情報解析支援
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- 過去の講習会情報（ビデオ・資料）
2023年度講習会（中級者向け）
2023年度講習会（初級者向け）
2022年度講習会（中級者向け）
2022年度講習会（初級者向け）
2019年度講習会（中級者向け） 2018年度講習会（UNIX初心者向け）
2018年度講習会（中級者向け）
2017年度講習会（UNIX初心者向け） - AJACS講習会ビデオ資料
情報解析講習会のご案内（募集中）
＜2024年度 PAGS・DDBJ合同 初級者情報解析講習会＞
「先進ゲノム支援」（先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム）は、文部科学省科学研究費助成事業の学術変革領域研究『学術研究支援基盤形成』において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供することで我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを使命としています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度第1回目は、初級者向けの講習会として、遺伝研スパコンの概要を解説するとともに、Linuxの基礎から遺伝研スパコンの使い方、さらにはRNA-seq解析などの実践例題も扱う、情報解析講習会を以下の要領で開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報･DDBJセンター(DDBJ)が合同で開催いたします。
- ■日 時：
- 2024年11月25日（月）12：40～17：40 (予定)
- ■会 場：
- ハイブリッド開催（Onsite & Online Hybrid） Zoom使用
現地会場：国立遺伝学研究所（DDBJ）静岡県三島市谷田1111
W棟4階W403-405 - ■想定スキルレベル：
- 情報解析初級者（UNIX初心者）
- ■募集人員：
- 現地会場： 20 名程度、オンライン参加：100名程度
- 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者及び申請者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
- 各自のPCを持参ください（Windows、Macいずれも可）
- 講習内容をご自身のPCで行うには遺伝研スパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方で現地参加の方、およびオンライン参加でご希望の方は当選確定後直ちに取得していただく必要があります。なお、オンライン参加の方は、遺伝研スパコンのアカウント取得は必須ではありません。
- 抽選に外れた方およびオンラインでの参加希望者にはweb配信でご参加頂けます（講習内容についてのオンライン参加者からの質問には、参加者のマシン環境依存の問題もあるため、回答困難な場合もあることをご承知おきください）。
- ■参加費用：
- 無料（旅費は参加者でご負担ください。）
■現地参加の受講者が講習当日までに準備すべき項目：
■講習会スケジュール（予定）：
12:40～12:45 講習会説明
12:45～14:10 遺伝研スパコンの利用方法、UNIX基本コマンド
14:10～14:20 休憩
14:20～15:30 シェルスクリプト＆バッチジョブ
15:30～16:30 解析環境の構築
16:30～16:40 休憩
16:40～17:40 遺伝研スパコンでの解析の実践（RNA-seq解析等）
- ■申し込み〆切：
- 2024年10月28日(月)
- ■申し込み方法：
- 参加を希望される方は、下記リンクより申込フォームに入力のうえ送信してください。
申込フォーム - 「先進ゲノム支援」事務局
過去の情報解析講習会情報（ビデオ・資料）
＜2023年度 PAGS・DDBJ合同 中級者情報解析講習会＞（終了）
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度第2回目となる今回は、中級者向けです。プログラミング言語「Python」を用いた塩基配列データの扱いや多変量解析等のプログラミング実習を中心に、以下の要領で開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報・DDBJセンター(DDBJ)が合同で開催いたします。
- ■日 時：
- 1日目：2024年2月13日（火）12：10 ～ 18:00
2日目：2024年2月14日（水）09：20 ～ 18:00 - ■会 場：
- Zoomウェビナー ※現地開催はございません。
- ■講習内容：
- プログラミング言語「Python」を用いた塩基配列データの扱いや多変量解析等のプログラミング実習を中心に実施。
- ■想定スキルレベル：
- 情報解析中級者
- ■募集人員：
- 200名
- これから自分で実践的にバイオインフォマティクス関連のプログラミングをしようと考えている方。
- 基本的なLinuxコマンドやPython言語の知識を身につけていることを前提とします。
- 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。
