお問い合わせにはお答えできませんので、
必ず申請者ご本人からお問い合わせ頂けますようお願い致します。

先進ゲノム支援事務局

岡﨑友輔 化学研究所助教、中野伸一 生態学研究センター教授、豊田敦 国立遺伝学研究所特任教授、玉木秀幸 産業技術総合研究所副研究部門長らの共同研究グループは、従来法では捉えられなかった環境中の細菌ゲノムにおけるわずかな変異を塩基多型・構造多型の両側面から網羅的に検出可能なメタゲノム解析法を確立し、琵琶湖に生息する細菌群集の多様性の実態を高解像度で明らかにしました。さらにその結果の解析から、ウイルス感染への抵抗性、および細菌群集の集団サイズがゲノムの多様化をつかさどる主要因であることを示しました。「似て非なる」ゲノムの比較解析から生物多様性の源泉に迫った本研究は、環境中の微生物の多様性を高解像度に捉える研究の必要性を示し、微生物の進化と生態をとりまく理解を知見と手法の両側面から新たな段階へと導く成果といえます。本研究成果は、2022年8月8日に、国際学術誌「mSystems」にオンライン掲載されました。

プレスリリース: https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research-news/2022-08-10-0

Yusuke Okazaki, Shin-ichi Nakano, Atsushi Toyoda, Hideyuki Tamaki, Long-Read-Resolved, Ecosystem-Wide Exploration of Nucleotide and Structural Microdiversity of Lake Bacterioplankton Genomes. mSystems (2022) DOI: https://doi.org/10.1128/msystems.00433-22
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基礎生物学研究所 進化発生研究部門の千頭康彦研究員(元・総合研究大学院大学 大学院生)と新美輝幸教授、久留米大学の奥野未来助教、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、東京工業大学の伊藤武彦教授からなる研究グループは、昆虫進化の初期に出現したシミ類に着目してdoublesexの機能を解析し、その祖先状態を推定しました。その結果、シミ類マダラシミのdoublesexは雌雄で異なるスプライシング調節を受けますが、メスの形態形成への機能をもたないことが明らかになりました。一方、マダラシミのdoublesexは幾つかの遺伝子の発現をメスで促進することが分かりました。これらの結果は、doublesexは昆虫進化の初期段階で既に雌雄で異なるスプライシング調節を受け、メスに特異な幾つかの遺伝子の発現を促進する機能をもち、そして完全変態類出現後にメスの形態形成に対する機能を獲得した可能性が高いことを示唆しています。では、doublesexのどのような変化がメスの形態形成への機能と関連したのでしょうか。本研究では、メスの形態形成に対する機能をもつ種のDoublesexタンパク質に特有なアミノ酸配列を発見しました。この結果から、本研究は、アミノ酸配列の変更によってdoublesexは新機能を獲得したとする仮説を提唱しました。本研究成果は、有翅昆虫類と昆虫類以外の節足動物との間にあった知見のギャップを埋めることに成功し、doublesexの特殊な進化史を新たに推定するものです。本成果は、日本時間2022年7月13日付で「Molecular Biology and Evolution」誌に掲載されました。

プレスリリース: https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20220713.pdf

Yasuhiko Chikami, Miki Okuno, Atsushi Toyoda, Takehiko Itoh, Teruyuki Niimi, Evolutionary history of sexual differentiation mechanism in insects, Molecular Biology and Evolution 39, msac145 (2022) DOI:10.1093/molbev/msac145
プレスリリース一覧

書面審査を通過した課題について、ヒアリングの日時を8月2日にメールにてご連絡しておりますので
出席票の返送をお願い致します。
お手元に届いていない場合は、至急事務局までお問い合わせ下さい。
(迷惑メールボックス内もご確認頂けますようお願い致します。)

