支援技術紹介
新規ゲノム解析
・大型真核ゲノムでも50種以上の決定実績。国内最大
De novoゲノムアセンブリ解析
- 支援内容
- 生物種ごとに最適な手法で完全ゲノム配列やドラフトゲノム配列を構築します。
- 技術概要
- 次世代型シーケンサーや10X Genomicsなどの新技術を組み合わせることにより、動物、植物、菌類、原生生物、細菌等のゲノム配列決定を行います。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、NextSeq 2000、PacBio Sequel IIe/Revio、MinION/GridION/PromethION、
Element AVITI - 解析拠点
- 遺伝研、東大
※申請の際はFAQのQ38「新規ゲノム配列決定とアノテーションを依頼したいのですが、どれくらい時間がかかるものなのでしょうか。」もご参照ください。
変異解析
・国内有数の高精度配列・構造多型解析体制でリード
リシーケンス解析
- 支援内容
- 参照ゲノムと比較することにより多型解析を実施します。
- 技術概要
- 対象とするゲノムの断片配列情報を取得し、参照ゲノム配列にマッピングすることで、SNVやInDel等の多型情報を取得します。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、NextSeq 2000、PacBio Sequel IIe/Revio、MinION/GridION/PromethION、
MGI T7/G400、Element AVITI - 解析拠点
- 遺伝研、東大
エキソーム解析（PCRアンプリコン含む）
- 支援内容
- エキソン領域のみを対象とした配列解析により、効率的に遺伝子領域の多型情報（SNV、InDel）を解析します。
- 技術概要
- 真核生物において、全ゲノムではなく遺伝子のエキソン領域をターゲットとした配列決定によりエキソン上の多型情報を抽出します。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、NextSeq 2000、MinION/GridION/PromethION、Element AVITI
- 解析拠点
- 東大、遺伝研
修飾/エピゲノム解析
・細胞からの支援にも対応
・試料に応じた条件検討からの支援
・試料に応じた条件検討からの支援
ChIP-Seq解析
- 支援内容
- ゲノム上のタンパク質結合部位の検出、結合モチーフの推定を実施します。
- 技術概要
- ゲノム配列が決定された生物種を対象として、断片配列情報を参照配列にマッピングすることにより、結合タンパクや結合モチーフ推定等を行います。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、NextSeq 2000、MinION/GridION/PromethION、Element AVITI
- 解析拠点
- 東大、遺伝研
メチレーション解析
- 支援内容
- ゲノムワイドにDNAメチル化領域を特定します。
- 技術概要
- ゲノムDNA断片を直接またはバイサルファイト処理などを用いて、メチル化された塩基の特定をゲノムワイドに解析します。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、NextSeq 2000、PacBio Sequel IIe/Revio、MinION/GridION/PromethION、
Element AVITI - 解析拠点
- 東大、遺伝研
ATAC-Seq解析
- 支援内容
- ゲノムワイドにオープンクロマチン領域を特定します。
- 技術概要
- オープンクロマチン領域に選択的にトランスポゾンを挿入させることにより断片化したゲノムDNAの配列情報を取得し、参照ゲノム配列にマッピングすることでクロマチン構造の変化を解析します。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、NextSeq 2000、MinION/GridION/PromethION、Element AVITI
- 解析拠点
- 東大、遺伝研
Hi-C解析
- 支援内容
- 隣接するクロマチン領域をゲノムワイドに特定します。
- 技術概要
- ゲノム配列が決定された生物を対象として、得られた断片配列情報を参照ゲノムにマッピングし、コンタクトマップを構築した上で立体構造を予測します。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、NextSeq 2000、MinION/GridION/PromethION、Element AVITI
- 解析拠点
- 遺伝研、東大
RNA解析
・極微量試料にも対応
・長鎖型シーケンサーでの解析にも対応
・長鎖型シーケンサーでの解析にも対応
トランスクリプトーム解析（ISO-Seq、miRNA-Seq等）
- 支援内容
- ゲノムのアノテーションや遺伝子構造の同定、遺伝子発現解析を実施します。
- 技術概要
- ゲノム配列上の遺伝子の位置や構造を同定するために、RNA-seqデータのマッピングやDe novoアセンブリ、網羅的な転写産物の解析（Iso-seq解析）を行います。また、small RNAやnon-coding RNAなどを含むRNA-seqデータを用いた遺伝子発現情報やRNA編集などの解析を実施します。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、NextSeq 2000、PacBio Sequel IIe/Revio、MinION/GridION/PromethION、
Element AVITI - 解析拠点
- 東大、遺伝研
TSS-Seq解析
- 支援内容
- 転写開始点の網羅的解析を実施します。
