先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

ゲノム科学においては、シーケンシング技術のみならず、それら最先端技術を駆使した新たな解析手法も加速度的に進展しており、ヒトや動物、植物から微生物に至る様々な生物種を対象として、これら技術を徹底的に活用した高度な研究が実施されています。

先進ゲノム支援では、多様な科研費研究課題に対して最先端のゲノム解析及び情報解析技術を提供することで、我が国のゲノム科学ひいては生命科学のピーク作りとすそ野拡大を進めることを使命としています。

最新情報

2017年度「先進ゲノム支援」支援課題の公募要項

1. 支援公募にあたっての方針

 先進ゲノム支援では、ゲノム科学の発展に資する支援課題を、文部科学省科学研究費補助金の助成課題を対象に、種目・分野を問わず広く募集します。支援課題の募集に際しては、特に以下の点を重要視しており、これらに該当する課題の応募を期待しています。

 詳しく

  • 科研費研究課題を拡張することでさらなる発展が期待できる課題
  • 高度な技術が要求されるチャレンジングな課題
  • 受託解析サービス等で実施可能な単なる解析作業のアウトソーシングではなく、研究的要素を多く含むゲノム領域の学術研究課題
  • ゲノム科学研究を新たに開始する研究者による課題

また、多くの女性研究者および若手研究者からの応募も期待します。

2. 支援の対象となる研究課題

 2017年度文部科学省・科学研究費補助金(新規・継続)に採択されている研究課題を対象とします。

 留意事項

  • サンガー法による配列決定およびライブラリ作製単独の支援は対象外としますが、協議の過程において全ゲノム解析に必要であると判断された場合は支援対象とします。
  • ヒトのゲノムワイド関連解析(GWAS)は支援対象外とします。
  • ヒトゲノムやヒト遺伝子を対象とする課題については、倫理面も含めて選考します。

3. 支援できる内容

 次世代シーケンサーや1細胞解析装置を駆使した配列決定に基づく多様な技術による支援を実施します。

 支援技術一覧

 支援解析機器類等

  • DNAシーケンサー(ショートリード):Illumina HiSeq3000/2500 (ラピッドラン、高出力ラン)/1500、MiSeq、IonPGMなど
  • DNAシーケンサー(ロングリード):PacBio RSII/Sequelなど
  • 1細胞解析:10X genomics Chromium/GemCode、Fluidigm C1 Systemなど

4. 支援対象課題の選定

 支援課題の選定は、「先進ゲノム支援」領域外の有識者と班員から構成される支援審査委員会で行います。

 審査の要点

  • 科研費課題の当初計画と密接に関連したものであるか
  • 科研費課題そのものの支援ではなく、支援活動により科研費研究課題における計画を上回る重要な研究成果を得ることが期待できるか
  • 受託解析サービス等で実施可能な単なる解析作業のアウトソーシングではなく、研究的要素を多く含むゲノム領域の学術研究として相応しいか
  • ゲノム科学としての先進性があるか
  • 技術的および必要経費面で支援が実行可能かどうか

 支援対象課題選定の方法

  • 支援審査委員会が、対象とする生物種や技術ごとに書面により審査を行い、支援対象課題を選定します。2017年度支援課題公募からは、申請時に審査を希望する審査区分および主要技術区分を記入して頂きますが、審査は原則として希望される各審査区分において主要技術区分ごとに行います。

 審査区分

  • ヒト、動物1(マウス)、動物2(マウス以外)、植物、微生物、情報

 主要技術区分

 留意事項

  • 支援の対象に選ばれた課題については、申請者に通知するとともに、申請者の氏名、所属、支援課題名を「先進ゲノム支援」のホームページから公開します。
  • 支援課題の選定の過程で知り得た情報は選定目的のみに使用します。
  • 審査委員の氏名は、翌年度に公表します。

5. 支援により得られたデータの公開、共有

支援活動により得られた解析結果は、論文・データベースなど適切な方法で公表してください。

 留意事項

  • 個人ゲノム情報を含まない塩基配列データは、支援依頼者に提供すると同時に、DDBJ(DNA Databank of Japan、http://www.ddbj.nig.ac.jp/)あるいはDDBJが運用するDRA(DDBJ Sequence Read Archive; http://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/index.html)(次世代シーケンサーのデータ)に仮登録します。そして、論文発表後は直ちに、未発表の場合は事前に協議した時期(支援終了後原則として1年以内)に公開することとします。
  • 個人ゲノム情報についても、その質に応じた適切な個人情報の保護の仕組みの下で、研究コミュニティでの共有を図ります。個人の識別可能でない情報は一般公開として広く研究者に提供し、識別可能な情報は審査を経て承認された研究者において共有します(後者を「制限公開データ」と呼びます)。研究結果の公開・共有は、バイオサイエンスデータベースセンター(http://biosciencedbc.jp/)内のNBDCヒトデータベース(http://humandbs.biosciencedbc.jp/)を通して行います。
  • 個人情報保護法改正・施行に伴い、個人ゲノム情報等の公開に関して変更が生じる可能性があります。その際は、関連データの公開・共有に関して、先進ゲノム支援からご案内させて頂きます。