なお、共同研究者等申請者以外の方からのお問い合わせにはお答えできませんので、
必ず申請者ご本人からお問い合わせ頂けますようお願い致します。

先進ゲノム支援事務局

書面審査の結果につきまして、7月27日までにメールにてお送りしております。
お手元に届いていない場合は、至急事務局までお問い合わせ下さい。
(迷惑メールボックス内もご確認頂けますようお願い致します。)

なお、共同研究者等 申請者以外の方からのお問い合わせにはお答えできませんので、
必ず「申請者ご本人」からお問い合わせ頂けますようお願い致します。

先進ゲノム支援事務局

公募要項内で8月上旬としておりましたヒアリングの実施期間について、8/5(金)~8(月)の4日間となりました。

採択候補課題(ヒアリング対象課題)となりました先生方には、7月末までにメールにて日程調整のご連絡を致します。
※採択候補課題とならなかった場合も、同時期にメールにてご連絡致します。

直前のご連絡となりますため、ご承知おき頂けますようお願い致します。

なお、ヒアリングについての詳細は、FAQ22をご参照ください。
https://www.genome-sci.jp/faq_public#22

先進ゲノム支援事務局

筑波大学 生存ダイナミクス研究センター島田 裕子助教らの研究グループは、キイロショウジョウバエ Drosophila melanogasterを宿主とする寄生蜂ニホンアソバラコマユバチAsobara japonicaを用いて、寄生蜂の生存戦略を支えている分子生物学的基盤を明らかにすることを目指しており、今回、その全ゲノム配列の決定と全遺伝子予測、さらに、遺伝子ノックダウン法の開発に成功しました。
ニホンアソバラコマユバチは、キイロショウジョウバエのみならず、多くのショウジョウバエ属昆虫を宿主とすることが知られています。その中には、現在ヨーロッパを中心に果物の害虫として深刻な問題となっているオウトウショウジョウバエDrosophila suzukiiも含まれます。本研究成果は、ショウジョウバエの害虫種に対する農薬の開発シーズの創出にもつながると考えられます。本成果はDNA Research誌に2022年6月10日に掲載され、筑波大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース: https://www.tsukuba.ac.jp/journal/pdf/p20220614140000.pdf

Takumi Kamiyama, Yuko Shimada-Niwa, Hiroyuki Tanaka, Minami Katayama, Takayoshi Kuwabara, Hitoha Mori, Akari Kunihisa, Takehiko Itoh, Atsushi Toyoda, Ryusuke Niwa, Whole-genome sequencing analysis and protocol for RNA interference of the endoparasitoid wasp Asobara japonica, DNA Res., dsac019 (2022) DOI: 10.1093/dnares/dsac019
プレスリリース一覧

支援課題公募受付は終了しました。

東京大学 大学院農学生命科学研究科 附属水産実験所カビール アハマド氏、家田 梨櫻氏、細谷 将助教らの研究グループは、トラフグをふくむ12種の近縁種を研究材料とし、遺伝的連鎖解析、遺伝的関連解析、全ゲノム配列構築、ゲノム多型解析といったさまざまな手法をつかって、性染色体の置き換わりについて調べました。その結果、3つの近縁種で染色体の置き換えが最近おきたこと、そして、その置き換えがゲノム中を動き回る性決定遺伝子によって引きおこされていたことが明らかとなりました。本研究成果は、2022年6月3日にProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America誌にオンライン掲載されました。

プレスリリース: https://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/topics_20220603-1.html

