先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

[班員による成果公開]がんに存在する異常なメッセンジャーRNAの全長構造を同定

東京大学大学院新領域創成科学研究科の関 真秀特任助教と鈴木 穣教授らのグループは、国立がん研究センター先端医療開発センター免疫療法開発分野・中面哲也分野長らとの共同研究により、ナノポアシークエンサーで肺がんに存在する異常なmRNAの網羅的な同定をして、異常なmRNAから生じるペプチドが免疫細胞に認識されることを示しました。本研究成果は、2021年1月4日(月)に英国科学雑誌「Genome Biology」のオンライン版に掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学:(https://www.k.u-tokyo.ac.jp/information/category/press/3880.html

Miho Oka, Liu Xu, Toshihiro Suzuki, Toshiaki Yoshikawa, Hiromi Sakamoto, Hayato Uemura, Akiyasu C. Yoshizawa, Yutaka Suzuki, Tetsuya Nakatsura, Yasushi Ishihama, Ayako Suzuki, Masahide Seki, Aberrant splicing isoforms detected by full-length transcriptome sequencing as transcripts of potential neoantigens in non-small cell lung cancer. Genome Biology.  DOI: 10.1186/s13059-020-02240-8

福島県立医科大学 医学部放射線腫瘍学講座の吉本由哉講師、群馬大学、札幌医科大学の共同研究グループは、根治的放射線治療を受けた子宮頸癌患者を対象としてがん関連遺伝子の変異を網羅的に解析し、子宮頸癌の遺伝子変異と治療反応性、予後との相関について検討しました。本研究成果は、2020年12月8日に米国雑誌「Gynecologic Oncology」に公開されました。

福島県立医科大学:(https://www.fmu.ac.jp/univ/kenkyuseika/research/202012071.html

Yuya Yoshimoto , Yasushi Sasaki, Kazutoshi Murata, Shin-Ei Noda, Yuhei Miyasaka, Junko Hamamoto, Mio Furuya, Junko Hirato, Yoshiyuki Suzuki, Tatsuya Ohno, Takashi Tokino, Takahiro Oike, Takashi Nakano,  Mutation profiling of uterine cervical cancer patients treated with definitive radiotherapy. Gynecol Oncol. (2020) DOI: 10.1016/j.ygyno.2020.08.020

「先進ゲノム支援」では、2021年度第1回の支援課題の申請受付を開始しました。

2021年度第1回支援課題の申請受付を4月支援開始のために以下の日程で行います。
公募受付期間は、2021年1月8日(金) ~ 1月28日(木) 正午です。
なお、審査委員会で支援候補に選定された課題に関しては、2021年3月中旬(予定)にヒアリング※を実施します。

公募についての詳細は以下のURLをご覧ください。
前回から変更点がありますので、必ず以下に基づいて申請のご準備をお願いします)

2021年度第1回公募要項
2021年度第1回支援申請書様式(一式)
  +2021-1「先進ゲノム支援」支援申請書様式(word)
  +(入力準備用)2021-1web申請システム入力項目一覧(excel)
倫理関連書類チェックシート(docx)
公募に関するFAQ(2021年度第1回公募版)
申請のポイント(審査委員会でよく指摘される申請の不備・問題点をまとめています。)

※支援実施担当者による候補課題の支援内容の詳細の聞き取りと協議をヒアリングと呼んでいます。詳細はFAQをご参照ください。

東京大学大学院理学系研究科 生物科学専攻の太田博樹教授と金沢大学人間社会研究域附属国際文化資源学研究センター覚張隆史助教は、ダブリン大学トリニティー校の中込滋樹助教、コペンハーゲン大学のマーティン・シコラ准教授らとともに国際チームを結成し、(i) 伊川津縄文人(IK002)は日本列島にたどりついた最初のホモ・サピエンスの直接の子孫か否か?(ii) IK002は南ルートの子孫で北ルートでやってきた人々の遺伝的影響はないのか?の2つを明らかにする目的で詳細な全ゲノム解析をおこないました。本研究成果は、2020年8月25日に『Communications Biology』に公開され、東京大学大学院理学系研究科よりプレスリリースされました。

東京大学:(https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/2020/6987/

Takashi Gakuhari#, Shigeki Nakagome#, Simon Rasmussen, Morten E. Allentoft, Takehiro Sato, Thorfinn Korneliussen, Blánaid Ní Chuinneagáin, Hiromi Matsumae, Kae Koganebuchi, Ryan Schmidt, Souichiro Mizushima, Osamu Kondo, Nobuo Shigehara, Minoru Yoneda, Ryosuke Kimura, Hajime Ishida, Tadayuki Masuyama, Yasuhiro Yamada, Atsushi Tajima, Hiroki Shibata, Atsushi Toyoda, Toshiyuki Tsurumoto, Tetsuaki Wakebe, Hiromi Shitara, Tsunehiko Hanihara, Eske Willerslev, Martin Sikora*, Hiroki Oota*,  Ancient Jomon genome sequence analysis sheds light on migration patterns of early East Asian populations. Communications Biology, DOI: 10.1038/s42003-020-01162-2

東京工業大学 生命理工学院 生命理工学系の二階堂雅人准教授、同 総合理工学研究科の張子聡大学院生、国立遺伝学研究所の近藤伸二特任准教授および東京大学 生産技術研究所の甲斐知惠子特任教授らの共同研究グループは、デマレルーセットオオコウモリとエジプトルーセットオオコウモリの全ゲノム配列を解読しました。
本研究成果は、9月23日に『DNA Research』に公開され、東京工業大学よりプレスリリースされました。

東京工業大学:(https://www.titech.ac.jp/news/2020/048094.html

Masato Nikaido, Shinji Kondo, Zicong Zhang, Jiaqi Wu, Hidenori Nishihara, Yoshihito Niimura, Shunta Suzuki, Kazushige Touhara, Yutaka Suzuki, Hideki Noguchi, Yohei Minakuchi, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Sumio Sugano, Misako Yoneda, Chieko Kai, Comparative genomic analyses illuminate the distinct evolution of megabats within Chiroptera, DNA Research, DOI: 10.1093/dnares/dsaa021

2020年度第4回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
– パンデミック・ゲノム研究の倫理を考える –

◆概要:
新型コロナウイルス感染症(COVID-19)は、2020年3月11日、世界保健機関(WHO)によりパンデミック(世界的な大流行)と宣言され、その世界的な感染拡大はいまだ収束していません。その予防・治療に関する研究は社会全体の喫緊の課題ですが、一方で、被験者保護との両立等、新たな倫理的課題等が指摘されています。
今回の考える会では「パンデミック・ゲノム研究の倫理」をテーマにとりあげ、COVID-19に関するゲノム研究での倫理的課題等について考えるヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。全国どこからでも参加できるウェビナー形式で開催しますので、是非ご参加下さい。

◆日時:2020年12月24日(木)13:00-15:00

◆開催形式:ウェビナー(オンラインセミナー)
  # 事前に参加登録を頂いた方に当日参加用URLをお知らせします。
  # ブラウザから誰でも参加できるシステム(ユーザ登録不要)を使用します。
  # パソコン・スマホで全国どこからでもご参加頂けます。

◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆参加費:無料
◆参加登録:
下記ページのフォームから参加登録をお願いします。
URL: https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20201224.php/
[事前参加登録:12月23日(水)12:00まで]

◆主催:文部科学省科学研究費新学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット (GSユニット)
◆問合せ:大阪大学大学院医学系研究科医の倫理と公共政策学
    email: workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

北海道大学大学院理学研究院の黒岩麻里教授らの研究グループは、東京工業大学、東京大学の研究グループと共同で、ニホンウズラ(以下、ウズラ)の性分化に働く遺伝子群の発現プロファイリングを行った結果、性分化に働く遺伝子には共通した発現パターンがあることを発見しました。 本研究成果は、2020年11月30日に科学雑誌『Scientific Reports 誌』に掲載され、北海道大学よりプレスリリースされました。

北海道大学:(https://www.hokudai.ac.jp/news/pdf/201201_pr.pdf
東京工業大学:(https://www.titech.ac.jp/news/2020/048399.html

Miki Okuno, Shuntaro Miyamoto, Takehiko Itoh, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Shusei Mizushima and Asato Kuroiwa, Expression profiling of sexually dimorphic genes in the Japanese quail, Coturnix japonica, Scientific Reports, DOI: 10.1038/s41598-020-77094-y

 ゲノム科学においては、DNAシーケンシング技術のみならず、最先端技術を駆使した新たな解析手法が進展しています。ヒトや動物、植物から微生物に至る様々な生物種を対象とするライフサイエンス研究においては、これら技術を活用することが必須になっています。先進ゲノム支援では、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を開発・整備し、多様な科研費課題に提供して支援することにより、我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを使命としています。本公募はそのような支援に相応しい科研費課題を募るものです。

本支援活動は来年度2021年度が最終年度になります。新型コロナウィルスの先行きが見えない中ではありますが、できる限り多くの支援をするために事業の進行を早めております。
2021年度第1回支援課題の申請受付を4月支援開始のために以下の日程で行います。
公募受付期間は、2021年1月8日(金) ~ 1月28日(木) 正午です。
なお、審査委員会で支援候補に選定された課題に関しては、2021年3月中旬(予定)にヒアリング※を実施します。

公募についての詳細は以下のURLをご覧ください。
前回から変更点がありますので、必ず以下に基づいて申請のご準備をお願いします)

2021年度第1回公募要項
2021年度第1回支援申請書様式(一式)
  +2021-1「先進ゲノム支援」支援申請書様式(word)
  +(入力準備用)2021-1web申請システム入力項目一覧(excel)
倫理関連書類チェックシート(docx)
公募に関するFAQ(2021年度第1回公募版)
申請のポイント(審査委員会でよく指摘される申請の不備・問題点をまとめています。)

※支援実施担当者による候補課題の支援内容の詳細の聞き取りと協議をヒアリングと呼んでいます。詳細はFAQをご参照ください。

理化学研究所(理研)生命機能科学研究センター多階層生命動態研究チームの前田智也基礎科学特別研究員、古澤力チームリーダー(東京大学大学院理学系研究科教授)、東京大学大学院理学系研究科の岩澤諄一郎大学院生の共同研究チームは、大腸菌の進化実験データを解析し、その薬剤耐性進化を支配する拘束条件を明らかにしました。本研究成果は、2020年11月24日にオンライン科学雑誌『Nature Communications』に掲載され、理化学研究所よりプレスリリースされました。

理化学研究所:(https://www.riken.jp/press/2020/20201124_3/index.html

Tomoya Maeda, Junichiro Iwasawa, Hazuki Kotani, Natsue Sakata, Masako Kawada, Takaaki Horinouchi, Aki Sakai, Kumi Tanabe, and Chikara Furusawa, High-throughput laboratory evolution reveals evolutionary constraints in Escherichia coli, Nature Communications, DOI: 10.1038/s41467-020-19713-w

来年度は「先進ゲノム支援」の最終年度になります。新型コロナウィルス対応で支援拠点も厳しい状況が予想されますが、できるだけ迅速に支援をするために、 以下のスケジュールで公募を予定しています。
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第1回 2021年1月頃公募(4月中に支援開始、サンプル提出期限7月末※)
第2回 2021年5月頃公募(8月中に支援開始、サンプル提出期限10月末※)
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※最終年度になることから試料送付期限を早めていますのでご留意ください。なお、日程については今後変更の可能性があります。

なお、第1回公募の対象科研費課題は2021年度継続(あるいは期間延長)課題になります。公募時に科研費申請中の課題(2021年4月新規採択の課題等)は第1回 支援には申請できませんのでご注意ください。

公募要項(支援対象、支援できる内容、審査の要点など)につきましては、基本的には2020年度第2回公募要領に準じる予定です。公募要項、申請書様式等の詳細は12月2日にホー ムページに掲載いたします。

先進ゲノム支援事務局

2020年度第2回支援公募に対して246件の応募があり、審査委員会での審査により支援キャパシティに基づき以下の106件の支援課題が決まりました。申請者名の五十音順で並べてあり、所属機関名は支援申請時点のものです。「科研費種別」「科研費研究課題名」は支援申請のもととなる科研費課題を示します。「支援技術項目」は各課題で行う支援技術を示します(以下参照)。なお情報解析のみの支援もあり、これは末尾に示しました。

  A) 新規ゲノム配列決定(ヒト以外の動物、植物、微生物、細菌)
  B) 変異解析(体細胞変異、ハプロタイプ決定、SNP、CNV等)
  C) 修飾解析(エピゲノム、RNA修飾、染色体構造、結合タンパク質)
  D) RNA解析(コピー数、安定性、RNA編集、スプライシング、lncRNA等)
  E) メタ・環境・ホロゲノム解析(DNA、RNA、1細胞)
  F) 超高感度解析(1細胞、1分子、経時解析)

