公募説明会で寄せられた質問およびその回答
支援申請について
Q1.費用の一部実費負担となった場合、どの程度を想定すればいのでしょうか？
支援内容によって異なります。一部実費負担が困難な場合は、サンプル数を減ずるなどヒアリング時にご相談させて頂いています。
Q2.受託解析サービスではなくゲノム支援による希望する具体的な理由について、受託解析サービスよりもアドバンテージがある点がどこにあるのかがわからないのですが、教えていただくことは可能でしょうか？
生憎私どもも受託解析サービスの詳細がわかっていません。皆様には、受託解析サービスでは希望を満たす解析が困難と考えられる理由を記載頂けると良いです。
Q3.過去の先進ゲノム支援による支援の有無を記載するとのことですが、同じ研究室の先輩が採択されて実施されたデータを用いて、私も解析しているのですが、そのことも記載の必要はありますでしょうか。
記載の必要はありません。ご自身が過去に申請された場合のみ記載してください。
Q4.同一の申請者が、複数の課題の分担者の立場で申請することは可能ですか？
可能です。
Q5.科研費の研究計画書に記載していないけれど、発展が見込まれる実験については支援いただけるのでしょうか？例えば新フルセル解析のみの記載であったが空間解析を行いたい、などといった内容についてです。
審査委員の審査に依存しますが、科研費課題の発展に資する内容であれば支援可能と考えます。
Q6.現在学振PDで研究費に採択されていますが、研究者番号は取得していません、先進ゲノム支援に申請するにはe-Radの研究者番号は必要ですか？
学振特別研究員の方の場合は、研究者番号の記載は不要です。研究者番号入力欄では、欄外にある「学振特別研究員である」にチェックを入れて下さい。
Q7.どこまで申請書内容と合致するべきでしょうか。
どのくらいの検体数などお願いできますでしょうか。
インフォマティクスの支援もいただけるのでしょうか。
どのくらいの検体数などお願いできますでしょうか。
インフォマティクスの支援もいただけるのでしょうか。
科研費課題との関係性など、ご自身が考えるところを申請書に記載頂ければと思います。検体数は特に上限を設けていませんが、限度額を超える支援が必要になった場合、一部実費負担をお願いすることになります。情報解析も支援させて頂きますので、希望する内容を申請してください。
Q8.同一の申請で、複数の技術支援を求めることは可能なのでしょうか？
例として空間トランスクリプトームとプロテオミクスを挙げられていましたが、他に２つのプロテオミクスを組み合わせて申請することそのものは可能でしょうか？
いずれか一方のみ採択されるということもありえるのでしょうか？
例として空間トランスクリプトームとプロテオミクスを挙げられていましたが、他に２つのプロテオミクスを組み合わせて申請することそのものは可能でしょうか？
いずれか一方のみ採択されるということもありえるのでしょうか？
可能です。審査委員会において、必要の是非が審査され、いずれか一方の技術のみ支援となることもあり得ます。
Q9.1. 対象区分×技術区分の組み合わせで審査するということですが、たとえばマウスでシングルセル解析を行う区分など大量の申請が見込まれる区分とそうでない区分では採択率が異なるのでしょうか。
2. シングルセル解析と情報支援解析など複数の技術区分を含むような場合は審査はどのように行われるのでしょうか。
3. また、申請書では複数の技術区分を依頼することを箇条書きなどでわかりやすく記述する必要がありますか。
2. シングルセル解析と情報支援解析など複数の技術区分を含むような場合は審査はどのように行われるのでしょうか。
3. また、申請書では複数の技術区分を依頼することを箇条書きなどでわかりやすく記述する必要がありますか。
1. 申請数など毎年度異なるので現時点では申し上げることができません。
2. 審査要領等申し上げることはできません。なお、審査区分については申請システム内において、申請者ご自身で選択していただきます。
3. 申請書は科研費申請同様、わかりやすく記述して下さい。
2. 審査要領等申し上げることはできません。なお、審査区分については申請システム内において、申請者ご自身で選択していただきます。
3. 申請書は科研費申請同様、わかりやすく記述して下さい。
Q10.先進ゲノム支援と先端バイオイメージング支援を両方申請することは可能でしょうか。
可能です。両者での重複制限等ありません。
Q11.昨年度支援の継続という形で、同じ内容の支援を希望します。今年度は異なる科研費での応募となりますが、科研費申請書の内容とずれても問題ないでしょうか。
原則として、科研費申請書の内容を発展させる内容で申請頂くことになり、科研費課題から大きく逸脱する課題は支援することができません。関連性についてはケースバイケースですので、審査委員会において判断する形になります。
再申請については、昨年度の支援担当者ともご相談ください。
再申請については、昨年度の支援担当者ともご相談ください。
Q12.採択者のオリエンテーションはオンラインですか？
オンライン開催を予定しています。
倫理・その他
Q13.患者細胞のシーケンスを依頼する際、fastqの公開が求められると理解しましたが、現在の施設内の倫理に記載がなければ倫理の取り直しが必要になりますでしょうか？