- 各自のPCをご用意ください（memory 8GB以上、空きHDD容量30GB以上あれば、Windows10/11、Mac、Linuxいずれも可）。
- 講習ではJupyter notebookを用いてPythonの講習を行います。
- 事前に必要なソフトウェア (Pythonのモジュール) を各自のPCにインストールしていただく必要があります。
- ■参加費用：
- 無料
■参加の受講者が講習当日までに準備すべき項目
（インストールが必要なPythonモジュールについては後日別途アナウンスいたします）：
- Win/Mac/Linux共にPython3.9以上で環境を構築して動作させることを推奨します。ただし3.12は動作しないプログラムがあるので避けてください。
- Linuxコマンドに自信がない方は今年度のPAGS・DDBJ合同初級者情報解析講習会のLinuxコマンドの資料を読んでおいてください。なお、中級者情報解析講習会では遺伝研スーパーコンピュータは使用しません。
- Pythonプログラミングの経験が無い方は下記のような入門書やwebサイトを読み、if、for、while文等の制御構文、変数やリスト、モジュールのインポート方法をある程度理解しておいてください。
書籍の例: 「やさしいPython」 高橋麻奈著 SB Creative, 2018
Webサイトの例: Pythonプログラミング入門 - 2018年、2019年に行った中級者講習会の内容は「独習 Pythonバイオ情報解析」として2021年に書籍化しております。今回の講習会の特に初日の内容は本書籍の内容と大きく被っておりますので、Pythonプログラミングに自信が無い方は講習会当日までに本書籍の内容を大まかに予習しておくとより効果的です。
■講習会スケジュール（予定）：
【2月13日：1日目】
- 12：10 ～ 12：20
- 講習会説明
- 12：20 ～ 13：50
- 文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現
- 14：00 ～ 15：30
- Jupyter notebook、Biopythonを用いた処理
- 15：40 ～ 16：10
- Numpyライブラリ
- 16：10 ～ 17：00
- 表形式ファイルの処理（Pandas）
- 17：00 ～ 18：00
- 質疑応答
【2月14日：2日目】
- 09：20 ～ 10：50
- 視覚化 (matplotlib, seaborn)
- 11：00 ～ 12：30
- 統計的仮説検定
- 12：30 ～ 13：20
- 昼食休憩
- 13：20 ～ 14：50
- Pythonを用いたシングルセルRNA-seq解析（基礎）
- 15：00 ～ 17：00
- Pythonを用いたシングルセルRNA-seq解析（発展）
- 17：00 ～ 18：00
- 質疑応答
- ■申し込み〆切：
- 2024年2月2日(金)
- ■申し込み方法：
- 参加を希望される方は、下記リンクより申込フォームに入力のうえ送信してください。
申込フォーム締め切りました。
- 先進ゲノム支援事務局
＜2023年度 PAGS・DDBJ合同 初級者情報解析講習会＞（終了）
「先進ゲノム支援」（先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム）は、文部科学省科学研究費助成事業の学術変革領域研究『学術研究支援基盤形成』において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供することで我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを使命としています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度第1回目は、初級者向けの講習会として、遺伝研スパコンの概要を解説するとともに、Linuxの基礎から遺伝研スパコンの使い方、さらにはRNA-seq解析などの実践例題も扱う、情報解析講習会を以下の要領で開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報･DDBJセンター(DDBJ)が合同で開催いたします。
- ■日 時：
- 2023年10月30日（月）12：40～17：40
- ■会 場：
- ハイブリッド開催（Onsite & Online Hybrid） Zoom使用
国立遺伝学研究所（DDBJ）静岡県三島市谷田1111
W棟4階W403-405 - ■想定スキルレベル：
- 情報解析初級者（UNIX初心者）
- ■募集人員：
- 現地会場： 20 名程度、オンライン参加：100名程度
- 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者及び申請者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
- 各自のPCを持参ください（Windows、Macいずれも可）
- 講習内容をご自身のPCで行うには遺伝研スパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方で現地参加の方、およびオンライン参加でご希望の方は当選確定後直ちに取得していただく必要があります。なお、オンライン参加の方は、遺伝研スパコンのアカウント取得は必須ではありません。