氏 名 所 属 科研費種別 科研費研究課題名 支援技術項目
有村 慎一 東京大学 基盤研究(B) 植物ミトコンドリアゲノムへの外来遺伝子導入技術開発と異種CMS移植の検討 B,D
家村 顕自 東北大学 若手研究 染色体不安定性がん細胞の増殖優位性獲得機構に必要な分子基盤の解明 B
石井 秀始 大阪大学 挑戦的研究(萌芽) 細胞外小胞のRNAメチル化計測によるがんバイオマーカーの最高性能化と実用化 F
石井 悠 宮城教育大学 若手研究 新規サンゴ共生藻遺伝子操作技術の確立と共生関連遺伝子の機能解析 A
磯田 健志 東京医科歯科大学 若手研究 非コードRNA転写によるエンハンサー活性制御と免疫不全症、発がんメカニズムの解明 B,D
板橋 耕太 国立がん研究センター研究所 若手研究 がん抗原階層化による細胞傷害性T細胞の活性化・疲弊化のメカニズムの解明 F
市川 雄一 がん研究会がん研究所 若手研究 ノンコーディングRNAエレノアによるRNAクラウドを介した転写活性化機構の解明 B
稲葉 靖子 宮崎大学 基盤研究(B) 植物の熱産生を誘発する環境シグナル受容・伝達機構と適応進化プロセスの解明 A,B
岩本 和也 熊本大学 基盤研究(B) 精神疾患患者死後脳における体細胞変異の同定と病態への関与の解析 B
植松 朗 東京大学 基盤研究(B) 情動反応を抑制する前頭前野マイクロサーキットの解明 F
氏家 由利香 高知大学 基盤研究(B) 生体分子に着目した“化石種にも使える”高精度有孔虫Mg/Ca水温計の開発 B
梅澤 俊明 京都大学 基盤研究(B) 植物由来抗腫瘍性リグナン生合成系の微生物における新規構築 A
遠藤 悠 東京大学 若手研究 昆虫イオノトロピック受容体ファミリーによって仲介される味覚シグナルの解明 F
大澤 毅 東京大学 基盤研究(B) 腫瘍微小環境におけるアミノ酸代謝適応機構の解明 D,F
大森 優子 東北大学 若手研究 膵臓のKRAS変異バリエーションと癌抑制遺伝子異常による膵がん発生リスク予測 B
大森 義裕 長浜バイオ大学 挑戦的研究(萌芽) 新しい脊椎動物モデル・キンギョの変異体の表現型多様性を作り上げる分子機構の理解 B
岡崎 朋彦 東京大学 基盤研究(C) ウイルス感染時のインターフェロンと細胞死の使いわけ機構の解析 F
緒方 博之 京都大学 基盤研究(B) 巨大ウイルスが水圏低次生態系で果たす役割の包括的解明 E
越智 陽城 山形大学 基盤研究(C) 腎尿細管の再生を可能とさせる非コードDNAランドスケープの全容解明 F
小野 明美 横浜市立大学 基盤研究(C) イネの多様なエピジェネティック制御を司るDNA脱メチル化酵素の分子機構の理解 C
小野 道之 筑波大学 挑戦的研究(萌芽) 液胞のパレット化による新規の花色改変法の開発 D
甲斐 歳惠 大阪大学 新学術領域研究(公募) 生殖幹細胞の全能性を保障する多階層的な非ゲノム情報の複製機構の解明 C
柿嶋 聡 国立科学博物館 基盤研究(C) 6年周期一斉開花の進化を促す生物間相互作用の解明 A
覚張 隆史 金沢大学 基盤研究(B) 遺跡出土馬のゲノムワイド解析に基づく日本列島馬の起源と交雑史に関する研究 B
梶谷 卓也 福井大学 特別研究員奨励費 酵母1細胞解析で迫る転写速度によるエピジェネティクス安定性の制御機構解明 B、C
加藤 君子 愛知県医療療育総合センター 基盤研究(C) 新たなアプローチによるX連鎖性疾患に伴うskewed X染色体不活性化機構の解明 C,D
鴨志田 剛 京都薬科大学 若手研究 細菌-宿主相互作用により実験進化させた細菌を用いた新視点からの感染症研究 B,D
仮屋園 志帆 総合研究大学院大学 基盤研究(A) 造礁サンゴの高水温耐性向上可能性に関する総合的研究 A
川口 大地 東京大学 基盤研究(C) 自閉症早期にみられる領域特異的な大脳新皮質肥大のメカニズムの解明 F
河野 重行 東京大学 挑戦的研究(萌芽) 超オイル細胞:カロテノイドと長鎖不飽和脂肪酸を大量生産する細胞工場の作出 A,B
木田 豊 久留米大学 基盤研究(C) 生体内での緑膿菌の活動に必須な遺伝子群のIVET解析とその応用によるワクチン開発 A
北嶋 俊輔 がん研究会 基盤研究(B) KRAS/LKB1変異型肺がんが示す免疫チェックポイント阻害薬治療耐性の克服 C,D
木村 俊介 慶應義塾大学 基盤研究(C) 呼吸器M細胞の分化機構と疾患における機能の解明 F
草野 都 筑波大学 基盤研究(C) 狭波長LED照射に応答する植物メタボロームのデジタルケミカルマッピング D
沓掛 磨也子 産業技術総合研究所 基盤研究(B) 兵隊保有型の真社会性グループにおける不妊カースト分化機構の解明 A
熊谷 尚悟 名古屋大学 特別研究員奨励費 固形がんに対するがん免疫療法の治療効果に関わる抗腫瘍免疫応答の本態解明 F
倉田 祥一朗 東北大学 基盤研究(B) ショウジョウバエ新規自然免疫受容体Gyc76Cによる液性応答と細胞性応答の制御 B
栗林 寛 東京大学 若手研究 ヒト網膜オルガノイドを用いたNMNAT1-LCA病態モデルの確立および解析 F
栗原 裕基 東京大学 基盤研究(A) 多種細胞連環に基づく冠循環系の発生・進化・病態・再生の統合的理解 F
黒柳 秀人 東京医科歯科大学 挑戦的研究(萌芽) 拡張型心筋症で変異が見られるスプライシング制御因子RBM20の機能の解明 D
河野 大輝 東京大学 若手研究 ノックイン法によるミツバチのキノコ体細胞タイプ特異的な遺伝子操作の実現と機能解明 F
小玉 尚宏 大阪大学 基盤研究(B) 個別化医療を目指したNASH由来肝癌ドライバー遺伝子の網羅的な同定 F
齋藤 光象 山梨大学 若手研究 難治性疾患モデルのニューロングリア動態のin vivoイメージング解析 F
斉藤 延人 東京大学 基盤研究(B) Precision Neurosurgery実現のための基盤的遺伝子解析研究 D
酒井 晶子 新潟大学 基盤研究(C) 臨界期可塑性におけるコヒーシンを介したクロマチン構造制御のメカニズム C,D
佐藤 豊 国立遺伝学研究所 基盤研究(A) 野生イネ遺伝子単離機能解析プラットフォームの構築と種子形質多様性創出機構の理解 B,D
澤田 武 名古屋市立大学 基盤研究(C) 表在性非乳頭部十二指腸腫瘍の発癌機構の解明と、進展を予測する内視鏡診断体系の確立 B
篠崎 良仁 東京農工大学 基盤研究(C) クロマチン構造解析による果実組織依存的な転写制御ネットワークの解明 C,D
柴田 ゆき野 北海道大学 特別研究員奨励費 異種間ハイブリッドソングバードにおける生得的に高い学習能力の神経分子基盤解明 F
推名 健太郎 慶應義塾大学 若手研究 CRISPRスクリーニングを用いた小細胞肺がん幹細胞の治療標的の同定 C
鈴木 賢一 基礎生物学研究所 基盤研究(C) 器官再生を惹起するROSシグナルの解明 D
鈴木 康予 愛知県医療療育総合センター 基盤研究(C) PIK3CAの活性化変異を有する細胞に選択的なメトホルミンの作用機序の解明 D
瀬戸口 留可 東京大学 基盤研究(C) メモリーCD8T細胞の恒常性を維持するMHCクラスII依存的新規制御機構の解明 F
高木 昌俊 理化学研究所 基盤研究(C) Ki-67抗原を含む新たなタンパク質複合体 (KiTop複合体)の機能解析 C
髙橋 大輔 慶應義塾大学 基盤研究(C) ケミカルバイオロジーを利用した濾胞制御性T細胞分化機序の解明 C,F
高橋 史憲 理化学研究所 基盤研究(B) 移動性ペプチドによる葉の維管束組織を介した乾燥ストレス感知の分子制御の解明 D
谷 明生 岡山大学 基盤研究(B) 根圏生態系の季節変動から紐解く二毛作体系の生物学的な持続性 E
谷岡 真樹 国立がん研究センター中央病院 若手研究 乳癌組織全エクソン解析データに基づく相同組み換え修復機能の新規測定モデル開発 B
谷口 浩二 慶應義塾大学 その他の科研費 消化器癌と消化器再生における炎症の役割の解明 F
津田 勝利 国立遺伝学研究所 基盤研究(C) 野生イネが独自に持つ穂分枝制御機構の研究 D
寺井 洋平 総合研究大学院大学 新学術領域研究(公募) 日本犬の成立に寄与したニホンオオカミのゲノム領域の解明 B
土居 克実 九州大学 基盤研究(B) 好熱性繊維状ファージの生活環と宿主応答から辿る極限環境での遺伝子水平伝播と進化 A,D
得津 隆太郎 自然科学研究機構 基盤研究(B) 緑藻の紫外線応答・耐性の分子基盤から紐解く光合成生物の陸上進出 C,D
中島 啓裕 日本大学 基盤研究(C) 「界」をまたがる資源競争―バクテリア・虫・鳥・獣の死肉をめぐる攻防 E
中太 智義 がん研究会 基盤研究(C) 癌で検出される多様な変異体ERαの分子機能異常性の網羅的解析と病的意義の解明 C
中村 太郎 基礎生物学研究所 挑戦的研究(萌芽) 対の器官における左右非対称性の分子機構とその進化プロセスの解明 A
中山 淳 国立がん研究センター 特別研究員奨励費 シングルセルアンプリコミクスによる癌進化系譜の解明 F
波平 昌一 産業技術総合研究所 基盤研究(C) ニューロンにおける維持型DNAメチル化酵素DNMT1の機能解明 C
西田 英隆 岡山大学 基盤研究(B) ムギ類における出穂期不安定化機構の分子遺伝学的解明 C
西村 健 筑波大学 基盤研究(B) iPS細胞誘導におけるKlf4を中心とした動的エピゲノム転写制御の分子機構 C,D
新田 沙由梨 東京医科歯科大学 基盤研究(C) 遺伝子改変iPS細胞を用いたHBVゲノムの組み込みによる発癌メカニズムの解明 D
野呂 知加子 日本大学 基盤研究(C) ヤマトヒメミミズとミサカヒメミミズの比較による再生・生殖分子機構の解明 A
橋本 翔子 理化学研究所 若手研究 酸化ストレス下における神経炎症を介した神経細胞死誘導機構の解明 F
林 悠 京都大学 基盤研究(B) 脳幹に広がる新規な神経ネットワークの同定により明らかにする睡眠構築の意義 D
日根野谷 淳 大阪府立大学 基盤研究(C) 新興人獣共通感染症菌Escherichia albertiiの自然宿主同定の試み A
日野原 邦彦 名古屋大学 基盤研究(B) 膠芽腫における合成致死性メカニズムの解明 C
平田 英周 金沢大学 基盤研究(B) がん脳転移微小環境分子基盤の統合的理解と治療への応用 F
日渡 祐二 宮城大学 基盤研究(C) 微小管関連因子の網羅的解析による植物先端成長の方向性制御機構の解明 B
深井 英吾 新潟大学 基盤研究(C) 植物の生殖細胞系列におけるトランスポゾン抑制機構の研究 C,D
藤田 賢一 藤田医科大学 若手研究 mRNA輸送因子UAP56とURH49による選択的mRNA輸送基盤の統合的解析 D
藤原 晴彦 東京大学 基盤研究(A) アゲハ蝶における擬態スーパージーンの平行進化の遺伝的メカニズム A
堀 昌平 東京大学 新学術領域研究(公募) 制御性T細胞による組織特異的自己免疫寛容誘導・維持機構の解明 F
堀 哲也 大阪大学 基盤研究(B) ゲノム分配を保障するセントロメアクロマチン構造の構築・変換メカニズム C
本田 知之 大阪大学 挑戦的研究(萌芽) 生命現象をバックグランドで支えるレトロエレメント-宿主間相互作用の解明 B
牧野 支保 東京工業大学 若手研究 オートファジーによる新たな翻訳制御機構の解明 D
松井 啓隆 熊本大学 基盤研究(C) リボソーム生合成障害が造血器腫瘍の発症・進展に果たす役割の解明 D
松岡 由浩 福井県立大学 その他の科研費 日本のコムギ研究リソースと国際農業研究機関の連結による新遺伝資源創出と育種展開 A
松崎 文雄 理化学研究所 基盤研究(A) 哺乳類の複雑脳形成プログラムの解明 D
松野 健治 大阪大学 基盤研究(B) 核移動の左右極性化をキューとする左右非対称性の新奇形成機構の解析 C,D
松林 圭 九州大学 基盤研究(C) 海浜性ゾウムシにおける複合的な形質置換の実態解明と”波及的隔離強化仮説”の検証 A
三橋 里美 東京医科歯科大学 基盤研究(C) ナノポアシークエンサーを用いた遺伝性神経疾患の解明 B
三橋 弘明 東海大学 基盤研究(C) 顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー病態に関与する内在性レトロウイルスの探索 D
三村 維真理 東京大学 基盤研究(C) ヒストン修飾阻害薬GSKJ4による腎尿細管間質線維化の病態解明 D
宮島 優里奈 理化学研究所 若手研究 DNAメチル化制御の異常がもたらす骨髄増殖性腫瘍の機能解明 F
森田 慎一 基礎生物学研究所 若手研究 カブトムシの角形成遺伝子制御ネットワークの解明と角獲得メカニズムの解析 D
山崎 朋人 高知大学 基盤研究(C) 単細胞緑藻クラミドモナスにおけるmiRNAシステムの分子基盤解明 D
山崎 曜 国立遺伝学研究所 特別研究員奨励費 遺伝子流動による染色体構造進化の促進 C
山田 真弓 京都大学 基盤研究(C) 新規光操作システムを用いた、神経幹細胞の分化制御メカニズムの解析 D
山根 京子 岐阜大学 基盤研究(C) 日本原産種ワサビにおける辛味成分の成立機構の解明 A
山本 哲史 京都大学 基盤研究(C) 冬尺蛾における平行進化現象の理解に向けた生活史調節機構とその遺伝的基盤の解明 A
吉田 純子 奈良県立医科大学 新学術領域研究(公募) 変異ES細胞を用いた分化状態と未分化状態の遷移制御機構の解析 C

情報解析のみの支援(配列解析パイプライン整備、ゲノムアノテーション支援等)

氏 名 所 属 科研費種別 科研費研究課題名 支援技術項目
伊川 浩樹 農業・食品産業技術総合研究機構 基盤研究(B) 高い光合成能力を持つイネ品種の将来の気候変動下における水利用動態の解明 情報解析支援
久保田 宗一郎 東邦大学 基盤研究(C) ヌタウナギにおける染色体放出ではDNA鎖内部領域欠失・再結合はおこなわれているか 情報解析支援
藤田 幸 大阪大学 新学術領域研究(公募) 細胞外環境との連携による染色体高次構造の変動を介した脳発生の制御 情報解析支援
本田 義知 大阪歯科大学 基盤研究(B) ストレス誘導性老化細胞の挙動解析から迫る未知なる骨形成阻害機構の解明 情報解析支援
三村 真紀子 岡山大学 基盤研究(C) 近縁な種間でみられる収斂進化の遺伝的基盤 情報解析支援

2020年度第1回の支援公募に対して220件の応募があり、審査委員会での審査により支援キャパシティに基づき以下の101件の支援課題が決まりました。申請者名の五十音順で並べてあり、所属機関名は支援申請時点のものです。「科研費種別」「科研費研究課題名」は支援申請のもととなる科研費課題を示します。「支援技術項目」は各課題で行う支援技術を示します(以下参照)。なお情報解析のみの支援もあり、これは末尾に示しました。

  A) 新規ゲノム配列決定(ヒト以外の動物、植物、微生物、細菌)
  B) 変異解析(体細胞変異、ハプロタイプ決定、SNP、CNV等)
  C) 修飾解析(エピゲノム、RNA修飾、染色体構造、結合タンパク質)
  D) RNA解析(コピー数、安定性、RNA編集、スプライシング、lncRNA等)
  E) メタ・環境・ホロゲノム解析(DNA、RNA、1細胞)
  F) 超高感度解析(1細胞、1分子、経時解析)

氏 名 所 属 科研費種別 科研費研究課題名 支援技術項目
荒井 緑 慶応義塾大学 基盤研究(B) 幹細胞制御を目指した天然物基盤生死の天秤シグナルモジュレーターの創成 D
飯塚 怜 東京大学 基盤研究(C) 液滴の変形能を利用した微生物スクリーニングによるバイオマス分解酵素遺伝子の取得 A
井口 純 宮崎大学 基盤研究(C) 新興する鶏病原性大腸菌の流行調査とゲノム情報を利用した特徴解析 A
猪阪 善隆 大阪大学 挑戦的研究(萌芽) シングルセルRNA-sequenceを用いた腎疾患発症・進展メカニズムの解明 F
井鷺 裕司 京都大学 基盤研究(B) ゲノムに残されたデモグラフィー情報の比較解析で探る生物多様性の環境変動応答 A
石井 秀始 大阪大学 挑戦的研究(萌芽) 細胞外小胞のRNAメチル化計測によるがんバイオマーカーの最高性能化と実用化 B
石丸 恵 近畿大学 基盤研究(C) 果実軟化に関与するエクスパンシンの機能解明と分子構造研究 D
今吉 格 京都大学 基盤研究(B) 遺伝子発現の光操作技術を用いた神経幹細胞の制御機構の解析 D
宇原 久 札幌医科大学 基盤研究(C) 1細胞遺伝子発現解析によるメラノーマ細胞の増殖及び免疫関連分子間の関係性の解明 B
榮村 奈緒子 鹿児島大学 若手研究 種子散布に関する果実形態の進化プロセスの解明 B
遠藤 悠 東京大学 若手研究 昆虫イオノトロピック受容体ファミリーによって仲介される味覚シグナルの解明 F
王 丹 京都大学 新学術領域研究(公募) 環境適応能力とRNAメチル化修飾制御の個体差の関連性 -RNA修飾からの個性理解 D
大我 政敏 山梨大学 若手研究 生きたまま胚を解析する新技術zFRAPによるROSI胚の低産仔率の原因究明と改善 C
大河原 美静 名古屋大学 基盤研究(C) 神経筋接合部における細胞外分泌因子の同定 F
大杉 美穂 東京大学 挑戦的研究(萌芽) 核内DNA密度に着目した哺乳動物一倍体細胞の効率的作出 D,F
太田 耕平 九州大学 基盤研究(B) 1細胞解析系と性転換モデルによる魚類生殖腺の性的可塑性に関する分子機構の解明 A
大林 翼 農業・食品産業技術総合研究機構 特別研究員奨励費 昆虫・植物・土壌環境下におけるバークホルデリア属細菌の定着機構の解明 A
岡崎 友輔 産業技術総合研究所 特別研究員奨励費 環境ゲノム情報から紐解く大水深淡水湖の「細菌-ウイルス-真核微生物」生態系 E
岡田 由紀 東京大学 新学術領域研究(公募) シングルセル解析によるヒト精子エピゲノムプロフィール多様性の検討 C,F
岡本 昌憲 宇都宮大学 若手研究(A) 化学遺伝学的手法によるアブシジン酸シグナル伝達機構の解明 D
小野 道之 筑波大学 挑戦的研究(萌芽) 液胞のパレット化による新規の花色改変法の開発 A
小野寺 康之 北海道大学 基盤研究(C) ホウレンソウにおける雄性化/雌性化抑制の分子機構解明 B
角井 宏行 新潟大学 基盤研究(C) 花粉数を制御する遺伝子ネットワークの解明と作物への応用 B
梶田 忠 琉球大学 基盤研究(A) マングローブ林保全のためのグローバル景観ゲノミクス A
鹿島 誠 青山学院大学 若手研究 成体全能性幹細胞制御に重要な核局在型PIWI-piRNAの標的遺伝子の同定 A
桂 有加子 京都大学 若手研究 性染色体ターンオーバーの集団遺伝学モデルの構築とその分子進化機構の解明 D
河岡 慎平 京都大学 若手研究 がん悪液質を制御する宿主遺伝子の機能解析に基づく新しいがん悪液質治療法の開発 F
貴島 祐治 北海道大学 基盤研究(A) イネ小胞子に潜在する個体分化能と倍数化能を活用した育種基盤の新構築 B
岸村 栄毅 北海道大学 基盤研究(C) パエニバチルス酵素による紅藻ダルス・キシロオリゴ糖の調製とその腸内菌叢改善作用 A
北川 大樹 東京大学 基盤研究(S) 多様な紡錘体形成マシナリーの統合的解析と次世代型分裂期阻害剤の創成 D
北野 健 熊本大学 基盤研究(B) 環境依存的性決定の分子機構の解明とその応用 C
倉田 祥一朗 東北大学 基盤研究(B) ショウジョウバエ新規自然免疫受容体Gyc76Cによる液性応答と細胞性応答の制御 B
栗原 裕基 東京大学 基盤研究(A) 多種細胞連環に基づく冠循環系の発生・進化・病態・再生の統合的理解 F
小林 一三 法政大学 挑戦的研究(萌芽) ピロリ菌の塩基切り出し型制限酵素は胃がんの原因か? B
小松 健 東京農工大学 基盤研究(C) パンデミックウイルスのゆりかご:多年生野草から農作物へのホストジャンプ機構の解明 E
酒井 晶子 新潟大学 基盤研究(C) 臨界期可塑性におけるコヒーシンを介したクロマチン構造制御のメカニズム C
酒井 達也 新潟大学 挑戦的研究(萌芽) オーキシン不均等勾配非依存的な光屈性誘導機構の分子遺伝学的解析 D
笹井 紀明 奈良先端科学技術大学院大学 新学術領域研究(公募) 種特異的な発生時計が制御する器官サイズとパターン保存性のメカニズムの解析 B,C
澤本 和延 名古屋市立大学 基盤研究(A) 生後脳における新生ニューロンの移動・分化機構とその操作技術 F
柴 知史 国立がん研究センター 若手研究 膵がん患者の腸内細菌叢の解明と治療応用への基盤的研究 E
清水 光弘 明星大学 基盤研究(C) HMGBタンパク質とヒストンとのインタープレイによるクロマチン動態制御機構 C
新谷 政己 静岡大学 新学術領域研究(計画) 微生物間相互作用が解き明かすポストコッホ微生物機能 A
新冨 圭史 理化学研究所 基盤研究(B) 発展型再構成系を用いた分裂期染色体構築メカニズムの解析 C
杉野 繁一 東北大学 挑戦的研究(萌芽) 嘔吐するモデル動物スンクスの戻し交配で解明するPONVの遺伝学的機序 F
杉山 真言 北里大学 若手研究 組織透明化技術を用いたマウス着床機構の解明 D
鈴木 敦 横浜国立大学 若手研究(A) 始原生殖細胞の発生を制御するRNA分子機構とその破綻による腫瘍発生のメカニズム F
曽田 貞滋 京都大学 挑戦的研究(開拓) 周期ゼミの羽化年決定機構と周期分化のゲノム基盤 A
田尾 龍太郎 京都大学 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) ゲノム科学と認知科学の融合による消費者指向型高品質ブルーベリー育種の基盤整備 F
高橋 文 首都大学東京 基盤研究(B) 産卵基質への適応が引き起こす種分化の遺伝的基盤の解析 B
高橋 秀尚 横浜市立大学 挑戦的研究(萌芽) メディエーター複合体による液相形成とその転写制御機構の解明 C,D
竹内(柴田) 潤子 明治大学 若手研究(B)(1つの細目) B型肝炎ウイルスのcell-to-cell感染機構と意義の解明 F
竹花 佑介 長浜バイオ大学 基盤研究(B) XY型からZW型への性決定システムの進化 A
谷岡 真樹 国立がん研究センター 若手研究 乳癌組織全エクソン解析データに基づく相同組み換え修復機能の新規測定モデル開発 B
都筑 正行 東京大学 研究活動スタート支援 植物Pol VのゲノムワイドなノンコーディングRNA転写メカニズムの解明 C,D
戸田 絵梨香 東京都立大学 特別研究員奨励費 父性アリル依存的に発現する転写因子群によるイネ受精卵の発生制御機構 F
中釜 悠 大阪市立大学 研究活動スタート支援 乳酸を基軸とした心臓エネルギー代謝可塑性の理解 D
永田 晋治 東京大学 基盤研究(B) 雑食性昆虫における栄養分選好性行動の代謝系および内分泌系による調節機構の解明 F
夏目 豊彰 国立遺伝学研究所 基盤研究(C) ヒトSMC5/6複合体の網羅的アンバイアス解析:オーキシンデグロン法を中心に C
新倉 綾 国立感染症研究所 基盤研究(C) 我が国のヒトバベシア症病原体における多様性の解明 A,D
西塚 哲 岩手医科大学 基盤研究(C) Circulating tumor DNA検査の臨床導入における課題点の克服 B
畠山 淳 熊本大学 新学術領域研究(公募) 種特異的な「神経幹細胞の増殖期」の時計制御のしくみ D
浜口 知成 名古屋大学 若手研究 m7GTP capを介した新規翻訳制御機構の解明 D
尾藤 晴彦 東京大学 新学術領域研究(計画) 記憶・情動における多領野間脳情報動態の光学的計測と制御 F
桧山 武史 岡山大学 基盤研究(A) 口渇感と塩欲求制御の包括的研究 F
平瀬 祥太朗 東京大学 基盤研究(B) 交雑起源の新規集団のゲノム進化に関する包括的研究 A
平田 普三 青山学院大学 基盤研究(B) 触覚受容に関わる分子の探索と再構成 D
藤田 幸 大阪大学 新学術領域研究(公募) 細胞外環境との連携による染色体高次構造の変動を介した脳発生の制御 C
藤谷 拓嗣 中央大学 若手研究 培養技術とゲノム解析で紐解く硝化界のダークマター「完全アンモニア酸化細菌」 E
藤本 明洋 東京大学 基盤研究(B) 長鎖シークエンス技術を用いた肝癌の転写異常の包括的解析 B
藤原 智子 大阪大学 基盤研究(B) 大腸がんを指標とした組織幹細胞でのゲノム変異解析系の確立 F
星野 温 京都府立医科大学 基盤研究(B) ミトコンドリア機能制御の基盤となるミトコンドリアー核ネットワークの包括的解明 F
星野 敦 基礎生物学研究所 基盤研究(C) トランスポゾンによる植物のエピゲノムと遺伝子発現の制御 C
細野 耕平 東京工業大学 特別研究員奨励費 イオンセンサーフィッシュの開発およびそれを用いた新規イオン代謝制御因子の機能解析 D
堀江 健生 筑波大学 基盤研究(B) 単一細胞トランスクリプトームによる異なる神経サブタイプを生み出す分子機構の解明 F
本間 耕平 慶應義塾大学 基盤研究(C) レポーターノックイン疾患iPS細胞を用いた網膜色素変性の薬剤スクリーニング D
増田 誠司 京都大学 挑戦的研究(萌芽) 活性フラボノイドによる選択的mRNAスプライシング制御の分子機構解明と応用展開 D
町田 千代子 中部大学 基盤研究(C) 葉の発生分化におけるDNAメチル化と核小体の役割 C
松島 綾美 九州大学 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(A)) 新世代ビスフェノールによる新規な肥満誘導メカニズムの解明 C,D
松瀬 美智子 長崎大学 基盤研究(C) 増悪する甲状腺乳頭癌を予測できる分子マーカー:さらなる高精度化と細胞診への応用 D
松永 幸大 東京大学 基盤研究(B) 植物再分化を制御するクロマチン構造変換メカニズムのイメージング解析 C,D
三浦 恭子 熊本大学 基盤研究(B) 老化耐性・がん化耐性ハダカデバネズミ特異的な個体恒常性維持機構の解明 A
水口 千穂 東京大学 基盤研究(C) 翻訳後修飾に伴うヒストン様因子の機能変化がプラスミド保持細菌に与える影響の解明 C
宮井 尊史 東京大学 若手研究 Fuchs角膜内皮変性症のトリプレットリピート伸長が病態に与える影響の解明 F
宮本 享 京都大学 基盤研究(B) RNF213関連閉塞性血管障害の分子機序解明と新規治療開発 D
森田 慎一 基礎生物学研究所 若手研究 カブトムシの角形成遺伝子制御ネットワークの解明と角獲得メカニズムの解析 D
森本 桂子 慶應義塾大学 若手研究 脳の発生過程における免疫細胞の役割の解明 F
谷口 俊介 筑波大学 基盤研究(C) 原腸陥入時にトロポニンが担う細胞形態変化の仕組み F
矢野 晃一 国立遺伝学研究所 若手研究 一本鎖rDNAを介したコンデンシンの染色体結合機構の解明 B
矢野 大和 東北大学 基盤研究(C) 有性生殖を介した抗酸菌進化モデルの実験と集団ゲノミクスによる検証 A
山本 俊至 東京女子医科大学 基盤研究(C) 染色体微細構造異常による神経発達障害の成因解明 B
湯川 格史 広島大学 基盤研究(C) 染色体分配装置構築の分子機構解明と次世代創薬への応用 D
吉浦 孝一郎 長崎大学 挑戦的研究(萌芽) 放射線被ばくによる構造異常発生率の推定法開発 B
吉田 純子 奈良県立医科大学 若手研究 マウスES細胞の神経分化抵抗性に関与する新規遺伝子の機能解析 F
吉原 静恵 大阪府立大学 挑戦的研究(萌芽) ナノZnO粒子による光合成生物の葉緑体増殖現象の解析とCO2固定プロセスの創出 D
和多 和宏 北海道大学 新学術領域研究(公募) 発声学習バイアスの個体差形成に関わる脳内遺伝子発現メカニズムの解明 B,D,F