現在の施設内での計画書にデータの制限公開に関する記述がない場合は、研究計画の変更申請等が必要になると思われます。
Q14.石油製品が入手しづらい状況から、使い捨てのプラスティック製品などの値段の上昇が起こりうると思います。
8月以降などだともっと値が上がるのではと恐れていますが、こうした社会情勢によらず予定通りの解析をするのでしょうか。
8月以降などだともっと値が上がるのではと恐れていますが、こうした社会情勢によらず予定通りの解析をするのでしょうか。
ご質問の意味を正確に理解できるかどうかわかりませんが、先進ゲノム支援に対する交付金額は昨年度同様ですので、基本的にはこれまで通りの運用になると思います。
Q15.自費となった部分について、費用のリストはいただけますか？
プロトコル上は、ゲノム支援を共同研究もしくは委託先として記載することとなりますか。
なにかしらの契約など対応が必要になる場合はありますか。
プロトコル上は、ゲノム支援を共同研究もしくは委託先として記載することとなりますか。
なにかしらの契約など対応が必要になる場合はありますか。
自費となった部分の解析内容に関しては案内させて頂いた後に受託解析として請求させていただく場合と、物品を購入して送付頂く場合があります。詳細はヒアリングの際、あるいは採択後に、支援拠点と相談頂くことになります。
原則として、研究計画書では支援担当者を共同研究者として追加していただくことになります。また、共同研究契約などを支援担当者側から求めることはありませんが、申請者の所属機関のほうで必要があれば手続きすることは可能です。
原則として、研究計画書では支援担当者を共同研究者として追加していただくことになります。また、共同研究契約などを支援担当者側から求めることはありませんが、申請者の所属機関のほうで必要があれば手続きすることは可能です。
支援内容について
Q16.新規ゲノム解析の申請を検討しておりますが、申請にあたっては、基本的には生物種1種のみが対象となるのでしょうか。2種、3種と複数種のゲノム解析で申請は可能なのでしょうか。
複数種のゲノム解析が必要であるのであれば、複数記載いただいても構いません。
Q17.ゲノムアセンブリでは、HiFiシーケンスベースで進めたいとのことでしたが、その理由は何かございますか？
一般的に、HiFiベースのほうがNanoporeベースよりも精度高く配列が決定されることが多いです。
Q18.新規ゲノム配列の取得の際に、ライブラリ調製は被支援者の作業となるように思いますが、これまでに経験がない場合でも、解析可能なライブラリを作製することは可能でしょうか？DNA、RNA等は日常的に扱っています。手技としては一般化されていると考えてよいでしょうか？
ライブラリ作製は支援側にて実施いたします。ご準備いただきたいのはゲノムDNAとなります。なお、高純度かつスメアー状態でない高分子DNAの調製が難しい場合には、ゲノム抽出も支援内容としてご記載いただけますと幸いです。
Q19.非モデル生物における全ゲノム解析を行う際に、機能注釈のためにRNA-seqも行いたいが、その場合、申請は全ゲノム解析とRNA解析の両方行えば良いのでしょうか。
両方を支援希望として申請書にご記載ください。
Q20.ライブラリ作成は依頼者側が実施とのことですが、非モデル生物のため適切な核抽出条件等が不明、かつ、作成したライブラリのクオリティーチェックも所属研究室で難しい状況です。
いくつかライブラリをお送りして、QCを実施していただき、最適化条件を一緒に探索してシーケンスにつなげて頂くことは可能でしょうか。
いくつかライブラリをお送りして、QCを実施していただき、最適化条件を一緒に探索してシーケンスにつなげて頂くことは可能でしょうか。
ご自身でのライブラリ作製が難しい場合は、ライブラリ作製から依頼していただいて構いません。ライブラリのQCを行うことも可能ですが、やり取りにやはり時間がかかりますのでなるべく早くからの実施をお願い致します。
Q21.環状RNAの解析は支援対象に入りますでしょうか？
支援対象に入ります。どのように解析されたいのか申請書にご記載下さい。
Q22.RNAの修飾解析はご支援いただけますでしょうか。
RNA修飾の種類によりますので、どういった修飾をどのような系で解析されたいのかについて詳しく申請書にご記載下さい。
Q23.scRNA-seqではヒトとマウスのプローブを用いてということだったかと思いますが、ラット等のサンプルでも解析を受けていただくことは可能なのでしょうか。
プローブを使用しないscRNA-Seq（例: 10xgenomics 3’型scRNA-Seq）であれば解析可能です。
Q24.シングルセルライブラリーを作成ができない環境であれば支援はむずかしいでしょうか？
ご自身でのライブラリ作製が難しい場合は、ライブラリ作製から依頼していただいて構いません。
Q25.シングルセル解析のご支援に関して、派生的な解析であるシングル核解析（sn-RNAseq）も対象になりますでしょうか？
核でのシングルセル解析も対象です。核抽出条件についてはお手元にてご検討下さい。