- 抽選に外れた方およびオンラインでの参加希望者にはweb配信でご参加頂けます（講習内容についてのオンライン参加者からの質問には、参加者のマシン環境依存の問題もあるため、回答困難な場合もあることをご承知おきください）。
- ■参加費用：
- 無料（旅費は参加者でご負担ください。）
■現地参加の受講者が講習当日までに準備すべき項目：
■講習会スケジュール（予定）：
12:40～12:45 講習会説明
12:45～14:10 遺伝研スパコンの利用方法、UNIX基本コマンド
14:10～14:20 休憩
14:20～15:30 シェルスクリプト＆バッチジョブ
15:30～16:30 解析環境の構築
16:30～16:40 休憩
16:40～17:40 遺伝研スパコンでの解析の実践（RNA-seq解析等）
- ■申し込み〆切：
- 2023年10月2日(月)
- ■申し込み方法：
- 参加を希望される方は、下記リンクより申込フォームに入力のうえ送信してください。
申込フォーム締め切りました。
- 先進ゲノム支援事務局
＜2022年度 PAGS・DDBJ合同 中級者情報解析講習会＞（終了）
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度第2回目となる今回は、中級者向けです。プログラミング言語「Python」を用いた塩基配列データの扱いや多変量解析等のプログラミング実習を中心に、以下の要領で開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報・DDBJセンター(DDBJ)が合同で開催いたします。
- ■日 時：
- 1日目：2022年12月15日（木）12：10 ～ 18:00
2日目：2022年12月16日（金）09：20 ～ 18:00 - ■会 場：
- Zoomウェビナー ※現地開催はございません。
- ■講習内容：
- プログラミング言語「Python」を用いた塩基配列データの扱いや多変量解析等のプログラミング実習を中心に実施。
- ■想定スキルレベル：
- 情報解析中級者
- ■募集人員：
- 200名
- これから自分で実践的にバイオインフォマティクス関連のプログラミングをしようと考えている方。
- 基本的なLinuxコマンドやPython言語の知識を身につけていることを前提とします。
- 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。
- 各自のPCをご用意ください（memory 8GB以上、空きHDD容量30GB以上あれば、Windows10/11、Mac、Linuxいずれも可）。
- 講習ではJupyter notebookを用いてPythonの講習を行います。
- 事前に必要なソフトウェア (Pythonのモジュール) を各自のPCにインストールしていただく必要があります。
- ■参加費用：
- 無料
■参加の受講者が講習当日までに準備すべき項目
（インストールが必要なPythonモジュールについては後日別途アナウンスいたします）：
- Win/Mac/Linux共にPython3.9で環境を構築して動作させることを推奨します。
- Linuxコマンドに自信がない方は今年度のPAGS・DDBJ合同初級者情報解析講習会のLinuxコマンドの資料を読んでおいてください。なお、中級者情報解析講習会では遺伝研スーパーコンピュータは使用しません。
- Pythonプログラミングの経験が無い方は下記のような入門書やwebサイトを読み、if、for、while文等の制御構文、変数やリスト、モジュールのインポート方法をある程度理解しておいてください。
書籍の例: 「やさしいPython」 高橋麻奈著 SB Creative, 2018
Webサイトの例: Pythonプログラミング入門 - 2018年、2019年に行った中級者講習会の内容は「独習 Pythonバイオ情報解析」として2021年に書籍化しております。今回の講習会の特に初日の内容は本書籍の内容と大きく被っておりますので、Pythonプログラミングに自信が無い方は講習会当日までに本書籍の内容を大まかに予習しておくとより効果的です。
■講習会スケジュール（予定）：
【12月15日：1日目】
- 12：10 ～ 12：20
- 講習会説明
- 12：20 ～ 13：50
- 文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現
- 14：00 ～ 15：30
- Jupyter notebook、Biopythonを用いた処理
- 15：40 ～ 16：10
- Numpyライブラリ
- 16：10 ～ 17：00
- 表形式ファイルの処理（Pandas）
- 17：00 ～ 18：00
- 質疑応答
【12月16日：2日目】
- 09：20 ～ 10：50
- 視覚化 (matplotlib, seaborn)
- 11：00 ～ 12：30
- 統計的仮説検定
- 12：30 ～ 13：20
- 昼食休憩
- 13：20 ～ 14：50
- 多変量解析
- 15：00 ～ 17：00
- Pythonを用いたシングルセルRNA-seq解析
- 17：00 ～ 18：00
- 質疑応答
- ■申し込み〆切：
- 2022年11月25日(金)
- ■申し込み方法：
- 参加を希望される方は、下記リンクより申込フォームに入力のうえ送信してください。
申込フォーム締め切りました。