6. 支援申請にあたりご留意頂きたい点

 成果発表について

  • 支援を受けた課題に関する論文等の成果を発表された場合は、速やかに支援事務局までご連絡下さい。また事務局では定期的に成果の発表状況調査を実施します。
  • 論文発表に際しては、支援担当者の関与の度合いにより、共著者とする場合や謝辞で触れる場合等が考えられますが、適切な対応をお願いします。また、「先進ゲノム支援」の支援を受けている事を記載して下さい。「先進ゲノム支援」の英語表記は、JSPS KAKENHI Grant Number 16H06279です。
  • 支援を受けた課題では、支援依頼者に成果報告書の提出を毎年度お願いしています。

 支援活動について

  • 「先進ゲノム支援」の活動は年度単位ですので、支援依頼内容は単年度で実施可能なものとなるように注意してください。8月の採択決定後、12月までに試料を提供して下さい。これを過ぎると原則として支援が出来ません。ヒト遺伝子解析研究など倫理委員会等における承認手続きが必要な場合は、10月末までに承認を得て下さい。承認取得後は速やかに検体を提供して下さい。また、なるべく多くの課題の支援を可能にするために、不必要に過大な内容の申請は避けてください。
  • 支援を担当するシーケンス拠点に試料を送付する際に、サンプルメタデータも併せて提出して頂きます。メタデータの提出が無い場合は支援ができません。
  • 病原性微生物(BSL2以上またはそれに準ずるもの)、毒性、感染性をもつ可能性がある試料の解析については、実施にあたり、支援担当グループとの協議を行っていただきます。
  • 配列決定に用いるDNA試料の調製は、原則として支援依頼者側で実施していただきます。解析に必要なDNA量とその質については、支援担当グループと協議していただきます。送付された試料が量的、質的に解析に不向きな場合には、中止、再調製等について支援担当グループと協議することとします。
  • RNA-Seq解析のためのRNA調製は、原則として依頼者側で実施していただきます。その後の、配列解析のための前処理については、支援担当グループと協議していただきます。なお、期待される転写産物が含まれていることのreal time RT-PCR による確認などの、基礎的検討もお願いすることがあります。
  • 支援活動は、支援依頼者と支援担当研究者の共同作業として進めたいと思いますので、具体的な支援内容は、担当者との協議により決定させていただきます。
  • より高度な解析アルゴリズムや解析ソフトウェアの開発研究のため、支援依頼者と相談の上で適切な手続きをとり、本支援プラットフォームの情報解析グループとのデータ共有をお願いすることがあります。
  • 支援をする側にとってもチャレンジングな課題についても挑戦したいと考えています。しかしながら、そのような課題においては、申請者ならびに研究者コミュニティによるサポートが必須となります。また、このような課題は基本的に支援担当者との「共同研究」として進めたいと考えます。
  • 支援決定後は倫理面に関する支援もおこないます。

 免責事項

  • 支援活動に配分された経費には限りがあり、希望のすべてに応えることはできません。少しでも多くの課題を支援するために、依頼内容を一部変更して頂くことや、依頼者に消耗品などの一部負担をお願いすることがあります。
  • 支援活動の実施は、不慮の事故も含め成功を保証するものではありません。また、当初に期待したデータおよび解析結果が得られない場合があることをご了解下さい。支援グループから提供するデータ等について、使用前に必ず支援依頼者側で最終的な内容の確認をして下さるようお願いします。

7. 募集期間

 2017年度の募集期間: 2017年5月8日(月)から 6月5日(月)正午 まで

8. 支援の開始時期

 2017年9月頃

 詳しく

  • 公募締め切り後、審査委員会によって候補課題を選定し、支援実施担当者による候補課題の支援内容の詳細の聞き取りと協議(ヒアリングと呼んでいます)を行い、審査委員会においてそれらの結果を合わせて8月中旬頃までに支援課題と支援範囲を最終決定する予定です。これ以降、支援実施担当者と打ち合わせに基づき支援を開始します。

支援申請の流れ

支援申請の流れ

支援申請

生命科学連携推進協議会 先進ゲノム支援GSユニット 旧ゲノム支援 科研費