情報解析のみの支援(配列解析パイプライン整備、ゲノムアノテーション支援等)

氏 名 所 属 科研費種別 科研費研究課題名 支援技術項目
小西 裕之 愛知医科大学 基盤研究(C) CRISPR-Cas9 nickaseによるDNA二重鎖切断を伴わないゲノム編集 情報解析支援
斉藤 延人 東京大学 基盤研究(B) Precision Neurosurgery実現のための基盤的遺伝子解析研究 情報解析支援
永田 健一 名古屋大学 若手研究 ECEL1/DINE遺伝子変異による先天性関節拘縮症発症メカニズムの解明 情報解析支援
中塚 貴司 静岡大学 基盤研究(B) アブラナ科花きの分子基盤の構築 情報解析支援
柳谷 朗子 沖縄科学技術大学院大学 基盤研究(C) 膵β細胞でのグルコース応答性インスリン分泌における転写後調節の分子機構の解析 情報解析支援
渡邉 幹夫 大阪大学 基盤研究(B) 双生児のエピゲノム情報と臨床検査値に基づいた、生活習慣病に影響する環境因子の解明 情報解析支援

最終審査結果につきまして、10月27日までにメールにてお送りしております。
お手元に届いていない場合は、至急事務局までお問い合わせ下さい。
(迷惑メールボックス内もご確認頂けますようお願い致します。)

なお、共同研究者等申請者以外の方からのお問い合わせにはお答えできませんので、
必ず申請者ご本人からお問い合わせ頂けますようお願い致します。

先進ゲノム支援事務局

書面審査の結果につきまして、9月22日までにメールにてお送りしております。
お手元に届いていない場合は、至急事務局までお問い合わせ下さい。
(迷惑メールボックス内もご確認頂けますようお願い致します。)

なお、共同研究者等申請者以外の方からのお問い合わせにはお答えできませんので、
必ず申請者ご本人からお問い合わせ頂けますようお願い致します。

先進ゲノム支援事務局

国立大学法人筑波大学 生命環境系 有泉亨准教授、篠崎良仁助教(現 東京農工大学 グローバルイノベーション研究院 特任助教)、江面浩教授、フランス国立農業研究所、ボルドー大学、神戸大学、九州大学、東京大学、帝京大学、理化学研究所、名古屋大学、千葉大学の研究グループは、トマトの子房において植物ホルモンによって制御された代謝の仕組みをモデル化することに成功し、果実の着果を支えるエネルギー代謝の全体像を明らかにしました。本研究成果は、2020年9月7日に専門誌『Proc. Natl. Acad. Sci. USA』に掲載され、筑波大学よりプレスリリースされました。

筑波大学:(http://www.tsukuba.ac.jp/wp-content/uploads/200907ariizumi-1.pdf

Yoshihito Shinozaki, Bertrand P. Beauvoit, Masaru Takahara, Shuhei Hao, Kentaro Ezura, Marie-Hélène Andrieu, Keiji Nishida, Kazuki Mori, Yutaka Suzuki, Satoshi Kuhara, Hirofumi Enomoto, Miyako Kusano, Atsushi Fukushima, Tetsuya Mori, Mikiko Kojima, Makoto Kobayashi, Hitoshi Sakakibara, Kazuki Saito, Yuya Ohtani, Camille Bénard, Duyen Prodhomme, Yves Gibon, Hiroshi Ezura, and Tohru Ariizumi, Fruit setting rewires central metabolism via gibberellin cascades, PNAS, DOI: 10.1073/pnas.2011859117

東京大学大学院新領域創成科学研究科の鈴木穣教授らのグループは、国立がん研究センターとの共同研究により、これまでの方法では見逃されてきたゲノムの異常を発見するために、従来法よりもゲノムの塩基配列を長く解析することができるナノポアシークエンサーを活用して肺がん細胞のゲノム配列を解析しました。その結果、非常に複雑な構造変化を伴うゲノムの異常を見出し、その全体像を明らかにしました。本研究成果は、2020年9月4日(金)に米国科学雑誌「Genome Research」のオンライン版で掲載され、東京大学よりプレスリリースされました。

東京大学:(http://www.k.u-tokyo.ac.jp/info/entry/22_entry899/

Yoshitaka Sakamoto, Liu Xu, Masahide Seki, Toshiyuki T. Yokoyama, Masahiro Kasahara, Yukie Kashima, Akihiro Ohashi, Yoko Shimada, Noriko Motoi, Katsuya Tsuchihara, Susumu S. Kobayashi, Takashi Kohno, Yuichi Shiraishi, Ayako Suzuki, Yutaka Suzuki*, Long read sequencing for non-small cell lung cancer genome, Genome Research, DOI: 10.1101/gr.261941.120

2020年度第3回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
– 指針改正と多機関共同研究の一括審査にむけて –

◆概要
2018年より文科省・厚労省・経産省の合同委員会およびタスクフォースにおいて実施されてきた、ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針(ゲノム指針)、人を対象とする医学系研究に関する倫理指針(医学系指針)の見直しと統合に向けた検討では、現在パブリックコメントが終了、告示間近となりました。考える会でも、一昨年度より、指針改正に向けたアンケート調査やワークショップを開催し、検討を行なってきました。そこで今回、指針改正と、新統合指針で検討されている多機関共同研究の一括審査等をテーマにヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。是非ご参加下さい。

◆日時:2020年10月17日(土)13:30-17:00

◆開催形式:オンラインシンポジウム
# 事前に参加登録を頂いた方に当日参加用URLをお知らせします。
# ブラウザから参加できるシステム(ユーザ登録不要)を使用します。
# パソコン・スマホで全国どこからでもご参加頂けます。

◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆参加費:無料
◆詳細・申込:
下記ページのフォームから参加登録をお願いします。
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20201017.php/
[事前参加登録:10月14日(水)17:00まで]

◆主催:文部科学省科学研究費新学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット (GSユニット)
◆問合せ:大阪大学大学院医学系研究科医の倫理と公共政策学
    email: workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

平成28年度に文部科学省科学研究費助成事業新学術領域研究(学術研究支援基盤形成)先端技術基盤支援プログラム「先端バイオイメージング支援プラットフォーム(ABiS)」がスタートし、5年目を迎えています。
本事業では、生理学研究所・基礎生物学研究所を中核機関として、各種の先端・特殊イメージング機器を運用している国内連携機関がプラットフォームを組織し、生命科学研究領域において近年必要性が高まっている生物イメージングの先端的支援を進めております。
このたび、オンライン支援説明会を開催することとなりました。

◆日時 2020年9月29日(火)
 【第1部】 支援紹介  13:00 – 16:30(予定)
 【第2部】 支援相談  16:40 – 18:00(予定)

オンラインにて、支援内容や応募方法をご紹介するとともに、支援担当者に相談していただける時間を設けます。尚、説明会開催中の入退場は自由にしていただいて構いません。
ご興味のある方・バイオイメージングでお悩みの方は是非ご参加くださいますようご案内申し上げます。
さらに、現下の “with COVID-19”, “post COVID-19″において、より発展的なバイオイメージング支援活動を進めていきたいと考えております。この機会に是非当事業の活用をご検討いただくとともに、ご意見やご要望を頂戴できればと思います。

◆詳細・申込方法は下記ページをご覧ください。
https://www.nibb.ac.jp/abis/event/ev20200929

◆問い合わせ先
先端バイオイメージング支援プラットフォーム(ABiS)事務局
〒444-8585 愛知県岡崎市明大寺町字西郷中38
Tel:0564-55-7804 e-mail:abis-office@nips.ac.jp
担当:丸山めぐみ(生理学研究所) 真野昌二(基礎生物学研究所)
ABiSオフィシャルサイト:https://www.nibb.ac.jp/abis/

公募受付は終了しました。

「先進ゲノム支援」では、2020年度第2回の支援課題の申請受付を開始しました。

2020年度第2回の「先進ゲノム支援」支援課題の申請受付を以下の日程で行います。
公募受付期間は、2020年7月15日(水) ~ 8月18日(火) 正午です。
なお、審査委員会で支援候補に選定された課題に関しては、2020年10月初~中旬(予定)にヒアリング※を実施します。

公募についての詳細は以下のURLをご覧ください。
2020年度第2回公募要項
2020年度第2回支援申請書様式(一式)
  +2020-2「先進ゲノム支援」支援申請書様式(word)
  +(入力準備用)web申請システム入力項目一覧(excel)
倫理関連書類チェックシート(docx)
公募に関するFAQ
申請のポイント (審査委員会でよく指摘される申請の不備・問題点をまとめています。)

※支援実施担当者による候補課題の支援内容の詳細の聞き取りと協議をヒアリングと呼んでいます。詳細はFAQをご参照ください。

【2020年度第2回ヒトゲノム研究倫理を考える会】
– 二次利用における同意を考える –

◆概要:
「同意」とは何か、今年度は様々な同意をとりあげ考えていきます。第2回の今回は、近年のゲノム研究の長期化や産学連携研究の発展などで新たに課題となっている「二次利用における同意」をテーマにとりあげ、商用利用などを含む試料・情報の二次利用における同意や、Personal Health Record等の医療情報の活用について考えるヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。全国どこからでも参加できるウェビナー形式で開催しますので、是非ご参加下さい。

◆日時:2020年8月25日(火)15:00-17:00

◆開催形式:ウェビナー(オンラインセミナー)
# 事前に参加登録を頂いた方に前日の8月24日(月)17:00までに参加用URLなどの当日参加情報をお知らせします。
# ブラウザから誰でも参加できるシステム(ユーザ登録不要)を使用します。
# パソコン・スマホで全国どこからでもご参加頂けます。

◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆参加費:無料
◆詳細・申込:
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20200825.php/
◆参加登録:[事前参加登録:8月21日(金)17:00まで]

◆主催:文部科学省科学研究費進学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
◆問合せ:大阪大学大学院医学系研究科医の倫理と公共政策学
    workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

 ゲノム科学においては、DNAシーケンシング技術のみならず、最先端技術を駆使した新たな解析手法が進展しています。ヒトや動物、植物から微生物に至る様々な生物種を対象とするライフサイエンス研究においては、これら技術を活用することが必須になっています。先進ゲノム支援では、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を開発・整備し、多様な科研費課題に提供して支援することにより、我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを使命としています。本公募はそのような支援に相応しい科研費課題を募るものです。

2020年度第2回の「先進ゲノム支援」支援課題の申請受付を以下の日程で行います。
公募受付期間は、2020年7月15日(水) ~ 8月18日(火) 正午です。
なお、審査委員会で支援候補に選定された課題に関しては、2020年10月初~中旬(予定)にヒアリング※を実施します。

公募についての詳細は以下のURLをご覧ください。
2020年度第2回公募要項
2020年度第2回支援申請書様式(一式)
  +2020-2「先進ゲノム支援」支援申請書様式(word)
  +(入力準備用)web申請システム入力項目一覧(excel)
倫理関連書類チェックシート(docx)
公募に関するFAQ
申請のポイント (審査委員会でよく指摘される申請の不備・問題点をまとめています。)

※支援実施担当者による候補課題の支援内容の詳細の聞き取りと協議をヒアリングと呼んでいます。詳細はFAQをご参照ください。

信州大学 松村英生准教授(基盤研究支援センター遺伝子実験支援部門)と台湾大学、沖縄県農業研究センター、World Vegetable Center、国立遺伝学研究所らのグループは、ニガウリ(Momordica charantia )について長鎖リードDNAシークエンサーを用いた全ゲノムDNA配列を解読し、全染色体(11 本)に渡るゲノム配列を決定し、さらに 60 系統の海外のニガウリ栽培品種や野生系統の全ゲノムDNA配列についても比較を行いました。本研究成果は、2020年 5 月 27 日付けの米国科学アカデミー紀要 (PNAS 誌) オンライン版に早期公開され、信州大学よりプレスリリースされました。

信州大学:(http://www.shinshu-u.ac.jp/faculty/textiles//news/2020/06/146755.html

Hideo Matsumura, Min-Chien Hsiao, Ya-Ping Lin, Atsushi Toyoda, Naoki Taniai, Kazuhiko Tarora, Naoya Urasaki, Shashi S. Anand, Narinder P. S. Dhillon, Roland Schafleitner, Cheng-Ruei Lee, Long-read bitter gourd (Momordica charantia) genome and the genomic architecture of nonclassic domestication, PNAS, DOI: 10.1073/pnas.1921016117

基礎生物学研究所/生命創成探究センターの栗原美寿々研究員および宮成悠介特任准教授(現所属:金沢大学ナノ生命科学研究所 准教授)らは、長崎大学大学院医歯薬学総合研究科の淵上剛志准教授らと共同で、PMLボディによる遺伝子制御メカニズムの一端を明らかにすることに成功しました。本研究成果は、2020年4月29日(米国東部標準時間)に専門誌『Molecular Cell』のオンライン版に掲載され、金沢大学よりプレスリリースされました。

金沢大学:(https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/achievements/achievements-11241/

Misuzu Kurihara, Kagayaki Kato, Chiaki Sanbo, Shuji Shigenobu, Yasuyuki Ohkawa, Takeshi Fuchigami, Yusuke Miyanari, Genomic Profiling by ALaP-seq reveals transcriptional regulation by PML bodies through the DNMT3A exclusion, Molecular Cell, DOI: 10.1016/j.molcel.2020.04.004

【2020年度第1回ヒトゲノム研究倫理を考える会】
– 今、同意について考える –

◆概要:
そもそも「同意」とは何でしょうか?また、ヒトゲノム研究における「同意」とはどのようにあるべきでしょうか?研究の大規模化、長期化等が益々進みつつある現在、研究参加における同意の重要性が改めて問われています。また、二次利用の同意など新たな同意に関する課題も指摘されています。そこで今回、「今、同意について考える」をテーマに、医学研究における同意や、法律面から同意について再考するヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。全国どこからでも参加できるウェビナー形式で開催しますので、是非ご参加下さい。

◆日時:2020年6月25日(木)13:00-15:00
◆開催形式:ウェビナー(オンラインセミナー)
# 事前に参加登録を頂いた方に前日の6月24日(水)17:00までに参加用URLなどの当日参加情報をお知らせします。
# ブラウザから誰でも参加できるシステム(ユーザ登録不要)を使用します。
# パソコン・スマホで全国どこからでもご参加頂けます。

◆参加費:無料
◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆詳細・申込:
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20200625.php/
◆参加登録:[事前参加登録:6月23日(火)17:00まで]

◆主催:文部科学省科学研究費進学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
◆問合せ:大阪大学大学院医学系研究科医の倫理と公共政策学
     workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

応募の機会増のご要望に応えて2020年度支援分から年2回公募としました。すでに第1回は4月に支援課題を決定し、新型コロナウィルス対応で大変厳しい状況ですが、可能な範囲で支援を開始しています。
次回第2回につきましても、可能な範囲で迅速に支援をするために、以下のスケジュールで公募を予定しています。
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第2回 2020年7-8月頃公募(10月中に支援課題決定、開始)
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
なお、第2回公募の対象科研費課題は2020年度新規採択課題および継続課題となります。

公募要項(支援対象、支援できる内容、審査の要点など)につきましては、基本的には第1回公募要領に準じる予定ですが、詳細は公募開始までにホームページに掲載いたします。

先進ゲノム支援事務局

岡山大学大学院医歯薬学総合研究科の垣内力教授らの研究グループは、病原性を持たない大腸菌が、自身の遺伝子を変異させることにより高病原性化することを明らかとしました。
本研究成果は4月24日(金)に米国の科学雑誌「PLOS Pathogens」に掲載され、岡山大学よりプレスリリースされました。

岡山大学:(https://www.okayama-u.ac.jp/tp/release/release_id711.html

Kaito C, Yoshikai H, Wakamatsu A, Miyashita A, Matsumoto Y, Fujiyuki T, Kato M, Ogura Y, Hayashi T, Isogai T, Sekimizu K, Non-pathogenic Escherichia coli acquires virulence by mutating a growth-essential LPS transporter, PLOS Pathogens, DOI: 10.1371/journal.ppat.1008469

書面審査の結果につきまして、3月27日にメールにてお送りしております。
お手元に届いていない場合は、至急事務局までお問い合わせ下さい。
(迷惑メールボックス内もご確認頂けますようお願い致します。)

なお、共同研究者等申請者以外の方からのお問い合わせにはお答えできませんので、必ず申請者ご本人からお問い合わせ頂けますようお願い致します。

先進ゲノム支援事務局

横浜市立大学大学院医学研究科 分子生物学分野の高橋 秀尚教授、北海道大学大学院医学研究院・生理系部門・生化学分野・医化学教室の畠山 鎮次教授、米国ストワーズ医学研究所のJoan Conaway教授らの研究グループは、メディエーター複合体*1のサブユニットMED26が、転写伸長因子複合体Super elongation complex(SEC)とLittle elongation complex(LEC)を異なる遺伝子領域へと呼び寄せ、 RNAポリメラーゼII*2(以下Pol IIと呼ぶ)による“ポリA”のあるmRNAと“ポリA”のないmRNAの合成(転写)をそれぞれ制御する機構を明らかにしました。本研究成果は2020年2月26日、英科学誌Nature Communicationsに発表され、横浜市立大学よりプレスリリースされました。