- 先進ゲノム支援事務局
＜2022年度 PAGS・DDBJ合同 初級者情報解析講習会＞（終了）
「先進ゲノム支援」（先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム）は、文部科学省科学研究費助成事業の学術変革領域研究『学術研究支援基盤形成』において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供することで我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを使命としています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度第1回目は、初級者向けの講習会として、遺伝研スパコンの概要を解説するとともに、Linuxの基礎から遺伝研スパコンの使い方、さらにはRNA-seq解析などの実践例題も扱う、情報解析講習会を以下の要領で開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報・DDBJセンター(DDBJ)が合同で開催いたします。
- ■日 時：
- 2022年10月20日（木）12：40～17：20
- ■会 場：
- ハイブリッド開催（Onsite & Online Hybrid） Zoom使用
国立遺伝学研究所（DDBJ）静岡県三島市谷田1111 - ■想定スキルレベル：
- UNIX初心者
- ■募集人員：
- 現地会場：若手研究者 20 名程度
- 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
- 各自のPCを持参ください（Windows、Macいずれも可）
- 講習内容をご自身のPCで行うには遺伝研スパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方で現地参加の方、およびオンライン参加でご希望の方は当選確定後直ちに取得していただく必要があります。
- 抽選に外れた方およびオンラインでの参加希望者にはweb配信でご参加頂けます（講習内容についてのオンライン参加者からの質問には対応致しかねます）。
- ■参加費用：
- 無料（旅費は参加者でご負担ください。）
■現地参加の受講者が講習当日までに準備すべき項目：
■講習会スケジュール（予定）：
12:40～13:10 遺伝研スパコン概要説明
13:10～14:10 遺伝研スパコンへの接続方法、UNIX基本コマンド
14:10～15:00 シェルスクリプト＆バッチジョブ
15:00～15:10 休憩
15:10～16:00 シェルスクリプト＆バッチジョブ
16:00～17:20 遺伝研スパコンでの解析の実践（RNA-seq解析等）
- ■申し込み〆切：
- 2022年9月26日(月)
- ■申し込み方法：
- 参加を希望される方は、下記リンクより申込フォームに入力のうえ送信してください。
申込フォーム締め切りました。
- 先進ゲノム支援事務局
＜2019年度第2回PAGS・DDBJ・DBCLS合同情報解析講習会＞（開催中止）
「先進ゲノム支援」（先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム：PAGS）は、文部科学省科学研究費助成事業の新学術領域研究『学術研究支援基盤形成』 において、最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供して我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを目指し、2016年4月から支援活動を開始しています。
「先進ゲノム支援」では支援活動の一環として情報解析講習会を開催しています。今年度第2回目となる今回は、遺伝研スパコンの概要を解説するとともに、Linuxの基礎から遺伝研スパコンの使い方、さらにはRNA-seq解析などの実践例題を中心に、以下の要領で情報解析講習会を開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報・DDBJセンター(DDBJ)、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が合同で開催いたします。
- ■日 時：
2020年3月12日（木） 12：40～17：20 (予定)開催中止- ■会 場：
- 国立遺伝学研究所（DDBJ）静岡県三島市谷田1111
- ■想定スキルレベル：
- UNIX初心者
- ■募集人員：
- 若手研究者20名程度
- 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
- 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
- 各自のPCを持参ください（Windows、Macいずれも可）
- 遺伝研スパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方は当選確定後直ちに取得して頂く必要があります。
- ■参加費用：
- 無料（旅費等は参加者でご負担下さい。）
■受講者が講習当日までに準備すべき項目：
■講習会スケジュール（予定）：
12:40～13:10 遺伝研スパコン概要説明
13:10～14:10 遺伝研スパコンへの接続方法、UNIX基本コマンド