- 技術概要
- 対象とする転写産物の5’末端断片配列情報を取得し、参照ゲノム配列にマッピングすることにより転写開始点を決定します。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、Element AVITI
- 解析拠点
- 東大
RIP-Seq/CLIP-seq解析
- 支援内容
- RNA結合タンパク質に結合しているRNAを同定します。
- 技術概要
- RNA結合タンパク質に対する抗体で免疫沈降したmRNAを網羅的に同定します。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、Element AVITI
- 解析拠点
- 東大、遺伝研
BRIC-seq解析
- 支援内容
- RNAの細胞内寿命を網羅的に測定します。
- 技術概要
- ブロモウチジンでメタボリックラベリングしたmRNAを経時的に抗BrU抗体で免疫沈降してRNA-seq解析を行います。基本的に培養細胞に対しての解析手法になります。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、Element AVITI
- 解析拠点
- 東大
メタ・環境・ホロゲノム解析
・アンプリコンやショットガン解析などの結果解釈まで含めた多彩な支援
メタゲノム解析
- 支援内容
- 主に微生物群集を対象として、群集構造や遺伝子レパートリーを解析します。
- 技術概要
- ヒトや自然環境中の微生物群集を対象とした多様なサンプルのショットガン＆アンプリコンメタゲノム、MAG構築、メタトランスクリプトーム配列等の決定を行います。
- 使用機器
- NovaSeq X/6000、NextSeq 2000、PacBio Sequel IIe/Revio、MinION/GridION/PromethION、
Element AVITI - 解析拠点
- 遺伝研
シングルセル解析
・サンプル調整のアドバイスからシーケンス、情報解析までトータルで支援
シングルセル解析
- 支援内容
- シングルセルを対象としたゲノム、トランスクリプトーム、エピゲノム解析を実施します。
- 技術概要
- 真核細胞を対象としたシングルセルにおいて、ゲノム解析やトランスクリプトーム解析を行います。5000-2万個の細胞について、その遺伝子発現あるいはオープンクロマチン状態を解析します。
- 使用機器
- 10X Genomics Chromium/Chromium iX、StandardBioTools(Fluidigm) C1 System、NovaSeq X/6000、NextSeq 2000、PacBio Sequel IIe/Revio、MinION/GridION/PromethION、Element AVITI
- 解析拠点
- 東大、遺伝研
空間的オミックス解析
・サンプル調整のアドバイスからシーケンス、情報解析までトータルで支援
・Xenium解析は国内随一の実績
・Xenium解析は国内随一の実績
空間トランスクリプトーム解析（in situ ハイブリ）
- 支援内容
- 空間的な遺伝子発現解析を実施します。
- 技術概要
- 細胞、病理切片について、in situ ハイブリダイゼーション技術によるシングルセルレベルでの網羅的な遺伝子発現解析を行います。
- 使用機器
- 10X Genomics Xenium、Bruker CosMx、Element AVITI 24 Teton
- 解析拠点
- 東大
空間トランスクリプトーム解析（シークエンスベース）
- 支援内容
- 空間的な遺伝子発現解析を実施します。
- 技術概要
- 細胞、病理切片について、次世代シークエンサーを用いたシークエンスベースによるシングルセルレベルでの網羅的な遺伝子発現解析を行います。
- 使用機器
- 10X Genomics Visium HD/Visium、Curio Trekker、NovaSeq X/6000、Element AVITI
- 解析拠点
- 東大
多重蛍光免疫染色解析（高解像度、標的タンパク質）
- 支援内容
- 空間的なタンパク質発現解析を実施します。
- 技術概要
- 病理切片について、100個程度の遺伝子（タンパク質）について抗体バーコード蛍光認識を利用した多重免疫染色を実施します。免疫染色に適した抗体が必要になります。
- 使用機器
- AKOYA PhenoCycler-Fusion（CODEX）、Bruker CellScape、Element AVITI 24 Teton
- 解析拠点
- 東大
シングルセル細胞表面タンパク質局在解析
- 支援内容
- 細胞表面タンパク質を空間マッピングします。
- 技術概要
- 浮遊細胞について、80種類程度の免疫細胞表面タンパク質の局在を3次元上の空間にマッピングします。
- 使用機器
- Pixelgen、NovaSeq X/6000、Element AVITI
- 解析拠点
- 東大
プロテオーム解析
- 支援内容
- タンパク質量を測定します。
- 技術概要
- 血清、血漿から1000種類程度のタンパク質量を測定します。
- 使用機器
- Olink Reveal、NovaSeq X/6000
- 解析拠点
- 東大
情報解析
・高度技術の開発経験が豊富であり、国内では随一
情報解析
- 支援内容
- 先進ゲノム支援で生産した各種シーケンス情報だけでなく、独自に解析されたシーケンス情報に対する各種情報解析を実施します。
- 技術概要
- 解析パイプラインで実施可能なハイスループットな解析から、新たなアルゴリズム開発を伴う高度な解析まで、支援のご相談を受け付けています。
- 使用機器
- 解析拠点
- 遺伝研、ROIS-DS、東大、東京科学大、千葉大、九大、早稲田大、東京理科大、産総研、
ヒューマノーム研
お手元のシーケンスデータを用いる情報解析のみの支援も可能です。