横浜市立大学:
https://www.yokohama-cu.ac.jp/news/2019/202002hn_takahashi_NC.html

*Takahashi H, Ranjan A, Chen S, Suzuki H, Shibata M, Hirose T, Hirose H, Sasaki K, Abe R, Chen K, He Y, Zhang Y, Takigawa I, Tsukiyama T, Watanabe M, Fujii S, Iida M, Yamamoto J, Yamaguchi Y, Suzuki Y, Matsumoto M, Nakayama I. K, Washburn P. M, Saraf A, Florens L, Sato S, Tomomori-Sato C, Conaway C.R, *Conaway W.J, *Hatakeyama S., The role of Mediator and Little Elongation Complex in transcription termination, Nature Communications, DOI:10.1038/s41467-020-14849-1

公募受付は終了しました。

かずさDNA研究所、農業・食品産業技術総合研究機構(農研機構)果樹茶業研究部門、国立遺伝学研究所、広島県立総合技術研究所、福岡県農林業総合試験場は共同で、イチジク (Ficus carica)の近縁野生種であるイヌビワ(F. erecta)のゲノムを解読しました。本研究成果は, 国際科学雑誌The Plant Journalに1月24日にオンライン公開されました。

プレスリリース資料:
https://www.genome-sci.jp/wp-content/uploads/2020/02/PR20200207.pdf
かずさDNA研究所:
https://www.kazusa.or.jp/news/20200207/
国立遺伝学研究所:
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2020/02/research-highlights_ja/pr20200207.html

Shirasawa K, Yakushiji H, Nishimura R, Morita T, Jikumaru S, Ikegami H, Toyoda A, Hirakawa H and Isobe S.
The Ficus erecta genome towards Ceratocystis canker resistance breeding in common fig (F. carica).
The Plant Journal first published 24 January, 2020 DOI:10.1111/tpj.14703

従来のDNA2本鎖切断を利用したゲノム編集方法は、高効率ですが、DNA配列の書き換えエラーも多いという問題点がありました。愛知医科大学医学部生化学講座の小西裕之教授(特任)、兵頭寿典講師らの研究グループは,高いDNA配列書き換え効率を維持しつつ、書き換えエラーの発生を劇的に抑えるゲノム編集方法の研究を行いました。本研究成果は, 2020年1月28日(火),米国科学誌「Cell Reports」(電子版)に掲載され、愛知医科大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース資料:
https://www.genome-sci.jp/wp-content/uploads/2020/01/file20200130.pdf
愛知医科大学:
https://www.aichi-med-u.ac.jp/su28/su2801/su280101/1210856_4623.html
国立遺伝学研究所:
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2020/01/research-highlights_ja/pr20200129.html

Toshinori Hyodo, Md. Lutfur Rahman, Sivasundaram Karnan, Takuji Ito, Atsushi Toyoda, Akinobu Ota, Md Wahiduzzaman, Shinobu Tsuzuki, Yohei Okada, Yoshitaka Hosokawa and Hiroyuki Konishi, Tandem paired nicking promotes precise genome editing with scarce interference by p53, Cell Reports 30, 1195–1207 (2020) doi: 10.1016/j.celrep.2019.12.064

「先進ゲノム支援」では、2020年度第1回の支援課題の申請受付を開始しました。

2020年度第1回の「先進ゲノム支援」支援課題の申請受付を以下の日程で行います。
公募受付期間は、2月13日(木) 正午までです。
なお、審査委員会で支援候補に選定された課題に関しては、2020年4月中旬(予定)にヒアリング※を実施します。

公募についての詳細は以下のURLをご覧ください。
2020年度公募要項
2020年度支援申請書(docx)
倫理関連書類チェックシート(docx)
申請のポイント
FAQ(申請資格、申請方法、申請内容について等)
支援申請

※支援実施担当者による候補課題の支援内容の詳細の聞き取りと協議をヒアリングと呼んでいます。詳細はFAQをご参照ください。

新型コロナウイルス感染症に関して、政府から発出された「新型コロナウイルス感染症対策の基本方針」に鑑み、講習会事務局としては止むを得ず開催延期を決定致しました。延期後の開催日時は、後日受講予定の方にご連絡させていただきます。皆様のご理解とご協力の程、何卒よろしくお願い申し上げます。

PAGS・DDBJ・DBCLS合同情報解析講習会のご案内

「先進ゲノム支援」(先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム:PAGS)は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度第2回目となる今回は、遺伝研スパコンの概要を解説するとともに、Linuxの基礎から遺伝研スパコンの使い方、さらにはRNA-seq解析などの実践例題を中心に、以下の要領で情報解析講習会を開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報・DDBJセンター(DDBJ)、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が合同で開催いたします。

<2019年度第2回情報解析講習会>

■日 時:
2020年3月12日(木) 12:40~17:20 (予定) 開催延期
■会 場:
国立遺伝学研究所(DDBJ)静岡県三島市谷田1111
■想定スキルレベル:
UNIX初心者
■募集人員:
若手研究者20名程度

  • 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
  • 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
  • 各自のPCを持参ください(Windows、Macいずれも可)
  • 遺伝研スパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方は当選確定後直ちに取得して頂く必要があります。
■参加費用:
無料(旅費等は参加者でご負担下さい。)

■受講者が講習当日までに準備すべき項目:

遺伝研スパコンアカウントの取得、およびスパコンを使用するための準備(ソフトウェアのインストール等)をして頂く必要があります。(詳細は後日、受講者にご連絡致します。)

■講習会スケジュール(予定):

【2020年3月12日(木)】
12:40~13:10 遺伝研スパコン概要説明
13:10~14:10 遺伝研スパコンへの接続方法、UNIX基本コマンド
14:10~15:00 シェルスクリプト&バッチジョブ
15:00~15:10 休憩
15:10~16:00 シェルスクリプト&バッチジョブ
16:00~17:20 遺伝研スパコンでの解析の実践(RNA-seq解析等)
■申し込み〆切:
2020年2月5日(水)
■申し込み方法:
事前アンケート(word版PDF版)をダウンロードし、ご記入下さい。
メール本文に以下の①~④の情報をご記載の上、アンケート用紙を添えて、事務局(pags-workshop@genome-sci.jp)までメールにてお申込み下さい。
なお、メールの件名は「2019年度第2回情報解析講習会申し込み」として頂くようお願い致します。
①氏名 
②所属 
③メールアドレス 
④「ゲノム支援」、「先進ゲノム支援」からの支援を自ら、または研究室の長などが受けたことがある場合は代表者名
先進ゲノム支援事務局

 ゲノム科学においては、DNAシーケンシング技術のみならず、最先端技術を駆使した新たな解析手法が進展しています。ヒトや動物、植物から微生物に至る様々な生物種を対象とするライフサイエンス研究においては、これら技術を活用することが必須になっています。先進ゲノム支援では、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を開発・整備し、多様な科研費課題に提供して支援することにより、我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを使命としています。本公募はそのような支援に相応しい科研費課題を募るものです。

2020年度第1回の「先進ゲノム支援」支援課題の申請受付を以下の日程で行います。
公募受付期間は、2020年1月15日(水) ~ 2月13日(木) 正午です。
なお、審査委員会で支援候補に選定された課題に関しては、2020年4月中旬(予定)にヒアリング※を実施します。

公募についての詳細は以下のURLをご覧ください。
2020年度公募要項
2020年度支援申請書(docx)
倫理関連書類チェックシート(docx)
申請のポイント
FAQ(申請資格、申請方法、申請内容について等)
支援申請

※支援実施担当者による候補課題の支援内容の詳細の聞き取りと協議をヒアリングと呼んでいます。詳細はFAQをご参照ください。

【2019年度第5回ヒトゲノム研究倫理を考える会】
– ゲノム解析が向かう先 -

◆概要:
ゲノム解析を用いた研究に関する状況は、ここ数年でまた大きく変化を遂げつつあります。そこで今回は、「ゲノム解析が向かう先」をテーマに、ヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。注目されているトピックスについて国内外の最新の動向、またそれらが進む先はどこにあるのか、皆さんと一緒に考える機会になれば幸いです。是非ご参加ください。

◆日時 :2020年2月2日(日)13:30-17:00
◆会場 :秋葉原UDX4F UDXギャラリーネクスト「ネクスト1」
 東京都千代田区外神田4-14-1秋葉原UDX 4階
   https://udx-akibaspace.jp/conference/

◆対象 :大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆定員 :150名
◆参加費:無料

◆参加登録:[事前参加登録:1月31日(金)12:00まで]
 https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20200202.php/

◆主催 :文部科学省科学研究費進学術領域「先進ゲノム支援」
        ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
◆問合せ :workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

北海道大学遺伝子病制御研究所の廣瀬哲郎教授,二宮賢介助教らの共同研究グループは,ノンコーディング RNA(ncRNA)を骨格として作られる細胞内構造体の核内ストレス体(nSB)の新機能解明に成功しました。本研究成果は, 2019 年 11 月 29 日(金),The EMBO Journal 誌にオンライン掲載され、北海道大学よりプレスリリースされました。

北海道大学:(https://www.hokudai.ac.jp/news/191202_pr.pdf

Ninomiya, K., Adachi, S., Natsume, T., Iwakiri, J., Terai, G., Asai, K., and Hirose, T. LncRNA-dependent nuclear stress bodies promote intron retention through SR protein phosphorylation, EMBO J, e102729. (2019) doi: 10.15252/embj.2019102729

2019年度第4回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
– 研究・医療・産業をつなぐ –

◆概要
がんゲノム医療が本格的にはじまり、ゲノム研究と、医療・産業がつながる社会が実現しつつあります。また、研究・診療に伴う膨大なデータの蓄積と、これらのデータを利活用した研究も進んでいます。そこで今回、「研究・医療・産業をつなぐ」をテーマにヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。
全国どこからでも参加できるウェビナー形式で開催しますので、是非ご参加下さい。

◆日時:2019年12月19日(木)13:00-15:00 [4:00-6:00 GMT]
◆開催形式:ウェビナー
# 事前に参加登録を頂いた方に当日参加用URLをお知らせします。
# ブラウザから誰でも参加できるシステム(ユーザ登録不要)を使用します。
# パソコン・スマホで全国どこからでもご参加頂けます。

◆プログラム:
13:00-13:05 「開会の挨拶」
  加藤 和人(大阪大学大学院医学系研究科)
13:05-13:35 「ゲノム医療の今:がんと難病のELSIを考える」
  武藤 香織(東京大学医科学研究所)
13:35-14:05 「ゲノム・ゲノミクス研究におけるデータのライフサイクル」
  川路 英哉(東京都医学総合研究所、理化学研究所)
14:05-15:00 質疑応答・総合討論

◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆参加費:無料
◆詳細・申込:
下記ページのフォームから参加登録をお願いします。
URL: https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20191219.php/
[事前参加登録:12月17日(火)17:00まで]

◆主催:文部科学省科学研究費新学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット (GSユニット)
◆問合せ:大阪大学大学院医学系研究科医の倫理と公共政策学
 Tel: 06-6879-3688 
 email: workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

情報解析講習会のビデオ映像を掲載しました。

支援技術紹介「情報解析支援」に、2019年度第1回PAGS・DDBJ・DBCLS合同情報解析講習会のビデオを掲載しました。

情報解析講習会の資料を掲載しました

支援技術紹介「情報解析支援」に、2019年度情報解析講習会(中級者向け、2019年10月9~11日)の資料を掲載しました。なお、ビデオ映像は後日公開予定です。

応募の機会増のご要望に応えて、来年度支援分から年2回公募にする予定です。

第1回 2020年1-2月頃公募(4月に支援決定、開始)
第2回 2020年7-8月頃公募(10月に支援決定、開始)

なお、第1回(2020年1月)公募の対象科研費課題は2020年度継続(あるいは期間延長)課題になります。公募時に科研費申請中の課題(2020年4月新規採択の課題等)は第1回支援には申請できませんのでご注意ください。

公募要項(支援対象、支援できる内容、審査の要点など)につきましては、基本的には今年度の公募要領(ウェブサイトで公開)に準じる予定ですが、詳細は公募開始までにホームページに掲載いたします。

先進ゲノム支援事務局

生命科学連携推進協議会および先進ゲノム支援を含む生命科学4プラットフォームは、日本分子生物学会にて特別企画「最先端技術支援コーナー」としてブース出展致します。
支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。ぜひお立ち寄りください。

第42回日本分子生物学会年会
会期:2019年12月3日(火)~6日(金)
会場:福岡国際会議場 マリンメッセ福岡
大会HP:https://www2.aeplan.co.jp/mbsj2019/

また、生命科学連携推進協議会では本学会においてバイオテクノロジー(ランチョン)セミナーを12月5日(木)に開催いたします。
先進ゲノム支援からも登壇し、支援について説明をさせていただく予定です。こちらもぜひご活用ください。
セミナーは以下のページから事前予約も可能です。
なお、数量には限りがありますことご了承ください。
https://www2.aeplan.co.jp/mbsj2019/japanese/bio/index.html
(事前web予約期間:10月17日(木)~10月21日(月))

服部佑佳子 生命科学研究科助教、渡辺佳織 同研究員、上村匡 同教授、内山博允 東京農業大学研究員、矢嶋俊介 同教授らの研究グループは、食性の異なるショウジョウバエの近縁種間で、炭水化物応答制御機構の働きや異なる栄養バランスへの適応能力が違うことを明らかにしました。本研究成果は、2019年9月4日に、国際学術誌「Cell Reports」のオンライン版に掲載されました。

京都大学:(http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2019/190904_1.html

Kaori Watanabe, Yasutetsu Kanaoka, Shoko Mizutani, Hironobu Uchiyama, Shunsuke Yajima, Masayoshi Watada, Tadashi Uemura, Yukako Hattori. Interspecies Comparative Analyses Reveal Distinct Carbohydrate-Responsive Systems among Drosophila Species. Cell Reports, 28(10), 2594-2607.e7. (2019) https://doi.org/10.1016/j.celrep.2019.08.030

【2019年度第3回ヒトゲノム研究倫理を考える会】
– 今、ゲノム指針改正について考える -

◆概要:
2018年8月より、文科省・厚労省・経産省の合同委員会およびタスクフォースにおいて、ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針(ゲノム指針)、人を対象とする医学系研究に関する倫理指針(医学系指針)の内容の見直しと指針間整合に向けた検討が開始され、現在、2019年度中の改正指針公布に向けた検討が行われています。考える会でも、昨年度より、倫理審査やゲノム研究の現場の声を指針改正に反映することを目標に、指針改正に向けたアンケート調査やワークショップを開催し、検討を行なってきました。そこで今回、改めて「今、ゲノム指針改正について考える」をテーマにヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。是非ご参加下さい。

◆日時:2019年10月9日(水)13:30-17:00
◆会場:毎日インテシオ(4F)大会議室
大阪市北区梅田3丁目4番5号
http://www.mai-b.co.jp/osaka/30_access.html

◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆定員:150名
◆参加費:無料

◆参加登録:[事前参加登録:10月8日(火)12:00まで]
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20191009.php/

◆主催:文部科学省科学研究費進学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
◆問合せ:workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

琉球大学の山平寿智教授、松波雅俊助教、木村亮介准教授、九州大学の楠見淳子准教授、龍谷大学の永野惇准教授、および国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授らの共同研究チームは、インドネシアのスラウェシ島の古代湖に生息する3種のメダカが、1つの湖の中で同所的に3種に分化したことを明らかにしました。この研究成果は、進化学の国際学術雑誌「Evolution」誌のオンライン版に掲載され(2019年8月28日)、プレスリリースされました。

琉球大学:(http://www.u-ryukyu.ac.jp/news/8271/
国立遺伝学研究所:(https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2019/08/research-highlights_ja/pr20190828.html

Nobu Sutra, Junko Kusumi, Javier Montenegro, Hirozumi Kobayashi, Shingo Fujimoto, Kawilarang W. A. Masengi, Atsushi J. Nagano, Atsushi Toyoda, Masatoshi Matsunami, Ryosuke Kimura, Kazunori Yamahira, Evidence for sympatric speciation in a Wallacean ancient lake, Evolution (2019) doi:10.1111/evo.13821

本年度の支援公募に対して371件の応募があり、審査委員会での審査により支援キャパシティに基づき以下の168件の支援課題が決まりました。申請者名の五十音順で並べてあり、所属機関名は支援申請時点のものです。「科研費種別」「科研費研究課題名」は支援申請のもととなる科研費課題を示します。「支援技術項目」は各課題で行う支援技術を示します(以下参照)。なお情報解析のみの支援もあり、これは末尾に示しました。

  A) 新規ゲノム配列決定(ヒト以外の動物、植物、微生物、細菌)
  B) 変異解析(体細胞変異、ハプロタイプ決定、SNP、CNV等)
  C) 修飾解析(エピゲノム、RNA修飾、染色体構造、結合タンパク質)
  D) RNA解析(コピー数、安定性、RNA編集、スプライシング、lncRNA等)
  E) メタ・環境・ホロゲノム解析(DNA、RNA、1細胞)
  F) 超高感度解析(1細胞、1分子、経時解析)