14:10～15:00 シェルスクリプト＆バッチジョブ
15:00～15:10 休憩
15:10～16:00 シェルスクリプト＆バッチジョブ
16:00～17:20 遺伝研スパコンでの解析の実践（RNA-seq解析等）
＜2019年度第1回PAGS・DDBJ・DBCLS合同情報解析講習会＞（終了）
本年度の中級者向け情報解析講習会を、プログラミング言語「Python」を用いたRNA-seqデータの視覚化や多変量解析等のプログラミング実習を中心に、以下の要領で開催いたします。
本講習会は、先進ゲノム支援(PAGS)、生命情報・DDBJセンター(DDBJ)、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が合同で開催いたします。
- ■日 時：
- 2019年10月9日（水）13：00 ～ 10月11日（金）13：00
- ■会 場：
- 国立遺伝学研究所（DDBJ）静岡県三島市谷田1111
- ■想定スキルレベル：
- 情報解析中級者
- ■募集人員：
- 若手研究者20名程度
- これから自分で実践的にプログラミングをしようと考えている方。
- 基本的なLinuxコマンドは身につけていることを前提とします。
- 応募者多数の場合は、過去に先進ゲノム支援に申請された方を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
- 応募は研究室毎に1名に限定させていただきます。
- 各自のPCを持参ください（memory 4GB以上、空きHDD容量20GB以上あれば、Windows10、Mac、Linuxいずれも可）。
- 講習ではVirtualBoxを利用したLinux (Ubuntu) の仮想環境で操作を行います。
- 事前に必要なソフトウェア (Pythonのモジュール) を各自のPCにインストールしていただく必要があります。
- ■参加費用：
- 無料（旅費等は参加者でご負担下さい。）
■受講者が講習当日までに準備すべき項目
（必要なPythonモジュールについては後日別途アナウンス予定）：
- Win/Mac/Linux共にVirtualBox+Ubuntu上でPython3を動かすことを推奨するため、VirtualBoxとUbuntu (ver. 18以降)を各自のPCにインストール。
Mac/Linuxの場合はVirtualBox+Ubuntuではなく、自己責任でPythonとモジュール群をインストールした環境でもよい。 - Shellスクリプトに自信がない方は過去の「先進ゲノム支援」情報解析講習会のShellスクリプトの資料 (https://www.genome-sci.jp/bioinformatic#2)を読んでおく。
- Pythonプログラミングの経験が無い方は下記のような入門本を読み、if、for、while文等の制御構文、変数やリスト、モジュールのインポート方法をある程度理解しておくこと。
やさしいPython 高橋麻奈著 SB Creative, 2018
みんなのPython第４版 柴田淳著 SB Creative, 2016 等
■講習会スケジュール（予定）：
【10月9日：1日目】
- 13：00～13：05
- 講習会説明
- 13：05～14：35
- Pythonの基本文法
- 14：45～16：15
- 文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現
- 16：25～17：55
- Jupyter notebook、Biopython
【10月10日：2日目】
- 10：00～11：30
- 表形式ファイルの処理（Pandas）、RNA-seqデータの補正
- 11：40〜13：00
- 視覚化 (matplotlib, seaborn)
- 13：00〜13：50
- 昼食休憩
- 13：50〜15：20
- 統計的仮説検定
- 15：30〜17：00
- 多変量解析1
【10月11日：3日目】
- 10：00～13：00
- 多変量解析2
＜2018年度第2回「先進ゲノム支援」情報解析講習会＞（終了）
- ■日 時：
- 2019年3月25日（月） 12：40～17：20
- ■会 場：
- 国立遺伝学研究所（DDBJ）静岡県三島市谷田1111
- ■想定スキルレベル：
- UNIX初心者
- ■募集人員：
- 若手研究者20名程度
- 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
- 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
- 各自のPCを持参ください（Windows、Macいずれも可）
- 遺伝研スパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方は事前に申請が必要となります。
- ■参加費用：
- 無料（旅費等は参加者でご負担下さい。）
■受講者が講習当日までに準備すべき項目：
■講習会スケジュール（予定）：
12:40～13:10 遺伝研スパコン概要説明
13:10～14:10 遺伝研スパコンへの接続方法、UNIX基本コマンド
14:10～15:00 シェルスクリプト＆バッチジョブ
15:00～15:10 休憩
15:10～16:00 シェルスクリプト＆バッチジョブ
16:00～17:20 遺伝研スパコンでの解析の実践（RNA-seq解析等）
