公募説明会で寄せられた質問およびその回答
支援申請について
Q1.新規ゲノム解析案件で、複数の科研費（申請者が代表と分担）にまたがる申請は可能でしょうか？
複数の科研費課題のうち、より密接に関連している科研費に基づき申請して下さい。
Q2.全く異なる研究課題で二つの科研費に採択されており，それぞれ課題で先端ゲノム支援を希望する場合，それぞれに関して申請するのでしょうか？また，複数の申請は可能でしょうか？
複数の申請が可能です。本支援事業の公的資金という性質、およびゲノム科学の裾野拡大という観点から、支援が特定の研究室・講座・グループ等に偏ることがないよう配慮する場合があります。
Q3.対象課題について、2024年度に科研費の助成を受けている新規・継続課題とのご説明がありましたが、継続課題のうち、2024年度が最終年度の課題でも特に問題ございませんでしょうか？
問題ありません。申請頂けます。
Q4.支援対象課題の説明に受託解析サービス等の利用ではなく、本支援活動による支援が必要であるかとありますが、具体的にはどのような課題が本支援活動の対象外となるでしょうか？
具体的にはお答えできませんが、本支援活動による支援が必要な理由を申請書に記載頂ければと思います。
Q5.申請書に記載する内容に関してですが、受託解析を選ばずにゲノム支援をお願いする理由を記載すると思いますが、具体的にどのようなことを期待されておりますでしょうか？scRNA-seqやATAC, Chip-seqの実施および解析もすでに受託で行えておりますが・・・よりチャレンジングなHi-Cなどを期待されているのでしょうか？
具体的にはお答えできませんが、本支援活動による支援が必要な理由を申請書に記載頂ければと思います。
Q6.未経験者等も歓迎とのことでしたが解析技術についてどこまでの背景・知識を求めておられますか。既存の技術を行うような形であれば支援はできますか。
ゲノム科学の裾野を拡げることも我々の使命です。未経験者の方の応募も大歓迎です。情報解析講習会だけでなくOJT方式にて解析支援も実施しています。
Q7.試料の提供が1月になる計画の場合は採択対象外になるでしょうか。
支援課題は原則として年度内の支援完了が義務付けられております。ただやむを得ない場合もあるかもしれませんのでヒアリングでご相談ください。また、申請書には試料の提供が１月になる理由を記載頂ければと思います。
Q8.倫理審査関連の件でご質問させていただきます。
説明会でのお話だと、ヒト検体を用いた課題では申請時に倫理審査申請書や同意文書等の書類を提出する必要があるとのお話だったように思います。一方で、倫理審査関連書類チェックシートのwordファイルの方には、所属機関長からの研究実施許可が得られていない場合は、倫理審査の申請に使用する予定の以下の書類のPDFファイルをご用意くださいとの記載があります。
申請段階では必ずしも所属機関での倫理申請等の手続きは完了していなくてもよい、ということでよろしいでしょうか？
説明会でのお話だと、ヒト検体を用いた課題では申請時に倫理審査申請書や同意文書等の書類を提出する必要があるとのお話だったように思います。一方で、倫理審査関連書類チェックシートのwordファイルの方には、所属機関長からの研究実施許可が得られていない場合は、倫理審査の申請に使用する予定の以下の書類のPDFファイルをご用意くださいとの記載があります。
申請段階では必ずしも所属機関での倫理申請等の手続きは完了していなくてもよい、ということでよろしいでしょうか？
所属機関の倫理審査委員会に今後申請する研究課題の場合は、申請予定の書類を添付することで「先進ゲノム支援」への支援申請が可能です。その場合、10月末までに承認を得た上で速やかにサンプルを提供して下さい。支援は承認後開始となります。
Q9.外国人研究者も応募できますか？ 日本語は難しいのですが、英語で申請書を作成することは可能ですか？
可能です。英語版の公募要項、申請書を用意しています。https://www.genome-sci.jp/e
Q10.「支援オリエンテーション」はオンライン（zoom等）での参加も可能でしょうか？
支援オリエンテーションはzoomウェビナーにて実施予定です。
支援内容について
Q11.ゲノム研究に詳しくないのですが、申請書の「希望するシークエンサー」の選び方を教えてください。ヒトがん細胞での転写の研究で、ATAC-seq, Hi-Cを希望しています。
一般的にはイルミナシークエンサーで解析することが多いようです。
Q12.新規ゲノム決定の際にアノテーションもつける場合はRNA-seqデータが必要とのことでしたが、RNA-seqの生データがあればいいのでしょうか。アセンブルなどある程度の解析が必要でしょうか？
対象となる生物種にも依存します。また必要なRNA-seq情報の質や量も状況により異なります。
Q13.先ほど真核生物ゲノムの場合のお答えがありましたが、細菌の全ゲノム解析およびアノテーションをお願いしたい場合でも自分のところで行ったRNA-Seqデータを持っている必要がありますでしょうか？
特殊な場合を除き、原核生物の遺伝子アノテーションの場合は、DFAST等により遺伝子領域予測および遺伝子機能予測を実施します。それで良ければRNA-seqデータを用意頂く必要はありません。
Q14.ゲノム決定の際にサイズ選択３µg程度が必要とのことですが、小型の野生生物で3µgを集めるのが難しい場合も支援対象となりますでしょうか。複数個体を合わせる作業は望ましくないでしょうか。