Q26.高価なシングルセル、空間オミクスは厳しめ、、と仰っていましたが、この技術に限っていうと採択率はどのくらいでしょうか？サンプルは準備済みである必要がありますか？
個別の技術区分での採択率は公表していません。
サンプルは準備済みでなくても申請いただけますが、12月末がサンプル提出期限となっております。採択を想定してサンプル準備は並行して進めて頂くことが望ましいです。
サンプルは準備済みでなくても申請いただけますが、12月末がサンプル提出期限となっております。採択を想定してサンプル準備は並行して進めて頂くことが望ましいです。
Q27.HPに掲載の有るのQ&Aでも、今回の説明会でも、シングルセルの予算については高額であるために厳しく審査される、ということが強調されていたかと思います。ヒアリングの段階で必要に応じて検体を絞り込む等の対応もありうるかと思いますが、実際に、ライブラリができている前提ですと、scRNA-seqについてどれほどの予算感覚でご支援頂けると考えればよろしいでしょうか。自己負担分を予め見積もるうえでも、事前に大まかな規模感がわかりますと大変助かります。（また、個別の質問は不可とのことですが、BD Rhapsody由来のライブラリは、技術的にシークエンス可能でしょうか。もしお答えいただくことが可能でしたら教えて頂けますと幸いです。）
課題あたり支援の限度額を設定していますが、申請数や採択率により変動するので、今日この段階で申し上げることができません。申請では真に必要となる希望を記載頂ければと思います。
BD Rhapsodyに関して
BD Rhapsodyを使用してライブラリ作製いただきお送りいただければシークエンスは可能です。BD Rhapsody自体は所有しておりません。
Q28.ラットのサンプルもFlex system (10x) シングルセル分析が可能でしょうか？ダメならFixation する必要がある組織ですが可能なscRNA-seqの方法がありますか？
ラットのFlex（10x）はプローブが対応しておりませんので、実施は難しいです。他にはParse/ScaleBioでのscRNA-SeqはFixation処理を行い、ラットでの解析も可能です。Fixation条件は厳しいものではありませんので、ご希望のFixiationが行われているかについては、事前にメーカー等にもお問合せ下さい。
Q29.シングルセル解析や空間的オミックス解析におけるサンプル準備は相談可能でしょうか。記述がないと採択に影響しますか。
生憎、申請前にご相談頂ける機会は設けていません。ヒアリング時もしくは採択後にご相談頂ければと思います。
Q30.3’UTRの遺伝子情報が充実していない非モデル種（ゲノムは染色体レベルのものがあり、RNA-Seqの公開データ等は多少ある）でのシングルセルRNA-Seqの支援は可能ですか？自分で3UTR情報を整備する必要がありますか？
もし、ご自身で3’UTR情報を整備できるのであれば、多くの支援課題をサポートするという観点からは、ご自身で整備いただくほうがありがたいです。難しい場合には、公開されているRNA-seqデータから3’UTR情報を付加したうえでscRNA-seq解析を希望する旨申請書に記載ください。
Q31.空間トランスクリプトーム（Xenium、CosMxなど）解析を依頼する際、サンプルの準備方法や送付方法については、どこで確認すればよいでしょうか。
Xenium、CosMxであればサンプルの送付方法はスライドに切片を貼り付けて頂き、拠点まで郵送いただきます。サンプルや輸送に関して採択後のオリエンテーション等で説明いたしますが、申請時点ではメーカーHP等のプロトコル内に詳細に記載されておりますので、そちらでご確認下さい。
Q32.Visium HD解析は、凍結切片が望ましいと思いますが、古いFFPEでも大丈夫でしょうか？凍結検体が得られれば、凍結切片作成から支援してもらえますか？
Visium HDは凍結切片でもFFPEでも実施可能です。FFPEの場合、検体内のRNAが極端に分解していない必要があります。古いFFPE切片はRNAが分解している場合が多く、貴重な検体で実施を望まれる際には、データの質が著しく下がる可能性がある点はご理解ください。検体のQCはDV200という指標で評価しておりますので、メーカーHPのプロトコルで詳細をご確認ください。凍結検体をOCTコンパウンドに埋めることは可能です。凍結切片の作製はFOVの関係もありますので、支援拠点にお越し頂き一緒に作製いただくことになります。
Q33.Xeniumの解析ではすでに指定された遺伝子パネルの中から選ぶのでしょうか？それとも新たに遺伝子パネルを依頼者が作製するのでしょうか？また、既存の遺伝子パネルの中から選ぶ場合は、TCR/BCR配列も同時にみるパネルもありますでしょうか？
解析希望内容に応じてカスタムパネルの作製も可能です。どういったカスタムパネルが必要か申請書に詳細をご記載下さい。
Q34.Trekker FXがリリースされましたが、今回の支援では対象外でしょうか。
まだ支援拠点内で検討できておりませんので、申請いただき採択された場合にはご一緒にトライさせていただくことは可能です。
Q35.12月までにサンプルを送れなかった場合は、次年度に再応募となりますか？
原則としてはそのとおりです。