研究成果報告書
完全版
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情報解析支援班の開発成果一覧
詳細は上記研究成果報告書の「5．研究成果」の「情報解析支援活動における高度化」の項をご覧ください| 名称 | 概要 | 開発班員 | 公開年 | |
| ○アッセンブル | ||||
|---|---|---|---|---|
| MetaVelvet | メタゲノム対応型アセンブラ | 榊原康文 | 2012 | |
| PBSIM | Pac Bioシークエンサーのリードシミュレータ | 浅井潔 | 2013 | |
| Sprai | PacBio用ゲノムアセンブリソフト | 笠原雅弘 | 2013 | |
| Xgenovo | 454リード専用メタゲノムアセンブラ | 榊原康文 | 2013 | |
| Platanus | 高ヘテロ接合性に適応可能なゲノムアセンブラ | 伊藤武彦 | 2014 | |
| MetaVelvet-SL | 学習機能を備えたメタゲノム対応型アセンブラ | 榊原康文 | 2014 | |
| GMcloser | 高精度ギャップ修復ソフトウェア | 中村保一 | 2015 | |
| GMvalue | アセンブリ精度評価ソフトウェア | 中村保一 | 2015 | |
| ○配列解析 | ||||
| Murasaki | 多重ゲノム配列比較システム | 榊原康文 | 2010 | |
| Raccess | アクセサビリティの計算 | 浅井潔 | 2011 | |
| CentroidHomfold-LAST | 相同配列を用いたRNA2次構造予測 | 浅井潔 | 2011 | |
| GeLAto | ゲノムランドスケープ比較 | 浅井潔 | 2012 | |
| Rchange | 塩基置換によるエネルギー変化 | 浅井潔 | 2012 | |
| DAFS | 機能性RNA配列アライメントプログラム | 榊原康文 | 2012 | |
| hegma | 大規模配列データ（〜Gb）からのモチーフ発見 | 矢田哲士 | 2012 | |
| TRhist | NGSリードからのタンデムリピート伸長発見ソフトウェア | 森下真一 | 2013 | |
| RintD | 参照RNA構造からの近さに基づく構造確率分布計算 | 浅井潔 | 2014 | |
| CapR | 2次構造確率プロファイルの計算 | 浅井潔 | 2014 | |
| boostKCP | 標準化ユークリッド距離使用のK-means clustering高速化 | 森下真一 | 2014 | |
| Sharaku | ncRNAのRNA-seqリードマッピングプロファイルを分類 | 榊原康文 | 2015 | |
| MOCCS | ChIP-SeqデータからDNA配列モチーフ列挙 | 岩崎渉 | 2016 | |
| ○相同性解析 | ||||
| LAST | リードのクオリティ情報を数学的に適切に考慮した確率アラインメント手法 | 浅井潔 | 2011 | |
| GHOSTM | GPUを用いた高速なアミノ酸配列相同性検索ツール | 黒川顕 | 2012 | |
| CLAST | GPUを用いた高速な塩基配列相同性検索ツール | 黒川顕 | 2014 | |
| ○可視化 | ||||
| VITCOMIC | 系統間の進化的関連性と共に描画するWebアプリ | 黒川顕 | 2010 | |
| Samscope | 高速なマッピングビューアー | 榊原康文 | 2012 | |
| DomSign | 配列中に存在するドメインの組み合わせを基に機能未知なタンパク質の機能予測するツール | 黒川顕 | 2015 | |
| FuncTree | サンプルの機能的特徴の視覚化可能なWebアプリ | 黒川顕 | 2015 | |
| ○パイプライン | ||||
| MiGAP | 微生物ゲノム自動アノテーションパイプライン | 黒川顕 | 2010 | |
| DDBJ pipeline | NGSの解析支援パイプライン | 中村保一 | 2011 | |
| Mudi | WGSによる変異点同定支援WWWツール | 中村保一 | 2013 | |
| Rtools | RNA配列・２次構造解析関係のツールの統合サーバ | 浅井潔 | 2014 | |
| MeGAP | メタゲノム解析パイプライン | 黒川顕 | 2014 | |
| ○環境整備 | ||||
| Local Package Manager（修復中） | ソフトウェア環境自動構築ソフト | 笠原雅弘 | 2010 | |
| ffton | ファイアーウォールを越えた大容量ファイル高速転送ソフト | 笠原雅弘 | 2012 | |
| Tiny Cloud Engine | 解析パイプライン記述言語 | 笠原雅弘 | 2012 | |
| ○その他 | ||||
| fatt | 世界最速FASTA/Qファイル統計ソフト | 笠原雅弘 | 2012 | |
| Homeoroq | 異質倍数体の発現解析ソフトウエア | 瀬々潤 | 2013 | |
| LAMP | 組合せ効果の検定手法 | 瀬々潤 | 2013 | |
| COSMOS | 大規模構造変異検出ソフトウエア | 瀬々潤 | 2015 | |
| ChIP2LAMP | 相乗的に働く転写因子結合部位の検出ソフトウエア | 瀬々潤 | 2015 | |
| LAMPLINK | 相乗的に働くSNPを検出できるGWASソフトウエア | 瀬々潤 | 2015 | |
| CSMinFinder | Large K27HMDを検出する区間分割法 | 森下真一 | 2015 | |
| ○データベース | ||||
| MicrobeDB.jp | セマンティックWeb技術利用の微生物統合データベース | 黒川顕 | 2011 | |
| MEO | 微生物の生息環境に関するオントロジー | 黒川顕 | 2012 | |
| Medaka Methylome Browser | メダカのメチロームに関するゲノムブラウザ | 森下真一 | 2012 | |
| MetaMetaDB | メタゲノム・16S rRNAのメタデータベース | 岩崎渉 | 2013 | |
| MitoFish | 魚類ミトコンドリアゲノムデータベース | 岩崎渉 | 2013 | |
| wormtss | 線虫C.elegansの転写開始点を大規模に同定した | 森下真一 | 2013 | |