ゲノムサイズにもよりますが、シーケンス用のライブラリ作製時にゲノムDNAを増幅することで対応可能な場合も有りますので、申請後、ヒアリング対象課題となった際にご相談できればと思います。ただし、アセンブリ配列の完成度は低くなる可能性があることをご了承ください。
Q15.chip-seqを行う場合、断片化処理、ライブラリー調整などの支援はありますでしょうか。
IPは抗体の特性にもよりますので、最終的にはIP後のDNAでお送りいただきたいです。ただその過程で断片化等のご相談に乗ることは可能です。
Q16.支援内容としてsingle cell CRISPRスクリーニングは可能でしょうか？
可能です。ただしCRISPR処理したあとのシングルセルの形で試料提出ください。
Q17.例えばFFPEから抽出されたRNAをNanoporeでシーケンシングするなど、メーカーがオフィシャルにはカバーしていない解析も支援対象となりますでしょうか？
FFPE検体からのナノポアシークエンスを用いたRNA解析は原理的に難しいと思われます。どうしても必要であれば必要性を申請書に記載頂ければと思います。
Q18.鈴木先生がご紹介されていた新しい2umのVisiumはCytAssistの対応になりますでしょうか？
はい。CytAssistが前提になります。（FFPEが想定されています）
Q19.支援内容として、mRNAの3’UTR長の変化を網羅的に解析することができるRNA-Seq解析である3’RNA-Seq (polyA-Seq)を申請することは可能でしょうか？
可能です。ただしRNAを精製した形（polyA近傍断片にした形）で提出いただくことになります。
Q20.ロングリードシーケンサーによる4-mCの解析は可能ですか？
現状では方法論の開発を伴うと思われますが、ご応募頂ければ審査委員会において技術開発の支援という点を含めて審査させて頂くことになると思います。
Q21.シングルセルRNAseqで、５’からTCRを含めた解析を行うことは依頼可能でしょうか。
可能です。（一般的な解析です）
Q22.シングルセルRNAseqを希望しております。申請書様式には希望するカバレージ等出来るだけ詳しく記載する旨が書かれているかと思いますが、支援を受ける側で目的に対して妥当なカバレージ等について不明な場合にはその旨を申請書には記載する形でよろしいでしょうか？
可能な限り記載頂きたいですが、不明な場合はその旨を申請書に記載下さい。支援に際して、カバレージにつきましてはご相談させていただくことになります。一方で、シングルセル解析においては、どのような遺伝子のどのような変化を見たいのか、という点（それがカバレージを決めます）をしっかりと記載いただくことが重要と思います。
Q23.Single nuclei解析支援を希望する場合、Chromium Fixed RNA Profiling Reagent Kitを用いた支援対応も可能でしょうか？
可能です。ただし、ヒト、マウスのみが対象です。
Q24.病原体を感染させた脳の空間トランスクリプトームはFFPEで行うのでしょうか。また凍結切片の場合、解析していただけるのでしょうか。
病原性を有する場合、不活化の観点からもFFPEが望ましいと考えております。
Q25.空間的トランスクリプトームはどれくらいの面積が解析可能でしょうか。また病変部があることを染色して局在を確認してから、解析をお願いしたいのですが、それは可能でしょうか。
Xeniumの場合最大1×2cm、Visiumの場合は6×6mmが標準的な解析の単位です。その面積内であれば、複数検体載せていただくことも可能です。連続切片でHE染色を確認していただいてから載せるということがむしろ一般的です。
Q26.シングルセル解析のサンプル輸送について質問です。東京から遠方のため、組織から細胞を分散＆FACS後、柏まで持っていくのに非常に時間が必要です。予備実験では数時間で細胞が死んでしまいました。既に出版されている方法で、CellCoverという固定液で固定後に翌日以降にシングルセルRNA-Seqが出来るというものがありました。このような方法に準じて、こちらで固定した細胞を用意して、翌日以降に柏に持っていくといった方法でも対応してもらえるでしょうか？それとも生細胞のみの対応となるでしょうか？
保存法につきましては、ヒアリングにて個別に相談となります。Cell Banker等により凍結でお送りいただくなど、色々な方法があり得るかと思います。
Q27.Hi-C用の新鮮凍結組織は、組織を採取後にそのまま-80度のフリーザーに入れれば十分でしょうか。それとも、液体窒素等で急速凍結した方が良いでしょうか。
生物の種類、さらには組織によって状況が異なるので一概にはお答えできません。技術ヒアリングで相談してください。
Q28.支援開始直後にサンプルを送付した場合、RNAseqの後、DEGやGO解析等を行って頂いた場合、どのくらいの時期にデータをお渡して頂けるのでしょうか？
情報解析支援を伴う課題の場合、配列データが出た後に情報解析支援がスタートしますので、ある程度時間がかかります。ただ、一般的にDEGやGO解析のみであればあまり時間はかかりません。具体的な期間はデータと研究目的に依存しますので、一概にはお答えできません。
Q29.すでにシングルセルのデータはあり、基本的な解析はpythonで終えています。
新たな知見を得るための下流解析（velocity, cell rankなど）をする際のデータ処理のアドバイスやデータ解釈のサポートなどは対象でしょうか。
新たな知見を得るための下流解析（velocity, cell rankなど）をする際のデータ処理のアドバイスやデータ解釈のサポートなどは対象でしょうか。
はい支援対象です。情報解析支援に申請して下さい。