先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

支援技術紹介

新規ゲノム解析

De novoゲノムアセンブリ解析

支援内容
生物種ごとに最適な手法で完全ゲノム配列やドラフトゲノム配列を構築します
技術概要
次世代型シーケンサーや10X Genomicsなどの新技術を組み合わせることにより、動物、植物、菌類、原生生物、細菌等のゲノム配列決定を行います
使用機器
HiSeq2500・1500
MiSeq
PacBioRSII・Sequel
10X Genomics
BioNano
解析拠点
遺伝研、九大、東大

変異解析

リシーケンス解析

支援内容
参照ゲノムと比較することにより多型情報やハプロタイプ解析を実施します
技術概要
対象とするゲノムの断片配列情報を取得し、参照ゲノム配列にマッピングすることで、SNVやInDel等の多型情報を取得しますまた、10X GenomicsやBio Nanoのシステムを用いてハプロタイプ解析を実施することが可能です
使用機器
HiSeq3000・2500
IonProton・PGM
10X Genomics
BioNano
解析拠点
遺伝研、東大、札幌医大

エキソーム解析(PCRアンプリコン含む)

支援内容
エキソン領域のみを対象とした配列解析により、効率的に遺伝子領域の多型情報(SNV、InDel)を解析します
技術概要
真核生物において、全ゲノムではなく遺伝子のエキソン領域をターゲットとした配列決定によりエキソン上の多型情報を抽出します
使用機器
HiSeq3000・2500
解析拠点
東大、遺伝研、札幌医大

修飾/エピゲノム解析

ChIP-Seq解析

支援内容
ゲノム上のタンパク質結合部位の検出、結合モチーフの推定を実施します
技術概要
ゲノム配列が決定された生物種を対象として、断片配列情報を参照配列にマッピングすることにより、結合タンパクや結合モチーフ推定等を行います
使用機器
HiSeq3000・2500
解析拠点
東大、遺伝研

メチレーション解析

支援内容
ゲノムワイドにDNAメチル化領域を特定します
技術概要
ゲノムDNA断片を直接またはバイサルファイト処理などを用いて、メチル化された塩基の特定をゲノムワイドに解析します
使用機器
HiSeq3000・2500
PacBio RSII・Sequel
解析拠点
東大、遺伝研

ATAC-Seq解析

支援内容
ゲノムワイドにオープンクロマチン領域を特定します
技術概要
オープンクロマチン領域に選択的にトランスポゾンを挿入させることにより断片化したゲノムDNAの配列情報を取得し、参照ゲノム配列にマッピングすることでクロマチン構造の変化を解析します
使用機器
HiSeq3000
解析拠点
東大

Hi-C解析

支援内容
隣接するクロマチン領域をゲノムワイドに特定します
技術概要
ゲノム配列が決定された生物を対象として、得られた断片配列情報を参照ゲノムにマッピングし、コンタクトマップを構築した上で立体構造を予測します
使用機器
HiSeq3000・2500
解析拠点
遺伝研、東大

RNA解析

トランスクリプトーム解析

支援内容
ゲノムのアノテーションや遺伝子構造の同定、遺伝子発現解析を実施します
技術概要
ゲノム配列上の遺伝子の位置や構造を同定するために、RNA-seqデータのマッピングやDe novoアセンブリ、網羅的な転写産物の解析(Iso-seq解析)を行いますまた、small RNAやnon-coding RNAなどを含むRNA-seqデータを用いた遺伝子発現情報やRNA編集などの解析を実施します
使用機器
HiSeq3000・2500
PacBio RSII・Sequel
解析拠点
東大、遺伝研

TSS-Seq解析

支援内容
転写開始点の網羅的解析を実施します
技術概要
対象とする転写産物の5’末端断片配列情報を取得し、参照ゲノム配列にマッピングすることにより転写開始点を決定します
使用機器
HiSeq3000・2500
解析拠点
東大

RIP-Seq/CLIP-seq解析

支援内容
RNA結合タンパク質に結合しているRNAを同定します
技術概要
 
使用機器
HiSeq3000
解析拠点
東大

メタ・環境・ホロゲノム解析

メタゲノム解析

支援内容
主に微生物群集を対象として、群集構造や遺伝子レパートリーを解析します
技術概要
ヒトや自然環境中の微生物群集を対象とした多様なサンプルのショットガン&アンプリコンメタゲノム、メタトランスクリプトーム配列等の決定を行います
使用機器
HiSeq2500・1500
MiSeq
PacBioRSII・Sequel
解析拠点
九大、遺伝研

超高感度解析

1細胞解析

支援内容
シングルセルを対象としたゲノム、トランスクリプトーム解析を実施します
技術概要
真核細胞を対象としたシングルセルにおいて、ゲノム解析やトランスクリプトーム解析を行います
使用機器
10X Genomics
Fluidigm C1 System
HiSeq3000・2500
解析拠点
東大、遺伝研

情報解析

情報解析

支援内容
先進ゲノム支援で生産した各種シーケンス情報だけでなく、独自に解析されたシーケンス情報に対する各種情報解析を実施します
技術概要
解析パイプラインで実施可能な比較的容易な解析から、新たなアルゴリズム開発を伴う高度な解析まで、支援のご相談を受け付けています
使用機器
 
解析拠点
遺伝研、東大、東工大、九大、千葉大、産総研、慶応大、早稲田大、かずさDNA研