氏 名 所 属 科研費種別 科研費研究課題名 支援技術項目
青木 考 大阪府立大学 基盤研究(A) 比較ゲノム解析とインビトロ吸器培養系を活用した寄生植物組織接続機構の解明 D
赤塚 尚子 東海大学 若手研究 家族性腫瘍新規原因遺伝子AMBRA1の機能解析 B,D
秋山 昌広 奈良先端科学技術大学院大学 基盤研究(C) チミン合成を阻害する薬剤により生じる劇的な細胞死におけるゲノム動態の役割 C
荒瀬 尚 大阪大学 基盤研究(S) ペア型免疫受容体を介した感染・免疫制御機構の解明 B
有泉 亨 筑波大学 基盤研究(B) トマトにおける細胞質雄性不稔性回復遺伝子同定による効率的F1採種系の確立 A,C,D
有村 慎一 東京大学 基盤研究(B) 植物ミトコンドリアゲノムへの外来遺伝子導入技術開発と異種CMS移植の検討 B
粟井 光一郎 静岡大学 基盤研究(A) 光合成生物に広く保存された栄養欠乏時の脂質転換制御とその応用の分子基盤 C
井口 純 宮崎大学 基盤研究(C) 新興する鶏病原性大腸菌の流行調査とゲノム情報を利用した特徴解析 A
石井 秀始 大阪大学 基盤研究(B) 次世代型RNAバイオマーカーの基盤構築と臨床応用 D
石川 雅樹 基礎生物学研究所 基盤研究(C) ヒメツリガネゴケの幹細胞化における新奇DNA合成の分子機構の解明 C
石川 充 慶應義塾大学 基盤研究(C) 血液からの神経系直接誘導:エピジェネティック変異患者由来血液を用いた神経病態解析 F
石田 綾 慶應義塾大学 新学術領域研究(公募) 発達障害の病態理解に向けた小脳-前頭前野-領野連関の解明 D
磯村 尚子 沖縄工業高等専門学校 基盤研究(C) 多種同調産卵はミドリイシ属サンゴの雑種種分化を引き起こすのか? A
市川 雄一 がん研究会 研究活動スタート支援 乳がんの再発に関与する核内ノンコーディングRNAを介した新しい転写制御機構の解明 C,D
市村 和也 香川大学 基盤研究(C) 自己免疫現象に基づいたRNAエキソソームによる植物免疫制御機構の解明 D
伊藤 尚文 熊本大学 基盤研究(C) リボソーム取り込みによる多分化細胞誘導機構の解明 F
稲田 利文 東北大学 基盤研究(A) リボソームユビキチンコードの分子機構とその普遍性の解明 D
岩里 琢治 国立遺伝学研究所 新学術領域研究(計画) マウス体性感覚野をモデルとした大脳皮質回路の早期スクラップ&ビルドの解析 F
上島 励 東京大学 基盤研究(C) 日本産キセルガイ科の種多様性の解明と保全に関する基礎的研究 A,D
梅澤 泰史 東京農工大学 基盤研究(B) Raf型プロテインキナーゼファミリーによるアブシシン酸シグナル伝達の制御機構 D
榮村 奈緒子 鹿児島大学 若手研究 種子散布に関する果実形態の進化プロセスの解明 A
王 丹 京都大学 基盤研究(B) 局所mRNAメチル化修飾による神経細胞遺伝情報「地方分権型」制御メカニズムの解明 D
大石 康二 慶應義塾大学 基盤研究(C) 転写因子Neurog1/2による大脳皮質神経サブタイプ決定機構 C
大我 政敏 山梨大学 若手研究 生きたまま胚を解析する新技術zFRAPによるROSI胚の低産仔率の原因究明と改善 C,D
大河原 美静 名古屋大学 基盤研究(C) 神経筋接合部における細胞外分泌因子の同定 F
太田 博樹 東京大学 新学術領域研究(公募) 澎湖水道出土古人骨の全ゲノム解析 B
大西 康夫 東京大学 基盤研究(B) 希少放線菌における運動性胞子の形成・休眠・覚醒・運動制御に関する研究 D
大森 義裕 長浜バイオ大学 基盤研究(B) 網膜の細胞分化におけるエピジェネティック因子による制御機構の解析 C,F
緒方 博之 京都大学 基盤研究(B) 巨大ウイルスが水圏低次生態系で果たす役割の包括的解明 A
岡田 由紀 東京大学 新学術領域研究(公募) シングルセル解析によるヒト精子エピゲノムプロフィール多様性の検討 C
沖野 望 九州大学 挑戦的研究(萌芽) 脂質生産に特化したスーパースラウストキトリッドの創成 D
尾崎 省吾 九州大学 基盤研究(B) 染色体の時空間情報と連係して細胞周期を制御する新たな分子複合体の解析 C
越智 陽城 山形大学 基盤研究(C) 腎尿細管の再生を可能とさせる非コードDNAランドスケープの全容解明 C
小野 明美 横浜市立大学 基盤研究(C) イネの多様なエピジェネティック制御を司るDNA脱メチル化酵素の分子機構の理解 C
小野口(水谷) 玲菜 東京大学 若手研究 非コードRNAを含有する新規核内構造体による熱ストレス応答遺伝子の発現機構の解明 C,D
小野寺 康之 北海道大学 基盤研究(C) ホウレンソウにおける雄性化/雌性化抑制の分子機構解明 C
加藤 隆弘 九州大学 基盤研究(A) 患者由来直接誘導ニューロン・グリア細胞による精神神経疾患の病態解明:橋渡し研究 B,D
加藤 泰彦 大阪大学 新学術領域研究(公募) 環境応答により雌雄を産み分けるミジンコの性スペクトラム D
金井 克晃 東京大学 基盤研究(A) 哺乳類の生殖腺の性的2型の維持と破綻の分子基盤の解明 D
金澤 伸雄 和歌山県立医科大学 基盤研究(C) 凍瘡様皮疹を呈する自己炎症性疾患における新規遺伝子変異同定と病態解析 B
鐘巻 将人 国立遺伝学研究所 新学術領域研究(公募) AID技術を利用したヒト染色体維持機構と染色体構造の関係性の解明 C
加星 光子 農業・食品産業技術総合研究機構 特別研究員奨励費 キクの高温による発色不良を回避するための発色制御機構の解析と遺伝子改変技術の開発 A
河岡 慎平 京都大学 若手研究 がん悪液質を制御する宿主遺伝子の機能解析に基づく新しいがん悪液質治療法の開発 F
川岸 万紀子 農業・食品産業技術総合研究機構 基盤研究(C) イネの温度感受性雄性不稔系統の解析と高温不稔との比較 D
河崎 洋志 金沢大学 基盤研究(B) 高等哺乳動物を用いた脳神経系形成メカニズムの解明 D
川田 健太郎 東京大学 若手研究 遺伝子制御ネットワークの構築によるサルモネラ菌の薬剤耐性獲得メカニズムの解明 D
木内 隆史 東京大学 新学術領域研究(計画) 共生細菌による宿主性スペクトラムの撹乱 C
岸 雄介 東京大学 新学術領域研究(公募) 生体内ニューロン分化過程におけるクロマチンポテンシャルの解析 F
北 加奈子 大阪大学 若手研究 雄性生殖細胞におけるエピゲノムの成立機構と、その次世代に及ぼす影響 D
北村 智 量子科学技術研究開発機構 基盤研究(C) 植物における放射線誘発突然変異のランダム性に関する分子生物学的検証 B
楠本 正博 農業・食品産業技術総合研究機構 基盤研究(B) 志賀毒素2e産生性大腸菌のゲノムおよび毒素産生能の解析と高リスク系統同定法の開発 A
工藤 洋 京都大学 基盤研究(A) 季節応答におけるエピジェネティックヒストン修飾の機能 C
倉田 祥一朗 東北大学 挑戦的研究(萌芽) ハエが明らかにする「病は気から」:免疫系を制御する神経細胞 C
黒滝 大翼 横浜市立大学 基盤研究(B) 造血早期運命決定の分子メカニズムと生物学的意義の解明 C
黒柳 秀人 東京医科歯科大学 基盤研究(B) 動物個体における転写と共役したmRNAプロセシングの制御機構の解明 D
小出 哲也 帝京科学大学 基盤研究(C) 終神経が介在する二酸化炭素からの忌避行動の神経基盤 D,F
小玉 尚宏 大阪大学 基盤研究(C) 生体内Forward genetic screenによる肝癌進展制御機構の解明 B
後藤 眞 新潟大学 基盤研究(C) IgA腎症の発症に関与する共生細菌の網羅的解析 E
後藤 典子 金沢大学 基盤研究(B) 乳がんゲノム遺伝子変異と幹細胞性に基づく不均一性および階層性の統合解明 B,D
後藤 寛貴 国立遺伝学研究所 若手研究 性的対立の解消をもたらす遺伝的変化の解明 A
小林 千余子 奈良県立医科大学 基盤研究(C) 淡水棲マミズクラゲの性決定の謎を追う D
小林 大純 琉球大学 特別研究員奨励費 遺伝的同化理論を考慮した洞窟性魚類の適応進化機構の解明 A,B
近藤 武史 京都大学 基盤研究(B) 1細胞遺伝子発現・力学動態の統合アプローチによる1個体発生原理の構成的理解 F
崔 广為 京都大学 若手研究 2B4陽性新規iNKT細胞の分化・維持機構と機能の解析 D
西條 雄介 奈良先端科学技術大学院大学 基盤研究(B) 栄養環境情報と微生物情報の統合に基づく植物免疫応答の制御 E
酒井 晶子 新潟大学 基盤研究(C) 臨界期可塑性におけるコヒーシンを介したクロマチン構造制御のメカニズム D
澤藤 りかい 琉球大学 若手研究 歯石DNAを用いた江戸時代の食物解析ー武士・町人・農民の食生活ー E
柴田 弘紀 九州大学 基盤研究(B) ゲノム情報を用いたハブ毒タンパク質の包括的多様性および進化過程の解明 A
柴山 弓季 香川大学 基盤研究(C) (プロ)レニン受容体を介した膵管癌の進化メカニズムの解明 B
新谷 政己 静岡大学 基盤研究(B) 細菌の多様性を生み出す遺伝子の伝播を真に担うプラスミドの同定とその伝播の実態解明 A
鈴木 敦 横浜国立大学 若手研究(A) 始原生殖細胞の発生を制御するRNA分子機構とその破綻による腫瘍発生のメカニズム F
鈴木 勉 東京大学 基盤研究(S) RNA修飾の変動と生命現象 D
瀬川 高弘 山梨大学 基盤研究(A) 南極に保存された古代試料のゲノム解析による氷期サイクルの生物相変遷 E
関 光 大阪大学 基盤研究(C) ゲノム情報を駆使した甘草トリテルペノイド生合成制御の包括的理解 D
関本 弘之 日本女子大学 基盤研究(B) ヒメミカヅキモの性染色体様領域から迫る生殖様式進化の遺伝的背景 A,C
高野 俊一郎 九州大学 基盤研究(B) 侵入害虫キムネクロナガハムシの生殖を操作する新規共生細菌の伝播メカニズムの解明 A
高橋 沙和子 富山県立大学 特別研究員奨励費 バクテリア細胞へのマイクロインジェクション操作による長鎖DNA導入システムの構築 B
高橋 秀尚 横浜市立大学 基盤研究(B) Med26による新規転写制御機構と腫瘍性疾患との関わりについての解明 C,D
滝沢 直己 微生物化学研究会 基盤研究(C) インフルエンザウイルスゲノムRNP二次構造のウイルス増殖における機能解析 D
竹内 理 京都大学 基盤研究(S) mRNA代謝が司る免疫制御機構の解明 D
竹中 將起 基礎生物学研究所 特別研究員奨励費 最原始有翅昆虫・カゲロウ目から迫る昆虫の翅の起源と多様化 A
立和名 博昭 がん研究会 若手研究(A) 透過性細胞を用いた複製および転写におけるクロマチンダイナミクスの解析 C
立石 敬介 東京大学 基盤研究(C) 膵癌の包括的理解を目指した細胞間ネットワーク解析 C
田所 優子 金沢大学 基盤研究(C) 栄養環境変化による造血幹細胞恒常性維持機構の解明 D,F
田中 厚子 琉球大学 基盤研究(C) 褐藻切断組織の組織癒合過程におけるオーキシン調節作用の解明 A
田中 真幸 東京大学 基盤研究(C) AUG-UAAを介したリボソーム停滞のホウ素栄養制御機構 C
田中 美和 がん研究会 基盤研究(C) MIT/TFEファミリー変異がんにおけるエンハンサーリプログラミングの意義 C
谷岡 真樹 国立がん研究センター 若手研究 乳癌組織全エクソン解析データに基づく相同組み換え修復機能の新規測定モデル開発 B
谷口 浩二 慶應義塾大学 国際共同研究加速基金(帰国発展研究) 消化器癌と消化器再生における炎症の役割の解明 F
千葉 親文 筑波大学 基盤研究(A) イモリ型の臓器再生を可能にする体細胞リプログラミング因子の解明と医学への展開 A
千原 康太郎 早稲田大学 特別研究員奨励費 マルチオミクス解析によるバイオフィルム内休止細菌の代謝制御機構の解明 D
茶谷 悠平 東京工業大学 若手研究 リボソーム動態制御により拡張されるタンパク質レパートリーの探索 B
辻 寛之 横浜市立大学 新学術領域研究(計画) 花成ホルモン・フロリゲンを起点とする花形成の「鍵と鍵穴」相互作用の解明 A
津田 勝利 国立遺伝学研究所 基盤研究(C) 野生イネが独自に持つ穂分枝制御機構の研究 A,D
寺井 洋平 総合研究大学院大学 新学術領域研究(公募) 日本犬の成立に寄与したニホンオオカミのゲノム領域の解明 B
寺内 良平 京都大学 基盤研究(S) イネ-いもち病相互作用の分子機構の解明 A
寺島 農 金沢大学 基盤研究(C) 上皮間葉転換を制御するlncRNAの探索とその機能の解明 D
東島 沙弥佳 大阪市立大学 若手研究 ヒトが尻尾を失くした仕組:短尾有羊膜類の胚発生過程における尾部形態形成機構の解明 D
中島 欽一 九州大学 基盤研究(A) 非神経細胞とマイクロRNA生合成撹乱の観点から探る神経発達障害発症の分子基盤解明 F
中嶋 秀行 九州大学 若手研究 ミクログリア機能異常と神経発達障害の発症機構の解明 F
中田 雄一郎 広島大学 若手研究 アダプター分子PTIPの造血系における生物学的機能および複合体選択性の解明 C,D
中塚 貴司 静岡大学 基盤研究(B) アブラナ科花きの分子基盤の構築 A
夏目 豊彰 国立遺伝学研究所 基盤研究(C) ヒトSMC5/6複合体の網羅的アンバイアス解析:オーキシンデグロン法を中心に C
波平 昌一 産業技術総合研究所 基盤研究(C) ニューロンにおける維持型DNAメチル化酵素DNMT1の機能解明 C
成瀬 美衣 国立がん研究センター 若手研究(B) オルガノイドを用いたがん関連遺伝子が引き起こすがんエピゲノム変化の解明 C
新美 輝幸 基礎生物学研究所 新学術領域研究(公募) カブトムシ角の3D形態を自在に改変する技術の創出 C,D
西田 英隆 岡山大学 基盤研究(B) ムギ類における出穂期不安定化機構の分子遺伝学的解明 B
西塚 哲 岩手医科大学 基盤研究(C) Circulating tumor DNA検査の臨床導入における課題点の克服 B
西原 秀典 東京工業大学 基盤研究(B) 脊椎動物における味覚受容体TAS1Rの新規レパートリーの機能解明 D
西山 総一郎 京都大学 若手研究 カキ小果変異体に着目した果実サイズ制御機構の解明 B
二宮 賢介 北海道大学 基盤研究(C) 核内ストレス体の構成変動に着目したストレス応答機構の解明 D
野澤 昌文 首都大学東京 若手研究(A) ショウジョウバエNeo性染色体を用いた性的拮抗の遺伝子基盤と進化過程の解明 A,C
野々村 賢一 国立遺伝学研究所 基盤研究(B) 植物減数分裂のエピジェネティック制御と生殖細胞-体細胞間相互作用の解析 C,D
尾藤 晴彦 東京大学 新学術領域研究(計画) 記憶・情動における多領野間脳情報動態の光学的計測と制御 F
等 百合佳 東京大学 特別研究員奨励費 性選択か性的対立か:テナガショウジョウバエのユニークな求愛行動と交尾受容性の進化 A
平尾 知士 森林研究・整備機構森林総合研究所 基盤研究(B) eQTL解析によるマツ材線虫病に対するクロマツの抵抗性機構の解明 D
平川 英樹 かずさDNA研究所 基盤研究(B) 花の模様形成を決める細胞の位置別のエピジェネティックスの解明 A
平川 有宇樹 学習院大学 基盤研究(C) ゼニゴケの分枝を促進するペプチドシグナルの研究 D
廣田 佳久 芝浦工業大学 基盤研究(C) ビタミンK側鎖切断酵素から明らかになるビタミンKの代謝ダイナミクス D
日渡 祐二 宮城大学 基盤研究(C) 微小管関連因子の網羅的解析による植物先端成長の方向性制御機構の解明 B
深澤 太郎 東京大学 基盤研究(C) 脊椎動物器官再生における組織横断的な幹細胞ニッチの活性化機構の解析 F
福澤 秀哉 京都大学 基盤研究(B) 炭素と窒素のモニタリングによる光合成の順化機構の解明 B
福田 真嗣 慶應義塾大学 新学術領域研究(公募) 腸内微生物生態系が有する代謝アダプテーション機構の解明 A
藤田 知道 北海道大学 基盤研究(C) サイクリン依存性キナーゼAに見出した新奇なブレーキ機能の生理的意義とその分子基盤 F
二橋 亮 産業技術総合研究所 新学術領域研究(公募) トンボで幅広く見られる性スペクトラムの分子基盤 A
古川 哲史 東京医科歯科大学 基盤研究(B) 全エクソン関連解析(ExWAS)を用いた新たな心房細動疾患経路・創薬標的の探索 D
細川 宗孝 近畿大学 基盤研究(A) Capsicum属の交雑不親和性を打破する核および細胞質遺伝子の特定 B
細野 耕平 東京工業大学 特別研究員奨励費 イオンセンサーフィッシュの開発およびそれを用いた新規イオン代謝制御因子の機能解析 D
堀 昌平 東京大学 新学術領域研究(公募) 制御性T細胞による組織特異的自己免疫寛容誘導・維持機構の解明 F
堀 哲也 大阪大学 基盤研究(C) 動原体構築に必須な細胞周期に依存したセントロメアクロマチン形成機構の解明 C
本庄 三恵 京都大学 基盤研究(C) 琵琶湖におけるプランクトンとウイルスの過去100年にわたる相互作用解明への挑戦 A,D
本田 知之 大阪大学 挑戦的研究(萌芽) 生命現象をバックグランドで支えるレトロエレメント-宿主間相互作用の解明 B
前澤 創 麻布大学 研究活動スタート支援 生命の連続性に迫る―減数分裂の開始・進行の分子機構の解明― C,D
前島 一博 国立遺伝学研究所 新学術領域研究(公募) 転写装置によるクロマチン動態制御の解明 C
増田 誠司 京都大学 基盤研究(B) 真核細胞におけるmRNA核外輸送体の分子進化による輸送体多様化の分子基盤の解明 D
町田 千代子 中部大学 基盤研究(C) 葉の発生分化におけるDNAメチル化と核小体の役割 C
松尾 洋孝 防衛医科大学校 基盤研究(B) 国際コンソーシアムを活用した日本発の痛風の分子疫学研究による予防医学への応用 B
松田 泰斗 九州大学 若手研究 神経幹細胞エイジングを誘発する最初期因子の同定 F
松林 圭 九州大学 若手研究(A) 交雑を起源とする生態的種分化の実験的再現およびその遺伝学的機構の解明 D
松本 直通 横浜市立大学 基盤研究(A) ロングリードシーケンサーによる疾患ゲノム解析法の確立 B
間野 達雄 東京大学 若手研究 神経細胞におけるゲノムDNA恒常性維持機構の解明 C
三浦 夏子 大阪府立大学 若手研究 サンゴ常在菌が産生するサンゴ菌叢維持分子Homeostaticsの同定 A,E
三橋 里美 横浜市立大学 基盤研究(C) ナノポアシークエンサーを用いた遺伝性神経疾患の解明 B
三屋 史朗 名古屋大学 基盤研究(B) イネ葉鞘における塩排除能の品種間差を生じる分子機構の解明 D
宮腰 昌利 筑波大学 基盤研究(B) 腸内細菌科におけるmRNAの3’末端を介したRNA制御ネットワークの解析 D
宮崎 雅雄 岩手大学 新学術領域研究(公募) なぜネコはマタタビに反応するのか? マタタビ活性物質の分子標的同定と生理意義解明 B
三輪 京子 北海道大学 若手研究(A) 植物体内のホウ素要求量を低下させる分子基盤 D
望月 伸悦 京都大学 基盤研究(C) GUNプラスチドシグナル伝達の分子機構と植物陸上化にともなう進化の研究 B,D
本島 英 東海大学 基盤研究(C) Foxc1/2とネフロン発生 F
森田 慎一 基礎生物学研究所 若手研究 カブトムシの角形成遺伝子制御ネットワークの解明と角獲得メカニズムの解析 D
森本 拓也 京都府立大学 若手研究 バラ科リンゴ亜連果樹における種間障壁のメカニズム解明とその打破による新規果樹作出 A
八尾 良司 がん研究会 新学術領域研究(計画) 哺乳動物消化管組織における細胞社会ダイバーシティー F
山口 諒 首都大学東京 若手研究 種間相互作用による非適応的放散の新理論と検証 A
山崎 朋人 高知大学 基盤研究(C) 単細胞緑藻クラミドモナスにおけるmiRNAシステムの分子基盤解明 D
山下 由衣 北海道大学 若手研究 植物におけるリボソームによるショ糖感知とC/N比の代謝統御機構の解明 D
山田 真弓 京都大学 若手研究(B) 成体脳のニューロン新生に関与する新規遺伝子の探索 D
山本 哲史 京都大学 基盤研究(C) 冬尺蛾における平行進化現象の理解に向けた生活史調節機構とその遺伝的基盤の解明 A
吉原 弘祐 新潟大学 基盤研究(C) 統合オミックスデータ解析による子宮内膜症の病態解明 B
林原 絵美子 国立感染症研究所 基盤研究(C) ヘリコバクター・シネディの特定のクローンに存在する新規のゲノム修飾の役割解明 C,D

情報解析のみの支援(配列解析パイプライン整備、ゲノムアノテーション支援等)