Ahammad Kabir, Risa Ieda, Sho Hosoya, Daigaku Fujikawa, Kazufumi Atsumi, Shota Tajima, Aoi Nozawa, Takashi Koyama, Shotaro Hirase, Osamu Nakamura, Mitsutaka Kadota, Osamu Nishimura, Shigehiro Kuraku, Yasukazu Nakamura, Hisato Kobayashi, Atsushi Toyoda, Satoshi Tasumi, Kiyoshi Kikuchi, Repeated translocation of a supergene underlying rapid sex chromosome turnover in Takifugu pufferfish, PNAS 119 (23) e2121469119 (2022) DOI: 10.1073/pnas.2121469119
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横浜市立大学大学院医学研究科 分子生物学の鈴木秀文助教、阿部竜太共同研究員(研究当時:医学部学生)、髙橋秀尚教授の研究グループは、メディエーター複合体のサブユニット MED26 と Little elongation complex (LEC) が、2つの核内凝集体Histone locus body(HLB)と Cajal body を会合させることで、新規の RNA ポリメラーゼ II (Pol II)の一時停止を引き起こし、ヒストン遺伝子の発現を制御することを明らかにしました。本研究成果は、英科学誌 Nature Communications に掲載されました。(日本時間2022年5月25日18時)

プレスリリース:
https://www.yokohama-cu.ac.jp/amedrc/news/d0md7n000000fqov-att/YCUrelease_takahashi_202205.pdf

Hidefumi Suzuki, Ryota Abe, Miho Shimada, Tomonori Hirose, Hiroko Hirose, Keisuke Noguchi, Yoko Ike, Nanami Yasui, Kazuki Furugori, Yuki Yamaguchi, Atsushi Toyoda, Yutaka Suzuki, Tatsuro Yamamoto, Noriko Saitoh, Shigeo Sato, Chieri Tomomori-Sato, Ronald C. Conaway, Joan W. Conaway, Hidehisa Takahashi, The 3′ Pol II pausing at replication-dependent histone genes is regulated by Mediator through Cajal bodies’ association with histone locus bodies, Nature Communications (2022) DOI:10.1038/s41467-022-30632-w
プレスリリース一覧

筑波大学生命環境系下田臨海実験センター谷口 俊介准教授らの研究グループは、ハリサンショウウニの全ゲノム情報を解読するとともに、公的に利用できる遺伝子のデータベース TrBase を作成し公開しました。これにより、ハリサンショウウニが、ゲノム情報の整備されたモデル生物として、より多くの研究者や教育者に利用可能となり、ウニの発生や成長を司る遺伝子機能の解析などの基礎研究のみならず、水産などの応用研究や教育分野での活用などに貢献することが期待されます。本研究成果は、2022 年 5 月 20 日にDevelopment Growth & Differentiation誌に掲載されました。

プレスリリース: https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20220520.pdf

Kinjo S, Kiyomoto M, Suzuki H, Yamamoto T, Ikeo K, Yaguchi S., ITrBase: a genome and transcriptome database of Temnopleurus reevesii, Development Growth & Differentiation (2022) DOI: 10.1111/dgd.12780
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東京大学大学院農学生命科学研究科の中里一星大学院生と有村慎一准教授らのグループは、モデル植物(注1)シロイヌナズナのミトコンドリアゲノム約36万7千塩基対のうち狙った1塩基対のみを、細胞当たり数十から百個ほどあるミトコンドリアゲノムコピーの全てで置換することに成功しました。以前、有村准教授らのグループが開発した植物ミトコンドリアゲノム安定改変法(DNA切断タンパク質を用いてミトコンドリアゲノムの狙った箇所を切る方法)では、狙った箇所を中心に数百から数千塩基対の長さの欠損が生じ、また遺伝子の並び順が変わるなど、ゲノム構造の変化を引き起こしてしまうことが問題になっていました。今回報告する標的一塩基置換法では、このようなゲノム構造の変化は生じず、従来法と比べて精緻なゲノム改変を達成することができました。本研究は、これまで不可能だったミトコンドリアゲノムの人為改変を利用した作物品種改良の基盤技術になることが期待されます。本成果は、2022年5月13日 に米国の国際学術誌「Proceedings of the National Academy of Sciences」に掲載されました。

プレスリリース: https://www.a.u-tokyo.ac.jp/topics/topics_20220516-1.html

Issei Nakazato, Miki Okuno, Chang Zhou, Takehiko Itoh, Nobuhiro Tsutsumi, Mizuki Takenaka, and Shin-ichi Arimura, Targeted base editing in the mitochondrial genome of Arabidopsis thaliana, PNAS 119 (20) e2121177119  doi: 10.1073/pnas.2121177119
プレスリリース一覧

