オンライン参加の方は今回の講習会では遺伝研スパコンに接続は不要です。今回のオンライン受講者の多くの方が同時にスパコンにアクセスするとスパコンが大変混雑してしまいますので、オンライン受講の方は、基本は今日は話を聞いていただいて、後日講習会資料と今日の講習会内容の動画を用いてご自身で試していただく形を想定しております。

MacのFileZillaで秘密鍵ファイルを最初に認識させる場合に.sshディレクトリが隠しディレクトリで見えない場合は、隠しディレクトリが置かれているディレクトリに行った上で、command+shift+.を実行すると、見えるようになります。

色々原因が考えられますが、ssh-keygenを実行した際にパスフレーズをご自身で設定され、そのパスフレーズをFileZillaでも入力する必要があるところで、DDBJから発行されたスパコンのご自身のアカウントのパスワードを入力していたことが原因の場合がありました。

windowsで文字コード、改行コードが正しく指定されていないことが原因でした。

singularity execは今の遺伝研スパコン環境ですと、確か内部的にapptainer execに自動で変換されたかと思います。ただ、この自動変換がいつまでされるかは不明ですので、今後はapptainer execに直した方が良いかと思います。

この:のエスケープはbashのタブ補完機能が安全のために勝手にやっていることです。zsh等の別のシェルを使うと:はエスケープされません。つまり、実用上は:をエスケープする必要はありません。

もちろん、自分のPCにも使えますし、遺伝研スパコンに「Apptainerにないツール」をインストールすることにも使えます。遺伝研のスパコンが新しくなってから、個人的に仮想環境の立ち上げがうまくいかないことがあり、今回はさらっと紹介するだけにしました。

資料は、https://github.com/genome-sci/basic_course_2024/blob/main/4/RPKM_TPM.pdf になります。