氏 名 所 属 科研費種別 科研費研究課題名 支援技術項目
石堂 正美 国立環境研究所 基盤研究(C) 環境化学物質によるドーパミン神経系疾患のDOHaD仮説検証 情報解析支援
榎本 友美 神奈川県立こども医療センター 基盤研究(C) エクソーム解析で疾患原因不明の患者に対する新手法による原因解明の試み 情報解析支援
桂 有加子 京都大学 若手研究 性染色体ターンオーバーの集団遺伝学モデルの構築とその分子進化機構の解明 情報解析支援
神川 龍馬 京都大学 基盤研究(B) 光合成補助色素フコキサンチンの未知なる生合成系の解明とその誕生の謎を紐解く 情報解析支援
桑形 恒男 農業・食品産業技術総合研究機構 基盤研究(B) イネの物質輸送関連遺伝子の微気象応答とその生理的役割-オミクスと農業気象の融合 情報解析支援
佐竹 暁子 九州大学 新学術領域研究(計画) 長寿命樹木にみられる幹細胞ゲノムの多様性分析 情報解析支援
谷 明生 岡山大学 基盤研究(B) 微生物におけるランタノイド元素の意義 情報解析支援
松島 綾美 九州大学 基盤研究(B) 新世代ビスフェノールのシグナル毒性を増強する核内受容体協働作用機構の解明 情報解析支援

PAGS・DDBJ・DBCLS合同情報解析講習会のご案内

「先進ゲノム支援」(先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム:PAGS)は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。本年度の中級者向け情報解析講習会を、プログラミング言語「Python」を用いたRNA-seqデータの視覚化や多変量解析等のプログラミング実習を中心に、以下の要領で開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報・DDBJセンター(DDBJ)、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が合同で開催いたします。

<2019年度第1回情報解析講習会>

■日 時:
2019年10月9日(水)13:00 ~ 10月11日(金)13:00
■会 場:
国立遺伝学研究所(DDBJ)静岡県三島市谷田1111
■想定スキルレベル:
情報解析中級者
■募集人員:
若手研究者20名程度

  • これから自分で実践的にプログラミングをしようと考えている方。
  • 基本的なLinuxコマンドは身につけていることを前提とします。
  • 応募者多数の場合は、過去に先進ゲノム支援に申請された方を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
  • 応募は研究室毎に1名に限定させていただきます。
  • 各自のPCを持参ください(memory 4GB以上、空きHDD容量20GB以上あれば、Windows10、Mac、Linuxいずれも可)。
  • 講習ではVirtualBoxを利用したLinux (Ubuntu) の仮想環境で操作を行います。
  • 事前に必要なソフトウェア (Pythonのモジュール) を各自のPCにインストールしていただく必要があります。
■参加費用:
無料(旅費等は参加者でご負担下さい。)

■受講者が講習当日までに準備すべき項目
  (必要なPythonモジュールについては後日別途アナウンス予定):

  • Win/Mac/Linux共にVirtualBox+Ubuntu上でPython3を動かすことを推奨するため、VirtualBoxとUbuntu (ver. 18以降)を各自のPCにインストール。
    Mac/Linuxの場合はVirtualBox+Ubuntuではなく、自己責任でPythonとモジュール群をインストールした環境でもよい。
  • Shellスクリプトに自信がない方は過去の「先進ゲノム支援」情報解析講習会のShellスクリプトの資料 (https://www.genome-sci.jp/bioinformatic#2)を読んでおく。
  • Pythonプログラミングの経験が無い方は下記のような入門本を読み、if、for、while文等の制御構文、変数やリスト、モジュールのインポート方法をある程度理解しておくこと。
    やさしいPython 高橋麻奈著 SB Creative, 2018
    みんなのPython第4版 柴田淳著 SB Creative, 2016 等

■講習会スケジュール(予定):
【10月9日:1日目】

13:00~13:05
講習会説明
13:05~14:35
Pythonの基本文法
14:45~16:15
文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現
16:25~17:55
Jupyter notebook、Biopython

【10月10日:2日目】

10:00~11:30
表形式ファイルの処理(Pandas)、RNA-seqデータの補正
11:40〜13:00
視覚化 (matplotlib, seaborn)
13:00〜13:50
昼食休憩
13:50〜15:20
統計的仮説検定
15:30〜17:00
多変量解析1

【10月11日:3日目】

10:00~13:00
多変量解析2
■申し込み〆切:
2019年9月10日(火)
■申し込み方法:
事前アンケート(word版PDF版)をダウンロードし、ご記入下さい。
メール本文に以下の①~④の情報をご記載の上、アンケート用紙を添えて、事務局(pags-workshop@genome-sci.jp)までメールにてお申込み下さい。
なお、メールの件名は「2019年度情報解析講習会申し込み」として頂くようお願い致します。
①氏名 
②所属 
③メールアドレス 
④先進ゲノム支援依頼者の場合は代表者名
先進ゲノム支援事務局

日本人類遺伝学会第64回大会(長崎)
会期:2019年11月6日(水)~9日(土)
会場:長崎ブリックホール
大会HP:http://www.congre.co.jp/jshg2019/

「生命科学連携推進協議会」(http://platform.umin.jp/index.html)および「コホート・生体試料支援プラットフォーム」と合同で出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。
ぜひお立ち寄りください。

【2019年度第2回ヒトゲノム研究倫理を考える会】
– ヒトゲノム研究倫理と指針について考える –

◆概要:
近年のヒトゲノム研究の進展にはめざましいものがあります。
一方、それに伴い新たな倫理的・法的・社会的課題(ELSI)が生じたり、現在の指針が抱える様々な問題が顕在化したりしています。そこで今回、改めて「ヒトゲノム研究と研究倫理・指針」をテーマにヒトゲノム研究倫理を考える会を開催いたします。
今回は初の試みとして、全国どこからでも参加できるウェビナー形式で開催します。是非ご参加下さい。

◆日時:2019年9月4日(水)15:00-17:00
◆開催形式:ウェビナー (オンラインセミナー)
 # 事前に参加登録を頂いた方に参加用URLをお知らせします。
 # ブラウザから誰でも参加できるシステム(ユーザ登録不要)を使用します。
 # パソコン・スマホで全国どこからでもご参加頂けます。

◆参加費:無料
◆対象:大学・研究機関の倫理審査関係者、研究者など
◆詳細・申込:
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20190904.php/
 # 事前参加登録:9月3日(火)16:00まで

◆主催:文部科学省科学研究費進学術領域「先進ゲノム支援」
    ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
◆問合せ:大阪大学大学院医学系研究科医の倫理と公共政策学
     workshop@eth.med.osaka-u.ac.jp

東北大学大学院農学研究科の風間智彦助教、玉川大学農学部の肥塚信也教授、東京大学大学院農学生命科学研究科の有村慎一准教授らの研究グループは、ゲノム編集技術TALENによって、これまで不可能とされてきた植物のミトコンドリアゲノム(DNA)に存在する遺伝子を壊すことに成功しました。この成果は、Nature Plants誌(2019年7月8日)に掲載され、東京大学、東北大学、玉川大学よりプレスリリースされました。

プレスリリース資料:https://www.genome-sci.jp/wp-content/uploads/2019/07/file20190716.pdf

T. Kazama*, M. Okuno, Y. Watari, S. Yanase, C. Koizuka, Y. Tsuruta, H. Sugaya, A. Toyoda, T. Itoh, N. Tsutsumi, K. Toriyama, N. Koizuka*, S. Arimura* (* Corresponding authors) Curing cytoplasmic male sterility via TALEN-mediated mitochondrial genome editing, Nature Plants. (2019) doi:10.1038/s41477-019-0459-z

日時:8/28(13時半~17時半) 、8/29(9時~11時半)
会場:東京大学柏IIキャンパス 産学官民連携棟、東京大学柏の葉フューチャーセンター
内容:
近年シークエンス解析技術の発達にともない、様々な研究領域で1細胞をターゲットとしたシングルセル解析が広く活用されるようになってきました。このたび、シングルセルシークエンスにおける実験および情報解析につきまして、初心者向けの見学会およびハンズオン講習会を企画しております。培養細胞を用いたシングルセルRNA-seqもしくはATAC-seqの実験の流れを実際に見ていただき、デモデータを用いた簡単な情報解析を体験していただくことができます。

主催:東京大学大学院新領域創成科学研究科 生命データサイエンスプログラム (DSTEP)
協賛:「先進ゲノム支援」

詳細、参加登録はこちらをご参照ください。 

 

第42回日本分子生物学会年会(福岡)
会期:2019年12月3日(火)~6日(金)
会場:福岡国際会議場 マリンメッセ福岡
大会HP:https://www2.aeplan.co.jp/mbsj2019/index.html

特別企画 「最先端技術支援コーナー」に生命科学連携推進協議会(http://platform.umin.jp/index.html)および他の生命科学3支援プラットフォームと合同で出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。
ぜひお立ち寄りください。

第92回日本生化学会大会(横浜)
会期:2019年9月18日(水)~20日(金)
会場:パシフィコ横浜
大会HP:https://www2.aeplan.co.jp/jbs2019/

展示会企画 「最先端技術支援コーナー」に生命科学連携推進協議会(http://platform.umin.jp/index.html)および他の生命科学3支援プラットフォームと合同で出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。
ぜひお立ち寄りください。

宮崎大学農学部植物生産環境科学科・稲葉靖子准教授の研究グループは、理化学研究所環境資源科学研究センター・豊岡公徳上級技師、九州大学大学院医学研究院・林哲也教授らの研究グループと共同で、日本の固有種として知られるソテツ(Cycas revoluta)の花の発熱を、世界で初めてサーモグラフィーで捉えることに成功しました。この成果は、世界的な植物科学雑誌の一つであるPlant Physiology誌の2019年6月号(米国東部時間2019年6月3日公開)にオンラインで掲載され、同雑誌の表紙を飾りました。

宮崎大学:(http://www.miyazaki-u.ac.jp/public-relations/20190604_01_press.pdf

Yasuko Ito-Inaba, Mayuko Sato, Mitsuhiko P. Sato, Yuya Kurayama, Haruna Yamamoto, Mizuki Ohata, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Kiminori Toyooka, Takehito Inaba, Alternative oxidase capacity of mitochondria in microsporophylls may function in cycad thermogenesis, Plant Physiology. (2019) https://doi.org/10.1104/pp.19.00150

情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所の石川麻乃助教と北野潤教授らの国際共同研究チームは、進化生物学のモデル生物であるトゲウオを用いて、魚が海から淡水域へ進出する際に鍵となった遺伝子を発見しました。この成果は2019年5月31日(米国東部標準時)に米国科学雑誌「Science」に掲載され、国立遺伝学研究所よりプレスリリースされました。

国立遺伝学研究所:(https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20190531.pdf

Asano Ishikawa, Naoki Kabeya, Koki Ikeya, Ryo Kakioka, Jennifer N. Cech, Naoki Osada, Miguel C. Leal, Jun Inoue, Manabu Kume, Atsushi Toyoda, Ayumi Tezuka, Atsushi J. Nagano, Yo Y. Yamasaki, Yuto Suzuki, Tomoyuki Kokita, Hiroshi Takahashi, Kay Lucek, David Marques, Yusuke Takehana, Kiyoshi Naruse, Seiichi Mori, Oscar Monroig, Nemiah Ladd, Carsten J. Schubert, Blake Matthews, Catherine L. Peichel, Ole Seehausen, Goro Yoshizaki, and Jun Kitano, A key metabolic gene for recurrent freshwater colonization and radiation in fishes. Science (2019) doi:10.1126/science.aau5656

公募受付は終了しました。

情報解析講習会のビデオ映像を掲載しました

支援技術紹介「情報解析支援」に、2018年度情報解析講習会(初心者向け、2019年3月25日)のビデオを掲載しました。

2. 支援の対象となる研究課題
2019年度文部科学省・科学研究費助成事業(科学研究費補助金・学術研究助成基金助成金、新規・継続)に採択されている研究課題を対象とします。
【下線部追加記載】
変更理由;従来からの慣習で科研費事業全体の意味として科研費補助金の語を使用していましたが、支援対象を明確にするため追加しました。

審査委員会で支援候補に選定された課題に関しては、2019年7月中旬頃(予定)にヒアリングを実施します。
ヒアリングの案内は、7月上旬頃、該当者へメール連絡いたします。

東京工業大学 生命理工学院 生命理工学系の梶谷嶺助教、吉村大大学院生(博士後期課程3年・研究当時)、奥野未来研究員、伊藤武彦教授らの研究チームは、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、小原雄治特任教授、東京大学の窪川かおる特任教授らと共同で、真核生物のゲノム配列決定において、両親由来の配列を区別し、高精度にそれぞれを決定する、新しい情報解析手法の開発に成功しました。本成果は、2019年4月12日付けの「Nature Communications」に掲載され、東京工業大学、国立遺伝学研究所よりプレスリリースされました。

東京工業大学:(https://www.titech.ac.jp/news/2019/044185.html
国立遺伝学研究所:(https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2019/04/research-highlights_ja/pr20190422.html

Rei Kajitani, Dai Yoshimura, Miki Okuno, Yohei Minakuchi, Hiroshi Kagoshima, Asao Fujiyama, Kaoru Kubokawa, Yuji Kohara, Atsushi Toyoda & Takehiko Itoh, Platanus-allee is a de novo haplotype assembler enabling a comprehensive access to divergent heterozygous regions., Nature Communications (2019) doi:10.1038/s41467-019-09575-2

「先進ゲノム支援」では、2019年度の支援課題の申請受付を開始しました。

2019年度の「先進ゲノム支援」支援課題の申請受付を以下の日程で行います。
公募受付期間は、 5月21日(火)正午までです。
審査委員会で支援候補に選定された課題に関しては、2019年7月上旬(予定)にヒアリングを実施しますので、予め日程の確保をお願い致します。

公募についての詳細は以下のURLをご覧ください。
2019年度公募要項
2019年度支援申請書(docx)
倫理関連書類チェックシート(docx)
公募に関するFAQ

 ゲノム科学においては、DNAシーケンシング技術のみならず、最先端技術を駆使した新たな解析手法が進展しています。ヒトや動物、植物から微生物に至る様々な生物種を対象とするライフサイエンス研究においては、これら技術を活用することが必須になっています。先進ゲノム支援では、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を開発・整備し、多様な科研費課題に提供して支援することにより、我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを使命としています。本公募はそのような支援に相応しい科研費課題を募るものです。

2019年度の「先進ゲノム支援」支援課題の申請受付を以下の日程で行います。
公募受付期間は、4月22日(月) ~ 5月21日(火) 正午です。
審査委員会で支援候補に選定された課題に関しては、2019年7月上旬(予定)にヒアリング※を実施しますので、予め日程の確保をお願い致します。

公募についての詳細は以下のURLをご覧ください。
2019年度公募要項
2019年度支援申請書(docx)
倫理関連書類チェックシート(docx)
公募に関するFAQ

※支援実施担当者による候補課題の支援内容の詳細の聞き取りと協議をヒアリングと呼んでいます。詳細はFAQのQ17をご参照ください。

2019年度「先進ゲノム支援」支援課題公募を4/22より開始致します。詳細は後日掲載致します。

「情報解析支援」の開発ソフトウェア一覧を更新しました。

第92回日本細菌学会総会(札幌)
会期 2019年4月23日(火)~25日(木)
会場 札幌コンベンションセンター
大会HP https://www.aeplan.co.jp/jsb2019/index.html

企業出展ブースに「先進ゲノム支援」のブースを出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。

日本薬学会 第139年会(千葉)
会期 2019年3月21日(木)~23日(土)
会場 幕張メッセ
大会HP http://nenkai.pharm.or.jp/139/web/

・ランチョンセミナー(LS20)
 3/22(金)12:15~ R会場(幕張メッセ)3F304にて、先進ゲノム支援以外の生命科学支援プラットフォームと
 合同でランチョンセミナーを開催致します。
・ブース出展 3/21~23
 他プラットフォームと合同で、企業出展ブースに「先進ゲノム支援」のブースを出展いたします。
 支援説明やご相談も承ります。

第60回 日本植物生理学会年会(名古屋)
会期 2019年3月13日(水)~15日(金)
会場 名古屋大学 東山キャンパス
大会HP https://jspp.org/annualmeeting/60/

企業出展ブースに「先進ゲノム支援」のブースを出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。

「配列解析支援」の支援技術概要、使用機器を更新しました。

「情報解析講習会ビデオ」に情報解析講習会(2018年11月、中級向け)のビデオを追加しました。

大阪大学 大学院医学系研究科の平田潤大学院生、岡田随象 教授(遺伝統計学)らの研究グループは、次世代シークエンス技術と機械学習を用いて、日本人集団における白血球の血液型が11パターンで構成されており、その個人差が、病気や量的形質を含む50以上の表現型に関わっていることを明らかにしました。本研究成果は、英国科学誌「Nature Genetics」に、1月29日(火)午前1時(日本時間)に公開され、大阪大学からプレスリリースされました。

プレスリリース資料:(https://www.nig.ac.jp/nig/images/research_highlights/PR20190129.pdf
大阪大学:(https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2019/20190129_1

Jun Hirata, Kazuyoshi Hosomichi, Saori Sakaue, Masahiro Kanai, Hirofumi Nakaoka, Kazuyoshi Ishigaki, Ken Suzuki, Masato Akiyama, Toshihiro Kishikawa, Kotaro Ogawa, Tatsuo Masuda, Kenichi Yamamoto, Makoto Hirata, Koichi Matsuda, Yukihide Momozawa, Ituro Inoue, Michiaki Kubo, Yoichiro Kamatani, Yukinori Okada. Genetic and phenotypic landscape of the MHC region in the Japanese population. Nature Genetics (2019) doi:10.1038/s41588-018-0336-0

「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました東京大学大学院薬学系研究科の壷井將史大学院生、岸雄介講師、平林祐介准教授、後藤由季子教授らの研究グループは、マウス大脳の神経幹細胞を用い、組織幹細胞が特定の細胞だけを生み出せる機構のひとつを明らかにしました。ポリコーム群タンパク質の制御によって、神経幹細胞におけるニューロン分化能等の「幹細胞の操作」が可能になれば、将来再生医療に貢献することが期待されます。本研究成果2018年12月17日付けの米科学誌「Developmental Cell」に掲載され、東京大学、AMEDからプレスリリースされました。

東京大学:(https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/ja/press/z0111_00006.html
日本医療研究開発機構:(https://www.amed.go.jp/news/release_20181218-01.html

Masafumi Tsuboi, Yusuke Kishi,#* Wakana Kyozuka, Haruhiko Koseki, Yusuke Hirabayashi, and Yukiko Gotoh* (#Co-first author, *Corespondence), Ubiquitination-independent repression of PRC1 targets during neuronal fate restriction in the developing mouse neocortex, Developmental Cell. (2018) doi:10.1016/j.devcel.2018.11.018.