＜2018年度「先進ゲノム支援」情報解析講習会＞（終了）
- ■日 時：
- 2018年11月19日（月）13：00 ～ 11月21日（水）13：00
- ■会 場：
- 国立遺伝学研究所 静岡県三島市谷田1111
- ■講習内容：
- プログラミング言語「Python」を用いたRNA-seqデータの視覚化や多変量解析等のプログラミング実習を中心に実施。
- ■想定スキルレベル：
- 情報解析中級者
- ■募集人員：
- 若手研究者20名程度
- これから自分で実践的にプログラミングをしようと考えている方。
- 基本的なLinuxコマンドは身につけていることを前提とします。
- 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。
- 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
- 各自のPCを持参ください（memory 4GB以上、空きHDD容量20GB以上あれば、Windows10、Mac、Linuxいずれも可）。
- 講習ではVirtualBoxを利用したLinux (Ubuntu) の仮想環境で操作を行います。
- 事前に必要なソフトウェア (Pythonのモジュール) を各自のPCにインストールしていただく必要があります。
- ■参加費用：
- 無料
■受講者が講習当日までに準備すべき項目
（必要なPythonモジュールについては後日別途アナウンス予定）：
- Win/Mac/Linux共にVirtualBox+Ubuntu上でPython3を動かすことを推奨するため、VirtualBoxとUbuntu (ver 18以降)を各自のPCにインストール。
Mac/Linuxの場合はVirtualBox+Ubuntuではなく、自己責任でPythonとモジュール群をインストールした環境でもよい。 - Shellスクリプトに自信がない方は過去の「先進ゲノム支援」情報解析講習会のShellスクリプトの資料 (https://www.genome-sci.jp/bioinformatic#2)を読んでおく。
- Pythonプログラミングの経験が無い方は下記のような入門本を読み、if、for、while文等の制御構文、変数やリスト、モジュールのインポート方法をある程度理解しておくこと。
- やさしいPython 高橋麻奈著 SB Creative, 2018
みんなのPython第４版 柴田淳著 SB Creative, 2016 等
■講習会スケジュール（予定）：
【11月19日：1日目】
- 13：00～13：10
- 講習会説明
- 13：10～14：30
- バッチジョブ、RNA-seqの各種ツールによる解析
- 14：40～16：10
- Pythonの基本文法
- 16：20～17：50
- 文字列処理、ファイルの読み書き、正規表現
【11月20日：2日目】
- 10：00～11：30
- Jupyter notebook、Biopython
- 11：40〜13：00
- 表形式ファイルの処理（Pandas）、RNA-seqデータの補正
- 13：40〜13：50
- 昼食休憩
- 13：50〜15：20
- 視覚化 (matplotlib, seaborn)
- 15：30〜17：00
- 統計的仮説検定
【11月21日：3日目】
- 10：00～13：00
- 多変量解析（PCA, MDS, 階層的クラスタリング等）
尚、旅費、宿泊費は参加者でご負担下さい。
＜2017年度「先進ゲノム支援」情報解析講習会＞（終了）
- ■日 時：
- 2018年3月22日（木）13：00～3月23日（金）15：00
- ■会 場：
- 国立遺伝学研究所（DDBJ）静岡県三島市谷田1111
- ■講習内容：
- Linuxの基礎からDDBJスパコンの使い方、RNA-seq解析、バクテリアゲノム解析などの実践例題を中心に実施。
- ■想定スキルレベル：
- UNIX初心者
- ■募集人員：
- 若手研究者20名程度
- 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。
さらに多数の場合は抽選等で参加者を決定いたします。 - 応募は支援依頼者毎、研究室毎に1名に限定させていただきます。
- 各自のPCを持参ください（Windows、Macいずれも可）
- DDBJスパコンのログインユーザアカウントが必要となります。お持ちでない方は事前に申請が必要となります。
- 応募者多数の場合は、先進ゲノム支援における支援依頼者を優先します。
- ■参加費用：
- 無料
■講習会スケジュール（予定）：
【3月22日：1日目】
- 13：00～13：10
- 講習会説明
- 13：10～13：40
- DDBJスパコン概要説明
- 13：40～14：40
- UNIX基本コマンド
- 14：40～14：50
- 休 憩
- 14：50～15：50
- シェルスクリプト
- 15：50～16：50
- DDBJへの接続方法、バッチジョブ
- 16：50～17：00
- 休 憩
- 17：00～18：00
- DDBJスパコンでの解析の実践I（DDBJパイプライン）
【3月23日：2日目】
- 10：00～12：00
- DDBJスパコンでの解析の実践II（RNA-seq解析等）
- 13：00〜15：00
- DDBJスパコンでの解析の実践III（バクテリアゲノム解析）
尚、旅費、宿泊費は参加者でご負担下さい。