京都大学大学院農学研究科 神川龍馬准教授、筑波大学計算科学計算センター 中山卓郎助教、国立科学博物館動物研究部 谷藤吾朗研究主幹、国立遺伝学研究所 中村保一教授らの共同研究グループは、地球全体の光合成の約20%に貢献すると言われる珪藻の中で、光合成を止めた種の全ゲノム解読に成功しました。この種は光合成をしない代わりに環境中に溶存する栄養分を吸収して生育していますが、その詳細なメカニズムはわかっていませんでした。本研究では全ゲノム解読に加え、機能している遺伝子を網羅的に検出するトランスクリプトーム解析や生化学実験などを用いた多角的な研究により、本種が光合成を止めた後も葉緑体での物質生産を維持しつつ、周りの養分を効率よく獲得するための能力を増大させていることが明らかとなりました。本成果は、2022年4月29日 に米国の国際学術誌「Science Advances」にオンライン掲載されました。

プレスリリース: https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20220430.pdf

Ryoma Kamikawa, Takako Mochizuki, Mika Sakamoto, Yasuhiro Tanizawa, Takuro Nakayama, Ryo Onuma, Ugo Cenci, Daniel Moog, Samuel Speak, Krisztina Sarkozi, Andrew Toseland, Cock van Oosterhout, Kaori Oyama, Misako Kato, Keitaro Kume, Motoki Kayama, Tomonori Azuma, Ken-ichiro Ishii, Hideaki Miyashita, Bernard Henrissat, Vincent Lombard, Joe Win, Sophien Kamoun, Yuichiro Kashiyama, Shigeki Mayama, Shin-ya Miyagishima, Goro Tanifuji, Thomas Mock, Yasukazu Nakamura, Genome evolution of a non-parasitic secondary heterotroph, the diatom Nitzschia putrida, Science Advances (2022) 8, eabi5075 DOI:10.1126/sciadv.abi5075
プレスリリース一覧

2022年度「先進ゲノム支援」支援課題公募のお知らせ ゲノム科学においては、DNAシーケンシング技術のみならず、最先端技術を駆使した新たな解析手法が進展しています。ヒトや動物、植物から微生物に至る様々な生物種を対象とするライフサイエンス研究においては、これら技術を活用することが必須になっています。先進ゲノム支援では、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を開発・整備し、多様な科研費課題に提供して支援することにより、我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを使命としています。本公募はそのような支援に相応しい科研費課題を募るものです。
2022年度支援課題の申請受付を9月支援開始のために以下の日程で行います。

公募受付期間:2022年5月17日(火) ~ 6月14日(火) 正午

なお、審査委員会で支援候補に選定された課題に関しては、2022年8月中旬(予定)にヒアリング※を実施します。
※支援実施担当者による候補課題の支援内容の詳細の聞き取りと協議をヒアリングと呼んでいます。詳細はFAQをご参照ください。

以下の公募要項、FAQ、申請のポイント等をよくご確認の上、申請のご準備をお願いします。

※公募web説明会を5月13日(金)に実施致します。 【参加登録締切:5月10日正午】
 公募説明会の詳細についてはこちらからご確認ください。 

倫理関連情報を更新しました。

倫理関連情報

第2期「先進ゲノム支援」が始まります。

「先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム(第2期先進ゲノム支援)」は文部科学省科学研究費助成事業の学術変革領域研究『学術研究支援基盤形成』 に2022年から6年間の予定で採択されました。
本事業では第1期「先進ゲノム支援」を一層発展強化させ、最先端のゲノム解析及び情報解析のシステムを整備し、科研費課題から公募により選定された課題の支援等を通じて我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めます。

開始に伴い、ホームページをリニューアルしました。