荒木崇教授、肥後あすか博士学生(現・横浜市立大学特任助教)、Frederic Berger グレゴールメンデル研究所グループリーダー、河島友和研究員(現・ケンタッキー大学助教)、河内孝之教授らの研究グループは、英国レスター大学、スペイン国立バイオテクノロジーセンター、神戸大学、日本女子大学、広島大学、金沢大学、立教大学、近畿大学、東京大学と共同で、植物における精子の形成が、約7億年前に陸上植物の祖先にあたる藻類でおこった新しい遺伝子(DUO1)の獲得により始まったことを明らかにしました。本研究成果は、2018年12月11日に、国際学術誌「Nature Communications」のオンライン版に掲載され、京都大学からプレスリリースされました。

京都大学:(http://www.kyoto-u.ac.jp/ja/research/research_results/2018/181211_1.html

Higo A, Kawashima T, Borg M, Zhao M, López-Vidriero I, Sakayama H, Montgomery SA, Sekimoto H, Hackenberg D, Shimamura M, Nishiyama T, Sakakibara K, Tomita Y, Togawa T, Kunimoto K, Osakabe A, Suzuki Y, Yamato KT, Ishizaki K, Nishihama R, Kohchi T, Franco-Zorrilla JM, Twell D, Berger F, Araki T. , Transcription factor DUO1 generated by neo-functionalization is associated with evolution of sperm differentiation in plants. , Nat Commun. (2018 Dec 11) doi:10.1038/s41467-018-07728-3

大阪大学大学院生命機能研究科の深川竜郎教授・西村浩平特任助教(常勤)らの研究グループは、ゲノム中のセントロメアを含む領域が細胞核内でどのように配置されているかを世界で初めて明らかにしました。本研究成果は、米国科学誌「Journal of Cell Biology」に、2018年11月5日に掲載されました。

大阪大学:(https://resou.osaka-u.ac.jp/ja/research/2018/20181105_1

Kohei Nishimura, Masataka Komiya, Tetsuya Hori Takehiko Itoh, and Tatsuo Fukagawa, 3D genomic architecture reveals that neocentromeres associate with heterochromatin regions, J. Cell Biol. (2018) doi:10.1083/jcb.201805003

以下の項目に新たに発表された論文を追加掲載しました。

成果論文一覧に以下の項目を追加しました。

 支援依頼者のかたへ、成果発表についてのお願い

 2016年以降、事務局にご報告頂いたプレスリリースを紹介しています。
 「先進ゲノム支援」による成果論文以外に、2016年以降にプレスリリースされた旧「ゲノム支援」による成果論文
 および班員による成果論文もこちらで紹介しています。
 成果論文をプレスリリースされる際は、ぜひ事務局までご連絡ください。

 

以下の項目に新たに発表された論文を追加掲載しました。

「先進ゲノム支援」情報解析講習会のご案内

「先進ゲノム支援」(先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム)は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度第2回目となる今回は、今年2月に刷新される遺伝研スパコンの概要を解説するとともに、Linuxの基礎から遺伝研スパコンの使い方、さらにはRNA-seq解析などの実践例題を中心に、以下の要領で情報解析講習会を開催いたします。

<2018年度第2回「先進ゲノム支援」情報解析講習会>

■日 時:
2019年3月25日(月) 12:40~17:20 (予定)
■会 場:
国立遺伝学研究所(DDBJ)静岡県三島市谷田1111
■想定スキルレベル:
UNIX初心者
■募集人員:
若手研究者20名程度

  • 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
  • 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
  • 各自のPCを持参ください(Windows、Macいずれも可)
  • 遺伝研スパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方は事前に申請が必要となります。
■参加費用:
無料(旅費等は参加者でご負担下さい。)

■受講者が講習当日までに準備すべき項目:

遺伝研スパコンアカウントの取得、およびスパコンを使用するための準備(ソフトウェアのインストール等)をして頂く必要があります。(詳細は後日、受講者にご連絡致します。)

■講習会スケジュール(予定):

【2019年3月25日(月)】
12:40~13:10 遺伝研スパコン概要説明
13:10~14:10 遺伝研スパコンへの接続方法、UNIX基本コマンド
14:10~15:00 シェルスクリプト&バッチジョブ
15:00~15:10 休憩
15:10~16:00 シェルスクリプト&バッチジョブ
16:00~17:20 遺伝研スパコンでの解析の実践(RNA-seq解析等)
■申し込み〆切:
2019年2月28日(木)
■申し込み方法:
事前アンケート(word版PDF版)をダウンロードし、ご記入下さい。
メール本文に以下の①~④の情報をご記載の上、アンケート用紙を添えて、事務局(genome-sec@nig.ac.jp)までメールにてお申込み下さい。
なお、メールの件名は「2018年度第2回情報解析講習会申し込み」として頂くようお願い致します。
①氏名 
②所属 
③メールアドレス 
④先進ゲノム支援依頼者の場合は代表者名
先進ゲノム支援事務局

2018年度第6回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」

日時:2019年2月18日(月)14:00-17:00
会場:大阪大学吹田キャンパス
主催:「先進ゲノム支援」ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
テーマ:指針改正に現場の声を届けるために
詳細・申込:
お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。

https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20190218.php/

2018年度第5回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」

日時:日時:2019年1月16日(水)14:00-17:00
会場:東京大学医学研究所 1号館講堂
主催:「先進ゲノム支援」ゲノム科学と社会ユニット(GSユニット)
テーマ:新しいゲノム医療の中で何が必要か
詳細・申込:
お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。

https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20190116.php/

「先進ゲノム支援」国際シンポジウムのお知らせ
The International symposium organized by “Platform for Advanced Genome Science”
-FRONTIERS OF GENOME SCIENCE-

日時:2019年1月9日(水)-10日(木)
会場:東京大学・伊藤国際学術研究センター伊藤謝恩ホール

プログラムを追加しました。
詳しくは下記の国際シンポジウム専用サイトをご覧ください。
URL: http://pags2019.genome-sci.jp
こちらのサイトから参加登録をお願い致します。

本年度の支援公募に対して281件の応募があり、審査委員会での審査により支援キャパシティに基づき以下の136件の支援課題が決まりました。申請者名の五十音順で並べてあり、所属機関名は支援申請時点のものです。「科研費種別」「科研費研究課題名」は支援申請のもととなる科研費課題を示します。「支援技術項目」は各課題で行う支援技術を示します(以下参照)。なお情報解析のみの支援もあり、これは末尾に示しました。

  A) 新規ゲノム配列決定(ヒト以外の動物、植物、微生物、細菌)
  B) 変異解析(体細胞変異、ハプロタイプ決定、SNP、CNV等)
  C) 修飾解析(エピゲノム、RNA修飾、染色体構造、結合タンパク質)
  D) RNA解析(コピー数、安定性、RNA編集、スプライシング、lncRNA等)
  E) メタ・環境・ホロゲノム解析(DNA、RNA、1細胞)
  F) 超高感度解析(1細胞、1分子、経時解析)

氏 名 所 属 科研費種別 科研費研究課題名 支援技術項目
青木 正博 愛知県がんセンター 基盤研究(B) マウスモデルを用いた大腸がん転移の分子機序解明と予防・治療標的の同定 B
青柳 秀紀 筑波大学 挑戦的研究(萌芽) 寒天平板培養法の問題点を排除した未培養微生物の実用的な単離培養法の開発 A
秋光 信佳 東京大学 基盤研究(B) 自然免疫応答を制御する長鎖非コードRNAの分子機能と発現制御メカニズムの解明 D
朝井 計 東京農業大学 基盤研究(C) キメラゲノム細菌を用いた外来遺伝子サイレンシングの多段階機構の詳細解析 C,D
天野 大樹 北海道大学 基盤研究(C) 養育行動発現に向けた分界条の分類と内側視索前野入力シナプス機能の解明 D
有村 慎一 東京大学 新学術領域研究(公募) 植物幹細胞におけるミトコンドリア超融合とゲノム増幅仮説の検証 B
飯郷 雅之 宇都宮大学 基盤研究(B) 新たに同定された「季節センサー」血管嚢の機能解析が解き明かす魚類の季節繁殖の謎 F
池田 陽子 岡山大学 基盤研究(C) 植物における新規転写型遺伝子サイレンシング機構の解析 C
石井 秀始 大阪大学 基盤研究(B) 次世代型RNAバイオマーカーの基盤構築と臨床応用 D
石川 泰輔 長崎大学 若手研究 ブルガダ症候群研究の新展開:ゲノムによる突然死リスク予測と線維化機序の解明 B
石野 響子 慶應義塾大学 特別研究員奨励費 ハムスターをモデルとした哺乳類の「雌」におけるPIWI-piRNAの機能解明 A
井上 広滋 東京大学 基盤研究(B) 海に漂うマイクロプラスチックの生体影響をムール貝のマルチオミクス解析で解明する A
今吉 格 京都大学 新学術領域研究(領域) 生後脳神経新生を介した「個性」創発機構 D
岩田 淳 東京大学 基盤研究(B) 変性性認知症の新規病態解明のためのneuro-epigenetics方法論の応用 C
上田 潤 旭川医科大学 基盤研究(C) 精子形成過程に必須の役割を果たすヒストンバリアントH3tの機能解析 C
上田 たかね 帝京大学 基盤研究(C) 劇症型感染における起因菌および外毒素の新規迅速分析法の確立 A
内村 有邦 大阪大学 若手研究(A) 生殖細胞変異の1分子解析と後世代影響のリスク評価 B
王 丹 京都大学 基盤研究(B) 局所mRNAメチル化修飾による神経細胞遺伝情報「地方分権型」制御メカニズムの解明 C
大垣 光太郎 順天堂大学 若手研究(B) 次世代シーケンサーによるparkinの新規modifier 遺伝子同定と機能解明 B
太田 博樹 北里大学 基盤研究(B) 先史日本列島の糞石および歯石のメタゲノム解析 B,E
大保 和之 横浜市立大学 基盤研究(C) DNAメチル化による、精原幹細胞に必須な転写因子を介した幹細胞分化制御機構の解明 C,F
大森 良弘 東京大学 若手研究(B) 野生イネが持つ低栄養耐性分子戦略の解明 D
岡田 憲典 東京大学 基盤研究(B) モミラクトン生産植物の生合成遺伝子クラスター制御機構とその進化に関する研究 C
緒方 博之 京都大学 基盤研究(B) 巨大ウイルスが水圏低次生態系で果たす役割の包括的解明 E
小野口(水谷) 玲菜 東京大学 若手研究 非コードRNAを含有する新規核内構造体による熱ストレス応答遺伝子の発現機構の解明 C,D
小野寺 康之 北海道大学 基盤研究(C) ホウレンソウにおける雄性化/雌性化抑制の分子機構解明 A
鏡味 麻衣子 横浜国立大学 基盤研究(B) 植物プランクトンと多様な菌類の寄生関係;変動環境下における感染症動態の解明 A,D
角谷 徹仁 国立遺伝学研究所 基盤研究(S) 抑制と抗抑制によるエピゲノム動態制御機構の解明 B
影山 俊一郎 国立がん研究センター 基盤研究(C) 放射線照射ががん免疫に与える影響の機序解明 F
堅田 明子 九州大学医学研究院 新学術領域研究(公募) 脈絡叢の変性と神経幹細胞老化の連関解析 D
勝間 進 東京大学 基盤研究(B) 細胞マシナリーの改変によるバキュロウイルス宿主制御ストラテジー C
桂 有加子 日本大学 若手研究 性染色体ターンオーバーの集団遺伝学モデルの構築とその分子進化機構の解明 A
加藤 泰彦 大阪大学 新学術領域研究(公募) 環境応答により雌雄を産み分けるミジンコの性スペクトラム F
川田 健文 東邦大学 基盤研究(C) 低ノイズlncRNA検出システムの開発と複合体分析による分化スイッチ機構の解明 D
岸 雄介 東京大学大学院 若手研究 HMGA2による神経幹細胞の増殖期からニューロン分化期への移行メカニズム解明 C,D,F
岸本 利彦 東邦大学 挑戦的研究(萌芽) 高温適応進化大腸菌ゲノムネットワーク解析による高温適応進化戦略の解明 B,D
北川 大樹 東京大学 若手研究(A) 超微小空間における中心小体構造の自己組織化原理の解明 B
北嶋 洋志 札幌医科大学 若手研究 慢性炎症から発がんに関わる新規長鎖ncRNAの機能および分子ネットワークの解明 B
木村 亮介 琉球大学 新学術領域研究(公募) バイカル古人骨のゲノム解析可能性調査 B
久場 敬司 秋田大学 基盤研究(B) RNA制御に基づいた心機能調節の分子機構解明と心不全治療応用 D
窪田-坂下 美恵 理化学研究所 基盤研究(C) 気分障害の原因となる視床室傍核特異的ミトコンドリア障害における MAOBの意義 C
黒柳 秀人 東京医科歯科大学 新学術領域研究(公募) 代謝酵素遺伝子ノンコーディングmRNAの食餌による発現制御機構の解明 C,D
高 紀信 山梨大学 若手研究(B) 遺伝性脊髄小脳変性症の真意治療ターゲット探求のための新規原因遺伝子探索 B
小坂 朱 旭川医科大学 基盤研究(C) 腫瘍微小免疫抑制環境下におけるI型IFN誘導『責任分子』の探索と免疫療法への応用 D
小杉 真貴子 中央大学 挑戦的研究(萌芽) 極域光合成生物の適応戦略とその多様性の解明-新規光応答プロセスの探索- A
小玉 美智子 大阪大学 基盤研究(C) トランスポゾンスクリーニングによる子宮平滑筋肉腫のドライバー遺伝子同定と機能解析 C,D
後藤 慎平 京都大学 若手研究(A) 肺胞オルガノイド移植による組織再生治療に向けた安全性評価システムの確立 D,F
後藤 達彦 帯広畜産大学 若手研究 日本鶏のもつ産卵性能に関わる遺伝子群の迅速同定 B
後藤 典子 金沢大学 基盤研究(B) 乳がんゲノム遺伝子変異と幹細胞性に基づく不均一性および階層性の統合解明 B,F
権藤 洋一 東海大学 基盤研究(A) 微量変異原評価を可能とする全ゲノム解読に基づく網羅的自然発生突然変異検出系の開発 D
齊藤 和季 千葉大学 基盤研究(A) 甘草を中心とする重要マメ科薬用資源植物の統合ゲノム研究 A
齋藤 都暁 国立遺伝学研究所 基盤研究(B) ショウジョウバエpiRNAによるクロマチン制御の分子機構解明 B
相賀 裕美子 国立遺伝学研究所 基盤研究(S) 生殖細胞の性分化機構 D
佐々木 瑞希 旭川医科大学 若手研究 吸虫類のスポロシストにみられる形態および運動能の多様性 A
佐竹 渉 神戸大学 基盤研究(B) パーキンソン病の包括的ゲノム解析による遺伝背景解明と応用 F
佐藤 佳 東京大学 基盤研究(B) 包括的マルチオミクス解析によるウイルス感染ダイナミクスの時空間的理解 F
佐藤 文規 京都大学 基盤研究(C) オプトジェネティクス酸化ストレス誘導法による筋萎縮メカニズムの解明と治療薬探索 F
島田 裕子 筑波大学 基盤研究(C) 内部寄生蜂が宿主ショウジョウバエ幼虫に誘導する組織特異的細胞死シグナル経路の解析 A,D
城 愛理 順天堂大学 若手研究 重炭酸イオン受容体の生体内における機能の解明 F
鈴木 賢一 広島大学大学院 基盤研究(C) 器官再生を惹起するROSシグナルの解明 D
鈴木 孝幸 名古屋大学 基盤研究(B) 四肢動物において後肢の位置の多様性を生み出した進化的な分子基盤の解明 C
鈴木 勉 東京大学 基盤研究(S) RNAエピジェネティックスと高次生命現象 D
Standley Daron 大阪大学 微生物病研究所 基盤研究(B) Identification of epitopes targeted by TCR-MHC pairs F
前佛 均 がん研究会 基盤研究(C) 最適な乳がんホルモン療法を患者に届けるための新たな遺伝子診断法の開発 B
高井 英里奈 大阪大学 基盤研究(C) 血中遊離RNAと分子バーコード技術を用いた高感度・高精度融合遺伝子検出法の確立 B
高橋 秀尚 横浜市立大学 基盤研究(B) Med26による新規転写制御機構と腫瘍性疾患との関わりについての解明 C,D
竹内 春樹 東京大学 若手研究(A) マウス嗅覚系におけるシナプス形成特異性の検証 F
田島 由理 奈良先端科学技術大学院大学 若手研究 ポリコーム複合体群因子による植物免疫誘導・免疫記憶樹立機構の解析 C
田中 真幸 東京大学 基盤研究(C) AUG-UAAを介したリボソーム停滞のホウ素栄養制御機構 C,D
谷口 浩二 慶應義塾大学医学部 国際共同研究加速基金(帰国発展研究) 消化器癌と消化器再生における炎症の役割の解明 D
田村 浩一郎 首都大学東京 基盤研究(A) 急進的環境適応の遺伝基盤を解明する野外・室内実験進化オミックス B
田村 宏治 東北大学 新学術領域研究(公募) 鰭から肢への形態進化を駆動した上皮細胞形態変化の3D解析 D
千葉 親文 筑波大学 基盤研究(A) イモリ型の臓器再生を可能にする体細胞リプログラミング因子の解明と医学への展開 A
千葉 由佳子 北海道大学 基盤研究(C) 統合的網羅解析によるポリA分解酵素の機能解明 D
土松 隆志 千葉大学 若手研究(B) 接合藻類における自殖性の平行進化の遺伝的背景 A
豊島 文子 京都大学 新学術領域研究(公募) 肥満と加齢による表皮幹細胞・前駆細胞枯渇のメカニズムの解明 F
仲井 まどか 東京農工大学 基盤研究(B) バキュロウイルスに対するチャノコカクモンハマキの抵抗性獲得機構の解明 A
中島 欽一 九州大学大学院 基盤研究(A) 非神経細胞とマイクロRNA生合成撹乱の観点から探る神経発達障害発症の分子基盤解明 F
中道 範人 名古屋大学 基盤研究(B) 環境の時刻変動への適応を可能にする植物の時計転写ネットワークの包括的な解析 C,D
中村 匡希 国立がん研究センター 若手研究 オリゴメタスタシスの予後予測としてのcell free DNAの有効性検証の研究 B
新美 輝幸 基礎生物学研究所 新学術領域研究(公募) カブトムシ角の3D形態を自在に改変する技術の創出 C,D
西村 貴孝 長崎大学 若手研究 全ゲノム解析と生理情報から構築する新しい高地適応モデル B
野崎 久義 東京大学 基盤研究(A) 全ゲノム比較解析で解き明かす多細胞化と雌雄性の進化 A
服部 佑佳子 京都大学 若手研究(B) 栄養バランス変化への適応能力を支える全身性シグナリングの解明 A
花田 智 首都大学東京 挑戦的研究(開拓) 酸素非発生型光合成細菌を用いた革新的な硝化・脱窒プロセスの開発 A,E
馬場 保徳 石川県立大学 若手研究 牛ルーメン微生物による難分解性バイオマスからのメタン生産システムの開発 D
浜端 朋子 東北大学大学院 特別研究員奨励費 アオウミガメの個体数増加が藻場に与える生態学的インパクトの解明 A,B
林 良信 慶應義塾大学 若手研究(B) シロアリ類における不妊化遺伝子の進化 A
晝間 敬 奈良先端科学技術大学院大学 新学術領域研究(公募) 植物感染糸状菌の共生性と病原性を規定する分子の進化論的考察 E
廣瀬 哲郎 北海道大学 新学術領域研究(領域) ncRNA作動エレメントの配列構造の同定 C,D
深川 竜郎 大阪大学大学院 基盤研究(S) 染色体分配に必須なセントロメアの形成機構の解明 C
吹谷 智 北海道大学大学院 基盤研究(B) 腸内細菌叢存在下でのビフィズス菌の腸内活動に重要な遺伝子の同定と機能検証 D,E
福田 真嗣 慶應義塾大学 基盤研究(B) 腸内細菌が有する腸内環境定着因子の網羅的解析 A
藤田 幸 大阪大学 新学術領域研究(公募) 細胞外環境との連携による染色体高次構造の変動を介した脳発生の制御 C
布施 直之 東北大学 基盤研究(C) 自然免疫の記憶機構のゲノム解析 B,D
二橋 亮 産業技術総合研究所 新学術領域研究(公募) トンボで幅広く見られる性スペクトラムの分子基盤 A
淵上 剛志 長崎大学 基盤研究(C) 膵臓がんの早期精密診断を目的としたナノボディ型分子プローブの開発 B
北條 宏徳 東京大学 若手研究(A) 転写因子Runx2を中心とする階層的骨形成転写ネットワークの解明と応用 F
星野 辰彦 海洋研究開発機構 基盤研究(B) 数百万年にわたる海底下微生物の進化動態を追う E
細 将貴 東京大学 基盤研究(B) 「魔法形質」による種分化過程の解明と理論構築 B
細田 隆介 札幌医科大学 若手研究(B) SIRT1活性化による筋ジストロフィー治療におけるマイトファジーの役割 B
堀 哲也 大阪大学 基盤研究(C) 動原体構築に必須な細胞周期に依存したセントロメアクロマチン形成機構の解明 C,D
前島 一博 国立遺伝学研究所 基盤研究(B) ヌクレオソーム1分子イメージングによるヘテロクロマチン動態の解明 C
増田 章男 名古屋大学大学院 基盤研究(C) 新規RNA免疫沈降法 (tRIP法) によるRNA-タンパク相互作用解析の新展開 D
増田 誠司 京都大学 挑戦的研究(萌芽) カルシウムシグナリングによる選択的mRNAスプライシング制御原理の新規解明 D
松尾 洋孝 防衛医科大学校 基盤研究(B) 国際コンソーシアムを活用した日本発の痛風の分子疫学研究による予防医学への応用 B
松田 泰斗 九州大学大学院 若手研究 神経幹細胞エイジングを誘発する最初期因子の同定 F
松本 直通 横浜市立大学 基盤研究(A) ロングリードシーケンサーによる疾患ゲノム解析法の確立 B
水上 裕輔 旭川医科大学 基盤研究(C) ヒト生細胞リソースによる膵癌悪性化機構の多様性解明 C
三橋 里美 横浜市立大学 基盤研究(C) 顔面肩甲上腕型筋ジストロフィー病態に関与する内在性レトロウイルスの探索 D
宮井 尊史 東京大学 若手研究 Fuchs角膜内皮変性症のトリプレットリピート伸長が病態に与える影響の解明 B
宮成 悠介 基礎生物学研究所 新学術領域研究(公募) クロマチンアクセシビリティの制御機構の解析 C
茂木 英明 信州大学 基盤研究(C) ゲノム構造変化による感音難聴の発症メカニズムの解明に関する研究 B
森山 実 産業技術総合研究所 若手研究(B) 昆虫の体色形成を担う共生細菌の機能解明 A,D
安永 純一朗 京都大学 基盤研究(C) HTLV-1 Taxの新たな間歇的発現機構の解明と複合免疫療法への展開 C
矢原 耕史 国立感染症研究所 新学術領域研究(公募) 細菌感染ウィルスのゲノム組み換えの宿主依存性と疾患特異性のビッグデータ解析 E
山口 新平 大阪大学 若手研究(A) ES細胞の樹立におけるインプリンティングの役割 F
山口 良文 北海道大学 基盤研究(B) 哺乳類の冬眠耐性確立機構の解明 研究課題 D
山下 由衣 北海道大学 研究活動スタート支援 転写因子の翻訳制御によるショ糖センシングの分子機構 D
山田 貴富 中央大学 基盤研究(C) 染色体構造中での減数分裂期相同組換えの開始機構 C
山田 真弓 京都大学大学院 若手研究(B) 成体脳のニューロン新生に関与する新規遺伝子の探索 F
湯川 格史 広島大学 基盤研究(C) キネシンに依存しない双極性微小管形成機構の解明 D
吉田 奈央子 名古屋工業大学 基盤研究(B) プロテオーム解析による有機ハロゲン呼吸細菌の網羅的機能タイピング A,E
吉田 真明 島根大学 基盤研究(C) タコブネの殻にみる進化的形質の喪失と再獲得の遺伝的基盤 A,D
吉原 弘祐 新潟大学 若手研究(A) 融合遺伝子に注目した卵巣癌の病態解明と新しい治療戦略の構築 B
吉本 由哉 群馬大学 基盤研究(C) 進行がんに対する免疫放射線治療開発のためのトランスレーショナル研究 B
和多 和宏 北海道大学 新学術領域研究(公募) 自発的行動に起因する発声学習表現型の個性創発の神経分子基盤の解明 C
渡邉 すみ子 東京大学 新学術領域研究(公募) ヒト・マウスiPSを用いた網膜発生時間制御のヒストンメチル化による制御機構の解析 D

情報解析のみの支援(配列解析パイプライン整備、ゲノムアノテーション支援等)

氏 名 所 属 科研費種別 科研費研究課題名 支援技術項目
氏家 由利香 高知大学 基盤研究(B) 有孔虫における殻形成機構の解明―石灰化のブラックボックスを開く― 情報解析支援
神川 龍馬 京都大学 若手研究(A) 光合成能喪失藻類をモデルとした従属栄養性への進化を駆動する 因子の提唱 情報解析支援
小林 牧 京都大学 基盤研究(C) RNA編集を介した内因性ゲノム不安定化の分子機構 情報解析支援
桑形 恒男 農業・食品産業技術総合研究機構 基盤研究(B) イネの物質輸送関連遺伝子の微気象応答とその生理的役割-オミクスと農業気象の融合 情報解析支援
前佛 均 がん研究会 基盤研究(C) 最適な乳がんホルモン療法を患者に届けるための新たな遺伝子診断法の開発 情報解析支援
堀江 恭二 奈良県立医科大学 基盤研究(B) マウスES細胞の超未分化状態の解明と他種ES/iPS細胞の初期化への応用 情報解析支援
矢島 美彩子 東北医科薬科大学 基盤研究(C) 塩基配列データから探る日本人EBウイルス株の多様性 情報解析支援
山口 雅也 大阪大学 若手研究(A) 肺炎球菌の進化的に保存された病原因子の検索とワクチン抗原の開発 情報解析支援

The International symposium organized by “Platform for Advanced Genome Science”
-FRONTIERS OF GENOME SCIENCE-

日時:2019年1月9日(水)-10日(木)
会場:東京大学・伊藤国際学術研究センター伊藤謝恩ホール

詳しくは下記の国際シンポジウム専用サイトをご覧ください。
URL: http://pags2019.genome-sci.jp

2016年に新学術領域研究「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました、慶應義塾大学医学部・大学院医学研究科iPS細胞エピジェネティクス研究医学寄附講座の菱川慶一特任准教授、生理学教室の辻村太郎特任助教らは、最先端のゲノム編集技術を用いて、CTCFと呼ばれるタンパク質が、ゲノムDNAへのある特定の結合パターンに従って、DNAの三次元構造を多層的に制御する機構を詳細に解明しました。
本研究成果は「Epigenetics & Chromatin」に2018年9月14日に掲載され(*)、慶應義塾大学からプレスリリースされました。

慶應義塾大学(https://www.keio.ac.jp/ja/press-releases/2018/9/14/28-48009/

*:Taro Tsujimura1,2* , Osamu Takase1,2, Masahiro Yoshikawa1,2, Etsuko Sano1,2, Matsuhiko Hayashi3 , Tsuyoshi Takato4,5, Atsushi Toyoda6 , Hideyuki Okano2 and Keiichi Hishikawa. Control of directionality of chromatin folding for the inter- and intra-domain contacts at the Tfap2c–Bmp7 locus.
Epigenetics & Chromatin (2018) 11:51 https://doi.org/10.1186/s13072-018-0221-1

2018年度第4回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
– ゲノム研究をよりよく進めていくために -

日時:2018年11月11日(日)13:30~17:00
会場:東京大学・伊藤国際学術研究センター伊藤謝恩ホール
主催:先進ゲノム支援、ゲノム科学と社会ユニット

※お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-20181111.php

2014年、2015年に新学術領域研究「ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました、基礎生物学研究所の安藤俊哉助教と新美輝幸教授らの研究チームは、東京工業大学の伊藤武彦教授らのグループ、基礎生物学研究所の重信秀治特任准教授らのグループ、明治大学の矢野健太郎教授らのグループ、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授らのグループ、東京大学の鈴木穣教授らのグループからなる共同研究チームにより、テントウムシの多様な翅の斑紋(模様)を決定する遺伝子の特定に成功しました。
本研究成果はNature Communications誌 2018年9月21日号に掲載され(*)、基礎生物学研究所、国立遺伝学研究所からプレスリリースされました。

基礎生物学研究所(http://www.nibb.ac.jp/press/2018/09/21.html
国立遺伝学研究所(https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2018/09/research-highlights_ja/20180921.html

*:Toshiya Ando, Takeshi Matsuda, Kumiko Goto, Kimiko Hara, Akinori Ito, Junya Hirata, Joichiro Yatomi, Rei Kajitani, Miki Okuno, Katsushi Yamaguchi, Masaaki Kobayashi, Tomoyuki Takano, Yohei Minakuchi, Masahide Seki, Yutaka Suzuki, Kentaro Yano, Takehiko Itoh, Shuji Shigenobu, Atsushi Toyoda, and Teruyuki Niimi. Repeated inversions within a pannier intron drive diversification of intraspecific colour patterns of ladybird beetles.
Nature Communicationsvolume 9, Article number: 3843 (2018) DOI: 10.1038/s41467-018-06116-1

「先進ゲノム支援」情報解析講習会のご案内

「先進ゲノム支援」(先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム)は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度は、中級者向けの講習会として、プログラミング言語「Python」を用いたRNA-seqデータの視覚化や多変量解析等のプログラミング実習を中心に、以下の要領で情報解析講習会を開催いたします。

<2018年度「先進ゲノム支援」情報解析講習会>

■日 時:
2018年11月19日(月)13:00 ~ 11月21日(水)13:00
■会 場:
国立遺伝学研究所 静岡県三島市谷田1111
■想定スキルレベル:
情報解析中級者
■募集人員:
若手研究者20名程度

  • これから自分で実践的にプログラミングをしようと考えている方。
  • 基本的なLinuxコマンドは身につけていることを前提とします。
  • 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
  • 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
  • 各自のPCを持参ください(memory 4GB以上、空きHDD容量20GB以上あれば、Windows10、Mac、Linuxいずれも可)。
  • 講習ではVirtualBoxを利用したLinux (Ubuntu) の仮想環境で操作を行います。
  • 事前に必要なソフトウェア (Pythonのモジュール) を各自のPCにインストールしていただく必要があります。
■参加費用:
無料

■受講者が講習当日までに準備すべき項目
  (必要なPythonモジュールについては後日別途アナウンス予定):

  • Win/Mac/Linux共にVirtualBox+Ubuntu上でPython3を動かすことを推奨するため、VirtualBoxとUbuntu (ver 18以降)を各自のPCにインストール。
    Mac/Linuxの場合はVirtualBox+Ubuntuではなく、自己責任でPythonとモジュール群をインストールした環境でもよい。
  • Shellスクリプトに自信がない方は過去の「先進ゲノム支援」情報解析講習会のShellスクリプトの資料 (https://www.genome-sci.jp/bioinformatic#2)を読んでおく。
  • Pythonプログラミングの経験が無い方は下記のような入門本を読み、if、for、while文等の制御構文、変数やリスト、モジュールのインポート方法をある程度理解しておくこと。
 
やさしいPython 高橋麻奈著 SB Creative, 2018
みんなのPython第4版 柴田淳著 SB Creative, 2016 等

■講習会スケジュール(予定):
【11月19日:1日目】

13:00~13:10
講習会説明
13:10~14:30
バッチジョブ、RNA-seqの各種ツールによる解析
14:40~16:10
Pythonの基本文法
16:20~17:50
文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現

【11月20日:2日目】

10:00~11:30
Jupyter notebook、Biopython
11:40〜13:00
表形式ファイルの処理(Pandas)、RNA-seqデータの補正
13:00〜13:50
昼食休憩
13:50〜15:20
視覚化 (matplotlib, seaborn)
15:30〜17:00
統計的仮説検定

【11月21日:3日目】

10:00~13:00
多変量解析(PCA, MDS, 階層的クラスタリング等)

尚、旅費、宿泊費は参加者でご負担下さい。

■申し込み〆切:
2018年10月16日(火)
■申し込み方法:
事前アンケート(word版PDF版)をダウンロードし、ご記入下さい。
メール本文に以下の①~④の情報をご記載の上、アンケート用紙を添えて、事務局(genome-sec@nig.ac.jp)までメールにてお申込み下さい。
なお、メールの件名は「2018年度情報解析講習会申し込み」として頂くようお願い致します。
①氏名 
②所属 
③メールアドレス 
④先進ゲノム支援依頼者の場合は代表者名
先進ゲノム支援事務局

2018年度第3回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
– ゲノム編集をめぐる倫理について考える -

日時:2018年9月18日(火)15:00〜17:00
会場:京都大学(本部構内)文学部地下大会議室
主催:先進ゲノム支援、ゲノム科学と社会ユニット

※お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-383.php/

2018年度先進ゲノム支援のヒアリングは7/28(土)7/29(日)に東京都内で行います。
遅くなって申し訳ありませんが、詳細は7月16日以降にご連絡致します。

なお、ヒアリングは支援の実務担当者と対面方式で行い、技術的な点を主に質問する形式で行いますので、プレゼンテーションの必要はありません。

2018年度第2回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
-遺伝情報に基づく差別について考える-

日時:2018年8月24日(金)15:00-17:30
会場:大阪大学(吹田キャンパス)
主催:先進ゲノム支援、ゲノム科学と社会ユニット

※お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-382.php/

公募受付は終了しました。

「支援技術紹介」へ「情報解析支援」を追加しました。

2018年度第1回「ヒトゲノム研究倫理を考える会」
-クラウド/データ共有における研究倫理について考える-

日時:2018年6月8日(金)15:00-17:00
会場:大阪大学(吹田キャンパス)
主催:先進ゲノム支援、ゲノム科学と社会ユニット

※お申し込み方法等の詳しい内容については、下記のウェブサイトをご覧下さい。
https://www.genomics-society.jp/news/event/post-381.php/

「先進ゲノム支援」では、2018年度の支援課題の申請受付を開始しました。

申請締切は6月1日(金)正午です。

公募要項にABSについて追加記載致しました。

 ゲノム科学においては、DNAシーケンシング技術のみならず、最先端技術を駆使した新たな解析手法が進展しています。ヒトや動物、植物から微生物に至る様々な生物種を対象とするライフサイエンス研究においては、これら技術を活用することが必須になっています。先進ゲノム支援では、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を開発・整備し、多様な科研費課題に提供して支援することにより、我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを使命としています。本公募はそのような支援に相応しい科研費課題を募るものです。

2018年度の「先進ゲノム支援」支援課題の申請受付を以下の日程で行います。
公募受付期間は、5月7日(月) ~ 6月1日(金) 正午です。
審査委員会で支援候補に選定された課題に関しては、2018年7月下旬(予定)にヒアリングを実施しますので、予め日程の確保をお願い致します。

公募についての詳細は以下のURLをご覧ください。
2018年度公募要項
2018年度支援申請書(docx)
倫理関連書類チェックシート(docx)
公募に関するFAQ

2018年度の支援課題の申請受付を開始しました。(2018年5月7日)

平成30年度 文部科学省 科学研究費 新学術領域研究「学術研究支援基盤形成」
生命科学4プラットフォーム 説明会・成果シンポジウムのお知らせ

日時:平成30年6月5日(火)13:00~18:00(12:00受付開始)
場所:一橋講堂 学術総合センター2F(千代田区一ツ橋2-1-2)
参加費:無料(定員:500名 要事前参加登録)

 

 

 

令和元年度文部科学省 科学研究費 新学術領域研究「学術研究支援基盤形成」
生命科学4プラットフォーム 説明会・成果シンポジウム

日時:令和元年6月4日(火)13:00~18:00(12:00受付開始)
場所:一橋講堂 学術総合センター2F(千代田区一ツ橋2-1-2)
参加費:無料(定員:500名 要事前参加登録)

 

 

2016年度新学術領域研究「先進ゲノム支援」においてゲノム解析支援を行いました九州大学大学院農学研究院 松下智直准教授、牛島智一特任助教らの研究グループは、九州工業大学情報工学部 花田耕介准教授らの研究グループ等との共同研究により、転写開始点のコントロールが、転写や翻訳と並んで、真核生物の遺伝子発現制御における新しい普遍的なステップとして、タンパク質の種類の増加に少なからず寄与することを、世界に先駆けて示しました。その研究成果がCell誌2017年11月9日号に掲載され(*)、プレスリリースされました。詳しくは以下の研究紹介記事をご参照ください。

九州大学:(http://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/195

*:Ushijima T, Hanada K, Gotoh E, Yamori W, Kodama Y, Tanaka H, Kusano M, Fukushima A, Tokizawa M, Yamamoto YY, Tada Y, Suzuki Y, and *Matsushita T (2017) Light controls protein localization through phytochrome-mediated alternative promoter selection. Cell, 171, 1316-1325. DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.10.018

「先進ゲノム支援」(先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム)は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度は、Linuxの基礎からDDBJスパコンの使い方、さらにはRNA-seq解析、バクテリアゲノム解析などの実践例題を中心に、以下の要領で情報解析講習会を開催いたします。

<2017年度「先進ゲノム支援」情報解析講習会>

■日 時:
2018年3月22日(木)13:00~3月23日(金)15:00
■会 場:
国立遺伝学研究所(DDBJ)静岡県三島市谷田1111
■想定スキルレベル:
UNIX初心者
■募集人員:
若手研究者20名程度

  • 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。
    さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
  • 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
  • 各自のPCを持参ください(Windows、Macいずれも可)
  • DDBJスパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方は事前に申請が必要となります。
■参加費用:
無料

■講習会スケジュール(予定):
【3月22日:1日目】

13:00~13:10
講習会説明
13:10~13:40
DDBJスパコン概要説明
13:40~14:40
UNIX基本コマンド
14:40~14:50
休 憩
14:50~15:50
シェルスクリプト
15:50~16:50
DDBJへの接続方法、バッチジョブ
16:50~17:00
休 憩
17:00~18:00
DDBJスパコンでの解析の実践I(DDBJパイプライン)

【3月23日:2日目】

10:00~12:00
DDBJスパコンでの解析の実践II(RNA-seq解析等)
13:00〜15:00
DDBJスパコンでの解析の実践III(バクテリアゲノム解析)

尚、旅費、宿泊費は参加者でご負担下さい。

■申し込み〆切:
2018年2月22日(木)
■申し込み方法:
事前アンケート(word版PDF版)をダウンロードし、ご記入下さい。
メール本文に以下の①~④の情報をご記載の上、アンケート用紙を添えて、事務局(genome-sec@nig.ac.jp)までメールにてお申込み下さい。
なお、メールの件名は「2017年度情報解析講習会申し込み」として頂くようお願い致します。
①氏名 
②所属 
③メールアドレス 
④先進ゲノム支援依頼者の場合は代表者名 

先進ゲノム支援事務局

2017年度 生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
会期 12月6日(水)~8日(金) 10:00~17:00
会場 神戸国際展示場1号館1F
大会HP http://www.aeplan.co.jp/conbio2017/index.html

大会企画「最先端技術支援コーナー」の中で「先進ゲノム支援」のブースを出展し、支援内容や支援申請方法などに関してご案内させて頂きます。
また同コーナーでは、先進ゲノム支援以外の生命科学支援プラットフォームも出展しており、支援説明やご相談も承ります。
是非皆様お立ち寄りください。

東京大学大学院農学生命科学研究科の川本宗孝博士、勝間進准教授、木内隆史助教、嶋田徹教授、及び農研機構の上樂明也主任研究員、横井翔研究員、山本公子ユニット長は、国立遺伝学研究所の豊田敦特任教授、藤山秋佐夫特任教授らと共同で、カイコゲノムの新アセンブリを論文公開しました。新アセンブリは、第3世代シーケンサを駆使して得られたもので、全長460.3 Mb, Contig N50 =12.2 Mb, Scaffold N50=16.8 Mb、残存ギャップ30個と、ほぼ染色体レベルで全ゲノムをカバーしており、16,880個の遺伝子モデルを含んでいます。アセンブリ配列はsilkbase(http://silkbase.ab.a.u-tokyo.ac.jp/cgi-bin/download.cgi)からダウンロード可能で、カイコのみならず昆虫研究の全般に寄与することが期待されます。

Kawamoto M, Jouraku A, Toyoda A, Yokoi K, Minakuchi Y, Katsuma S, Fujiyama A, Kiuchi T, Yamamoto K, Shimada T. High-quality genome assembly of the silkworm, Bombyx mori. Insect Biochem Mol Biol. (2019) doi: 10.1016/j.ibmb.2019.02.002